ISOLASI DNA
“MODIFICATION OF DNA ISOLATION PROTOCOL FROM SILICA
GEL DRIED LEAF TISSUES OF PINANGA (PALMAE)”
Disusun untuk memenuhi tugas mata kuliah biokimia lanjut.
Dosen pembimbing : 1. Siti Nur Inayah, M.Si., dkk.
KELOMPOK 2
1. ALDI ALFAYED
2. MARIA
3. MONA TRIPUTRI SUARDI
4. MUTIARA YOHANA GULTOM
5. ULFAH RAHMAYANI
Puji syukur kehadirat Tuhan Yang Maha Esa atas segala rahmatNYA
sehingga makalah ini dapat tersusun hingga selesai . Tidak lupa kami juga
mengucapkan banyak terimakasih atas bantuan dari pihak yang telah berkontribusi
dengan memberikan sumbangan baik materi maupun pikirannya.
Dan harapan kami semoga makalah ini dapat menambah pengetahuan dan
pengalaman bagi para pembaca, Untuk ke depannya dapat memperbaiki bentuk
maupun menambah isi makalah agar menjadi lebih baik lagi.
Penyusun
i
DAFTAR ISI
KATA PENGANTAR..............................................................................i
DAFTAR ISI...........................................................................................ii
BAB I PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang....................................................................................1
1.2 Tujuan Penulisan................................................................................2
BAB II PEMBAHASAN
2.1 Isolasi DNA........................................................................................3
2.2 Bahan dan metode...............................................................................5
2.3 Hasil....................................................................................................7
2.4 Diskusi................................................................................................8
Daftar Pustaka.........................................................................................13
BAB I
PENDAHULUAN
A. Latar Belakang
DNA dapat mengalami denaturasi dan renaturasi. Selain itu DNA juga
bisa diisolasi. Isolasi DNA dapat dilakukan melalui tahapan-tahapan antara
lain: preparasi esktrak sel, pemurnian DNA dari ekstrak sel dan presipitasi
DNA. Meskipun isolasi DNA dapat dilakukan dengan berbagai cara, akan
tetapi pada setiap jenis atau bagian tanaman dapat memberikan hasil yang
berbeda, hal ini karena adanya senyawa polifenol dan polisakarida dalam
konsentrasi tinggi yang dapat menghambat pemurnian DNA. Jika isolasi
DNA dilakukan dengan sampel buah yang berbeda, dapat memberi hasil yang
berbeda pula. Buah dengan kadar air tinggi akan menghasilkan isolat yang
berbeda jika dibandingkan dengan buah berkadar air rendah. Semakin tinggi
kadar air maka sel yang terlarut di dalam ekstrak akan semakin sedikit,
sehingga DNA yang terpretisipasi juga akan sedikit (Donata, 2007).
Isolasi DNA merupakan hal penting di bidang molekuler, terutama untuk
kelompok tanaman tertentu seperti Pinanga (Palmae). Biasanya, struktur
selebaran/selembar Pinanga terdiri dari selebaran yang mengkilap sebagai
spesies umum telapak tangan dan selebaran berbintik-bintik. Pinanga javana
dan P. coronata umumnya membentuk dua jenis selebaran. Kualitas DNA
Pinanga yang tinggi dengan selebaran yang mengkilap mudah dimurnikan
dan dengan selebaran berbintik itu diperlukan pemurnian DNA karena adanya
senyawa polifenol tinggi. Penerapan metode pengikatan silika
direkomendasikan untuk memurnikan DNA template. Protokol isolasi DNA
yang dimodifikasi relatif cepat, sederhana, paling murah, peralatan minimum
dan bahan kimia yang dibutuhkan, dan cocok untuk reaksi pencernaan PCR
dan endonuklease.
1
B. Tujuan
Adapun tujuan yang ingin dicapai dalam penulisan makalah ini adalah
sebagai berikut :
1. Mengetahui pengertian isolasi DNA.
2. MODIFICATION OF DNA ISOLATION PROTOCOL FROM SILICA
GEL DRIED-LEAF TISSUES OF Pinanga (PALMAE)
2
BAB II
PEMBAHASAN
A. Isolasi DNA
Pinanga terdiri dari 132 spesies (Govaerts dan Dransfield, 2005). Genus ini
menjadi sangat populer dalam budidaya landscape untuk tujuan sebagai tanaman
hias di berbagai negara di daerah tropis dan subtropis. Telah digunakan untuk
laths, tongkat jalan, dan bahan bangunan yang terbuat dari batang; Anyaman dan
anyaman terbuat dari daun dan pengganti sirih yang terbuat dari buah (Burkill,
1966).
Pinanga menunjukkan variasi yang besar pada karakter morfologi dan kuantitatif
seperti ukuran, bentuk dan warna batang, daun mahkota, daun, perbungaan, buah
dan biji, namun karena pola pembedaan data morfologi yang tidak jelas, akun
monograf modern dari genus belum dilaporkan. namun. Di sisi lain, analisis
molekuler sedang diteruskan untuk hampir semua kelompok pada tanaman
termasuk dalam keluarga kelapa sawit dalam dekade terakhir.
Teknik molekuler memerlukan isolasi DNA genom dengan kemurnian yang
sesuai untuk PCR (polymerase chain reaction / reaksi rantai polimerisasi) dan
restriksi enzim restriksi. DNA yang diisolasi dari jaringan tanaman sering
menghasilkan hasil yang bervariasi dalam aplikasi tersebut karena copurifikasi
inhibitor enzim. Penghambat enzim ini berasal dari jaringan tumbuhan, seperti
polisakarida (Murray dan Thompson, 1980; Pandey et al., 1996) dan polifenol
(Couch dan Fritz, 1990; Collins and Symons, 1992) atau bahan kimia yang
digunakan dalam beberapa protokol isolasi DNA, seperti itu seperti CTAB
(heksadecyltrimethylammonium bromide), SDS (natrium dodesil sulfat), fenol,
etanol, isopropanol, natrium asetat, natrium klorida, dan EDTA (asam
etilenadiaminetetraasetat) (Peist et al.,2001). Semakin banyak protokol isolasi
DNA untuk taksa tertentu menyarankan agar ekstraksi DNA tidak selalu
sederhana dan protokol yang diterbitkan tidak harus dapat direproduksi untuk
semua spesies. Ekstraksi DNA merupakan isu penting di bidang molekuler
terutama untuk taksa tertentu yang belum ditetapkan untuk tanaman tertentu.
3
Terlepas dari distribusi taksa yang sedang dipelajari, sampel DNA yang
diperiksa diisolasi dari jaringan segar atau mungkin baru liofilisasi. Bahan
beku pada suhu -20 ° C untuk periode pendek atau -80 ° C untuk waktu yang
lama biasanya digunakan, namun bila bahan tanaman diperoleh dari populasi
alami maka tidak praktis. Bahan tanaman kering dapat digunakan untuk
memungkinkan ekstraksi DNA dari jaringan daun kering silika gel atau
herbarium. Metode ini akan berlanjut ke metode pilihan untuk studi yang
paling sistematis, terutama untuk angiosperma tropis yang tidak terwakili
dengan baik di kebun raya, tidak tersedia sebagai benih atau umumnya tidak
dapat disembuhkan (Chase dan Hills, 1991).
Pada spesies Pinanga, daunnya berkisar dari yang tak terbagi (keseluruhan)
hingga menirukan menyerupai bulu atau tulang punggung dan tulang rusuk
ikan, dengan selebaran. Diatur secara teratur atau tidak teratur pada rachis.
Selebaran Pinanga tidak berbeda jauh dengan genus palma lain yang memiliki
struktur dasar yang sama dan biasanya terdiri dari dua jenis selebaran,
selebaran reguler dengan warna hijau seperti spesies umum telapak tangan
dan selebaran berbintik-bintik (Jones, 199S). Fenomena selebaran berbintik di
beberapa spesies Pinanga telah menarik banyak perhatian. Seringkali, bedeng
itu spektakuler pada daun baru yang berkembang yang mungkin memiliki
potongan keperakan, keputihan, atau kemerahan dan daun yang matang dapat
menahan beberapa bintik, seperti distik Pinanga, P. aristata, P. bicolana dan P.
veitchii, atau menjadi warna hijau. , Seperti Pinanga coronata dan P.
densiflora.
Di sini, protokol isolasi DNA yang dijelaskan oleh penulis sebelumnya diuji
dan protokol yang dideskripsikan oleh Ban (199S) dimodifikasi untuk
mendapatkan hasil DNA template Pinanga (Palmae) yang berkualitas dan
konsisten. Dalam penelitian ini, dua spesies Pinanga dari Jawa digunakan,
P.javana sebagai perwakilan selebaran berkilau dengan warna hijau dan P.
coronata sebagai perwakilan selebaran berbintik-bintik.
4
B. Bahan dan metode
1. Bahan
Bahan tanaman Pinanga diperoleh dari populasi alami di Jawa, Indonesia. Pinanga
javana (JW-331) dikumpulkan di Mt. Slamet, Jawa Tengah dan P. coronata (JW-
335) dikumpulkan di Mt. Pangrango, Jawa Barat. Total DNA genom spesies
Pinanga diisolasi dari 20 mg daun kering yang dibuat dalam silika gel, sedangkan
100 mg jaringan daun segar sebagai kontrol dalam status budidaya.
2. Metode
2.1 Modifikasi protokol isolasi DNA Ban (1995) sebagai berikut:
5
3. Tambahkan 400 ul penyangga kloroform, aduk perlahan dengan inversi selama
5 menit, sentrifugasi pada 12.000 rpm pada suhu kamar selama 15 menit dan
transfer fasa berair ke dalam tabung baru.
4. Ulangi langkah 3
5. Tambahkan 1% buffer CTAB 1-1,5 volume supernatan, aduk perlahan dengan
inversi selama 5 menit, diinkubasi pada suhu kamar selama 5 menit, sentrifugasi
pada 8.000 rpm pada suhu kamar selama 10 menit dan buang supernatan
6. Tambahkan 400 μl NaCl 1 M untuk melarutkan pelet, tambahkan 800 ul dari
99% etanol dingin, diinkubasi pada suhu -20 ° C selama 30 menit, sentrifugasi
pada 14.000 rpm pada suhu 4 ° C selama 10 menit, dan buang supernatannya.
7. Cuci pelet dengan 400 μl 70% etanol dingin, centrifuge pada 14.000 rpm pada
suhu 4 ° C selama 5 menit, dan buang etanolnya.
8. Keringkan pelet pada suhu kamar atau vakum kering, larutkan pelet DNA
dalam 50 μl sdw dan tentukan DNA dalam spektrofotometer.
6
dengan Ethidium Bromide (1,0 ug / ml) selama 10 menit. Pola fragmen
divisualisasikan dan difoto menggunakan sistem dokumentasi gel (UVP Inc.,
Inggris). Ukuran fragmen RAPD diperkirakan dengan menjalankan DNA MW
0,05-10 kbp marker (Novagen) pada gel sebagai penanda ukuran standar.
C. Hasil
Kuantifikasi DNA dapat dicapai dengan menggunakan spektrofotometer uv atau
menjalankan DNA template pada gel agarose 1,5% yang diwarnai dengan
Ethidium Bromide (1,0 μg / ml). Ethidium Bromide adalah bahan kimia fluoresen
yang menginterogasi antara pasangan basa dalam molekul DNA terdampar ganda.
Aliquot template
DNA Pinanga javana (Gambar la) dan P. coronate (Gambar lb) dimuat 7 μl
campuran DNA berisi 2 μl zat warna pemuatan dan 5 μl dari setiap sampel DNA
yang disatukan oleh lima belas protokol isolasi DNA. DNA dengan berat molekul
tinggi akan muncul sebagai pita yang terselesaikan dengan baik di samping pita
DNA lambda sementara baut di bawah pita menunjukkan degradator mekanis atau
kimia. Band smeard menuju bagian bawah gel merupakan indikasi adanya RNA.
Dalam penelitian ini, DNA diukur dengan menggunakan pengukuran
spektrofotometer penyerapan uv pada panjang gelombang 260 nm, 280 nm, dan
320 nm, kontaminan DNA terdeteksi. Rata-rata kuantitas dan kualitas DNA yang
dihasilkan oleh beberapa protokol isolasi DNA Pinanga javana dan P. coronata
disajikan pada Tabel 1.
7
D. Diskusi
8
Proses isolasi DNA dari jaringan daun memerlukan pemecahan dinding sel
untuk melepaskan konstituen selular. Setelah menembus dinding sel, langkah
selanjutnya adalah mengganggu membran sel untuk melepaskan DNA ke dalam
buffer ekstraksi. Secara umum, ada dua deterjen utama yang digunakan untuk
buffer ekstraksi, CTAB (Doyle dan Doyle, 1988) dan SDS (Dellaporta et al.,
1983). Bahan kimia lainnya biasanya digunakan untuk mengisolasi DNA
Dari tanaman adalah PVP (polyvinylpyrrolidone) atau PVPP
(polyvinylpolypyrrolidone) untuk menghilangkan polifenol (Maliyakal, 1992);
RNAse A untuk mengisolasi DNA bebas dari perlakuan RNA dan kloroform dan
atau fenol untuk menghilangkan kelebihan protein dari ekstrak DNA dengan
denaturasi dan pengendapan (Saghai-Maroof et al., 1984); Proteinase-K untuk
mencerna protein dalam ekstrak DNA (Shaw, 1988); EDTA untuk melindungi
DNA dari nuklease endogen dengan merekatkan ion Mg sebagai kofaktor untuk
sebagian besar nuklease; Dan natrium klorida dalam buffer untuk menghilangkan
polisakarida (Lodhi et al.,1995).
9
DNA template murni harus berada pada rasio 1.60 sampai 1,90, sedangkan
yang lebih rendah atau lebih tinggi dari pada rentang tersebut tidak akan berhasil
selama PCR. Dalam kasus kami, bahkan rasio DNA berkisar antara 1,60-1,90,
namun warna DNA template berwarna coklat menunjukkan bahwa kandungan
tersebut mengandung jumlah polifenol yang tinggi dan akan sangat terhambat
selama PCR.
Yang dihasilkan oleh dua belas protokol isolasi DNA berhasil diperkuat
selama PCR untuk Pinangajavana (Gambar 2a) daripada P. coronata (Gambar 2b)
yang hanya satu protokol yang menggunakan jaringan daun segar saat kontrol
berhasil. Umumnya, protokol yang dideskripsikan oleh Ban (1995) berhasil
mengisolasi DNA berkualitas tinggi dari jaringan daun segar tanpa modifikasi
pada spesies palem. Modifikasi protokol Ban (1995) hanya dengan penambahan
25-50 μl air suling steril (sdw) segera setelah setelah homogenisasi jaringan
lyophilized daun kering dan dibutuhkan waktu kurang dari 3 jam untuk
mengisolasi DNA. Dalam pengalaman kita, tidak ada atau sangat rendah template
DNA bisa didapat tanpa tambahan sdw.
Dalam kasus, modifikasi protokol Ban (1995) tidak dapat memperoleh hasil
yang memuaskan, dengan menggunakan metode silika bind-ing seperti Kit Gen II
Bersihkan (Bio 101 Inc.) direkomendasikan untuk memurnikan DNA template.
Sebagai konsekuensinya, konsentrasi DNA menjadi lebih rendah namun berhasil
untuk analisis molekuler berbasis PCR seperti metode RAPD dan ISSR (antar
urutan sederhana kembali gambut), sekuensing DNA dan juga untuk reaksi
10
endonuklease restriksi. Gambar 3 menunjukkan semua sampel DNA template
yang dihasilkan oleh lima belas protokol isolasi DNA berhasil diperkuat selama
PCR setelah pemurnian.
Tidak ada protokol universal yang tersedia untuk mengisolasi DNA dari
jaringan tanaman, masing-masing protokolnya memiliki sendiri Keuntungan dan
kerugian. Dalam pengalaman kami, jaringan daun Pinanga terbaik untuk analisis
DNA adalah daun segar yang tidak diekspansi, karena senyawa kontaminannya
sangat rendah. Jaringan daun segar masih lebih diutamakan, namun jaringan
kering silika-gel juga membuktikan sumber yang hampir setara dan jauh lebih
praktis, andal, dan murah. Jika nitrogen cair tidak tersedia di tempat jaringan
tanaman dikumpulkan atau dibudidayakan, protokol yang dijelaskan di sini juga
menghasilkan hasil yang memuaskan setelah mengeluarkan berserat dari jaringan
daun.
11
BAB III
PENUTUP
Kesimpulan
Isolasi DNA merupakan teknik pemisahan DNA dari zat-zat lain selain
DNA. Metode-metode untuk isolasi DNA yaitu teknik Random Amplified
Polymorphic DNA (RAPD), Isolasi DNA akan sangat bergantung dengan
banyaknya DNA yang ingin didapatkan dari isolasi serta jenis organisme
yang akan diisolasi DNAnya. Dari uji yag telah dilakukan DNA diukur
dengan menggunakan pengukuran spektrofotometer penyerapan uv pada
panjang gelombang 260 nm, 280 nm, dan 320 nm, kontaminan DNA
terdeteksi. Rata-rata kuantitas dan kualitas DNA yang dihasilkan oleh
beberapa protokol isolasi DNA Pinanga javana dan P. coronate
12
Daftar Pustaka
- Donata. 2007. Komunikasi Pribadi. Ciri-ciri DNA Murni dan Penyebab
Keberhasilan serta Kegagalan dalam PCR dan Elektroforesis. Jakarta:
Erlangga.
Aras S, Duran A and Yenilmez G 2003. Isolation of DNA
for RAPD Analysis from Dry Leaf Material of Some
Hesperis L. Specimens. Plant Molecular Biology
Reporter 21,461a-461f.
Ban Y. 1995. DNA-RNA Extraction Methods, p.45-53. In:
Shimamoto I and Sasaki T. (Eds.). PCR Research
Protocols of Plants. Shujunsha. Tokyo, 184p. (in
Japanese).
Burkill IH. 1966. A Dictionary of the Economic Products
of the Malay Peninsula. The Ministry of Agriculture
and Cooperatives. Kuala Lumpur, 2444p.
Chase MW and Hills HH. 1991. Silica Gel: an Ideal Material
for Field Preservation of Leaf Samples for DNA
Studies. Taxon 40, 215-220.
Collins GG and Symons RH. 1992. Extraction of Nuclear
DNA from Grapevine Leaves by a Modified
Procedure. Plant Molecular Biology Reporter 10,
233-235.
Couch JA and Fritz PJ. 1990. Isolation of DNA from
Plants High in Polyphenolics. Plant Molecular
Biology Reporter 8,8-12.
Cullings KW. 1992. Design and Testing of a Plant-specific
PCR Primer for Ecological and Evolutionary Studies.
Molecular Ecology 1, 233-240.
Dellaporta SL, Wood VP and Hicks JB. 1983. A Plant
DNA Mini Preparation: Version II. Plant Molecular
Biology Reporter 1,19-21.
13
Doyle JJ and Doyle JL. 1988. Isolation of Plant DNA
' from Fresh Tissue. Focus 12, 13-15.
Gawel NJ and Jarret RL. 1991. A Modified CTAB DNA
extraction Procedure for Musa and Ipomoea. Plant
Molecular Biology Reporter 9,262-266.
Govaerts R and Dransfield J. 2005. World Checklist of
Palms. Royal Botanic Gardens, Kew. 223p.
Jones DL. 1995. Palms throughout the World. Smithsonian
Institution Press. Washington DC. 41 Op.
Lodhi MA, Ye GN, Weeden NF and Reisch BI. 1994. A
Simple and Efficient Method for DNA Extraction
from Grapevine Cultivars, Vitis Species and
Ampelopsis. Plant Molecular Biology Reporter 12,
6-13.
Maliyakal EJ. 1992. An Efficient Method for Isolation of
RNA and DNA from Plants Containing
Polyphenolocs. Nucleic Acids Research 20,2381.
Murray MG and Thompson WF. 1980. Rapid Isolation of
High Molecular Weight DNA. Nucleic Acids
Research 8,4321-4325.
Pandey RN, Adams RP and Flournoy LE. 1996. Inhibution
of Random Amplified Polymorphic DNAs
(RAPDs) by Plant Polysaccharides. Plant Molecular
Biology Reporter 14, 17-22.
Peist R, Honsel D, Twieling G and Loffert D. 2001. PCR
Inhibitors in Plant DNA Preparations. Qiagen News
3, 7-9.
Porebski S, Bailey LG and Baum BR. 1997. Modification
of a CTAB DNA Extraction Protocol for Plants
Containing High Polysaccharide and Poiyphenol
Components. Plant Molecular Biology Reporter 15,
8-15.
14
Saghai-Maroof MA, Soliman K, Jorgensen RA and
Allard RW. 1984. Ribosomal DNA Spacer-length
96
Berila Biologi. Volume 8, Nomor 2. Agustus 2006
Polymorphisms in Barley: Mendelian Inheritance,
Chromosomal Location, and Population Dynamics.
Proceedings National Academic Sciences 81,8014-
8018.
Shaw CH. 1988. Plant Molecular Biology: A Practical
Approach. 1RL Press. Oxford. 313p.
Storchova H, Hrdliekova R, Chrtek Jr. J, Tetera M,
Fritze D and Fehrer J. 2000. An Improved Method
of DNA Isolation from Plants Collected in the Field
and Conserved in Saturated NaCI/CTAB Solution.
Taxon 49, 79-84.
Whitmore TC. 1973. Palms of Malaya. Oxford University
Press. London, 132p.
Wittzell H. 1999. Chloroplast DNA Variation and Reticulate
Evolution in Sexual and Apomictic Sections of
Dandelions. Molecular Ecology 8,2023-2035.
Ziegenhagen B, Guillemaut P and Scholz F. 1993. A
Procedure for Mini-preparations of Genomic DNA
from Needles of Silver Fir (Abies alba Mill.). Plant
Molecular Biology Reporter 11,117-121.
www.Qiagen.com. 2004. DNeasy Plant Mini and DNeasy
Plant Maxi Handbook : for Isolation of DNA from
Plant Tissue.
15