This Photo by Unknown Author is licensed under CC BY-NC-ND

4.3 Model Penyebaran SARS

 Model SIR
Merupakan model penyebaran penyakit
sederhana yang diperkenalkan oleh
Kermack dan McKendrick pada 1927.

Terdapat 3 populasi dalam model ini:

Susceptible (S) yang tidak imun
terhadap penyakit.
Infected (I) yang memiliki penyakit dan
This Photo by Unknown Author is licensed under CC BY-NC-ND
dapat menyebarkannya pada orang
William Ogilvy Kermack Anderson Gray McKendrick lain.
biochemist physician and epidemiologist Recovered (R) yang telah sembuh dari
1898 – 1970 1876 - 1943
penyakit dan kemudian imun terhadap
penyakit tersebut.
Influenza dalam
Lingkungan Tertutup
Pandang penyebaran penyakit dalam
lingkungan tertutup, di mana tidak ada
kelahiran, kematian, imigrasi, atau emigrasi.

Contoh kasus.
Influenza pada suatu sekolah berasrama.
Pada 22 Januari, seorang siswa terkena flu,
yang siswa lainnya belum pernah terkena.
Pada akhir wabah di 4 Februari, 512 dari
763 siswa di sekolah tersebut telah tertular
flu.
British Medical Journal 1978

This Photo by Unknown Author is licensed under CC BY-SA

Model SIR untuk R
Asumsikan bahwa setelah waktu tertentu, individu yang
memiliki flu akan sembuh.
Laju perubahan banyaknya recovered sebanding dengan
banyaknya infected.
Persamaan diferensial banyaknya recovered adalah:
𝑑𝑅
= 𝑎𝐼
𝑑𝑡
dengan 𝑎 adalah laju kesembuhan.
1
Dalam model ini, 𝑎 = ,
𝑑
dengan 𝑑: banyaknya hari seseorang terinfeksi.
This Photo by Unknown Author is licensed under CC BY-ND
Model SIR untuk S
Siswa susceptible akan terinfeksi influenza dengan melakukan kontak
terhadap siswa infected.
Banyaknya kemungkinan kontak adalah hasil kali ukuran kedua
populasi, 𝑆𝐼. Laju perubahan banyaknya susceptible sebanding dengan
𝑆𝐼.
Dengan mengasumsikan tidak ada siswa baru, banyaknya susceptible
akan berkurang.
Persamaan diferensial untuk 𝑆 adalah:
𝑑𝑆
= −𝑟𝑆𝐼
𝑑𝑡
dengan 𝑟 > 0 konstanta transmisi.
This Photo by Unknown Author is licensed under CC BY-ND
Konstanta Transmisi
Seorang anak yang sakit menularkan penyakitnya dengan berinteraksi dengan
anak lain yang susceptible dan interaksi tersebut berakibat pada penularan.
Misalkan 𝑁 adalah ukuran populasi.
Laju perubahan 𝑆 terhadap waktu (𝑑𝑆/𝑑𝑡) dapat dipandang sebagai negatif
hasil kali dari:
• rata-rata kontak per hari yang dilakukan individu infected (𝑘),
• peluang kontak terjadi dengan individu susceptible (𝑆/𝑁),
• peluang terjadi penularan pada saat kontak (𝑏), dan
• banyaknya individu infected (𝐼).
𝑑𝑆/𝑑𝑡 = −𝑘(𝑆/𝑁)𝑏𝐼 = −(𝑘𝑏/𝑁)𝑆𝐼
Sehingga konstanta transmisi 𝑟 = 𝑘𝑏/𝑁. This Photo by Unknown Author is licensed under CC BY-ND
Model SIR untuk I
Hanya susceptible bisa menjadi infected, dan infected akhirnya akan sembuh.
𝐼 memperoleh apa yang hilang dari 𝑆 dan yang hilang dari 𝐼, akan ditambahkan
pada 𝑅.
Akibatnya, persamaan diferensial untuk laju perubahan banyaknya infected
adalah:
𝑑𝐼 𝑑𝑆 𝑑𝑅
=− −
𝑑𝑡 𝑑𝑡 𝑑𝑡
= 𝑟𝑆𝐼 − 𝑎𝐼

This Photo by Unknown Author is licensed under CC BY-ND

Diagram Model SIR
Hasil Simulasi
𝑠𝑢𝑠𝑐𝑒𝑝𝑡𝑖𝑏𝑙𝑒𝑠(0) = 762
𝑡𝑟𝑎𝑛𝑠𝑚𝑖𝑠𝑠𝑖𝑜𝑛_𝑐𝑜𝑛𝑠𝑡𝑎𝑛𝑡 = 0.00218
𝑖𝑛𝑓𝑒𝑐𝑡𝑒𝑑𝑠(0) = 1
𝑟𝑒𝑐𝑜𝑣𝑒𝑟𝑦_𝑟𝑎𝑡𝑒 = 0.5
𝑟𝑒𝑐𝑜𝑣𝑒𝑟𝑒𝑑𝑠(0) = 0

Jawablah pertanyaan berikut.

a. Pada hari ke berapa jumlah anak yang sakit terbanyak?
b. Pada hari ke berapa sebagian besar dari anak sakit atau telah sembuh?
c. Pada hari ke berapa sebagian besar anak telah sembuh?
Model SARS
Marc Lipsitch (Harvard) membangun model
penyebaran severe acute respiratory
syndrome (SARS) dan menggunakan model
tersebut untuk melihat efek usaha
mereduksi penyebaran SARS.
Usaha yang dilakukan meliputi karantina
individu exposed dari populasi susceptible
dan isolasi individu infected.
Model Lipsitch merupakan perluasan dari
model SEIR (susceptible-exposed-infected-
recovered) yang memiliki populasi exposed
(𝑬): individu yang terinfeksi penyakit,
namun belum dalam tahap menularkan.
Model Lipsitch memodifikasi SEIR dengan
memasukkan unsur karantina, isolasi, dan
kematian.
Bangunlah Model
SEIR untuk
penyebaran penyakit.

This Photo by Unknown Author is licensed under CC BY-SA

Asumsi Model Lipsitch
1. Tidak ada kelahiran.
2. Kematian hanya terjadi oleh SARS.
3. Banyaknya kontak dari individu infected dengan individu
susceptible konstan dan tidak tergantung pada kepadatan populasi.
4. Untuk individu susceptible yang terekspos dengan penyakit,
konstanta karantina (𝑞) sama untuk individu non-infected maupun
infected.
5. Karantina dan isolasi efektif. Individu di dalam karantina atau
isolasi tidak dapat menyebarkan penyakit atau tidak dapat tertular
penyakit.
Populasi dalam Model Lipsitch
susceptible (𝑆): individu yang tidak mengidap SARS tapi dapat tertular.
susceptible_quarantined (𝑆𝑄 ): individu yang tidak mengidap SARS, dikarantina sehingga tidak dapat terinfeksi.
exposed (𝐸): individu yang sudah mengidap SARS, tapi belum menunjukkan tanda terinfeksi dan belum
menular.
exposed_quarantined (𝐸𝑄 ): individu yang sudah mengidap SARS, belum menunjukkan tanda terinfeksi dan
belum menular, tetapi dikarantina.
infectious_undetected (𝐼𝑈 ): individu yang sudah mengidap SARS dan dapat menularkan, tetapi belum terdeteksi.
infectious_quarantined (𝐼𝑄 ): individu yang sudah mengidap SARS, tetapi dikarantina sehingga tidak dapat
menularkan.
infectious_isolated (𝐼𝐷 ): individu yang sudah mengidap SARS, tetapi diisolasi sehingga tidak dapat menularkan.
SARS_death (𝐷): individu yang meninggal karena SARS.
recovered_immune (𝑅): individu yang telah imun terhadap penularan.
Transisi Antar Kategori
Jawablah pertanyaan berikut
mengenai transisi dalam diagram
model.
a. Kategori apa saja keluar dari 𝑆?
b. Kategori apa saja yang masuk ke
dalam 𝑆?
c. Kategori apa saja yang masuk ke
dalam 𝐷?
This Photo by Unknown Author is licensed under CC BY-NC
Diagram Model Lipsitch
𝑏: peluang bahwa kontak antara infectious_undetected
(𝐼𝑈) dan susceptible (𝑆) mengakibatkan penularan SARS.
𝑘: banyak kontak per hari dari infectious_undetected
(𝐼𝑈), konstan tanpa memandang kepadatan populasi.
𝑚: laju kematian per kapita.
𝑁0: populasi awal.
𝑝: rasio dari exposed yang kemudian dapat menularkan
SARS per hari.
𝑞: rasio dari susceptible (𝑆) yang masuk ke karantina
per hari, baik menjadi susceptible_quarantined (𝑆𝑄)
maupun exposed_quarantined (𝐸𝑄).
𝑢: rasio dari susceptible_quarantined (𝑆𝑄) yang
diperbolehkan meninggalkan karantina per hari.
𝑣: laju kesembuhan per kapita.
𝑤: rasio dari infectious_undetected (𝐼𝑈) yang terdeteksi
dan kemudian diisolasi.
 Seseorang dapat berpindah dari
infectious_undetected (𝐼𝑈) ke
• recovered_immune dengan laju 𝑣,
• SARS_death dengan laju 𝑚, atau
• infectious_isolated (𝐼𝐷 ) dengan laju 𝑤.
Total laju perubahan untuk meninggalkan
Konstanta infectious_undetected (𝐼𝑈) adalah 𝑣 + 𝑚 + 𝑤 per
hari. Akibatnya, rata-rata durasi terinfeksi adalah
dan Laju 1
𝑣+𝑚+𝑤
hari.
Perubahan 𝑘/𝑁0 adalah rasio kontak per hari. Karena 𝑏 adalah
peluang penyebaran penyakit, (𝑘/𝑁0)𝑏 merupakan
untuk I konstanta transmisi.
𝐼𝑈𝑆 merupakan banyaknya kontak yang mungkin.
𝑘
Akibatnya, 𝑁 𝑏𝐼𝑈𝑆 = 𝑘𝑏𝐼𝑈 𝑆/𝑁0 adalah
0
banyaknya kasus SARS baru setiap harinya.
Dari kasus baru tersebut, 𝑞 bagian akan berpindah
ke exposed_quarantined (𝐸𝑄), dan sisanya, (1 – 𝑞),
ke exposed (𝐸).
 Untuk individu yang berpindah dari susceptible
(𝑆) ke susceptible_quarantined (𝑆𝑄 ), walaupun
mereka melakukan kontak dengan individu
yang memiliki penyakit, mereka tidak akan
tertular.
Konstanta Karena 𝑘/𝑁0 adalah rasio kontak per hari, total
kontak yang mungkin adalah 𝐼𝑈𝑆, dan peluang
dan Laju tidak terjadinya penularan adalah (1 – 𝑏),
maka total kontak yang tidak mengakibatkan
Perubahan penularan adalah
untuk S 𝑘
𝑁0 1 – 𝑏 𝐼𝑈𝑆 = 𝑘 1 – 𝑏 𝐼𝑈𝑆/𝑁0.
Namun, hanya sebagian (𝑞) yang akan masuk
ke karantina.
Akibatnya, laju perubahan dari susceptible (𝑆)
ke susceptible_quarantined (𝑆𝑄 ) adalah
𝑞𝑘(1 – 𝑏)𝐼𝑈𝑆 / 𝑁0.
 Model Lipsitch bertujuan untuk mengevaluasi
keefektifan karantina dan isolasi.
Untuk itu didefinisikan bilangan reproduktif 𝑅, yang
merupakan ekspektasi dari kasus infeksi sekunder
yang terjadi dari kasus infeksi rata-rata pada saat
penularan terjadi.

Bilangan Bilangan reproduktif dasar 𝑅0 adalah bilangan

reproduktif awal pada saat hanya ada 1 individu
Reproduktif terinfeksi dan yang lain susceptible.
Contoh.
𝑅0 = 3 bermakna bahwa 1 orang yang terinfeksi pada
awalnya akan mengakibatkan 3 orang terinfeksi.
Bilangan ini memberikan prospek pertumbuhan
secara eksponensial dari banyak orang terinfeksi.
Amat penting untuk menjaga 𝑅0 < 1, agar tidak
terjadi wabah. Jika 𝑅0 > 1, akan terjadi wabah.
 Individu infectious_undetected memiliki kontak
dengan rata-rata 𝑘 orang per hari.
Pada awalnya, dengan peluang penularan 𝑏,
terdapat 𝑘𝑏 kasus SARS sekunder per hari yang
diperoleh dari orang pertama yang terinfeksi.
Jadi, untuk rata-rata durasi SARS 𝐷 hari, bilangan
Menghitung reproduksi dasar
Bilangan 𝑅0 = 𝑘𝑏𝐷.
Karena rata-rata durasi seseorang terinfeksi adalah
Reproduktif 1
𝑣+𝑚+𝑤
hari, maka tanpa karantina, seorang
Dasar individu yang terinfeksi akan mengakibatkan kasus
𝑘𝑏
SARS sekunder sebanyak 𝑅0 = 𝑣 + 𝑚 + 𝑤.
Namun demikian, ketika 𝑞 bagian dikarantina
sehingga (1 − 𝑞) tidak masuk karantina, bilangan
𝑘𝑏
reproduktif menjadi 𝑅0 = 𝑣 + 𝑚 + 𝑤 (1 − 𝑞).
Semakin besar 𝑞, 𝑅0 akan semakin kecil.
Lengkapi Model
SARS Lipsitch
dengan keluaran
bilangan
reproduktif R.

This Photo by Unknown Author is licensed under CC BY-SA