Fosil-fosil manusia purba seperti Homo erectus, yang oleh antropolog juga dijuluki "Manusia Jawa",

menimbulkan dugaan bahwa kepulauan Indonesia telah mulai berpenghuni pada antara dua juta sampai
500.000 tahun yang lalu. Namun kebenaran tentang hal ini banyak diperdebatkan.[26]

Hingga tahun 75000 Sebelum Masehi, daratan Nusantara bagian barat (kira-kira kepulauan sebelah
barat termasuk Sumatra, Jawa, dan Kalimantan sekarang) masih menyatu dengan daratan utama Asia.
Pada abad ini pula terjadi erupsi Gunung Toba, yang disebut-sebut sebagai salah satu letusan gunung api
terbesar sepanjang sejarah yang menyebabkan perubahan iklim yang dikatakan hampir memusnahkan
populasi manusia modern saat itu. Umat manusia sendiri sebenarnya belum sampai ke Sumatra,
gelombang migrasi dari Afrika ikut terhenti untuk sementara akibat erupsi ini. Gunung Toba kemudian
tenggelam dan kalderanya membentuk sebuah danau besar dengan nama yang sama.

Sekitar 25000 SM, gelombang migrasi pertama manusia modern sampai di dataran Nusantara.
Peradaban awal dan kebudayaan awal mulai terbentuk saat zaman Holosen (10000 tahun Sebelum
Masehi) menandai berakhirnya zaman es dan dataran ini mulai terpisah dari daratan utama Asia lalu
terpecah hingga membentuk kepulauan Nusantara seperti sekarang. Sejak saat itu, bangsa Melanesia
yang merupakan bangsa manusia modern pertama di Nusantara membentuk kebudayaan-kebudayaan
awal.

Kedatangan bangsa Austronesia dari daratan Taiwan yang mulai tiba di Nusantara sekitar 2000 tahun
SM menyebabkan bangsa Melanesia yang telah ada lebih dahulu di sana terdesak ke wilayah-wilayah
yang jauh di timur kepulauan, meskipun ada sebagian yang berasimilasi/akulturasi dengan pendatang
tersebut.[27] Dengan kondisi tanah vulkanis yang subur, melimpahnya keanekaragaman hayati,
ditambah dengan kemampuan bercocok tanam yang dimiliki manusia saat itu menyebabkan kegiatan
pertanian dan pemukiman mulai terbentuk dan berkembang pesat.[28] Peradaban-peradaban maju
seperti Proto-Melayu dan Deutro-Melayu mulai berkembang pada abad ini.