LAPORAN PRAKTIKUM

BIOLOGI SEL DAN MOLEKULER II

Tanggal Praktikum : 10 Desember 2021

Waktu Praktikum : 08.30 – 17.30

OLEH :
Nama : Sukmagita Utari
NIM : P07134220056
Kelas : 3B
Prodi : Sarjana Terapan
Semester :3

PROGRAM STUDI SARJANA TERAPAN TEKNOLOGI LABORATORIUM MEDIS

KEMENTRIAN KESEHATAN REPUBLIK INDONESIA
POLITEKNIK KESEHATAN KEMENKES DENPASAR
2021
 LEMBAR PENGESAHAN
Laporan Pratikum Mata Kuliah Biologi Sel Dan Molekuler
Dengan Topik “Laporan Praktikum Biologi Sel dan Molekuler Ekstraksi DNA dengan
Sampel Feses, PCR, Pembuatan Gel Agarose, dan Elektroforesis”
Yang Disusun Oleh
Nama : Sukmagita Utari
NIM : P07134220056
Kelas : 3B

Denpasar,13 Desember 2021

Dosen Pembimbing Dosen Pembimbing

(Dr. drg. I Gusti Agung Ayu Putu (Heri Setyo Bekti, S.ST., M.Biomed)
Swastini, M.Biomed)

Dosen Pembimbing Dosen Pembimbing

(Burhannuddin, S.Si.,M.Biomed) (Putu Ayu Suryaningsih, S.ST)

Mahasiswa

(Sukmagita Utari)

ii
 EKSTRAKSI DNA DENGAN SAMPEL FESES
I. Materi Praktikum : Ekstraksi DNA (Feses)
II. Prinsip
Ekstraksi dan purifikasi DNA pada dasarnya merupakan serangkaian proses
pemisahan DNA dari komponen-komponen sel lainnya.Ekstraksi DNA memiliki
prinsip yaitu menghancurkan dinding dan membran sel kemudian mengeluarkan DNA
yang terdapat pada nukleus tanpa merusak DNA yang ada.
III. Metode : QIAmp Power-Fecal DNA Kit
IV. Pendahuluan
Ekstraksi DNA feses sebagai langkah awal pemeriksaan molekuler memerlukan
prosedur yang disesuaikan dengan kondisi klinis pasien. Ekstraksi DNA merupakan
teknik untuk mengeluarkan DNA dari sumber asal, inti sel atau organel sel (DNA
kloroplas, DNA mitokondria). DNA dapat diekstraksi dari sampel jaringan yang masih
segar, beku, dikeringkan atau disimpan dalam alkohol atau buffer.
V. Alat dan Bahan
 Alat
1) Collection tube
2) Tabung microcentrifuge
3) Vortex
4) Microcentrifuge
5) Waterbath
6) Gelas beker
7) Mikropipet
8) Blue tip
9) Yellow tip
10) Sterofoam tabung
 Bahan
1) Reagen C1,C2,C3,C4,C5,C6
2) Power bead solution
3) Sampel feses

VI. Prosedur

1) Ambil kit tube (collection tube) dan masukan sampel feses sebanyak 2,5 gram.
2) Tambahan power bead solution sebanyak 750 µl menggunakan mikropipet.
3
 Usahakan tidak menyentuh collection tube.
3) Tambahkan reagen reagen C1 sebanyak 60 µl, lalu di homogenkan, kemudian di
vortex.
4) Inkubasi pada waterbath 65oC selama 10 menit.
5) Kemudian di vortex selama 10 menit.
6) Sentrifuge 13.000 g selama 1 menit
7) Supernatant diambil sebanyak 500 µl dan pindahkan ke dalam collection tube baru.
8) Tambahkan reagen C2 sebanyak 250 µl ke dalam supernatant, lalu di vortex selama
5 detik.
9) Inkubasi pada suhu 2-8oC selama 5 menit.
10) Sentrifuge 13.000 g selama 1 menit.
11) Pindahkan 400 µl supernatant ke collection tube baru.
12) Tambahkan reagen C3 200 µl ke dalam supernatant, kemudian di vortex selama
5 detik.
13) Inkubasi 2-8oC selama 5 menit.
14) Sentrifuge 13.000 g selama 1 menit.
15) Pindahkan 400 µl supernatant ke dalam collection tube baru.
16) Tambahkan 1.200 µl reagen C4 ke dalam supernatant, kemudian divortex selama
1 menit.
17) Masukan supernatant ke dalam tabung microcentrifuge sebanyak 650 µl.
18) Kemudian sentrifuge 13.000 g selama 1 menit.
19) Buang flow through.
20) Supernatant diambil kembali sebanyak 200 µl dan masukan ke dalam tabung
microcentrifuge.
21) Sentrifuge 13.000 g selama 1 menit.
22) Buang flow through.
23) Ambil kembali supernatant sebanyak 200 µl dan masukan ke dalam tabung
microcentrifuge.
24) Sentrifuge 13.000 g selama 1 menit.
25) Buang flow through.

4
 26) Tambahkan reagen C5 kedalam tabung microcentrifuge, kemudian sentrifuge 13.000 g
selama 1 menit.
27) Buang flow through.
28) Sentrifuge kembali 13.000 g selama 1 menit (dry centrifuge)
29) Pipet supernatant dan pindahkan kedalam collection tube yang baru.
30) Tambahkan reagen C6 sebanyak 100 µl.
31) Sentrifuge 13.000 g selama 1 menit.
32) Ambil collection tube pada tabung (tabung collection paling atas) dan dibuang
33) Setelah itu hasil ekstraksi DNA dapat digunakan.

VII. Hasil dan Dokumentasi

Hasil yang didapat dari ekstraksi DNA pada sampel feses yaitu berupa DNA murni yang
diletakan dalam collection tube 2mL lalu disimpan di freezer dengan suhu -40ºC.

VIII. Interpretasi Hasil

Hasil PCR yang baik dapat dilihat melalui uji spektrofotometri.
IX. Pembahasan
Pada praktikum ini sampel yang digunakan adalah sampel feses yang diekstraksi
selanjutnya akan diproses pada pemeriksaan PCR. Pemeriksan menggunakan sampel feses
adalah tes yang dilakukan untuk mendiagnosis sejumlah penyakit pada sistem pencernaan.
Pemeriksaan ini dapat mendeteksi adanya infeksi yang berasal dari bakteri, virus, atau parasit,
dan berbagai penyakit, mulai dari penyerapan gizi yang kurang baik hingga kanker serta
identifikasi DNA.
DNA merupakan materi genetik yang berfungsi untuk mengatur aktivitas biologis
seluruh bentuk kehidupan. Molekul DNA tersimpan di dalam nukleus sel dan sebagian kecil bisa
ditemukan di mitokondria. Ekstraksi atau isolasi DNA adalah salah satu teknik dasar yang harus
dikuasai dalam mempelajari teknik biologi molekuler. Tujuan dari ekstraksi atau isolasi DNA
adalah memisahkan DNA (asam nukleat) dan membuangnya dari komponen sel lainnya seperti
5
protein, karbohidrat dan lemak sehingga DNA yang diperoleh dapat dianalisis dan dimodifikasi
lebih lanjut dengan teknik biologi molekuler.Terdapat 3 prinsip utama dalam isolasi DNA yakni
penghancuran (lisis), esktraksi atau pemisahan DNA dari bahan padat seperti selulosa dan
protein, serta pemurnian DNA.

6
 PEMBUATAN GEL AGAROSE

I. Materi Praktikum : Pembuatan Gel Agarose

II. Prinsip

Serbuk agar dicampur dengan larutan penyangga TAE lalu dipanaskan hingga
larut dan didinginkan pada suhu ruang agar larutan tersebut membentuk agar.

III. Metode : Metode manual dan pemanasan dengan penangas air.

IV. Pendahuluan :
Agarosa adalah polisakarida netral dengan sruktur linear dari ulangan unit
agarobiosa, yaitu disakarida yang terdiri dari D-Galaktosa dan 3,6-anhidro-L
galaktosa. Agarosa dikenal sebagai fraksi pembentuk gel dari agar karena sifat yang
dihasilkannya mendekati sifat-sifat gel ideal yaitu mengandung kadar sulfat yang
rendah. Gel agarosa diekstraksi dari berbagai jenis ganggang merah, atau
poliakrilamid yang mampu melakukan separasi DNA dengan kisaran ukuran yang
luas. Dengan gel agarosa dapat dilakukan pemisahan sampel DNA dengan ukuran dari
beberapa ratus hingga 20.000 pasang basa (pb).
V. Alat dan Bahan :
 Alat
1) Gelas ukur
2) Erlenmeyer
3) Kompor listrik
4) Cetakan gel agarose dan sisir (comb)
 Bahan
1) Gel agarose
2) TAE buffer
VI. Prosedur Kerja
1. Karena konsentrasi agarose yang akan digunakan maka 0,8%. agarose ditimbang
sebanyak 1,2 gr.
2. TAE yang diperlukan sebanyak 400 mL, pertama ukur TAE sebanyak 40 mL
lalu dilarutkan dengan aquadest hingga mendapatkan TAE sebanyak 400 mL
dengan gelas ukur.
3. Masukkan serbuk agarose yang sudah ditimbang ke dalam erlemeyer.
4. Ukur TAE yang sudah dilarutkan tadi dengan gelas ukur sebanyak 150 mL.
5. Masukkan TAE ke dalam erlemeyer yang sudah berisi serbuk agarose.
7
 6. Homogenkan dan nyalakan kompor listrik
7. Letakkan erlemeyer diatas kompor listrik supaya agarose cepat larut. Jangan
sampai mendidih.
8. Agarose dikatakan larut jika sudah bening seperti Kristal.
9. Masukkan dalam tray yang sudah disiapkan.
10. Tutup dengan tissue untuk menghindari kontaminasi debu.
11. Tunggu hingga membeku berwarna putih susu.

VII. Hasil dan Dokumentasi

Hasil yang di dapat dari pembuatan agarose yaitu terbentuklah cetakan agar
untuk ujielektroforesis.

VIII. Interpretasi Hasil

Gel agarose yang baik adalah cetakan yang berwarna putih, tanpa gelembung,
tidak ada kotoran, rata, konsentrasi sesuai dengan yang ditentukan.
IX. Pembahasan
Elektroforesis menggunakan gel agarose merupakan metode standar yang
digunakan untuk memisahkan, mengidentifikasi dan memurnikan asam nukleat. Dalam
pembuatan gel agarose memerlukan ketelitian, keterampilan dan kesabaran karena
proses pembuatan yang cukup panjang. Elektroforesis DNA atau RNA dapat
menggunakan medium gel agarose maupun gel poliakrilamid, namun yang lebih umum
digunakan untuk elektroforesis DNA ialah gel agarose. Kelebihan dari gel ini lebih
mudah, sederhana dan laju pemisahannya lebih cepat membentuk fragmenfragmen
dan tidak bersifat toksik. Hanya saja kelemahannya gel ini memiliki sensitifitas tinggi
dan mudah rusak sehingga memerlukan ketelitian dan kehati-hatian pada proses
pengerjaannya.
8
 Pada saat proses pemanasan larutan gel agarose tidak diperbolehkan sampai
mendidih,hal ini dikarenakan jika sampai mendidih maka akan ada kemungkinan
berubahnya konsentrasi yang telah diukur.

9
 PCR
(Polimerase Chain Reaction)

I. Materi Praktikum : PCR

II. Prinsip
Prinsip dari teknik PCR adalah memperbanyak bagian spesifik dengan enzim
DNA polimerase yang diinisiasi oleh pelekatan primer dengan menghubungkan
deoksiribonukleotida trifosfat (dNTP) dalam reaksi termal (Raven dan Johson, 2002).

III. Metode : Polimerase Chain Reaction

IV. Pendahuluan
PCR adalah suatu teknik sintesis dan amplifikasi DNA secara in vitro yang
melibatkan beberapa tahap yang berulang (siklus) serta terjadi duplikasi jumlah target
DNA untai ganda pada setiap siklusnya (Handoyo dan Rudiretna, 2001).Pada proses
PCR diperlukan beberapa komponen utama, yaitu DNA cetakan, Oligonukleotida
primer, Deoksiribonukelotida trifosfat (dNTP), Enzim DNA Polimerase, dan
Komponen pendukung lain adalah senyawa buffer.

Komponen- komponen yang diperlukan pada proses PCR adalah templat

DNA; sepasang primer, yaitu suatu oligonukleotida pendek yang mempunyai urutan
nukleotida yang komplementer dengan urutan nukleotida DNA templat; dNTPs
(Deoxynucleotide triphosphates); buffer PCR; magnesium klorida (MgCl2 ) dan
enzim polimerase DNA. Proses PCR melibatkan beberapa tahap yaitu: (1) pra-
denaturasi DNA templat; (2) denaturasi DNA templat; (3) penempelan primer pada
templat (annealing); (4) pemanjangan primer (extension) dan (5) pemantapan
(postextension). Tahap (2) sampai dengan (4) merupakan tahapan berulang (siklus), di
mana pada setiap siklus terjadi duplikasi jumlah DNA.
V. Alat dan Bahan :
 Alat
1) Mikro tube
2) PCR tube
3) Vortex
4) Spin down
5) Mikropipet
6) Yellow tip

10
 7) Alat PCR
 Bahan
1) Reagen PCR mix
2) H2O2
3) Coral
4) Primer
5) Ekstraksi DNA

VI. Prosedur Kerja :

A. Preparasi sampel
1. Siapkan mikro tube untuk PCR mix.

2. Siapkan tabung PCR

3. Pastikan reagen yang akan dipakai mencair sempurna

4. Masukan reagen PCR mix sebanyak 30 µl ke dalam mikro tube

5. Masukan H2O2 sebanyak 10 µl ke dalam mikro tube melalui dinding tube

6. Masukan coral sebanyak 2 µl ke dalam mikro tube melalui dinding tube

7. Masukan primer sebanyak 2 µl ke dalam mikro tube melalui dinding tube

8. Kemudian di spin down, lalu di vortex, dan di spin down kembali

9. Ambil cairan dari tabung PCR mix sebanyak 23 µl dan pindahkan ke dalam
PCR tube
10. Masukan ekstraksi DNA sebanyak 2 ultralite ke dalam PCR tube

11. Homogenkan dengan cara Up and Down, kemudian homogenkan dengan cara
flick.
12. Kemudian di spin down

B. Pengoperasian Alat PCR

1. Masukan sampel ke dalam alat PCR

2. Pada alat kemudian tekan login, lalu tekan taeniasis, kemudian tekan
program overview
3. Tekan three step, kemudian tekan open template

4. Atur suhu 95o selama 3 menit untuk pre denaturasi

11
 5. Atur suhu 95o selama 30 detik untuk denaturasi

6. Atur suhu 55o selama 30 detik untuk annaling

7. Atur suhu 32o selama 1 menit untuk extention

8. Atur suhu 72o selama 10 detik untuk final extention

9. Atur suhu 4o selama waktu tak terhingga untuk elemation

10. Kemudian tunggu sampel running

VII. Hasil dan Dokumentasi

Pada uji kuantitatif DNA atau RNA dengan menggunakan spektrofotometer
UV yang dilakukan pada panjang gelombang sinar UV 260 nm, akan menangkap
molekul DNA atau RNA sehingga dapat terukur nilai absorbansinya,nilai absorbansi
DNA dapat dilihat seperti tampilan gambar dibawah ini.

VIII. Interpretasi Hasil

Hasil PCR yang baik dapat ditentukan melalui uji spektrofotometri.
IX. Pembahasan :
Amplifikas DNA pada PCR dapat dicapai bila menggunakan primer
oligonukleotida yang disebut amplimers. Primer DNA suatu sekuens oligonukleotida
pendek yang berfungsi mengawali sintesis rantai DNA. PCR memungkinkan
dilakukannya pelipat gandaan suatu fragmen DNA. Umumnya primer yang digunakan
pada PCR terdiri dari 20-30 nukleotida. DNA template (cetakan) yaitu fragmen DNA
yang akan dilipatgandakan dan berasal dari patogen yang terdapat dalam spesimen
klinik. Enzim DNA polimerase merupakan enzim termostabil Taq dari bakteri termofilik
Thermus aquaticus. Deoksiribonukleotida trifosfat (dNTP) menempel pada ujung 3’
primer ketika proses pemanjangan dan ion magnesium menstimulasi aktivasi
12
polimerase. Proses PCR melibatkan beberapa tahap yaitu:

- (1) pra-denaturasi DNA templat;

- (2) denaturasi DNA templat;

- (3) penempelan primer pada templat (annealing);

- (4) pemanjangan primer (extension) dan

- (5) pemantapan (postextension).

Tahap (2) sampai dengan (4) merupakan tahapan berulang (siklus), di mana
padasetiap siklus terjadi duplikasi jumlah DNA.Produk PCR dapat diidentifikasi melalui
ukurannya dengan menggunakan elektroforesis gel agarosa. Metode ini terdiri atas
menginjeksi DNA ke dalam gel agarosa dan menyatukan gel tersebut dengan listrik.
Hasilnya untai DNA kecil pindah dengan cepat dan untai yang besar diantara gel
menunjukkan hasil positif.

13
 ELEKTROFORESIS

I. Materi Praktikum : Elektroforesis

II. Prinsip

Prinsip kerja elektroforesis gel dimulai saat makromolekul yang bermuatan

listrik ditempatkan pada medium berisi tenaga listrik. Molekul-molekul tersebut akan
bermigrasi menuju kutub positif atau kutub negatif berdasarkan muatan yang
terkandung di dalamnya(Magdeldin, 2012). Molekul-molekul yang bermuatan negatif
(anion) akan bergerak menujukutub positif (anoda), sedangkan molekul-molekul yang
bermuatan positif (kation) akan bergerak menuju kutub negatif (katoda) (Klug and
Cummings, 1994)
III. Metode : Elektroforesis dengan gel agarose
IV. Pendahuluan
Elektroforesis adalah migrasi ion-ion di bawah pengaruh medan listrik.
Senyawa-senyawa yang bermuatan listrik akan bergerak ke arah elektroda yang
mempunyai muatan yang berlawanan.DNA mempunyai muatan negatif dan
mempunyai rasio muatan/massa yang konstan, sehingga kecepatan migrasi DNA
selama elektroforesis tergantung pada berat molekul DNA tersebut.Grafik log berat
molekul DNA terhadap jarak migrasi untuk kisaran berat molekul tertentu akan
menghasilkan garis lurus. Untuk pemisahan DNA berukuran kecil (< 200 pasang
basa) digunakan gel poliakrilamida sedangkan untuk pemisahan DNA berukuran
besar digunakan gel agarosa. DNA dalam gel agarosa dapat terlihat dengan
penambahan red gel yang akan berikatan dengan DNA dan akan bersifat fluorescens
dibawah sinar UV.
V. Alat dan Bahan :
 Alat
1) Alat elektroforesis
2) Stop kontak
3) Tray
4) Mikropipet
5) Yellowtip
6) Eletroforesis chamber
7) UV Transluminator

14
  Bahan
1) TAE buffer
2) Gel agarose

VI. Prosedur Kerja

A. Elektroforesis
1. Lepaskan sisir pada gel agarose

2. Letakan agarose pada alat elektroforesis

3. Kemudian tambahkan TAE sampai menutupi gel agarose

4. Kemudian pipet hasil PCR menggunakan mikropipet sebanyak 10 µl

5. Masukan ke dalam well (sumur) pada gel agarose

6. Alirkan saluran listrik ke alat elektroforesis dengan kebel merah ke merah

dan kabel hitam ke hitam (muatan positinf menuju muatan negatif).
B. Pembacaan gel elektroforesis

1. Pembacaan gel agarose dapat dibaca dengan memasukan gel agarose ke

dalam UV doc.
VII. Hasil dan Dokumentasi
Pada uji elektroforesis yang dilaksanakan dinyatakan terdapat band pada
pembacaan di layar monitoring sinar UV doc seperti yang terlihat pada gmbar dibawah
ini.

VIII. Interpretasi Hasil

Apabila sampel bermigrasi menuju kutub positif maka dapat dilanjutkan
dengan pengamatan menggunakan sinar UV untuk memastikan adanya band pada gel
agarose.

15
IX. Pembahasan

Elektroforesis melalui gel agarosa atau akrilamid merupakan teknik pemisahan

yang sederhana, cepat dan tepat memisahkan molekul yang diinginkan. Elektroforesis
DNA atau RNA dapat menggunakan medium gel agarose maupun gel poliakrilamid,
namun yang lebih umumdigunakan untuk elektroforesis DNA ialah gel agarose.
Agarosa gel elektroforesis adalah metode dari elektroforesis gel digunakan
dalam biokimia, biologi molekuler dan kimia klinik untuk pemisahan campuran
populasi DNA atau protein dalam matrik agarosa. Kecocokan suatu DNA dapat
dianalisa berdasarkan hasil elektroforesis DNA tersebut. Pada DNA hasil
elektroforesis gel agarosa, molekul DNA dianalisa berdasarkan letaknya setelah
mengalami migrasi pada proses elektroforesis tersebut. DNA yang akan dianalisa
dibandingkan dengan DNA marker atau DNA yang telah diketahui.

16
 DAFTAR PUSTAKA

Handoyo,Darmo. Rudiretna,Ari.2017. PRINSIP UMUM DAN PELAKSANAAN

POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) [General Principles and Implementation
of Polymerase Chain Reaction].Universitas Surabaya.

Klug, W. S. & M. R. Cummings. 1994. Concepts of genetics. 4th ed. Prentice Hall, Englewood
cliffs.

Magdeldin, Sameh. 2012. Gel Electrophoresis - Principles and Basics. InTech Publisher
:Rijeka, Croatia.

Harahap ,Muhammad Ridwan. 2018.Elektroforesis: Analisis Elektronika Terhadap Biokimia

Genetika. Program Studi Kimia, Fakultas Sains dan Teknologi UIN Ar-Raniry Banda
Aceh.

Yusuf .Zuhriana K.2010. POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) .niversitas Negeri

Gorontalo.