Mata Kuliah Virologi, Semester VI

DASAR-DASAR VIROLOGI

BIOMOLEKULER VIRUS
Hj.Maria T Siregar, M.Biomed
 Bentuk Partikel Virus

Bulat Batang

Polihedral Seperti huruf T

Bentuk Partikel Virus sesuai dengan
asam nukleatnya (Virus DNA)
Bentuk Partikel Virus sesuai dengan
asam nukleatnya (Virus RNA)
 Istilah: Partikel Virus
• ASAM NUKLEAT:
materi genetik virus, dapat berupa DNA atau RNA saja
• CAPSID:
Lapisan protein yang membungkus asam nukleat.
• NUCLEOCAPSID:
kompleks kapsid - asam nukleat yang membungkus genom virus
• CAPSOMERES:
sejumlah subunit yang membentuk capsid. Capsomer ini
merupakan satuan bentuk/ unit morphologic yang dapat dilihat
pada mikroskop elektron pada permukaan partikel virus bentuk
icosahedral
 Istilah: Partikel Virus
• STRUCTURAL UNITS (PROTOMER): protein yang membentuk
kapsomer. Protomer ini biasanya terdiri lebih dari satu protein
subunit yang tidak sama.

• ENVELOPE/ SELUBUNG:
Lapisan lipid bilayer dan protein yang membungkus partikel
virus . Envelope ini merupakan komponen luar dari suatu virion.

• VIRION:
merupakan partikel virus yang lengkap.
Pada beberapa virus seperti papillomaviruses, picornaviruses
virion ini identik dengan nukleokapsid
Sedangkan pada virus yang lebih komplek, seperti herpesviruses,
orthomyxoviruses, virion terdiri dari nukleokapsid plus envelope
Struktur Partikel Virus
 Struktur Partikel Virus

Virus envelope dengan icosahedral

Virus envelope dengan helical

 Genome Virus
 Virus mengandung satu materi genetik saja: DNA atau RNA
yang berbentuk linier atau sirkuler
– Double stranded DNA (ds DNA)
– Single stranded DNA (ss DNA)
– Double stranded RNA (ds RNA)
– Single stranded RNA (ss RNA)

 Virus yang terkecil hanya mengandung 4 gen sedang virus terbesar

mengandung sampai beberapa ratus gen.

 Bahan genetik tersebut diselubungi lapisan protein yang disebut

kapsid. Kapsid bisa berbentuk bulat (sferik) atau heliks dan terdiri
atas protein yang disandikan oleh genom virus
 Genome Virus

• RNA or DNA ds DNA ss DNA

• Double or single-
stranded
ss RNA ds RNA
• Segmented or nonsegmented segmented

nonsegmented
Genome Virus
Struktur virus dan
ukuran gennya
(kbp DNA)
Sejarah sekuensing genom virus
 Struktur Virus
Bentuk kapsid
Struktur Virus

Bentuk kapsid

Helical

Icosahedral (cubic)
 Kapsid
• Lapisan protein yang
membungkus asam
nukleat.
• Capsid terdiri dari
sejumlah kapsomer yang
terikat satu sama lain
dengan ikatan nonkovalen
(ikatan hydrophobic, ikatan
hydrogen ikatan garam)
• Fungsi
– Pelindung asam nukleat
– Mempermudah
penempelan pada sel host
untuk masuknya asam
nukleat kedalam sel host
Envelopes
• Mengandung
– Lipid dari membran sel
host
– Proteins
– Glycoproteins

• Fungsi
– Pengenalan / penempelan
pada host cell
RNA DAN DNA
 STRUKTUR DNA
• Molekul DNA sangat panjang,
dinyatakan dengan base pairs (bp).
• 1 kbp = 1000 bp
• DNA merupakan makromolekul yang
berisi rantai nukleotida, dan berperan
membawa informasi genetik
• Terdapat di dalam kapsid
• Struktur : asam fosfat, gula deoksiribosa,
basa purin: A, G dan basa pirimidin : C, T.
Ikatan khas : A-T, G-C
• Jumlah basa A = T dan G = C
 STRUKTUR DNA
• Virus DNA stabil
• Tiap spesies :
1. Panjang DNA berbeda
2. Urutan basa berbeda
• Kemampuan DNA : replikasi dan
transkripsi
replikasi menghasilkan DNA baru
transkripsi menghasilkan RNA
 STRUKTUR RNA
Molekul RNA:
• untai tunggal atau ganda
• Virus RNA tidak stabil
• Mengandung komponen gula yang
tersusun dari gula ribosa, fosfat, dan
basa
• Basa purin: adenin (A) dan guanin (G)
• Basa pirimidin: sitosin (C) dan urasil (U)
• Ikatan: A-U, G-C
 Bakteriofage
• Bakteriofage  virus yang menginfeksi bakteri
• Banyak kesamaan dengan virus sel hewan

Model pada sistem sel Hewan

• Siklus hidup Bakteriofage  gen bakteri dapat
ditransfer dari satu bakteri ke bakteri lain
• Ukuran: 20-200 nm
 Komposisi Bakteriofage
• Dua komposisi umum
- Asam nukleat
- Protein
• Asam Nukleat
- ssRNA, dsRNA, ssDNA dan dsDNA
- Panjangnya: 5-500 kb
• Faga yang sederhana 3-5 gen  mengkopi 1-2
jenis protein
• Faga kompleks  >100 gen mengkopi banyak
jenis protein
Struktur Bakteriofage
Terima kasih
CENTRAL DOGMA
DNA Replication

Transcription Translation
 GEN
• Satuan informasi genetik yang terdiri atas suatu
urutan nukleotida spesifik dalam DNA (RNA pada
beberapa virus)
• Gen adalah segmen genom yang akan
ditranskripsi menjadi RNA ➟translansi➟ Protein
• Ekspresinya dipengaruhi oleh lingkungan internal
atau eksternal seperti perkembangan fisik atau
perilaku dari organisme itu
• Variasi herediter dilihat dari karakter spesifik
yang berbeda. Karakter spesifik yang berbeda
menyebabkan variasi antar spesies dan variasi
intra spesies variasi gen.
Genom
• Genom keseluruhan informasi genetik (DNA) yang
terdapat dalam suatu sel dari suatu organisme
• Informasi biologi yang dibutuhkan untuk membangun
dan mempertahankan kehidupan suatu organisme
• Meliputi DNA dan RNA yaitu suatu molekul polimer yang
berbentuk linier, terdiri dari subunit monomer yang tidak
bercabang yang disebut nukleotida.
Genom & Gen
SEJARAH
• awal 1970-an : DNA inti dihubungkan oleh protein
pengikat DNA  HISTON
• 1973-1974: Nuclease protection experiment pada
KROMATIN (kompleks DNA-histon)
• 1974: Kromatin hasil purifikasi dg mikrogram
elektron  NUKLEOSOM: 8 histon (H2A,
H2B, H3 & H4) berbentuk oktamer
barrel yg dikelilingi DNA sebanyak 2 kali
putaran
• Teori mengenai genome & gen semakin berkembang hingga
saat ini sesuai perkembangan di bidang biomolekuler.
 GENOM

• Informasi biologi yang terkandung dalam

genom disandi dalam sekuens nukleutida
masing-masing molekul DNA atau RNA dan
dibagi dalam unit yang terpisah-pisah yang
dinamakan gen
• genom terbuat dari satu atau lebih molekul
DNA yang panjang dan terkemas ke dalam
struktur tertentu yang disebut kromosom
 Materi genetik disimpan dalam sel
(prokariot) dan 2 organel sel: nukleus &
mitokhondria (eukariot)
 Hanya 3% fraksi genom yang dikode
menjadi protein
Kromosom

• Di dalam nucleus, DNA diorganisasikan

bersama dengan protein (histon oktemer –
H1,H2a,H2b,H3,H4) menjadi materi yang
disebut sebagai nukleosom,
• polimer dari nukleosom disebut kromatin
• Kromatin kusut yang berbentuk benang akan
menggulung (memadat), menjadi cukup tebal
untuk bias dibedakan sebagai struktur
terpisah yang disebut kromosom
 Kromosom
• Dengan demikian kromosom dapat didefinisikan
sebagai suatu struktur mikroskopik dengan bentuk
seperti benang yang dapat terdapat dalam nukleus
baik sel eukariot maupun prokariot
• Dan membawa hampir semua informasi genetik dari
organnisme tersebut. Setiap molekul DNA dibungkus
dalam kromosom, dan seluruh informasi genetik
tersimpan dalam kromosom-kromosom suatu
organisme yang disebut dengan genom.
 kromosom dibentuk dari
molekul DNA yang mengandung
banyak gen
Nuclear Genom
• Carter, J., Venetia Saunders. 2007. Virologi, principles and applications. John Wiley
& Sons Ltd. School of Biomolecular Sciences, Liverpool John Moores University,
UK.
• Knipe, David M.; Howley, Peter M. 2007. Fields Virology, 5th Edition. Lippincott
Williams & Wilkins