MAKALAH

KIMIA ORGANIK 2

“ASAM AMINO & PROTEIN : STRUKTUR DAN KEGUNAAN”

KELOMPOK 4

Dianira Geovana Maengkom (13 533 039)

Brillian Rattu (13 533 015)

Dosen Pembimbing :

DR.Emma J. Pongoh, M.Si

UNIVERSITAS NEGERI MANADO

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN PENDIDIKAN KIMIA
PEBRUARI 2015
 KATA PENGANTAR

Dengan mengucap syukur kehadirat Tuhan Yang Maha Esa yang karena kasih
karunia Nya sehingga kami dapat menyelesaikan makalah berjudul “Asam Amino dan Protein
: Struktur dan Fungsi”. Adapun penulisan makalah ini untuk menyelesaikan salah satu
tugas Kimia Organik 2 .Kami ingin mengucapkan terima kasih kepada semua pihak
khususnya dosen pembimbing, Ibu. DR. Emma.J.Pongoh,M.Si serta orang tua.
Dengan kerendahan hati penulis mohon perkenaan para pembaca untuk
memberikan saran dan kritik. Harapan kami makalah ini dapat bermanfaat bagi
pembaca.
Terima kasih.

Tondano, Pebruari 2015

Penyusun

2
 DAFTAR ISI

KATA PENGANTAR..................................................................................................................2
.............................................................................................................................. DAFTAR ISI
.....................................................................................................................................................3
........................................................................................................... BAB 1 PENDAHULUAN
.....................................................................................................................................................4
.......................................................................................................................................................

BAB 2 PEMBAHASAN...........................................................................................................6
.............................................................................................................. a.Protein
.............................................................................................................................................6
...................................................................................................................... b.Asam Amino
.............................................................................................................................................7
.......................................................................... c.Klasifikasi berdasarkan Rantai Samping
.............................................................................................................................................8
..................................................................................... d.Titik Isolistrik dan Elektroforesis
.............................................................................................................................................8
....................................................................................................... e.Asam Amino Esensial
.............................................................................................................................................9
f.Peptida…………………………………………………………………………………...9
g.Enzim…………………………………………………………………………………..12
h.Penentuan Struktur Primer dari Protein………………………………………12
i.Analisis Gugus Ujung…………………………………………………………………12
j.Hidrolisis Sebagian dan Penentuan Akhir Reaksi……………………………………...12

BAB 3 PENUTUP ..................................................................................................................13

a.Kesimpulan.............................................................................................................................14
............................................................................................................................... b.Saran
...................................................................................................................................................14
................................................................................................................. DAFTAR PUSTAKA
...................................................................................................................................................15

3
 BAB I
PENDAHULUAN

A. Latar Belakang

Ada tiga kelompok polimer biologi yaitu polisakarida, protein, dan asam nukleat. Sebagai
salah satu kelompok biopolimer, protein, mempunyai bermacam-macam fungsi. Sebagai enzim
dan hormon, katalis protein yang mengatur setiap reaksi dalam tubuh ; sebagai bagian dari
daging yang menyediakan banyak manfaat pada setiap gerakan; sebagai kulit dan
rambut(penutup bagian luar); sebagai molekul hemoglobin yang berperan dalam transfer semua
oksigen penting ke seluruh bagian tubuh; sebagai antibodi yang memberikan perlindungan
terhadap penyakit dan kombinasinya dengan substansi lain dalam tulang sebagai struktur
penyangga.

Protein mempunyai banyak ukuran dan bentuk. Bahkan ada pula beberapa protein yang
mempunyai berat molekul yang sangat berat. Lisosom, salah satu enzim merupakan protein yang
relative berukuran kecil tapi mempunyai berat molekul 14,600. Berat molekul dari banyak
protein memang sangat berat dan besar. Bentuk tampilan luar dari protein, misalnya lisosom
yang berbentuk bulat dan hemoglobin ke double heliks dari α-keratin ( rambut dan kuku ) dan
lembaran tipis fibroin. Dan karena perbedaan dari segi ukuran, bentuk, dan fungsi umumnya
protein teutama dilihat dari struktur dan pemahaman properti.
karbon alfa
O

H2N CH COH

Asam amino berbeda dalam gugusan R nya

Suatu asam alfa-amino

senyawa dasar dari proteun

4
 Protein adalah poliamida, dan unit monomeri terdiri dari 20 perbedaan α- asam amino,
diantaranya yaitu sebagai berikut :
O

NH2
HO

Asam Amino

Sedangkan untukstruktur protin biasanya dibagi menjadi empat tingkat organisasi.

Struktur primer adalah sebutan untuk urutan asam amino khas dari rantai polipeptida. Struktur
sekunder meliputi bagian-bagian dari rantai polipeptida yang distabilkan oleh suatu pola teratur
dari ikatan-ikatan hidrogenantara gugus CO dan gugus NH dari tulang punggung, misalnya α-
heliks. Struktur tersier berlaku pada struktur tiga dimensi yang distabilkan oleh gaya dispersi,
ikatan hidrogen, dan gaya antarmolekul lainnya. Dan struktur terakhir yaitu kuartener adalah
susunan keseluruhan rantai polipeptida.

B. Tujuan

Adapun tujuan dari pembuatan makalah ini adalah :

 Mengetahui pengertian protein, asam amino dan peptida
 Mengetahui sifat-sifat protein, klasifikasi dan struktur protein
 Mengetahui cara menganalisis gugus ujung untuk penentuan asam amino

C. Rumusan Masalah

 Apa pengertian protein, asam amino dan peptida ?

 Apa sifat-sifat protein, klasifikasi dan struktur protein ?
 Bagaimana cara menganalisis gugus ujung untuk penentuan asam amino?

5
 BAB II
PEMBAHASAN

A. Protein

Sebutan protein pertama-tama dipakai pada tahun 1838, berasal dari kata Yunani,
proteios, yang berarti “pertama”. Dalam kehidupan, protein mempunyai fungsi yang sangat
penting. Semua enzim tumbuhan dan hewan adalah protein. Protein bersama-sama dengan lipid
dan tulang membentuk kerangka tubuh hewan. Ia juga membentuk otot, antibodi, dan berbagai
hormon(Fessenden)

Enzim, yaitu katalis reaksi biokimia, hampir semuanya protein. Protein juga membantu
berbagai fungsi lain seperti pengangkutan, dan penyimpanan zatvital, gerakan terkoordinasi,
penyangga mekanis, dan perlindungan terhadap penyakit. Tubuh manusia diperkirakan
mengandung 100.000 jenis protein, masing-masing mempunyai fungsi fisiologis sendiri-
sendiri( Chang, Raymond 2004)

Pada akhir tahun 1800, telah diidentifikasi bahwa unit protein yang terkecil adalah asam
α-amino. Sekarang telah diketahui bahwa ada 20 macam asam amino terdapat dalam protein
sebagai hasil langsung dari . Berikut ini adalah asam amino yang lazim ditemukan dalam protein
:

1. Alanin (Ala)
2. Arginin (Arg)
3. Asparagin (Asn)
4. Asam aspartat (Asp)
5. Sistein (Cys)
6. Asam glutamat (Glu)
7. Glutamin (Gln)
8. Glisin (Gly)
9. Histidin (His)
10. Isoleusin (Ile)
11. Leusin (leu)
12. Lisin (Lys)
13. Metionin (Met)
14. Fenilalanin (Phe)
15. Prolin (Pro)
16. Serin (Ser)
17. Treosin (Thr)
18. Triptofan ( Trp )
19. Tirosin ( Tyr )
20. Valin (Val)

Tabel 1.1 Asam Amino yang terdapat dalam Protein

Struktur Nama Singkatan pKa1 pKa2 + pKa3

α-CO2H α-NH3 Gugus pI
1. Asam amino netral R

6
 O glycine G or Gly 2.3 9.6 6.0

H2N
OH
O alanine A or Ala 2.3 9.7 6.0

OH

NH2
valine V or Val 2.3 9.6 6.0

NH2

HO

O
O leucine L or Leu 2.4 9.6 6.0

HO

NH2
OH Isoleucine I or Iie 2.4 9.7 6.1

NH2

HO NH2 tyrosine Y or Tyr 2.2 9.1 10.1 5.7

O OH

phenylalanine V or 1.8 9.1 5.5

Phe
O

H2N OH
O tryptophan W or 2.4 9.4 5.9
Thrp

OH

NH2

N
H

7
 O serine S or 2.2 9.2 5.7
Ser
OH

H2N

OH
H proline P or 2.0 10.6 6.3
N O
Pro

OH
HO
OH 4-hydroxyproline O or 1.9 9.7 6.3
Hyp

O N
H
O OH cystine C or 1.7 10.8 8.3 5.0
O Cys

S
HO S NH2

NH2

O OH cystine Cys- 1.6 7.9 5.1

O Cys 2.3 9.9

S
HO S NH2

NH2
O Asparagin N or 2.0 8.8 5.4
Asn
NH2
HO

NH2 O
NH2 Glutamine Q or 2.2 9.1 5.7
Gln
H2N OH

O O
1. Asam amino asam
O aspartic acid D or 2.1 9.8 3.9 3.0
Asp
OH
HO

NH2 O
2. Asam amino basa
lysine K or 2.2 9.0 10.5 9.8
H2N H2N O Lys

OH

8
 NH2 arginine R or 2.2 9.0 12.5 10.8
H Arg
H2N N OH

NH O

Pada tahun 1902, Emil Fischer dan Franz Hofmeister secara terpisah menemukan bahwa
asam-asam α amino dalam membentuk protein terikat satu sama lain dengan ikatan amida.
Ikatan amida ini disebut : Ikatan peptida, dibentuk oleh gugus amino dari suatu asam amino dan
gugus karboksil dari asam amino lainnya.

ikatan peptida

O O O

H2NCHC NHCHC NHCHCOH

R R R

Suatu tripeptida

9
Turunan Asam amino yang Terdapat dalam protein

Nama Rumus Asal protein

Sistin O Keratin (rambut, kuku,
bulu, dll)
OH

H2N

SH

cystein
Hidroksiprolin HO Kolagen, elastin

HO

O N
H

hydroxyproline
Tiroksin HO NH2 Tiroglobulin

O OH

tyrosine

Peptida adalah suatu senyawa yang dibentuk dari asam α amino yang terikat oleh suatu
ikatan peptida. Asam-asam amino dalam suatu peptida disebut sebagai unit peptida atau residu
asam amino. Suatu peptida yang dibentuk dari dua residu asam amino disebut peptida, apabila
dari tiga asam amino disebut tripeptida, dan sebagianya. Polipetida adalah suatu peptida dengan
banyak residu asam amino. Perbedaan antara poipeptida dan protein adalah berdasarkan
perjanjian, umumnya polipeptida dengan 50 residu asam amino disebut protein.

B. Asam Amino

Protein mempunyai massa molar yang tinggi, mulai dari sekitar 5000 g sampai 1 x 107 g,
tetapi persen komposisi berdasar massa dari unsur-unsur di dalam protein ternyata konstan:
karbon, 50 sampai 55 persen; hidrogen, 7 persen; oksigen, 23 persen; nitrogen, 16 persen; dan
sulfur, 1 persen.
Unit struktur dasar dari protein ialah asam amino. Asam amino ialah senyawa yang
mengandung sedikitnya satu gugus amino (-NH2) dan sedikitnya satu gugus karboksil (-COOH):

N
C
H
O H
Gugus Amino
Gugus Karboksil

10
 1. Asam Amino sebagai ion dipolar

Asam amino mempunyai sebuah asam karboksilat dan gugus amino dalam sebuah
molekul. Akibatnya, suatu asam amino akan mengalami reaksi asam-basa dalam molekulnya
untuk membentuk suatu ion dipolar, yaitu suatu ion yang mempunyai muatan positif dan negatif.
Ion dipolar disebut jugaa zwitter ion (Kata Jerman untuk zwitter = hibrida ).

Pembentukan Ion Dipolar :

O O
Asam melepaskan proton

H2N CHCO H H3N CHCO

R R
Basa menerima proton
ion dipolar

Suatu ion dipolar mempunyai sebuah muatan negatif dan muatan positif sehingga muatan
listriknya netral. Ion dipolar bersifat amfoter, dapat bereaksi dengan asam dan basa.

Reaksi Dengan Asam :

O O

H3NCHCO- + H+ H3N+CHCOH

R
R
Kation
Menerima proton

Reaksi Dengan Basa :

O O

- - -
OH + H3+NCHCO H2NCHCO + H2O

R R
Anion
Kehilangan Proton

2. Kimia Ruang (Streokimia)

Pada tahun1851, Louis Pasteur menemukan bahwa asam-asam amino adalah optis aktif.
Kemudian diketahui bahwa optis aktif ini terjadi karena karbon α dari tiap asam α amino adalah
suatu kiral selain glisin. Dua dari 20 asam amino yaitu isoelusin dan treonin mempunyai dua
karbon kiral.

11
 Karbon Kiral

CO2H
CO2H CO2H

H2N C H
H2N C H H2N C H

CH3
H R
Glisin Alanin Asam amino lainnya

Karbon α dari asam amino genetic mempunyai konfigurasi yang sama seperti L-gliseraldehida,
suatu senyawa yang konfigurasinya adalah (S)

CHO
CHO
HO C H atau HO H

CH2OH
CH2OH

L-Gliseraldehida

NH2 diproyeksikan sama arahnya dengan gugus -OH dalam L-gliseraldehid

CO2H
CO2H

H2N C H Atau H2N H

R
R

Dua dari 20 asam amino yaitu isoleusin dan treonin mempunyai dua karbon kiral. Konfigurasi karbon α
dari kedua asam amino ini sama dengan yang dijumpai dalam asam amino lain dan L-gliseraldehida.
Dalam isoleusin, kiral karbon kedua adalah (S), sedangkan dalam treonin (R).

CO2H CO2H

H2N H H2N H

H3C H H OH

CH2CH3 CH3

isoleusin Treonin

12
 C. Klasifikasi yang berdasarkan Rantai Samping

ASAM AMINO NETRAL , BASA, DAN ASAM

Asam Amnio Netral :
 Nonpolar : alanin, glisin, isoleusin, metionin, fenilalanin, prolin, triptofan, dan
valin
 Polar : asparagin, sistein, glutamin, serin, treonin, dan tirosin.
Asam Amino Basa : Arginin, lisin dan histidin
Asam Amino Asam : Asam aspartat dan asam glutamat

1. Asam Amino Netral. Termasuk golongan ini adalah asam-asam yang tidak
mempunyai gugus karboksil maupun gugus fungsi basa dalam rantai sampingnya
lima belas dari 20 asam amino termasuk golongan ini. Asam amino netral ini dibagi
dalam asam amino polar dan nonpolar.
Sembilan dari asam amino ini nonpolar. Empat dari sembilan asam amino ini (alanin,
valin, leusin, dan isoleusin) mempunyai rantai cabang hidrokarbon. Sebuah asam
amino (prolin) sangat unik sebab gugus α-aminonya terikat pada cincin. Dua dari
asam amino non polar (fenilalanin dan triptofan) mempunyai cincin aromatik pada
cabangnya.

Beberapa Asam Amino Netral dengan Rantai cabang Nonpolar :

O O
H
OH N O
S
HO

NH2 OH NH2

alanine proline methionine

Asam amino netral yang non polar umumnya adalah yang paling sukar larut dalam air
dari 20 jenis asam amino ini. Pada pH 6-7 mereka berada sebagai ion dipolar yang
netral.

2. Asam amino Basa. Tiga asam amino yang basa adalah arginin, histidin, dan lisin.
Masing-masing dari asam amino ini mempunyai gugus fungsi yang dapat bereaksi
dengan proton pada pH 6-7 dan membentuk senyawa ion yang bermuatan positif.
Oleh karena itu, pada pH 6-7 suatu asam amino mempunyai dua muatan positif dan
satu muatan negatif atau akhirnya sebuah muatan positif.

Beberapa Asam amino basa dengan asam :

13
 O O

H2NCH2CH2CH2CH2CHCO- + H+ pH 6-7 H3+NCH2CH2CH2CH2CHCO-

+ +
NH3 NH3

+ O
NH NH2
O

pH 6-7
H2NCNHCH2CH2CH2CHCO + H
- + H2NCNHCH2CH2CH2CHCO-

+
+ NH3
NH3

Arginin Kation

3. Asam amino Asam. Dua dari 20 asam amino digolongkan sebagai asam karena
mempunyai gugus karboksil pada rantai cabangnya. Pada pH 6-7, rantai cabang
karboksil ini akan melpaskan protonnya ke air untuk membentuk suatu senyawa
dengan dua muatan negatif dan sebuah muatan positif. Oleh karena itu, pada pH 6-7
asam amino asam mempunyai muatan negatif.

Reaksi dari Asam Amino Asam dengan Air :

O O
O O

pH 6-7
HOCCH2CHCO- + H2O -
+ H3O+
OCCH2CHCO-

+
NH3 +
NH3

Asam Aspartat Ion Aspartat

suatu anion

14
 D. Titik Isolistrik dan Elektroforesis

Muatan akhir dari suatu asam amino beragam sesuai dengan perubahan pH larutan.
Kenaikan pH

O O O

H3NCHCOH H3NCHCO H2NCHCHO

CH3 CH3 CH3

Pada pH 2.3 Pada pH 9.7

anion = Ion dipolar
kation = Ion dipolar Pada pH 6.0
alanin merupakan pK2 alanin
pK1 alanin
ion dipolar yang netral

pH dimana asam amino mempunyai muatan listrik yang netral disebut titik isolistrik dari
asam amino tersebut. Untuk alanin, titik isolistriknya pada pH 6,0. Titik isolistrik untuk asam
amino yang asam terletak kira-kira pada pH = 3. Diperlukan larutan yang lebih asam untuk asam
amino untuk asam amino golongan ini untuk menambah proton gugus karboksilat.

Dalam suatu campuran, pada pH tertentu beberapa asam amino dapat berbentuk anion,
kation, atau ion dipolaryang netral. Campuran asam amino dapat dipisahkan karena
kecenderungannya untuk bergerak ke arah elektrode dalam larutan dari berbagai keasaman.
Elektroforesis adalah suatu proses pemisahan ion dan partikel netral berdasarkan ada atau
tidaknya gaya tarik dari partikel-partikel ini ke arah elektrode pada pH larutan tertentu. Apabila
sepasang elektrode ditempatkan dalam larutan asam amino, anion dari asam amino (muatan
negatif) akan bergerak ke arah katode yang bermuatan negatif . Sedangkan ion dipolar pada titik
isolistriknya netral sehingga tak bergerak ke arah katode ataupun anode.

E. Asam Amino Esensial

Beberapa asam amino tak dapat disintesis dalam tubuh binatang sehingga harus disintesis
dalam makanan. Asam amino ini disebut asam amino esensial. Kebutuhan untuk asam amino
tertentu berbeda berdasarkan spesies, umur, dan jenis makanan. Misalnya, histidin sangat
dibutuhkan oleh anak kecil dan semua anjing, tetapi tak dibutuhkan oleh orang dewasa.
Sedangkan sistein adalah contoh dari asam amino yang harus ada. Kebutuhan dari sistein
tergantung pada banyaknya jumlah metionin maka sistein menjadi asam amino esensial. Akan
tetapi, apabila jumlah metionin banyak, kelebihannya akan diubah menjadi sistein.

15
 O O OH
O
S banyak tahap S
HO HO S NH2

NH2
NH2

methionine Cysteine

Salah satu asam amino esensial diantaranya yaitu fenilalanin. Namun, tak semua mahluk
dapat menyintesis tirosin dari fenilalanin. Satu dari 10.000 mahluk mempunyai penyakit turunan
yang disebut fenilketonurin atau PKU ( berarti ada fenilketon dalam urine ). Orang- orang ini
tidak mempunyai enzim fenilalanin hidroksilase yang diperlukan untuk mengubah fenilalanin
menjadi tirosin. Manusia dapat dihindarkan dari penyakit ini dengan mengatur makanan. Oleh
sebab itu, adalah suatu keharusan bahwa sindroma PKU didiagnosis sedini mungkin, setelah bayi
lahir.
Fenilalanin hidroksilase HO NH2

O OH

tyrosine

Fenilalanin

O
Dalam PKU
CH3CCO2H

Asam fenilpiruvat
suatu "fenilketon"

F. REAKSI DARI ASAM AMINO

a. Esterifikasi dan Asilasi

Asam amino mengadakan reaksi yang khas dari asam karboksilat dan amina. Selain
reaksi asam-basa yang telah dibicarakan, gugus karboksil dari asam amino dapat
diesterifikasi dengan mereaksikan dengan alkohol memakai asam sebagai katalisator. Gugus
amino dapat diasilasi dengan reagen yang aktif seperti halida asam atau anhidrida suatu
asam.

16
 Esterifikasi Gugus Karboksil :

O O

H+
+
H3 NCHCO -
+ CH3CH2OH H3+NCHCOCH2CH3 + H2O

CH3 CH3

Asilasi Gugus Amino :

O O O O

H3+NCHCO- + CH3CCl CH3CNHCHCOH + HCl

CH3
CH3

b. Reaksi dengan Ninhidrin

Reaksi asam amino untuk membentuk suatu senyawa berwarna sangat penting
dalam analisis pemisahan. Asam amino sendiri tidak berwarna dan tidak dapat dideteksi
secara visual pada kromatografi atau cara analisis lainnya.
Reaksi warna yang penting dari asam amino adalah reaksinya dengan inhidrin
karena intensitas warna yang terbentuk pada reaksi ninhidrin ini sebanding dengan
konsentrasi asam aminonya sehingga reaksi ini dapat dipakai untuk analisis kuantitatif.

c. Oksidasi sistein menjadi sistin

Gugus sulfhidrid (-SH) dari sistein mudah dioksidasi menjadi gugus disulfida (-SS-),
suatu reaksi yang menggabungan dua sisa sistein membentuk asam amino sistin. Reaksi dapat
menghasilkan suatu ikatan kovalen yang menghubungkan dua rantai polipeptida yang berlainan
membentuk suatu protein.

O O
O

O
2HSCH2CHCO- -
OCCHCH2S SCH2CHCO-
H
+ +
NH3 +
NH3 NH3

Sistein Sistin
Protein dari rambut, α-keratin, mengandung 11-14% sistin. Reaksi kimia dari
penggeritingan rambut adalah berdasarkan pemecahan dan pembentukan ikatan disulfida dari
sistein. Demikian juga prinsip kerja dari zat penghilang rambut (depilatories).

G. SINTESIS ASAM AMINO

1. Potassium Phthalimide

17
 Metode ini, dimodifikasi oleh Gabriel yang mensitesis amina, menggunakan potassium
phthalimide dan diethyl-bromomalonate untuk membuat ester malinoc imido. Berikut ini adalah
contoh sintesis methione :
O

N-K+
+ BrCH(CO2C2H5)2

Dietil bromomalonate (82%-85%

CO2Et
NaOEt
N
(96-98 %)
CO2Et

CO2Et
NaOH
N SCH3

CO2Et

CO2-
HCl
NH SCH3
84-85 %
CO2-

CO2-

18
 CO2H
+
H3N
SCH3 + CO2 +

CO2- CO2H

Dl-Methionine

2. Strecker Sintesis

+ NH3 R NH3 +
R H

Intermoleculer transfer proton

OH

(H2O) CN-
R NH
R NH2
Imine
CN CN
+
H3O

R NH- R NH2

Aminonitril

3. Resolusi dari DL-Asam Amino

4. Sintesis Asimetric dari Asam Amino

19
 H. PEPTIDA

1. Ikatan Peptida

Peptida adalah ikatan amida yang dibentuk oleh gugus α-amino dari suatu asam amino
dan gugus karboksilat dari asam amino lainnya. Beberapa asam amino dari peptida disebut asam
amino residu. Peptida yang mengandung 2,3 dan beberapa (3-10), atau banyak asam amino
disebut dipeptida, tripeptida, oligopeptida, dan polipeptida.

O
O
H3N+
O- + H3N+
O-
R
R'

-H2O

O R'

H3N+ O-
N

R O
H

dipeptida

20
 Struktur Resonansi untuk Amida

O
O-

R C NH2 NH2+
R C

pasangan elektron sunyi didelokalisasi

Ikatan dalam gugus Amida :

O
1,47 Amstrong O
123°
C C C
C C
N
C N
114°
H
1,32 Amstrong H
Sudut Ikatan
Panjang Ikatan

Oleh karena sifat ikatan rangkap antara karbon amida dan nitrogen, ikatannya lebih
pendek daripada ikatan unggal karbon-nitrogen, tetapi lebih panjang daripada ikatan rangkap
karbon-nitrogen.
Sifat ikatan rangkap dari karbon amida-nitrogen menghalangi perputaran bebas
sekeliling ikatan ini. Akibatnya, dapat terjadi stereoisomerisasi cis dan trans . oleh karena
stereoisomer trans mengandung lebih sedikit hambatan sterik daripada isomer cis, konfigurasi
trans lebih stabil dan lebih banyak terdapat dalam peptida dan protein.

2. Urutan asam amino dalam peptida

Dua dipeptida yang berlainan dapat dibentuk dari dua asam amino yang berlainan pula .
misalnya glisin dan alanin dapat membentuk dua dipeptida, dengan kependekan Gly-Ala dan
Ala-Gly

21
 Dua dipeptida dari Glisin dan Alanin

Dari Glisin Dari Alanin

O O

H2NCH2C NHCHCOH

CH3

Glisilalanin ( Gly-Ala)

Dari alanin
Dari Glisin

O O

H2NCHC NHCH2COH

CH3
Alanilglisin (Ala-Gly)

Asam amino Ala-Gly

N-terminal Asam amino
C-terminal
Gly-Glu-Ala

Gly-His-Glu-Cys

Dan sesuai kesepakatan konvensi, sisa asam amino dengan gugus karboksil yang bebas
ditulis disebalah kanan dari rumus dan disebut asam amino C-terminal. Sedangkan sisa asam
amino dengan gugus α-amino bebas yang ditulis disebelah kiri disebut asam amino N-terminal.
Kesepakatan ini berlaku tanpa melihat panjang peptida yang berbentuk memanjang, bukan suatu
siklik.

Sedangkan dalam pemberian nama peptida, asam amino C-terminal dianggap sebagai
induk. Asam amino lain termasuk asam amino N-terminal merupakan substitusi pada induk,
diberi nama dengan akhiran il. Substitusi asam amino ditulis berturut-turut dengan urutan
pertama adalah asam amino N-terminal.

Ser-Tyr-Ala-Gly-Leu
Seryltyrosylalanylglycylleucine

22
 3. Isolasi dan Sifat-Sifat dari Protein

Protein mempunyai struktur yang unik (khas) dan berat molekul yang spesifik. Meskipun
demikian, protein sangat sukar dimurnikan karena protein terdapat dalam bentuk kompleks
bersama lipid dan karbohidrat, juga sebagai campuran dengan protein lainnya. Faktor lain yang
membuat protein sukar dimurnikan karena bentuknya yang mudah sekali rusak oleh panas, asam,
basa, dan pelarut organik. Apabila bentuk alamiah suatu protein sudah rusak, dikatakan bahwa
protein terdenaturasi. Protein yang terdenaturasi masih mengandung urutan asam amino yang
asli, tetapi sudah kehilangan struktur tiga dimensinya yang unik, dimana kerap kali terjadi
aktivitas biologisnya.

Struktur Insulin Sapi

Ujung N-Terminal

Gly Phe

Val
Ile
Asn

Val Gln

His
Glu
Leu
Gln
Cys
S S
Cys
Gly
Cys Ser

Ala
His
S S
Ser
Leu
Val

Cys Val

Glu
Ser

Leu
Ala
Tyr
Leu
Gln

Leu Tyr

Glu
Leu
Asn
Val
Tyr
S S Cys
Cys
Pro
Asn
Lys

Ala
ujung C-Terminal

23
 Pada tahun 1940, dengan adanya perkembangan teknik kromatografi maka protein yang
dahulu tidak dapat dipisahkan , sekarang dapat diisolasi dan dimurnikan. Dengan berhasilnya
protein dipisahkan dan dimurnikan, maka para ahli kimia dapat mempelajari cara penentuan
urutan asam amino dari protein.
Laporan pertama mengenai struktur protein berasal dari insulin sapi yang ditemukan oleh
ahli kimia Inggris Frederik Sanger dkk pada tahun 1955. Untuk penemuannya ini, Sanger
menerima hadiah Nobel pada tahun 1958. Insulin sapi mengandung dua rantai peptida, salah
satu diantaranya mengandung 21 asam amino dan lainnya 30 asam amino.kedua rantai peptida
ini terikat bersama-sama oleh dua ikatan disulfida(ikatan disulfida ketiga bergantung pada dua
sistein di dalam rantai peptida yang 21 asam amino.

4. Klasifikasi Protein

Menurut klasifikasi asli yang dimodifikasi, protein dapat dibagi menjadi tiga goglongan :
protein serat, protein bujur telur, dan protein gabungan.
 Protein serat adalah bentuk protein yang tidak larut yang ditemukan dalam kulit, rambut,
jaringan pengikat, dan tulang. Protein ini dapat lagi dibagi menjadi kolagen yaitu protein
pokok dari jaringan pengikat, tulang, gigi,dan tendon; dan keratin yaitu protein pokok
dari kulit, kuku, sayap dan rambut.
 Protein bujur telur bentuknya bujur telur atau bulat lonjong. Umumnya (tetapi tidak
selalu) larut dalam air. Protein ini, menggunakan klasifikasi yang lebih modern, lebih
mudah diklasifikasi menurut fungsinya (seperti enzim atau hormon). Cara klasifikasi
lama protein bujur telur ini dibagi menjadi beberapa subbab bagian, empat diantaranya
adalah :
 Albumin, dapat dikasifikasikan karena larut dalam air dan larutan garam. Albumin
yang khas terdapat dalam darah (protein serum) dan pada telur (albumin telur).
 Globulin, tidak larut dalam air, tetapi larut dalam larutan garam encer. γ-globulin
suatu globulin yang khas adalah campuran protein yang dapat diisolasi dari serum
darah dan mengandung antibodi.
 Histon dan Protamin adalah protein basa yang larut dalam air . Dibandingkan
dengan protein yang lain, histon dan protamin menghasilkan konsentrasi asam
amino basa yang besar.

Protein Gabungan adalah protein yang bergabung dengan senyawa bukan protein.
Misalnya protein dalam haemoglubin bergabung dengan besi yang mengandung heme
bukan protein. Bagian nonprotein dalam protein gabungan seperti heme dalam
haemoglubin disebut gugus prostetik. Prtein gabungan yang khas lainnya adalah
nukleoprotein (protein yang bergabung dengan asam nukleat), mukoprotein (protein
yang bergabung dengan polisakarida dalam mukus) dan lipoprotein (protein yang
bergabung dengan lipid, seperti kolesterol).
5. Tingkatan Struktur Protein

Protein dalam bentuk asalnya mempunyai tiga tingkat, kadang-kadang empat tingkat
struktur. Tingkat pertama disebut struktur primer, yaitu orde atau urutan dari asam amino

24
 dalam rantai protein. Struktur sekunder adalah bentuk dari rantai protein yang panjang yang
dijadikan satu ikatan oleh ikatan hidrogen antara protein dari amida dan gugus karbonil
amida.

H N

C O
C O

H N

ikatan hidrogen antara proton amida dan oksigen karbonil amida

Struktur sekunder kebanyakan protein adalah suatu α-heliks yaitu spiral tangan kanan
(right-handed spiral) dengan rantai yang berputar searah jarum jam, apabila dilihat melalui
sumbu ke bawah (D-asam amino membentuk heliks angan kiri (left-handed spiral) atau yang
berputar berlawan arah jarum jam). Suatu α-heliks mempunyai sisa(residu) 3.6 asam amino
tiap putaran, suatu harga yang dihasilkan dari ikatan hidrogen antara dua gugus amida yang
jaraknya sepanjang 4 asam amino.
Struktur helks ini menyebabkan molekul menjadi elastis dan fleksibel. Keratin, protein
yang terdapat pada rambut, kulit, dan kuku adalah contoh protein dengan molekul yang
berbentuk α-helis. Kolagen, protein utama dari jaringan pengikat juga terdiri dari molekul
heliks. Akan tetapi anehnya, kolagen adalah heliks tangan kiri (left-handed), buan tangan
kanan (right-handed). Dalam kolagen tiga tangan kiri heliks saling mengikat dan
menghasilakan tangan kanan heliks yaitu “superheliks” yang disebut tropokolagen. Saling
mengikat dari ketiga heliks denagn cara ini memberi kekuatan tambahan pada jaringan.
Struktur sekunder lain adalah β-pleated sheet (lembar yang berlipat β). Istilah diambil
karena bentuknya yang menyerupai pleated sheet atau genteng logam yang berkerut. Protein
dalam pleated sheet bertahan oleh adanya ikatan hidrogen antara rantai yang berstu. Serat
sutera adalah contoh protein dengan struktur pleated sheet.
Struktur tersier misalnya pada protein bujur telur. Bentuk heliks atau struktur pleated
sheet sering terganggu, sehingga rantainya akan melipat kembali seperti semula. Bentuk melipat
dari bujur telur inilah yang disebut struktur tersier.
Struktur kuartener dari protein adalah penggabungan dua atau lebih macam-macam rantai
dari protein rantai banyak. Misalnya hemoglobin mengandung empat molekul protein berlipat
yang terpisah.

25
 I. Enzim
Enzim adalah katalisator biologis. Enzim adalah suatu protein yang aktivitasnya
tergantung dari ketahanan struktur sekunder, tersier, dan kuartener. Enzim merupakan protein
bujur telur yang berlipat dengan sisa asam amino polardi permukaan luarnya yang
memastikan dapat larut dalam cairan tubuh. Enzim sering mengandung suatu gugus prostetik
didalam lubang seperti kantung dalam strukturnya. Ukuran dan bentuk dari kantung
memudahkan pengenalan dari biomolekul yang spesifik.

Ringkasan dari berbagai tingkat Struktur Protein

Tingkat Struktur Uraian

Primer Urutan atau orde dari sisa asam amino dalam rantai protein
Sekunder Bentuk dari rantai protein tulang belakang
Tersier Melipatnya rantai protein, kembali seperti bentuknya
Kuartener Melipatnya dua atau lebih rantai protein

J. Penentuan Struktur Primer dari Protein

Apabila peptida yang diisolasi itu homogen dan tidak siklik, maka cara umum berkut ini
dapat dipakai untuk menentukan urutan asam amino tersebut :
 Pemisahan dari ikatan disulfida (apabila ada) dengan gugus –SH dan menutup semua
gugus ini.
 Analisis gugus ujung
 Hidrolisis parsial dari peptida dilanjutkan dengan identifikasi dari bagian-bagiannya
dan akhirnya.
 Menentukan urutannya

1. Menghambat (blocking) gugus sulfur dari sistein dan sistin

Langkah pertama dalam mengurut asam amno adalah menghambat gugus
disulfida dan gugus SH. Apabila gugus ini tidak dihambat , maka gugus ini akan
mengganggu urutan dari reaksi selanjutnya.
Penghambatan dapat dilakukan dengan dua cara. Cara pertama adalah dengan
cara mengoksidasi gugus disulfida dengan gugus SH menjadi gugus asam
sulfonat. Cara yang lain adalah mereduksi gugus disulfida menjadi gugus SH lalu
mereaksikan dengan reagen indoasetat basa, yang bereaksi dengan gugus SH.

26
K. Analisis Gugus Ujung
Analisis gugus ujung dipakai untuk mengidentifikasi urutan asam amino pada N-terminal
dan C-terminal dari rantai peptida.

O R' H O

+
NH3 N
-
N O

R H O '' R''

N- Terminal
C- Terminal
Residue
Residue

O
O

+ -
H3N O + -
NH3 O
N
N

H O H O

Glycylvaline (GV) Valylglycine (VG)

 Asam amino N-terminal. Ada bermacam-macam reagen yang dapat digunakan

untuk mengidentifikasi asam amino N-terminal .Salah satunya adalah fenil
isotiosianat yang dinamakan reagen Edman. Sisa peptida yang didapat dari
hidrolisis fenilhidantion dapat didaur ulang melalui urutan reaksi untuk
mengidentifikasi asam amino N-terminal yang baru terbentuk. Asam amino ini
adalah satu sebelum terakhir dari asam amino dalam rantai peptida asal. Metode
fenilisotiosianat telah dijadikan satu ke dalam suatu alat analisis yang disebut
automated amino acid sequenators.

27
 O

N C S + H3+NCHC
S
R

N NH + peptida lainnya

C CHR

O
 Asam amino C-terminal. Contohnya adalah menggunakan karboksipeptidase,
suatu enzim yang berperan utama sebagai katalisator hidrolisis asam amino C-
terminal dari rantai peptida.
O O
karboksipeptidase
Peptida lainnya NHCHCO- + H2O peptida + H3+NCHCO-
lainnya
R R

L. Hidrolisis Sebagian dan Penentuan akhir urutan

Sesudah gugus akhir diidentifikasi , tujuan selanjutnya adalah menentukan keseluruhan
asam amino dalam rantai. Hal ini dapat dilakukan dengan hidrolisis sebagian dari peptida
dilanjutkan dengan mencocokkan pecahannya untuk menentukan urutan yang lengkap.
Hidrolisis sebagian dapat dilakukan dengan hidrolisis dalam keadaan asam yang sedang
(mild asam) atau oleh enzim. Teknik hidrolisis berasam umumnya tidak memuaska, karena
pemecahan dari ikatan amida sangat acak dan suatu campuran yang kompleks dari asam amino
dan peptida yang kecil akan timbul. Misalnya suatu tetrapeptida akan menghasilkan 4 asam
amino, tiga dipeptida, dan dua dipeptida. Apabila suatu peptida besar dihidrolisis dalam keadaan
asam, akan terbentuk banyak sekali komponen dalam campuran sehingga pemisahan yang tidak
mungkin.
Cara yang lebih baik adalah dengan membelah-belah peptida dengan bantuan enzim yang
bertindak pada ikatan amid tertentu. Misalnya, triptin adalah suatu enzim proteolitik (enzim yang
mengkatalisis hidrolisis dari protein) biasanya dipakai pada penentuan struktur.Triptin
mengkatalisis hidrolisis ikatan amida di bagian karboksil dari lisin atau arginin.

28
 O

NHCHC NH peptida lainnya

(CH2)4NH2

Sisa Lisin
Tripsin bekerja disini

NHCHC NH

(CH2)3NHCNH2

NH

peptida lainnya

Sisa Arginin

Namun sekarang ini telah tersedia bermacam-macam enzim proteolitik. Menggunakan dua atau
lebih dari enzim-enzim ini, pecahan dengan golongan yang tumpang tindih dari asam amino bisa
didapa. Sesudah pecahan ini diurut (misalnya dengan cara Edman), potongan yang tumpang
tindih tersebut dibandingkan, akhirnya urutan asam amino yang lengkap dari protein dapat
diperkirakan. Untuk menggambarkan penggunaan yang logis dari langkah akhir ini, misalnya
bahwa hidrolisis dari pentapeptida menghasilkan tripeptida berikut ini :

Gly-Glu-Phe Glu-Phe-Gly Phe-Gly-Arg

Dengan mengatur tripeptida sehingga terjadi tumpang tindih antara asam amino yang biasa, kita
dapat menentukan urutan dari asam amino pada pentapeptida.
Glu, Phe, dan Gly tumpang tindih
Gly- Glu- Phe

Glu - Phe – Gly

Phe – Gly – Arg

Urutan asam amino dari pentapetida : Gly-Glu-Phe-Gly-Arg

29
Rangkaian sisa asam amino didalam polipeptida atau protein disebut struktur primer.
Peptida sederhana yang mengandung 3 asam amino (tripeptida) mempunyai 6 rangkaian
asam amino berbeda; tetrapeptida mempunyai lebih dari 24 rangkaian berbeda. Untuk
komponen asam amino dengan 20 asam amino berbeda pada satu rantai dari 100 residu, ada
2100 = 1.27 * 10130 yang mungkin dari rangkaian yang berbeda. Banyak berbagai asam amino
penting dapat diputuskan menjadi rantai asam amino berbeda. Sayangnya, ada beberapa variasi
metode yang tidak bisa digunakan untuk memutuskan asam amino berbeda pada
polipeptida,melainkan dilakukan dengan analisis residu terminal yang merupakan teknik untuk
mengidentifikasi N dan C asam amino terminal.

 Degradation Edman

Prosedur yang paling sering digunakan untuk mengidentifikasi asam amino N-

terminal pada peptida adalah Turunan Edman (Edman Degradation/dikembangkan oleh Pehr
Edman dari Universitas Lund, Swedia). Turunan Edman dapat digunakan sebagai metode untuk
berbagai peptida berbeda hingga panjang residu 60. Contohnya : N-terminal asam amino dan
fenil isothiosianat yang direaksikan membentuk turunan fenilthiocarbamil. Karena
ketidakstabilan anilinothioazolinone(ATZ), akan mengakibatkan ketidakteraturan dari turunan
fenilthiohidantion (PTH) pada asam amino. Pada proses yang otomatis, turunan PTH juga
dapat dilihat melalui kromatografi cair tingkat tinggi (KCKT/HPLC).

O R'
OH- . pH 9
N C S + H2N etc.
N

R H O

H H O R'

HA
N N etc.
N

S R H O

Labeled Polipetide

30
 H S

N
S
N NH
O rearrangement
+
N
heat
H O R
R

Phenylthiohydantion (PTH)
is identified by HPLC
Unstable Intermediate

H3N

R'

Polypeptide with one

less amino acid residue

31
  Analisis N-terminal Sanger

Metode lain yang dapat digunakan untuk beberapa analisis adalah analisi Sanger N
terminal, yang menggunakan 2,4-dinitroflurobenzen (DNFB). Ketika polipeptida ditambah
dengan DNFB sedikit, dan diilakukan reaksi substitusi nukleofil aromatik (S NAr), akan
menyerang asam amino bebas dari sisa N-terminal. Berikutnya hidrolisis dari polipeptida akan
memberikan campuran antara asam amino N-terminal dengan gugus 2,4-dinitrofenil.

NO2
O H+
F
H2N etc.
+ HCO3-
N
(-HF)
R H O
O2N

2.4 - Dinitrofluorobenzene Polypeptide

(DNFB)

NO2 H O R'

N etc. H3O-
N

R H O
O2N
Labeled Polypeptide

NO2 H O
O
N
+
OH + H3N
O-
R
O2N R'

Labeled N-terminal amino acid Mixture of

amino acids

Separate and identify

32
 BAB III

PENUTUP

A. KESIMPULAN

Protein adalah suatu poliamida dari asam α-amino. Ikatan amida dalam protein disebut
ikatan peptida. Peptida (protein) kecil dapat digolongan sebagai dipeptida, tripeptida, sampai
polipeptida. Asam amino merupakan ion dipolar yang bersifat amfoter.Alfa karbon dari asam
amino yang terdapatdalam protein mempunyai konfigurasi yang sama dengan L-gliseraldehid.
Asam amino ada yang netral (polar atau nonpolar), bersifat basa, atau bersifat asam, tergantung
dari gugus fungsi pada rantai cabang. Titik isolistrik dari asam amino adalah pH pada saat ion
dipolarnya tidak bermuatan, sehingga tidak akan bergerak ke elektrode.
Asam amino esensial adalah asam amino yang tidak dapat disintesis oleh organisme
sehingga harus diberikan melalui makanan. Protein dapat dibagi dalam beberapa golongan serat,
bujur telur(misalnya albumin, globulin, histon dan protamin) dan gabungan. Protein juga dapat
dibagi atau digolongkan berdasarkan fungsinya seperti enzim dan hormon. Struktur protein juga
dibagi menjadi 4 yaitu struktur primer, sekunder, tersier dan kuartener. Struktur primer dari suatu
protein adalah urutan dari asam aminonya. Struktur sekunder adalah bagaimana tulang punggung
(back bone) mengatur dirinya sendiri (α-heliks, β-pleated sheet). Sedangkan struktur tersier
adalah hasil lipatan dari suatu heliks atau struktur lain untuk membentuk struktur protein itu
sendiri.

B. SARAN

DAFTAR PUSTAKA

Fessenden
Salomons. Edisi 9

33