1.

      Perusakan Habitat

Habitat didefinisikan sebagai daerah tempat tinggal organisme. Kekurangan habitat diyakini
manjadi penyebab utama kepunahan organisme. Jika habitat rusak maka organisme tidak memiliki
tempat yang cocok untuk hidupnya. Kerusakan habitat dapat diakibatkan karena ekosistem diubah
fungsinya oleh manusia, misalnya hutan ditebang dijadikan lahan pertanian, pemukiman dan akhirnya
tumbuh menjadi perkotaan. Kegiatan manusia tersebut mengakibatkan menurunnya
keanekaragaman ekosistem, jenis, dan gen.
Selain akibat aktifitas manusia, kerusakan habitat juga dapat diakibatkan oleh bencana alam
misalnya kebakaran, gunung meletus, dan banjir. Perusakan terumbu karang di laut juga dapat
menurunkan keanekaragaman ayati laut. Ikan-ikan serta biota laut yang hidup bersembunyi di dalam
terumbu karangtidak dapat lagi hidup dengan terntram, beberapa di antaranya tidak dapat
menetaskan telurnya karena terumbu karang yang rusak. Menurunnya populasi ikan akan merugikan
nelayan dan mengakibatkan harga ikan meningkat. Kehidupan para nelayan menjadi terganggu.
2.      Penggunaan Pestisida
Yang termasuk pestisida misalnya insektisida, herbisida, dan fungisida. Pestisida yang sebenarnya
hanya untuk membunuh organisme penggangu (hama), pada kenyataannya menyebar ke lingkungan
dan meracuni mikroba, jamur, hewan, dan tumbuhan lainnya.
3.      Pencemaran
Bahan pencemar juga dapat membunuh mikroba, jamur, hewan dan tumbuhan penting.
Bahan pencemar dapat berasal dari limbah pabrik dan limbah rumah tangga.

4.      Perubahan Tipe Tumbuhan

Tumbuhan merupakan produser di dalam ekosistem. Perubahan tipe tumbuhan misalnya
perubahan dari hutan hujan tropik menjadi hutan produksi dapat mengakibatkan hilangnya tumbuh-
tumbuhan liar penting. Hilangnya jenis-jenis tumbuhan tertentu dapat menyebabkan hilangnya
hewan-hewan yang hidup bergantung pada tumbuhan tersebut.

5.      Masuknya Jenis Tumbuhan dan Hewan Liar

Tumbuhan atau hewan liar yang masuk ke ekosistem dapat berkompetisi bahkan membunuh
tumbuhan dan hewan asli.
6.      Penebangan

Indonesia merupakan satu negara yang memiliki keanekaragaman hayati

tertinggi. Salah satu faktor yang menyebabkan tingginya
keanekaragaman fauna adalah luasnya wilayah tropis Indonesia. Selain
itu keanekaragaman fauna/hewan di indonesia juga disebabkan oleh
garis wallace. Garis Wallace adalah garis adalah garis hipotetis yang
memisahkan wilayah geografi fauna asia dengan australia. Terdapat
pula wilayah peralihan kedua tipe fauna tersebut.

Pertumbuhan populasi yang terus meningkat dan proses industrialisasi

untuk memenuhi segala kebutuhan manusia menyebabkan upaya pelestarian
lingkungan tempat tinggal fauna dan juga flora terabaikan. Kondisi
semakin memburuk dengan semakin maraknya pembalakan hutan, perubahan
fungsi hutan dari asalnya, dan faktor pencemaran lain yang disababkan
manusia.
Akibatnya keanekaragaman hayati terancam. Banyak flora dan fauna yang
terancam punah.
7.      Seleksi
Secara tidak sengaja perilaku kita mempercepat kepunahan oraganisme. Sebagai contoh, kita
sering hanya menanam tanaman yang kita anggap unggul misalnya mangga gadung, mangga
manalagi, jambu bangkok. Sebaliknya kita menghilangkan tanaman yang kita anggap kurang unggul,
misalnya mangga golek, nangka celeng.
Menurunnya keanekaragaman hayati menimbulkan masalah lingkungan yang akhirnya
merugikan manusia. Misalnya, penebangan hutan mengakibatkan banjir. Hewan-hewan yang hidup di
dalam hutan misalnya babi hutan, gajah, kera, menyerang lahan pertanian penduduk karena habitat
mereka semakin sempit, dan makanan mereka semakin berkurang.

Menurunnya populasi serangga pemangsa (predator) karena disemprot dengan insektisida

mengakibatkan terjadinya ledakan populasi serangga yang dimangsa. Jika serangga ini memakan
tanaman pertanian, maka ledakan serangga tersebut sangat merugikan petani.

a. Fauna
Orangutan Sumatra
Orangutan Sumatra (Pongo abelii) adalah spesies orangutan
terlangka. Orangutan Sumatra hidup dan endemik terhadap
Sumatra, sebuah pulau yang terletak di Indonesia. 

Orangutan Sumatra (Pongo abelii)

Mereka lebih kecil daripada orangutan Kalimantan. Orangutan
Sumatra memiliki tinggi sekitar 4.6 kaki dan berat 200 pon.
Betina lebih kecil, dengan tinggi 3 kaki dan berat 100
pon. 

Harimau Sumatera
Harimau Sumatra (Panthera tigris sumatrae) hanya ditemukan
di Pulau Sumatra di Indonesia, merupakan satu dari enam
sub-spesies harimau yang masih bertahan hidup hingga saat
ini dan termasuk dalam klasifikasi satwa kritis yang
terancam punah (critically endangered) dalam daftar merah
spesies terancam yang dirilis Lembaga Konservasi Dunia
IUCN. 
Populasi liar diperkirakan antara 400-500 ekor, terutama
hidup di Taman-taman nasional di Sumatra. 

Gajah Sumatera
Gajah Sumatera adalah subspesies dari gajah Asia yang hanya
berhabitat di pulau Sumatera. Gajah Sumatera berpostur
lebih kecil daripada subspesies gajah India. Populasinya
semakin menurun dan menjadi spesies yang sangat terancam. 

Gajah Sumatera
Sekitar 2000 – 2700 ekor gajah Sumatera yang tersisa di
alam liar berdasarkan survei tahun 2000. Sebanyak 65%
populasi gajah Sumatera lenyap akibat dibunuh manusia dan
30% kemungkinan diracuni manusia. Sekitar 83% habitat gajah
Sumatera telah menjadi wilayah perkebunan akibat perambahan
yang agresif untuk perkebunan. 

b. Flora
Bunga Rafflesia 
Padma raksasa (Rafflesia arnoldii) merupakan tumbuhan
parasit obligat yang terkenal karena memiliki bunga
berukuran sangat besar, bahkan merupakan bunga terbesar di
dunia. Ia tumbuh di jaringan tumbuhan merambat (liana)
Tetrastigma dan tidak memiliki daun sehingga tidak mampu
berfotosintesis. 

Padma raksasa (Rafflesia arnoldii)

Tumbuhan ini endemik di Pulau Sumatera, terutama bagian

selatan (Bengkulu, Jambi, dan Sumatera Selatan). Taman
Nasional Kerinci Seblat merupakan daerah konservasi utama
spesies ini. Jenis ini, bersama-sama dengan anggota genus
Rafflesia yang lainnya, terancam statusnya akibat
penggundulan hutan yang dahsyat. Di Pulau Jawa tumbuh hanya
satu jenis patma parasit, Rafflesia patma. 

Bunga Bangkai
Bunga bangkai atau suweg raksasa atau batang krebuit (nama
lokal untuk fase vegetatif), Amorphophallus titanum Becc.,
merupakan tumbuhan dari suku talas-talasan (Araceae)
endemik dari Sumatera, Indonesia, yang dikenal sebagai
tumbuhan dengan bunga (majemuk) terbesar di dunia, meskipun
catatan menyebutkan bahwa kerabatnya, A. gigas (juga
endemik dari Sumatera) dapat menghasilkan bunga setinggi
5m. 

Bunga Bangkai / Suweg Raksasa

Namanya berasal dari bunganya yang mengeluarkan bau seperti

bangkai yang membusuk, yang dimaksudkan sebenarnya untuk
mengundang kumbang dan lalat penyerbuk bagi bunganya.
Banyak orang sering salah mengira dan tidak bisa membedakan
bunga bangkai dengan "Rafflesia arnoldii" mungkin karena
orang sudah mengenal bahwa Rafflesia sebagai bunga terbesar
dan kemudian menjadi bias dengan ukuran bunga bangkai yang
juga besar. 

Cempaka wangi 
Cempaka wangi (Magnolia champaca syn. Michelia champaca)
adalah pohon hijau abadi besar yang bunga putih atau
kuningnya dikenal luas sebagai sumber wewangian. 

Cempaka wangi (Magnolia champaca syn. Michelia champaca) 

Tumbuhan asal anak benua India dan Asia Tenggara ini juga
berguna kayunya dan berfungsi pula sebagai penghias taman.
Bijinya terbungkus oleh salut biji yang disukai burung.