Bagian terbesar dari eukariot adalah mahluk bersel banyak.
Regulasi ini berjalan melalui proses
diferensiasi sel. Semua mahluk hidup termasuk manusia berasal dari satu sel, sehingga semua sel mempunyai kandungan genetik yang sama. Melalui proses diferensiasi dihasilkan berbagai jaringan dan organ yang mempunyai bentuk dan fungsi yang berbeda-beda. Dalam suatu organ disintesis suatu produk, sedangkan pada organ lain disintesis produk yang lain. Pada euakriot tidak dikenal adanya operon, setiap gen masing-masing mempunyai promotor dan terminator. Pada eukariot terdapat lebih banyak protein dan lebih banyak ruas DNA yang terlibat dalam regulasi, protein- protein ini disebut faktor transkripsi. Protein-protein tersebut lebih banyak berperan sebagai aktivator daripada represor. Represor berperan menghambat atau mencegah terjadinya transkripsi. Pada mRNA sebagai molekul hasil transkripsi terdapat ruas intron dan ekson. Bagian intron akan dipotong dan hanya bagian ekson yang dipertahankan untuk membentuk mRNA. Pemilihan ruas intron dan ekson merupakan salah satu cara regulasi. Dengan cara memilih ruas mRNA yang akan diambil atau akan dibuang , maka dari satu ruas gen yang sama dapat disandikan dua jenis mRNA atau polipeptida.