PAPER SISTEM ENZYMATIK MIKROBA

TUGAS MATA KULIAH MIKROBIOLOGI

DOSEN PENGAMPU
Bpk. SULHARWARDI ANWAR

DISUSUN OLEH

FARHAN (204110181)
AGROTEKNOLOGI 3C

PROGRAM STUDI AGROTEKNOLOGI

FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS ISLAM RIAU
2021
A. STRUKTUR ENZIM
Enzim merupakan substansi yang ada dalam sel dalam jumlah yang amat kecil dan
mampu menyebabkan terjadinya perubahan-perubahan yang berkaitan dengan proses-proses
seluler dan kehidupan. Nama lain dari enzim adalah fermen; nama enzim berasal dari bahasa
Yunani yang berarti “dalam ragi”.

Keseluruhan bagian enzim yang disebut holoenzim tersusun atas dua komponen utama,
yaitu komponen protein (apoenzim) dan komponen nonprotein (gugus prostetik). Fungsi enzim
sangat ditentukan oleh gugus apoenzimnya karena pada bagian tertentu merupakan tempat
melekatnya substrat dan sekaligus tempat mereksikan substrat. Bagian pada gugus protein yang
berfungsi sebagai pusat katalitik enzim disebut sisi aktif. Komponen nonprotein (gugus prostetik)
dibedakan menjadi gugus kofaktor dan koenzim. Gugus kofaktor tersusun atas zat anorganik
yang umumnya berupa logam, misalnya Cu, Fe, Mn, Zn, Ca, K dan Co. Gugus koenzim
merupakan senyawa organik nonprotein yang tidak melekat erat pada bagian protein enzim,
contohnya NAD, NADP dan koenzim A.

Ada dua tipe enzim, yaitu eksoenzim atau enzim ekstraseluler atau enzim di luar sel dan
endoenzim atau enzim intraseluler atau enzim di dalam sel. Fungsi utama dari eksoenzim adalah
melangsungkan perubahan-perubahan pada nutrien di sekitarnya sehingga memungkinkan
nutrien tersebut memasuli sel; dengan mengambil zat makanan yang ada di sekeliling sel.
Misalnya, enzim amilase menguraikan zat pati menjadi unit-unit gula yang lebih kecil.
Sedangkan fungsi endoenzim untuk mensintesis bahan seluler dan menguraikan nutrien untuk

menyediakan energi yang dibutuhkan oleh sel, misalnya heksokinase mengkatalisis fosforilase
glukosa dan heksosa (senyawa-senyawa gula sederhana) di dalam sel.

B. SIFAT ENZIM
Sebagai molekul zat yang mempunyai peranan besar dalam metabolisme, enzim memiliki
beberapa sifat penting, di antaranya sebagai berikut:

1) Enzim adalah Suatu Protein

Ini terbukti karena enzim di dalam larutan membentuk suatu koloid. Keadaan ini akan
memungkinkan luasnya permukaan enzim sehingga bidang aktivitasnya juga besar.
2) Bekerja Secara Khusus (Spesifik)
Enzim tertentu hanya dapat mempengaruhi reaksi tertentu dan tidak dapat mempengaruhi reaksi
lainnya. Sebagai contoh: di dalam usus rayap terdapat protozoa yang menghasilkan enzim
selulase sehingga rayap dapat hidup dengan makan kayu karena dapt mencerna selulosa (salah
satu jenis karbohidrat/polisakarida). Sebaliknya manusia tidak dapat mencerna kayu, meskipun
mempunyai enzim amilase, yaitu enzim yang dapat mencerna amilum/pati (yang juga merupakan
jenis polisakarida). Enzim amilase dan selulase masing-masing bekerja secara khusus.
3) Enzim sebagai Katalisator. Artinya sebagai zat yang mampu mempercepat reaksi kimia, tetapi
enzim tidak ikut bereaksi. Dengan demikian, enzim tidak diperlukan dalam jumlah yang banyak.
Dalam jumlah sedikit saja enzim telah menyelenggarakan suatu perubahan zat yang beribu-ribu
kali lebih berat daripada berat molekulnya sendiri. Contohnya, sebuah molekul enzim katalase
mampu mengubah 5 juta molekul H2O2 tanpa enzim itu mengalami perubahan.
4) Dapat digunakan Berulang Kali
Enzim dapat digunakan berulang kali karena enzim tidak berubah pada saat terjadi reaksi.
Meskipun dalam jumlah sedikit, adanya enzim dalam suatu reaksi yang dikatalisirnya akan
mempercepat reaksi, karena enzim yang telah bekerja dalam reaksi tersebut dapat digunakan
kembali.
5) Rusak oleh Panas
Enzim adalah suatu protein yang dapat rusak oleh panas disebut denaturasi. Kebanyakan enzim
rusak pada suhu di atas 50°C. Reaksi kimia akan meningkat dua kali lipat dengan kenaikan suhu
sebesar 10°C. Kenaikan suhu di atas suhu 50°C tidak dapat meningkatkan reaksi yang dikatalisir
oleh enzim, tetapi justru menurunkan atau menghentikan reaksi tersebut. Hal ini disebabkan

enzimnya rusak sehingga enzim tersebut tidak dapat bekerja. Demikian juga pada suhu rendah,
suhu rendah tidak merusak enzim tetapi hanya tidak aktif saja.
6) Dapat Bekerja Bolak-Balik
Umumnya enzim dapat bekerja secara bolak-balik. Artinya, suatu enzim dapat bekerja
menguraikan suatu senyawa menjadi senyawa-senyawa lain dan sebaliknya dapat pula bekerja
menyusun senyawa-senyawa itu menjadi senyawa semula. Pada tumbuhan, proses fotosintesis
menghasilkan glukosa. Apabila glukosa yang dihasilkan dalam jumlah banyak, maka glukosa
tersebut diubah dan disimpan dalam bentuk pati. Pada saat diperlukan, misalnya untuk
pertumbuhan, pati yang disimpan sebagai cadangan makanan tersebut diubah kembali menjadi
glukosa.
 Penghambatan umpan balik (Feedback Inhibition)
Penumpukan produk akhir menghambat kerja enzim pertama
dalam rangkaian reaksi tersebut sehingga produksi enzim
selanjutnya ditunda

C. MEKANISME KERJA ENZIM

Reaksi enzimatis akan berlangsung apabila substrat tersedia dan bagian sisi aktif enzim
dalam keadaan kosong. Substrat akan memasuki bagian sisi aktif enzim dan bagian sisi aktif
tersebut akan mengalami perubahan bentuk dengan mengelilingi substrat. Kemudian
terbentuklah ikatan lemah enzim-substrat. Di dalam sisi aktif, substrat akan diubah menjadi
produk, selanjutbya akan dilepaskan dari enzim. Begitu seterusnya sampai bagian sisi aktif
tersebut dapat ditempati oleh substrat yang lain.
 DEFINISI DAN KARAKTERISTIK KERJA ENZIM

Protein dengan aktivitas katalitik yang mempercepat reaksi

kimia tanpa ikut dalam reaksi tersebut
Teori Kunci-
Anak kunci

Ukuran molekul enzim >

substrat

Penurunan energi

aktivasi

Enzim dapat bekerja dengan beberapa cara:

1. Menurunkan energi aktivasi dengan menciptakan suatu lingkungan yang mana keadaan transisi
terstabilisasi. Contohnya mengubah bentuk substrat menjadi konformasi keadaan transisi ketika
ia terikat dengan enzim.
2. Menurunkan energi dalam keadaan transisi tanpa mengubah bentuk substrat dengan
menciptakan lingkungan yang memiliki distribusi muatan yang berlawanan dengan keadaan
transisi.
3. Menyediakan lintasan reaksi alternatif. Contohnya bereaksi dengan substrat sementara waktu
untuk membentuk kompleks enzim-substrat antara.
4. Menurunkan perubahan entropi reaksi dengan menggiring substrat bersama pada orientasi yang
tepat untuk bereaksi. Menariknya, efek entropi ini melibatkan destabilisasi keadaan dasar dan
kontribusinya terhadap katalis relatif kecil.

Mekanisme kerja enzim dapat dijelaskan dengan dua hipotesis, yaitu hipotesis gembok
dan anak kunci dan hipotesis kecocokan yang terinduksi.
a. Hipotesis Gembok dan Anak Kunci (Lock and Key)
Menurut hipotesis yang dikemukakan oleh Emil Fischer, bagian sisi aktif enzim mempunyai
bentuk spesifik dan tidak fleksibel. Suatu enzim hanya dapat ditempati oleh substrat tertentu saja.
 Enzim dan substrat bergabung bersama membentuk kompleks, seperti kunci yang masuk dalam
gembok. Di dalam kompleks, substrat dapat bereaksi dengan energi aktivasi yang rendah.
Setelah bereaksi, kompleks lepas dan melepaskan produk serta membebaskan enzim.

Gambar Hipotesis Gembok dan Anak Kunci (Lock and Key)

b. Hipotesis Induced Fit

Menurut hipotesis ini, bagian sisi aktif enzim bersifat fleksibel terhadap substrat yang masuk.
Apabila ada substrat yang masuk ke bagian sisi aktif, maka bagian ini akan mengalami
perubahan bentuk mengikuti substrat. Ketika produk sudah terlepas dari kompleks, selanjutnya
enzim tidak aktif menjadi bentuk yang lepas. Sehingga, substrat yang lain kembali bereaksi
dengan enzim tersebut.
D. FAKTOR YANG MEMPENGARUHI KERJA ENZIM
Faktor-faktor yang berpengaruh pada kerja enzim adalah suhu, pH, zat penghambat
(inhibitor), konsentrasi substrat dan hasil akhir.
1) Suhu
Peningkatan suhu dapat meningkatkan kecepatan reaksi sampai batas suhu tertentu. Hal ini
disebabkan jika molekul bergerak lebih cepat, maka substrat akan berikatan lebih cepat pada sisi
aktif. Setelah melewati batas suhu tertentu, enzim akan mengalami denaturasi. Denaturasi adalah
perubahan struktur secara kimiawi karena terjadi gangguan pada ikatan hidrogen, ikatan ionik
dan ikatan lemah lainnya yang menyebabkan struktur enzim rusak. Jika kenaikan suhu terus terus
menerus, maka kemampuan kerja enzim menurun, bahkan berhenti. Demikian pula jika terjadi
penurunan suhu, maka enzim tidak bisa bekerja karena menjadi tidak aktif pada suhu rendah
(0°C atau di bawahnya), tetapi tidak rusak. Jika suhunya kembali normal enzim mampu bekerja
kembali. Setiap enzim mempunyai suhu optimum tertentu, yaitu suhu yang paling baik untuk
melangsungkan reaksi secara maksimal. Enzim bekerja optimal pada suhu 30°C atau pada suhu
tubuh.
2) pH (Derajat Keasaman)
Enzim bekerja optimal pada pH tertentu, umumnya pada pH netral. Pada kondisi asam atau basa,
kerja enzim terhambat. Agar enzim dapat bekerja secara maksimal, pada penelitian/percobaan
yang menggunakan enzim, kondisi pH larutan dijaga agar tidak berubah, yaitu dengan
menggunakan larutan penyangga (buffer).
3) Zat Penghambat (Inhibitor)
Zat yang dapat menghambat kerja enzim disebut inhibitor. Inhibitor merupakan senyawa kimia
yang bersifat menghambat kerja enzim. Zat tersebut memiliki struktur seperti enzim yang dapat
masuk ke substrat atau ada yang memiliki struktur seperti substrat sehingga enzim salah masuk
ke penghambat tersebut. Hambatan enzim dapat dikelompokkan ke dalam tipe reversible (dapat
balik) dan non-reversible (tidak dapat balik). Inhibitor reversibel adalah zat penghambat yang
tidak berkaitan secara kuat dengan enzim, sedangkan inhibitor irreversible merupakan
penghambat yang berkaitan dengan sisi aktif enzim secara kuat sehingga tidak dapat terlepas.
Hambatan reversible dibagi menjadi inhibitor kompetitif dan non kompetitif. Inhibitor kompetitif
merupakan senyawa kimia yang menyerupai substrat yang dapat bereaksi dengan sisi aktif
enzim. Jika sisi aktif enzim sudah terisi oleh inhibitor kompetitif, maka substrat tidak dapat
 berikatan dengan enzim. Untuk mengatasi hal ini, jumlah substrat harus ditingkatkan sehingga
substrat mempunyai kesempatan dalam bersaing memperebutkan sisi aktif enzim. Inhibitor
nonkompetitif merupakan senyawa kimia yang menghambat kerja enzim dengan cara melekat
pada bagian selain sisi aktif. Hal ini menyebabkan terjadinya perubahan bentuk enzim.
Akibatnya bagian sisi aktif enzim sulit berikatan dengan substrat dan enzim tidak dapat
mengubah substrat menjadi produk.
4) Konsentrasi Substrat
Jumlah substrat yang berlebihan dapat menyebabkan penurunan kerja enzim. Biasanya, sel akan
menambah jumlah enzim dengan cara melakukan sintesis enzim untuk mengatasi hambatan
tersebut.
5) Hasil akhir
Kerja enzim dipengaruhi hasil akhir. Hasil akhir yang menumpuk menyebabkan enzim sulit
“bertemu’ dengan substrat. Semakin menumpuk hasil akhir, semakin lambat kerja enzim.

FAKTOR YANG MEMPENGARUHI

KERJA ENZIM

pH dan suhu

Konsentrasi Substrat

E. PERANAN DAN PENAMAAN ENZIM

Tatanama enzim telah diresmikan menurut Persetujuan Internasional dengan bantuan
“Commission of Enzymes of the International Union of Biochemistry”. Namun nama-nama
umum atau nama biasa masih tetap banyak digunakan karena sudah lazim dan mudah. Untuk
 menamakan enzim digunakan akhiran -ase dan ini hanya digunakan untuk enzim tunggal. Untuk
penamaan suatu kompleks yang terdiri dari beberapa enzim didasarkan pada reaksi keseluruhan
yang dikatalisis olehnya menggunkaan sistem. Nama resmi atau nama sistematik dibentuk
menurut aturan-aturan yang pasti, memberikan petunjuk mengenai apa substratnya dan macam
reaksi yang dikatalisnya. Enzim dibedakan menjadi enam kelompok, yaitu : oksidoreduktase,
transferase, hidrolase, liase, isomerase dan ligase.
1. Oksidoreduktase
Reaksi katalitiknya adalah dalam reaksi transfer elektron (pemindahan elektron atau atom
hidrogen). Enzim ini terbagi menjadi enzim oksidase dan enzim reduktase. Enzim oksidase
terbagi menjadi kelompok kecil enzim dehidrogenase dan katalase. Enzim dehidrogenase
memegang peranan penting dalam pengubahan zat-zat organik menjadi hasil-hasil oksidasi.
Enzim katalase menguraikan hidrogen peroksida menjadi air dan hidrogen.
2. Transferase
Enzim transferase mentransfer gugusan kimia fungsional (fosfat, amino, metil, dsb) dari suatu
substrat ke substrat lain. Reaksi pemindahan ini tidak menghasilkan energi, tetapi mengubah
substrat menjadi senyawa yang dapat dioksidasi atau menjadi senyawa yang dapat digunakan
untuk sintesis material sel. Salah satu enzim yang termasuk dalam transferase yakni enzim
transaminase, yang berperan memindahkan gugusan amina dari suatu asam amino ke suatu asam
organik sehingga hasil terakhir berubah menjadi suatu asam amino.
3. Hidrolase
Enzim hidrolase merupakan sekumpulan enzim yang menguraikan suatu zat dengan pertolongan
air, disebut hidrolase karena enzim ini menghidrolisis molekul-molekul besar menjadi
komponen-komponen kecil yang dapat digunakan. Berdasarkan substrat yang diuraikan, enzim
hidrolase dibagi atas kelompok kecil yakni enzim karbohidrase, esterase dan proteinase.
a) Karbohidrase, yakni enzim-enzim yang menguraikan golongan karbohidrat. Misalnya:
Amilase, yakni enzim yang menguraikan amilum (suatu polisakarida) menjadi maltosa
(disakarida).
Maltase, yakni enzim yang menguraikan maltosa menjadi glukosa.
Sukrase, yaitu enzim yang mengubah sukrosa (gula tebu) menjadi glukosa dan fruktosa.
Laktase, yaitu enzim yang mengubah laktosa menjadi glukosa dan galaktosa.
 Selulase, yakni enzim yang menguraikan selulosa (suatu polisakarida) menjadi selobiosa (suatu
disakarida).
Pektinase, yakni enzim yang menguraikan pektin menjadi asam pektin.
b) Esterase, yakni enzim-enzim yang memecah golongan ester. Misalnya:
Lipase, yaitu enzim yang menguraikan lemak menjadi gliserol dan asam lemak.
Fosfatase, yaitu enzim-enzim yang menguraikan suatu ester hingga terlepas asam fosfat.
c) Proteinase, yakni enzim-enzim yang menguraikan golongan protein. Misalnya:
Peptidase, yaitu enzim yang menguraikan peptida menjadi asam amino.
Gelatinase, yakni enzim yang menguraikan gelatin.
Renin, yaitu enzim yang menguraikan kasein dari susu.
4. Liase
Mengkatalisis reaksi penambahan gugusan ikatan ganda pada molekul dan membuang gugusan
non-hidrolitik dengan meninggalkan ikatan ganda.
5. Isomerase
Enzim Isomerase berperan dalam reaksi isomerasi (pengubahan suatu senyawa menjadi
isomernya, misalnya senyawa yang memiliki atom-atom yang sama tetapi berbeda struktur
molekulnya).
6. Ligase
Enzim ligase berperan dalam reaksi penggabungan dua molekul menjadi satu molekul atau
pembentukan ikatan disertai pemecahan atau penambahan ATP (adenin triphosphat).

F. PENGENDALIAN ENZIM
Enzim bekerja secara serentak dan terkoordinasi sehingga semua kegiatan kimiawi
dalam sel menjadi saling terpadu. Salah satu akibatnya yang jelas adalah sel hidup membutuhkan
dan menguraikan bahan-bahan yang dibutuhkan bagi metabolisme dan pertumbuhan normal. Hal
ini mengisyaratkan adanya mekanisme pengendalian metabolisme selular yang tepat yang pada
akhirnya menyangkut pengendalian kegiatan enzim. Aktivitas enzim dapat diatur melalui 2 cara,
yaitu pengendalian katalis secara langsung dan pengendalian genetik.
Pengendalian langsung mekanisme katalitik itu terjadi dengan mengubah konsentrasi
substrat atau reaktan. Artinya, jika konsentrasi substrat bertambah, maka laju reaksi meningkat
sampai tercapai suatu nilai pembatas dan jika produk menumpuk maka laju reaksi menurun.
 Pangendalian langsung melalui penggandengan dengan proses-proses lain, maksudnya
adalah pengaturan oleh ligan (molekul yang dapat terikat pada enzim) yang tidak ikut berperan
dalam proses katalitik itu sendiri. Ada berbagai macam pengendalian seperti itu, diantaranya:
1. Hambatan arus balik, ligan pengaturnya adalah produk akhir suatu lintasan metabolik yang dapat
menghentikan sintesisnya sendiri dengan cara menghambat aktivitas salah satu enzim pada awal
lintasan biosintetiknya.
2. Aktivasi prekursor, ligan pengaturnya merupakan prekursor pertama suatu lintasan.
3. Pengendalian yang berkaitan dengan energi, ligan pengaturnya adalah reaksi-reaksi yang
berkaitan dengan energi .
4. Sifat-sifat pengikatan enzim pengatur, tidak semua enzim merupakan enzim pengatur yang
aktivitasnya dapat dikendalikan secara langsung. Enzim tersebut dapat dipengaruhi oleh
metabolit pengatur. Enzim pengatur disebut enzim alosterik. Enzim yang berperan pada waktu
sel beradaptasi pada lingkungan yang berubah dalah induksi dan represi enzim.
Pengendalian genetis memiliki dua proses, yaitu induksi dan represi enzim. Untuk
terjadinya sintesis enzim dibutuhkan suatu induser, yaitu substansi berberat molekul rendah dan
bisa berupa substrat atau senyawa dari reaksi yang dikatalis oleh enzim yang bersangkuatan,
prosesnya disebut induksi. Bila substansi berberat molekul rendah baik produk ataupun senyawa
yang sekerabat bagi reaksi yang bersangkutan, berlaku sebagai korepressor dengan cara
mencegah sintesis enzim tersebut, disebut represi.

DAFTAR PUSTAKA
https://simdos.unud.ac.id/uploads/file_pendidikan_dir/5cc3d82df3e9ca2e3cda7d70d219adc9.pdf