NPM : 1706103010070
Kelas : 01
Mata Kuliah : Dasar Bioteknologi
Transformasi, transduksi dan konjugasi, ketiga teknik ini adalah cara untuk mentransfer materi
genetic dari satu bakteri ke bakteri lainnya dari generasi yang sama sehingga dikenal sebagai transfer gen
horizontal atau transfer gen lateral. Perbedaan di antara semua mode transfer gen ini dengan cara diambil
warna dan kasus-kasusnya jika disederhanakan semuanya adalah gen. Metode pertukaran antara dua
bakteri dari generasi yang sama, proses transformasi dimana DNA atau fragmen DNA diambil langsung
oleh bakteri yang berdekatan di dalam transduksi DNA. Umumnya materi genetik adalah DNA sehingga
DNA ditransfer oleh virus bakteriofag dari satu bakteri ke bakteri lainnya.
Konjugasi adalah saat transfer genetik terjadi melalui kontak langsung antara bakteri baik ini dan
ketiganya dalam situasi yang berbeda. Pada semua jenis transfer gen ini melibatkan dua jenis organisme
yang terlibat dengan satu toner dan satu lagi adalah penerima donor dan penerima donor menyediakan
gen menerima dalam semua gen. Perbedaan dalam skala mayor, pertama adalah transformasi yang
merupakan optik dari fragmen DNA telanjang oleh bakteri, contoh yang biasanya terjadi saat donor sel
mulai mati fragmentasi DNA mulai terjadi di dalam sel bakteri dan kata apoptosis pekerjaan atau
kematian sel semua fragmen DNA dimulai ketika DNA kromosom yang memperkaya bakteri mulai
terdegradasi sehingga dinding sel membran sel pecah dari bakteri lebih cepat dari lingkungan, diisi
dengan fragmen DNA yang dating dari sel donor. Ketika di lingkungan yang sama ada penerima sel-sel
yang sama dari keturunan yang sama dan sel dari generasi yang sama. Sel penerima dapat merasakan
lingkungan yang dipenuhi dengan begitu banyak konten DNA dan fragmen DNA sehingga mereka dapat
dengan mudah diambil salah satu fragmennya di dalam sel, setelah diambil fragmen terssebut lalu
digabungkan kembali dengan kromosom bakteri penerima sel, maka sebagai urutan gen baru terlibat dan
dimasukkan ke dalam sel penerima dengan bantuan DNA yang tergabung disini memiliki fitur yang
berbeda.
Transduksi adalah proses dimana DNA dipindahkan dari satu bakteri ke bakteri selanjutnya
dengan bantuan virus dan virus yang menyerang bakteri dikenal sebagai bakteri untuk virus. Skenario
ketika kantong iris menginfeksi bakteri dengan menyuntikkan DNA-nya di dalam bakteri dan kemudian
mulai pecah sehingga menyebabkan kromosom bakteri menjadi fragmen. Fragmentasi terjadi di dalam sel
donor dan memiliki materi genetik di dalam virus, partikel virus kepala kadang-kadang memiliki
kesalahan yaitu mengambil sebagian kromosom bakteri. Fragmen DNA membawa kepala Farge yang
dapat memecah konten DNA bakteri dan akan ditransfer karena fudge bisa hilang dan selanjutnya
menyuntikkan DNA-nya ke sel penerima yang akan menerima salinan lainnya. Kromosom bakteri untuk
DNA bakteri dapat digabungkan lagi dengan sel penerima sehingga mereka dapat memilikinya dengan
cara ini. Pada dasarnya transformasi adalah tanpa virus apapun dari struktur virus dan prosesnya serupa
hanya mentransfer fragmen file DNA bakteri tetapi dalam transduksi mereka menggunakan virus untuk
melakukannya tetapi hanya mengambilnya secara langsung. Konjugasi merupakan sejenis interaksi
langsung antara dua bakteri ke bakteri yang berdekatan dan terlibat satu sama lain dengan bantuan
terowongan yang terbentuk. Bantuan ini adalah ini pube konjugasi yang terbentuk diantara dua sel yang
berdekatan dan melalui ini tabung yang terbentuk dapat mentransfer konten genetic dalam bentuk plasmid
Satu bakteri ke bakteri lain yang merupakan proses kontak langsung.
Perbedaan antara proses konjugasi dan transformasi ialah, pada proses konjugasi kita ketahui
dalam proses ini memiliki satu donor dan satu penerima, donor memiliki F penis F penis artinya F
singkatan kesuburan di sini dan mereka juga mengerti dari plasmid yang dikenal sebagai F plus
membutuhkan kesuburan plasmid dan plasmid F ini mengandung bakteri yang selalu menjadi donor,
karena akan menyumbangkan daging f + ini ke sel penerima dan yang membawa plasmid jenis laki-laki
biasa, menyerupai seperti laki-laki dan seperti perempuan, dalam kasus dan seluruh jenis proses ini
menyerupai reproduksi seksual. Dalam hal ini kasus dengan bantuan yang dilakukan Spillers tidak terikat
dengan penerima dan akan membentuk tabung, di tengah ini dikenal sebagai konjugasi. Pada tabung
konjugasi ini bagian tengah setelah di bentuk tabung lalu dapat dengan mudah mulai mereplikasi f +
bertemu dengan bantuan lingkaran bergulir. Mekanisme dengan bantuan rolling ini replikasi lingkaran
mulai mereplikasi dan mentransfer konten F ini.
Plasmid melalui tabung konjugasi ini ke sel bakteri yang berdekatan dan kemudian setelah
seluruh proses ini selesai kedua sel akan menerima satu salinan. Jika plasmid masing-masing karena busi
yang mana sebelumnya hadir di donor tapi sekarang penerima akan mendapatkan satu plasmid, jadi
begitu mendapat plasmid lalu member karakteristik pembuatan paling sederhana dan sekarang dapat
berinteraksi kembali dengan beberapa penerima dan lakukan hal yang sama, ini adalah gambaran
konjugasi. Dalam formasi trans terdapat fragmen DNA yang dihasilkan setelah kematian bakteri baik,
begitu bakteri mematikan komponen seluler dihancurkan dan fragmen DNA-nya mengambang di
lingkungan begitu juga bakteri lain yang berdekatan datang di dalamnya menyimpan lingkungan yang ada
fragmen di luar, jadi ada kemungkinan beberapa dari fragmen ini mengandung semacam gen resisten
antibiotik. Fragmen DNA yang mengandung gen yang kebal antibiotik ini, bakteri penerima bisa
mendapatkan resistensi antibiotik juga ide transformasi sehingga mengambil fragmen DNA dan akan
menjadi tergabung dengan sel penerima. Jadi setelah pembaruan ini mereka menggabungkan fragmen
DNA ke dalam sel dengan bantuan rekombinasi yang digunakan adalah proses rekombinasi homolog
untuk menempatkan DNA ini dengan benar.
Genom baik dengan jenisnya berkumpul di banyak fitur berbeda, fitur menghasilkan enzim yang
berbeda semacam bahan kimia atau enzim yang akan melawan antibiotik dan juga faktor resistensi
antibiotik dari pengertian yang berbeda mereka dapat berkumpul dengan ini proses transformasi yang
terakhir adalah transduksi. Proses secara detailnya, bakteri donor tempat bakteriofag menginfeksi proses
normal file vector entri adalah injeksi genom jauh di dalam bakteri inang kemudian inang DNA bakteri
terdegradasi oleh Farge. DNA itu sendiri mulai mereplikasi menghasilkan materi genetik yang lebih jauh
sekali mereka menghasilkan begitu banyak genetik dengan cepat, materi kemudian mereka
memprosesnya bahan dan memasukkannya ke dalam kapsid dari mode keturunan baru. Kemasan inilah
yang disebut dengan kemasan yang baik dengan pewarnaan DNA jauh di dalam kepala Farge. Selama ini
kemasan karena terdapat beberapa kesalahan dan terkadang mereka juga menempatkan beberapa DNA
bakteri ini masuk ke dalam kepala, tetapi sekarang ini jarang terjadi.
Lima satu dari lima besar partikel menerima kembali. DNA sekarang ditransfer pada Fargo dan
pada transfer tersebut ada di dalamnya bakteri lain. Bakteri penerima menyuntikkan DNA penerima ini
bakteri menerima konten DNA yang konten tersebut harus dipalsukan, tetapi dalam hal ini kasus itu
adalah kandungan DNA bakteri dari donor dengan cara penerima bakteri menerima sebagian dari donor
DNA bakteri dan dapat digabungkan dengan penerima genom bakteri dan menghasikan gen baru.
Persyaratan dalam semua proses ini ada keterlibatan proses yang berbeda tetapi semua proses ini
diperlukan sebagian besar untuk pengumpulan dan generasi antibiotik. Sifat resistensi oleh bakteri bahwa
dalam arti tertentu adalah perbedaannya antara transformasi konjugasi dan transduksi.
METODE ATAU TEKNIK TRANSFER GEN PADA TANAMAN
Rekayasa genetika telah memperkenalkan manusia suatu revolusi baru dalam kehidupannya, yang
dikenal sebagai revolusi gen. Penerapan rekayasa genetika dalam kehidupan manusia menghasilkan
berbagai produk yang dapat meningkatkan kesejahteraan umat manusia sesuai dengan kebutuhannya.
Produk teknologi tersebut berupa organisme transgenik atau organisme hasil modifikasi genetik
(OHMG), yang dalam Bahasa Inggris disebut dengan Genetically Modified Organism (GMO). Salah satu
contoh yang bisa dijadikan organisme transgenik itu adalah tanaman.
Teknologi pemindahan gen atau transformasi gen untuk mendapatkan tanaman transgenik dapat
dibedakan menjadi dua, yaitu langsung dan tidak langsung. Contoh transfer gen secara langsung adalah
perlakuan pada protoplas tanaman dengan eletroporasi atau dengan polyethyleneglycol (PEG),
penembakan eksplan gen dengan gene gun atau di-vortex dengan karbit silikon. Teknik pemindahan gen
secara tak langsung dilakukan dengan bantuan bakteri Agrobacterium tumefaciens.
Transformasi merupakan teknik manipulasi genetik yang telah banyak dilakukan pada tanaman
termasuk tanaman pertanian melalui media Agrobacterium. Selama ini transfer gen dengan
Agrobacterium dikembangkan untuk menghasilkan tanaman transgenik dengan sistem ketahanan tertentu
(ketahanan terhadap hama penyakit, kekeringan, herbisida) maupun untuk meningkatkan produksi
tanaman. Agrobacterium dikenal secara alami mempunyai kemampuan transfer DNA antar kingdom.
Pada tanaman, Agrobacterium biasanya digunakan sebagai agen rekayasa genetik untuk menghasilkan
tanaman transgenik. Selain itu Agrobacterium juga dapat digunakan untuk transformasi gen antar sel
hidup, misalnya dari sel prokariot ke dalam sel fungi atau sel manusia.
Secara garis besar ada dua teknik transfer gen yang telah berhasil dilakukan yaitu transfer gen
secara langsung (misalnya dengan senyawa kimia polyethylene glycol (PEG), elektroporator atau
penembak DNA) dan secara tidak langsung yaitu menggunakan bakteri tanah Agrobacterium
tumefaciens. Masing-masing teknik memiliki keunggulan dan kelemahan. Teknik transfer DNA secara
langsung ada kecenderungan menyisipkan DNA dengan jumlah salinan yang banyak, sehingga teknik
transformasi Agrobacterium menjadi alternatif pilihan. Semakin banyak jumlah salinan gen yang
disisipkan dapat menyebabkan ekpresi gen kurang stabil. Hal ini akibat adanya pembungkaman gen dan
proses penyusunan kembali (rearrangement) yang semakin tinggi. Penerapan teknologi trasformasi gen
memungkinkan penyisipan gengen penting saja, sehingga diharapkan tidak merubah sifat yang lain.
Transformasi gen pada tanaman merupakan upaya untuk memperbaiki sifat genetik tanaman.
Transformasi genetik pada tanaman pertanian merupakan prosedur yang rutin dilakukan untuk
mendapatkan varietas tanaman unggul. Ada dua bakteri tanah yang biasanya digunakan dalam
transformasi pada tanaman yaitu Agrobacterium tumefaciens dan Agrobacterium rhizogenes yang
mengakibatkan tumor dan hairy root pada tanaman dikotil. Walaupun penyakit yang disebabkan oleh
kedua bakteri di atas berbeda, tetapi proses atau mekanisme infeksinya sama. Agrobacterium mempunyai
kemampuan untuk mentransfer T-DNA dari plasmid yang dikenal dengan Ri plasmid (root inducing
plasmid) ke dalam sel tanaman melalui pelukaan.
Proses transfer genetik dari Agrobacterium pada sel tanaman melalui beberapa tahap, pertama
kolonisasi bakteri yang erupakan tahapan awal yang penting untuk menginduksi terbentuknya tumor.
Tahap ini berperan pada saat Agrobacterium menempel pada permukaan sel tanaman. Polisakarida yang
terdapat pada permukaan sel Agrobacterium berperan penting dalam proses kolonisasi.
Kedua, induksi sistem virulen bakteri Transfer T-DNA yang ditunjukkan dengan produk yang
dikode oleh 30-40 kb daerah Vir pada Ti plasmid. Daerah ini sedikitnya terdiri dari enam operon esensial
( Vir A, Vir B, Vir C, Vir D, Vir E dan Vir G) dan operon non esensial (Vir F dan Vir H). Jumlah gen
masing-masing operon berbeda, Vir A, Vir G dan Vir F hanya terdiri dari satu gen; Vir C, Vir E dan Vir
H terdiri dari dua gen; sedangkan Vir D dan Vir B mempunyai masing-masing empat dan tujuh gen. Vir
A-Vir G merupakan dua komponen sistem yang mengaktifkan transkripsi pada gen Vir yang lain.
Ketiga, aktivasi gen Vir menghasilkan generasi molekul single strand (ss) yang menghadirkan
copy strand T-DNA. DNA yang terletak diantara batas T-DNA akan ditrnasfer ke dalam sel tanaman
sebagai ssDNA, dan kemudian berintegrasi ke dalam genom tanaman. Protein Vir D1 dan Vir D2
merupakan protein yang berperan penting pada tahap ini, dengan mengenali sekuen batas T-DNA dan
nicking ( aktivitas endonuklease) pada strand bawah di setiap batas. Pada daerah nick diasumsikan
sebagai tempat inisiasi dan terminasi untuk pemulihan strand T. Setelah terjadi pemotongan
endonukleotida, Vir D2 secara kovalen akan menempel pada ujung 5' pada ss strand T. Asosiasi ini
mencegah eksonukleolitik pada ujung 5' pada ss strand T dan membedakan ujung 5’ sebagai pemeran
penting dalam komplek transfer T-DNA.
Keempat, Transfer T-DNA meliputi dua model untuk translokasi kompleks T-DNA Sarana
transfer ke dalam nukleus tanaman adalah komplek protein ssT-DNA. Ini harus ditranslokasi ke dalam
nukleus tanaman melalui tiga membran, dinding sel tanaman dan ruang seluler. Berdasrkan model yang
paling banyak diterima adalah kompleks ss T-DNA Vir D2 yang dilingkupi 69 kDa protein Vir E2,
ssDNA binding protein. Asosiasi ini mencegah nuklease dan penambahan perpanjangan strand ss TDNA
sehingga mengurangi diameter kompleks sekitar 2 nm. Hal ini mengakibatkan translokasi melalui
membran menjadi lebih mudah. Walaupun demikian, asosiasi tersebut tidak dapat menstabilkan kompleks
T-DNA dalam Agrobacterium. Vir E2 terdiri dari dua signal tanaman yaitu NLS (nuclear location signal)
dan Vir D2 terdiri dari satu NLS.
Metode transfer DNA yang umum digunakan pada tanaman monokotil adalah elektroporasi dari
protoplas, perlakuan polythyleneglycol (PEG) pada protoplas dan kombinasi antara dua perlakuan tersebut
di atas. PEG memudahkan presipitasi DNA dan membuat kontak lebih baik dengan protoplas, juga
melindungi DNA plasmid mengalami degradasi dari enzim nuklease. Sedangkan elektroporasi dengan
perlakuan listrik voltase tinggi menyebabkan permeabilitasi tinggi untuk sementara pada membran sel
dengan membentuk pori-pori sehingga DNA mudah penetrasi ke dalam protoplas.
Metode transfer gen lain yang kurang umum digunakan dalam transformasi tanaman tetapi telah
dilaporkan berhasil mentransformasi jagung, dan turfgrass adalah penggunaan karbid silikon (silicon
carbide). Suspensi sel tanaman yang akan ditransformasi dicampur dengan serat silicon carbide dan DNA
plasmid dari gen yang diinginkan dimasukkan ke dalam tabung Eppendorf, kemudian dilakukan
pencampuran dan pemutaran dengan vortex. Serat karbid berfungsi sebagai jarum injeksi mikro (micro
injection) untuk memudahkan transfer DNA ke dalam sel tanaman. Metode ini telah digunakan dan
menghasilkan tanaman jagung transgenik yang fertil.
Selanjutnya teknik paling modern dalam transformasi tanaman adalah penggunaan metoda gene
gun atau particle bombardment. Metode transfer gen ini dioperasikan secara fisik dengan menembakkan
partikel DNA-coated langsung ke sel atau jaringan tanaman. Dengan cara partikel dan DNA yang
ditambahkan menembus dinding sel dan membran, kemudian DNA melarut dan tersebar ke dalam secara
independen. Dari banyak teknik transfer gen yang berkembang, teknik melalui media
vector Agrobacterium tumefaciens paling sering digunakan untuk melakukan transformasi tanaman,
terutama tanaman kelompok dikotil. Bakteri ini mampu mentransfer gen ke dalam genom tanaman
melalui eksplan baik yang berupa potongan daun (leaf disc) atau bagian lain dari jaringan tanaman yang
mempunyai potensi beregenerasi tinggi.