Perlawanan Ternate dipimpin oleh Sultan Hairun. Namun berkat tipu muslihat oleh Portugis akhirnya Sultan Khairun ditangkap dan dibunuh pada tahun 1570. Pada tahun 1575, dibawah pimpinan Sultan Baabulah (putra Sultan Khairun) Portugis berhasil diusir dari wilayah Maluku dan menyingkir ke daerah Timor Timur.
b. Perlawanan Kesultanan Aceh
Setelah menguasai Malaka, Portugis kemudian mengirimkan pasukannya untuk menundukkan Aceh. Pada massa pemerintahan Sultan Iskandar Muda (1607- 1639). Pada tahun 1629, Aceh mencoba menaklukan Portugis namun belum berhasil mendapat kemenangan.
c. Perlawanan Kesultanan Demak
Perlawanan ini dipimpin oleh Pati Unus menyerang Portugis di Malaka. Serangan dlancarkan tahun 1512 dan 1513 namun belum berhasil. Kemudian tahun 1527, tentara Demak kembali melancarkan serangan terhadap Portugis di Sunda Kelapa. Di bawah pimpinan Fatahillah, kemudian berhasil mengusir Portugis kemudian mengubah nama Sunda Kelapa diubah menjadi Jayakarta.
Perlawanan Terhadap VOC
a. Perlawanan Kesultanan Mataram
Perlawanan ini disebabkan VOC memaksakan monopoli perdagangan di daerah Jawa dan tidak mengakui kedaulatan Mataram Islam. Sultan Agung mempersiapkan serangan terhadap kedudukan VOC di Batavia pada tahun 1628 yang merupakan serangan pertama, namun gagal karena kehabisan perbekalan. Serangan kedua pasukan Mataram Islam juga mengalami kegagalan. Kegagalan tersebut disebabkan lumbung padi persediaan makanan dihancurkan Belanda. Di samping Sultan Agung, perlawanan terhadap kekuasaan VOC juga dilakukan oleh Pangeran Mangkubumi dan Raden Mas Said
b. Perlawanan Kesultanan Banten
Perlawanan Kesultanan Banten terhadap VOC dipimpin oleh Sultan Ageng Tirtayasa. Namun putranya Sultan Haji bersekutu dengan Belanda, hal ini menyebabkan pihak Belanda dapat menghasut dan ikut campur urusan kesultanan Banten. Setelah Sultan haji dicopot kekuasannya oleh Sultan Ageng maka Sultan Haji meminta bantuan pada VOC untuk menyerang ayahnya. Akibatnya Sultan Ageng Tirtayasa makin terdesak dan berhasil ditangkap dan dibuang ke Batavia.
c. Perlawanan Kerajaan Makassar
Perlawanan pasukan Makassar terhadap VOC dipimpin oleh Sultan Hasanuddin. VOC dalam rangka menjalankan politik adu domba telah menjalin dengan seorang pangeran dari Bone bernama Arung Palaka. Konflik antara Sultan Hasanuddin dan Arung Palaka memberi jalan bagi Belanda untuk menguasai kerajaan tersebut. Tentara VOC dipimpin Spelman dengan dibantu Raja Bone, Arung Palaka. Dalam pertempuran tersebut , Pelabuhan Sombaopu berhasil direbut VOC. Perselisihan ini diakhiri dengan ditandatanganinya Perjanjian Bongaya.