I.

CARA KERJA

Situs NCBI dibuka.

Kotak search nucleotide for diisi dengan nama gen (kode gen) yang akan dianalisis
(diberi keterangan bahwa gen yang ingin diteliti adalah gen pada Homo sapiens)
 ↓

Dipilih gen yang akan dianalisis.

(Gen kode NM_000125)

(Gen kode NM_000283.3)

Dengan mengacu pada sekuen cDNA, probe dibuat dengan mem-block sekuen pada
origin yang masuk dalam region CDS dengan mouse sepanjang yang diinginkan,
kemudian dicopy.
 (Origin CDS kode gen NM_000125)

(Copy rancangan probe pendek kode gen NM_000125)

(Copy rancangan probe sedang kode gen NM_000125)

(Copy rancangan probe panjang kode gen NM_000125)

 (Origin CDS kode gen NM_000283.3)

(Copy rancangan probe pendek kode gen NM_000283.3)

 (Copy rancangan probe sedang kode gen NM_000283.3)

(Copy rancangan probe panjang kode gen NM_000283.3)

Keluar dari halaman tersebut, atau dibuka lagi situs yang sama. Diklik menu BLAST.
 ↓

Dipilih nucleotide-nucleotide blast (blastn), kemudian diklik.

Rancangan probe tersebut di paste-kan pada kotak QUERY untuk mencari

komplemennya.
(Paste rancangan probe pendek kode gen NM_000125)

(Paste rancangan probe sedang kode gen NM_000125)

(Paste rancangan probe panjang kode gen NM_000125)

(Paste rancangan probe pendek kode gen NM_000283.3)

(Paste rancangan probe sedang kode gen NM_000283.3)

 (Paste rancangan probe panjang kode gen NM_000283.3)

BLAST diklik. Setelah muncul halaman baru, diklik FORMAT, maka akan muncul hasil
format pada new window.

Analisis lebih lanjut dilakukan untuk mengetahui apakah probe tersebut spesifik atau
tidak dengan memperhatikan banyaknya kompetitor dan presentase komplemennya
dibandingkan dengan gen target (catatan: hanya pada human, bukan organisme lain).

3 buah probe dirancang, dan dibandingkan mana yang paling baik serta diberi alasannya.

Ditentukan promotor/TATA Box dari gen tersebut.