Kerajaan-kerajaan kecil mulai bermunculan sejak awal abad Masehi.

Kerajaan tertua yang diketahui

berdasarkan penemuan terbaru adalah kerajaan Kandis, bukan kerajaan Kutai seperti anggapan
kebanyakan orang selama ini. Berdasarkan penemuan-penemuan yang ada, kerajaan Kandis berada di
pulau Sumatra, kira-kira di daerah Riau sekarang. Namun sayangnya, hanya sedikit yang diketahui dari
kerajaan ini karena bukti-bukti dan catatan yang minim. Kerajaan-kerajaan penting lainnya di Sumatra
adalah kerajaan Melayu Kuno atau kerajaan Jambi Kuno (berdiri sekitar abad ke-2 Masehi). Di Pulau
Jawa, berdiri kerajaan Salakanegara, kerajaan Hindu pertama di Nusantara yang terletak di daerah
sekitar Cianjur, Jawa Barat. Kerajaan Salakanegara mulai berdiri pada tahun 130 Masehi, kemudian
berkembang menjadi kerajaan Tarumanegara pada tahun 358 Masehi. Kerajaan Kutai sendiri mulai
berdiri di Kalimantan Timur pada tahun 350 Masehi, diikuti berdirinya dua kerajaan lain di Kalimantan
Selatan, yaitu kerajaan Tanjungpuri dan kerajaan Nan Sarunai pada tahun 525 M. Di Sulawesi juga
berdiri kerajaan-kerajaan kecil, di antaranya kerajaan Luwu di Sulawesi Tengah pada tahun 900 Masehi.
Kerajaan-kerajaan awal lainnya adalah kerajaan Siang di Sulawesi Selatan dan kerajaan Suwawa di
daerah Gorontalo.

Pada abad ke-7 Masehi, berdiri Kerajaan Hindu-Buddha Sriwijaya di Sumatra Selatan yang kemudian
berkembang menjadi kemaharajaan terbesar dengan masa berdiri terlama di Asia Tenggara hingga awal
abad ke-11. Kerajaan ini menguasai sebagian besar Sumatra, Semenanjung Malaya, Jawa, hingga pantai
barat dan barat daya Kalimantan.[29] Kerajaan ini juga mengendalikan aktivitas pelayaran dan
perdagangan di Selat Malaka yang merupakan jalur perdagangan maritim utama antara India dengan
Tiongkok. Selat Malaka merupakan salah satu jalur pelayaran terpenting di dunia. Sejak saat itu, sejarah
Indonesia juga banyak dipengaruhi oleh bangsa-bangsa lain hingga masa-masa berikutnya.