Makalah Biokimia
Makalah Biokimia
DISUSUN OLEH:
SADDAM HUSIN
FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS MALIKUSSALEH
PRODI AGROEKOTEKNOLOGI PERTANIAN
TAHUN 2014
METABOLISME ASAM AMINO
A. Degradasi Asam Amino
Asam amino yang berlebihan dari yang diperlukan untuk sintesis protein dan biomolekul
lain tidak dapat disimpan dalam tubuh maupun diekskresi ke luar tubuh, tidak seperti asam
lemak dan glukosa. Kelebihan asam amino condong digunakan untuk bahan bakar. Gugus α-
amino dibebaskan dan rangka karbon yang dihasilkan diubah menjadi zat antara metabolisme.
Sebagian besar gugus amino dari, kelebihan asam amino diubah menjadi urea, sedangkan rangka
atom karbonnya di ubah menjadi asetil Ko-A, asetoasetil-Ko A, piruvat atau salah satu zat
antara pada daur asam sitrat. Jadi, asam lemak, zat keton, dan glukosa dapat dibentuk dari asam
amino. Asam amino tidak bisa disimpan karena didegradasi untuk daur asam trikarboksilat dan
menghasilkan energi.
Proses oksidasi adalah salah satu dari perubahan yang terjadi pada asam amino terutama
setaelah gugus aminonya dihilangkan terlebih dahulu. Jalan yang ditempuh tergantung dari jenis
asam amino. Reaksi yang menghilangkan gugus amino sebagian besar berlangsung melalui dua
jalur yaitu transaminasi dan deaminasi.
Transaminasi
Transaminasi ialah proses katabolisme asam amino yang melibatkan pemindahan gugus
amino dari satu asam amino kepada asam amino lain.
Reaksi transaminasi dengan enzim aminotransferase
Gugus α-amino dari ke-20 asam L-amino yang biasa dijumpai pada protein, pada akhirnya
dipindahkan pada tahap tertentu dalam degradasi oksidatif molekul tersebut. Pembebahasan
gugus α-amino dari kebanyakan asam L-amino dikatalisa oleh enzim transaminase dan
aminotransferase. Pada transaminase, gugus α-amino dipindahkan secara enzimatik ke atom
karbon α pada α-ketoglutarat, sehingga dihasilkan asam α-keto, sebagai analog dengan asam
amino yang bersangkutan.
Transaminasi hanyalah salah satu dari berbagai ragam transformasi asam amino yang
dikatalisis oleh enzim-enzim piridoksal pospat. Reaksi lain pada karbon α asam amino adalah
dekarboksilasi, deaminasi, rasemisasi, dan pembelahan aldol.
Tujuan keseluruhan reaksi transaminase adalah mengumpulkan gugus amino dari berbagai
asam amino dalam bentuk hanya satu asam amino, yakni L-glutamat. Jadi, katabolisme gugus
amino menyatu menjadi produk tunggal. Kebanyakan tarnsaminase bersifat spesifik bagi α-
ketoglutarat sebagai molekul penerima gugus amino di dalam reaksi ini. Tetapi, enzim tersebut
tidak terlalu spesifik bagi substrat COOnya yang lain, yaitu asam L-amino yang memberikan
gugus aminonya. Beberapa transaminase yang paling penting, yang dinamakan sesuai dengan
molekul pemberinya aminonya, sebagai berikut:
L-Aspartat + α-ketoglutarat oksalasetat + L- glutamat
L-Alanin + α-ketoglutarat piruvat + L-glutamat
L-Leusin + α-ketoglutarat α-ketoisokaproat + L- glutamat
L-Tirosin + α-ketoglutarat p-hidroksifenilpiruvat + L-glutamat
α-ketoglutarat merupakan senyawa umum penerima gugus amino dari kebanyakan asam
amino yang lain. L- glutamate berperan untuk menyampaikan gugus amino kepada lintas
biosintetik tertentu atau menuju ke urutan akhir reaksi ini. Berdasarkan reaksi diatas dapat
disimpulkan bahwa gugus amino yang ada pada asam-asam tersebut dikumpulkan ke dalam satu
asam amino yaitu asam glutamate. Semua transaminase memiliki gugus prostetik yang terikat
kuat dan mekanisme reaksinya bersifat umum. Gugus prostetik piridoksal-fosfat, merupakan
turunan piridoksin atau vitamin Piridoksal fosfat berfungsi sebagai senyawa antara pembawa
gugus amino pada sisi aktif transaminase.
Gugus karbonil dari piridoksal fosfat yang terikat oleh enzim bergabung dengan gugus α-
amino dari asam amino yang datang, membentuk senyawa antara yang berikatan, kovalen, yaitu
sejenis senyawa yang disebut basa Schiff. Suatu perpindahan ikatan ganda C=N terjadi setelah
itu, dan kerangka karbon asam amino terhidrolisis, meninggalkan gugus amino yang terikat
kovalen pada gugus prostetik dalam bentuk piridoksamin fosfat.
Piruvat yang terbentuk merupakan senyawa antara dalam Siklus Asam sitrat, sedangan
glutamate akan mengalami deaminasi oksidatif menghasilkan NH4+ dan α-ketoglutarat, α-
ketoglutarat juga merupakan senyawa antara dalam Siklus Asam Sitrat. NH4+ pada sebagian
besar vertebrata darat diubah menjadi urea untuk dikeluarkan dari dalam tubuh melalui Siklus
Urea.
Deaminasi
Deaminasi adalah mengeluarkan gugus amino dari suatu senyawa. Gugus α-amino dari
banyak asam amino dipindahkan kepada α-keto glutarat untuk membuat asam glutamat yang
kemudian mengalami deaminasi oksidatif membentuk ion, Ion ammonium dibentuk dari
glutamat dengan deaminasi oksidatif. Reaksi ini dikatalisis oleh enzim glutamat dehidroginase,
yang tidak biasa karena dapat menggunakan baik maupun Aktivitas enzim glutamat
dehidroginase diatur secara alosetrik. Enzim pada vertebrata ini terdiri atas enam sub unit yang
identik. Guanosin trifosfat (GTP) dan adenosine trifosfat (ATP) adalah inhibitor alosetrik,
sedangkan guanosin difosfat (GDP) dan adenosin difosfat (ADP) adalah activator alosetrik. Jadi,
penurunan muatan energi akan mempercepat oksidasi asam amino.
Reaksi total yang dikatalisis oleh enzim aminotransferase dan glutamate dehidroginase
adalah :
Asam α-amino + O + asam α-keto + NADH + (atau NADPH)
Pada sebagian besar vertebrata darat, diubah menjadi urea yang kemudian diekskresi.
Cara pemecahanan asam amino adalah dengan membentuk zat antara metabolic utama yang
dapat diubah menjadi glukosa atau dapat dioksidasi pada daur asam nitrat. Pada kenyataannya
rangka karbon 20 asam amino pokok yang membentuk protein disalurkan menjadi hanya 7
molekul yaitu, piruvat, asetil-KoA, asetoasetil- KoA, a-ketoglutarat, suksinil KoA, fumarat dan
okseloasetat.
Asam amino yang dapat dipecah menjadi asetil KoA atau asetoasetil KoA disebut
ketogenik karena asam tersebut pada pemecahannya menghasilkan zat keton. Sebaliknya asam
amino yang diubah menjadi piruvat, a-ketoglutarat, suksinil-KoA, fumarat, atau okseloasetat
disebut glukogenik. Sintesa glukosa dari asam amino mungkin dilakukan karena zat antara daur
asam sitrat dan piruvat dapat diubah manjadi fosfeonolpiruvat dan kemudian menjadi glukosa.
.
1. JALUR a-KETOGLUTARAT
Jalur ini memuat pengubahan arginin, prolin, histidin dan glutamin menjadi asam
glutamat yang selanjutnya senyawa akhir dideaminasi menghasilkan ketoglutarat. Asam-
asam amino tersebut termasuk dalam golongan senyawa glikogenat.
Arginin oleh enzim arginase dipecah menjadi ornitin dan urea. Dengan jalan transmiasi
ornitin yang terbentuk diubah menjadi glutamat semialdehida yang selanjutnya mengalami
dehidrogenasi menjadi asam glutamat. Enzim pertama adalah ornitin transaminase dan yang
berikutnya ialah dehidrogenase yang dibantu oleh NAD+.
Prolin oleh prolin oksidase diubah menjadi prolinkarboksilat yang karena tidak mantap
langsung berubah menjadi glutamat semialdehida dan kemudian menjadi asam glutamat melalui
reaksi dehidrogenasi.
Enzim histidase (histidin-amoniak liase), urokanat hidratase dan imidazolon propionase
bersama-sama membuka cincin imidazol pada histidin menjadi N-formimino glutamat. Senyawa
ini kemudian melepaskan gugus formimino dalam suatu reaksi tramsfer yang dikatalisa oleh
glutamat-formimino transferase dan berubah menjadi asam glutamat.
Glutamin dapat membebaskan gugus NH3, pada reaksi hidrolisis yang dikatalisa oleh
glutaminase, menjadi asam glutamat. Senyawa tersebut juga bisa diubah menjadi asam glutamat
karena kegiatan enzim glutamat sintase.
Asam amino metionin, isoleusin dan valin menempuh jalur yang sama pada proses
degradasinya menjadi asam suksinat.
Metionin yang masuk ke dalam jalur, pertama kali dipisahkan gugus metilnya. Caranya ialah
dengan mengubah metionin menjadi S-Adenosil metionin dengan bantuan ATP dan enzim
metionin adenosil transferase. Senyawa yang terbentuk ini kemudian bertindak sebagai donor
metil pada reaksi transmetilasi.
B. Pembentukan ATP
Glikolisis
Glikolisis adalah urutan reaksi-reaksi yang mengkonfesi glukosa menjadi piruvat bersamaan
dengan produksi sejumlah ATP yang relative kecil. Pada organism aerob glikolisis adalah
pendahuluan daur asam sitrat dan rantai transport electron yang bersama-sama membebaskan
sebagian besar energy yang tersimpan dalam glukosa.
Dua atom karbon masuk kedalam daur dalam bentuk kondensasi unit asetil (dari asetil
KoA) dengan oksaloasetat. Dua atom karbon meninggalkan daur dalam bentuk CO2pada
dekarboksilasi berturut-turut yang dikatalis oleh isositrat dehidrogenase dan α-ketoglutarat
dehidrogenase. Dua atom karbon yang meninggalkan daur berbeda dengan dua atom karbon
yang masuk daur.
NADH dan FADH2 yang terbentuk di dalam daur asam sitrat akan dioksidasi melalui
rantai pernafasan yang akan dibahas dalam bab berikutnya. Transfer electron dari pengemban-
pengemban ini kepada O2 akseptor electron terakhir menyebabkan terpompannya proton melalui
membrane dalam mitokondria. Daya penggerak proton ini kemudian akan membangkitklan
tenaga untuk pembentukan ATP: stoikiometrinya kira-kira 2,5 ATP per NADH dan 1,5 ATP per
FADH2.
Transfer Elektron
Aliran electron dari NADH ke O2 melalui prosis eksergonik.
Sintesis Fenilalanin
c. Biosintesa histidin
Jalur yang dilalui pada pembentukan asam amino esensial ini sangat kompleks. Berkat
hasil penelitian B. Ames dan lain-lainnya telah dapat diungkapkan biosintesa histidin. Pada
umumnya mereka menggunakan mutan Salmonella typhimurium dan E. coli untuk mengetahui
tahapan reaksi dan senyawa antara yang terbentuk. Reaksi sintesa histidin diawali dengan
pembentukan N1-(5’-fosforibosil)-ATP dari 5-fosforibosil 1-pirofosfat (PRPP) dan ATP.
Sintesis Histidin
Dari Tahapan reaksi sebagaimana disajikan di atas dapat diketahui bahwa molekul histidin
berasal dari ATP, amida dari glutamine dan gugus robosil dari gosforibosil-pirofosfat (PRPP).
d. Biosintesa lisin
Ada dua jalur pembentukan lisin yang berlangsung dalam jasad hidup yaitu pertama
terjadi pada bakteri dan tanaman tingkat tinggi dan kedua berlangsung dalam kebanyakan jamur.
Jalur yang pertama melalui senyawa asam diaminopimelat dan yang kedua via asam α-
aminoadipat. Jalur diaminopimelat dimulai dari asam aspartat yang diaktifkan oleh ATP.
Sintesis Lisin
ϒ-glutamilfosfat
Prolin, berasal dari asam glutamat yang diubah dulu menjadi aldehidanya dan emudian
membentuk cincin,