Geomol Jmol Untuk PKB Rukim Madrasah v.20211004

1
Geometri Molekul–Jmol–Geomol
Daftar Tutorial
Bagian I Langkah-langkah Menginstall dan Menjalankan Jmol
A. Persiapan Menginstall Jmol
B. Membuka Jmol
Bagian II Tutorial Dasar Jmol untuk Pengajaran Geometri Molekul

A. Memvisualkan molekul dari file yang tersedia
B. Menampilkan label atom (simbol unsur)
C. Memvisualkan pasangan elektron bebas bila ada
D. Memvisualkan bentuk molekul
E. Memvisualkan panjang ikatan antara dua atom yang terhubung
F. Memvisualkan sudut ikatan antara 3 atom yang terhubung
G. Mengunduh file molekul/ion dari internet
Bagian III Menggambar Garis dan Bidang pada Molekul di Jmol

A. Menggambar garis penghubung dua atom dalam molekul
B. Menggambar bidang sisi suatu molekul.
Bagian IV Menjalankan Aplikasi Web Geomol secara Offline

A. Menjalankan Z-Wamp Server
B. Menjalankan Aplikasi GeoMol
Sekilas Info
Jmol merupakan aplikasi penampil (visual) 3D untuk molekul atau ion dengan kemampuan
interaktif dan bersifat portabel.
JSmol adalah ekstensi dari applet visualisasi molekul berbasis Java Jmol sebagai aplikasi web
khusus JavaScript dan HTML5.
ZwampServer merupakan aplikasi server yang berjalan di komputer tidak harus terhubung
dengan internet. Di sini Zwamp berperan sebagai “pelayan” JSmol yang berbasis web. Bersifat
portabel, tidak perlu di-install, cukup diunduh, diekstrak, dan dijalankan. saja.
GeoMol merupakan contoh aplikasi berbasis web untuk pengajaran geometri molekul di kelas
yang dibuat berbasis JSmol.
Mengapa Jmol perlu dipelajari?

Jmol dapat menjadi dasar pembuatan Augmented Reality (AR). AR kini berkembang pesat, dapat
dijadikan media pembelajaran kimia yang umumnya bersifat abstrak. Untuk pemvisualan molekul
mulai yang sederhana hingga tingkat kompleks dapat dilakukan. Jmol sendiri dapat memvisualkan
berbagai data eksperimen sehingga lebih mudah dipahami pembaca. Selain itu Jmol juga dapat
memodelkan interaksi intermolekul dan antarmolekul serta dapat memvisualkan mekanisme
reaksi-reaksi kimia.
TUTORIAL JMOL UNTUK PENGAJARAN GEOMETERI MOLEKUL WWW.URIP.INFO

2
BAGIAN I
LANGKAH-LANGKAH MENG-INSTALL DAN MENJALANKAN JMOL
A. Persiapan Menginstall Jmol

1. Memeriksa jenis CPU komputer Windows yang akan dipasang Jmol:
a. Tekan tombol di keyboard untuk membuka Explorer.
b. Di sisi kiri Explorer, klik kanan This PC. Pilih Properties maka properti system windows
akan terbuka.
c. Dalam windows System Properties, perhatikan System type, terdapat info jenis
operating system dan tipe pocessor. Sebagai contoh ditampilkan tipe sistem 64-bit, unt-
uk tipe 32-bit letak info kurang lebih sama.
Ini perlu diketahui untuk menyesuaikan aplikasi yang akan di-install, apakah tipe 32-bit
atau 64-bit. Aplikasi harus sesuai dengan tipe sistem windows.

3
Tampilan model lain:
Catat atau ingat tipe windows di komputer yang digunakan ini kemudian tutup layar
tadi.
Sebelum ke langkah berikutnya sebaiknya dilakukan pemeriksaan aplikasi yang dibutuhkan

sudah ada atau belum.
• Memeriksa apakah dalam komputer Windows yang digunakan sudah terinstall

7-Zip atau WinRar atau WinZip.
Bila salah satu sudah ada tidak perlu lagi mendownload/menginstall 7Zip1900.exe.
• Memeriksa apakah dalam komputer Windows yang digunakan sudah terinstall Java 8
Update xxx (xxbit).
Bila sudah ada tidak perlu lagi mendownload/menginstall file jre-8u291-windows xx-bit.

4
Untuk memeriksa keduanya silakan ikuti seperti dalam gambar berikut:
Pada tutorial ini dianggap aplikasi yang diperlukan belum di-install.
2. Mengunduh aplikasi yang sesuai dengan tipe sistem operasi

Klik tautan berikut https://s.id/Bk1oP https://rb.gy/l8n1co http://gg.gg/uzi2a
https://drive.google.com/drive/folders/1p2y2BQgWFnjNrXQt_7G4DOHlmKps-qyA?usp=sharing
Untuk tipe Windows 32-Bit klik ganda folder Aplikasi Berbasis Windows 32-Bit. Dalam
tutorial ini dicontohkan untuk tipe Windows 64-bit, jadi di sini sila klik folder Aplikasi
Berbasis Windows 64-Bit.

5
Folder Aplikasi Berbasis Windows 64-Bit:
# Unduh file 7z1900-x64.exe:

Klik kanan file 7z1900-64.exe > Download.
Bila muncul pesan seperti berikut pilih TETAP DOWNLOAD.
Biasanya file-file hasil unduh/download masuk dalam folder Download di

komputer, tetapi ini tergantung pengaturan pengguna. Sila perhatikan
saat mengunduh file di mana file akan disimpan.
File 7z1900.exe ini dapat berjalan untuk tipe windows 32-bit maupun 64-
bit.

6
# Unduh file jre-8u291:

Dicontohkan untuk aplikasi 64-bit, untuk aplikasi 32-bit sila menyesuaikan.
Untuk tipe windows 64 bit, klik ganda folder Aplikasi Berbasis Windows 64-Bit.
Unduh file jre-8u291-windows-x64bit.exe

7
# Unduh file ZWamp-64Bit_Geomol_Jmol.zip

8
3. Meng-install 7-zip
Untuk meng-install 7-zip, klik ganda file 7z1900-x64.exe hasil unduhan. Untuk 32 bit sila
menyesuaikan.
Penginstalan 7-zip selesai.

9
4. Meng-install Java Run Time Enviromental (JRE)

Dicontohkan untuk aplikasi 64-bit, untuk aplikasi 32-bit sila menyesuaikan caranya sama.
Klik ganda file jre-8u291-windows-x64.exe hasil unduhan
Klik tombol Yes.
Klik tombol Install dan tunggu hingga proses selesai.
Klik tombol Close dan penginstalan Java Runtime Enviromental selesai.
Catatan : Bila nanti Jmol tidak mau berjalan dengan JRE 64-bit, kemungkinan dalam
windows sudah di-install versi lain sehingga terjadi konflik, sila uninstall versi lain melalui
Control Panel > Program & Features > pilih salah satu Java 8... klik kanan unsintall.

10
B. Membuka Aplikasi Jmol

1. Mengekstrak file ZWamp-64Bit_Geomol_Jmol.zip
Untuk file ZWamp-32Bit_Geomol_Jmol.zip dapat dilakukan dengan prosedur yang sama.
Dalam Windows Explorer cari file ZWamp-64Bit_Geomol_Jmol.zip atau ZWamp-

32Bit_Geomol_Jmol.zip, hasil unduhan.
Dicontohkan akan mengekstrak ZWamp-64Bit_Geomol_Jmol.zip
Lakukan seperti pada gambar.
Hasil ekstrakan berupa folder akan seletak dengan file zip dengan nama yang sama.
Isi folder Zwamp-64Bit_Geomol_Jmol hasil ekstrakan:

11
2. Klik ganda folder vdrive yang ditunjukkan dalam langkah sebelumnya, kemudian klik ganda
folder web, klik ganda folder JMOL
3. Menjalankan aplikasi Jmol dari folder JMOL

Buka folder JMOL dan isinya akan seperti berikut.

12
Perhatikan file Jmol (huruf J kapital) dengan ukuran file sebesar 10.445 KB.
Pastikan ikon Jmol harus persis seperti gambar di atas (gambar cangkir ikon khas Java).
Klik ganda file Jmol dengan ikon “cangkir Java” dan berukuran 10.445 KB.
Bila semua berjalan normal maka tampilannya akan seperti berikut:
Sampai di tahap ini berarti Jmol sudah dapat digunakan. Ikuti kelanjutan pada tutorial Bagian II.
Harap diperhatikan...!
• Bila ikon Jmol tidak berupa “cangkir Java”, tidak seperti ini , tetapi berupa
ikon WinRar ( ) atau WinZip sila klik kanan ikon Jmol, klik Open with... dan
klik sekali Java(TM) Platform SE binary, dan beri tanda ceklist Always use this app to
open .jar files seperti gambar berikut dan klik OK.
Ini hanya dilakukan sekali untuk pertama kali membuka file Jmol.jar.

13
• Bagaimana jika setelah klik kanan ikon Jmol ternyata tidak tersedia opsi
?
Kalau sebelumnya memang sudah di-install Java
Runtime Enviromental,
klik kanan ikon Jmol, klik Open with..., kemudian beri
tanda ceklist Always use this app to open .jar files
lebih dahulu, di bagian Other option klik More apps ↓ Kemudian scroll ke bawah slider
dan cari tulisan Java (TM) Platform Se Binary. Klik sekali Java(TM) Platform SE binary,
dan beri tanda ceklist Always use this app to open .jar files dan klik OK.
• Bila dalam daftar masih juga belum ketemu ikon

Java(TM) Paltform Se binary seperti
klik Look or another app on this PC (tulisan warna biru)

maka akan muncul Explorer.
Cari folder Program Files dan klik ganda folder
tersebut.
Cari folder Java dan klik ganda folder tersebut.
Klik ganda folder jre1.8.0_291

Klik ganda folder bin
Klik file java seperti yang ditunjuk tanda
panah biru pada gambar di atas ini, kemudian
klik Open. Seharusnya file Jmol sekarang sudah berubah dengan ikon Cangkir Java.

14
4. Membuat Shortcut Jmol di Desktop

Untuk memudahkan akses Jmol, sebaiknya dibuat shortcut di desktop Windows.
Caranya klik kanan file Jmol (berukuran 10.445 KB), pilih Send to > Desktop (create
shortcut).
Di desktop komputer akan muncul shortcut

Jmol.
Untuk membuka Jmol sila klik ganda

shortcut tersebut.
Ini cukup sekali dilakukan untuk pertama

kali. Jadi nanti bila hendak membuka Jmol
tinggal klik ganda shortcut Jmol yang ada di
desktop windows.
–-AKHIR TUTORIAL BAGIAN I–-

15
BAGIAN II
TUTORIAL DASAR JMOL UNTUK PENGAJARAN GEOMETRI MOLEKUL
C. Memvisualkan pasangan elektron bebas bila ada
G. Mengunduh file molekul/ion dari internet
Fokus tutorial Jmol di sini menggunakan Console. Sementara penggunaan Menu dan Tools
melalui antar muka (GUI), dapat dicoba langsung karena perintahnya tinggal klik saja. Banyak
kemampuan Jmol yang memang tidak disediakan melalui menu Jmol, namun hanya dapat
dilakukan melalui Console. Bila ingin membaca panduan lengkapnya dalam Bahasa Inggris sila
klik tautan berikut. Panduan lengkap penggunaan Jmol dapat diakses dari sini.
Dengan memahami Console pengguna diharapkan dapat menggunakan dan mengembangkan

aplikasi web berbasis JSmol untuk membuat aplikasi sesuai kebutuhan pengajaran.
Catatan: Setiap mengeksekusi perintah dalam Console selalu tekan di papan ketik
(keyboard).

16
Langkah-langkah memvisualkan molekul 3D

Dicontohkan memvisualkan molekul XeO2F2 (ada dalam folder hasil ekstrakan Lat-Jmol).
1. Buka Aplikasi Jmol dengan klik ganda Shortcut Jmol di desktop yang sudah dibuat
sebelumnya di BAGIAN I poin B nomor 4 (halaman 9 akhir).
Tampilan akan seperti berikut.

17
2. Dicontohkan dibuka file XeO2F2.mol.

Klik toolbar Open a file, klik ganda Folder Lat-Jmol, klik ganda file XeO2F2.mol atau sekali
klik dan klik tombol tombol Open.
Visual yang diperoleh seperti gambar berikut.

18
3. Ubah warna latar Jmol dari hitam menjadi putih, bila ingin mengubahnya.
Klik toolbar Rotate molecule ( ) untuk keluar dari modelKitMode. Posisi tolbar tersebut
tepat berada di bawah menu Plugins.
Klik kanan area kerja Jmol (latar hitam), arahkan pointer ke Color > Background > klik
White.
Hasil seperti gambar berikut.

19
1. Klik menu Display > Label > klik Symbol (mungkin tidak terlalu tampak simbolnya saat ini,
karena memang warnanya belum kontras)
2. Klik menu Display > Label > klik Centered mungkin tidak terlalu tampak simbolnya saat ini,
karena memang warnanya belum kontras)

20
3. Mengubah warna label

Klik kanan area kerja Jmol, pilih Color > Labels > klik Black.
Hasilnya seperti berikut.

21
4. Mengubah ukuran font label melalui Console (hanya bisa via Console)
Klik menu File > Console...
Jendela Console terbuka seperti berikut.
Ketik perintah:
$ font label 20 (ubah ukuran font label menjadi 20 piksel)
Tanda $ selalu muncul setelah perintah dieksekusi jadi tidak perlu diketik secara manual.
Setiap memberi (eksekusi) perintah di Console jangan lupa selalu tekan di keyboard
komputer.

22
Ukuran font menjadi lebih besar dengan ukuran 20 piksel.
5. Bila diperlukan label dapat disembunyikan atau menampilkan kembali label yang pernah
dibuat, ketik perintah di Console:
$ label hide; (label yang pernah dibuat disembunyikan)
$ label display; (label yang pernah dibuat ditampilkan kembali)
C. Memvisualkan pasangan elektron bebas (PEB) bila ada

Catatan: Untuk menampilkan PEB (berupa “awan elektron dan 2 tanda titik”) secara benar
perlu dipahami lebih dahulu jenis hibridisasi orbital atom pusat molekul yang akan ditampilkan.
Jenis orbital hibrida ini tidak secara otomatis ditampilkan oleh Jmol. Jadi ini tergantung
pengetahuan pengguna.
Untuk memastikan nomor indeks setiap atom dapat dilihat dengan meletakkan pointer tepat di
atas atom-atom. Dicontohkan untuk melihat nomor indeks atom pusat Xe. Indeks ini nanti
dijadikan pedoman dalam peletakan PEB secara benar.

23
Ketik perintah di Console:

$ select @1; (menyeleksi atom pusat Xe dengan # indeks 1)
$ lcaocartoon scale 1.2 color translucent white create “sp3de”;
(menampilkan cuping dari PEB pada atom pusat Xe dengan warna putih transparan dan skala
1,2 di posisi ekuator bipiramida segitiga. Untuk orbital hibrida lain sesuaikan saja, misalnya
sp3d2 ditambah huruf a, b, c, d, e, f, untuk sp3 ditambah a, b, c, d, untuk sp2 ditambah a, b, c,
untuk sp ditambah a dan b, untuk orbital p ditambah x, y, z).
Huruf a-f atau x, y, z itu digunakan untuk menandai pada orbital hibrida mana yang akan
dimunculkan cuping PEB.
$ lcaocartoon scale 0.25 color translucent white create “-sp3de”;
(menampilkan cuping orbital hibrida atom pusat Xe dengan warna putih transparan di posisi
orbital sp3d yang kelima dengan posisi berlawanan dengan sp3d kelima di posisi ekuator
bipiramida segitiga)
Hasil seharusnya seperti gambar berikut.
$ lcaocartoon off/on; atau $ lcaocartoon hide/display;

(menyembunyikan/menampilkan kembali awan elektron yang pernah dibuat). Ini tidak perlu
dilakukan kalau memang tidak ada keperluan namun boleh dipraktikkan.

24
$ lcaocartoon lonepair scale 1.5 color red create "sp3de";

(menampilkan PEB berupa dua tanda titik ganda berwarna merah dengan skala 1,5)
Hasil seperti gambar berikut.
$ lcaocartoon lonepair off/on; atau $ lcaocartoon lonepair hide/display;

(menyembunyikan/menampilkan kembali PEB yang pernah dibuat).
Ini tidak perlu dilakukan kalau memang tidak ada keperluan namun boleh dipraktikkan.
Catatan: Sebaiknya lakukan seleksi (select) atom pusat lebih dahulu sebelum memberikan
perintah lcaocartoon. Kecuali bila atom pusat berindeks #1 seperti dalam contoh.

Bentuk molekul dapat dengan mudah ditampilkan oleh Jmol bila terdiri dari bidang-bidang.
Bentuk T, bengkok, linier tidak diditampilkan secara khusus.
Khusus untuk molekul bernotasi AX3E (bentuk piramida segitiga) perlu dibuat secara manual
dengan memanfaatkan perintah draw polygon dan draw line (ini akan dibahas di Bagian
III).
Memvisualkan bentuk molekul hanya dapat dilakukan melalui Console Jmol.
Pertama perlu memastikan nomor indeks atom pusat molekul lebih dahulu, kemudian gunakan
perintah select indeks atom pusat. Bila atom pusat ber-indeks #1 maka dapat langsung
mengetik perintah polyhedra, tetapi akan lebih aman beri perintah select @1.

25
Ketik perintah di Console:

$ select @1; (memilih atom berindeks #1 sebagai basis atom pusat bentuk molekul)
$ polyhedra; (memunculkan bidang bentuk molekul sesuai warna atom pusat)
$ color polyhedra translucent yellow; (mengubah warna bentuk molekul menjadi
kuning transparan)
$ polyhedra edges; (mengubah garis tepi bentuk molekul agar lebih tegas/tebal)
$ polyhedra off/on; (menyembunyikan/menampilkan kembali bentuk molekul yang pernah

dibuat). Ini tidak perlu dilakukan kalau memang tidak ada keperluan namun boleh dipraktikkan.
Catatan: Untuk menampilkan GEOMETRI ELEKTRON dari molekul yang mengandung PEB
diperlukan manipulasi khusus dengan memodifikasi molekul. Ini tidak dipraktikkan dalam
tutorial ini agar fokus ke visual bentuk molekul dahulu. Contoh visual geometri elektron
diberikan pada aplikasi GEOMOL yang diberikan pada Bagian IV rangkaian tutorial ini.

26

Untuk menentukan panjang ikatan antara atom-atom yang terhubung harus diketahui lebih
dahulu atom nomor indeksnya nomor. Seperti tutorial bagian ini di tahap C. Ini dapat dilakukan
dengan meletakkan panah pointer tepat di atas atom-atom yang akan ditentukan ukurannya
(baik panjang ikatan maupun sudut ikatan).
Untuk menampilkan panjang ikatan di sini akan dilakukan melalui Console Jmol.
Di Console ketik perintah:
$ set measurementunits 'pm'; (mengubah satuan panjang ikatan yang akan ditampilkan
dari default satuan nanometer ke pikometer)
$ measure @1 @2; (menampilkan ukuran panjang ikatan dari atom #1 (Xe) ke atom #2 (O))
$ measure @1 @3; (menampilkan ukuran panjang ikatan dari atom #1 (Xe) ke atom #3 (F))
$ color measures blue; (mengubah warna semua hasil pengukuran ke warna biru,
silakan disesuaikan)
$ measure off/on; (menyembunyikan/menampilkan kembali ukuran sudut/panjang ikatan

yang pernah dibuat).

27
$ measure allconnected (*)(*); (menampilkan semua ukuran panjang ikatan

antaratom yang terhubung)
$ set defaultDistanceLabel "123 pm"; (mengatur agar label setiap pengukuran panjang
ikatan menjadi 123 pm, untuk pengukuran berikutnya. Ini sekadar pelabelan. Label ini boleh
diganti teks apa saja.

Menggunakan Console
Ketik perintah:
$ set defaultAngleLabel "%VALUE%UNITS"; (membuat satuan sudut (derajat) agar

ditulis tanpa spasi (rapat dengan hasil pengukuran).
$ measure @3 @1 @2; (menampilkan besar sudut ikatan dari atom #3 (F), atom #1 (Xe),
atom #2 (O))
Hasil ketika diputar agar tampak sudut ikatan seharusnya seperti gambar berikut.
$ measure allconnected (*)(*)(*); (menampilkan semua ukuran sudut ikatan antara

3 atom yang terhubung)

28
$ measure off/on; (menyembunyikan/menampilkan kembali ukuran sudut/panjang ikatan

yang pernah dibuat)
$ set defaultAngleLabel "107°”; (mengatur agar label setiap pengukuran sudut ikatan
menjadi 107°, untuk pengukuran berikutnya. Ini sekadar pelabelan. Label ini boleh diganti teks
apa saja.)
Tambahan:
Ikatan antara Xe dengan O secara default tampil sebagai ikatan tunggal karena ini berbasis
domain elektron, tidak memperhatikan apakah ikatan antaratom itu tripel, rangkap, atau
tunggal. Namun bila menghendaki Xe dengan O berikatan rangkap dapat dilakukan di Console
dengan perintah:
$ connect @1 @2 DOUBLE; connect @1 @5 DOUBLE ; (membuat ikatan rangkap pada Xe
yang bernomor indeks 1 dan atom O yang bernomor indeks 2 dan O bernomor indeks 5).
Tampilannya akan menjadi seperti gambar berikut.
G. Mengunduh file struktur molekul/ion dari internet

File molekul/ion selain dapat dibuat sendiri juga dapat mengunduh dari website penyedia
database molekul/ion. Keuntungan cara ini, molekul dapat diperoleh dengan cara cepat dan
kebanyakan merupakan hasil komputasi yang valid. Format file struktur molekul boleh apa
saja, misalnya dengan ekstensi *.mol, *.spt, *.xyz, *.pdb, *.log, *.sdf dan masih banyak lagi.
Untuk kebutuhan pembelajaran geometri molekul di MA/SMA/SMK dapat mengunduh struktur
molekul dari:
1. CoolMolecules Departemen Kimia St. Olaf (direkomendasikan)

2. Pubchem (direkomendasikan)
3. cccbdb.nist.gov (direkomendasikan)
4. chemtube3d.com (direkomendasikan)

29
5. 3dchem.com (direkomendasikan)
6. www.chemspider.com (direkomendasikan)
7. Webmo.net (ini perlu melakukan komputasi sendiri, tidak direkomendasikan)
8. Website lain yang memberikan visual 3D interaktif.
Umumnya file struktur 3D yang disajikan dapat diunduh.
Untuk yang berbasis Jmol/Jsmol caranya dengan klik kanan area layar struktur molekul
ditampilkan kemudian pilih File > Save > Save a copy of Filename.***.
Bila diperlukan sila ubah nama file namun ekstensi file tidak perlu diubah, misalnya yang
semula namafile.mol, tulisan mol selalu harus ada setelah tanda titik. Ekstensi nama file
bergantung dari sumber file yang digunakan di website tersebut. Ini kalau memang tidak
disediakan tautan untuk mengunduh.
Untuk membuat sendiri dapat dilakukan menggunakan Chem3D yang ada di ChemDraw, atau
3D Viewer yang ada di ChemSketch atau yang lain seperti Avogadro. Hanya saja perlu kehati-
hatian dalam melakukan optimisasi atau melakukan komputasi untuk mendapatkan bentuk
yang benar dan sesuai data eksperimen. Ini tidak dianjurkan kalau memang belum memahami
teknik atau metode komputasi.
–-AKHIR TUTORIAL BAGIAN II–-

30
BAGIAN III
MENGGAMBAR GARIS DAN BIDANG PADA MOLEKUL DI JMOL
Menggambar atau menampilkan polihedra/polygon molekul di Jmol dapat dilakukan dengan

menggunakan perintah POLYHEDRA {*} pada Consule Jmol. Perlu sedikit usaha untuk dapat
membuat garis dan atau permukaan bidang suatu molekul. Ini kadang diperlukan bila hanya ingin
menggambar sebagian sisi suatu molekul. Perintah yang digunakan adalah DRAW.
Tutorial ini dibuat untuk pengguna Jmol pemula. Ini adalah cara paling praktis di samping cara lain
yang tidak dibahas di sini.
A. Menggambar garis penghubung dua atom dalam molekul
1. Buka atau buat molekul pada layar kerja Jmol. Sebagai contoh adalah molekul CH4, yg
dapat dibuat dengan klik tool yang bergambar molekul CH4.
2. Memastikan diri tahu nomor label (nomor indeks) pada setiap atom dalam molekul. Caranya
Klik menu Display > Label > Number sehingga muncul nomor untuk setiap atom.

31
3. Membuka konsul dengan klik menu File dan pilih Consule...
4. Silakan ketik perintah

$ draw line1 @2 @3 dan tekan Enter.
Perintah $draw berarti akan digambar garis yang dinamai dengan "line1" (ini
penamaannya bebas untuk penanda ketika akan diberi perintah tertentu) dan @2
@3 maksudnya akan digambar garis yang menghubungkan atom nomor 2 dengan atom
nomor 3.

32
5. Bila menginginkan bentuk garis agak mulus, tidak bergerigi, tambahkan perintah di Consule
$ set antialisdisplay on
6. Setelah gambar garis tampil, pengguna dapat mengubah warna garis.

Caranya adalah dengan mengetik perintah color line1 blue (ini warna line1 menjadi
biru, dan seterusnya)
7. Untuk menghapus garis perintah yang dapat digunakan

$ draw line1 delete
Demikian seterusnya untuk menggambar beberapa garis lain yang menghubungkan 2 pusat atom.
B. Menggambar bidang sisi suatu molekul

Masih menggunakan molekul CH4 untuk contoh
1. Gambar molekul misalnya CH4.

2. Untuk menggambar bidang tertentu (misalnya di sini akan menggambar 3 poin) dengan basis
label nomor menggunakan perintah $ draw polygon [@2 @3 @5] dan tekan Enter. Ini
berarti akan digambar sisi segitiga pada salah satu sisi CH4. Hasilnya seperti berikut.

33
3. Untuk mengubah warna menjadi transparan (seolah tembus pandang) boleh menggunakan
perintah:
$ draw polygon [@2 @3 @5] translucent
4. Untuk mengganti warna standar menjadi warna hijau (green), misalnya perintahnya
$ draw polygon [@2 @3 @5] translucent green

34
5. Bila dikehendaki bidang tersebut tanpa warna dan hanya meninggalkan tepi dapat
dilakukan menggunakan perintah $ draw polygon [@2 @3 @5] mesh nofill.
–-AKHIR TUTORIAL BAGIAN III–-

35
BAGIAN IV
MENJALANKAN APLIKASI WEB GEOMOL SECARA OFFLINE
Aplikasi GeoMol berbasis JSmol web ini dapat dijadikan alternatif pengajaran geometri molekul dalam
bentuk presentasi menggunakan proyektor.
JSmol aplikasi web dapat dijalankan tanpa terhubung internet dengan syarat tersedia webserver di
komputer yang digunakan. Geomol menggunakan Zwamp sebagai webserver yang bersifat portable.
Aplikasi GeoMol dikemas sebagai paket file zip yang berisi Z-WampServer, Jmol, dan Aplikasi GeoMol
sendiri. Hasil ekstrakan file ini sudah dijelaskan pada BAGIAN I point B nomor satu (halaman 9), tinggal
menjalankan Z-Wamp Server dan Geomol.html.
A. Menjalankan Z-Wamp Server

Sebaiknya dalam komputer yang digunakan tidak ada aplikasi web server lain yang terinstall
yang menggunakan peng-alamat-an localhost agar tidak terjadi bentrok antaraplikasi
webserver.
Bila kurang paham langsung saja ikuti langkah berikut. Ketika ada masalah kemungkinan dalam
komputer terdapat aplikasi webserver seperti WampServer, Xampp, Xampp-Lite atau sejenisnya.
Ini harus di-uninstall lebih dahulu. Jangan lupa backup data yang terkait aplikasi-aplikasi tersebut.
1. Sebelum menjalankan Zwamp sebaiknya Zwamp.exe ini dibuat shortcut di desktop agar
mudah diakses ketika hendak menjalankan pada lain waktu.
#Caranya membuat shortcut

Zwamp.exe di desktop
Windows:
Buka folder hasil ekstrakan

sebagaimana dijelaskan pada
BAGIAN I Poin B nomor satu.
Klik kanan file Zwamp seperti

pada gambar,
pilih Send to > Desktop (create
shortcut).
Dengan demikian akan ada

tambahan ikon shortcut untuk
Zwamp.

36
2. Menjalankan Zwamp.exe dapat dilakukan dengan cara klik ganda ikon shortcut Zwamp di
desktop yang sudah dibuat pada langkah-1.
Bila muncul permintaan update untuk pengguna Zwamp 2.2.0 versi x32-bit silakan abaikan
dengan klik tombol No.
Permintaan ini tidak akan muncul untuk versi Zwamp 2.2.1 versi x64 bit.

37
3. Bila muncul Windows Security Alert seperti gambar berikut, klik tombol Allow access agar
Zwamp tidak terblok oleh Windows Defender Firewall. Biasanya ada 3 kali permintaan izin,
yaitu Service untuk MySql, Apache HTTP Server (ini yang kita butuhkan), dan MongoDB
dengan kotak dialog yang mirip. Setelah tertutup klik lagi tombol Allow access bila muncul
dan sekali lagi.
Biasanya ini hanya muncul ketika menjalankan Zwamp untuk pertama kali di komputer.

38
Catatan bila terdapat pesan bahwa komputer masih perlu diinstall visual c++ 2008 dan
visual c++ 2010 seperti gambar berikut, bila tidak ada pesan ini sila lanjut ke langkah
selanjutnya.
Silakan unduh file Visual C++ 2008 dan 2010 untuk zwamp.zip yang dibutuhkan dari google
drive, dari link s.id/Bk1oP
Bila ada peringatan bahwa Google Drive tidak dapat memindai file ini dari virus, Pilih Tetap
Download atau Download anyway. Ini aman, ini bukan bervirus.
Hasil unduhan ini silakan diekstrak dan di-install dengan klik ganda setiap file yang ada di
dalam forlder tersebut. Sesuaikan dengan tipe Windows apakah 64-bit atau 32-bit.
Kemudian coba ulang untuk menjalankan Zwamp.

39
4. Pastikan Zwamp yang dijalankan telah aktif/berfungsi, sila cek di taksbar yang terletak di
pojok kanan bawah layar Windows.
Tampilannya seperti gambar berikut.
Ini hanya memastikan saja bahwa semua dari 3 Services yang dibutuhkan sudah berjalan.
Zwamp siap digunakan untuk menjalankan aplikasi GEOMOL.html dan dapat melanjutkan
bagian- B.
B. Menjalankan Aplikasi GeoMol
1. Di Explorer Windows, buka folder ZWamp-64Bit_Geomol_Jmol > vdrive > web kemudian
cari file GEOMOL. Klik ganda file GEOMOL.html.
Untuk versi ZWamp-32Bit prosedurnya sama, harap menyesuaikan.

40
2. Ubah url address bar dari yang semula di

file:///DriveTempatFolderHasilEkstrak/vdrive/web/GEOMOL.html menjadi
http://localhost/GEOMOL.html. Tampilannya akan menjadi seperti gambar berikut.

41
3. Silakan jelajah sesuai menu GEOMOL yang tersedia berdasarkan jumlah domain elektron
dari model molekul.
4. Untuk penggunaan di kelas sebaiknya menampilkan layar secara penuh.
• Sila tekan tombol Buka Layar Penuh atau tekan tombol (beberapa komputer perlu
tambahan menekan tombol ).
• Untuk keluar dari mode layar penuh tekan kembali atau tekan .
• Bila ingin tampilan lebih besar lagi tekan (tekan dan tahan tombol Ctrl
dilanjut tekan tanda = di keyboard).
• Untuk mengembalikan ukuran 100% tekan . Untuk mengecilkan ukuran
lebih kecil .
Tampilan model struktur molekul 5 domain elektron. Sengaja dibuat seperti itu agar dapat
digunakan membandingkan antara notasi dari turunan geometri 5 domain.
Bila kurang besar sila klik tombol Buka di Tab Baru sehingga tampilan geometri setiap notasi
VSEPR terbuka di tab baru dengan ukuran lebih besar. Misal akan dibuka hanya geometri dengan
notasi AX4E, tampilannya seperti berikut.

42
Tampilan contoh model struktur dengan notasi AX4E senyawa XeO2F2.
Contoh model struktur juga masih dapat diakses ketika berada pada tampilan layar 5 Domain.
Karena sifatnya 3D interaktif, pengguna dapat memanfaatkan berbagai fasilitas layaknya Jmol
yang berdiri sendiri.

43
Dalam aplikasi web ini hanya disediakan antarmuka untuk kebutuhan pengajaran kimia di jenjang
MA/SMA/SMK saja. Mulai dari zoom in/out, memutar model molekul, menampilkan panjang/sudut
ikatan, menampilkan/menyembunyikan geometri pasangan elektron, menampilkan atau
menyembunyikan geometri molekul dan PEB, dan lain-lain.
Semua itu juga dapat dilakukan pada contoh model molekul real. Setiap notasi AXE diberi 2
contoh model molekul real, kecuali untuk AXE3 hanya diberi 1 contoh.
Tutorial video penggunaan GeoMol, sila klik gambar untuk menuju video di youtube.
Fitur aplikasi ini masih dapat diperluas dengan adanya kemampuan klik kanan pada layar JSmol.
Untuk teknik pengajaran di kelas konvensional maupun daring diserahkan kepada guru pengguna.
Tambahan untuk jalur pintas dan tautan Geomol online:

Untuk memudahkan akses GEOMOL, sebaiknya dibuatkan shortcut di desktop windows.
Caranya:
Klik kanan desktop windows > New > Shortcut > Ketik http://localhost/GEOMOL.html > Next >
Ketik GEOMOL > Finish.

44
Coba periksa apakah ada tambahan ikon

shorcut di desktop dengan mana GEOMOL.
Jadi bila ingin memulai aplikasi kembali dapat

dilakukan dengan cara pintas seperti langkah
berikut:
1. Klik ganda shortcut Zwamp bila
sebelumnya memang belum diaktifkan.
2. Klik ganda shortcut GEOMOL.

45
Untuk versi online sila tekan Ctr+ Klik tautan ini (dapat dibuka di gawai (smartphone)
menggunakan browser. Tampilannya seperti berikut.
–-AKHIR TUTORIAL BAGIAN IV–-

Geomol Jmol Untuk PKB Rukim Madrasah v.20211004

Diunggah oleh

Informasi Dokumen

Judul Asli

Hak Cipta

Format Tersedia

Bagikan dokumen Ini

Bagikan atau Tanam Dokumen

Opsi Berbagi

Apakah menurut Anda dokumen ini bermanfaat?

Apakah konten ini tidak pantas?

Hak Cipta:

Format Tersedia

Geomol Jmol Untuk PKB Rukim Madrasah v.20211004

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

1

Bagian II Tutorial Dasar Jmol untuk Pengajaran Geometri Molekul

Bagian III Menggambar Garis dan Bidang pada Molekul di Jmol

Bagian IV Menjalankan Aplikasi Web Geomol secara Offline

Mengapa Jmol perlu dipelajari?

TUTORIAL JMOL UNTUK PENGAJARAN GEOMETERI MOLEKUL WWW.URIP.INFO

A. Persiapan Menginstall Jmol

a. Tekan tombol di keyboard untuk membuka Explorer.

TUTORIAL JMOL UNTUK PENGAJARAN GEOMETERI MOLEKUL WWW.URIP.INFO

Tampilan model lain:

Sebelum ke langkah berikutnya sebaiknya dilakukan pemeriksaan aplikasi yang dibutuhkan

• Memeriksa apakah dalam komputer Windows yang digunakan sudah terinstall

TUTORIAL JMOL UNTUK PENGAJARAN GEOMETERI MOLEKUL WWW.URIP.INFO

Untuk memeriksa keduanya silakan ikuti seperti dalam gambar berikut:

Pada tutorial ini dianggap aplikasi yang diperlukan belum di-install.

2. Mengunduh aplikasi yang sesuai dengan tipe sistem operasi

TUTORIAL JMOL UNTUK PENGAJARAN GEOMETERI MOLEKUL WWW.URIP.INFO

Folder Aplikasi Berbasis Windows 64-Bit:

# Unduh file 7z1900-x64.exe:

Bila muncul pesan seperti berikut pilih TETAP DOWNLOAD.

Biasanya file-file hasil unduh/download masuk dalam folder Download di

TUTORIAL JMOL UNTUK PENGAJARAN GEOMETERI MOLEKUL WWW.URIP.INFO

# Unduh file jre-8u291:

Bila muncul pesan seperti berikut pilih TETAP DOWNLOAD.

TUTORIAL JMOL UNTUK PENGAJARAN GEOMETERI MOLEKUL WWW.URIP.INFO

# Unduh file ZWamp-64Bit_Geomol_Jmol.zip

Bila muncul pesan seperti berikut pilih TETAP DOWNLOAD.

TUTORIAL JMOL UNTUK PENGAJARAN GEOMETERI MOLEKUL WWW.URIP.INFO

Penginstalan 7-zip selesai.

TUTORIAL JMOL UNTUK PENGAJARAN GEOMETERI MOLEKUL WWW.URIP.INFO

4. Meng-install Java Run Time Enviromental (JRE)

Klik tombol Yes.

Klik tombol Install dan tunggu hingga proses selesai.

Klik tombol Close dan penginstalan Java Runtime Enviromental selesai.

TUTORIAL JMOL UNTUK PENGAJARAN GEOMETERI MOLEKUL WWW.URIP.INFO

B. Membuka Aplikasi Jmol

Dalam Windows Explorer cari file ZWamp-64Bit_Geomol_Jmol.zip atau ZWamp-

Dicontohkan akan mengekstrak ZWamp-64Bit_Geomol_Jmol.zip

Lakukan seperti pada gambar.

Isi folder Zwamp-64Bit_Geomol_Jmol hasil ekstrakan:

TUTORIAL JMOL UNTUK PENGAJARAN GEOMETERI MOLEKUL WWW.URIP.INFO

3. Menjalankan aplikasi Jmol dari folder JMOL

TUTORIAL JMOL UNTUK PENGAJARAN GEOMETERI MOLEKUL WWW.URIP.INFO

Bila semua berjalan normal maka tampilannya akan seperti berikut:

TUTORIAL JMOL UNTUK PENGAJARAN GEOMETERI MOLEKUL WWW.URIP.INFO

• Bila dalam daftar masih juga belum ketemu ikon

klik Look or another app on this PC (tulisan warna biru)

Klik ganda folder jre1.8.0_291

TUTORIAL JMOL UNTUK PENGAJARAN GEOMETERI MOLEKUL WWW.URIP.INFO

4. Membuat Shortcut Jmol di Desktop

Di desktop komputer akan muncul shortcut

Untuk membuka Jmol sila klik ganda

Ini cukup sekali dilakukan untuk pertama

–-AKHIR TUTORIAL BAGIAN I–-

TUTORIAL JMOL UNTUK PENGAJARAN GEOMETERI MOLEKUL WWW.URIP.INFO

Dengan memahami Console pengguna diharapkan dapat menggunakan dan mengembangkan

TUTORIAL JMOL UNTUK PENGAJARAN GEOMETERI MOLEKUL WWW.URIP.INFO

A. Memvisualkan molekul dari file yang tersedia

Langkah-langkah memvisualkan molekul 3D

Tampilan akan seperti berikut.

TUTORIAL JMOL UNTUK PENGAJARAN GEOMETERI MOLEKUL WWW.URIP.INFO

2. Dicontohkan dibuka file XeO2F2.mol.

Visual yang diperoleh seperti gambar berikut.

$ measure allconnected ()(); (menampilkan semua ukuran panjang ikatan

$ measure allconnected ()()(*); (menampilkan semua ukuran sudut ikatan antara