Sejak diberlakukannya paket UU Otonomi Daerah (UU No. 22 dan No. 25
tahun 1999 yang kemudian direvisi menjadi UU No. 32 dan No. 33 tahun 2004) telah terjadi perubahan pembagian fungsi antara pemerintah pusat, provinsi dan kabupaten/kota. Sesuai dengan UU No. 22 tahun 1999 dan SK Menkes RI No. 1147 tahun 2000, maka tugas Depkes Pusat adalah menyusun kebijakan nasional, pedoman, standar, petunjuk teknis, fasilitasi dan bantuan teknis kepada daerah, sementara fungsi- fungsi yang besifat operasional sudah harus diserahkan kepada daerah (propinsi dan kabupaten/kota). Dalam sektor kesehatan, urusan yang juga harus diserahkan kepada daerah. Sesuai dengan SK Menkes 004 tahun 2003 tentang Kebijakan dan Strategi Desentralisasi Bidang Kesehatan, maka dalam rangka mencapai tujuan strategis "Upaya penataan manajemen kesehatan di era desentralisasi"