Enzim

Aditya Sindu Sakti, M.Si., Apt.

 Pendahuluan
• Enzim adalah katalis biologis (juga dikenal sebagai
biokatalis) yang mempercepat reaksi biokimia pada
organisme hidup, dan dapat diekstraksi dari sel untuk
kemudian digunakan untuk mengkatalisasi berbagai
proses penting yang bersifat komersial (Robinson, 2015).

• Enzim merupakan molekol besar, berat molekulnya

bervariasi dari 5.000 hingga 5.000.000 Da, umumnya
berada pada kisaran 20.000-100.000 Da. Secara biokimia
enzim termasuk sebagai makromolekul protein. Ciri umum
protein adalah polipeptida: strukturnya tersusun atas
urutan linier building block asam amino yang bergabung
bersama oleh ikatan amida. Rantai polipeptida linier ini
kemudian 'melipat' untuk memberikan struktur tiga
dimensi yang unik (Bugg, 2004).
Cofactor, Coenzyme, Prosthetic Group

• Ko-factor adalah senyawa yang dibutuhkan untuk aktivitas

enzim, contoh dari kofaktor antaralain; ion metal, ko-enzim,
dan gugus prostetik.

• Co-enzim berikatan dengan protein enzim secara reversibel

dan berperan seperti substrat.

• Gugus prostetik adalah senyawa organik yang terikat secara

kuat pada enzim dan biasanya terdapat dalam bentuk terikat
oleh protein.

• Ko-faktor yang berikatan dengan enzim (protein) disebut

dengan holoenzyme (holoprotein), sedangkan ko-kofaktor
yang tidak berikatan dengan enzim (protein) disebut sebagai
apoenzim (apoprotein).
(Suzuki, 2015)
Cont’

(Suzuki, 2015)
 Tata nama dan Klasifikasi Berdasarkan Reaksi
1 Oxidoreductase
Enzim ini mengkatalisis
reaksi oksidasi, karena
oksidasi dari satu kelompok
harus disertai dengan
reduksi terhadap kelompok
lainnya, maka kedua
kelompok ini dikenal sebagai
sebagai oksidoreduktase
2 Transferase
Enzim ini mentransfer gugus
dari satu substrat (donor) ke
senyawa lainnya (akseptor)
(Boyce and Tipton, 2001)
L-iditol + NAD —> L-sorbose + NADH 2
Nama enzim: L-iditol 2-dehydrogenase
Nama sistematik: L-iditol:NAD 2-oxidoreductase
(1R,6R)-1,4,5,5a,6,9-
hexahydrophenazine-1,6-
dicarboxylate:oxygen
oxidoreductase
(1R,6R)-1,4,5,5a,6,9- (1R,10aS)-1,4,10,10a-
Hexahydrophenazine-1,6- Tetrahydrophenazine-1,
dicarboxylate 6-dicarboxylate
X-Y + Z —> X + Y–Z
aminotransferase (transaminase) :
R1–CHNH2–R2 + R3–CO–R4 —>
R1–CO– R2 + R3–CHNH2–R4
 Cont’ (Boyce and Tipton, 2001)

S-adenosyl-L-methionine:3-Polyprenyl-4,5-
dihydroxylate 5-O-methyltransferase

3-Polyprenyl-4,5- 3-Polyprenyl-4-hydroxy-5-
dihydroxybenzoate methoxybenzoate

S-Adenosyl-L-methionine S-Adenosyl-L-homocysteine

3 Hydrolase 4-Hydroxybenzoyl-CoA hydrolase

4-Hydroxybenzoyl-
CoA
4-Hydroxybenzoate
Enzim-enzim ini mengkatalisasi pembelahan hidrolitik
ikatan seperti C-O, C-N, C-C dan beberapa ikatan
lainnya, termasuk ikatan fosforat anhidrida.

Nama sistematis biasanya mengambil bentuk substrat

X-hidrolase, di mana X adalah kelompok dihapus
oleh hidrolisis. Nama yang disarankan untuk enzim
ini; nama substrat dengan akhiran -ase
Enzim hidrolitik dapat diklasifikasikan sebagai transferase, CoA
karena hidrolisis itu sendiri dapat dianggap sebagai transfer
kelompok tertentu ke molekul air sebagai akseptor.
 Cont’ (Boyce and Tipton, 2001)

4-amino-4-
deoxychorismate
4 Lyase pyruvate-lyase

Enzim-enzim ini memotong C-C, C-O, 4-Amino-4-

C-N dan ikatan lainnya dengan cara deoxychorismate 4-Aminobenzoate
lain selain hidrolisis atau oksidasi.

Enzim ini berbeda dari enzim lain, reaksi melibatkan dua

substrat dalam satu arah reaksi, menghasilkan satu jenis
produk. Saat bekerja pada substrat tunggal, sebuah molekul Pyruvate
dihilangkan dengan meninggalkan ikatan rangkap atau cincin

Enzim ini juga dikenal dengan istilah sintetase.

Nama sistematik enzim berdasarkan pola: D-phosphoglycerate
substrat group-lyase. 2,3-phosphomutase

5 Isomerase
2-Phospho-D-glycerate 3-Phospho-D-glycerate

Enzim ini mengkatalisasi perubahan geometris atau struktural dalam satu molekul. Menurut
jenis isomerismenya dapat dibagi menjadi racemase, epimerase, cis-trans-isomerase,
isomerase, tautomerase, mutase atau cycloisomerase.
 Cont’ (Boyce and Tipton, 2001)

Enzim ini mengkatalisis penyatuan bersama

6 Ligase (pengikatan) dari dua molekul melalui suatu

proses hidrolisis ikatan difosfat dalam ADP
atau ikatan trifosfat dalam ATP.

D-Alanine:poly(ribitol phosphate) ligase (AMP-forming)

D-Alanine
O-D-Alanyl-
poly(ribitol
phosphate)
Poly(ribitol
ATP phosphate) AMP Diphosphate

(S)-malate:CoA ligase (ADP-forming)

(S)-Malate L-Malyl-CoA

ATP ADP Orthophosphate

CoA
 Hubungan Enzim dengan Energi Aktivasi
(Nelson, Cox and Lehninger, 2008)

Fungsi katalis untuk mempecepat laju

reaksi, namun tidak mempengaruhi
kesetimbangan reaksi (equilibria).

Enzim meminimalisir energi yang

dibutuhkan dalam suatu reaksi.

Konsentrasi substrat sangat

mempengaruhi laju rx enzim

Hk. Kesetimbangan rx Hk. Termodinamika Laju rx orde-1

Keq sebanding dengan

laju reaksi, semakin
kecil energi aktivasi
E=hv
maka laju reaksi
E=kT
semakin besar
 Sifat-sifat Enzim (Robinson, 2015)

Aktivitas katalitik enzim sangat potent, dapat dinyatakan sebagai

konstanta (Kcat), konstanta ini mewakili jumlah molekul substrat yang
1 dapat dikonversi menjadi produk oleh satu molekul enzim per satuan
waktu (biasanya per menit atau per detik).
Selain sebagai katalis yang potent, enzim juga memiliki spesifitas yang
sangat baik, umumnya suatu enzim mengkatalisis konversi hanya satu
2 jenis molekul substrat menjadi molekul produk. Beberapa enzim
menunjukkan spesifisitas group tertentu. Misalnya, alkali fosfatase.

3 Enzim dipengaruhi oleh pH dan temperatur.

Cont’ (Robinson, 2015)

Faktor-faktor yang menentukan kecepatan reaksi yang dikatalisis oleh

4 enzim, dipelajari dalam studi kinetika enzim.

Karakteritik alosterik enzim menentukan respon enzim terhadap

5 substrat apakah sebagai inhibitor atau justru sebagai aktivator.

Spesifitas Enzim (Palmer and Bonner, 2007)

group specificity absolute specificity
Enzim yang mengkatalisis Enzim yang mengkatalisis satu substrat
kelompok tertentu.
tertentu.

Exp. Enzim yang mengkatalisis Exp. Enzim yang mengkatalisis transfer

berbagai jenis alkohol -> Alkohol fosfat dari ATP kepada glukosa ->
dehidrogenase.
Glukokinase.

Enzim yang mengkatalisis transfer

fosfat dari ATP kepada sejumlah
gula heksosa —> Heksokinase
Reaksi tanpa adanya rx katalisis akan menghasikan produk yang sangat
beragam, dengan adanya enzim akan dihasilkan rx yang product spesifik
dan substrat spesifik
 Cont’ (Palmer and Bonner, 2007)

Enzim juga dapat menujukkan spesifitas stereokimia; jika terdapat dua bentuk
stereokimia substrat yang identik secara kimia tetapi memiliki susunan atom
yang berbeda dalam konformasi tiga dimensi, maka hanya satu isomer yang
akan dikatalisis oleh enzim tertentu.

EXP. Asam L-amino oxidase

mengkatasis oksidasi asam L-
amino acid menjadi asam okso.
Diperlukan, enzim lain yaitu asam
D-amino oksidase, untuk
mengoksidasi asam D-amino
yang sesuai.

Bahkan dapat lebih spesifik lagi

 Cont’ (Palmer and Bonner, 2007)

Gliserol kinase

Reaksi yang dikatalisis oleh enzim dapat menghasilkan produk stereospesifik

bahkan ketika substrat tidak memiliki atom karbon asimetris.

Selalu L-glycerol-3-phosphat, dan tidak pernah terbentuk L-glycerol-1-

phosphate
 Mekanisme Aksi Enzim
1 Lock and Key Theory (FISCHER)

Dalam teori gembok dan kunci, situs enzim aktif

mewakili gembok yang rigit, dan substrat berperan
sebagai kunci tepat untuk membuka gembok
tersebut. Hal ini menjelaskan bahwa beberapa
molekul lain yang mirip dapat masuk ke situs aktif
enzim, tetapi tidak berarti bahwa suatu reaksi akan
terjadi (Mathewson, 1998).

Sumber: http://chemistry.elmhurst.edu/
vchembook/571lockkey.html

2 Induced Fit Theory (KOSHLAND)

Dalam teori induced fit, situs aktif bersifat lebih
fleksibel dan diperuntukkan untuk sejumlah
substrat. Setelah substrat berinteraksi dengan
enzim dengan cara tertentu, enzim tersebut
mengubah bentuknya sehingga cocok untuk
molekul substrat, menghasilkan reaksi katalisis
dan pembentukan produk (Mathewson, 1998).
 Kinetika Enzim
1 Pers. Michaelis-Menten

Awal reaksi (t=0)

k1 [E] [S] 2

3
2 3

k1[E][S]
k1[E][S] [E][S]
= 5
[E][S] Km
Km 4
k1
 Cont’
Asumsikan kondisi diawal rx, t=0, terdapat banyak
substrat yang dapat berikatan pada site active enzim,
maka:
6 [Stot] = [S] + [ES] [Stot] ≈ [S]
Dapat
[S] >>> [ES] diabaikan
[E][S]
Substrat Substrat di = 5
bebas site active Km

Berbeda dengan enzim yang jumlahnya lebih sedikit

dari pada substrat, maka:
7 [Etot] = [E] + [ES] [E] = [Etot] - [ES]

([Etot] - [ES])[S] Smpl. [Etot][S] Subs.

8 = = 1
Km Km + [S]

[S]
9 V0 = k2[Etot]
Km + [S]
 Cont’
Vmaks : laju reaksi maksimum yang dapat dicapai enzim, yang mana ketika Vmaks
tercapai maka seluruh site active enzim telah diduduki oleh substrat, sehingga:
Vmaks

Vmaks = k2[ES]maks [Etot] = [E] + [ES]maks

[E] = 0
Vmaks = k2[Etot] [Etot] = [ESmaks]

[Etot]= Vmaks 10
k2

[S]
V0 = k2[Etot] 9
Km + [S]
Vmaks [S]
V0 = k2
k2 Km + [S]
[S]
V0 = Vmaks Pers. Michaelis-Menten
Km + [S]
Interpretasi Pers. Michaelis-Menten
Ketika konsentrasi substrat
berlebih, maka Km<<<[S]
[S]
V0 = Vmaks
0 + [S]
[S] [S]
V0 = Vmaks V0 = Vmaks
Km + [S]
[S]
Laju rx mengikuti
V0 = Vmaks orde rx ke-0
Penambahan substrat tidak
mempengaruhi laju reaksi

Ketika Km = [S], maka:

Km
Ketika t=0, maka Km>>>[S], V0 = Vmaks
Km + Km
[S]
V0 = Vmaks
Km + [S] Dapat
diabaikan
Vmaks[S]
V0 =
Km
Laju rx mengikuti
V0 = k [S] orde rx ke-1
 Kinetika Enzim
2 Pers. Lineweaver-Burk
Dalam pers. Michaelis-Menten tidak
pernah tercapai Vmaks, oleh karena itu
dibutuhkan suatu transformasi
matematika agar diperoleh nilai Vmaks.
[S] pers. Michaelis-
V0 = Vmaks
Km + [S] Menten

Double-Reciprocal Plot

1 Km 1 1
= +
V0 Vmaks [S] Vmaks

y = m x + b
 Macam-macam Inhibisi
Inhibitor memiliki afinitas yang kuat
1 Inhibitor irreversibel terhadap enzim, biasanya karena ada ikatan
kovalen.

Competitive, uncompetitive,
2 Inhibitor reversibel noncompetitive
kcat
Inhibitor competitive

Vmaks = kcat[Etot]

Vmaks tidak berubah,

Kcat tidak berubah,

Km meningkat, butuh
konsentrasi substrat
lebih tinggi untuk
mencapai km.
Contoh aplikasi klinis inhibitor irreversibel
 Coinhibitor competitive
Contoh aplikasi klinis
 Cont’
kcat
Inhibitor uncompetitive
Kcat: kemampuan active site untuk
mentranformasikan substrat menjadi produk.

Km : menggambarkan afinitas substrat

terhadap site active. Vmaks = kcat[Etot]

Terjadi penurunan Vmaks,

Kcat tidak berubah,

Terjadi penurunan Km karena dalam konformasi ESI, enzim tidak bisa melepaskan substrat,
afinitas terhadap substrat tinggi sehingga Km turun.
Contoh penggunaan klinis inhibitor uncompetitive
 Cont’
Inhibitor non-competitive

Terjadi penurunan Vmaks,

Kcat menurun, karena terjadi perubahan konformasi site active sehingga tidak komplemen
dengan substrat, akibatnya kemampuan mengkatalisis produk menurun.

Km konstan, meskipun inhibitor berikatan dengan substrat sekalipun, ES tetap terbentuk,

tidak ada korelasi inhibitor pemb. Kompleks ES, oleh karenanya Km Konstan.
Contoh penggunaan klinis inhibitor non-competitive
Kinetics of Multi-Substrate Enzyme Catalysed Reactions
Sebagian reaksi biokimia, melibatkan setidaknya dua substrat. Reaksi antara
dua substrat dan dua produk dikenal dengan istilah bi-bi, dan dapat
digambarkan secara sederhana sebagai:

Mekanisme reaksi dapat berupa mekanisme sekuensial, dimana kedua

substrat mengikat enzim untuk membentuk kompleks terner sebelum
produk pertama terbentuk, atau mungkin non-sekuensial.

Bi-bi Mechanism
Single-displacement
order

Double
displacement
(Ping-Pong)
 Cont’ (Palmer and Bonner, 2007)

Diagram Wallace (W.W.) Cleland

Bi-bi random-order mechanism

 Cont’ (Palmer and Bonner, 2007)

Bi-bi compulsory-order mechanism

(Single-displacement order)
 Cont’ Ping: Come
Pong: Go
1st substrates comes,
Ping-pong mechanism So 1st product go.
Ping Pong Ping Pong

(Palmer and Bonner, 2007)

 STEADY-STATE KINETICS
KA KB = KmB Kp = Kmp KQ = KmiQ
E+A EA + B EAB EPQ EQ + P E +Q

v = Kp [EAB]

v Kp [EAB]
=
[Etot] [E] + [EA] + [EAB]

General rate equation [A][B]

(Single displacement rx) v KA KB
=
[Etot] 1 + [A] + [A][B]
KA KA KB
v [A][B]
=
Vmaks KAKB+ KB[A] + [A][B]
Pers. Alberty
 Cont’ (Palmer and Bonner, 2007)

(Double displacement rx)

Vmaks [A][B]
v =
KmA + [A] (1+KmB)
KmA tidak dikalikan oleh faktor apapun [B]
sehingga, akan diperoleh plot resiprokal
paralel Mirip Inhibitor Mirip Inhibitor
Non-competitif Uncompetitif

Bi-Bi Ping-Pong
 Referensi
• Boyce, S. and Tipton, K. (2001). Enzyme Classification and Nomenclature.
Encyclopedia of Life Sciences.

• Bugg, T. (2004). Introduction to enzyme and coenzyme chemistry. 2nd ed.

Oxford, UK: Blackwell Publ., p.8.

• Mathewson, P. (1998). Enzymes. St. Paul, Minn.: Eagan Press, p.7.

• Robinson, P. (2015). Enzymes: principles and biotechnological applications.

Essays In Biochemistry, 59(0), pp.1-41.

• Nelson, D., Cox, M. and Lehninger, A. (2008). Lehninger principles of

biochemistry. 5th ed. New York: W.H. Freeman, pp.193-196.

• Palmer, T. and Bonner, P. (2007). Enzymes. 2nd ed. Cambridge: Woodhead

Publishing Limited, pp.67 - 68.

• Suzuki, H. (2015). How enzymes work. Singapore: Pan Stanford Publishing,

pp.117-118.