Nama : Dwi Handayani

Npm : 1943057001

1. Apa yang dimaksud dengan teknik PCR?

PCR (Polymerase Chain Reaction) merupakan suatu teknik perbanyakan (amplifikasi) potongan DNA
secara in vitro pada daerah spesifik yang dibatasi oleh dua buah primer oligonukleotida. Primer yang
digunakan sebagai pembatas daerah yang diperbanyak adalah DNA untai tunggal yang urutannya
komplemen dengan DNA templatnya. Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA secara in
vivo yang bersifat semi konservatif

PCR (Polymerase Chain Reaction) untuk mendeteksi keberadaan material genetik

dari sel, bakteri, atau virus yang prinsip kerjanya memperbanyak (amplification) DNA
dan RNA secara enzimatis. Tehnik PCR telah dikembangkan untuk diagnosis
berbagai penyakit infeksi,seperti Infeksi human immunodeficiency virus (HIV),
Hepatitis, Infeksi cytomegalovirus, Infeksi human papillomavirus (HPV), Gonore,
Klamidia, Penyakit Lyme, Pertusis (batuk rejan), M. Tuberculosis dan untuk
mendeteksi Virus SARS CoV-2 Penyakit Covid-19.

2. Gambarkan tahapan apa saja pada PCR?

Cara Kerja PCR

Kunci dalam pelaksanaan reaksi PCR membutuhkan Taq Polymerase, Primer, DNA
templat dan nukleotida (blok pembangun DNA). Keseluruhan bahan digabung dalam
sebuah tube, bersama kofaktor yang dibutuhkan oleh enzim, dan melewati siklus
pemanasan dan pendingan berulang yang memungkinkan terjadinya amplifikasi
DNA.

Langkah kerja PCR melewati 3 tahap berikut:

Denaturation / denaturasi (96°C): Pada proses denaturasi, panas

mempengaruhi strand DNA akan terpisah menjadi DNA beruntai tunggal (single-
stranded).

Annealing / penempelan (55-65°C): Pada tahap penempelan ini, suhu annealing

primer akan menempel dan berikatan pada daerah komplementer pada sekuen
single-stranded DNA.
Extension / elongasi (72°C): Pada suhu ini Taq polymerase melakukan
pemanjangan membentuk strand DNA baru.

Siklus ini berulang 25-35 kali dalam reaksi PCR, dimana membutuhkan waktu
sekitar 2-4 jam bergantung pada Panjang DNA yang ingin dikopi. Jika reaksinya
efisien, wilayah target dapat berubah dari hanya satu atau beberapa salinan menjadi
milyaran. Karena ada banyak salinan atau untai ganda primer dan banyak molekul
Taq polymerase yang mengambang di sekitar reaksi, sehingga jumlah molekul DNA
kira-kira bisa berlipat ganda dalam setiap putaran siklus.

3. Bagaimana cara menganalisi hasil PCR

Hasil dari reaksi PCR dapat divisualisasi menggunakan Gel Electrophoresis. Prinsip

dari gel electrophoresis yaitu pemanfaatan kutub positif dan negatif elektroda untuk
menarik fragmen DNA didalam matriks gel berarus listrik sehingga fragmen DNA
terpisah berdasarkan ukurannya. Sebagai standar digunakan DNA ladder untuk
mengukur ukuran suatu fragment DNA hasil PCR. Fragmen DNA dengan panjang
yang sama membentuk ‘pita’ pada gel, yang dapat dilihat dengan mat ajika gel
diwarnai dengan pewarna pengikat DNA. Sebagai contoh, reaksi PCR yang
menghasilkan fragmen 400 base pair (bp) terlihat seperti pada gel.

4. Jelaskan apa yang dimaksud dengan Elson, intron, dan DNA Polimerase

a. Ekson

adalah wilayah pengkodean gen yang berisi informasi yang diperlukan untuk
menyandikan protein. Pada eukariota, gen terdiri dari ekson pengkode yang diselingi
dengan intron non-koding. Intron ini kemudian dihapus untuk membuat messenger
RNA berfungsi (mRNA) yang dapat diterjemahkan menjadi protein.

Ekson terdiri dari potongan-potongan DNA yang akhirnya akan diterjemahkan ke dalam
asam amino dan protein. Dalam DNA organisme eukariotik, ekson dapat bersama-sama
dalam gen kontinu atau dipisahkan oleh intron dalam gen terputus-putus. Ketika gen
ditranskripsi ke pra-mRNA, transkrip mengandung intron dan ekson. Pra-mRNA
kemudian diproses dan intron dikeluarkan dari molekul. MRNA yang matang bisa
menjadi beberapa ratus hingga beberapa ribu nukleotida panjang.

MRNA matang terdiri dari ekson dan daerah pendek yang tidak diterjemahkan (UTRs) di
kedua ujungnya. Ekson membentuk kerangka pembacaan akhir yang terdiri dari
nukleotida yang disusun dalam triplet. Bingkai pembacaan dimulai dengan kodon start
(biasanya AUG) dan berakhir dalam kodon terminasi. Nukleotida disusun dalam triplet
karena setiap asam amino dikodekan oleh urutan tiga nukleotida.

Fungsi ekson

Ekson adalah bagian dari pengkodean DNA yang menyandikan protein. Kode ekson
yang berbeda untuk domain protein yang berbeda. Domain dapat dikodekan oleh ekson
tunggal atau beberapa ekson yang disatukan. Kehadiran ekson dan intron
memungkinkan evolusi molekuler yang lebih besar melalui proses pengurutan ekson.
Ekson shuffling terjadi ketika ekson pada kromosom sister dipertukarkan selama
rekombinasi. Ini memungkinkan pembentukan gen-gen baru.
Ekson juga memungkinkan beberapa protein untuk diterjemahkan dari gen yang sama
melalui splicing alternatif. Proses ini memungkinkan ekson diatur dalam berbagai
kombinasi ketika intron dihilangkan. Konfigurasi yang berbeda dapat mencakup
penghapusan ekson secara lengkap, dimasukkannya bagian dari ekson, atau
dimasukkannya bagian dari intron.

b. Intron

Intron adalah urutan nukleotida yang ditemukan dalam gen dan hilang saat
penyambungan RNA ketika sebuah molekul RNA matang dihasilkan; di sisi
lain, ekson adalah urutan asam nukleat yang hadir dalam molekul RNA
matang. Pada dasarnya, intron adalah basa DNA yang ditemukan di antara
ekson sementara ekson dapat digambarkan sebagai basa DNA yang
diterjemahkan ke mRNA.
Struktur

Secara umum, intron lebih panjang daripada ekson; mereka dapat membentuk hingga
90% dari gen dan dapat memiliki lebih dari 10.000 nukleotida. Intron lazim dalam gen;
lebih dari 90% gen manusia mengandung intron dengan rata-rata sembilan intron per
gen.

Fungsi

Meskipun intron awalnya – dan sampai tingkat tertentu masih – dianggap “sampah
DNA”, telah menunjukkan bahwa intron kemungkinan memainkan peran penting dalam
regulasi dan ekspresi gen. Karena intron menyebabkan peningkatan panjang gen, ini
meningkatkan kemungkinan penyilangan dan rekombinasi antara kromosom saudara.
Intron meningkatkan variasi genetik dan dapat menghasilkan varian gen baru melalui
duplikasi, penghapusan, dan pengocokan ekson. Intron juga memungkinkan untuk
splicing alternatif. Hal ini memungkinkan gen tunggal untuk menyandikan banyak
protein karena ekson dapat dirakit dengan berbagai cara.

c. DNA polimerase 

adalah enzim penting dalam replikasi DNA maupun dalam reparasi DNA.[1] DNA polimerase

merupakan suatu enzim yang mengkatalisasi reaksi polimerisasi deoksiribonukleotida menjadi
untai DNA, dengan kata lain enzim ini mengkatalisasi reaksi pembentukan DNA. DNA
polimerase pertama kali ditemukan pada tahun 1957  oleh Arthur Kornberg. DNA polimerase
membaca untai DNA utuh sebagai cetakan dan menggunakannya untuk membentuk untai baru.
Molekul polimer yang baru terbentuk merupakan komplemen atau pasangan dari untai yang
digunakan sebagai cetakan, dan identik dengan pasangan dari untai cetakan sebelum terjadi
reaksi.