Permasalahan di era JKN yang beredar dimasyakarat anatara lain pada
mekanisme rujukan dan antrian yang panjang di rumah sakit, rumitnya prosedur menjadi peserta JKN, petugas medis yang sering tidak siap di tempat tugas, sikap petugas yang ketus, panjangnya antrian obat, seringnya pasien rawat inap dialihkan ke kelas inap di atas yang menjadi hak pasien, dan pasien merasa dipersulit untuk mendapat perawatan di rumah sakit. Selain itu Fasilitas kesehatan Pada pelayanan primer seperti puskesmas dan klinik yang ditunjuk sebagai penyedia JKN belum memadai, Fasilitas banyak yang belum memenuhi standar sehingga pasien harus di rujuk ke rumah sakit yang memiliki fasilitas lebih lengkap dan Jumlah dokter terhadap pasien masih kurang ideal. Seperti pelayanan kesehatan serta akomodasi dan ambulans ( non medis). Ambulans hanya diberikan untuk pasien rujukan dari Fasilitas Kesehatan dengan kondisi tertentu yang ditetapkan oleh BPJS Kesehatan. Peserta yang memerlukan pelayanan kesehatan pertama-tama harus memperoleh pelayanan kesehatan pada Fasilitas Kesehatan tingkat pertama. Bila Peserta memerlukan pelayanan kesehatan tingkat lanjutan, maka hal itu harus dilakukan melalui rujukan oleh Fasilitas Kesehatan tingkat pertama, kecuali dalam keadaan kegawat daruratan medis.