PGPR DENGAN MEKANISME ENZIM PENGURAI (LITIK)

(Paper Mata Kuliah Teknologi Pengelolaan Agen Biologis Hara)

Oleh :

Kelompok 2

Ahmad Maulana Irfanudin NPM 1814181027

Rizky Sanjaya NPM 1814181029
Arbi Aditya Pradana NPM 1814181033

JURUSAN ILMU TANAH

FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS LAMPUNG
2021
 DAFTAR ISI

DAFTAR ISI..........................................................................................................................1
I. PENDAHULUAN...........................................................................................................2
II. ISI.................................................................................................................................3
2.1. PGPR....................................................................................................................3
2.2. Biokontrol Melalui Enzim Hidrolitik.....................................................................4
2.2.1. Lisi Dinding Sel..............................................................................................4
2.2.2. Kitinase.........................................................................................................4
2.2.3. Protease........................................................................................................4
2.2.4. Selulase.........................................................................................................5
2.2.5. Glukanase.....................................................................................................5
III. KESIMPULAN.................................................................................................................6
DAFTAR PUSTAKA......................................................................................................................... 7

1
 I. PENDAHULUAN

fitopatogen tular tanah merupkaan penyebab infeksi pada akar, batang, daun, dan
buah. Penyakit yang disebabkan oleh fitopatogen ini diketahui menyebabkan kerugian
ekonomi yang parah pada berbagai tanaman pangan dan umumnya dikendalikan
dengan menggunakan fungisida sintetis atau fungisida kimia nonspesifik (Sayyed et al.
2012; Shaikh dan Sayyed 2015). Di seluruh dunia terjadi peningkatan kasus yang pesat
sehingga sangat sulit untuk meningkatkan hasil produksi pertanian. Keadaan ini
memaksa terjadinya penggunaan bahan kimia pertanian sintetis, tetapi pestisida dan
pupuk kimia telah menyebabkan efek yang lebih merusak pada bidang pertanian
karena bahan kimia ini tidak ramah lingkungan.

Pada praktik pertanian berkelanjutan yang berkembang saat ini, lebih difokuskan pada
alternatif yang lebih aman dibandingkan bahan kimia pertanian konvensional (Pane et
al. 2013). Dalam hal ini, PGPR (plant growth promoting rhizobacteria) telah dilihat
sebagai pendekatan yang lebih ramah lingkungan untuk mengendalikan patogen
tanaman (biokontrol) dan untuk mendorong pertumbuhan

Mekanisme perangsang pertumbuhan tanaman oleh PGPR (plant growth promoting

rhizobacteria) meliputi produksi zat pengatur tumbuh, fiksasi N2 asimbiotik, dan
pelarutan mineral fosfat dan nutrisi lainnya (Sarvanakumar et al. 2007; Sharma dkk.
2013), sedangkan biokontrol melibatkan aksi antagonis terhadap patogen tanaman
melalui produksi siderofor, antibiotik, sianida, dan enzim hidrolitik. Aktivitas antagonis
atau biokontrol PGPR dikaitkan dengan produksi berbagai jenis enzim penghancur
dinding sel seperti kitinase, protease/elastase, selulase, dan β-1,3 glukanase (Shaikh
dan Sayyed 2015).

2
 II. ISI

II.1. PGPR
Bakteri yang hidup dan berkembang di wilayah rizosfer, yang memiliki kemampuan
meningkatkan pertumbuhan tanaman dengan mengkoloni akar tanaman, dikenal
sebagai PGPR (plant growth promoting rhizobacteria). Dengan demikian rizosfer
tanaman pangan merupakan sumber PGPR yang menjanjikan (Lucas et al. 2001 dan
Barriuso et al. 2005). PGPR dapat dibedakan menjadi dua kategori berdasarkan
hubungannya dengan tanaman: rhizobakteri simbiosis dan rhizobakteri yang hidup
bebas (Khan 2005; Freitas et al. 2007). Literatur di seluruh dunia dengan jelas
menyatakan bahwa penggunaan PGPR di bidang pertanian meningkat pesat, dan
secara nyata terjadi peningkatan pertumbuhan dan hasil tanaman(Asghar dkk. 2002;
Gray dan Smith 2005).

PGPR tidak hanya menyediakan nutrisi penting bagi peningkatan pertumbuhan

tanaman, tetapi juga penting sebagai biokontrol patogen. PGPR meningkatkan
kesehatan tanah dalam jangka panjang serta berpotensi mengurangi penggunaan
pupuk kimia dan pestisida kimia (Lugtenberg dan Kamilova 2009).

Istilah biokontrol/kontrol biologis merujuk pada manipulasi mikroba secara langsung

atau tidak langsung untuk mengurangi penyakit tanaman. PGPR memainkan peran
penting dalam pengendalian hayati penyakit tanaman dan peningkatan produktivitas
tanaman melalui berbagai mekanisme (Fernando et al. 2005). Pilihan alami, aman, dan
produktif untuk mengendalikan patogen ini adalah penggunaan gaen biokontrol. Agen
biokontrol mencakup jumlah besar mikroba dari rizosfer termasuk PGPR. Pengendalian
hayati penyakit tanaman salha satunya meliputi sekresi metabolit mikroba yang
mengendalikan penyakit dengan bekerja pada penyakit tersebut atau dengan
menghambat pertumbuhan fitopatogen penyebab penyakit.

Enzim hidrolitik (kitinase, glukanase, protease, dan selulase) yang diproduksi oleh PGPR
bertanggung jawab pada proses lisis fitopatogen melalui hiperparasitisme. Sifat
antagonis enzim hidrolitik terhadap berbagai fitopatogen memainkan peran utama
dalam biokontrol ynag pada akhirnya meningkatkan pertumbuhan tanaman (Kim et al.
2003; Shaikh dan Sayyed 2015).

Aktivitas biokontrol PGPR dapat dicapai melalui mekanisme:

(a) Kompetisi
(b) Mikoparasitisme – menyebabkan lisis patogen jamur.
(c) Produksi antibiotik – yang mengganggu metabolisme fitopatogen.

3
(d) Produksi enzim hidrolitik – yang mendegradasi dinding sel fitopatogen (Sayyed et al.
2013).

II.2. Biokontrol Melalui Enzim Hidrolitik

Telah diketahui bahwa banyak rhizobakteri/agen biokontrol mensintesis enzim
hidrolitik ekstraseluler yang terlibat dalam hidrolisis komponen dinding sel jamur
seperti kitin, protein, selulosa, hemiselulosa, dan DNA; enzim-enzim hidrolitik ini
memiliki potensi untuk menghambat hipopatogen (Pal dan Gardener 2006).

II.2.1. Lisis Dinding Sel

Enzim hidrolitik mampu memecah ikatan glikosidik pada kitin. Dengan demikian,
mereka memainkan peran penting dalam pengendalian biologis banyak penyakit
tanaman dengan mendegradasi dinding sel fitopatogen.

Di antara banykanya enzim hidrolitik, kitinase, glukanase, protease, dan selulase adalah
yang paling banyak dipelajari dan digunkan dikarenakan kemampuannya untuk
mendegradasi dan melisiskan dinding sel jamur, dan dengan demikian enzim hidrolitik
digunakan dalam biokontrol fitopatogen jamur (Mabood et al. 2014).

II.2.2. Kitinase
Kitinase memainkan peran penting dalam biokontrol banyak penyakit tanaman dengan
melisiskan dinding sel jamur melalui degradasi polimer kitin yang ada di dinding sel
fitopatogen jamur. Kitinase merupakan enzim pendegradasi kitin yang berperan
penting dalam pengendalian hayati dan mekanisme pertahanan tanaman terhadap
fitopatogen. Kitin adalah polimer paling melimpah kedua di alam, homopolimer tak
bercabang dari 1,4-β-linked N-acetyl-D-glucosamine (GlcNAc) setelah selulosa.
Berdasarkan cara kerjanya, kitinase dibagi menjadi tiga jenis:
1. β-1,4-N -asetil-glukosaminidase: memecah polimer kitin menjadi monomer
GlcNAc.
2. Endokitinase: membelah secara acak di lokasi internal di seluruh panjang
mikrofibril kitin.
3. Exochitinase: mengkatalisis pelepasan diacetylchitobiose secara bertahap
sehingga tidak ada monosakarida atau oligosakarida yang terbentuk

II.2.3. Protease
Protease memainkan peran penting dalam lisis dinding sel jamur fitopatogen, karena
kitin dan/atau fibril β-glukan tertanam ke dalam matriks protein. Bacillus sp.
menghasilkan protease ekstraseluler; beberapa spesies Bacillus seperti Bacillus cereus,
Bacillus stearothermophilus, Bacillus mojavensis, Bacillus megaterium, dan Bacillus
subtilis diketahui menghasilkan protease. Enzim protease memecah protein utama

4
menjadi rantai peptida dan/atau asam amino penyusunnya dari fitopatogen dan
dengan demikian menghancurkan kapasitasnya untuk bekerja pada sel tumbuhan.

Protein terdegradasi melalui proses hidrolisis yang melibatkan pemotongan satu atau
lebih ikatan peptida dengan penambahan air untuk membebaskan peptida atau asam
amino. Setiap protease mengenali struktur kimia asam amino spesifik tertentu dan
kemudian mengkatalisis pemutusan ikatan peptide.

II.2.4. Selulase
Selulosa adalah polimer linier unit -D-glukosa dengan tingkat polimerisasi berkisar
antara 2.000 hingga 25.000. Rantai selulosa membentuk banyak ikatan hidrogen intra
dan antar molekul. Degradasi selulosa melibatkan interaksi kompleks antara enzim
selulolitik yang berbeda. Telah diterima secraa luas bahwa ada 3 enzim yaitu
selulosa/endoglukanase, exo-cellobiohydrolase/exoglucanases, dan β –glucosidases
yang bekerja secara sinergis untuk mengubah selulosa menjadi -glukosa (Lynd et al.
2002). Selulase merupakan campuran dari enzim endo-1,4-β-glukanase dan enzim exo-
1,4-β-glukanase. Endo-1,4-βglukanase memutuskan ikatan internal, sedangkan exo-1,4-
β-glukanase memutuskan dua sampai empat unit dari ujung untai selulosa dan
selobiase, yang meninggalkan disakarida selobiosa menjadi dua bagian glukosa.

II.2.5. Glukanase
β-1,3-Glucanase tersebar luas pada bakteri, jamur, dan tumbuhan tingkat tinggi. Enzim
ini memiliki peran fisiologis yang menarik dan penting serta dalam degradasi dinding sel
pada jamur, ragi, dan tumbuhan tingkat tinggi. β-1,3(1,6)-Glucans adalah komponen
utama dalam dinding sel ragi dan jamur. Polisakarida dinding sel glukan sebagian besar
terdiri dari rantai terkait β-1,3 yang memiliki beberapa cabang melalui ikatan β-1,6,
4,6,8,9.

Glukanase menyebabkan degradasi dinding sel dan mampu melakukan penetrasi lebih
lanjut ke dalam miselium inang (Fridlender et al. 1993). Enzim-enzim ini dapat
menghidrolisis substrat dengan dua mekanisme: (a) ekso1,3-glukanase menghidrolisis
substrat dengan membelah residu glukosa secara berurutan dari ujung non-pereduksi
dan (b) endo-1,3-glukanase (EC3 .2.1.39) memutuskan hubungan di situs acak
sepanjang rantai polisakarida, melepaskan oligosakarida yang lebih kecil (Noronha dan
Ulhoa 1996).

5
 III. KESIMPULAN

Penggunaan pupuk kimia serta pestisida kimia yang tidak tepat membuat banyak
masalah dalan produksi tanman salah satunya adalah keberadaan pathogen. Oleh
karena itu, potensi rhizobakteri dalam perlindungan tanaman dengan memproduksi
berbagai metabolit seperti antibiotik, enzim hidrolitik, dan metabolit lainnya
diharapkan dapat memberikan pengendalian penyakit tanaman yang berkelanjutan dan
ramah lingkungan. Penerapan rhizobakteri ini di bidang pertanian dalam bentuk produk
yang diformulasikan akan memberikan pendekatan yang lebih hijau dan ramah
lingkungan untuk pertanian berkelanjutan untuk memerangi penyakit jamur.

Penerapan strain rhizobakteri yang efisien yang mensekresi berbagai enzim hidrolitik
akan membantu mengurangi penggunaan bebas dan dosis bahan kimia pertanian yang
merupakan prospek terpenting dalam penelitian rhizobakteri/PGPR. Produksi komersial
organisme ini akan memiliki pelepasan metabolit antijamur yang berkelanjutan di
lingkungan, dan metabolit ini tidak mengembangkan resistensi terhadap organisme
target seperti pada pestisida kimia.

6
 DAFTAR PUSTAKA

Asghar HN, Zahir ZA, Arshad M, Khalig A. 2002. Plant growth regulating substances in
the rhizosphere: microbial production and functions. Adv Agron. Vol: 62:146–151

Barriuso J, Pereyra MT, Lucas García JA et al. 2005. Screening for putative PGPR to
improve establishment of the symbiosis Lactarius deliciosus-Pinus sp. Microbial
Ecol. Vol: 50:82–89

Fernando WGD, Nakkeeran S, Zhang Y. 2005. Biosynthesis of antibiotics by PGPR and its
relation in biocontrol of plant diseases. In: Siddiqui ZA (ed) PGPR: biocontrol and
biofertilization. Springer, Dordrecht. vol:  67–109

Freitas ADS, Vieira CL, Santos CERS, Stamford NP, Lyra MCCP. 2007. Caracterizacao de
rizobios isolados de Jacatupe cultivado em solo salino no Estado de Pernanbuco,
Brasil. Bragantia. Vol: 66(3):497–504

Gray EJ, Smith DL. 2005. Intracellular and extracellular PGPR: commonalities and
distinctions in the plant bacterium signaling processes. Soil Biol Biochem. Vol:
37:395–412

Khan AG. 2005. Role of soil microbes in the rhizospheres of plants growing on trace
metal contaminated soils in phytoremediation. J Trace Elem Med Biol. Vol:
18:355–364

Kim KJ, Yang YJ, Kim JG. 2003. Purification and characterization of chitinase from
Streptomyces sp. M-20. J Biochem Mol Biol. Vol: 36:185–189

Lucas García J, Probanza A, Ramos B, Gutiérrez Manero FJ. 2001. Genetic variability of
rhizobacteria from wild populations of Lupinus species based on PCR-RAPDs. J
Plant Nutr Soil Sci. Vol: 164:1–7

Lugtenberg B, Kamilova F. 2009. Plant-growth-promoting Rhizobacteria. Annu Rev

Microbiol . Vol: 63:541–556

Lynd LR, Weimer PJ, van Zyl WH, Pretorius IS. 2002. Microbial cellulose utilization:
fundamentals and biotechnology. Microbiol Mol Biol Rev. Vol: 66:506–577

7
Mabood F, Zhou X, Smith DL. 2014. Microbial signaling and plant growth promotion.
Can J Plant Sci. vol 94:1051–1063

Noronha EF, Ulhoa CJ. 1996. Purification and characterization of an endo-β-1,3-

glucanase from Trichoderma harzianum. Can J Microbiol. vol: 42:1039–1044

Pal KK, Gardener BM. 2006. Biological control of plant pathogens. Plant Health Instr 1–
25, doi: 10.1094/PHI-A-2006-1117-02

Pane C, Piccolo A, Spaccini R, Celano G, Villecco D, Zaccardelli M. 2013. Agricultural

wastebased composts exhibiting suppressivity to diseases caused by the
phytopathogenic soil-borne fungi Rhizoctonia solani and Sclerotinia minor. Appl
Soil Ecol. Vol: 65:43–51

Sarvanakumar D, Vijaykumar C, Kumar N, Samiyappan R. 2007. ACC deaminase from

Pseudomonas fluorescens mediate saline resistance in groundnut plants. . vol:
102:1283–1292

Sayyed RZ, Reddy MS, Kumar KV et al. 2012. Potential of plant growth-promoting
rhizobacteria for sustainable agriculture. In: Maheshwari DK (ed) Bacteria in
agrobiology: plant probiotics. Springer, Berlin/Heidelberg. Hal:287–313

Sayyed RZ, Chincholkar SB, Reddy MS, Gangurde NS, Patel PR. 2013. Siderophore
producing PGPR for crop nutrition and phytopathogen suppression. In:
Maheshwari DK (ed) Bacteria in agrobiology: disease management. Springer,
Berlin/Heidelberg. Hal: 449–471

Sayyed RZ, Patel PR, Shaikh SS. 2015. Plant growth promotion and root colonization by
EPS producing Enterobacter sp. RZS5 under heavy metal contaminated soil.
Indian J  Exp Biol 53:116–123

Shaikh SS, Patel PR, Patel SS, Nikam SD, Rane TU, Sayyed RZ. 2014. Production of
biocontrol traits by banana field fluorescent pseudomonads and their comparison
with chemical fungicides. Indian J Exp Biol 52:917–920

Sharma SB, Sayyed RZ, Trivedi MH, Gobi TA. 2013. Phosphate solubilizing microbes:
sustainable approach for managing phosphorus deficiency in agricultural soils.
Springer Plus. 2:587