MAKALAH KIMIA ORGANIK II

ASAM AMINO, PEPTIDA, DAN PROTEIN

DISUSUN OLEH :

KELOMPOK III

1. WILYANDA REZEKI (A1C119024)

2. RUTH IRA ANGEL (A1C119048)
3. MARHAINI MAISURAH (A1C119060)
4. INDRIANI (A1C119066
5. WINDA TRY WAHYUNI (A1C119074)
6. KEKE RAMADHONI (A1C119092)

DOSEN PENGAMPU :

Drs. HARIZON, M.Si

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN KIMIA

JURUSAN PENDIDIKAN MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
FAKULTAS KEGURUAN DAN ILMU PENDIDIKAN
UNIVERSITAS JAMBI

2021
 KATA PENGANTAR

Puji syukur atas kehadirat Allah SWT yang telah melimpahkan rahmat, taufik, dan
hidayah-Nya sehingga kami dapat menyelesaikan penyusunan makalah yang berjudul
“PROTEIN”. Penyusunan makalah ini merupakan salah satu tugas kelompok yang diberikan
dalam mata kuliah Kimia Organik II yang diampu oleh Bapak Drs. Harizon, M.Si di Universitas
Jambi.
Dalam Penyusunan makalah ini kami merasa masih banyak kekurangan baik pada teknis
penulisan maupun materi, mengingat akan kemampuan yang kami miliki. Untuk itu, kritik dan
saran dari semua pihak sangat kami harapkan demi penyempurnaan pembuatan makalah ini.
Dalam penulisan makalah ini kami menyampaikan ucapan terima kasih kepada pihak-
pihak yang membantu dalam menyelesaikan makalah ini, khususnya kepada Dosen yang telah
memberikan tugas dan petunjuk kepada kami, sehingga kami dapat menyelesaikan tugas ini.

Jambi, Mei 2021

Penyusun

i
 DAFTAR ISI

Halaman
KATA PENGANTAR ................................................................................................................ i
DAFTAR ISI................................................................................................................................ ii

BAB I : PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang Masalah ................................................................................................ 1
1.2 Rumusan Masalah ......................................................................................................... 2

BAB II : PEMBAHASAN
2.1 Asam Amino, Peptida dan Protein .............................................................................. 3
2.1.1 Klasifikasi dan Nomenklatur Asam Amino .......................................................... 3
2.1.2 Kongfigurasi Asam Amino ................................................................................... 8
2.1.3 Sifat Asam Basa Asam Mino ................................................................................ 8
2.1.4 Titik Isoelektrik .................................................................................................. 10
2.1.5 Pemisahan Asam Amino ..................................................................................... 11
2.1.6 Resolusi Campuran Rasematik Asam Amino ..................................................... 15
2.1.7 Obligasi Sulfida dan Obligasi Disulfida ............................................................. 16
2.1.8 Beberapa Peptida yang Menarik ......................................................................... 19
2.1.9 Strategi Sintesis Peptida Obligasi: N-Perlindungan dan C-Aktivasi .................. 21
2.1.10 sintesis Peptida Otomatis .................................................................................. 24

2.2 Struktur molekul protein,asam amino dan peptida

2.3 Sumber Protein ........................................................................................................... 37

2.2.1 Hewani ................................................................................................................ 37
2.2.2 Nabati .................................................................................................................. 38
2.3 Sifat Protein ................................................................................................................. 42
2.3.1 Sifat Fisik ............................................................................................................ 42
2.3.2 Sifat Kimia .......................................................................................................... 43

BAB III : PENUTUP

3.1 Kesimpulan ................................................................................................................. 45

DAFTAR PUSTAKA ............................................................................................................... 47

ii
 BAB I
PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang

Tiga jenis polimer yang lazim di alam adalah polisakarida, protein, dan asam nukleat.
Anda telah mengetahui tentang polisakarida, yang merupakan polimer alami dari subunit. Kita
sekarang akan melihat protein dan peptida yang secara struktural sama tetapi lebih pendek.
Peptida dan protein adalah polimer dari asam amino yang dihubungkan bersama oleh ikatan
amida. Satuan yang berulang disebut residu asam amino. Polimer asam amino dapat tersusun
dari sejumlah monomer. Dipeptida mengandung dua residu asam amino, tripeptida mengandung
tiga, oligopeptida mengandung tiga hingga 10, dan polipeptida mengandung banyak residu asam
amino. Protein adalah polipeptida yang terbentuk secara alami yang terdiri dari 40 hingga 4000
residu asam amino. Dari struktur asam amino, kita dapat melihat bahwa namanya tidak terlalu
tepat. Senyawa-senyawa yang biasa disebut asam amino lebih tepat disebut asam amino-
karboksilat.

Protein dan peptida melayani banyak fungsi dalam sistem biologis. Beberapa melindungi
organisme dari lingkungan mereka atau memberi kekuatan pada struktur biologis tertentu.
Rambut, tanduk, kuku, bulu, bulu, dan lapisan luar kulit yang keras semuanya tersusun atas
keratin yang terbuat dari protein struktural. Kolagen, protein struktural lain, merupakan
komponen utama tulang, otot, dan tendon. Beberapa protein memiliki fungsi pelindung lainnya.
Venom ular dan racun tumbuhan, misalnya, melindungi pemiliknya dari spesies lain, protein
pembeku darah melindungi sistem vaskular ketika terluka, dan antibodi dan antibiotik protein
melindungi kita dari penyakit. Sekelompok protein yang disebut enzim mengkatalisis reaksi
kimia yang terjadi dalam sistem kehidupan, dan beberapa hormon yang mengatur reaksi ini
adalah peptida. Protein juga bertanggung jawab untuk banyak fungsi fisiologis, seperti
transportasi dan penyimpanan oksigen di dalam tubuh dan kontraksi otot.

1
1.2 Rumusan Masalah
Adapun rumusan masalah pada makalah ini ialah :
1. Bagaimana pengklasifikasian, penamaan, struktur dan sintesis pada asam amino, peptida
dan protein ?
2. Dari mana kita dapat memperoleh protein ? Makanan apa saja yang dapat menjadi
sumber protein ?
3. Bagaimana sifat kimia dan sifat fisik protein ?
4. Bagaimana struktur dan denaturasi protein ?
5. Bagaimana proses hidrolisis protein ?
6.

2
 BAB II

PEMBAHASAN

2.1. Asam Amino, Peptide Dan Protein

2.1.1 Klasifikasi dan Nomenklatur Asam Amino

Struktur dari 20 asam amino alami yang paling umum terjadi dan frekuensi yang masing-masing
terjadi pada protein ditunjukkan pada Tabel 23.1. Asam amino lainnya terjadi di alam, tetapi
hanya jarang. Semua asam amino kecuali prolin mengandung gugus amino primer. Proline
mengandung gugus amino sekunder yang dimasukkan ke dalam cincin lima anggota. Asam
amino hanya berbeda dalam substituen (R) yang melekat pada variasi yang luas dalam substituen
ini (disebut rantai samping) adalah apa yang memberi protein keragaman struktural yang besar
dan, sebagai konsekuensinya, keragaman fungsionalnya yang besar.

3
4
Asam amino hampir selalu disebut dengan nama umum mereka. Seringkali, nama itu memberi
tahu Anda sesuatu tentang asam amino. Misalnya, glisin mendapatkan namanya karena rasanya
yang manis (glykos adalah bahasa Yunani untuk "manis"), dan valin, seperti asam valeric,
memiliki lima atom karbon. Asparagine pertama kali ditemukan di asparagus, dan tirosin
diisolasi dari keju (tyros adalah bahasa Yunani untuk "keju"). Membagi asam amino ke dalam
kelas membuat mereka lebih mudah dipelajari. Asam amino rantai samping alifatik termasuk
glisin, asam amino di mana dan empat asam amino dengan rantai samping alkil. Alanine adalah
asam amino dengan rantai samping metil, dan valin memiliki rantai samping isopropil. Dapatkah
Anda menebak asam amino mana — leusin atau isoleusin — yang memiliki rantai samping
isobutil? Jika Anda memberi jawaban yang jelas, Anda salah menebak. Isoleucine tidak memiliki
grup "iso"; itu adalah leusin yang memiliki substituen isobutil — isoleusin memiliki substituen
sekatil. Masing-masing asam amino memiliki singkatan tiga huruf (tiga huruf pertama dari nama
dalam banyak kasus) dan satu huruf singkatan. Dua rantai samping asam amino - serin dan

5
treonin - mengandung kelompok alkohol. Serin adalah alanin tersubstitusi-HO dan treonin
memiliki substituen etanol bercabang. Ada juga dua asam amino yang mengandung sulfur:
Sistein adalah alanin tersubstitusi-HS dan metionin memiliki substituen 2-methylthioethyl. Ada
dua asam amino asam (asam amino dengan dua kelompok asam karboksilat): aspartat dan
glutamat. Aspartat adalah alanin dan glutamat tersubstitusi karboksi memiliki satu gugus metilen
lebih banyak daripada aspartat. (Jika kelompok karboksil mereka terprotonasi, mereka disebut
asam aspartat dan asam glutamat, masing-masing.) Dua asam amino — asparagin dan glutamin
— adalah amida dari asam amino asam; asparagine adalah amida dari aspartat dan glutamin
adalah amida glutamat. Perhatikan bahwa singkatan satu huruf yang jelas tidak dapat digunakan
untuk empat asam amino ini karena A dan G digunakan untuk alanin dan glisin. Asam aspartat
dan asam glutamat disingkat D dan E, dan asparagin dan glutamin disingkat N dan Q. Ada dua
asam amino dasar (asam amino dengan dua kelompok dasar yang mengandung nitrogen): lisin
dan arginin. Lysine memiliki grup dan arginin memiliki grup -guanidino. Pada pH fisiologis,
kelompok-kelompok ini terprotonasi. Dan dapat mengingatkan Anda berapa banyak kelompok
metilen yang dimiliki setiap asam amino.

Dua asam amino — phenylalanine dan tyrosine — mengandung cincin benzen. Seperti namanya
menunjukkan, fenilalanin adalah alanin tersubstitusi-fenil. Tirosin adalah fenilalanin dengan
substituen para-hidroksi. Proline, histidine, dan tryptophan adalah asam amino heterosiklik.
Proline memiliki nitrofen yang dimasukkan ke dalam cincin beranggota lima — ini adalah satu-
satunya asam amino yang mengandung gugus amino sekunder. Histidin adalah alanin imidazol
tersubstitusi. Imidazole adalah senyawa aromatik karena bersifat siklik dan planar dan memiliki
tiga pasang elektron terdelokalisasi (Bagian 21.11). Cincin imidazol terprotonasi adalah 6,0,
sehingga cincin akan terprotonasi dalam larutan asam dan tidak terprotonasi dalam larutan dasar
(Bagian 23.3).

6
Tryptophan adalah alanin tersubstitusi-indolen (Bagian 21.11). Seperti imidazole, indole adalah
senyawa aromatik. Karena pasangan elektron bebas pada atom nitrogen indole diperlukan untuk
aromatisitas senyawa, indole adalah basa yang sangat lemah. (Indole terprotonasi) Oleh karena
itu, nitrogen cincin dalam triptofan tidak pernah terprotonasi dalam kondisi fisiologis. Sepuluh
asam amino adalah asam amino esensial. Kita manusia harus mendapatkan 10 asam amino
esensial ini dari makanan kita karena kita tidak dapat mensintesisnya sama sekali atau tidak
dapat mensintesisnya dalam jumlah yang cukup. Sebagai contoh, kita harus memiliki sumber diet
fenilalanin karena kita tidak dapat mensintesis cincin benzena. Namun, kita tidak perlu tyrosine
dalam makanan kita, karena kita dapat mensintesis jumlah yang diperlukan dari fenilalanin.
Asam amino esensial dilambangkan dengan asteris merah (*) pada Tabel 23.1. Meskipun
manusia dapat mensintesis arginine, ia dibutuhkan untuk pertumbuhan dalam jumlah yang lebih
besar daripada yang dapat disintesis. Jadi arginin adalah asam amino esensial untuk anak-anak,
tetapi asam amino yang tidak penting untuk orang dewasa. Tidak semua protein mengandung
asam amino yang sama. Protein kacang kekurangan metionin, misalnya, dan protein gandum
kekurangan lisin. Mereka tidak sempurna: mereka mengandung terlalu sedikit satu atau lebih
asam amino esensial untuk mendukung pertumbuhan. Oleh karena itu, diet seimbang harus
mengandung protein dari berbagai sumber. Protein diet dihidrolisis dalam tubuh menjadi asam
amino individu. Beberapa asam amino ini digunakan untuk mensintesis protein yang dibutuhkan
oleh tubuh, beberapa dipecah lebih lanjut untuk memasok energi ke tubuh, dan beberapa
digunakan sebagai bahan awal untuk sintesis senyawa nonprotein yang dibutuhkan tubuh, seperti
adrenalin, tiroksin, dan melanin.

7
 2.1.2 Konfigurasi Asam Amino

Semua asam amino alami kecuali glisin adalah karbon

asimetris. Oleh karena itu, 19 dari 20 asam amino yang
tercantum dalam Tabel 23.1 dapat ada sebagai enumeromer.
D dan L notasi yang digunakan untuk monosakarida (Bagian
22.2) juga digunakan untuk asam amino. D dan L isomer
monosakarida dan asam amino didefinisikan dengan cara
yang sama. Jadi, asam amino yang ditarik dalam proyeksi
Fischer dengan gugus karboksil di bagian atas dan gugus R
pada bagian bawah sumbu vertikal adalah asam D-amino
jika gugus amino di sebelah kanan dan asam L-amino jika
gugus amino di sebelah kiri. Tidak seperti monosakarida, di
mana isomer D adalah yang ditemukan di alam, sebagian besar asam amino yang ditemukan di
alam memiliki konfigurasi L. Sampai saat ini, residu asam D-amino hanya ditemukan pada
beberapa antibiotik peptida dan pada beberapa peptida kecil yang menempel pada dinding sel
bakteri.

Mengapa D-gula dan asam-asam L-amino? Meskipun tidak ada perbedaan yang sifat isomer
"dipilih" untuk disintesis, penting bahwa isomer yang sama disintesis oleh semua organisme.
Sebagai contoh, jika mamalia akhirnya memiliki asam L-amino, maka asam L-amino perlu
menjadi isomer yang disintesis oleh organisme yang menjadi tempat bergantung mamalia untuk
makanan.

2.1.3 Sifat Asam-Basa Asam Amino

Setiap asam amino memiliki gugus karboksil dan gugus amino, dan setiap kelompok dapat
ada dalam bentuk asam atau bentuk dasar, tergantung pada pH larutan di mana asam amino
dilarutkan. Kelompok karboksil dari asam amino memiliki nilai sekitar 2, dan gugus amino
terprotonasi memiliki nilai mendekati 9 (Tabel 23.2). Oleh karena itu, kedua kelompok akan
berada dalam bentuk asam mereka dalam larutan yang sangat asam. Pada pH larutan lebih besar
8
daripada gugus karboksil, tetapi kurang dari gugus amino terprotonasi. Karboksil, oleh
karenanya, akan dalam bentuk dasarnya dan gugus amino akan berada dalam bentuk asamnya.
Dalam solusi yang sangat mendasar, kedua kelompok akan berada dalam bentuk dasar mereka.

Ingatlah dari
persamaan Henderson-
Hasselbalch (Bagian
1.20) bahwa bentuk
asam mendominasi
jika pH larutan kurang
dari senyawa dan
bentuk dasar
mendominasi jika pH
larutan lebih besar
daripada pH larutan.
senyawa.

Perhatikan bahwa asam amino tidak pernah ada sebagai senyawa yang tidak bermuatan, tanpa
memandang pH larutan. Untuk tidak bermuatan, asam amino harus kehilangan proton dari grup
dengan sekitar 9 sebelum kehilangan proton dari gugus COOH dengan sekitar 2. Ini jelas tidak
mungkin: Asam lemah tidak bisa lebih asam daripada asam kuat. Oleh karena itu, pada pH
fisiologis (7,3) asam amino ada sebagai ion dipolar, yang disebut zwitterion. Zwitterion adalah
senyawa yang memiliki muatan negatif

9
pada satu atom dan muatan positif pada atom tak berdekatan. (Nama ini berasal dari zwitter,
bahasa Jerman untuk "hermafrodit" atau "hibrida.") Beberapa asam amino memiliki rantai
samping dengan hidrogen yang dapat terionisasi (Tabel 23.2). Rantai sisi imidazole terprotonasi
histidin, misalnya, memiliki 6,04. Histidin, oleh karena itu, dapat ada dalam empat bentuk yang
berbeda, dan bentuk yang mendominasi tergantung pada pH larutan.

2.1.4 Titik Isoelektrik

Titik isoelektrik (pI) dari asam amino adalah pH di mana ia tidak memiliki muatan bersih.
Dengan kata lain, itu adalah pH di mana jumlah muatan positif pada asam amino persis
menyeimbangkan jumlah muatan negatif:

pI (titik isoelektrik) = pH di mana tidak ada muatan bersih

PI dari asam amino yang tidak memiliki rantai samping yang dapat terionisasi - seperti
alanin - berada di antara dua nilainya. Hal ini karena pada setengah molekul memiliki kelompok
karboksil bermuatan negatif dan setengah memiliki kelompok karboksil yang tidak bermuatan,
dan pada setengah molekul memiliki gugus amino bermuatan positif dan setengah memiliki
gugus amino tak bermuatan. Ketika pH meningkat dari 2,34, kelompok karboksil dari lebih
banyak molekul menjadi bermuatan negatif; karena pH menurun dari 9.69, gugus amino dari
lebih banyak molekul menjadi bermuatan positif. Oleh karena itu, pada rata-rata dari dua nilai,
jumlah kelompok yang bermuatan negatif sama dengan jumlah kelompok yang bermuatan
positif.

Ingatlah dari persamaan Henderson-Hasselbalch bahwa

ketikapH = pKa, setengah kelompok dalam bentuk asam
dan setengahnya dalam bentuk dasarnya (Bagian 1.20). ,
Asam amino akan bermuatan positif jika pH larutan
kurang dari pI asam amino dan akan bermuatan negatif
jika pH larutan lebih besar dari pI asam amino.

PI dari asam amino yang memiliki rantai samping yang dapat terionisasi adalah rata-rata
nilai dari kelompok pengion yang sama (gugus kelompok bermuatan positif pada kelompok yang

10
tidak bermuatan atau kelompok yang tidak terisi ionisasi ke kelompok bermuatan negatif).
Sebagai contoh, pI lisin adalah rata-rata nilai dari dua kelompok yang bermuatan positif dalam
bentuk asam mereka dan tidak bermuatan dalam bentuk dasarnya. PI glutamat, di sisi lain, adalah
rata-rata nilai dari dua kelompok yang tidak bermuatan dalam bentuk asam mereka dan
bermuatan negatif dalam bentuk

2.1.5 Pemisahan Asam Amino

A. Elektroforesis

Campuran asam amino dapat dipisahkan dengan beberapa teknik yang berbeda.
Elektroforesis memisahkan asam amino berdasarkan nilai-nilai pI mereka. Beberapa tetes larutan
campuran asam amino diterapkan ke tengah selembar kertas saring atau ke gel. Ketika kertas
atau gel ditempatkan dalam larutan buffer antara dua elektroda dan medan listrik diterapkan,
asam amino dengan pI lebih besar dari pH larutan akan memiliki muatan positif keseluruhan dan
akan bermigrasi ke arah katoda ( elektroda negatif). Semakin jauh asam amino pI berasal dari pH
buffer, semakin positif asam amino dan semakin jauh ia akan bermigrasi ke arah katoda dalam
jumlah waktu tertentu. Asam amino dengan pI kurang dari pH buffer akan memiliki muatan
negatif keseluruhan dan akan bermigrasi ke arah anoda (elektrode positif). Jika dua molekul
memiliki muatan yang sama, yang lebih besar akan bergerak lebih lambat selama elektroforesis
karena muatan yang sama harus memindahkan massa yang lebih besar. Karena asam amino tidak
berwarna, bagaimana kita dapat mendeteksi bahwa mereka telah dipisahkan? Ketika asam amino
dipanaskan dengan ninhidrin, mereka membentuk produk yang berwarna. Setelah pemisahan
elektroforetik dari asam amino, kertas saring disemprot dengan ninhidrin dan dikeringkan dalam
oven hangat. Sebagian besar asam amino membentuk produk ungu. Jumlah jenis asam amino
yang berbeda dalam campuran ditentukan oleh jumlah bintik-bintik berwarna pada kertas saring
(Gambar 23.1). Asam amino individu diidentifikasi oleh lokasinya di kertas dibandingkan
dengan standar.

11
 Mekanisme pembentukan produk berwarna adalah seperti yang ditunjukkan,
menghilangkan mekanisme untuk langkah-langkah yang melibatkan dehidrasi, pembentukan
imina, dan hidrolisis imina. (Mekanisme ini ditunjukkan pada Bagian 18.6 dan 18.7.)

B. Kromatografi Kertas dan Kromatografi Kertas Lapis Tipis

12
 Kromatografi kertas pernah memainkan peran penting dalam analisis biokimia karena
menyediakan metode untuk memisahkan asam amino menggunakan peralatan yang sangat
sederhana. Meskipun teknik yang lebih modern sekarang lebih umum digunakan, kami akan
menjelaskan prinsip-prinsip di balik kromatografi kertas karena banyak dari prinsip yang sama
digunakan dalam teknik pemisahan modern. Teknik kromatografi kertas memisahkan asam
amino berdasarkan kekeruhan. Beberapa tetes larutan campuran asam amino diterapkan ke
bagian bawah setrip kertas saring. Tepi kertas kemudian ditempatkan dalam pelarut (biasanya
campuran air, asam asetat, dan butanol). Pelarut bergerak ke atas kertas dengan aksi kapiler,
membawa asam amino dengannya. Tergantung pada polaritasnya, asam amino memiliki afinitas
yang berbeda untuk fase mobile (pelarut) dan stasioner (kertas) dan oleh karena itu naik kertas
pada tingkat yang berbeda. Semakin banyak polar asam amino, semakin kuat teradsorpsi ke
kertas yang relatif polar. Semakin sedikit asam amino polar menjelajah kertas lebih cepat, karena
mereka memiliki afinitas yang lebih besar untuk fase gerak. Oleh karena itu, ketika kertas
dikembangkan dengan ninhidrin, tempat berwarna yang paling dekat dengan asal adalah asam
amino yang paling polar dan tempat terjauh dari asal adalah asam amino polar paling tidak
(Gambar 23.2).

Asam amino yang paling polar adalah mereka dengan rantai samping bermuatan, yang
paling polar berikutnya adalah mereka dengan rantai samping yang dapat membentuk ikatan
hidrogen, dan yang paling polar adalah mereka dengan rantai samping hidrokarbon. Untuk asam
amino dengan rantai samping hidrokarbon, semakin besar gugus alkil, semakin sedikit polar
asam amino. Dengan kata lain, leusin lebih sedikit polar daripada valin. Kromatografi kertas
sebagian besar telah diganti dengan kromatografi lapis tipis (TLC). Mirip dengan kromatografi
kertas, TLC berbeda dari itu di TLC yang menggunakan piring dengan lapisan bahan padat
bukan kertas saring. Sifat fisik di mana pemisahan didasarkan pada bahan padat dan pelarut yang
dipilih untuk fase gerak.

Kromatografi Pertukaran Ion Elektroforesis dan kromatografi lapis tipis merupakan

pemisahan analitik — sejumlah kecil asam amino dipisahkan untuk analisis. Pemisahan
preparatif, di mana sejumlah besar asam amino dipisahkan untuk digunakan dalam proses
selanjutnya, dapat dicapai dengan menggunakan kromatografi pertukaran ion. Teknik ini
menggunakan kolom yang dikemas dengan resin yang tidak larut. Larutan campuran asam amino
dimuat ke bagian atas kolom dan dielusi dengan buffer. Asam amino terpisah karena mereka
mengalir melalui kolom pada tingkat yang berbeda, seperti yang dijelaskan di bawah ini. Resin
adalah bahan inert kimia dengan rantai samping bermuatan. Salah satu resin yang biasa
13
digunakan adalah kopolimer dari stirena dan divinilbenzena dengan gugus asam sulfonat yang
bermuatan negatif pada beberapa cincin benzena (Gambar 23.3). Jika campuran lisin dan
glutamat dalam larutan dengan pH 6 dimuat ke kolom, glutamat akan berjalan menuruni kolom
dengan cepat karena rantai samping bermuatan negatifnya akan ditolak oleh kelompok asam
sulfonat bermuatan negatif dari resin. Sisi rantai lisin yang bermuatan positif, di sisi lain, akan
menyebabkan asam amino itu tertahan di kolom. Resin jenis ini disebut resin penukar kation
karena bertukar counterion dari kelompok untuk spesies bermuatan positif yang ditambahkan ke
kolom. Selain itu, sifat kolom yang relatif nonpolar menyebabkannya untuk mempertahankan
asam amino nonpolar lebih lama daripada asam amino polar. Resin dengan kelompok bermuatan
positif disebut resin pertukaran-anion karena mereka menghambat aliran anion dengan
menukarkan koneksinya yang bermuatan negatif untuk spesies bermuatan negatif yang
ditambahkan ke kolom. Suatu resin penukar anion yang umum (Dowex®1) memiliki kelompok-
kelompok di tempat kelompok-kelompok pada Gambar 23.3.

Penganalisis asam amino adalah instrumen yang mengotomatisasi kromatografi

pertukaran ion. Ketika larutan campuran asam amino melewati kolom penganalisis asam amino
yang mengandung resin pertukaran kation, asam amino bergerak melalui kolom pada tingkat
yang berbeda, tergantung pada muatan keseluruhannya. Solusi meninggalkan kolom
dikumpulkan dalam pecahan, yang dikumpulkan cukup sering sehingga asam amino yang
berbeda berakhir di setiap fraksi (Gambar 23.4). Jika ninhidrin ditambahkan ke masing-masing
fraksi, konsentrasi asam amino di setiap fraksi dapat

14
ditentukan oleh jumlah penyerapan pada 570 nm -karena senyawa berwarna yang dibentuk oleh
reaksi asam amino dengan ninhidrin memiliki 570 (Bagian 8.11). Dengan cara ini, identitas dan
jumlah relatif dari setiap asam amino dapat ditentukan (Gambar 23.5).

2.1.6 Resolusi Campuran Rasematik Asam Amino

Kimiawan tidak harus bergantung pada alam untuk menghasilkan asam amino; mereka
dapat mensintesisnya di laboratorium, menggunakan berbagai metode. Salah satu metode tertua
menggantikan asam karboksilat dengan bromin dalam reaksi Hell-Volhard-Zelinski (Bagian
19.5). Asam yang dihasilkan kemudian mengalami reaksi dengan amonia untuk membentuk
asam amino (Bagian 10.4).

15
 Ketika asam amino disintesis di alam, hanya L-enansiomer yang terbentuk (Bagian 5.20).
Namun, ketika asam amino disintesis di laboratorium, produk ini biasanya merupakan campuran
rasemat D dan L enansiomer. Jika hanya satu isomer yang diinginkan, enantiomer harus
dipisahkan. Mereka dapat dipisahkan melalui reaksi enzim-katalis. Karena enzim adalah kiral, ia
akan bereaksi pada tingkat yang berbeda dengan masing-masing enantiomer (Bagian 5.20).
Sebagai contoh, ginjal aminoasilase babi adalah enzim yang mengkatalisis hidrolisis asam N-
asetil-L-amino, tetapi bukan asam N-asetil-D-amino. Oleh karena itu, jika asam amino rasemat
diubah menjadi sepasang asam N-acetylamino dan campuran N-acetylated dihidrolisis dengan
babi aminoacylase ginjal, produk akan menjadi asam L-amino dan asam N-asetil-D-amino, yang
mudah dipisahkan. Karena resolusi (pemisahan) enantiomer tergantung pada perbedaan tingkat
reaksi enzim dengan dua senyawa N-acetylated, teknik ini dikenal sebagai resolusi kinetik.

2.1.7 Obligasi Peptida dan Obligasi Disulfida

Ikatan peptida dan ikatan disulfida adalah satu-satunya ikatan kovalen yang menyimpan
residu asam amino bersama dalam peptida atau protein.

A. Ikatan Peptida.

Ikatan amida yang mengaitkan residu asam amino disebut ikatan peptida. Dengan
konvensi, peptida dan protein ditulis dengan gugus amino bebas (N-terminal asam amino) di
sebelah kiri dan kelompok karboksil bebas (asam amino C-terminal) di sebelah kanan.

16
 Ketika identitas asam amino dalam peptida diketahui tetapi urutannya tidak diketahui,
asam amino ditulis dipisahkan oleh koma. Ketika urutan asam amino diketahui, asam amino
ditulis dipisahkan oleh tanda hubung. Dalam pentapeptida berikut yang ditunjukkan di sebelah
kanan, valin adalah asam amino N-terminal dan histi- dine adalah asam amino C-terminal. Asam
amino diberi nomor dimulai dengan ujung N-terminal. Residu glutamat disebut sebagai Glu 4
karena merupakan asam amino keempat dari ujung N-terminal. Dalam menamai peptida, nama-
nama kata sifat (berakhiran ―yl‖) digunakan untuk semua asam amino kecuali asam amino C-
terminal. Dengan demikian, pentapeptida ini diberi nama valylcysteylalanylglutamylhistidine.

Glu, Cys, Nya, Val, Ala Val-Cys-Ala-Glu-Nya

pentapeptide mengandung asam amino yang asam amino dalam pentapeptide memiliki
ditunjukkan, tetapi urutan mereka tidak urutan yang ditunjukkan
diketahui

Ikatan peptida memiliki sekitar 40% karakter ikatan ganda karena delokalisasi elektron.
Hambatan sterik menyebabkan konfigurasi trans menjadi lebih stabil daripadakonfigurasi cis,
sehingga asam amino yang berdekatan trans satu sama lain (Bagian 4.11).

Rotasi bebas tentang ikatan peptida tidak mungkin karena karakter ikatan ganda
parsialnya. Atom-atom karbon dan nitrogen dari ikatan peptida dan dua atom yang masing-
masingnya melekat dipegang secara kaku dalam suatu bidang (Gambar 23.6). Planaritas regional

17
ini mempengaruhi cara rantai asam amino dapat melipat, sehingga memiliki implikasi penting
untuk bentuk tiga dimensi peptida dan protein (Bagian 23.13).

Ikatan Disulfida Ketika tiol dioksidasi dalam kondisi ringan, mereka membentuk
disulfida. Disulfida adalah senyawa dengan ikatan.

Zat pengoksidasi yang biasa digunakan untuk reaksi ini adalah (atau) dalam larutan dasar.

Karena tiol dapat dioksidasi menjadi disulfida, disulfida dapat direduksi menjadi tiol.

Sistein adalah asam amino yang mengandung gugus tiol. Dua molekul sistein dapat
dioksidasi menjadi disulfida. Disulfida ini disebut sistin.

Dua residu sistein dalam suatu protein dapat dioksidasi menjadi disulfida. Ini dikenal
sebagai jembatan disulfida. Disulfide bridges adalah satu-satunya ikatan kovalen yang dapat
terbentuk di antara asam amino yang tidak berdekatan. Mereka berkontribusi pada bentuk
keseluruhan protein dengan memegang residu sistein dalam jarak dekat, seperti yang ditunjukkan
pada Gambar 23.7.

18
 Oksitosin adalah peptida kecil
pertama yang disintesis. Sintesisnya
dicapai pada tahun 1953 oleh Vincent
du Vigneaud (1901-1978), yang
kemudian mensintesis vasopresin. Du
Vi-gneaud dilahirkan di Chicago dan
menjadi profesor di George
Washington University Medical
School dan kemudian di Cornell
University Medical College. Untuk
mensintesis nonapeptida ini, ia Insulin, hormon yang disekresikan oleh
menerima Hadiah Nobel dalam kimia pankreas, mengontrol tingkat glukosa dalam darah
pada tahun 1955. dengan mengatur metabolisme glukosa. Insulin adalah
polipeptida dengan dua rantai peptida. Rantai pendek (rantai-A) mengandung 21 asam amino dan
rantai panjang (rantai-B) mengandung 30 asam amino. Kedua rantai tersebut disatukan oleh dua
jembatan disulfide. Ini adalah jembatan disulfida interchain (antara rantai A dan B). Inulin juga
memiliki jembatan disulfida intrachain (dalam rantai-A).

2.1.8 Beberapa Peptida yang Menarik

Enkephalin adalah pentapeptida yang disintesis oleh tubuh untuk mengontrol rasa sakit.
Mereka menurunkan sensitivitas tubuh terhadap rasa sakit dengan mengikat reseptor di sel-sel
otak tertentu. Bagian dari struktur tiga dimensi enkephalins harus serupa dengan morfin dan
penghilang rasa sakit seperti Demerol karena mereka mengikat reseptor yang sama (Bagian 30,3
dan 30,6).

19
 Bradikinin, vasopresin, dan oksitosin adalah hormon peptida. Mereka semua nona-
peptida. Bradikinin menghambat peradangan jaringan. Vasopresin mengontrol tekanan darah
dengan mengatur kontraksi otot polos. Ini juga bersifat antidiotetik. Oksitosin menginduksi
persalinan pada wanita hamil dan merangsang produksi ASI pada ibu menyusui. Vasopresin dan
oksitosin keduanya memiliki ikatan intrachain disulfida, dan asam amino C-terminal mereka
mengandung amida daripada kelompok karboksil. Perhatikan bahwa gugus amida C-terminal
ditunjukkan dengan menulis setelah nama asam amino C-terminal. Terlepas dari efek
fisiologisnya yang sangat berbeda, vasopressin dan oksitosin
hanya berbeda oleh dua asam amino.

Gramicidin S adalah antibiotik yang diproduksi oleh

strain bakteri. Ini adalah dekeptidida siklik. Perhatikan bahwa
ia mengandung asam amino L-ornithine (L-Orn), D-ornithine
(D-Orn), dan juga D-phenylalanine. Ornitin tidak tercantum
dalam Tabel 23.1 karena jarang terjadi di alam. Ornitin
menyerupai lisin, tetapi memiliki satu gugus metilen yang
lebih sedikit dalam rantai sampingnya.

Aspartam pemanis sintetis, atau NutraSweet (Bagian 22.21), adalah metil ester dari
dipeptida L-aspartat dan L-fenilalanin. Aspartame sekitar 200 kali lebih manis daripada sukrosa.
Etil ester dari dipeptida yang sama tidak manis. Jika asam D-amino disubstitusi untuk salah satu
asam L-amino aspartam, maka dipeptida yang dihasilkan lebih pahit daripada manis.

Glutathione adalah tripeptide dari glutamat, sistein, dan glisin. Fungsinya adalah
menghancurkan oksidator berbahaya di dalam tubuh. Oksidator dianggap bertanggung jawab
untuk beberapa efek penuaan dan diyakini berperan dalam kanker (Bagian 9.8). Glutathione
menghilangkan oksidator dengan menguranginya. Akibatnya, glutathione teroksidasi,

20
membentuk ikatan disulfida antara dua molekul glutathione. Enzim selanjutnya mengurangi
ikatan disulfida, memungkinkan glutathione bereaksi dengan lebih banyak oksidator.

2.1.9 Strategi Sintesis Peptida Obligasi: N-Perlindungan dan C-Aktivasi

Karena asam amino memiliki dua gugus fungsi, muncul masalah ketika seseorang
mencoba membuat ikatan peptida tertentu. Misalnya, Anda ingin membuat dipeptide Gly-Ala.
Itu dipeptida hanya satu dari empat kemungkinan dipeptida yang dapat terbentuk dari alanin dan
glisin

Jika gugus amino dari asam amino yang ada di ujung N-terminal (dalam hal ini, Gly)
dilindungi, maka tidak akan tersedia untuk membentuk ikatan peptida. Jika kelompok karboksil
dari asam amino yang sama ini diaktifkan sebelum asam amino kedua ditambahkan, gugus
amino dari asam amino yang ditambahkan (dalam hal ini, Ala) akan bereaksi dengan diaktifkan.
gugus karboksil glisin dalam preferensi untuk bereaksi dengan gugus karboksil yang tidak aktif
dari molekul alanin lain.

21
 Reagen yang paling sering digunakan untuk melindungi gugus amino dari asam amino
adalah di-tert-butil dikarbonat. Popularitasnya adalah karena kemudahan yang dapat melindungi
kelompok pelindung ketika kebutuhan akan perlindungan telah berakhir. Kelompok pelindung
dikenal dengan akronim t-BOC (diucapkan tee-boc).

Asam karboksilat umumnya diaktifkan dengan diubah menjadi asil klorida (Bagian
17.20). Asil klorida, bagaimanapun, sangat reaktif sehingga mereka dapat dengan mudah
bereaksi dengan substituen dari beberapa asam amino selama sintesis peptida, menciptakan
produk yang tidak diinginkan. Metode yang disukai untuk mengaktifkan gugus karboksil dari
asam amino yang dilindungi N adalah mengubahnya menjadi imidate menggunakan
dicyclohexylcarbodiimide (DCC). (Sekarang, Anda mungkin telah memperhatikan bahwa ahli
biokimia lebih menyukai akronim daripada ahli kimia organik.) DCC mengaktifkan kelompok
karboksil dengan menempatkan kelompok yang meninggalkan baik pada karbon karbonil.

22
 Setelah asam amino memiliki grup N-terminal yang dilindungi dan grup C-terminalnya
diaktifkan, asam amino kedua ditambahkan untuk membentuk ikatan peptida baru. Ikatan dari
tetrahedral intermediate mudah rusak (kelompok yang diaktifkan adalah meninggalkan yang baik
kelompok) karena elektron pengikat terdelokalisasi, membentuk dicyclohexylurea, sebuah
diamide stabil. [Ingat bahwa basis yang lebih lemah (lebih stabil), semakin baik sebagai
kelompok yang meninggalkan; lihat Bagian 17.5.]

Asam amino dapat ditambahkan ke ujung C-terminal yang tumbuh dengan mengulangi
dua langkah ini: mengaktifkan kelompok karboksil dari asam amino terminal-C dari peptida
dengan memperlakukannya dengan DCC dan kemudian menambahkan asam amino baru.

Ketika jumlah asam amino yang diinginkan telah ditambahkan ke rantai, gugus
pelindung pada asam amino N-terminal dihilangkan.t-BOC adalah kelompok pelindung yang
ideal karena dapat dihilangkan dengan mencuci dengan asam trifluoroasetat dan metilen klorida,
reagen yang tidak akan merusak ikatan kovalen lainnya. Kelompok pelindung dihilangkan
dengan reaksi eliminasi, membentuk isobutilen dan karbon dioksida.Karena produk ini adalah
gas, mereka melarikan diri, mendorong reaksi hingga selesai.

23
 Ketika jumlah asam amino yang diperlukan telah ditambahkan, gugus pelindung pada
asam amino N-terminal dihilangkan.t-BOC adalah kelompok pelindung yang ideal karena dapat
dihilangkan dengan asam dengan trifluoroasetat dan metilen klorida, reagen yang tidak akan
merusak ikatan kovalen lainnya. Kelompok pelindung dihilangkan dengan reaksi eliminasi,
pembentukan isobutilen dan karbon dioksida.Karena produk ini adalah gas, mereka bangkit,
mendorong reaksi hingga selesai.

2.1.10 Sintesis Peptida Otomatis

Selain menghasilkan hasil keseluruhan yang rendah, metode sintesis peptida yang
dijelaskan dalam Bagian 23.9 sangat memakan waktu karena produk harus dimurnikan pada
setiap langkah sintesis. Pada tahun 1969, Bruce Merrifield menggambarkan metode yang
merevolusi sintesis peptida karena menyediakan cara yang lebih cepat untuk menghasilkan
peptida dalam hasil yang jauh lebih tinggi. Selanjutnya, karena itu otomatis, sintesis
membutuhkan lebih sedikit jam perhatian langsung. Dengan menggunakan teknik ini, bradikinin
disintesis dengan hasil 85% dalam 27 jam. Penyempurnaan selanjutnya dalam teknik sekarang
memungkinkan hasil yang wajar dari peptida yang mengandung 100 asam amino yang akan
disintesis dalam empat hari.
Dalam metode Merrifield, asam amino C-terminal secara kovalen melekat pada
dukungan padat yang terkandung dalam kolom. Setiap N-terminal memblokir asam amino
ditambahkan satu per satu, bersama dengan reagen lain yang dibutuhkan, sehingga protein
disintesis dari ujung C-terminal ke ujung N-terminal. Perhatikan bahwa ini berlawanan dengan
cara protein disintesis di alam (dari ujung N-terminal ke ujung C-terminal; Bagian 27.13).
Karena menggunakan dukungan yang kuat dan otomatis, metode sintesis protein Merrifield
disebut sintesis peptida fase padat otomatis

24
25
26
 Dukungan kuat untuk mana asam amino C-terminal dilekatkan adalah resin polistiren
yang mirip dengan yang digunakan dalam kromatografi pertukaran ion (Bagian 23.5), kecuali
bahwa cincin benzena memiliki substituen klorometil sebagai pengganti substituen asam
sulfonat. Sebelum asam amino C-terminal melekat pada resin, gugus aminonya dilindungi
dengan t-BOC untuk mencegah gugus amino bereaksi dengan resin. Asam amino C-terminal
melekat pada resin melalui suatu reaksi — kelompok karboksilnya menyerang karbon benzil dari
resin, menggantikan ion klorida (Bagian 10.4). Setelah asam amino C-terminal melekat pada
resin, kelompok pelindung t-BOC dihapus (Bagian 23.9). Asam amino berikutnya, dengan gugus
amino yang dilindungi dengan t-BOC dan kelompok karboksil yang diaktifkan dengan DCC,
ditambahkan ke kolom. Keuntungan besar dari metode Merrifield sintesis peptida adalah bahwa
peptida yang tumbuh dapat dimurnikan dengan mencuci kolom dengan pelarut yang tepat setelah
setiap langkah dari prosedur. Kotoran dicuci keluar dari kolom karena tidak melekat pada
pendukung yang kuat. Karena peptida secara kovalen melekat pada resin, tidak ada yang hilang
dalam langkah pemurnian, yang mengarah ke hasil tinggi dari produk yang dimurnikan.
Setelah asam amino yang dibutuhkan telah ditambahkan satu per satu, peptida dapat
dikeluarkan dari resin dengan pengobatan dengan HF dalam kondisi ringan yang tidak merusak
ikatan peptida. Teknik Merrifield terus ditingkatkan sehingga peptida dapat dibuat lebih cepat
dan lebih efisien. Namun, itu masih tidak dapat mulai membandingkan dengan alam: Sel bakteri
mampu mensintesis ribuan protein asam amino panjang dalam hitungan detik dan secara
bersamaan dapat mensintesis ribuan protein yang berbeda tanpa kesalahan. Sejak awal 1980-an,
telah dimungkinkan untuk mensintesis protein dengan teknik rekayasa genetika. Untaian DNA
dapat dimasukkan ke dalam sel bakteri, menyebabkan sel-sel untuk memproduksi sejumlah besar
protein yang diinginkan (Bagian 27.13). Misalnya, jumlah massal insulin manusia dihasilkan dari
E. coli yang dimodifikasi secara genetik. Teknik rekayasa genetika juga berguna dalam
mensintesis protein yang berbeda dalam satu atau beberapa asam amino dari protein alami.
Protein sintetis seperti itu telah digunakan, misalnya, untuk mempelajari bagaimana perubahan
dalam asam amino tunggal mempengaruhi sifat-sifat protein (Bagian 24.9).

2.2 Struktur MOLEKUL Protein,ASAM AMINO,DAN PEPTIDA

1. Menentukan Struktur Primer dari Protein
Langkah pertama dalam menentukan urutan asam amino dalam peptida atau protein adalah
untuk mengurangi jembatan disulfida dalam peptida atau protein. Bahan pereduksi yang umum
digunakan adalah 2-mercaptoethanol, yang dioksidasi menjadi disulfida. Reaksi gugus thiol
protein dengan asam iodoasetat mencegah jembatan disulfida terbentuk kembali akibat oksidasi
oleh O2.

27
 Langkah selanjutnya adalah determinasi angka dan jenis-jenis asam amino di peptide atau
protein. Untuk melakukan ini, sampel dari peptide atau protein di larutkan dalam 6 N HCl dan
dipanaskan pada suhu 100o C selama 24 jam. Perlakuan ini menghidrolisis semua ikatan amida
di protein, termasuk ikatan amida dari aspargin dan glutamine.

Campuran asam amino kemudian dilewatkan melalui penganalisis asam amino untuk
menentukan jumlah dan jenis masing-masing asam amino dalam peptida atau protein. Karena
semua residu asparagin dan glutamin telah dihidrolisis menjadi residu aspartat dan glutamat,
jumlah residu aspartat atau glutamat dalam campuran asam amino memberi tahu kita jumlah
aspartat ditambah asparagin — atau glutamat ditambah glutamin — residu dalam protein asli.
Teknik terpisah harus digunakan untuk membedakan antara aspartat dan asparagin atau antara
glutamat dan glutamin dalam protein asli.
Kondisi asam kuat yang digunakan untuk hidrolisis menghancurkan semua residu triptofan
karena cincin indol tidak stabil dalam asam. Kandungan triptofan dari protein dapat ditentukan
oleh hidrolisis protein yang diinduksi oleh hidroksida. Ini bukan metode umum untuk hidrolisis
ikatan peptida karena kondisi dasar yang kuat menghancurkan beberapa residu asam amino

28
lainnya. Ada beberapa cara untuk mengidentifikasi asam amino N-terminal dari peptida atau
protein. Salah satu metode yang paling banyak digunakan adalah untuk mengobati protein
dengan fenil isothiocyanate (PITC), lebih dikenal sebagai reagen Edman. Reagen ini bereaksi
dengan gugus amino N-terminal, dan turunan tiazolinon yang dihasilkan dibelah dari protein
dalam kondisi sedikit asam. Turunan tiazolinone diekstraksi menjadi pelarut organik dan dengan
adanya asam, menata kembali ke phenylthiohydantoin yang lebih stabil (PTH).

Karena setiap asam amino memiliki substituen yang berbeda (R), setiap asam amino
membentuk PTH yang berbeda. PTH tertentu dapat diidentifikasi dengan kromatografi
menggunakan standar yang diketahui. Beberapa degradasi Edman berturut-turut dapat dilakukan
pada protein. Seluruh urutan utama tidak dapat ditentukan dengan cara ini, karena sisiproduk
menumpuk yang mengganggu hasil. Instrumen otomatis yang dikenal sebagai sequenator
memungkinkan sekitar 50 degradasi Edman yang berurutan untuk dilakukan pada protein. Asam
amino C-terminal dari peptida atau protein dapat diidentifikasi dengan memperlakukan protein
dengan carboxypeptidase A. Carboxypeptidase A memotong asam amino C-terminal asalkan
tidak arginin atau lisin (Bagian24.9). Di sisi lain, carboxypeptidase B memecah asam amino C-

29
terminal hanya jika arginin atau lisin. Carboxypeptidases adalah exopeptidases. Exopeptidase
adalah enzim yang mengkatalisis hidrolisis ikatan peptida di ujung rantai peptida.

Setelah N-terminal dan asam amino C-terminal telah diidentifikasi, sampel protein
dihidrolisis dengan asam encer. Perawatan ini, yang disebut hidrolisis parsial, menghidrolisis
hanya beberapa ikatan peptida. Fragmen yang dihasilkan dipisahkan, dan komposisi asam amino
masing-masing ditentukan. Asam amino N-terminal dan C-terminal dari masing-masing fragmen
juga dapat diidentifikasi. Urutan protein asli kemudian dapat ditentukan dengan melapisi peptida
dan mencari titik tumpang tindih.
Peptida atau protein juga dapat dihidrolisis sebagian menggunakan
endopeptidase.Endopeptidase adalah enzim yang mengkatalisis hidrolisis ikatan peptida yang
tidak berada di ujung rantai peptida. Trypsin, chymotrypsin, dan elastase adalah endopeptidase

yang mengkatalisis hidrolisis hanya ikatan peptida spesifik yang tercantum dalam Tabel 23.3.
Trypsin, misalnya, mengkatalisis hidrolisis ikatan peptida pada sisi-C dari hanya residu arginin
atau lisin.

30
Dengan demikian, tripsin akan mengkatalisis hidrolisis tiga ikatan peptida dalam peptida berikut,
menciptakan heksapeptida, dipeptida, dan dua tripeptida.

Chymotrypsin mengkatalisis hidrolisis ikatan peptida pada sisi-C dari asam amino yang
mengandung cincin beranggota enam (Phe, Tyr, Trp).

Elastase mengkatalisis hidrolisis ikatan peptida pada sisi-C dari asam amino kecil (Gly,
Ala). Chymotrypsin dan elastase jauh lebih spesifik daripada tripsin.

Tak satu pun dari exopeptidases atau endopeptidases yang telah kami sebutkan akan
mengkatalisis hidrolisis ikatan amida jika prolin berada di lokasi hidrolisis. Enzim-enzim ini
mengenali situs hidrolisis yang tepat berdasarkan bentuk dan muatannya, dan struktur prolin
menyebabkan situs hidrolisis memiliki bentuk tiga dimensi yang tidak dapat dikenali.

Cyanogen bromide menyebabkan hidrolisis ikatan amida pada sisi-C dari residu
metionin.Cyanogen bromide lebih spesifik daripada endopeptidase tentang ikatan peptida yang
dibelah, sehingga memberikan informasi yang lebih andal tentang struktur primer (urutan asam

31
amino). Karena sianogen bromida bukan protein dan oleh karena itu tidak mengenali substrat
oleh bentuknya, sianogen bromida masih akan membelah ikatan peptida jika prolin berada di
lokasi pembelahan.

Langkah pertama dalam mekanisme pembelahan ikatan peptida oleh sianogen bromida
adalah serangan oleh sulfur nukleofilik tinggi dari metionin pada sianogen bromida.
Pembentukan cincin beranggota lima dengan kepergian dari kelompok meninggalkan dasar yang
lemah diikuti oleh hidrolisis yang dikatalisis oleh asam, yang memotong protein. Hidrolisis lebih
lanjut dapat menyebabkan lakton (ester siklik) untuk membuka ke kelompok karboksil dan
kelompok alkohol.

Langkah terakhir dalam menentukan struktur utama protein adalah untuk mencari tahu
lokasi ikatan disulfida. Ini dilakukan dengan menghidrolisis sampel protein yang memiliki ikatan
disulfida utuh. Dari penentuan asam amino dalam fragmen cysteinecontaining, lokasi dari ikatan
disulfida dalam protein dapat dibentuk.

2. Struktur Sekunder Protein

32
 Struktur sekunder menggambarkan konformasi
segmen rantai tulang belakang peptida atau protein. Untuk
meminimalkan energi, rantai polipeptida cenderung melipat
dalam struktur geometrik berulang seperti atau lembaran.
Tiga faktor menentukan pilihan struktur sekunder:
 regional planarity tentang setiap ikatan peptida (sebagai
akibat dari karakter doublebond parsial dari ikatan amida), yang membatasi konformasi yang
mungkin dari rantai peptida.
 memaksimalkan jumlah kelompok peptida yang terlibat dalam ikatan hidrogen (yaitu ikatan
hidrogen antara oksigen karbonil dari satu residu asam amino dan hidrogen amida dari yang
lain)
 pemisahan yang cukup antara kelompok R di dekatnya untuk menghindari halatolakan
muatan suka

1) α-Helix
Salah satu jenis struktur sekunder adalah dalam tulang punggung kumparan polipeptida di
sekitar sumbu panjang dari molekul protein (Gambar 23.8). Heliks distabilkan oleh ikatan:

Hidrogen: Setiap hidrogen yang terikat pada nitrogen amida adalah a-helix, A -helix.

Hidrogen terikat pada oksigen karbonil dari asam amino yang tersisa 4 residu. Substituen
pada asam amino menonjol keluar dari heliks, sehingga meminimalkan hambatan sterik. Karena
asam amino memiliki konfigurasi-L, itu adalah heliks tangan kanan; artinya, berputar searah

33
jarum jam saat spiral berputar ke bawah. Setiap pergantian heliks mengandung 3,6 residu asam
amino, dan jarak pengulangan heliks adalah 5,4 Å.

2) β-Lembar Lipit
Jenis kedua dari struktur sekunder adalah dalam lembaran, tulang punggung polipeptida
diperpanjang dalam struktur zig-zag yang menyerupai serangkaian lipatan. Seprai hampir
sepenuhnya diperpanjang — rata-rata jarak pengulangan dua residu adalah 7,0 Å. Ikatan
hidrogen dalam lembaran terjadi antara rantai peptida tetangga. Rantai peptida terikat hidrogen
yang berdekatan dapat berjalan dalam arah yang sama atau dalam arah yang berlawanan. Dalam
lembaran paralel, rantai yang berdekatan berjalan ke arah yang sama. Dalam lembaran
antiparalel, rantai yang berdekatan berjalan berlawanan arah (Gambar 23.9). B-lipit B-lipit b-lipit
b-lipated b-lipit lembaran.

Karena substituen (R) pada asam amino pada rantai yang berdekatan saling berdekatan satu
sama lain, rantai dapat saling berdekatan untuk memaksimalkan interaksi ikatan hidrogen hanya
jika substituennya kecil. Sutra, misalnya, protein dengan sejumlah besar asam amino yang relatif
kecil (glisin dan alanin), memiliki segmen besar dari lembaran. Jumlah helai side-by-side dalam
lembaran berkisar 2 hingga 15 dalam protein globular. Untai rata-rata di bagian lembaran protein
globular mengandung enam residu asam amino.Wol dan protein berserat otot adalah contoh
protein dengan struktur sekunder yang hampir semuanya Akibatnya, protein ini dapat
direntangkanSebaliknya, struktur sekunder sutra dan jaring laba-laba sebagian besar adalah

34
lembaran. Karena lembaran adalah struktur yang sepenuhnya diperpanjang, protein-protein ini
tidak dapat direntangkan.

3) Koil Conformation
Secara umum, kurang dari setengah dari protein globular berada dalam atau lembaran
(Gambar 23.10). Sebagian besar protein masih sangat teratur tetapi sulit untuk dijelaskan.
Fragmen polipeptida ini dikatakan berada dalam konformasi kumparan atau konformasi loop

3. Struktur Tersier Protein

Struktur tersier suatu protein adalah susunan tiga dimensi dari semua atom dalam protein.
Protein melipat secara spontan dalam larutan untuk memaksimalkan stabilitasnya. Setiap kali ada
interaksi stabil antara dua atom, energi bebas dilepaskan. Semakin banyak energi yang
dibebaskan (semakin negatif), semakin stabil protein. Jadi protein cenderung melipat dengan
cara yang memaksimalkan jumlah interaksi stabilisasi (Gambar 23.11).

35
 Interaksi stabilisasi termasuk ikatan kovalen, ikatan hidrogen, atraksi elektrostatik (atraksi
antara muatan yang berlawanan), dan interaksi hidrofobik (van der Waals). Interaksi stabil dapat
terjadi antara kelompok peptida (atom di tulang punggung protein), antara kelompok rantai
samping dan antara peptida dan kelompok rantai samping. Karena kelompok-kelompok rantai
samping membantu menentukan bagaimana lipatan protein, struktur tersier protein ditentukan
oleh struktur utamanya. Ikatan disulfida adalah satu-satunya ikatan kovalen yang dapat terbentuk
ketika lipatan protein. Interaksi ikatan lain yang terjadi dalam lipat jauh lebih lemah, tetapi
karena ada begitu banyak dari mereka (Gambar 23.12), mereka adalah interaksi penting dalam
menentukan bagaimana lipatan protein.
Sebagian besar protein ada di lingkungan berair. Oleh karena itu, mereka cenderung
melipat dengan cara yang mengekspos jumlah maksimum kelompok kutub ke lingkungan berair
dan yang mengubur kelompok nonpolar di bagian dalam protein, jauh dari air. Interaksi antara
kelompok nonpolar dikenal sebagai interaksi hidrofobik. Interaksi ini meningkatkan stabilitas
protein dengan meningkatkan entropi molekul air. Molekul air yang mengelilingi kelompok
nonpolar sangat terstruktur. Ketika dua kelompok nonpolar berkumpul, area permukaan yang
bersentuhan dengan air menurun, sehingga mengurangi jumlah air yang terstruktur. Struktur
yang menurun meningkatkan entropi, yang pada gilirannya menurunkan energi bebas, yang
meningkatkan stabilitas protein. (Ingat itu).

36
 4. Struktur Kuarter Protein
Protein yang memiliki lebih dari satu rantai peptida disebut oligomer. Rantai individu
disebut subunit. Suatu protein dengan satu subunit disebut monomer, satu dengan dua subunit
disebut dimer; satu dengan tiga subunit disebut trimer, dan satu dengan empat subunit disebut
tetramer. Hemoglobin adalah contoh tetramer. Ini memiliki dua jenis subunit dan dua jenis yang
berbeda. Struktur kuartener hemoglobin ditunjukkan pada Gambar 23.13.
Subunit-subunit tersebut dipegang bersama oleh jenis interaksi yang sama yang memegang
rantai protein individu dalam konformasi tiga dimensi tertentu: interaksi hidrofobik, ikatan
hidrogen, dan atraksi elektrostatik. Struktur
kuaterner suatu protein menggambarkan cara
subunit disusun dalam ruang. Beberapa pengaturan
yang mungkin dari enam subunit hexamer ditampilkan
di sini:

2.3 Sumber Protein

37
 Tidak semua makanan mengandung sepuluh macam asam amino yang dapat memenuhi
kebutuhan minimal sehari-hari. Daging dan susu dapat memenuhi kebutuhan asam amino dengan
sangat baik, tetapi sumber makanan dari tumbuhan seperti gandum dan jagung mengandung
asam amino yang tidak lengkap. Banyak tanaman mengandung protein dalam jumlah kecil dan
terdiri dari beberapa asam amino esensial yang dibutuhkan untuk pertumbuhan. Gandum
mengandung sedikit asam amino lisina, sedangkan gandum mengandung sedikit lisina dan
triptofan.

Mengonsumsi makana berprotein yang mengandung asam amino esensial yang tidak
lengkap dapat menyebabkan defisiensi nutrisi (kekurangan gizi), terutama untuk perkembangan
anak. Vegetarian haru berhati- hati dalam memilih makanan, terutama tumbuhan yang
mengandung protein. Tumbuhan polong dan kacang-kacangan sangat bermanfaat untuk
memenuhi kekurangan yang terdapat pada gandum dan padi-padian.

Protein dibedakan menjadi 2 jenis, yaitu protein hewani dan protein nabati. Protein
hewani adalah protein yang dihasilkan oleh hewan, sedangkan protein nabati adalah protein yang
berasal dari bermacam tumbuhan. Kita bisa mendapatkan berbagai jenis Tahu dan Tempe: di
dalam kehidupan sehari-hari kita bisa mendapatkan asupan protein dengan berbagai varian menu
makanan. Tak hanya protein, di dalam tahu terdapat banyak zat penting lainnya. Misalnya saja
kalium, vitamin E, vitamin B dan B12. Tempe mengandung banyak protein karena sebagian dari
tempe terbuat dari kedelai. Di dalam sepotong tempe terdapat vitamin, lemak, serat, dan enzim.

2.3.1 Hewani
1. Telur

Telur termasuk protein yang berasal dari hewan, yang sering kita sebut protein hewani.
Di dalam telur terkandung protein yang tinggi. Di dalam satu butir telur mengandung 7 gram
protein dan 2 gram lemak jenuh.

2. Daging Ayam

Daging ayam mengandung banyak protein yang kita butuhkan. Jumlah kandungan
protein yang terdapat pada daging ayam mencapai 18 gram per 100 gram dada ayam. Daging
ayam merupakan jenis daging yang bisa dibilang paling murah dan sering dikonsumsi oleh
masyarakat kita.

3. Udang

Di dalam 100gram udang mengandung 20.3 gram protein. Kandungan protein dalam
udang disebut ―Complete Protein‖ karena kandungan asam aminonya yang tinggi.

4. Ikan

Selain mengandung vitamin ikan segar juga mengandung banyak protein. Untuk jenis
ikan laut, ikan kembung, tenggiri, tongkol dan kakap merupakan jenis yang mempunyai

38
kandungan protein tertinggi. Untuk ikan air tawar, belut adalah sumber protein yang paling
bagus.

5. Susu

Di dalam susu tidak hanya terkandung lemak dan kalsium. Namun susu juga
mengandung protein. Untuk sumber protein nabati bisa diperoleh dari susu kedelai.

2.3.2. Nabati

Daging dan telur adalah protein lengkap, dan kacang dan biji-bijian tidak. Tapi
sebenarnya, manusia tidak memerlukan keseluruhan sembilan macam asam amino esensial
dalam setiap gigitan makanan yang mereka makan; kita hanya perlu jumlah yang cukup setiap
asam amino setiap hari — lagipula, sudah ada 11 asam amino yang otomatis diproduksi oleh
tubuh.

1. Tempe

Tidak diragukan lagi mengapa makanan olahan fermentasi kedelai ini merupakan salah
satu makanan pokok favorit orang Indonesia. Per 100 gram tempe, terkandung 201 kkal energi,
20,8 g protein, 8,8 g lemak, 13,5 g karbohidrat, 1,4 g serat pangan, kalsium, vitamin B, dan zat
besi.

Satu lagi poin plus dari tempe, selain harganya yang murah, tempe bisa Anda kreasikan
menjadi bermacam-macam masakan mengenyangkan pengganti daging merah, mulai dari orek
tempe, sambal tempe, hingga dibuat ―bakso‖.

2. Tahu

Tahu termasuk makanan yang rendah kalori (70 kkal), kolesterol (0 %), dan sodium (1
%). Per 100 gram, tahu juga merupakan sumber yang baik dari protein (8 gram), zat besi (9 %),
magnesium (37 mg), fosfor ( 121 mg ), tembaga (0,2 mg), dan selenium (9,9 mcg), dan sumber
yang sangat baik dari kalsium (201 mg) dan mangan (0,6 mg)

Mulai dari tahu isi, hingga pepes tahu, tahu sangat serba guna untuk diolah menjadi lauk
mengenyangkan. Untuk alternatifnya, Anda bisa gabungkan tahu ke dalam tumisan kailan atau
ingin coba buat kembang tahu manis untuk makanan penutup hari ini?

3. Edamame (kedelai Jepang)

Makanan yang terbuat dari kedelai adalah sumber protein nabati tertinggi. Setelah tahu
dan tempe, kini saudara jauhnya, edamame. Dalam bentuk sajian yang paling sederhana,
edamame rebus, camilan favorit orang Jepang ini mengandung 11,4 gr protein, 6,6 gr lipid, 7,4
gr karbohidrat, 1,9 gr serat, 70 mg kalsium, dan 140 mg fosfor.

39
 Saat bosan dengan versi rebus, Anda bisa siasati konsumsi edamame dengan menumisnya
bersama dengan sayuran lain favorit Anda, atau tambahkan ke dalam salad atau pasta.

4. Quinoa

Quinoa, teknisnya masuk ke dalam keluarga biji-bijian, adalah superfood yang dijagokan
oleh banyak pemerhati gizi — ini bukannya tanpa alasan. Per 100 gram, quinoa diperkaya oleh 4
gram protein, serat (2,8 gr), zat besi (1,5 mg), magnesium (64 mcg), mangan (0,6 mcg), dan
termasuk semua sembilan asam amino esensial yang dibutuhkan tubuh untuk pertumbuhan dan
perbaikan, tetapi tidak dapat dihasilkan sendiri. (Karena itulah, quinoa sering disebut sebagai
―protein sempurna‖).

Quinoa adalah alternatif pengganti nasi yang baik, dan juga fleksibel untuk dimasukkan
ke dalam muffin, gorengan, kue-kue kering, sup, topping sereal sarapan oatmeal, atau sebagai
taburan mengenyangkan di salad saat makan siang.

5. Chickpea (kacang Arab)

Juga dikenal sebagai kacang garbanzo, kacang-kacangan ini dapat ditaburkan ke salad,
goreng dan asinkan untuk camilan renyah, atau lumatkan menjadi hummus (cukup proses
segenggam kacang Arab bersama beberapa rempah dan tahini atau minyak almond ke dalam
blender hingga halus).

Kacang Arab adalah sumber protein yang cukup tinggi, yaitu 9 gram protein per 100
gram. kacang ini juga merupakan sumber makanan yang baik dari serat pangan (8 gr), folat (172
mcg), dan mangan (1 mcg). Kacang Arab rendah lemak jenuh, kolesterol, dan sodium.

6. Almond

Satu ons kacang almond panggang tanpa garam mengandung 5,5 gram karbohidrat, 3,3
gram serat pangan, 8% kalsium, 7% zat besi, dan 6,5 gram protein.

Kacang almond juga merupakan sumber vitamin E yang baik, yang bagus untuk
kesehatan rambut dan kulit Anda. Kacang ini juga menyediakan hingga 61% asupan magnesium
harian yang direkomendasikan. Tingginya kandungan magnesium dalam kacang almond ini
membuatnya ampuh untuk menekan ngidam gula, mendorong kesehatan tulang, dan
meringankan nyeri otot dan kejang.

7. Chia seed

Biji-bijian Chia adalah sumber nabati yang mengandung asam lemak omega-3 dalam
jumlah tertinggi, serta mengandung sebih banyak serat daripada biji rami atau kacang tanah.
Cukup dua sendok makan biji Chia, tubuh Anda akan diperkaya oleh 2 gram protein dan 11 fram
serat pangan. Chia juga merupakan sumber pangan yang baik untuk zat besi, kalsium, zinc, dan
antioksidan. Namun, chia seed memiliki sedikit kandungan lisin.

40
 Biji chia dapat ditaburkan di atas salad, diaduk ke yoghurt atau oatmeal, dicampur ke
dalam smoothies, atau dijadikan bintang utama dalam menu makan Anda: biji-bijian ini akan
mengembang dan berubah tekstur seperti agar saat direndam dalam cairan (air putih atau susu),
sehingga membentuk suatu krim lembut dan padat. Keunikan ini menjadikan biji Chia bahan
pangan yang hebat untuk membuat puding sehat, mengentalkan smoothies, atau menggantikan
telur untuk mengolah kue kering atau cake.

8. Bayam

Sayuran tidak memiliki kandungan protein yang sama banyaknya seperti kacang atau
biji-bijian, tetapi beberapa jenis sayuran berdaun hijau gelap mengandung jumlah nutrisi yang
hampir menyamai — dan juga diperkaya oleh antioksidan dan serat yang baik untuk kesehatan
jantung. Bayam, misalnya.

Per 100 gram bayam rebus mengandung 2,4 gram serat pangan, 3 gram protein, 209%
vitamin A, 16% vitamin C, 13% kalsium, dan 20% zat besi.

9. Brokoli

Brokoli bukan hanya sumber nabati yang kaya akan serat, namun juga mengandung
protein dalam jumlah yang cukup mengejutkan bagi sebuah sayuran. Per 100 gram brokoli rebus,
Anda akan mendapatkan 2 gram protein, 40 mg kalsium, 67 mcg fosfor, 31% vitamin A, dan 108
mcg folat. Brokoli juga mengandung sulforaphane, senyawa anti kanker.

10. Kentang

Meskipun memiliki reputasi sebagai bahan pangan yang kosong nutrisi, satu buah
kentang ukuran sedang (sekitar 150 gram) yang direbus dengan kulit dan tanpa garam
mengandung 4 gram protein bersama dengan sekitar 20% dari asupan harian yang
direkomendasikan dari kalium, yang mendorong kesehatan jantung.

41
 11. Alpukat

Buah hijau yang super padat ini begitu lezat dan creamy berkat kandungan asam lemak
tak jenuh tunggal dan proteinnya. Setengah buah alpukat segar ukuran sedang mengandung 77%
lemak, 19% karbohidrat, dan 4% protein (2 gram).
Alpukat juga sangat fleksibel. Anda bisa memakannya langsung saat matang, masukkan
irisan alpukat ke dalam salad Anda, dilumatkan sebagai guacamole bersama paprika, tomat, dan
jeruk nipis, atau blender bersama pisang beku atau whey protein untuk smoothies segar yang
mengenyangkan.

Tabel 1. Kandungan asam amino dalam beberapa makanan.

Bahan Makanan Lisin (%) Methionin (%)

Tepung ikan 4,51 1,63

Bungkil kedele 2,69 0,62

Jagung 0,26 0,18

Dedak padi 0,59 0,26

Sumber NRC (1994)

Tabel 2. Koefesien Kecernaan Murni Asam Amino (%)

Bahan makanan Lisin Metionin Cystine Arginin Threonin

Jagung 81 91 85 89 84

Bungkil kedele 91 92 82 92 88

Dedak padi 75 78 68 87 70

Barley 78 79 81 85 77

Tepung ikan 88 92 73 92 89
(60-63%)

Tepung daging 79 85 58 85 79
(50-54%)

Tepung bulu 66 76 59 83 73

Tepung darah 86 91 76 87 87
Sumber NRC (1994) diukur dengan caecectomised

42
2.4 Sifat Protein
2.4.1. Sifat Secara Umum

1. Sukar larut dalam air karena ukuran molekulnya yang sangat besar.
2. Dapat mengalami koagulasi oleh pemanasan dan penambahan asam atau basa.
3. Bersifat amfoter karena membentuk ion zwitter. Pada titik isoelektriknya, protein
mengalami koagulasi sehingga dapat dipisahkan dari pelarutnya.
4. Dapat mengalami kerusakan (terdenaturasi) akibat pemanasan. Pada denaturasi, protein
mengalami kerusakan mulai dari struktur tersier sampai struktur primernya.

2.4.2.Sifat Fisik

Sifat Fisik  Makromolekul

1. Pemisahan dengan
i. Electrphoresis
ii. Sedimentasi
iii. Sentrifugasi
2. Protein tidak berwarna dan hambar.
3. Mereka homogen dan kristal.
4. Protein bervariasi dalam bentuk, protein bisa berbentuk struktur kristaloid sederhana
sampai struktur fibrilar panjang.
5. Struktur protein terdiri dari dua pola yang berbeda – protein globular dan protein fibrilar.
6. Protein globular yang berbentuk bulat dan hadir pada tanaman. Protein Fibrilar yang
seperti benang, mereka umumnya hadir pada hewan.
7. Protein umumnya memiliki berat molekul besar berkisar antara 5 X 103 dan 1 X 106.
8. Karena ukuran besar, protein menunjukkan banyak sifat koloid.
9. Tingkat difusi protein sangat lambat.
10. Protein menunjukkan efek Tyndall.
11. Protein cenderung mengubah sifat mereka seperti denaturasi. Banyak sekali proses
denaturasi diikuti dengan koagulasi.
12. Denaturasi mungkin akibat dari agen fisik atau kimia. Para agen fisik meliputi, gemetar,
pembekuan, pemanasan dll agen kimia seperti sinar-X, radiasi radioaktif dan ultrasonik.
13. Protein seperti asam amino menunjukkan amfoter yaitu properti, mereka dapat bertindak
sebagai asam dan alkali.
14. Seperti protein yang amfoterik di alam, mereka dapat membentuk garam dengan kedua
kation dan anion berdasarkan muatan bersih.
15. Kelarutan protein tergantung pada pH. Kelarutan terendah terlihat pada titik isoelektrik,
kelarutan meningkat dengan meningkatnya keasaman atau alkalinitas.
16. Semua protein menunjukkan bidang cahaya terpolarisasi ke kiri, yaitu, laevorotatory.
17. ikatan hidrogen pada protein

43
2.4.3.Sifat Kimia

1. Sifat Kimia  Protein memiliki gugus reaktif,

sehingga dapat bersifat
i. Amphoter :
1. Asal kata (bhs Greek) : ampho = both
2. Mempunyai dua sifat berlawanan, khususnya kemampuan bereaksi
sebagai asam atau basa
3. Dapat bereaksi dengan asam atau basa
4. Dapat memberi dan menerima proton sekaligus

ii. Mengikat ion (binding of ion)

iii. Mengikat air (Hydration)
2. Isoelectric point (titik isoelectric)
i. Adalah menunjukkan nilai pH dimana AA memiliki muatan total (net
electrical charge, NEC) nol (NEC = 0) dalam satu larutan tertentu
3. Zwitter ion = dipolar ion
i. Senyawa yang memiliki dua kutub yang berlawanan
4. Binding of Ion
i. Pada pH > pI :
1. Protein / AA bersifat anionik (COO-)  mengikat Cation (Ca2+,
dll)
ii. Pada pH < pI :
1. Protein / AA bersifat cationik (NH3+)  mengikat Anion (Cl-, dll)
iii. Dalam bahan pangan, terdapat campuran berbagai protein dengan berbagai
pI  mengikat berbagai ion
5. Hydration of protein
i. Kemampuan protein dalam mengikat air
1. Pada gugus N (amino)
a. Pada N terminal + N pada rantai peptida
2. Pada gugus C (karboksil)
 Pada C terminal + C karbonil rantai peptida
1. Negativitas N < C
ii. Pada pH > pI atau pH < pI  protein memiliki afinitas terhadap air lebih
besar dibandingkan pd pH = pI.
iii. Agregat molekul air akan terbentuk pada titik polar protein
iv. Hydrasi protein tergantung pada :
1. Konsentrasi protein
2. pH
3. Adanya senyawa lain (kekuatan ion)
4. Suhu

44
 6. Interaksi protein dan air
i. Melalui ikatan peptida dalam rantai polipeptida
1. Dipole – dipole atau ikatan hidrogen
ii. Melalui gugus R (rantai cabang) asam amino (AA)
1. Interaksi melalui ionisasi, polar dan non polar
iii. Kelarutan protein dalam air tergantung pada :
1. pH : pH > pI  protein bermuatan -
7. pH < pI  protein bermuatan +
pH = pI  protein netral (NEC=0)
8. Kelarutan
Albumin : larut dalam air dan larutan garam serta akan mengalami koagulasi bila di
panaskan.
Globulin : tidak larut dalam air, larut dalam garam encer.
Histon dan protamin : protein basa yang larut dalam air.

9. Interaksi protein dan air (lanjutan)

 Adanya senyawa lain  kekuatan ionik (µ) :
i. µ = ½ Σ (Ci x Zi2)  C = konsentrasi ion;
ii. Z = valensi ion
iii. Misal: adanya garam
10. pada 0,5 – 1 M  kelarutan protein naik salting in.
 pada > 1 M  kelarutan protein turun salting out  protein mengendap karena
 Interaksi : Air – garam > air – protein sehingga
 terjadi interaksi protein – protein.
11. Interaksi protein dan gula  Non enzymatic browning
 Maillard reaction :
i. Jenis gula  (gugus karbonil)
ii. Jenis protein  (gugus amino)

2.5 Denaturasi Protein

Struktur tersier dari protein globular secara halus dipegang bersama oleh daya tarik
intramolekul yang lemah. Seringkali, perubahan suhu atau pH yang sederhana akan mengganggu
struktur tersier dan menyebabkan protein menjadi terdenaturasi. Denaturasi terjadi di bawah
kondisi ringan seperti itu bahwa struktur utama tetap utuh tetapi struktur tersier terbentang dari
bentuk globular spesifik ke rantai yang dilingkarkan secara acak (Gambar 26.11).

45
Gambar 26.11 Representasi skematis denaturasi protein. Protein globular kehilangan bentuk tiga dimensi
spesifiknya dan menjadi lingkaran acak

Denaturasi disertai dengan perubahan pada sifat fisik dan biologis. Kelarutan menurun
drastis, seperti yang terjadi ketika putih telur dimasak dan albumin membuka dan mengental.
Sebagian besar enzim juga kehilangan semua aktivitas katalitik ketika didenaturasikan, karena
struktur tersier yang ditentukan secara tepat diperlukan untuk tindakan mereka. Meskipun
sebagian besar denaturasi tidak dapat diubah, beberapa kasus sekarang telah ditemukan di mana
renaturasi spontan dari protein yang tidak dilipat ke struktur tersier stabil terjadi. Renaturasi
disertai dengan pemulihan penuh aktivitas biologis.

Berikut ini adalah beberapa cara agar protein dapat didenaturasi:

1. Suhu
Pertimbangkan efek peningkatan suhu pada larutan protein misalnya, putih telur. Pada
awalnya, peningkatan suhu hanya meningkatkan laju gerakan molekul, pergerakan molekul
individu dalam larutan. Kemudian, karena suhu terus meningkat, ikatan di dalam protein mulai
bergetar lebih keras. Akhirnya, interaksi yang lemah, seperti ikatan hidrogen dan interaksi
hidrofobik, yang menjaga struktur protein terganggu.Molekul protein terdenaturasi karena
kehilangan konformasi tiga dimensi khas dan menjadi tidak teratur. Koagulasi terjadi ketika
molekul protein kemudian terungkap dan terjerat. Pada titik ini mereka tidak lagi dalam solusi;
mereka telah dikumpulkan menjadi satu (lihat Gambar 18.15). Telur putih dimulai sebagai
larutan kental dari albumin telur, tetapi ketika dimasak, protein didenaturasi dan dikoagulasi
menjadi padat.

46
Gambar 18.15. Denaturasi protein oleh panas. (a) Protein alfa-heliks berada dalam larutan. (b) Karena panas
diterapkan, ikatan hidrogen yang mempertahankan struktur sekunder terganggu, dan
struktur protein menjadi tidak terorganisir. Protein didenaturasi. (c) Protein yang
didenaturasi mengumpul, atau mengental, dan sekarang dalam bentuk yang tidak larut.

Banyak protein sel-sel kita, misalnya, enzim, berada dalam jenis larutan kental yang sama
di dalam sitoplasma. Agar dapat berfungsi dengan baik, mereka harus tetap dalam solusi dan
mempertahankan konfigurasi tiga dimensi yang benar. Jika suhu tubuh menjadi terlalu tinggi,
atau jika daerah lokal dari tubuh terkena suhu yang sangat tinggi, seperti ketika Anda menyentuh
lembaran kue sel kue panas menjadi terdenaturasi. Mereka kehilangan fungsi mereka, dan sel
atau organisme mati.

2. pH
Karena gugus R dari asam amino, semua protein memiliki muatan listrik yang khas.
Karena setiap protein memiliki komposisi asam amino yang berbeda, masing-masing akan
memiliki muatan listrik bersih yang khas di permukaannya. Kelompok R yang bermuatan positif
dan negatif pada permukaan molekul berinteraksi dengan ion dan molekul air, dan interaksi ini
menjaga protein dalam larutan di dalam sitoplasma.
Protein yang ditunjukkan pada Gambar 18.16a memiliki muatan bersih 2+ karena memiliki
dua kelompok ekstra-N+H3. Jika kita menambahkan 2 mol basa, seperti NaOH, gugus amino
terprotonasi kehilangan protonnya dan dengan demikian menjadi netral secara elektrik. Sekarang
muatan bersih dari protein adalah nol. PH di mana protein memiliki jumlah muatan positif dan
negatif yang sama, yaitu, muatan netto nol, disebut titik isoelektrik. Protein yang ditunjukkan
pada Gambar 18.16b memiliki muatan bersih 2-karena dua kelompok karboksilat tambahan.
47
Ketika 2 mol asam ditambahkan, kelompok karboksilat menjadi terprotonasi. Mereka sekarang
elektrik netral, dan muatan bersih pada protein adalah nol. Seperti pada contoh sebelumnya,
larutan protein berada pada titik isoelektrik.
Ketika pH larutan protein berada di atas titik isoelektrik, semua molekul protein akan
memiliki muatan permukaan negatif. Di bawah titik isoelektrik, mereka akan memiliki muatan
positif bersih. Dalam kedua kasus, molekul-molekul yang terisi seperti ini saling tolak satu sama
lain, dan tolakan ini membantu menjaga molekul-molekul yang sangat besar ini dalam larutan.
Pada titik isoelektrik molekul-molekul protein tidak lagi memiliki muatan permukaan
bersih. Akibatnya mereka tidak lagi saling menolak satu sama lain dan paling tidak larut. Di
bawah kondisi ini, ada kecenderungan bagi mereka untuk mengumpul dan mengendap di luar
solusi. Dalam hal ini, protein dapat mengental meskipun tidak didenaturasi.
Ini adalah reaksi yang mungkin Anda amati di dapur Anda sendiri. Ketika susu duduk di
kulkas untuk waktu yang lama, bakteri dalam susu mulai tumbuh. Mereka menggunakan gula
susu, laktosa, sebagai sumber energi dalam proses fermentasi dan menghasilkan asam laktat
sebagai produk sampingan. Ketika bakteri terus tumbuh, konsentrasi asam laktat meningkat.
Hasil asam tambahan dalam protonasi kelompok karboksilat terpapar pada permukaan protein
susu terlarut. Mereka menjadi isoelektrik dan mengental menjadi dadih padat.

Gambar 18.16. Pengaruh pH pada protein. (A) Protein ini memiliki muatan keseluruhan 2+. Ketika basis
ditambahkan, beberapa gugus amino terprotonasi kehilangan protonnya. Sekarang protein
isoelektrik; itu memiliki jumlah muatan positif dan negatif yang sama. (B) Protein ini

48
 memiliki muatan keseluruhan 2-. Sebagai asam ditambahkan, beberapa kelompok
karboksilat terprotonasi. Hasilnya adalah protein menjadi isoelektrik.

Bayangkan sejenak apa yang akan terjadi jika pH darah menjadi terlalu asam atau terlalu
basa. Darah adalah cairan yang mengandung air dan elektrolit terlarut, berbagai sel, termasuk sel
darah merah yang bertanggung jawab untuk transportasi oksigen, dan banyak protein yang
berbeda. Protein ini termasuk fibrinogen, yang terlibat dalam reaksi pembekuan; imunoglobulin,
yang melindungi kita dari penyakit; dan albumin, yang membawa molekul hidrofobik dalam
darah.

Ketika pH darah turun terlalu rendah, protein darah menjadi polikations. Demikian pula,
ketika pH darah meningkat terlalu tinggi, protein menjadi polian. Dalam kedua kasus, protein
akan terungkap karena tolakan muatan dan hilangnya interaksi ion stabil. Di bawah kondisi
ekstrim ini, protein darah terdenaturasi tidak akan lagi mampu menjalankan fungsi yang
dibutuhkan. Sel-sel darah juga akan mati ketika enzim kritis mereka didenaturasi. Hemoglobin
dalam sel darah merah akan menjadi terdenaturasi dan tidak akan lagi dapat mengangkut
oksigen. Untungnya, tubuh memiliki sejumlah mekanisme untuk menghindari perubahan radikal
dalam pH darah yang dapat terjadi sebagai akibat dari kesulitan metabolisme atau pernapasan.

3. Pelarut Organik
Pelarut organik polar, seperti spiritus (2-propanol), denatur protein dengan mengganggu
ikatan hidrogen dalam protein, selain membentuk ikatan hidrogen dengan pelarut, air. Daerah
nonpolar dari pelarut ini mengganggu interaksi hidrofobik di bagian dalam molekul protein,
sehingga mengganggu konformasi. Secara tradisional, larutan spiritus 70% sering digunakan
sebagai desinfektan atau antiseptik. Namun, bukti terbaru menunjukkan bahwa itu bukan agen
yang efektif dalam kapasitas ini.

4. Deterjen
Deterjen memiliki kedua wilayah hidrofobik (ekor asam lemak) dan daerah kutub atau
hidrofilik. Ketika deterjen berinteraksi dengan protein, mereka mengganggu interaksi hidrofobik,
menyebabkan rantai protein terungkap.

49
 5. Logam Berat
Logam berat seperti merkuri (Hg2+) atau timbal (Pb2+) Dapat membentuk ikatan dengan
kelompok rantai samping bermuatan negatif. Ini mengganggu jembatan garam yang terbentuk
antara gugus asam amino R dari rantai protein, yang mengakibatkan hilangnya konformasi.
Logam berat juga dapat berikatan dengan gugus sulfhidril dari suatu protein. Ini dapat
menyebabkan perubahan besar struktur tiga dimensi protein, disertai dengan hilangnya fungsi.

6. Stres Mekanis
Mengaduk, mencambuk, atau bergetar dapat mengganggu interaksi lemah yang
mempertahankan konformasi protein. Ini adalah alasan bahwa mencambuk putih telur
menghasilkan meringue yang kaku.

7. Urea dan Guanidine Hidroklorida

Reagen-reagen ini menyebabkan gangguan ikatan protein hidrogen dan interaksi
hidrofobik. Kedatutan mungkin sebagian atau mungkin lengkap. Ini juga dapat reversibel atau
tidak dapat diubah. Hormon insulin dapat didenaturasi dengan 8M urea dan tiga ikatan disulfida
dibelah. Jika urea kemudian dihapus dan ikatan disulfida direformasi, molekul yang dihasilkan
memiliki kurang dari 1% dari aktivitas biologis sebelumnya. Dalam hal ini, denaturasi telah
lengkap dan tidak dapat diubah. Sebagai contoh lain, memperlakukan enzim aldolase, tetramer
(Tabel 2). 20,8) dengan 4M urea memisahkan dan menyuburkan sepenuhnya empat subunit. Jika
urea tersebut kemudian dihapus dari larutan, protein pulih sekitar 70% dari aktivitas
biologisnya.Dalam contoh ini, subunit tidak hanya melambung kembali dengan konformasi
sekunder dan tersier yang tepat., tetapi juga berkumpul dengan struktur kuartener yang tepat,
denaturasi telah selesai tetapi dapat dikembalikan.

2.6 Reaksi Pengenalan Protein

1. Uji Hopkins-Cole
Uji Hopkins cole merupakan uji kimia yang digunakan untuk menunjukkan adanya asam
amino triptofan. Pereaksi yang dipakai mengandung asam glioksilat. Kondensasi 2 inti induc
triptofan oleh asam glioksilat akan menghasilkan senyawa bewarna ungu. Reaksi positif
ditunjukkan dengan adanya cincin ungu pada bidang batas.

50
 Triptofan merupakan salah satu asam amino esensial yang tidak bisa di produksi sendiri
oleh tubuh. Gugus fungsional triptofana dalah Indol, yang tidak dimiliki oleh asam amino
lainnya membuat triptofan menjadi prekusor dari banyak senyawa penting tubuh seperti
melatonin (hormone perangsang tidur), serotonin (suatu transmitter pada system saraf) dan niasin
(suatu vitamin).

Gambar Triptofan

Gambar Reaksi Hopkins-Cole

Senyawa yang memiliki hasil positif terhadap uji Hopkins-cole adalah Pepton cincin ungu
yang terbentuk pada larutan yang positif disebabkan oleh pereaksi yang terdiri dari asam
glioksalat (CHO.COOH) dalam H2SO4 triptofan akan terkondensasi dengan aldehid dan
membentuk kompleks bewarna dari jenis asam 2,3,4,5-tetrahidro-β-karbolin-4-karboksilat.
Reaksi tersebut hanya akan berhasil jika ada oksidator kuat. H2SO4, adalah oksidator agar
terbentuk cincin ungu pada larutan bahan yang positif mengandung triptofan.

2. Uji Ninhidrin

51
 Uji ninhidrin digunakan untuki dentifikasi asam amino bebas yang terdapat dalam sampel.
Asam amino bebas adalah asam amino yang gugus aminonya tidak terikat. Ninhidrin adalah
reagen yang berguna untuk mendeteksi asam amino yang menetapkan konsentrasinya dalam
larutan. Senyawa ini merupakan hidrat dari triketon siklik bila bereaksi dengan asam amino akan
menghasilkan zat warna ungu. Hanya atom nitrogen dari zat warna ungu yang berasal dari asam
amino, selebihnya terkonversi menjadi aldehid dan karbondioksida. Jadi, zat warna ungu yang
sama dihasilkan dari semua asam amino α dengan gugus amino primer dan intensitas warnanya
berbanding lurus dengan konsentrasi asam amino yang ada.

Gambar Reaksi uji Ninhidrin

Asam amino bereaksi dengan ninhidrin membentuk aldehida dengan satu atom C lebih
rendah dan melepaskan molekul NH3 dan CO2. Ninhidrin yang telah bereaksi akan membentuk
hidrindantin. Hasil positif ditandai dengan terbentuknya kompleks berwarna biru/keunguan yang
disebabkan oleh molekul ninhidrin dan hidrindantin yang bereaksi dengan NH3 setelah asam
amino tersebut dioksidasi.

Uji ninhidrin digunakan oleh kepolisian untuk menunjukkan sidik jari yang tertinggal di
tempat kejadian perkara. Keringat yang dikeluarkan mengandung asam amino, sehingga dapat

52
dideteksi dengan ninhidrin. Keringat akan menempel pada suatu permukaan dengan pola yang
khusus sesuai dengan sisik jari pemiliknya. Polisi akan menyemprotkan larutan ninhidrin pada
benda yang disentuh pelaku sehingga akan muncul bercak berwarna keunguan yang merupakan
sidik jari pelaku. Hasil sidik jari dengan uji ninhidrin dapat dilihat pada Gambar berikut:

Gambar Sidik jari hasil uji ninhidrin Gambar Hasil positif uji ninhidrin

3. Uji Belerang
Protein mengandung asam amino berinti benzen, jika ditambahkan asam nitrat pekat akan
mengendap dengan endapan berwarna putih yang dapat berubah menjadi kuning sewaktu
dipanaskan. Senyawa nitro yang terbentuk dalam suasana basa akan terionisasi dan warnanya
akan berubah menjadi lebih tua atau jingga. Rekasi ini didasarkan pada uji nitrasi inti benzena
yang terdapat pada mulekul protein menjadi senyawa intro yang berwarna kuning
Ikatan disulfide merupakan jenis ikatan kovalen lain yang dimiliki oleh peptide dan asam
amino dalam protein. Sistein merupakan asam amino mengandung atom S pada molekulnya.
Reaksi Pb-asetat dengan asam-asam amino tersebut akan membentuk endapan warna gelap, yaitu
garam PbS. Penambahan NaOH untuk mendenaturasikan protein sehingga ikatan yang
menghubungkan atom S dapat terputus oleh Pb-asetat membentuk PbS, sedangkan Pb berfungsi
sebagai donor Pb+.

Gambar Reaksi Uji Belerang

Sistein merupakan asam amino non esensial bagi manusia yang memiliki atom S, bersama-
sama dengan metionin, karena memiliki atom S, sistein menjadi sumber utama dalam sintesis
senyawa-senyawa biologis lain yang mengandung belerang. Sistein dan metionin pada protein
juga berperan dalam menentukan konformasi protein karena adanya ikatan hydrogen pada gugus

53
tiol. Sumber utama sisteina pada makanan adalah cabai, bawang putih, bawang Bombay, brokoli,
haver, dan inti bulir gandum (embrio). L-sistein juga diproduksi secara industry melalui
hidrolisis rambut manusia dan babi serta bulu unggas.

4. Uji Xantoproteat
Uji Xantoproteat merupakan uji untuk menunjukkan adanya inti benzene (cincin fenil)
pada suatu sampel protein. Dalam Uji Xantoproteat, inti benzene akan ternitrasi oleh asam nitrat
pekat membentuk turunan nitrobenzene bewarna kuning tua. Pada suasana basa (ditambahkan
larutan basa), uji Xantoproteat akan mengubah kompleks warna kuning tua pada sampel menjadi
warna orange.

Gambar Reaksi Uji Xantoproteat

Sampel menghasilkan uji yang positif terhadap reagen xantoproteat yang ditandai dengan
terbentuknya kompleks bewarna kuning tua/kuning muda ketika berada dalam suasana asam
(ditambahkan HNO3) dan terbentuk kompleks bewarna jingga/kuning ketika berada dalam
suasana basa (ditambahkan NaOH). Fungsi penambahan HNO3 adalah sebagai penyebab
terjadinya reaksi nitrasi karena inti benzene dari asam amino akan bereaksi HNO 3 dan
menghasilkan campuran berwarna kuning.

Gambar Asam Amino Mengandung Inti Benzene

54
5. Uji Millon
Uji Millon digunakan untuk mengidentifikasi protein yang mengandung tirosin dalam
suatu sampel yang ditandai dengan terbentuknya kompleks bewarna merah pada sampel protein.
Tirosin merupakan asam amino yang mengandung gugus fenol pada rantai sampingnya (gugus
R-nya). Pereaksi millon mengandung merkuri dan ion merkuro dalam asam nitrit dan asam
nitrat. Gugus fenol pada tirosin ini akan ternitrasi membentuk garam merkuri bewarna merah.

Gambar Reaksi Uji Millon

6. Uji Biuret
Biuret adalah senyawa dengan dua ikatan peptida yang terbentuk pada pemanasan dua
molekul urea. Uji biuret digunakan untuk mengetahui adanya ikatan peptide pada sampel protein.
Komposisi dari reagen ini adalah senyawa kompleks yang mengandung unsure karbon (C),
hydrogen (H), oksigen (O), dan nitrogen (N) dan merupakan hasil reaksi antara dua senyawa
urea (CO(NH2)2). Dalam suasana basa (penambahan NaOH), ion Cu 2+ yang berasal dari pereaksi
biuret (CuSO4) akan bereaksi dengan gugus –CO dan –NH dari rantai peptide yang menyusun
protein membentuk kompleks bewarna violet.

Gambar Reaksi Uji Biuret

2.7 Hidrolisis Protein

55
 Proses hidrolisis adalah proses pemecahan suatu molekul menjadi senyawa-senyawa yang
lebih sederhana dengan bantuan molekul air. Hidrolisis protein adalah proses pecahnya atau
terputusnya ikatan peptida dari protein menjadi molekul yang lebih sederhana. Hidrolisis ikatan
peptida akan menyebabkan beberapa perubahan pada protein, yaitu meningkatkan kelarutan
karena bertambahnya kandungan NH3+ dan COO- dan berkurangnya berat molekul protein atau
polipeptida, rusaknya struktur globular protein. Reaksi katalisis protease secara umum
ditunjukkan pada Gambar.

Gambar Hidrolisis Ikatan Peptida oleh Enzim Protease

X = rantai peptida sebelumnya

Y = rantai peptida sesudahnya
Menurut Sediaoetama (2000) ada tiga cara yang dapat ditempuh untuk menghidrolisis
protein, yaitu hidrolisis menggunakan asam, basa dan enzim.

1. Hidrolisis Asam
Hidrolisis dengan mempergunakan asam kuat anorganik, seperti HCl atau H 2SO4 pekat (4-
8 normal) dan dipanaskan pada suhu mendidih, dapat dilakukan dengan tekanan di atas satu
atmosfer, selama beberapa jam. Akibat samping yang terjadi dengan hidrolisis asam ialah
rusaknya beberapa asam amino (triptofan, sebagian serin dan threonin).

2. Hidrolisis Basa
Hidrolisis protein menggunakan basa merupakan proses pemecahan polipeptida dengan
menggunakan basa / alkali kuat, seperti NaOH dan KOH pada suhu tinggi, selama beberapa jam,
dengan tekanan di atas satu atmosfer.

3. Hidrolisis Enzimatik
Hidrolisis enzimatik dilakukan dengan mempergunakan enzim. Dapat digunakan satu jenis
enzim saja, atau beberapa jenis enzim yang berbeda. Penambahan enzim perlu dilakukan
pengaturan pada kondisi pH dan suhu optimum.

56
 Dibandingkan dengan hidrolisis secara kimia (menggunakan asam atau basa), hidrolisis
enzimatik lebih menguntungkan karena tidak mengakibatkan kerusakan asam amino dan asam-
asam amino bebas serta peptida dengan rantai pendek yang dihasilkan lebih bervariasi, reaksi
dapat dipercepat kira-kira 1012 sampai 1020, tingkat kehilangan asam amino esensial lebih
rendah, biaya produksi relatif lebih murah dan menghasilkan komposisi asam amino tertentu
terutama peptida rantai pendek (dipeptida dan tripeptida) yang mudah diabsorbsi oleh tubuh.
Salah satu cara lain untuk menghidrolisis kandungan protein dalam suatu bahan dapat
menggunakan enzim proteolitik baik yang berasal dari bahan itu sendiri atau dengan
penambahan enzim dari luar bahan. Enzim proteolitik yang ditambahkan dapat berasal dari
hewan maupun dari tumbuhan. Enzim proteolitik atau enzim protease adalah enzim yang dapat
memecah molekul-molekul protein dengan cara menghidrolisis ikatan peptida menjadi senyawa-
senyawa yang lebih sederhana seperti proteosa, pepton, polipeptida, dipeptida dan sejumlah
asam-asam amino.
Ketika protein atau polipeptida direfluks dengan asam hidroklorida 6M selama 24 jam,
hidrolisis semua hubungan amida biasanya terjadi, membebaskan asam amino konstitutennya
sebagai campuran. Pemisahan kromatografi dan analisis kuantitatif dari campuran yang
dihasilkan kemudian dapat digunakan untuk menentukan asam amino mana yang menyusun
polipeptida utuh dan jumlah relatifnya.
Satu metode kromatografi untuk pemisahan campuran asam amino didasarkan pada
penggunaan resin pertukaran kation (Gambar 24.2), yang merupakan polimer tak larut yang
mengandung gugus sulfonat. Jika larutan asam yang mengandung campuran asam amino
dilewatkan melalui kolom yang dikemas dengan resin penukar kation, asam amino akan
teradsorpsi oleh resin karena daya tarik antara gugus sulfonat bermuatan negatif dan asam amino
bermuatan positif. Kekuatan adsorpsi bervariasi dengan kebasaan dari masing-masing asam
amino, yang paling dasar dipegang paling kuat. Jika kolom tersebut kemudian dicuci dengan
larutan buffer pada pH tertentu, asam amino individu bergerak ke bawah kolom pada tingkat
yang berbeda dan akhirnya menjadi terpisah. Dalam versi otomatis dari analisis ini
dikembangkan di RockefellerUniversity pada tahun 1950, eluat diperbolehkan untuk bercampur
dengan ninhidrin, reagen yang bereaksi dengan sebagian besar asam amino untuk memberikan
turunan dengan warna ungu yang intens ( max570 nm). Alat analisa asam amino dirancang

57
sedemikian rupa sehingga dapat mengukur absorbansieluet (pada 570 nm) secara terus menerus
dan mencatat absorbansi ini sebagai fungsi volume efluen.

Gambar 24.2 Bagian resin kation-pertukaran dengan asam amino teradsorpsi.

Sebuah grafik khas yang diperoleh dari penganalisis asam amino otomatis ditunjukkan
pada Gambar. 24.3 Ketika prosedur distandardisasi, posisi puncak adalah karakteristik dari asam
amino individu, dan area di bawah puncak sesuai dengan jumlah relatifnya.

Ninhidrin adalah hidrat dari trione indane-1,2,3. Dengan pengecualian prolin dan
hidroksiprolin, semua asam a-amino yang ditemukan dalam protein bereaksi dengan ninhidrin
untuk memberikan anion ungu yang sangat berwarna (Amax 570 nm). Kita tidak akan membahas
mekanisme di sini, tetapi perhatikan bahwa satu-satunya bagian anion yang berasal dari asam a-
amino adalah nitrogen.

58
 Prolin dan hidroksiprolin tidak bereaksi dengan ninhidrin dengan cara yang sama karena
gugus a-amino mereka adalah amina sekunder dan bagian dari cincin beranggota lima. Analisis
campuran asam amino juga dapat dilakukan dengan sangat mudah menggunakan kromatografi
cair kinerja tinggi (HPLC), dan ini sekarang metode yang paling umum. Resin penukar kation
digunakan untuk pengemasan kolom dalam beberapa analisis HPLC.

PERCOBAAN ISOLASI DAN IDENTIFIKASI PROTEIN,ASAM AMINO DAN

PEPTIDA

2.8.Peptide Sequencing: Degradasi Edman

Dengan identitas dan jumlah asam amino yang dikenal, peptida diurutkan untuk
mengetahui dalam urutan apa asam-asam amino saling terkait. Banyak sekuensing peptida
sekarang dilakukan dengan spektrometri massa, menggunakan baik ionisasi elektrospray (ESI)
atau ionisasi desorpsi laser dibantu-matriks (MALDI) terkait dengan penganalisis massa waktu-
of-flight (TOF), dalam penggunaan umum adalah metode kimia pengurutan peptida yang disebut
degradasi Edman.
Gagasan umum sekuensing peptida oleh degradasi Edman adalah untuk membelah satu
asam amino pada suatu waktu dari ujung rantai peptida. Asam amino terminal tersebut kemudian
dipisahkan dan diidentifikasi, dan reaksi pembelahan diulang pada peptida yang dipendekkan
rantai sampai seluruh urutan peptida diketahui, sekuensing protein otomatis tersedia yang
memungkinkan sebanyak siklus pengulangan sekuensial SO dilakukan sebelum penumpukan
yang tidak diinginkan oleh produk mengganggu hasil. Jadi efisien adalah instrumen ini bahwa
informasi seguensi dapat diperoleh dari sekurang-kurangnya 1 sampai 5 picomoles sampel-
kurang dari 0,1 µg.
Degradasi Edman melibatkan pengobatan peptida dengan fenil isothiocyanate (PITC),
C6H5-N = C = S, diikuti oleh pengobatan dengan asam trifluoroasetat, seperti yang ditunjukkan
pada Gambar 26.4. Langkah pertama menempelkan PITC ke - NH2 grup dari asam amino N-
terrninal, dan langkah kedua membagi residu N-terminal dari rantai peptida, menghasilkan
anilinothiazolinone (ATZ) derivatif ditambah peptida rantai terpendek. penataan ulang asam-
dikatalisis lebih lanjut dari derivatif ATZ dengan asam berair mengubahnya menjadi
fenilthiohydantoin (PTH), yang diidentifikasi secara kromatografi dengan perbandingan waktu
elusi dengan waktu elusi yang dikenal turunan PTH dari 20 asam amino umum, Rantai-

59
dipersingkat peptida kemudian secara otomatis dikirimkan kembali ke babak degradasi Edman
yang lain.
Pengurutan lengkap protein-protein besar oleh degradasi Edman tidak praktis karena
penumpukan roducts-p yang tidak diinginkan. Untuk mengatasi masalah ini, rantai peptida yang
besar pertama kali dibelah oleh hidrolisis parsial menjadi sejumlah fragmen yang lebih kecil,
urutan setiap fragmen ditentukan, dan fragmen individual dipasang bersama dengan
mencocokkan ujung yang tumpang tindih. Dengan cara ini, rantai protein dengan lebih dari 400
asam amino telah diurutkan.

Hidrolisis parsial suatu peptida dapat dilakukan secara kimiawi dengan asam berair atau
secara enzimatik. Hidrolisis asam tidak selektif dan mengarah ke campuran acak yang lebih

60
sedikit dari fragmen kecil, tetapi hidrolisis enzimatik cukup spesifik. Enzim tripsin, misalnya,
mengkatalisis hidrolisis peptida hanya pada sisi karboksil dari asam amino dasar arginin dan
lisin; chymotrypsin membelah hanya pada sisi karboksil dari asam amino tersubstitusi-aril
fenilalanin, tirosin, dan triptofan.

2.9 Pemurnian dan Analisis Polipeptida dan Protein

1. Pemurnian
Ada banyak metode yang digunakan untuk memurnikan polipeptida dan protein. Metode
spesifik yang dipilih tergantung pada sumber protein (isolasi dari sumber alami atau sintesis
kimia), sifat fisiknya, termasuk isoelektrik (pI), dan kuantitas protein di tangan. Metode
pemurnian awal mungkin melibatkan pengendapan, berbagai bentuk kromatografi kolom, dan
elektroforesis. Mungkin metode terakhir yang paling penting untuk pemurnian peptida, HPLC,
digunakan untuk memurnikan kedua peptida yang dihasilkan oleh sintesis otomatis dan peptida
dan protein yang diisolasi dari alam.

2. Analisis
Berbagai parameter digunakan untuk mengkarakterisasi polipeptida dan protein. Salah satu
yang paling mendasar adalah berat molekul. Elektroforesis gel dapat digunakan untuk mengukur
perkiraan berat molekul suatu protein. Elektroforesis gel melibatkan migrasi peptida atau protein
yang terlarut dalam buffer melalui gel polimer berpori di bawah pengaruh medan listrik tegangan
tinggi. Penyangga yang digunakan (biasanya sekitar pH 9) menanamkan muatan negatif
keseluruhan ke protein sedemikian rupa sehingga protein bermigrasi ke arah terminal bermuatan
positif. Laju migrasi tergantung pada keseluruhan muatan dan ukuran protein serta ukuran pori
rata-rata gel. Berat molekul protein disimpulkan dengan membandingkan jarak yang ditempuh
melalui gel oleh protein yang menarik dengan jarak migrasi protein dengan berat molekul yang
dikenal digunakan sebagai standar internal. Versi teknik ini disebut SDS – PAGE (elektroforesis
gel natrium dodesil sulfat-poliakrilamida) memungkinkan penentuan berat molekul protein
dengan akurasi sekitar 5-10%.

61
 Spektrometri massa dapat digunakan untuk menentukan berat molekul peptida dengan
akurasi dan presisi yang sangat tinggi. Sebelumnya kami membahas spektrometri massa dalam
konteks sekuensing protein. Sekarang kita akan mempertimbangkan aspek praktis bagaimana
molekul dengan berat molekul yang sangat tinggi, seperti protein, dapat ditransfer ke fase gas
untuk analisis spektrometri massa. Hal ini diperlukan, tentu saja, apakah analisis itu mengenai
pengurutan peptida atau analisis molekuler penuh. Molekul organik kecil, dapat diuapkan hanya
dengan vakum dan panas yang tinggi. Spesies berbobot molekul tinggi tidak dapat ditransfer ke
fase gas hanya dengan panas dan vakum. Untungnya, teknik yang sangat efektif telah
dikembangkan untuk menghasilkan ion fase gas dari molekul besar tanpa merusak sampel.
Salah satu metode ionisasi adalah ionisasi elektrospray (ESI, Gambar 24.23), di mana
solusi dari peptida (atau analit lain) dalam pelarut volatil yang mengandung jejak asam
disemprotkan melalui nosel tegangan tinggi ke dalam ruang vakum spektrometer massa. Asam
dalam pelarut menghasilkan ion oleh protonating situs dasar Lewis dalam analit. Peptida
biasanya terprotonasi beberapa kali. Setelah disuntikkan melalui nosel tegangan tinggi ke dalam
ruang vakum, molekul pelarut menguap dari ion analit (Gambar 24.23a), dan ion-ion ditarik ke
dalam analisa massa (Gambar 24.23b). Alat analisa massa mendeteksi ion analit sesuai dengan
waktu penerbangan mereka, dan mencatat rasio massa-muatan (m / z) (Gambar 24.23c). Setiap
puncak ditampilkan dalam spektrum massa mewakili berat molekul ion dibagi dengan jumlah
muatan positif yang dibawanya. Dari rangkaian puncak m / z ini, berat molekul analit dihitung
dengan proses komputerisasi yang disebut dekonvolusi. Contoh spektrum dekonvoluted,
menunjukkan berat molekul 46.360 unit massa atom (dalton), ditunjukkan pada Gambar. 24.23d.
Jika fragmentasi molekul analit diinginkan, itu bisa disebabkan oleh disosiasi yang
diakibatkan tabrakan (CID). Dalam hal ini, tandem spektrometri massa diperlukan karena analisa
massa pertama dalam sistem digunakan untuk memilih fragmen peptida dari CID berdasarkan
massa keseluruhan mereka, sedangkan analisa massa kedua dalam sistem mencatat spektrum
fragmen peptida yang dipilih. Beberapa fragmen dari prosedur CID dapat dianalisis dengan cara
ini. Spektrum akhir untuk setiap fragmen peptida yang dipilih memiliki tampilan khas dari famili
ion, seperti yang ditunjukkan di bawah ini.

62
Gambar Electrospray ionization (ESI) spektrometri massa. (a) Ion analit, terprotonasi beberapa
kali oleh sistem pelarut asam, disemprotkan melalui nosel tegangan tinggi ke dalam ruang hampa
udara (diagram bukan skala). Molekul pelarut menguap. Ion analit yang bermuatan mantap
ditarik ke analisa massa. (B) Ion analit dipisahkan dan dideteksi dalam analisa massa. (c)
Keluarga ion yang terdeteksi ditampilkan dalam spektrum sesuai dengan rasio m / z. (d)
dekonvolusi terkomputerisasi dari seri puncak m / z mengarah ke berat molekul analit.
Spektrometri massa dengan ionisasi elektrospray (ESI-MS) sangat kuat ketika
dikombinasikan dengan HPLC karena kedua teknik ini dapat digunakan secara bersamaan.
Dengan instrumen seperti itu, efluen dari HPLC diperkenalkan langsung ke dalam spektrometer
massa ESI. Dengan demikian, pemisahan kromatografi peptida dalam campuran dan informasi
struktur langsung tentang masing-masing kemungkinan menggunakan teknik ini.
Metode lain untuk ionisasi molekul nonvolatil adalah MALDI (ionisasi desorpsi laser
dibantu matriks). Energi dari pemboman laser dari sampel yang diadsorpsi dalam matriks kimia
yang kuat menyebabkan pembentukan ion-fase gas yang dideteksi oleh spektrometer massa. Baik
MALDI dan ESI adalah teknik ionisasi umum untuk analisis biopolimer.

3. Proteomik
Proteomik dan genomik adalah dua bidang yang telah berkembang dalam beberapa tahun
terakhir. Proteomik berkaitan dengan studi semua protein yang diekspresikan dalam sel pada
waktu tertentu. Genomik berfokus pada studi tentang set lengkap instruksi genetik dalam suatu
organisme. Sementara genom memegang instruksi untuk membuat protein, itu adalah protein
yang menjalankan sebagian besar fungsi dalam sistem kehidupan. Namun, dibandingkan dengan
puluhan ribu protein yang dikodekan oleh genom, kita tahu struktur dan fungsi hanya persentase
protein yang relatif kecil di proteom. Untuk alasan ini, bidang proteomik telah pindah ke tingkat

63
yang baru penting sejak selesainya pengurutan genom manusia. Banyak perkembangan potensial
dalam perawatan kesehatan dan obat-obatan sekarang bergantung pada identifikasi segudang
protein yang diekspresikan pada waktu tertentu dalam sel, bersama dengan penjelasan struktur
dan fungsi biokimia mereka. Alat-alat baru untuk diagnosis medis dan target untuk desain obat
pasti akan muncul pada tingkat yang meningkat sebagai bidang kemajuan proteomik.
Salah satu tantangan mendasar dalam proteomik hanyalah pemisahan semua protein yang
ada dalam ekstrak sel. Tantangan berikutnya adalah identifikasi protein-protein yang telah
dipisahkan. Pemisahan protein dalam ekstrak sel secara klasik telah dilakukan menggunakan
elektroforesis gel poliakrilamida dua dimensi (2D PAGE). Dalam 2D PAGE, campuran protein
yang diekstrak dari suatu organisme dipisahkan dalam satu dimensi gel oleh titik isoelektrik
(teknik yang disebut pemfokusan isoelektrik) dan dalam dimensi kedua dengan berat molekul.
Hasilnya adalah satu set titik di bidang gel dua dimensi yang mewakili lokasi protein yang
terpisah. Bintik-bintik protein pada gel kemudian dapat diekstraksi dan dianalisis dengan
spektrometri massa atau metode lain, baik sebagai protein utuh atau sebagai dicerna enzimatik.
Perbandingan hasil dari spektrometri massa dengan database spektrometri massa protein
memungkinkan identifikasi banyak protein yang dipisahkan oleh gel.
Ada batasan untuk pemisahan protein oleh PAGE 2D, namun. Tidak semua protein setuju
dengan PAGE 2D karena ukuran, muatan, atau properti tertentu. Selanjutnya, lebih dari satu
protein dapat bermigrasi ke lokasi yang sama jika titik isoelektrik dan berat molekulnya serupa.
Akhirnya, 2D PAGE memiliki batas deteksi yang dapat meninggalkan beberapa protein dengan
konsentrasi rendah tanpa terdeteksi.
Perbaikan atas 2D PAGE melibatkan HPLC mikrokapiler dua dimensi yang digabungkan
dengan spektrometri massa (lihat Gambar 24.24). Dalam teknik ini, disebut MudPIT (teknologi
identifikasi protein multidimensi, yang dikembangkan oleh John Yates dan rekan kerja di
Scripps Research Institute), kolom HPLC mikrokapiler digunakan yang telah dikemas pertama
dengan resin kation-pertukaran yang kuat dan kemudian fase terbalik (hidrofobik) material.
Kedua bahan pengepakan yang digunakan secara berurutan dan dengan sifat penyelesaian yang
berbeda mewakili aspek dua dimensi dari teknik ini. Campuran peptida diperkenalkan ke kolom
mikrokapiler dan dielusi dengan pH dan gradien pelarut melalui urutan langkah-langkah
otomatis. Ketika peptida yang terpisah dielusi dari kolom, mereka melewati langsung ke
spektrometer massa. Data spektrometri massa yang diperoleh untuk setiap protein menunjukkan

64
tanda tangan yang memungkinkan identifikasi protein dengan perbandingan dengan database
spektrometri massa protein. Teknik 2D HPLC ini digabungkan dengan spektrometri massa
secara inheren lebih sensitif dan umum daripada PAGE 2D. Salah satu contoh penggunaannya
yang kuat adalah identifikasi oleh Andrea dan rekan kerja dari hampir 1500 protein dari
Saccharomyces cerevisiae (baker ragi) proteome dalam satu analisis terintegrasi.
Di luar identifikasi protein, pengukuran kuantitatif dari jumlah berbagai protein yang
diungkapkan juga penting dalam proteomik. Berbagai kondisi penyakit atau kondisi lingkungan
yang dialami sel dapat mempengaruhi jumlah beberapa protein yang diekspresikan. Pelacakan
kuantitatif dari perubahan ini sebagai fungsi dari keadaan sel bisa relevan untuk studi penyakit
dan pengembangan terapi. Teknik yang menggunakan reagen yang disebut tag afinitas berkode
isotop (ICAT, dikembangkan di University of Washington) memungkinkan analisis kuantitatif
dan identifikasi komponen dalam campuran protein kompleks. Analisis ICAT melibatkan
perbandingan spektrometri massa segmen protein berlabel isotop dan berlabel tanpa label yang
telah diisolasi oleh kromatografi afinitas dan dimurnikan oleh HPLC mikrokapiler.
Bagan dengan tangan dengan identifikasi dan kuantifikasi protein tetap kebutuhan untuk
menentukan struktur protein tiga dimensi penuh. Meskipun ribuan protein dikodekan dalam
genom, hanya segelintir protein saja yang telah dipelajari secara mendalam dalam hal struktur
dan fungsi terperinci. Penentuan struktur penuh karena itu akan terus menjadi pusat ke bidang
proteomik. X-Ray crystallography, NMR, dan spektrometri massa adalah alat kunci yang akan
diterapkan lebih kencang saat pencarian mengintensifkan untuk menjelaskan banyak struktur
dalam proteom mungkin.

65
66
67
 BAB III
PENUTUP

2.4 Kesimpulan

Peptida dan protein adalah polimer dari asam amino yang dihubungkan bersama oleh
ikatan peptida (amida). Sebuah dipeptida mengandung dua residu asam amino, tripeptide
mengandung tiga, oligopeptide mengandung tiga hingga 10, dan polipeptida mengandung
banyak residu asam amino. Protein memiliki 40 hingga 4000 residu asam amino. Asam amino
hanya berbeda dalam substituen yang melekat pada Sebagian besar asam amino yang ditemukan
di alam memiliki konfigurasi L. Kelompok karboksil dari asam amino memiliki nilai dan gugus
amino terprotonasi memiliki nilai-nilai Pada pH fisiologis, asam amino ada sebagai zwitterion.
Beberapa asam amino memiliki rantai samping dengan hidrogen yang dapat terionisasi. Titik
isoelektrik (pI) dari asam amino adalah pH di mana asam amino tidak memiliki muatan bersih.
Campuran asam amino dapat dipisahkan berdasarkan pI mereka dengan elektroforesis atau
berdasarkan polaritas mereka dengan kromatografi kertas atau kromatografi lapis tipis.
Pemisahan preparatif dapat dicapai dengan menggunakan kromatografi pertukaran ion
menggunakan resin pertukaran kation. Penganalisis asam amino adalah instrumen yang
mengotomatisasi kromatografi penukar ion. Campuran rasemat asam amino dapat dipisahkan
oleh resolusi kinetik.

Ikatan amida yang menghubungkan residu asam amino disebut ikatan peptida.Ikatan
peptida memiliki sekitar 40% karakter doublebond.Dua residu sistein dapat dioksidasi menjadi
jembatan disulfida. Disulfide bridges adalah satu-satunya ikatan kovalen yang dapat terbentuk di
antara asam amino yang tidak berdekatan. Dengan konvensi, peptida dan protein ditulis dengan
gugus amino bebas (N-terminal asam amino) di sebelah kiri dan kelompok karboksil bebas
(asam amino C-terminal) di sebelah kanan.

Untuk mensintesis ikatan peptida, gugus amino dari asam amino pertama harus
dilindungi (oleh t-BOC) dan kelompok karboksilnya diaktifkan (dengan DCC).Asam amino
kedua ditambahkan untuk membentuk dipeptida. Asam amino dapat ditambahkan ke ujung C-
terminal yang tumbuh dengan mengulangi dua langkah berikut: mengaktifkan gugus karboksil
dari asam amino C-terminal dengan DCC dan menambahkan asam amino baru. Sintesis peptida
solidphase otomatis memungkinkan peptida dibuat lebih cepat dan dalam hasil yang lebih
tinggi.Struktur utama protein adalah urutan asam amino dan lokasi dari semua jembatan
disulfida.Asam amino N-terminal dari peptida atau protein dapat ditentukan dengan reagen
Edman.Asam amino C-terminal dapat diidentifikasi dengan carboxypeptidase.Hidrolisis parsial
hanya menghidrolisis beberapa ikatan peptida.Sebuah exopeptidasecatalyzes hidrolisis ikatan
peptida di ujung rantai peptida.Endopeptidasecatal mempercepat hidrolisis ikatan peptida yang
tidak berada di ujung rantai peptida.Struktur sekunder dari sebuah protein menggambarkan
bagaimana segmen lokal dari tulang punggung protein melipat. Lipatan protein untuk

68
memaksimalkan jumlah interaksi penstabil: ikatan kovalen, ikatan hidrogen, atraksi elektrostatik
(tarik di antara muatan berlawanan), dan interaksi hidrofobik (interaksi antara kelompok
nonpolar). Suatu konformasi ko dan koil adalah tipe struktur sekunder. Struktur tersier suatu
protein adalah susunan tiga dimensi dari semua atom dalam protein. Protein dengan lebih dari
satu rantai peptida disebut oligomer. Rantai individu disebut subunit. Struktur kuaterner dari
sebuah protein menggambarkan cara subunit diatur dengan memperhatikan satu sama lain di
ruang angkasa.

69
 DAFTAR PUSTAKA

Bruice. P.Y., Organic Chemistry Fourth Edition.

Johnson, A.W., 1999. Invitation Organic Chemistry, Jones And Bartlett Publishers : United
States.

McMurry J. 2008. Organic Chefv1istry. Thomson Higher Education : USA.

Peter, K. Volhard C. Neil. E., 1998. Third Edition Organic Chemistry Structure and Function.
W. H Freeman and Company : United States of America.

Bruice, P.Y., Organic Chemistry, Fourth Edition.

Denniston, Topping and Caret., 2007. General, Organic and Biochemistry. New York: The
McGraw Hill Companies.

McMurry, John., 2008. Organic Chemistry, Seventh Edition. USA: Thomson Higher Education.

Peter, K. Volhard C. Neil. E., 1998. Organic Chemistry Structure and Function, Third Edition.
United States of America: W.H Freeman and Company.

Solomons, Graham dan Craig., 2011. Organic Chemistry, Tenth Edition. United States: John
Wiley & Sons, Inc.

70