NAMA : DINA SIMANJUNTAK

NPM : 1943057051

TUGAS E-LEARNING BIOTEKNOLOGI

Carilah pengertian dari beberapa istilah berikut ini:

1. Enzim restriksi

2. Situs restriksi

3. Vektor, plasmid

4. DNA rekombinan

5. Sel kompeten

6. Transformasi

7. Sel inang/host

Jawaban:

1. Enzim Retriksi
Merupakan suatu enzim yang berasal dari mikroba yang bisa memotong sekuens atau urutan DNA
untai ganda. Enzim restriksi ini memiliki nama lain yaitu endonuklease restriksi. Enzim ini
bekerja dengan memotong sekuens DNA secara spesifik dengan memotong 4 sampai dengan 6
pasangan basa. Enzim restriksi ini memotong sekuens DNA pada rangka gula fosfatnya tanpa
merusak susunan basa nitrogennya.

Jenis – Jenis Enzim Restriksi

Enzim restriksi secara tradisional dibedakanmenjadi 3 tipe berdasarkan komposisi
subunit, posisi pemotongan, spesifisitas sekuens dan kofaktor yang dibutuhkan, yaitu :
 Enzim restriksi tipe I
Enzim restriksi ini kompleks dengan multisubunit, memotong DNA secara
acak dan jauh dari sekuens pengenalannya.Mulanya enzim ini dikira langka,
namun sesudah analisis sekuens genom, enzim ini ternyata umum. Enzim
restriksi tipe I ini mempunyai pengaruh besar dalam biokimia, namun
memiliki nilai ekonomis yang rendah sebab tidak dapat memproduksi
potongan fragmen DNA yang diinginkan sehingga tidak diproduksi.
 Enzim restriksi tipe II
Enzim ini memotong DNA dekat atau pada situs pengenalan. Enzim ini
memproduksi fragmen-fragmen sesuai dengan yang diinginkan maka biasa
digunakan untuk analisis DNA dan kloning gen.
 Enzim tipe II yang umum digunakan adalah HhaI, HindIII, EcoRI, dan NotI;
dan enzim-enzim tersebut tersedia secara komersil. Enzim ini termasuk kecil
dengan subunit yang mempunyai 200-350 asam amino dan memerlukan Mg2+
sebagi kofaktor.
Lalu enzim jenis tipe II yang umum, biasanya digolongkan sebagai tipe IIs,
adalah FokI dan AlwI. Enzim ini memotong di luar situs pengenalan, memiliki
ukuran yang sedang, 400-650 asam amino, dan memiliki 2 domain khusus.
Domain pertama untuk berikatan dengan DNA, sedangkan domain yang
satunya untuk memotong DNA.
 Enzim restriksi tipe III
Enzim restriksi tipe III ini merupakan enzim restriksi yang tidak digunakan
dalam laboratorium. Hal ini disebabkan enzim ini memotong di luar situs
pengenalan dan memerlukan dua sekuen dengan orientasi berlawanan pada
DNA yang sama untuk menyelesaikan pemotongan sehingga enzim ini jarang
memproduksi potongan sempurna.

Mekanisme Kerja Enzim Restriksi

Enzim restriksi memotong DNA dalam 2 cara dan hasil yang berbeda, yaitu:

1. Hasil pemotongan berujung tumpul (blunt atau flush end)

Enzim ini memotong secara simetris antara kedua utas DNA maka menciptakan ujung
tumpul. Contoh enzim yang menghasilkan pola seperti ini ialah SmaI

2. Hasil pemotongan berujung lancip atau lengket (sticky atau cohesive ends)

Pola seperti ini lebih mudah melekat (annealing) dengan pasangan DNA nya sebab
adanya ikatan basa antara ujung-ujung yang menggantung.

 Ujung menggantung 5’ : Enzim ini memotong secara asimetris pada situs

pemotongan, memproduksi hasil pemotongan memanjang pada ujung 5’. Contoh
enzim yang menghasilkan ujung menggantung 5’ ialah BamHI
 Ujung menggantung 3’, Enzim ini juga memotong secara asimetris pada situs
pengenalan, tetapi menciptakan hasil pemotongan memanjang pada ujung 3’.
Contoh enzim yang menghasilkan pola seperti ini ialah KpnI.

2. Situs Retriksi
Situs Retriksi atau sering disebut juga situs pengenalan merupakan sekuen DNA yang
menjadi tempat menempelnya enzim restriksi dan melakukan pemotongan pada sekuen
tersebut. Enzim restriksi yang mempunyai sekuen pengenalan yang pendek akan
menghasilkan banyak potongan DNA; sedangkan jika mempunyai sekuen pengenalan yang
panjang, akan dihasilkan potongan DNA yang lebih sedikit. Baik enzim yang mempunyai
sekuen pemotongan pendek maupun panjang, mempunyai fungsi masing-masing dalam
rekayasa genetika.
 Beberapa enzim sering yang digunakan dalam laboratorium dibagi menjadi tiga
berdasarkan perkiraan pemotongan:

 6-cutters
Ezim restriksi yang tergolong dalam 6-cutters memiliki situs pemotongan
yang spesifik pada 6 nukleotida. Ezim ini cocok digunakan untuk pekerjaan
kloning sehari-hari karena enzim ini lumayan sering memotong satu atau dua
situs pada plasmid, namun jarang memotong bagian penting seperti titik asal
replikasi (origin of replication) atau gen resisten ampisilin.Contoh enzim 6-
cutters adalah HindIII (A AGCTT) yang memotong genome bakteriofage
lambda (48 kbp) pada 7 situs

 8-cutters
Enzim restriksi ini mempunyai situs pengenalan sepanjang 8 nukleotida;
cocok digunakan untuk membentuk kromosom menjadi potongan-potongan
yang spesifik dalam ukuran yang besar. Sebagai contoh: PacI (enzim 8-
cutters) memotong-motong kromosom E. coli menjadi 20 bagian, sedangkan
BamHI (enzim 6-cutters) memotong sekitar 300 bagian. Jika langsung
menggunakan enzim 6-cutters, maka fragmen yang dihasilkan terlalu kecil dan
banyak. Untuk itu digunakan enzim 8-cutters terlebih dahulu, kemudian
dilanjutkan dengan menggunakan enzim 6-cutters.

 4-cutters
Enzim restriksi ini cocok untuk percobaan yang menginginkan pemotongan
pada beberapa situs yang potensial. Contohnya: jika ingin mengumpulkan
fragmen DNA secara acak, dan pada potongan tersebut terdapat gen yang
diinginkan; dapat dilakukan digestsi parsial (partial digestion) menggunakan
enzim 4-cutters.

Hasil Pemotongan Enzim Restriksi

Enzim restriksi yang biasa digunakan dalam laboratorium biologi molekuler
memotong molekul DNA pada situs pengenalan dan menghasilkan salah satu dari
ketiga jenis pola hasil pemotongan.

3. Vektor dan Plasmid

Vektor merupakan molekul DNA yang membawa suatu DNA asingkedalam sel inang,
dengan harapan sifat yang ada pada DNA asing tersebutdapat terekspresi dalam sel
inang. Salah satu vektor yang bisa digunakan untukmembawa molekul DNA asing
masuk dalam sel inang adalah plasmid. Plasmiddigunakan untuk melakukan rekayasa
pada berbagai organisme yang tidak bisadiperoleh secara alami. Rekayasa ini
dilakukan pada tingkat genetik sehinggadisebut sebagai rekayasa genetika.
Plasmid adalah molekul DNA yang berbentuk sirkuler dan mempunyai untaian ganda
yang dapat mereplikasi diri. Plasmid biasanya dapat ditemukan pada bakteri. Di
 dalam satu sel dapat ditemukan lebih dari satu plasmid dengan ukuran yang bervariasi
namun semua plasmid tidak menyandikan fungsi yang penting dalam pertumbuhan sel
tersebut. Umumnya plasmid menyandikan gen – gen yang diperlukan agar dapat
bertahan pada keadaan yang kurang menguntungkan sehingga bila keadaan kembali
normal, DNA plasmid dapat dibuang. Plasmid juga dapat memperbanyak diri melalui
proses replikasi yang sehingga dapat terjadi pengklonan DNA yang menghasilkan
plasmid dalam jumlah yang banyak. Karena sifat-sifat plasmid yang menguntungkan,
maka plasmid digunakan sebagai vektor atau pembawa gen untuk memasukkan gen
ke dalam sel target.
Agar dapat digunakan sebagai vektor, plasmid harus memiliki syarat-syarat
diantaranya sebagai berikut :

1.Ukurannya relatif kecil dibanding dengan pori dinding sel inangnya

2.Mempunyai sekurang-kurangnya dua gen marker yang dapat menandai

masuktidaknya plasmid ke dalam sel inang

3.Mempunyai tempat pengenalan restriksi sekurang-kurangnya di dalam salahsatu

marker yang dapat digunakan sebagai tempat penyisipan fragmen DNAasing

4. DNA Rekombinan
DNA rekombinan atau rDNA adalah suatu bentuk DNA buatan yang dibuat dengan cara
menggabungkan atau merekombinasi dua atau lebih untaian benang DNA yang dalam keadaan
normal tidak berpasangan atau terjadi bersama.
Proses rekombinasi DNA yang umum dilakukan adalah dengan menggabungkan untaian DNA
dari dua organisme yang berbeda. Bergabungnya dua DNA dari organisme yang berbeda misalnya
pada suatu plasmid bakteri dibantu oleh enzim ligase. Teknologi DNA rekombinan melalui teknik
pemotongan DNA merupakan salah saktu bukti penguat yang menunjukkan bahwa DNA adalah
suatu unit pewarisan.
Teknologi DNA rekombinan adalah pembentukan kombinasi materi genetik yang
baru dengan cara penyisipan molekul DNA ke dalam suatu vektor sehingga
memungkinkannya untuk terintegrasi dan mengalami perbanyakan di dalam suatu sel
organisme lain yang berperan sebagai sel inang.
Teknologi DNA rekombinan mempunyai dua segi manfaat. Pertama, dengan
mengisolasi dan mempelajari masing-masing gen akan diperoleh pengetahuan tentang
fungsi dan mekanisme kontrolnya. Kedua, teknologi ini memungkinkan diperolehnya
produk gen tertentu dalam waktu lebih cepat dan jumlah lebih besar daripada produksi
secara konvensional.

5. Sel Kompeten
Sel bakteri yang telah mengalami suatu perlakuan fisik sehingga dapat memperoleh
kemampuan untuk mengambil DNA asing adalah sel kompeten. Sel Kompeten
(Competent Cells, CC, C-Cells) adalah sel (bakteri atau yeast) yang telah mengalami
perubahan dalam hal tingkat permeabilitasnya. Artinya membran sel dari bakteri atau
yeast tersebut mampu dilewati oleh plasmid DNA, sehingga DNA yang telah masuk
tersebut akan bertambah dan bertambah seiring pembelahan sel mikroba tersebut.
6. Transformasi
Transformasi DNA merupakan salah satu metode untuk memasukkan DNA ke dalam
sel bakteri. Metode transformasi ini pertama kali dikembangkan untuk memindahkan
sifat-sifat genetika yang membawa kenyataan bahwa DNA adalah bahan genetika.
Meskipun transformasi telah dieksploitasi untuk mempelajari pautan gen pada
berbagai organisme, metode ini sekarang secara luas dipakai untuk mentransfer
plasmid-plasmid kecil dari satu galur bakteri ke galur lainnya. Prinsip dari
transformasi adalah dengan ekstraksi DNA dari sel donor, kemudian dicampur dengan
sel resipien yang telah dibuat rentan terhadap masuknya molekul DNA melalui pori
atau saluran dalam dinding dan membran sel. Bila molekul DNA yang masuk berupa
plasmid, maka replikasi plasmid dapat dimungkinkan dengan genom inang yang baru
selama transformasi.

7. Sel inang/host
Sel inang adalah organisme yang menampung virus, parasit, partner mutualisme, atau
partner komensalisme, umumnya dengan menyediakan makanan dan tempat
berlindung.
Inang, dalam biologi, adalah organisme yang menampung virus, parasit, partner
mutualisme, atau partner komensalisme, umumnya dengan menyediakan makanan
dan tempat berlindung. Contohnya suatu sel dapat menjadi inang bagi virus, gulma
dapat menjadi inang bagi bakteri pengikat nitrogen, dan hewan dapat menjadi inang
bagi cacing parasitik seperti nematoda. Inang primer atau inang definitif adalah
tempat parasit tumbuh dewasa. Inang sekunder atau inang antara adalah inang yang
menampung parasit hanya untuk periode transisi yang sebentar.