BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Escherichia coli adalah bakteri yang merupakan bagian dari mikroflora yang
secara normal ada dalam saluran pencernaan manusia dan hewan berdarah panas.
E. coli termasuk ke dalam bakteri heterotrof yang memperoleh makanan berupa
zat oganik dari lingkungannya karena tidak dapat menyusun sendiri zat organik
yang dibutuhkannya. Zat organik diperoleh dari sisa organisme lain. Bakteri ini
menguraikan zat organik dalam makanan menjadi zat anorganik, yaitu CO2, H2O,
energi, dan mineral. Di dalam lingkungan, bakteri pembusuk ini berfungsi sebagai
pengurai dan penyedia nutrisi bagi tumbuhan (Kusuma, 2010).
E. coli juga merupakan bakteri indikator kualitas air karena keberadaannya di
dalam air mengindikasikan bahwa air tersebut terkontaminasi oleh feses, yang
kemungkinan juga mengandung mikroorganisme enterik patogen lainnya. E. coli
menjadi patogen jika jumlah bakteri ini dalam saluran pencernaan meningkat atau
berada di luar usus. E. coli menghasilkan enterotoksin yang menyebabkan
beberapa kasus diare (Brooks et al., 2004).
Penularan Escherichia coli dalam menyebabkan diare dapat terjadi melalui air
yang terkontaminasi kotoran manusia yang terinfeksi. Selain itu penularan juga
dapat terjadi melalui kontak dari pekerja yang terinfeksi selama makanan diproses
berlangsung sehingga Escherichia coli dapat menjadi salah satu penyebab
penularan penyakit melalui makanan (Foodborne disease) yaitu penyakit yang
disebabkan karena mengkonsumsi makanan atau minuman yang tercemar.
Adanya bakteri disuatu perairan memiliki pengaruh besar, pasalnya suatu
perairan dapat diketahui tingkat kualitas perairannya dengan keberadaan bakteri.
Adapun beberapa bakteri yang dapat menentukan apakah suatu perairan telah
tercemar atau tidak seperti Escherichia coli yang merupakan bakteri yang secara
normal berada dalam saluran pencernaan manusia dan hewan berdarah panas.
Escherichia coli juga merupakan bakteri heterotrof yang mana makanannya
berupa zat organik yang diperoleh dari lingkungan karena tidak dapat menyusun
sendiri zat organik yang dibutuhkannya. Bakteri ini memperoleh zat organik dari
sisa organisme lain dan menguraikan zat oganik tersebut menjadi zat anorganik
seperti CO2, H2O, energi, dan mineral.
E. coli merupakan bakteri indikator kualitas perairan karena keberadaannya
mengindikasikan air tersebut terkontaminasi oleh feses yang mengandung
mikroorganisme enterik patogen lainnya. E. coli akan menjadi patogen apabila
jumlahnya dalam saluran pencernaan meningkat atau berada diluar usus. E. coli
sendiri menghasilkan enterotoksin yang dapat menyebabkan penyakit saluran
pencernaan bagi manusia yaitu diare (Brooks et al., 2004). Selain itu ada juga
bakteri koliform yang lazim digunakan sebagai indikator, dimana bakteri ini dapat
menjadi sinyal untuk menentukan suatu sumber air telah terkontaminasi oleh
patogen atau tidak. Berdasarkan penelitian, bakteri koliform menghasilkan zat
etionin yang dapat menyebabkan kanker selain itu bakteri pembusuk ini juga
memproduksi bermacam-macam racun seperti indol dan skatol yang dapat
menimbulkan penyakit bila jumlahnya didalam tubuh berlebihan. Bakteri
koliform dapat dijadikan sebagai indikator karena densitasnya berbanding lurus
dengan tingkat pencemaran air, bakteri koliform sendiri juga dapat mendeteksi
patogen pada air seperti virus, protozoa, dan parasit.
Seperti yang diketahui bahwa peran bakteri E. coli dan Coliform adalah
sebagai indikator kualitas perairan oleh karena itu dalam praktikum kali ini
kelompok kami mengambil sampel air yang berlokasi pada perairan laut teluk
ambon dalam dibawah jembatan merah putih yang merupakan salah satu lokasi
dengan tingkat pencemaran yang tinggi, hal ini dikarenakan perairan tersebut
sampai saat ini masih dimanfaatkan oleh masyarakat untuk aktivitas perkapalan
dan juga sangat dekat dengan pemukiman warga sehingga menghasilkan buangan
limbah organik yang tinggi ke dalam perairan tersebut.
Berdasarkan keputusan menteri lingkungan hidup Republik Indonesia No 179
tahun 2004 tentang baku mutu air laut untuk wisata bahari, standar untuk
kandungan total bakteri Escherichia coli di dalam air laut adalah sebesar 200
MPN/100ml sedangkan untuk bakteri Coliform sebesar 1000 MPN/100 ml. Hal
ini berarti bahwa apabila kandungannya telah melebihi batas yang diizinkan
otomatis mengindikasikan perairan tersebut telah tercemar.
Oleh karena perairan pada lokasi pengambilan sampel telah tercemar limbah
organik maka dari itu praktikum kali ini ingin melihat keberadaan bakteri E. coli
dan Coliform pada perairan tersebut untuk selanjutnya dapat dijadikan sebagai
informasi bagi kita semua baik selaku mahasiswa maupun masyarakat awam agar
bisa untuk menjaga kebersihan supaya laut kita tetap terjaga.

1.2 Tujuan

Adapun tujuan dari praktikum ini adalah untuk mempelajari teknik

pemeriksaan bakteri dalam suatu perairan.

1.3 Manfaat

Manfaat dari praktikum ini yaitu agar mahasiswa mampu untuk menguasai
teknik pemeriksaan bakteri dalam suatu perairan serta menjadi informasi penting
tentang keberadaan bakteri sebagai indikator pencemaran perairan.
 BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Bakteri Escherichia coli

Klasifikasi  E. coli menurut Songer dan Post (2005) adalah sebagai berikut:

Kingdom : Bacteria

Filum : Proteobacteria

Kelas : Gamma Proteobacteria

Ordo : Enterobacteriales

Famili : Enterobacteriaceae

Genus : Escherichia

Spesies : Escherichia coli

E. coli merupakan bakteri Gram negatif dan tidak berbentuk spora. E. coli
bersifat katalase positif, oksidasi negatif, dan bersifat anaerob fakultatif. E. coli
memiliki panjang sekitar 2 μm, diameter 0,7 μm, lebar 0,4-0,7 μm.  E. coli
termasuk bakteri mesofilik dengan suhu pertumbuhan optimum sekitar 37 ºC
(Adams dan Moss 2008). E. coli dapat tumbuh  pada pH 4-9 dengan aktivitas air
0.935 (Forsythe 2000).

Struktur sel  E. coli dikelilingi oleh membran sel, terdiri dari sitoplasma yang
mengandung nukleoprotein (Gambar 2). Membran sel E. coli ditutupi oleh
dinding sel  berlapis kapsul. Flagela dan pili  E. coli menjulur dari permukaan sel
(Tizard 2004). Tiga struktur antigen utama permukaan yang digunakan untuk
membedakan serotipe golongan  E. coli adalah dinding sel, kapsul dan flagela.
Dinding sel E. coli berupa lipopolisakarida yang bersifat pirogen dan
menghasilkan endotoksin serta diklasifikasikan sebagai antigen O. Kapsul E. coli
berupa polisakarida yang dapat melindungi membran luar dari fagositik dan
sistem komplemen, diklasifikasikan sebagai antigen K. Flagela E. coli terdiri dari
protein yang bersifat antigenik dan dikenal sebagai antigen H. Faktor virulensi E.
Coli juga disebabkan oleh enterotoksin, hemolisin kolisin, siderophor, dan
molekul pengikat  besi (aerobaktin dan entrobaktin) (Quinn et al. 2002).

Berdasarkan sifat dan karakteristik virulensinya, Escherichia coli

diklasifikasikan menjadi lima kelompok (Jawetz et al, 1996), yaitu:

1. Enteroinvasive E. Coli (EIEC)

Menyebabkan penyakit yang mirip dengan shigellosis dengan menyerang

sel epitel mukosa usus.

2. Enteroagregative E. Coli (EAEC)

Menyebabkan diare yang akut dan kronis (dalam jangka waktu lebih dari
14 hari) dengan cara melekat pada mukosa intestinal, menghasilkan
enterotoksin dan sitotoksin, sehingga terjadi kerusakan mukosa,
pengeluran sejumlah besar mukus, dan terjadi diare.
3. Enteropathogenic E. coli (EPEC)
Merupakan penyebab penting diare pada bayi, khususnya di negara
berkembang. Bakteri ini melekat pada usus kecil. Infeksi EPEC dapat
mengakibatkan diare cair yang sulit diatasi dan kronis.
4. Enterotoxigenic E. Coli (ETEC)
Beberapa strain ETEC memproduksi eksotoksin yang sifatnya labil
terhadap panas (LT) dan toksin yang stabil terhadap panas (ST). Infeksi
ETEC dapat mengakibatkan gejala sakit perut, kadang disertai demam,
muntah, dan pada feses ditemukan darah.
5. Enterohemorrhagic E. Coli (EHEC)
Serotipe E. Coli yang memproduksi verotoksin yaitu EHEC O157:H7.
EHEC memproduksi toksin yang sifatnya hampir sama dengan toksin
Shiga yang diproduksi oleh strain Shigella dysenteriae. Verotoksin yang
dihasilkan menghancurkan dinding mukosa menyebabkan pendarahan.
 2.1.1 Patogenitas E. coli

Patogenitas adalah kemampuan agen patogen untuk menimbulkan

penyakit. Patogenisitas mencakup inisiasi dari proses infeksi dan
mekanisme yang menyebabkan gejala penyakit (Jawetz et al., 1996).
Bakteri E. Coli mampu menginfeksi tubuh dan diperoleh jika jumlah
bakteri yang masuk ke dalam tubuh kurang dari 100 sel bakteri (Coia,
1998). Menurut sumber yang di dapat dari Xu et al. (1999), E. Coli
O157:H7 juga dapat diklasifikasikan sesuai dengan faktor patogen, dalam
kelompok Enterohaemorrhagic E. Coli (EHEC) karena dapat
menyebabkan kolitis hemoragik melalui produksi cytotoxins (disebut
Shiga toksin).

Berdasarkan patogenitasnya E. Coli digolongkan sebagai patogen,

patogen

Oppurtunistic dan non patogen. Beberapa faktor yang mempengaruhi

virulensi bakteri ialah kemampuan perlekatan serta invasi sel inang dan
jaringan, toksin yang meliputi eksotoksin lipo-polisakarida,
peptidoglikan, dan faktor antifagosit (Jawetz et al., 1996). E. coli
O157:H7 mampu menghasilkan Stx1, Stx2, atau keduanya. E. Coli
O157:H7 mampu menghasilkan Shiga like toxin, disebut sebagai shiga
toksin E. Coli (STEC) (O’Loughlin and Robins-Browned, 2001).

2.2 Bakteri Colifrom

Bakteri coliform adalah golongan bakteri intestinal, yaitu hidup didalam

saluran pencernaan manusia. Bakteri coliform adalah bakteri indikator keberadaan
bakteri patogenik lain. Lebih tepatnya, bakteri coliform fekal adalah bakteri
indikator adanya pencemaran bakteri patogen. Penentuan coliform fekal menjadi
indikator pencemaran dikarenakan jumlah koloninya pasti berkorelasi positif
dengan keberadaan bakteri patogen. Selain itu, mendeteksi coliform jauh lebih
murah, cepat,dan sederhana daripada mendeteksi bakteri patogenik lain. Contoh
bakteri coliform, Escherichia coli dan Enterobacter aerogenes. Jadi, coliform
adalah indikator kualitas air. Makin sedikit kandungan coliform, artinya, kualitas
air semakin baik.

E.Coli jika masuk ke dalam saluran pencernaan dalam jumlah banyak dapat
membahayakan kesehatan. Walaupun E. Coli merupakan bagian dari mikroba
normal saluran pencernaan, tapi saat ini telah terbukti bahwa galur-galur tertentu
mampu menyebabkan gastroente ritis taraf sedang hingga parah pada manusia dan
hewan. Sehingga, air yang akan digunakan untuk keperluan sehari-hari berbahaya
dan dapat menimbulkan penyakit infeksius (Suriaman, 2008).

Bakteri kelompok koliform meliputi semua bakteri berbentuk batang, gram

negatif, tidak membentuk spora dan dapat memfermentasi laktosa dengan
memproduksi gas dan asam pada suhu 370 C dalam waktu kurang dari 48 jam.
Adapun bakteri E.Coli selain memiliki karakteristik seperti bakteri koliform pada
umumnya juga dapat menghasilkan senyawa indole didalam air pepton yang
mengandung asam amino triptofan, serta tidak dapat menggunakan natrium sitrat
sebagai satu-satunya sumber karbon.

Bakteri koliform lain yang juga sering dianalisis untuk mengetahui kualitas air
adalah Clostridium Perfringens. Merupakan bakteri yang bersifat gram positif
berbentuk batang dan membentuk spora (Fardiaz, 2011). Bakteri ini juga bersifat
anaerobik (tidak memerlukan oksigen untuk kehidupannya). Clostridium
Perfringens biasanya juga terdapat didalam faeces, meskipun dalam jumlah jauh
lebih sedikit dari pada E.Coli.
 BAB III

METODOLOGI PRAKTIKUM

3.1 Waktu Dan Tempat

Praktikum Mikrobiologi Akuatik dilaksanakan selama tiga hari berturut-turut

yakni pada hari Selasa, 15 Januari, Rabu 16 Januari dan Kamis 17 Januari 2019
pukul 11.00 WIT sampai selesai. Yang bertempat di Laboraturium Mikrobiologi
FMIPA UNIVERSITAS PATTIMURA.

3.2 Alat Dan Bahan

Tabel 3.1 Alat dan bahan yang digunakan dalam praktikum ini, meliputi:

Alat Bahan
Mikropipet Sampel Air
Jarum Ose Media Laktose Cair
Lampu Bunsen Alkohol
Inkubator Media Brilliant Green Laktos Bile
Tabung Reaksi Broth
Rak Tabung Reaksi Media Eosin Methylen Blue Agar
Erlenmeyer Media EC Broth
Cawan Petri Nacl
Tabung Durham
Gelas Ukur

3.3 Prosedur Kerja

3.3.1 Acara I (Pengenalan Alat-Alat Laboraturium dan fungsinya)

1. simulasi/demo alat dan penjelasan mengenai cara kerja dan fungsi

alat.

2. praktek pengguna alat dengan benar sesusai dengan fungsinya.

 3.3.2 Acara II (Pemeriksaan air secara mikrobiologi)

Uji Pendugaan Coliform (Presumptive Coliform)

1. Mengocok sampel air hingga homogeny.

2. Memindahkan air ke Laktose Cair dengan menggunakan
mikropipet sebagai berikut:
 3 tabung berisi 10 ml sampel air
 3 tabung berisi 1 ml sampel air
 3 tabung berisi 0,1 ml sampel air
3. Menginkubasi selama 1 × 24 jam
4. Mengamati terbentuknya gas setelah inkubasi

Tabel indeks MPN dengan tingkat kepercayaan 95% untuk berbagai

kombinasi hasil positif dari tiga seri tabung pada pengenceran 10 ml, 1 ml,
dan 0,1 ml.
Uji Penegas (Confirmed Test)

Tabung positif yang didapatkan dari uji penduga dilanjutkan

dengan uji penegas. Sampel positif yang menunjukkan gas inokulasi
pada media Brilian Green Lactose Broth, kemudian inkubasi pada suhu
37oC selama 48 jam. Apabila dihasilkan gas, maka uji penegas ini
dinyatakan positif.

Uji Pelengkap (Complete Test)

Uji pelengkap dilakukan dengan menginokulasikan koloni bakteri

pada medium agar dengan cara digoreskan dan diinkubasi selam 24 jam
pada suhu 37oC. Agar yang digunakan adalah endo agar dan Eosin Metil
Blue (EMB). Pembenihan pada media agar ini mengakibatkan media
agar menjadi berwarna ungu tua dengan kemilau tembaga metalik dan
membentuk koloni dengan pusat gelap.
 BAB IV

HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1 Hasil

4.1.1 Acara I (Pengenalan alat-alat laboratorium dan fungsinya)

Tabel 4.1 Alat berupa gelas (kaca)

No Alat Fungsi Gambar

1 Cawan petri Sebagai wadah untuk membiakan atau
uji fasi (kultifasi) mikroba untuk
berbagai pengujian. Misalnya;
perhitungan jumlah koloni bakteri.
2 Tabung reaksi Untuk membiakan atau kultifasi bakteri
dalam media padat maupun cair untuk
berbagai pengujian. Misalnya; uji
anaerob dan uji biokimia.

3 Labu Untuk menampung larutan, media atau

erlemeyer cawan yang digunakan untuk meracik
dan menghomogenkan bahan-bahan
komposisi media, menampung aquades,
kultifasi mikrobadalam kultur cair.
Ukuran labu erlemeyer yaitu : 25 ml, 50
ml, 200 ml, 225 ml, 300 ml, 500 ml, dan
1000 ml.
4 Gelas ukur Sebagai wadah mengukur volume cairan
sesuai dengan ukuran yang diinginkan.
5 Bekker gelas Untuk mencampur larutan serta dapat
digunakan untuk menguapkan dan
memekatkan pelarut.

6 Bunsen Untuk memanaskan beberapa alat

sebelum atau setelah dalam pengujian.
Misalnya: jarum inokulasi, batang
penyebar, cawan dan tabung reaksi yang
berisi media atau biakan mikroba,
proses fiksasi dll.
7 Kaca objek Sebagai tempat meletakan preparat
bakteri, cendawan atau sampel lainnya.

8 Kaca penutup Untuk menutup preparat bakteri,

cendawan atau sampel lainnya.

9 Pipet volume Untuk mengambil dan memindahkan

cairan dengan volume yang sudah
ditentukan.

10 Pipet ukur Untuk mengambil dan memindahkan

cairan dengan volume tertentu yang
telah diketahui.

11 Pipet tetes Untuk mengambil dan memindahkan

cairan dengan volume yang tidak
diketahui.

12 Mikropipet Untuk mengambil dan memindahkan

cairan dengan volume mikro atau kecil.
 Bagian ujung mikropipet diletakan tip
mikropipet sebagai wadah untuk
menampung cairan yang diambil.
Memiliki skala yaitu: 10-100 µ, 20-200
µ, dan 100-1000 µ.

13 Rak tabung Sebagai tempat untuk meletaka tabung

reaksi sehingga posisi tabung tetap
tegap.

14 Jarum OSE Untuk menginokulasi bakteri pada

media padat atau cair.

15 Mortal dan Untuk mnegancurkan atau

Pastle mengahaluskan sampel. Seperti bahan
makanan, tanaman dll.

Tabel 4.2 Alat berupa non-gelas (elektrik)

No Alat Fungsi Gambar

1 Mikroskop Untuk melihat dan mengamati objek
dengan ukuran sangat kecil yang tidak
bisa dilihat dengan kasat mata.
2 Neraca Untuk menimbang media, bahan kimia
analitik/ atau sampel dengan ukuran tertentu
timbangan (memiliki tingkat ketelitian sampai
analitik 0,001).

3 Autoklaf Untuk mensterilisasi alatalat gelas, non-

gelas, media, larutan atau bahan lainnya
yang tahan terhadap panas dan ekanan
tinggi (suhu 121˚c selama 15 menit,
tekanan 1 atm).
4 Oven Mensterilisasi alat-alat gelas atau non-
gelas (150˚c)

5 Centrifuge Utnuk memisahkan suatu bahan

berdasarkan berat molekulnya, diamna
bahan dengan berat molekul yang berat
akan mengendap dan bagian atasnya
berupa super matang.
6 Vortex Untuk menghomogenkan larutan

7 Hotplate dan Untuk memanaskan media dan

Magnetik menghomogenkan media.
stiler

8 Spektofotom Untuk mengukur konsentrasi suatu

eter larutan atau suspense bakteri dengan
menggunakan panjang gelombang
tertentu.
9 Bioseptycabi Untuk berbagai pengujian secara aseptic
 net (steril)
10 Colony Sebagai alat bantu untuk menghitung
counter jumlah coloni bakteri atau cendawan.

11 Inkubator Untuk menginkubasi bakteri maupun

cendawan dengan suhu tertentu yang
konstatan.

12 Inkubator Digunakan untuk media cair (digoyang).

shaker

4.1.1 Acara II (Pemeriksaan air secara mikrobiologi)

Uji Pendugaan Coliform (Presumptive Coliform)

Berdasarkan hasil yang damati pada tiap tabung terdapat gas,

sehingga diduga terdapat bakteri. Hasil tersebut kemudian dicocokan
dengan tabel Indeks MPN, maka diperoleh:

Tabel 4.3 Indeks MPN yang diperoleh pada saat proses

pengamatan.

Tingkat
Tabung Positif MPN Kepercayaan
10 ml 1 ml 0,1 ml Bawah Atas
3 3 1 460 90 2000
Uji Pelengkap (Complete Test)

Uji pelengkap untuk melihat colonisasi dari bakteri Escherichia coli dan
Coliform.

E.coli

Gambar 4.1 Hasil goresan sampel air 10 ml dan 1 ml

 E.coli

Gambar 4.2 Hasil goresan sampel air 0,1 ml

Terdapat bakteri Escherichia coli (berwarna kemilau tembaga metalik) dan

bakteri Coliform (berwarna ungu tua) pada kedua media EMB.

4.2 Pembahasan
 LAMPIRAN

A. Alat dan Bahan

 Alat

Bunsen Mikropipet Rak Tabung

Jarum Ose Inkubator Tabung Reaksi

Tip Mikropipet Beker Gelas

 Bahan

Sampel air Media Laktose Cair Media Eosin

Methylen Blue Agar

B. Prosedur Kerja
1. Uji pendugaan Coliform
 Proses memindahkan air kedalam Laktose Cair dengan menggunakan
pipet steril
 3 tabung berisi 10 ml sampel air

Sampel A Sampel B Sampel C

 3 tabung berisi 1 ml sampel air

Sampel A Sampel B Sampel C

 3 tabung berisi 0,1 ml sampel air

Sampel A Sampel B Sampel C

 Proses inkubasi ( 1 x 24 jam )

 Pengamatan terbentuknya gas setelah diinkubasi

 Pengamatan 3 tabung berisi 10 ml sampel air

Sampel A Sampel B Sampel C

 Pengamatan 3 tabung berisi 1 ml sampel air

Sampel A Sampel B Sampel C

  Pengamatan 3 tabung berisi 0,1 ml sampel air

Sampel A Sampel B Sampel C

2. Uji Pelengkap (complete test)

 Proses menginokulasikan koloni bakteri pada medium agar dengan
cara digoreskan

Tabung berisi 10 ml
sampel air
 Tabung berisi 1 ml
sampel air

Tabung berisi 0,1 ml

sampel air

 Proses inkubasi ( selama 24 jam, suhu 37 °C )

 Hasil pengamatan
 E.coli

C. Foto Kelompok