17/06/2019

PENGANTAR BIOTEKNOLOGI

APLIKASI SEKUENSING

Annisa 2019

Aplikasi sekuensing untuk bidang kesehatan

adalah sebagai berikut :
• Diagnosis penyakit yang lebih baik
Identifikasi gen penyakit akan mengarah pada diagnosis yang
lebih akurat.

Contoh adalah melakukan perbandingan genom antara individu yang

sehat dengan
Sickle sel anemia.

Annisa 2019

Individu sehat
>gi|28302128|ref|NM_000518.4| Homo sapiens hemoglobin, beta (HBB), mRNA
ACATTTGCTTCTGACACAACTGTGTTCACTAGCAACCTCAAACAGACACCATGGTGCATCTGACCCTGAGGAG
AAGTCTGCCGTTACTGCCCTGTGGGGCAAGGTGAACGTGGATGAAGTTGGTGGTGAGGCCCTGGGCAGGCTGC
TGGTGGTCTACCCTTGGACCCAGAGGTTCTTTGAGTCCTTTGGGGATCTGTCCACTCCTGATGCTGTTATGGG
CAACCCTAAGGTGAAGGCTCATGGCAAGAAAGTGCTCGGTGCCTTTAGTGATGGCCTGGCTCACCTGGACAAC
CTCAAGGGCACCTTTGCCACACTGAGTGAGCTGCACTGTGACAAGCTGCACGTGGATCCTGAGAACTTCAGGC
TCCTGGGCAACGTGCTGGTCTGTGTGCTGGCCCATCACTTTGGCAAAGAATTCACCCCACCAGTGCAGGCTGC
CTATCAGAAAGTGGTGGCTGGTGTGGCTAATGCCCTGGCCCACAAGTATCACTAAGCTCGCTTTCTTGCTGTC
CAATTTCTATTAAAGGTTCCTTTGTTCCCTAAGTCCAACTACTAAACTGGGGGATATTATGAAGGGCCTTGAG
CATCTGGATTCTGCCTAATAAAAAACATTTATTTTCATTGC

Individu dengan penyakit Sickle cell anemia

>gi|28302128|ref|NM_000518.4| Homo sapiens hemoglobin, beta (HBB), mRNA
ACATTTGCTTCTGACACAACTGTGTTCACTAGCAACCTCAAACAGACACCATGGTGCATCTGACT
CCTGAGGTGAAGTCTGCCGTTACTGCCCTGTGGGGCAAGGTGAACGTGGATGAAGTTGGTGGTGA
GGCCCTGGGCAGGCTGCTGGTGGTCTACCCTTGGACCCAGAGGTTCTTTGAGTCCTTTGGGGATCT
GTCCACTCCTGATGCTGTTATGGGCAACCCTAAGGTGAAGGCTCATGGCAAGAAAGTGCTCGGTGC
CTTTAGTGATGGCCTGGCTCACCTGGACAACCTCAAGGGCACCTTTGCCACACTGAGTGAGCTGC
ACTGTGACAAGCTGCACGTGGATCCTGAGAACTTCAGGCTCCTGGGCAACGTGCTGGTCTGTGTG
CTGGCCCATCACTTTGGCAAAGAATTCACCCCACCAGTGCAGGCTGCCTATCAGAAAGTGGTGGC
TGGTGTGGCTAATGCCCTGGCCCACAAGTATCACTAAGCTCGCTTTCTTGCTGTCCAATTTCTAT
TAAAGGTTCCTTTGTTCCCTAAGTCCAACTACTAAACTGGGGGATATTATGAAGGGCCTTGAGCA
TCTGGATTCTGCCTAATAAAAAACATTTATTTTCATTGC Annisa 2019

1
 17/06/2019

Individu sehat
>gi|4504349|ref|NP_000509.1| beta globin [Homo sapiens]
MVHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKVKAHG
KKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGKEFTPPVQAA
YQKVVAGVANALAHKYH

Individu dengan penyakit Sickle cell anemia

>gi|4504349|ref|NP_000509.1| beta globin [Homo sapiens]

MVHLTPVEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKVKAH
GKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGKEFTPPVQA
YQKVVAGVANALAHKYH

Annisa 2019

• Deteksi dini kecenderungan genetik terhadap penyakit

Membantu penilaian risiko penyakit tertentu, misalnya : kanker,
diabetes tipe II, dan penyakit jantung.

• Desain obat
Obat yang dirancang untuk menargetkan produk gen spesifik yang
menyebabkan penyakit.

• Terapi gen dan sistem kontrol untuk obat-obatan

• Farmakogenomik "obat khusus"

Annisa 2019

• Terapi gen
1990 Penggunaan terapi gen pertama
•Anak perempuan berumur 4 tahun ekspresi Adenosine Deaminase (ADA)
tidak tahan infeksi (mutasi).
•Severe Combined Immunodeficiency
• Penerima terapi gen yang pertama

Dari kiri : French Anderson, MD; Michael Blaese, MD; dan

Kenneth Culver. Bawah : Ashanthi DeSilva dan Cindy Kisik

http://primaryimmune.org/first-gene-therapy-patients-attend-conference/
Annisa 2019

2
 17/06/2019

Aplikasi sekuensing untuk bidang lain adalah sebagai berikut :

Bioarkeologi, antropologi, evolusi, and migration

 Mempelajari evolusi melalui mutasi mikroorganisme.

 Mempelajari migrasi berbagai kelompok populasi berdasarkan

pewarisan genetik secara maternal.

 Mempelajari mutasi pada kromosom Y untuk melacak garis

keturunan dan migrasi secara paternal.

 Membandingkan breakpoints dalam evolusi mutasi dengan usia

populasi dan peristiwa sejarah.

Annisa 2019

Forensik DNA (identifikasi)

 Identifikasi calon tersangka yang DNA-nya mungkin cocok

dengan bukti yang tertinggal di TKP.
 Orang yang dibebaskan karena kesalahan tuduhan sebagai
pelaku kejahatan.
 Identifikasi korban kejahatan dan bencana.
 Membangun hubungan ayah dan keluarga lainnya.
 Identifikasi spesies langka dan dilindungi sebagai bantuan
kepada petugas satwa liar (dapat digunakan untuk menuntut
para pemburu gelap, pemeriksaan bea cukai dan karantina).
 Mendeteksi bakteri dan organisme lain yang dapat
mencemari udara, air, tanah, dan makanan.
 Tentukan silsilah untuk bibit atau bibit ternak.

Annisa 2019

Pertanian, peternakan, dan bioproses

 Tanaman yang tahan penyakit, serangga, dan kekeringan.

 Hewan ternak yang lebih sehat, lebih produktif, dan tahan
penyakit.
 Produk yang lebih bergizi.
 Biopestisida.
 Vaksin yang dapat dimakan dimasukkan ke dalam produk
makanan.
 Penggunaan tanaman sebagai pembersih lingkungan
seperti tembakau.

Annisa 2019

3
 17/06/2019

Penanda molekuler (genetik)

Adalah fragmen DNA yang terhubung dengan posisi tertentu
pada genom.

Digunakan dalam biologi molekuler dan bioteknologi untuk

mengidentifikasi sekuen DNA spesifik dalam gene pool.

Annisa 2019

TERMASUK:

Senyawa biokimia : metabolit sekunder pada tanaman/tumbuhan

Terbatas pada tanaman/tumbuhan yang menghasilkan produk

sekunder yang mudah dianalisa,Sehingga dapat membedakan
antar varietas/spesies

Makro molekul : protein dan DNA

Annisa 2019

Penanda molekuler DNA

Berdasarkan pada : polimorfisme genetik

Pertama kali digunakan dalam DNA- fingerprinting oleh

Alec Jeffrey (1985) untuk mendekripsikan fragmen DNA
menyerupai barcode setelah pemisahan fragmen DNA genom
melalui elektroforesis.

Annisa 2019

4
 17/06/2019

Penanda DNA yang diinginkan :

Memiliki polimorfime yang tinggi

Diturunkan secara kodominan (menentukan homozigot dan

heterozigot dari organisme diploid)

Terdistribusipada genom

Seleksi natural

Mudah untuk diperoleh

Pemeriksaan yang cepat dan mudah

Mudah diproduksi

Mudah untuk dipertukarkan antar laboratorium Annisa 2019

Klasifikasi penanda DNA

Berdasarkan hibridisasi : menggunakan enzim restriksi

sebagai probe :RFLP

Berdasarkan PCR : menggunakan amplifikasi in vitro

dari suatu sekuen DNA atau lokus, primer,
dan enzim DNA polimerase thermostable

Annisa 2019

Macam-macam penanda DNA

RFLP-PCR
(Restriction fragment length polymorphism-PCR)
Diwariskan berdasarkan Mendel, penanda kodominan

Terjadi karena proses evolusi : mutasi titik didalam sekuen pengenal

enzim rektriksi

Disebabkan oleh insersi, delesi dan pindah silang yang tidak sempurna

Annisa 2019

5
 17/06/2019

• Primer PCR didesain berdasarkan atas urutan DNA yang telah

diketahui sebelumnya.

• Primer PCR didesain mengapit gen yang akan dituju.

• Hasil PCR kemudian dipotong dengan menggunakan enzim

restriksi.

• Perbedaan pola hasil enzim restriksi menunjukkan polimorfisme

dan adanya mutasi.

Annisa 2019

Lanjutan RFLP........
Catatan : Berasal dari spesies berbeda
5’ EcoRI EcoRI 3’
CHR 1: NNNG|AATTCNNN-------NNNG|AATTCNNN
NNNCTTAA|GNNN-------NNNCTTAA|GNNN
3’ 5’

5’ EcoRI EcoRI 3’

X
CHR 1: NNNTAATTCNNN-------------------NNNGAATTTNNN
NNNATAAGNNN-------------------NNNCTTAAANNN
3’
X
5’

Annisa 2019

Lanjutan RFLP........

Alel A
Alel a

Alel A’

DNA genom di potong dengan enzim restriksi EcoRI,

kemudian di elektroforesis.

Polimorfisme : fragmen DNA dengan panjang

berbeda memiliki pola migrasi berbeda dalam gel
Annisa 2019

6
 17/06/2019

SSR (simple sequence repeat) atau mikrosatelit

Urutan DNA terdiri dari urutan berulang mono,di-,tri-,tetra-, atau
penta- unit nukleotida yang terdapat pada genom dan letaknya
tersebar disepanjang genom

Penanda menggunakan PCR

primer
ACTTTGTTTTTTGCATATCGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT
GTTTTAATGGAAACAGAGAGCATTTTATAAATCACATATTA
primer

Annisa 2019

SNP (Single Nucleotide Polymorphism)

Penanda berdasarkan pada perbedaan satu basa yang terdapat
berbagai individu dalam populasi.

Dibedakan berdasarkan substitusi nukleotidanya:

Transisi : C/T atau G/A

Transversi : C/G, A/T, C/A, atau T/G

Dalam prakteknya : variasi satu basa pada mRNA (cDNA)

merupakan SNP

Annisa 2019

Lanjutan SNP.........

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp
Polimorfisme pada SNP

Individu 1
Individu 2
Individu 3
Individu 4
Individu 5
Individu 6
Individu 7
Individu 8
Individu 9
Individu 10
Individu 11
Individu 12

7
 17/06/2019

PENANDA MOLEKULER LAIN

• AFLP (AMPLIFIED FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISM)
• CAPS (CLEAVED AMPLIFIED POLYMORPHIC SITE)
• DART (DIVERSITY ARRAYS TECHNOLOGY)
• ITS (INTERNAL TRANSCRIBED SPACER)
• 16SRNA (DIGUNAKAN UNTUK PROKARIOT)
• GEN TERLETAK PADA KROSOMOM SEX (MOLECULAR
SEXING)
• CONTOH : GEN SRY DAN AMELY KROMOSOM , PLP1
PADA KROMOSOM X

Annisa 2019

Aplikasi
Kekerabatan

Identitas

Annisa et al., 2013

8
 17/06/2019

MOLECULAR SEXING (KONSERVASI

BIOLOGI)

♀ ♂ + -

Annisa 2019