Program unggulan akademik ini dapat dilaksanakan dalam beberapa kegiatan, yaitu: a. Penyelenggaraan kelas unggulan di bidang IPA dan Keagamaan; b. Pembinaan KSM dan Olimpiade SAINS dari beberapa mata pelajaran; c. Bimbingan belajar intensif persiapan Ujian; d. Kerjasama dengan perpustakaan daerah Kolaka Utara dalam peningkatan minat baca siswa; e. Program pembinaan penggunaan teknologi computer / IT.
2. PROGRAM UNGGULAN NON AKADEMIK
Dalam rangka menggali atau memacu dan meningkatkan potensi para siswa di bidang non akademik maka MAN 1 Kolaka Utara menyelenggarakan: a. Program Tahfizul Qur’an yang bekerja sama dengan rumah tahfiz Qur’an di Kolaka Utara b. Program perbaikan bacaan al-qur’an dan tilawah; c. Program menulis Qur’an atau kaligrafi; d. Program pengembangan bakat dibidang olahraga dan seni; e. Program pembinaan bahasa internasional oleh dewan guru bahasa; f. Pendampingan kegiatan OSIS berupa latihan kepemimpinan siswa dan lomba antar madrasah; g. Pembinaan kegiatan ekstrakurikuler berupa Pramuka, PIK-KRR, Marcing Band, PMR.
3. PROGRAM BUDAYA MADRASAH
Program ini dapat dilaksanakan dalam bentuk kegiatan sebagai berikut: a. Sholat dhuha berjamaah; b. Sholat dhuhur berjamaah; c. Budaya disiplin, tertib dan rapi; d. Budaya salam ketika bertemu guru dan siswa; e. Budaya jabat tangan / cium tangan ketika bertemu dengan guru; f. Budaya hidup sehat dan bersih.