Sementara itu pada abad XIII di muara Sungai Mahakam berdiri Kerajaan

bercorak Hindu Jawa yaitu Kerajaan Kutai Kertanegara yang didirikan oleh salah
seorang pembesar dari Kerajaan Singasari yang bernama Raden Kusuma yang
kemudian bergelar Aji Batara Agung Dewa Sakti dan beristerikan Putri Karang
Melenu sehingga kemudian menurunkan putera bernama Aji Batara Agung Paduka
Nira.

Proses asimilasi (penyatuan) dua kerajaan tersebut telah dimulai pada abad
XIII dengan pelaksanaan kawin politik antara Aji Batara Agung Paduka Nira yang
mempersunting Putri Indra Perwati Dewi yaitu seorang puteri dari Guna Perana
Tungga salah satu Dinasti Raja Mulawarman (Martadipura), tetapi tidak berhasil
menyatukan kedua kerajaan tersebut. Baru pada abad XVI melalui perang besar antara
kerajaan Kutai Kertanegara pada masa pemerintahan Aji Pangeran Sinum Panji Ing
dengan Kerajaan Kutai Mulawarman (Martadipura) pada masa pemerintahan Raja
Darma Setia. Dalam pertempuran tersebut Raja Darma Setia mengalami kekalahan
dan gugur di tangan Raja Kutai Kertanegara Aji Pangeran Sinum Panji, yang
kemudian berhasil menyatukan kedua kerajaan Kutai Tersebut sehingga wilayahnya
menjadi sangat luas dan nama kerajaannyapun berubah menjadi Kerajaan Kutai
Kertanegara Ing Martadipura yang kemudian menurunkan Dinasti Raja-raja Kutai
Kertanegara sampai sekarang.