TUGAS

BIOTEKNOLOGI

Disusun oleh:

NAMA : LASINRANG ADITIA

NIM : 60300112034

KELAS : BIOLOGI A

TUGAS : BIOTEKNOLOGI

JURUSAN BIOLOGI

FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI

UNIVERSITAS ISLAM NEGERI ALAUDDIN MAKASSAR

2013
1. Apa itu PCR (Polimerase Chain Reaction) dan gambarnya?
Reaksi berantai polimerase atau lebih umum dikenal sebagai PCR
(kependekan dari istilah bahasa Inggris polymerase chain reaction) merupakan
suatu teknik atau metode perbanyakan (replikasi) DNA secara enzimatik tanpa
menggunakan organisme. Dengan teknik ini, DNA dapat dihasilkan dalam
jumlah besar dengan waktu relatif singkat sehingga memudahkan berbagai
teknik lain yang menggunakan DNA. Teknik ini dirintis oleh Kary Mullis pada
tahun 1983 dan ia memperoleh hadiah Nobel pada tahun 1994 berkat
temuannya tersebut. Penerapan PCR banyak dilakukan di bidang biokimia dan
biologi molekular karena relatif murah dan hanya memerlukan jumlah sampel
yang kecil.

Gambar Tahap PCR (Polimerase Chain Reaction)

Gambar Alat PCR (Polimerase Chain Reaction)

2. Metode Kerja PCR (Polimerase Chain Reaction)
Secara prinsip, PCR merupakan proses yang diulang-ulang antara 20–
30 kali siklus. Setiap siklus terdiri atas tiga tahap. Berikut adalah tiga tahap
bekerjanya PCR dalam satu siklus:
1. Tahap peleburan (melting) atau denaturasi. Pada tahap ini (berlangsung
pada suhu tinggi, 94–96 °C) ikatan hidrogen DNA terputus (denaturasi)
dan DNA menjadi berberkas tunggal. Biasanya pada tahap awal PCR
tahap ini dilakukan agak lama (sampai 5 menit) untuk memastikan semua
berkas DNA terpisah. Pemisahan ini menyebabkan DNA tidak stabil dan
siap menjadi templat ("patokan") bagi primer. Durasi tahap ini 1–2 menit.
2. Tahap penempelan atau annealing. Primer menempel pada bagian DNA
templat yang komplementer urutan basanya. Ini dilakukan pada suhu
antara 45–60 °C. Penempelan ini bersifat spesifik. Suhu yang tidak tepat
menyebabkan tidak terjadinya penempelan atau primer menempel di
sembarang tempat. Durasi tahap ini 1–2 menit.
3. Tahap pemanjangan atau elongasi. Suhu untuk proses ini tergantung
dari jenis DNA polimerase (ditunjukkan oleh P pada gambar) yang
dipakai. Dengan Taq-polimerase, proses ini biasanya dilakukan pada suhu
76 °C. Durasi tahap ini biasanya 1 menit.
Lepas tahap 3, siklus diulang kembali mulai tahap 1. Akibat denaturasi
dan renaturasi, beberapa berkas baru (berwarna hijau) menjadi templat bagi
primer lain. Akhirnya terdapat berkas DNA yang panjangnya dibatasi oleh
primer yang dipakai. Jumlah DNA yang dihasilkan berlimpah karena
penambahan terjadi secara eksponensial.
3. Teknik Ekstraksi/Isolasi DNA
Isolasi DNA merupakan langkah mempelajari DNA. Salah satu prinsip
isolasi DNA yaitu dengan sentrifugasi. Sentrifugasi merupakan teknik untuk
memisahkan campuran berdasarkan berat molekul komponennya. Molekul
yang mempunyai berat molekul besar akan berada di bagian bawah tabung dan
molekul ringan akan berada pada bagian atas tabung.
 Isolasi DNA merupakan kegunaan DNA untuk dianalisa atau
dimanipulasi yang harus diisolasi terlebih dahulu dan murni kandungannya.
Metode isolasi DNA
1. Teknik Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD)
Teknik pengujian polimorfisme DNA berdasarkan pada amplifikasi
dari segmen-segmen DNA acak yang menggunakan primer tunggal yang
sekuen nukleotidanya ditentukan secara acak. Primer tunggal ini biasanya
berukuran 10 basa. PCR dilakukan pada suhu anealing yang rendah yang
memungkinkan primer menempel pada beberapa lokus pada DNA. Aturan
sederhana untuk primer adalah terdiri atas 18-28 susunan basa dengan
persentase G+C 50-60%.
2. Metode CTAB
Menghasilkan pita DNA yang berukuran tebal dan dapat
memisahkan DNA dari polisakarida karena adanya perbedaan karakteristik
kelarutan (differensial of solubility). Disamping deperoleh fragmen DNA,
dengan metode CTAB juga akan diperoleh RNA dengan pita tipis yang
terletak jauh berada di bawah pita DNA. Keberadaan pita RNA tergantung
bahan yang diekstraksi.
3. Phenol:chloroform
Mengunakan senyawa Phenol-choloroform-isoamyl alcohol, Metode
standard untuk ekstraksi DNA.
4. Salting Out
Menggunakan garam konsentrasi tinggi (NaCl 6 M), untuk
medenaturisasi protein menggunakan Proteinase K untuk denaturasi protein.
5. Guanidine isothiocyanate
Metode ini lebih cepat dibanding dua metode sebelumnya,
Thiocyanate bersifat toksik, untuk lisis dinding sel, Memerlukan chloroform
untuk denaturasi protein.
6. Silica Gel
Silica gel dapat mengikat DNA dengan perantaraan garam/buffer
tertentu (NaI), Cepat, tetapi recovery DNA kurang.
 7. PCR (Polymerase Chain Reaction)
Merupakan suatu teknik perbanyakan (amplifikasi) potongan DNA
secara in vitro pada daerah spesifik yang dibatasi oleh dua buah primer
oligonukleotida. Primer yang digunakan sebagai pembatas daerah yang
diperbanyak adalah DNA untai tunggal yang urutannya komplemen dengan
DNA templatnya. Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA secara
in vivo yang bersifat semi konservatif.
4. Eletroforesis dengan gambarnya
Elektroforesis adalah teknik pemisahan komponen atau molekul
bermuatan berdasarkan perbedaan tingkat migrasinya dalam sebuah medan
listrik. Medan listrik dialirkan pada suatu medium yang mengandung sampel
yang akan dipisahkan. Teknik ini dapat digunakan dengan memanfaatkan
muatan listrik yang ada pada makromolekul, misalnya DNA yang bermuatan
negatif. Jika molekul yang bermuatan negatif dilewatkan melalui suatu
medium, kemudian dialiri arus listrik dari suatu kutub ke kutub yang
berlawanan muatannya maka molekul tersebut akan bergerak dari kutub negatif
ke kutub positif. Kecepatan gerak molekul tersebut tergantung pada nisbah
muatan terhadap massanya serta tergantung pula pada bentuk molekulnya.
Pergerakan ini dapat dijelaskan dengan gaya Lorentz, yang terkait dengan sifat-
sifat dasar elektris bahan yang diamati dan kondisi elektris lingkungan:

F adalah gaya Lorentz, q adalah muatan yang dibawa oleh objek, E adalah
medan listrik. Secara umum, elektroforesis digunakan untuk memisahkan,
mengidentifikasi, dan memurnikan fragmen DNA.