MAKALAH

KIMIA ORGANIK 2

“ASAM AMINO & PROTEIN : STRUKTUR DAN KEGUNAAN”

KELOMPOK 4

Dianira Geovana Maengkom (13 533 039)

Brillian Rattu (13 533 015)

Dosen Pembimbing :

DR.Emma J. Pongoh, M.Si

UNIVERSITAS NEGERI MANADO

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN PENDIDIKAN KIMIA
PEBRUARI 2015
 KATA PENGANTAR

Dengan mengucap syukur kehadirat Tuhan Yang Maha Esa yang karena kasih
karunia Nya sehingga kami dapat menyelesaikan makalah berjudul “Asam Amino dan
Protein : Struktur dan Fungsi”. Adapun penulisan makalah ini untuk menyelesaikan salah
satu tugas Kimia Organik 2 .Kami ingin mengucapkan terima kasih kepada semua pihak
khususnya dosen pembimbing, Ibu. DR. Emma.J.Pongoh,M.Si serta orang tua.
Dengan kerendahan hati penulis mohon perkenaan para pembaca untuk
memberikan saran dan kritik. Harapan kami makalah ini dapat bermanfaat bagi
pembaca.
Terima kasih.

Tondano, Pebruari 2015

Penyusun

2
 DAFTAR ISI

KATA PENGANTAR..................................................................................................................2
.............................................................................................................................. DAFTAR ISI
.....................................................................................................................................................
3
........................................................................................................... BAB 1 PENDAHULUAN
.....................................................................................................................................................4 ...................
....................................................................................................................................

BAB 2
PEMBAHASAN...........................................................................................................6 .........
.....................................................................................................
a.Protein ..............................................................................................................................
...............6
...................................................................................................................... b.Asam Amino
.............................................................................................................................................
7
.......................................................................... c.Klasifikasi berdasarkan Rantai Samping
.............................................................................................................................................
8
..................................................................................... d.Titik Isolistrik dan Elektroforesis
.............................................................................................................................................
8
....................................................................................................... e.Asam Amino
Esensial .............................................................................................................................................9
f.Peptida…………………………………………………………………………………...9
g.Enzim…………………………………………………………………………………..12
h.Penentuan Struktur Primer dari Protein………………………………………12
i.Analisis Gugus Ujung…………………………………………………………………12
j.Hidrolisis Sebagian dan Penentuan Akhir Reaksi……………………………………...12

BAB 3 PENUTUP ..................................................................................................................13

a.Kesimpulan.............................................................................................................................1
4 ...............................................................................................................................
b.Saran ........................................................................................................................................
...........14
................................................................................................................. DAFTAR PUSTAKA
...................................................................................................................................................1
5
BAB I

3
 PENDAHULUAN

A. Latar Belakang

Ada tiga kelompok polimer biologi yaitu polisakarida, protein, dan asam nukleat. Sebagai salah
satu kelompok biopolimer, protein, mempunyai bermacam-macam fungsi. Sebagai enzim dan
hormon, katalis protein yang mengatur setiap reaksi dalam tubuh ; sebagai bagian dari daging
yang menyediakan banyak manfaat pada setiap gerakan; sebagai kulit dan rambut(penutup
bagian luar); sebagai molekul hemoglobin yang berperan dalam transfer semua oksigen penting
ke seluruh bagian tubuh; sebagai antibodi yang memberikan perlindungan terhadap penyakit
dan kombinasinya dengan substansi lain dalam tulang sebagai struktur penyangga.

Protein mempunyai banyak ukuran dan bentuk. Bahkan ada pula beberapa protein yang
mempunyai berat molekul yang sangat berat. Lisosom, salah satu enzim merupakan protein
yang relative berukuran kecil tapi mempunyai berat molekul 14,600. Berat molekul dari banyak
protein memang sangat berat dan besar. Bentuk tampilan luar dari protein, misalnya lisosom
yang berbentuk bulat dan hemoglobin ke double heliks dari α-keratin ( rambut dan kuku ) dan
lembaran tipis fibroin. Dan karena perbedaan dari segi ukuran, bentuk, dan fungsi umumnya
protein teutama dilihat dari struktur dan pemahaman properti.
karbon alfa
O

H 2N CH C OH

Asam amino berbeda dalam gugusan R nya

Suatu asam alfa-amino

senyawa dasar dari proteun
Protein adalah poliamida, dan unit monomeri terdiri dari 20 perbedaan α- asam amino,
diantaranya yaitu sebagai berikut :
O

NH 2
HO

Asam Amino

4
Sedangkan untukstruktur protin biasanya dibagi menjadi empat tingkat organisasi. Struktur
primer adalah sebutan untuk urutan asam amino khas dari rantai polipeptida. Struktur
sekunder meliputi bagian-bagian dari rantai polipeptida yang distabilkan oleh suatu pola teratur
dari ikatan-ikatan hidrogenantara gugus CO dan gugus NH dari tulang punggung, misalnya
αheliks. Struktur tersier berlaku pada struktur tiga dimensi yang distabilkan oleh gaya dispersi,
ikatan hidrogen, dan gaya antarmolekul lainnya. Dan struktur terakhir yaitu kuartener adalah
susunan keseluruhan rantai polipeptida.

B. Tujuan

Adapun tujuan dari pembuatan makalah ini adalah :

 Mengetahui pengertian protein, asam amino dan peptida
 Mengetahui sifat-sifat protein, klasifikasi dan struktur protein
 Mengetahui cara menganalisis gugus ujung untuk penentuan asam amino

C. Rumusan Masalah

 Apa pengertian protein, asam amino dan peptida ?

 Apa sifat-sifat protein, klasifikasi dan struktur protein ?
 Bagaimana cara menganalisis gugus ujung untuk penentuan asam amino?
BAB II PEMBAHASAN

A. Protein

Sebutan protein pertama-tama dipakai pada tahun 1838, berasal dari kata Yunani, proteios,
yang berarti “pertama”. Dalam kehidupan, protein mempunyai fungsi yang sangat penting.
Semua enzim tumbuhan dan hewan adalah protein. Protein bersama-sama dengan lipid dan
tulang membentuk kerangka tubuh hewan. Ia juga membentuk otot, antibodi, dan berbagai
hormon(Fessenden)

Enzim, yaitu katalis reaksi biokimia, hampir semuanya protein. Protein juga membantu
berbagai fungsi lain seperti pengangkutan, dan penyimpanan zatvital, gerakan terkoordinasi,
penyangga mekanis, dan perlindungan terhadap penyakit. Tubuh manusia diperkirakan
mengandung 100.000 jenis protein, masing-masing mempunyai fungsi fisiologis
sendirisendiri( Chang, Raymond 2004)

5
 Pada akhir tahun 1800, telah diidentifikasi bahwa unit protein yang terkecil adalah asam α-
amino. Sekarang telah diketahui bahwa ada 20 macam asam amino terdapat dalam protein
sebagai hasil langsung dari . Berikut ini adalah asam amino yang lazim ditemukan dalam
protein
:

1. Alanin (Ala)
2. Arginin (Arg)
3. Asparagin (Asn)
4. Asam aspartat (Asp)
5. Sistein (Cys)
6. Asam glutamat (Glu)
7. Glutamin (Gln)
8. Glisin (Gly)
9. Histidin (His)
10. Isoleusin (Ile)
11. Leusin (leu)
12. Lisin (Lys)
13. Metionin (Met)
14. Fenilalanin (Phe)
15. Prolin (Pro)
16. Serin (Ser)
17. Treosin (Thr)
18. Triptofan ( Trp )
19. Tirosin ( Tyr )
20. Valin (Val)

Tabel 1.1 Asam Amino yang terdapat dalam Protein

Struktur Nama Singkatan pKa1 pKa2 + pKa3

α-CO2H α-NH3 Gugus pI
1. Asam amino netral R

6
7
8
 NH 2 arginine R or 2.2 9.0 12.5 10.8
H Arg
H 2N N OH

NH O

Pada tahun 1902, Emil Fischer dan Franz Hofmeister secara terpisah menemukan bahwa asam-
asam α amino dalam membentuk protein terikat satu sama lain dengan ikatan amida. Ikatan
amida ini disebut : Ikatan peptida, dibentuk oleh gugus amino dari suatu asam amino dan gugus
karboksil dari asam amino lainnya.
ikatan peptida

O O O

H 2NC HC NH C HC NH C HC OH

R R R

Suatu tripeptida
Turunan Asam amino yang Terdapat dalam protein

9
 Peptida adalah suatu senyawa yang dibentuk dari asam α amino yang terikat oleh suatu ikatan
peptida. Asam-asam amino dalam suatu peptida disebut sebagai unit peptida atau residu asam
amino. Suatu peptida yang dibentuk dari dua residu asam amino disebut peptida, apabila dari
tiga asam amino disebut tripeptida, dan sebagianya. Polipetida adalah suatu peptida dengan
banyak residu asam amino. Perbedaan antara poipeptida dan protein adalah berdasarkan
perjanjian, umumnya polipeptida dengan 50 residu asam amino disebut protein.

B. Asam Amino

Protein mempunyai massa molar yang tinggi, mulai dari sekitar 5000 g sampai 1 x 107 g, tetapi
persen komposisi berdasar massa dari unsur-unsur di dalam protein ternyata konstan: karbon,
50 sampai 55 persen; hidrogen, 7 persen; oksigen, 23 persen; nitrogen, 16 persen; dan sulfur, 1

NH 2 diproyeksikan sama arahnya dengan gugus -OH dalam L -gliseraldehid

C O 2H
CO H

H 2N C H A tau H 2N H

persen.
Unit struktur dasar dari protein ialah asam amino. Asam amino ialah senyawa yang
mengandung sedikitnya satu gugus amino (-NH2) dan sedikitnya satu gugus karboksil (-COOH):C

R
R

Dua dari 20 asam amino yaitu isoleusin dan treonin mempunyai dua karbon kiral. Konfigurasi karbon α dari
kedua asam amino ini sama dengan yang dijumpai dalam asam amino lain dan L-gliseraldehida.
Dalam isoleusin, kiral karbon kedua adalah (S), sedangkan dalam treonin (R).

CO2H CO2H

H2NH
H2NH

H3CH
HOH

CH2CH3 CH3

isoleusin Treonin

10
 C. Klasifikasi yang berdasarkan Rantai Samping

ASAM AMINO NETRAL , BASA, DAN ASAM Asam

Amnio Netral :
• Nonpolar : alanin, glisin, isoleusin, metionin, fenilalanin, prolin, triptofan, dan valin
• Polar : asparagin, sistein, glutamin, serin, treonin, dan tirosin.
Asam Amino Basa : Arginin, lisin dan histidin
Asam Amino Asam : Asam aspartat dan asam glutamat

1. Asam Amino Netral. Termasuk golongan ini adalah asam-asam yang tidak mempunyai
gugus karboksil maupun gugus fungsi basa dalam rantai sampingnya lima belas dari
20 asam amino termasuk golongan ini. Asam amino netral ini dibagi dalam asam
amino polar dan nonpolar.
Sembilan dari asam amino ini nonpolar. Empat dari sembilan asam amino ini (alanin,
valin, leusin, dan isoleusin) mempunyai rantai cabang hidrokarbon. Sebuah asam
amino (prolin) sangat unik sebab gugus α-aminonya terikat pada cincin. Dua dari
asam amino non polar (fenilalanin dan triptofan) mempunyai cincin aromatik pada
cabangnya.

Beberapa Asam Amino Netral dengan Rantai cabang Nonpolar :

O
S
HO

O
H
OH N

NH2 OH NH2

alanine proline methionine

Asam amino netral yang non polar umumnya adalah yang paling sukar larut dalam
air dari 20 jenis asam amino ini. Pada pH 6-7 mereka berada sebagai ion dipolar yang
netral.

2. Asam amino Basa. Tiga asam amino yang basa adalah arginin, histidin, dan lisin.
Masing-masing dari asam amino ini mempunyai gugus fungsi yang dapat bereaksi
dengan proton pada pH 6-7 dan membentuk senyawa ion yang bermuatan positif.
Oleh karena itu, pada pH 6-7 suatu asam amino mempunyai dua muatan positif dan
satu muatan negatif atau akhirnya sebuah muatan positif.

11
 Beberapa Asam amino basa dengan asam :

O O

H2NCH2CH2CH2CH2CHCO- + H+ pH 6-7 H3+NCH2CH2CH2CH2CHCO-

+NH3 +NH3

+NH2 O
NH O

pH 6-7
- H+ H2NCNHCH2CH2CH2CHCO-
H2NCNHCH2CH2CH2CHCO +

+NH3
+NH3

Arginin Kation

3. Asam amino Asam. Dua dari 20 asam amino digolongkan sebagai asam karena
mempunyai gugus karboksil pada rantai cabangnya. Pada pH 6-7, rantai cabang
karboksil ini akan melpaskan protonnya ke air untuk membentuk suatu senyawa
dengan dua muatan negatif dan sebuah muatan positif. Oleh karena itu, pada pH 6-7
asam amino asam mempunyai muatan negatif.

Reaksi dari Asam Amino Asam dengan Air :

O O O O

12
 pH 6-7
HOCCH2CHCO- + H2O -OCCH

2 CHCO- + H3O+

+
NH3 +NH3

Asam Aspartat Ion Aspartat

suatu anion
D. Titik Isolistrik dan Elektroforesis

Muatan akhir dari suatu asam amino beragam sesuai dengan perubahan pH larutan.
Kenaikan pH

O O O

H3NCHCOH3 H NCHCO H 2N C H C H O

CH 3 CH 3
CH3

P a d a p H 9 .7
Pada pH 2.3 anion = I on d ipo lar
P a d a p H 6 .0
kation = Ion a l an i n m eru p a k an pK 2 alanin
i o n d i p o l a r y a n g n etra l
dipolar
pK1 alanin

pH dimana asam amino mempunyai muatan listrik yang netral disebut titik isolistrik dari asam
amino tersebut. Untuk alanin, titik isolistriknya pada pH 6,0. Titik isolistrik untuk asam amino
yang asam terletak kira-kira pada pH = 3. Diperlukan larutan yang lebih asam untuk asam amino
untuk asam amino golongan ini untuk menambah proton gugus karboksilat.

Dalam suatu campuran, pada pH tertentu beberapa asam amino dapat berbentuk anion,
kation, atau ion dipolaryang netral. Campuran asam amino dapat dipisahkan karena
kecenderungannya untuk bergerak ke arah elektrode dalam larutan dari berbagai keasaman.
Elektroforesis adalah suatu proses pemisahan ion dan partikel netral berdasarkan ada atau
tidaknya gaya tarik dari partikel-partikel ini ke arah elektrode pada pH larutan tertentu. Apabila
sepasang elektrode ditempatkan dalam larutan asam amino, anion dari asam amino (muatan
negatif) akan bergerak ke arah katode yang bermuatan negatif . Sedangkan ion dipolar pada
titik isolistriknya netral sehingga tak bergerak ke arah katode ataupun anode.

13
 E. Asam Amino Esensial

Beberapa asam amino tak dapat disintesis dalam tubuh binatang sehingga harus disintesis
dalam makanan. Asam amino ini disebut asam amino esensial. Kebutuhan untuk asam amino
tertentu berbeda berdasarkan spesies, umur, dan jenis makanan. Misalnya, histidin sangat
dibutuhkan oleh anak kecil dan semua anjing, tetapi tak dibutuhkan oleh orang dewasa.
Sedangkan sistein adalah contoh dari asam amino yang harus ada. Kebutuhan dari sistein
tergantung pada banyaknya jumlah metionin maka sistein menjadi asam amino esensial. Akan
tetapi, apabila jumlah metionin banyak, kelebihannya akan diubah menjadi sistein.
O
O
S banyak tahap S
HO HO S NH 2
NH 2
NH 2 O

methionine Cysteine

Salah satu asam amino esensial diantaranya yaitu fenilalanin. Namun, tak semua mahluk dapat
menyintesis tirosin dari fenilalanin. Satu dari 10.000 mahluk mempunyai penyakit turunan yang
disebut fenilketonurin atau PKU ( berarti ada fenilketon dalam urine ). Orang- orang ini tidak
mempunyai enzim fenilalanin hidroksilase yang diperlukan untuk mengubah fenilalanin menjadi
tirosin. Manusia dapat dihindarkan dari penyakit ini dengan mengatur makanan. Oleh sebab itu,
adalah suatu keharusan bahwa sindroma PKU didiagnosis sedini mungkin, setelah bayi lahir.
F enilalanin hidroksilase HO NH 2

O OH

tyrosine

F enilalanin

O
D alam PK U
C H 3C C O 2H

A sam fenilpiruvat
suatu "fenilketon"

F. REAKSI DARI ASAM AMINO

a. Esterifikasi dan Asilasi

14
Asam amino mengadakan reaksi yang khas dari asam karboksilat dan amina. Selain reaksi
asam-basa yang telah dibicarakan, gugus karboksil dari asam amino dapat diesterifikasi
dengan mereaksikan dengan alkohol memakai asam sebagai katalisator. Gugus amino
dapat diasilasi dengan reagen yang aktif seperti halida asam atau anhidrida suatu asam.
Esterifikasi Gugus Karboksil :

O O

H+
H3+NCHCO- + CH3CH2OH H3+NCHCOCH2CH3 + H2O

CH3 CH3

Asilasi Gugus Amino :

O O O O

H3+NCHCO- + CH3C Cl CH3CNHCHCOH + HCl

CH3 CH3

b. Reaksi dengan Ninhidrin

Reaksi asam amino untuk membentuk suatu senyawa berwarna sangat penting dalam
analisis pemisahan. Asam amino sendiri tidak berwarna dan tidak dapat dideteksi secara
visual pada kromatografi atau cara analisis lainnya.
Reaksi warna yang penting dari asam amino adalah reaksinya dengan inhidrin karena
intensitas warna yang terbentuk pada reaksi ninhidrin ini sebanding dengan konsentrasi
asam aminonya sehingga reaksi ini dapat dipakai untuk analisis kuantitatif.

c. Oksidasi sistein menjadi sistin

Gugus sulfhidrid (-SH) dari sistein mudah dioksidasi menjadi gugus disulfida (-SS-), suatu
reaksi yang menggabungan dua sisa sistein membentuk asam amino sistin. Reaksi dapat
menghasilkan suatu ikatan kovalen yang menghubungkan dua rantai polipeptida yang berlainan
membentuk suatu protein.

O OO

O -

2HSCH2CHCO- H OCCHCH2S SCH2CHCO-

+NH3 +NH3
+NH3

15
 Sistein Sistin
Protein dari rambut, α-keratin, mengandung 11-14% sistin. Reaksi kimia dari penggeritingan
rambut adalah berdasarkan pemecahan dan pembentukan ikatan disulfida dari sistein.
Demikian juga prinsip kerja dari zat penghilang rambut (depilatories).

G. SINTESIS ASAM AMINO

1. Potassium Phthalimide
Metode ini, dimodifikasi oleh Gabriel yang mensitesis amina, menggunakan potassium
phthalimide dan diethyl-bromomalonate untuk membuat ester malinoc imido. Berikut ini
adalah contoh sintesis methione :

Dietil bromomalonate (82%-85%

C O 2E t

C O 2E t

N -K +
+ B rC H(C O 2C 2H 5)2

NaOEt

(96-98 %)

C O 2E t

N SC H 3
C O 2E t

O NaOH

16
 O

C O 2-
HCl
NH SC H 3
84-85 %
-
C O2

CO2-
CO2H
H3
N+
SCH3
+ CO2 +

CO2-CO2H

Dl-Methionine

2. Strecker Sintesis

+ NH 3 R NH3 +
R H

Intermoleculer transfer proton

OH

-
CN
(H2O) R NH

RNH2 Imine

CN CN
+
H 3O

RNH-
R NH2

17
 Aminonitril

3. Resolusi dari DL-Asam Amino

4. Sintesis Asimetric dari Asam Amino

H. PEPTIDA

1. Ikatan Peptida

Peptida adalah ikatan amida yang dibentuk oleh gugus α-amino dari suatu asam amino dan
gugus karboksilat dari asam amino lainnya. Beberapa asam amino dari peptida disebut asam
amino residu. Peptida yang mengandung 2,3 dan beberapa (3-10), atau banyak asam amino
disebut dipeptida, tripeptida, oligopeptida, dan polipeptida.

O
O
+
H 3N
-
O + H3N+
-
O

R
R'

-H2O
O R'

+
H 3N O
-
N

R O
H

dipeptida
Struktur Resonansi untuk Amida

18
 O

R C NH 2 O
-

R C NH2+
pasangan elektron sunyi didelokalisasi

Ikatan dalam gugus Amida :

O
1,47 Amstrong
O 123°
C
C
N
N
114°
H

C
CC
C

1,32 Amstrong H
Sudut Ikatan
Panjang Ikatan

Oleh karena sifat ikatan rangkap antara karbon amida dan nitrogen, ikatannya lebih pendek
daripada ikatan unggal karbon-nitrogen, tetapi lebih panjang daripada ikatan rangkap karbon-
nitrogen.
Sifat ikatan rangkap dari karbon amida-nitrogen menghalangi perputaran bebas sekeliling
ikatan ini. Akibatnya, dapat terjadi stereoisomerisasi cis dan trans . oleh karena stereoisomer
trans mengandung lebih sedikit hambatan sterik daripada isomer cis, konfigurasi trans lebih
stabil dan lebih banyak terdapat dalam peptida dan protein.

2. Urutan asam amino dalam peptida

Dua dipeptida yang berlainan dapat dibentuk dari dua asam amino yang berlainan pula .
misalnya glisin dan alanin dapat membentuk dua dipeptida, dengan kependekan Gly-Ala dan
Ala-Gly
Dua dipeptida dari Glisin dan Alanin

19
 Dari Glisin Dari A lanin
O O

H 2NC H 2C NH C HC OH

C H3

Glisilalanin ( Gly-Ala)

Dari alanin
Dari Glisin

O
O

H2NC HC NHCH 2 COH

CH3
Alanilglisin (Ala-Gly)

ANs-taemrm aimnainl o Ala-Gly Asam amino

C-terminal
Gly-Glu-Ala

Gly-His-Glu-Cys

Dan sesuai kesepakatan konvensi, sisa asam amino dengan gugus karboksil yang bebas ditulis
disebalah kanan dari rumus dan disebut asam amino C-terminal. Sedangkan sisa asam amino
dengan gugus α-amino bebas yang ditulis disebelah kiri disebut asam amino N-terminal.
Kesepakatan ini berlaku tanpa melihat panjang peptida yang berbentuk memanjang, bukan
suatu siklik.

Sedangkan dalam pemberian nama peptida, asam amino C-terminal dianggap sebagai induk.
Asam amino lain termasuk asam amino N-terminal merupakan substitusi pada induk, diberi
nama dengan akhiran il. Substitusi asam amino ditulis berturut-turut dengan urutan pertama
adalah asam amino N-terminal.

20
 Ser-Tyr-Ala-Gly-Leu
Seryltyrosylalanylglycylleucine

3. Isolasi dan Sifat-Sifat dari Protein

Protein mempunyai struktur yang unik (khas) dan berat molekul yang spesifik. Meskipun
demikian, protein sangat sukar dimurnikan karena protein terdapat dalam bentuk kompleks
bersama lipid dan karbohidrat, juga sebagai campuran dengan protein lainnya. Faktor lain yang
membuat protein sukar dimurnikan karena bentuknya yang mudah sekali rusak oleh panas,
asam, basa, dan pelarut organik. Apabila bentuk alamiah suatu protein sudah rusak, dikatakan
bahwa protein terdenaturasi. Protein yang terdenaturasi masih mengandung urutan asam
amino yang asli, tetapi sudah kehilangan struktur tiga dimensinya yang unik, dimana kerap kali
terjadi aktivitas biologisnya.

Struktur Insulin Sapi

21
 Ujung N-T erminal

Gly Phe
V al
Ile
A sn

V al Gln

His
Glu
L eu
Gln
C ys
S S
C ys
Gly
C ys Ser

A la
S S His
Ser
L eu
V al

C ys V al

Glu
Ser

L eu
A la
T yr
L eu
Gln

L eu T yr
Glu
L eu
A sn
V al
T yr
S S C ys
C ys
Pro
A sn
L ys

A la
ujung C -T erminal

Pada tahun 1940, dengan adanya perkembangan teknik kromatografi maka protein yang
dahulu tidak dapat dipisahkan , sekarang dapat diisolasi dan dimurnikan. Dengan berhasilnya
protein dipisahkan dan dimurnikan, maka para ahli kimia dapat mempelajari cara penentuan
urutan asam amino dari protein.
Laporan pertama mengenai struktur protein berasal dari insulin sapi yang ditemukan oleh ahli
kimia Inggris Frederik Sanger dkk pada tahun 1955. Untuk penemuannya ini, Sanger menerima
hadiah Nobel pada tahun 1958. Insulin sapi mengandung dua rantai peptida, salah satu
diantaranya mengandung 21 asam amino dan lainnya 30 asam amino.kedua rantai peptida ini
terikat bersama-sama oleh dua ikatan disulfida(ikatan disulfida ketiga bergantung pada dua
sistein di dalam rantai peptida yang 21 asam amino.

4. Klasifikasi Protein

22
Menurut klasifikasi asli yang dimodifikasi, protein dapat dibagi menjadi tiga goglongan : protein
serat, protein bujur telur, dan protein gabungan.
• Protein serat adalah bentuk protein yang tidak larut yang ditemukan dalam kulit,
rambut, jaringan pengikat, dan tulang. Protein ini dapat lagi dibagi menjadi kolagen
yaitu protein pokok dari jaringan pengikat, tulang, gigi,dan tendon; dan keratin
yaitu protein pokok dari kulit, kuku, sayap dan rambut.
• Protein bujur telur bentuknya bujur telur atau bulat lonjong. Umumnya (tetapi
tidak selalu) larut dalam air. Protein ini, menggunakan klasifikasi yang lebih
modern, lebih mudah diklasifikasi menurut fungsinya (seperti enzim atau hormon).
Cara klasifikasi lama protein bujur telur ini dibagi menjadi beberapa subbab bagian,
empat diantaranya adalah :
• Albumin, dapat dikasifikasikan karena larut dalam air dan larutan garam. Albumin
yang khas terdapat dalam darah (protein serum) dan pada telur (albumin telur).
• Globulin, tidak larut dalam air, tetapi larut dalam larutan garam encer. γ-globulin
suatu globulin yang khas adalah campuran protein yang dapat diisolasi dari serum
darah dan mengandung antibodi.
• Histon dan Protamin adalah protein basa yang larut dalam air . Dibandingkan
dengan protein yang lain, histon dan protamin menghasilkan konsentrasi asam
amino basa yang besar.

Protein Gabungan adalah protein yang bergabung dengan senyawa bukan protein.
Misalnya protein dalam haemoglubin bergabung dengan besi yang mengandung heme
bukan protein. Bagian nonprotein dalam protein gabungan seperti heme dalam
haemoglubin disebut gugus prostetik. Prtein gabungan yang khas lainnya adalah
nukleoprotein (protein yang bergabung dengan asam nukleat), mukoprotein (protein
yang bergabung dengan polisakarida dalam mukus) dan lipoprotein (protein yang
bergabung dengan lipid, seperti kolesterol).
5. Tingkatan Struktur Protein

Protein dalam bentuk asalnya mempunyai tiga tingkat, kadang-kadang empat tingkat
struktur. Tingkat pertama disebut struktur primer, yaitu orde atau urutan dari asam amino
dalam rantai protein. Struktur sekunder adalah bentuk dari rantai protein yang panjang
yang dijadikan satu ikatan oleh ikatan hidrogen antara protein dari amida dan gugus
karbonil amida.

H N

C O
C O

H N

23
 ikatan hidrogen antara proton amida dan oksigen karbonil amida

Struktur sekunder kebanyakan protein adalah suatu α-heliks yaitu spiral tangan kanan
(right-handed spiral) dengan rantai yang berputar searah jarum jam, apabila dilihat melalui
sumbu ke bawah (D-asam amino membentuk heliks angan kiri (left-handed spiral) atau yang
berputar berlawan arah jarum jam). Suatu α-heliks mempunyai sisa(residu) 3.6 asam amino
tiap putaran, suatu harga yang dihasilkan dari ikatan hidrogen antara dua gugus amida yang
jaraknya sepanjang 4 asam amino.
Struktur helks ini menyebabkan molekul menjadi elastis dan fleksibel. Keratin, protein yang
terdapat pada rambut, kulit, dan kuku adalah contoh protein dengan molekul yang
berbentuk α-helis. Kolagen, protein utama dari jaringan pengikat juga terdiri dari molekul
heliks. Akan tetapi anehnya, kolagen adalah heliks tangan kiri (left-handed), buan tangan
kanan (right-handed). Dalam kolagen tiga tangan kiri heliks saling mengikat dan
menghasilakan tangan kanan heliks yaitu “superheliks” yang disebut tropokolagen. Saling
mengikat dari ketiga heliks denagn cara ini memberi kekuatan tambahan pada jaringan.
Struktur sekunder lain adalah β-pleated sheet (lembar yang berlipat β). Istilah diambil
karena bentuknya yang menyerupai pleated sheet atau genteng logam yang berkerut.
Protein dalam pleated sheet bertahan oleh adanya ikatan hidrogen antara rantai yang
berstu. Serat sutera adalah contoh protein dengan struktur pleated sheet.
Struktur tersier misalnya pada protein bujur telur. Bentuk heliks atau struktur pleated
sheet sering terganggu, sehingga rantainya akan melipat kembali seperti semula. Bentuk
melipat dari bujur telur inilah yang disebut struktur tersier.
Struktur kuartener dari protein adalah penggabungan dua atau lebih macam-macam rantai dari
protein rantai banyak. Misalnya hemoglobin mengandung empat molekul protein berlipat yang
terpisah.
I. Enzim
Enzim adalah katalisator biologis. Enzim adalah suatu protein yang aktivitasnya tergantung
dari ketahanan struktur sekunder, tersier, dan kuartener. Enzim merupakan protein bujur
telur yang berlipat dengan sisa asam amino polardi permukaan luarnya yang memastikan
dapat larut dalam cairan tubuh. Enzim sering mengandung suatu gugus prostetik didalam
lubang seperti kantung dalam strukturnya. Ukuran dan bentuk dari kantung memudahkan
pengenalan dari biomolekul yang spesifik.

Ringkasan dari berbagai tingkat Struktur Protein

Tingkat Struktur Uraian

Primer Urutan atau orde dari sisa asam amino dalam rantai protein
Sekunder Bentuk dari rantai protein tulang belakang
Tersier Melipatnya rantai protein, kembali seperti bentuknya
Kuartener Melipatnya dua atau lebih rantai protein

24
J. Penentuan Struktur Primer dari Protein
Apabila peptida yang diisolasi itu homogen dan tidak siklik, maka cara umum berkut ini
dapat dipakai untuk menentukan urutan asam amino tersebut :
 Pemisahan dari ikatan disulfida (apabila ada) dengan gugus –SH dan menutup semua
gugus ini.
 Analisis gugus ujung
 Hidrolisis parsial dari peptida dilanjutkan dengan identifikasi dari bagian-bagiannya
dan akhirnya.
 Menentukan urutannya

1. Menghambat (blocking) gugus sulfur dari sistein dan sistin

Langkah pertama dalam mengurut asam amno adalah menghambat gugus
disulfida dan gugus SH. Apabila gugus ini tidak dihambat , maka gugus ini akan
mengganggu urutan dari reaksi selanjutnya.
Penghambatan dapat dilakukan dengan dua cara. Cara pertama adalah dengan cara
mengoksidasi gugus disulfida dengan gugus SH menjadi gugus asam sulfonat. Cara
yang lain adalah mereduksi gugus disulfida menjadi gugus SH lalu mereaksikan
dengan reagen indoasetat basa, yang bereaksi dengan gugus SH.
K. Analisis Gugus Ujung
Analisis gugus ujung dipakai untuk mengidentifikasi urutan asam amino pada N-terminal
dan C-terminal dari rantai peptida.

'
O R H O

+
NH3 N
-
N O

R H O '' R ''

N- Terminal
Residue C- Terminal
Residue

O
O

3
N
N

H O
+H3N H O O- +NH O-

Glycylvaline (GV) Valylglycine (VG)

25
  Asam amino N-terminal. Ada bermacam-macam reagen yang dapat digunakan
untuk mengidentifikasi asam amino N-terminal .Salah satunya adalah fenil
isotiosianat yang dinamakan reagen Edman. Sisa peptida yang didapat dari
hidrolisis fenilhidantion dapat didaur ulang melalui urutan reaksi untuk
mengidentifikasi asam amino N-terminal yang baru terbentuk. Asam amino ini
adalah satu sebelum terakhir dari asam amino dalam rantai peptida asal. Metode
fenilisotiosianat telah dijadikan satu ke dalam suatu alat analisis yang disebut
automated amino acid sequenators.

+
N C S + H 3 NC H C
S
R

N NH + peptida lainnya

C C HR

O O
 Asam amino C-terminal. Contohnya adalah menggunakan karboksipeptidase,
suatu enzim yang berperan utama sebagai katalisator hidrolisis asam amino
Cterminal dari rantai peptida.

O
O
NHC HC O karboksipeptidase
-
Peptida lainnya
+ H2 O peptida+ H3+NCHCO-
lainnya
R R

L. Hidrolisis Sebagian dan Penentuan akhir urutan

Sesudah gugus akhir diidentifikasi , tujuan selanjutnya adalah menentukan keseluruhan asam
amino dalam rantai. Hal ini dapat dilakukan dengan hidrolisis sebagian dari peptida dilanjutkan
dengan mencocokkan pecahannya untuk menentukan urutan yang lengkap. Hidrolisis sebagian
dapat dilakukan dengan hidrolisis dalam keadaan asam yang sedang (mild asam) atau oleh
enzim. Teknik hidrolisis berasam umumnya tidak memuaska, karena pemecahan dari ikatan
amida sangat acak dan suatu campuran yang kompleks dari asam amino dan peptida yang kecil
akan timbul. Misalnya suatu tetrapeptida akan menghasilkan 4 asam amino, tiga dipeptida, dan
dua dipeptida. Apabila suatu peptida besar dihidrolisis dalam keadaan asam, akan terbentuk
banyak sekali komponen dalam campuran sehingga pemisahan yang tidak mungkin.

26
 Cara yang lebih baik adalah dengan membelah-belah peptida dengan bantuan enzim yang
bertindak pada ikatan amid tertentu. Misalnya, triptin adalah suatu enzim proteolitik (enzim
yang mengkatalisis hidrolisis dari protein) biasanya dipakai pada penentuan struktur.Triptin
mengkatalisis hidrolisis ikatan amida di bagian karboksil dari lisin atau arginin.

NH

peptida lainnya

Sisa Arginin

Namun sekarang ini telah tersedia bermacam-macam enzim proteolitik. Menggunakan dua atau
lebih dari enzim-enzim ini, pecahan dengan golongan yang tumpang tindih dari asam amino
bisa didapa. Sesudah pecahan ini diurut (misalnya dengan cara Edman), potongan yang
tumpang tindih tersebut dibandingkan, akhirnya urutan asam amino yang lengkap dari protein
dapat diperkirakan. Untuk menggambarkan penggunaan yang logis dari langkah akhir ini,
misalnya bahwa hidrolisis dari pentapeptida menghasilkan tripeptida berikut ini :

Gly-Glu-Phe Glu-Phe-Gly Phe-Gly-Arg

Dengan mengatur tripeptida sehingga terjadi tumpang tindih antara asam amino yang biasa,
kita dapat menentukan urutan dari asam amino pada pentapeptida.
Glu, Phe, dan Gly tumpang
tindih
Gly- Glu- Phe

Glu - Phe – Gly

Phe – Gly – Arg

27
 Urutan asam amino dari pentapetida : Gly-Glu-Phe-Gly-Arg
Rangkaian sisa asam amino didalam polipeptida atau protein disebut struktur primer.
Peptida sederhana yang mengandung 3 asam amino (tripeptida) mempunyai 6 rangkaian
asam amino berbeda; tetrapeptida mempunyai lebih dari 24 rangkaian berbeda. Untuk
komponen asam amino dengan 20 asam amino berbeda pada satu rantai dari 100 residu,
ada 2100 = 1.27 * 10 130 yang mungkin dari rangkaian yang berbeda. Banyak berbagai asam
amino penting dapat diputuskan menjadi rantai asam amino berbeda. Sayangnya, ada
beberapa variasi metode yang tidak bisa digunakan untuk memutuskan asam amino berbeda
pada polipeptida,melainkan dilakukan dengan analisis residu terminal yang merupakan teknik
untuk mengidentifikasi N dan C asam amino terminal.

 Degradation Edman

Prosedur yang paling sering digunakan untuk mengidentifikasi asam amino Nterminal pada
peptida adalah Turunan Edman (Edman Degradation/dikembangkan oleh Pehr Edman dari
Universitas Lund, Swedia). Turunan Edman dapat digunakan sebagai metode untuk berbagai
peptida berbeda hingga panjang residu 60. Contohnya : N-terminal asam amino dan fenil
isothiosianat yang direaksikan membentuk turunan fenilthiocarbamil. Karena ketidakstabilan
anilinothioazolinone(ATZ), akan mengakibatkan ketidakteraturan dari turunan
fenilthiohidantion (PTH) pada asam amino. Pada proses yang otomatis, turunan PTH juga
dapat dilihat melalui kromatografi cair tingkat tinggi (KCKT/HPLC).

O R'

OH- . pH 9
N C S +H2N
etc. N

R H O

'
H H O R

HA
N N etc.
N

S R H O

L abeled Polipetide

28
 H S

N
S
N NH
O rearrangement
+
N
heat
H O R
R

Phenylthiohydantion(PTH)

UnstableIntermediate is
identified by HPLC

H3 N
R'

Polypeptide with
one less amino
acid residue

 Analisis N-terminal Sanger

Metode lain yang dapat digunakan untuk beberapa analisis adalah analisi Sanger N
terminal, yang menggunakan 2,4-dinitroflurobenzen (DNFB). Ketika polipeptida ditambah
dengan DNFB sedikit, dan diilakukan reaksi substitusi nukleofil aromatik (S NAr), akan
menyerang asam amino bebas dari sisa N-terminal. Berikutnya hidrolisis dari polipeptida akan
memberikan campuran antara asam amino N-terminal dengan gugus 2,4-dinitrofenil.

29
 NO 2
+
O H
F
H 2N etc.
+ HC O 3-
N

R H O (-
HF)
O2N

2.4 - Dinitrofluorobenzene Polypeptide

(DNFB)
'
NO 2 H O R

N etc. H 3O -
N

R H O
O 2N

Labeled Polypeptide

NO 2 H O

O
N

-
O
R +
OH + H3N
O2NR'

Labeled N-terminal amino acid Mixture of

amino acids
Separate and identify
BAB III

PENUTUP

A. KESIMPULAN

Protein adalah suatu poliamida dari asam α-amino. Ikatan amida dalam protein disebut
ikatan peptida. Peptida (protein) kecil dapat digolongan sebagai dipeptida, tripeptida, sampai
polipeptida. Asam amino merupakan ion dipolar yang bersifat amfoter.Alfa karbon dari asam
amino yang terdapatdalam protein mempunyai konfigurasi yang sama dengan L-gliseraldehid.
Asam amino ada yang netral (polar atau nonpolar), bersifat basa, atau bersifat asam,
tergantung dari gugus fungsi pada rantai cabang. Titik isolistrik dari asam amino adalah pH pada
saat ion dipolarnya tidak bermuatan, sehingga tidak akan bergerak ke elektrode.

30
 Asam amino esensial adalah asam amino yang tidak dapat disintesis oleh organisme
sehingga harus diberikan melalui makanan. Protein dapat dibagi dalam beberapa golongan
serat, bujur telur(misalnya albumin, globulin, histon dan protamin) dan gabungan. Protein juga
dapat dibagi atau digolongkan berdasarkan fungsinya seperti enzim dan hormon. Struktur
protein juga dibagi menjadi 4 yaitu struktur primer, sekunder, tersier dan kuartener. Struktur
primer dari suatu protein adalah urutan dari asam aminonya. Struktur sekunder adalah
bagaimana tulang punggung (back bone) mengatur dirinya sendiri (α-heliks, β-pleated sheet).
Sedangkan struktur tersier adalah hasil lipatan dari suatu heliks atau struktur lain untuk
membentuk struktur protein itu sendiri.

B. SARAN

DAFTAR PUSTAKA

Fessenden
Salomons. Edisi 9

31