Hubungan pemerintah pusat dan pemerintah daerah menurut Undang-Undang Dasar RI
tahun 1945. Berdasarkan undang-undang nomor 23 tahun 2004 tentang Pemerintahan Daerah asas penyelenggaraan pemerintah daerah ada 10 yaitu: asas kepastian hukum, asas tertib penyelenggaraan negara, asas kepentingan umum, asas keterbukaan, asas proporsional, asas profesionalitas, asas akuntabilitas, asas efisiensi, asas efektivitas, dan asas keadilan. Pengelolaan sumber pendapatan daerah berdasarkanundang-undang nomor 23 tahun 2014 sumber pendapatan daerah terbagi menjadi 3 : pendapatan asli daerah, pendapatan transfer, dan pendapatan lain-lain. Pembagian urusan pemerintahan ada urusan pemerintahan absolut, pemerintahan pusat konkuren , dan pemerintahan umum. Pemerintahan absolut itu yang diurus oleh pemerintah pusat : politik luar negeri, Pertahanan nasional, kebijakan moneter dan fiskal nasional, yustisi atau hukum dan agama kemudian pemerintahan konkuren yaitu antara pemerintah pusat dan pemerintah daerah yaitu ada 1 kelautan dan perikanan kemudian ada pariwisata kemudian ada pertanian keempat ada kehutanan ke-5 ada energi dan sumber daya mineral kemudian yang ke 6 pada perdagangan kemudian perindustrian dan terakhir transmigrasi dibagi berdasarkan potensi dan kemampuan daerah. Urusan pemerintahan umum yang menjadi kewenangan presiden sebagai kepala pemerintahan urusan pemerintahan umum dilaksanakan oleh Gubernur dan Bupati atau Walikota sebagai pemerintah di daerah masing-masing. Selanjutnya hubungan pemerintah pusat dan pemerintah daerah secara struktural Presiden memiliki kekuasaan tertinggi dalam penyelenggaraan pemerintah di tingkat nasional dibawa presiden ada Gubernur, bupati atau walikota, camat dan RW RT. Hubungan fungsional pemerintah pusat dan daerah ditujukan untuk meningkatkan kesejahteraan masyarakat berdasarkan fungsi atau pelaksanaan pemerintah daerah dan pusat selanjutnya ketentuan yang mengatur tentang otonomi daerah yang pertama ada undang-undang Dasar Negara Republik Indonesia tahun 1945 pasal 18 18a dan pasal 18b Kemudian yang kedua ada undang-undang undang-undang nomor 23 tahun 2014 tentang pemerintahan daerah dan undang-undang nomor 9 tahun 2015 tentang perubahan kedua atas undang-undang nomor 23 tahun 2014 tentang pemerintahan daerah jadi undang-undang nomor 9 ini undang-undang nomor 9 tahun 2015 revisi undang-undang nomor 23 tahun 2014. Selanjutnya tujuan dari otonomi daerah yang pertama ada demokratisasi politik melalui partai politik dan DPRD yang kedua ada meningkatkan indeks pembangunan manusia sebagai sarana peningkatan kesejahteraan masyarakat Indonesia kemudian yang ketiga Mempererat hubungan administrasi administratif antara pemerintah pusat dan daerah berkaitan dengan pembagian urusan pemerintahan antara pusat dan daerah penyelenggaraan. Pada Daerah Istimewa Yogyakarta disebut Istimewa karena yang pertama adanya tata cara mengisi jabatan kedudukan tugas dan wewenang Gubernur dan Wakil Gubernur nya berbeda dari kebanyakan, kelembagaan Pemerintah Daerah Istimewa Jogjakarta, dan kebudayaannya yang berbeda diatur dalam undang-undang nomor 13 tahun 2012 tentang keistimewaan Daerah Istimewa Yogyakarta. Ketiga Provinsi Aceh sesuai undang-undang nomor 11 tahun 2006 tentang pemerintahan Aceh keistimewaannya adalah pertama penyelenggaraan beragama dalam bentuk pelaksanaan syariat Islam bagi pemeluknya di Aceh dengan tetap menjaga ketentuan hidup antar umat beragama kemudian kehidupan adat yang bersendikan agama Islam melalui penyelenggaraan pendidikan yang berkualitas serta menambah materi muatan lokal sesuai dengan syariat Islam kemudian peran ulama dalam penetapan kebijakan Aceh penyelenggaraan dan pengelolaan ibadah haji sesuai dengan peraturan perundang- undangan. Terakhir otonomi khusus daerah Papua diatur undang-undang nomor 21 tahun 2001 tentang otonomi khusus bagi Provinsi Papua karena adanya pengaturan antara pemerintah dan kewenangan antara pemerintah provinsi Papua serta penerapan kewenangan tersebut diproduksi Papua yang dilakukan dengan kekhususan, kedua adalah penghormatan dan pengakuan hak-hak orang asli Papua serta pemberdayaan nya secara strategis dan mendasar, ketiga mewujudkan penyelenggaraan pemerintahan yang baik dan dan partisipasi rakyat dalam perencanaan pelaksanaan dan pengawasan dalam penyelenggaraan pemerintahan serta pelaksanaan pembangunan melalui keikutsertaan para wakil adat agama dan kaum perempuan lalu ada pelaksanaan pembangunan diarahkan sebesar-besarnya untuk memenuhi kebutuhan dasar para penduduk asli Papua pada umumnya yang berperan berpegangan teguh pada prinsip kelestarian lingkungan pembangunan berkelanjutan berkeadilan dan bermanfaat langsung bagi masyarakat kemudian ada penyelenggaraan pemerintahan dan pelaksanaan pembangunan yang transparan dan bertanggung jawab kepada masyarakat, keempat pembagian wewenang tugas dan tanggung jawab yang tegas dan jelas antara badan legislatif eksekutif dan yudikatif serta majelis rakyat Papua sebagai representasi kultural penduduk asli Papua yang diberikan kewenangan tertentu.