Anda di halaman 1dari 5

Vol. 4, No.

2, Agustus 2016 Mikrobioma

EDITORIAL

Mikrobioma: Pemahaman Baru tentang Peran


Mikroorganisme dalam Kehidupan Manusia

Pratiwi P. Sudarmono

Departemen Mikrobiologi Klinik FK Universitas Indonesia


RSUP Nasional dr. Cipto Mangunkusumo

Korespondensi:pratiwi.pudjilestari@ui.ac.id
Diterima: 12 Agustus 2016
DOI: 10.23886/ejki.4.6291.71-5

Pendahuluan Mikroba yang hidup di lingkungan bebas berbeda


Mikrobioma adalah seluruh mikroba yang dengan mikrobiota yang hidup di mamalia (mammalian
hidup di tubuh manusia, hewan, tumbuhan, dan microbiota). Mikrobioma di lingkungan bebas memiliki
sebagainya. Tubuh manusia sebagian besar sifat yang ekstrem karena terpajan udara yang lembab.
terdiri atas mikroba.1 Kata mikrobioma pertama Lingkungan mikroba di dalam tubuh manusia dianggap
kali digunakan oleh Joshua Lederberg untuk sebagai lingkungan yang istimewa karena suasana
menggambarkan komunitas ekologi mikroorganisme yang hangat, eutrotrofik, dan stabil. Mikrobioma yang
komensal, simbion atau patogen yang secara hidup dan tinggal di dalam tubuh manusia sebagian
langsung menempati suatu ruang di tubuh.2 besar terdiri atas bakteri, eukariotik, archaea, dan
Akhir-akhir ini, istilah mikrobioma telah sebagian kecil adalah virus.
digunakan lebih luas terhadap grup mikroba Jumlah mikrobioma pada setiap individu
yang spesifik terhadap hospes atau didapat dari memiliki perbedaan besar dibandingkan dengan
lingkungan. Boon et.al3 mengusulkan definisi variasi genom. Setiap genom manusia memiliki
terbaik untuk mikrobioma dihubungkan dengan kemiripan 99% namun, mikrobioma di setiap individu
seperangkat gen hospes atau lingkungannya memiliki perbedaan 80-90% seperti mikrobiota
sehingga menerangkan hubungan taksonomi yang terdapat di tangan atau usus. Mikrobioma
dengan fungsi anggota komunitas mikroba tersebut. memiliki manfaat dalam ilmu kedokteran untuk
Terdapat sekitar 10-100 triliun mikrobioma membuat keputusan yang berhubungan dengan
pada manusia.4 Setiap 10 miliar sel tubuh manusia, penanganan masalah kesehatan.4
terdapat 10 sel mikroba hidup di dalamnya. Sel
manusia mengekspresikan lebih dari 20.000 gen, Perkembangan Mikrobiota
tetapi total ekspresi gen dalam tubuh mencapai Collado et al1 menyatakan bahwa pencegahan
jutaan gen. Mayoritas sisa gen tersebut dibawa NCDs dapat dilakukan dengan memperhatikan
oleh mikroba.5,6 mikrobioma sejak awal kehidupan. Sistem
Mikrobioma yang berasosiasi dengan manusia gastrointestinal bayi akan memberikan lingkungan
disebut mikrobiota namun, penggunaan kata baru bagi kolonisasi mikroba. Mikrobiota bayi yang
mikrobioma dan mikrobiota sering digunakan dilahirkan dengan persalinan normal memiliki
bersamaan. Jumlah mikrobioma pada manusia kemiripan dengan mikrobiota di vagina ibunya pada
paling banyak terdapat di usus.1 Bakteri pada 20 menit awal kehidupan. Spesies mikrobiota yang
mikrobioma manusia memiliki peran pada imunitas, ditemukan ialah Lactobacillus sp. dan Prevotella
nutrisi, dan perkembangan manusia.7 sp. Terdapat perbedaan antara spesies mikrobiota
Mikrobioma berperan pada pengaturan proses bayi yang dilahirkan dengan persalinan normal dan
biologis dan fisiologis tubuh. Adanya disfungsi operasi sesar. Mikrobiota pada bayi yang dilahirkan
sistem imun dan kesalahan regulasi inflamasi secara sesar ialah Clostridium sp., Staphylococcus
merupakan penyebab non-communicable disease sp, Propionobacteriu sp., dan Corynebacterium sp.7
and conditions (NCDs). Selain itu, gangguan pada Mikrobioma di saluran gastrointestinal bayi yang
mikrobioma dapat meningkatkan risiko infeksi.1 baru lahir akan serupa dengan mikrobioma orang
dewasa selama tahun pertama kehidupannya.

71
Pratiwi P. Sudarmono eJKI

Seiring dengan pertambahan usia akan terjadi Domain Kehidupan Manusia


perubahan mikrobioma karena dipengaruhi oleh Penelitian mengenai mikrobioma telah banyak
ASI, demam, pengenalan terhadap makanan dilakukan. Hasil penelitian tersebut memberikan
pendamping ASI, dan penggunaan antibiotik.4 banyak pandangan baru mengenai mikrobioma
Terdapat perbedaan jenis mikroba pada bayi yang dan pengaruhnya terhadap pelayanan kesehatan.
mendapatkan ASI dengan yang mendapatkan susu Jumlah sel pada mikrobioma puluhan kali lebih
formula.7 Perkembangan pada periode perinatal banyak serta bermanfaat pada fisiologi dan sistem
merupakan masa yang penting karena terjadi organ.1
modifikasi yang mempengaruhi sistem imun dan Manusia merupakan mahkluk dengan
penyakit yang berhubungan dengan inflamasi.1,7 beragam ekosistem. Sebagian besar ekspresi
Perkembangan mikrobioma diawali dengan genom dalam kehidupan manusia dibawa oleh
transmisi secara vertikal dari mikrobiota mikrobioma.5 Tubuh manusia mengekspresikan
maternal. Kolonisasi mikrobioma di mukosa 25.000 gen dari genom manusia dan hampir 10
sistem pencernaan, sistem pernapasan, saluran juta gen sisanya diekspresikan oleh mikrobioma.
urogenital, dan kulit dipengaruhi oleh waktu Domain mikroba penyusun tubuh manusia terdiri
pajanan dengan mikrobiota maternal. Lingkungan atas bakteri, archaea, dan eukariosit.1 Semua
di dalam uterus bersifat steril, sehingga tidak terjadi sistem dan imunitas pada manusia memerlukan
kolonisasi mikroba tetapi, kolonisasi mikroba dapat interaksi dengan mikroba agar dapat menjalankan
terjadi sebelum persalinan. fungsinya secara biologis dan fungsional.
Kolonisasi mikroba terjadi karena telah
terpajannya janin dengan plasenta dan mekonium. Peran Mikrobiota
Di plasenta terdapat berbagai mikrobiota Bakteri yang hidup di dalam tubuh manusia
seperti Firnicutes, Tenericutes, Proteobacteria, merupakan koloni bakteri yang bermanfaat.
Bacteroidetes, dan Fusobacteriaphyla. Mikrobiota Peran mikrobioma adalah membantu mencerna
tersebut sama dengan mikrobiota yang terdapat makanan, mengatur sistem imun, dan perlindungan
di mulut manusia. Pada minggu pertama awal terhadap bakteri patogen.1 Mikrobioma berada di
kehidupan, kolonisasi mikrobiota di usus dipenuhi kulit, sistem gastrointestinal, saluran napas, dan
oleh Actinobacteria, Proteobacteria, Bacteroidetes, saluran urogenital; saluran yang berhubungan
dan Firmicutes. Mikroba yang terdapat di mekonium langsung dengan dunia luar sehingga dapat
sama dengan mikroba di cairan amnion karena terpajan langsung oleh faktor eksternal, seperti
ketika sistem saraf janin mulai berkembang, makanan, udara, dan obat-obatan. Setiap individu
janin dapat menelan cairan amnion. Oleh karena memiliki respons berbeda pada metabolisme
itu,lingkungan usus janin dapat menjadi tempat mikrobioma.1,4,7
kolonisasi mikroba sehingga tidak steril.6 Disfungsi mikrobioma dapat menimbulkan
Terdapat hubungan antara jumlah mikroba penyakit seperti penyakit autoimun (diabetes,
dengan usia gestasi.7 Sebuah studi kasus mengikuti rheumatoid arthritis, distrofi otot, multiple sclerosis,
mikrobiota bayi selama 2,5 tahun pertama dan fibromialgia). Akumulasi mikroba penyebab
kehidupan. Diversitas filogenetik bertambah penyakit akan menyebabkan perubahan aktivitas
secara signifikan dan linear sejalan dengan waktu. gen dan metabolik. Akibat perubahan tersebut
Perubahan di saluran cerna dipengaruhi oleh adalah abnormalitas sistem imun, sehingga akan
asupan ASI, demam yang dialami sampai hari menyerang zat dan jaringan yang pada keadaan
ke-92, pengenalan makanan pendamping seperti normal terdapat di dalam tubuh.8
bubur dan sereal sampai hari ke-134, pengenalan Mikrobioma dipengaruhi oleh berbagai faktor
susu formula sampai hari ke-161, terapi antibiotik misalnya gaya hidup, prosedur medis, diet,
serta makanan dewasa sampai hari ke-371. infeksi, obat-obatan, dan stres.1 Berdasarkan hasil
Menariknya, setiap perubahan makanan diikuti penelitian Faith et al9 ditemukan bahwa keluarga
dengan perubahan pada mikrobiota pencernaan memiliki pengaruh kuat pada perbedaan komposisi
dan peningkatan ekspresi gen. Misalnya, pada mikroba; dengan tingkat yang sama komposisi
bayi ketika mulai mengenal makanan dewasa, dari komunitas mikroba dipengaruhi oleh mikroba
ekspresi gen mikrobioma terkait biosintesis vitamin yang dimiliki para anggota keluarga. Variasi dari
dan pencernaan polisakarida meningkat. Dengan komposisi komunitas mikroba terlihat paling jelas
demikian interaksi antara mikrobiota manusia dan di kulit yaitu bagian tubuh yang mudah terpajan
lingkungan amat dinamis.4 dengan lingkungan luar.

72
Vol. 4, No. 2, Agustus 2016 Mikrobioma

Mikrobioma dan Kesehatan dengan perlakuan diet yang sama namun, ketika
Mikrobioma merupakan faktor penting untuk kedua tikus di letakkan ditempat yang sama, kedua
proses perkembangan, imunitas, dan nutrisi tikus sama-sama kurus. Pada keadaan tersebut
manusia. Kecuali bakteri patogen, bakteri di dalam mungkin terdapat proses transfer mikrobioma pada
tubuh manusia tidak merugikan bahkan koloni kedua tikus namun hal tersebut masih harus diteliti
bakteri adalah menguntungkan. Penyakit autoimun lebih jauh.12
seperti diabetes, rheumatoid arthritis, distrofi Hubungan obesitas dan mikroba dapat dilihat
otot, multiple sclerosis, dan fibromialgia ternyata dari penurunan berat badan. Terdapat perbedaan
berhubungan dengan disfungsi pada mikrobioma filogenetik antara individu yang mengalami obesitas
tersebut.8 dengan yang ramping. Ketika terjadi penurunan
Mikroba dengan berbagai ekspresi gennya berat badan terdapat peningkatan Bacteriodetes
bis jadi meningkatkan risiko terjadinya penyakit. yang menunjukkan transisi pada komunitas
Hal tersebut disebabkan oleh adanya perubahan mikroba yang obesitas menjadi komunitas mikroba
aktivitas gen dan proses metabolisme yang yang tidak obesitas. Dengan melakukan modulasi
menghasilkan respons imun abnormal terhadap pada mikrobiota dapat menjadi alternatif terapi
zat dan jaringan yang semula normal ada dalam pada pasien yang ingin menurunkan berat badan
tubuh. Diduga penyakit autoimun ditularkan dalam atau ingin meningkatkan berat badan.4,13
keluarga bukan hanya melalui DNA orang tuanya
tetapi dengan mewarisi mikrobioma keluarga.10 Mikrobioma dan Penyakit Autoimun
Diabetes melitus (DM) tipe I merupakan
Mikrobioma dan Obesitas penyakit autoimun yang sangat berhubungan
Terdapat perbedaan antara mikrobioma dengan kurang beragamnya mikrobioma di usus.
pada orang obesitas dan ramping. Pada individu Pada penelitian menggunakan hewan coba
yang mengalami obesitas ditemukan keragaman didapatkan bahwa bakteri berperan penting pada
mikrobioma yang lebih rendah dan jumlah enzim perkembangan DM.14
yang lebih tinggi, sehingga pencernaan makanan Walaupun belum diketahui hubungan
menjadi lebih efisien dan kalori lebih banyak pemberian susu formula terhadap DM tipe 1, bayi
tersimpan. Pada orang obesitas juga ditemukan yang mendapatkan ASI, terutama yang berusia 4-6
kombinasi mikroba patogen.8,9,11 bulan, akan menurunkan kemungkinan mengalami
Mikrobiota di usus memiliki peran pada obesitas. DM tipe 1.
Gordon et al12 di Washington University St. Louis Penyakit autoimun lainnya yang dipengaruhi
mempelajari efek mikroba usus terhadap obesitas. oleh mikrobioma adalah penyakit yang menyerang
Penelitian dilakukan dengan mentranplantasi sistem saraf pusat dan demyelinating disease.
mikroba usus tertentu dari tikus obesitas ke tikus Otak dan usus akan bekerja berdasarkan sinyal
bebas mikroba usus tersebut. Tikus yang menerima dari hormon sebagai petanda adanya mikrobiota.
transplantasi tersebut mengalami penambahan Polisakarida A (PSA) yang berasal dari bakteri
berat badan lebih banyak dibandingkan tikus komensal memiliki sifat imunogenik namun, belum
yang menerima transplantasi mikroba usus dari diketahui apakah PSA memiliki pengaruh yang
tikus yang kurus Hal itu disebabkan peningkatan sama kepada manusia.15
ekstraksi energi dari diet dan peningkatan deposit
energi ke sel adiposit hospes. Pada tikus yang Mikrobioma dan Penyakit Alergi
mengalami obesitas juga ditemukan peningkatan Pada bayi yang tinggal di rumah dengan anjing
Firmicutes dan penurunan Bacteriodetes. sebagai hewan peliharaan memiliki angka yang
Penelitian lain yang dilakukan oleh Gordon rendah untuk mengalami alergi. Seseorang yang
et al12 adalah tranplantasi mikroba usus dari memelihara anjing memiliki variasi mikrobioma
saudara kembar yang salah satunya obesitas dan lebih banyak dibandingkan yang tidak memelihara
lainnya kurus ke tikus yang bebas dari mikroba anjing, terutama di kulit. Komunitas mikrobioma
usus. Mikroba usus langsung ditransplantasi kulit manusia mirip dengan anjing peliharaannya
tanpa dikultur dahulu. Tikus yang menerima dibandingkan dengan anjing yang tidak
mikroba dari orang obesitas menjadi lebih gemuk dipeliharanya. Dari Principal Component Analysis
dibandingkan tikus yang menerima mikroba dari (PCoA) disebutkan bahwa anjing peliharaan tidak
orang kurus. Hal tersebut terjadi ketika kedua memiliki efek khusus pada komunitas mikrobioma
tikus tersebut diletakkan di dua tempat berbeda tetapi, jika faktor usia menjadi pertimbangan akan

73
Pratiwi P. Sudarmono eJKI

menunjukkan hasil berbeda. Komunitas mikrobioma jaringan atau organ. Manifestasinya dapat berupa
manusia akan mirip dengan anjing pada usia penyakit alergi, autoimun, inflamasi, metabolik,
dewasa. Pada bayi tidak ditemukan hubungan serta gangguan saraf yang mempengaruhi perilaku
karena kurangnya waktu pajanan dengan anjing dan degeneratif.
sebagai hewan peliharaan.8 Orang dewasa yang Individu yang mengalami NCDs membutuhkan
memelihara anjing memiliki perbedaan jumlah penatalaksanaan secara intensif, obat, dan asuhan
bakteri lebih tinggi dibandingkan dengan yang tidak kesehatan yang memenuhi standar. Selain itu,
memiliki anjing peliharaan.9 pasien NCDs sering berakhir pada kematian yang
cepat (premature death). NCDs dianggap sebagai
Aplikasi Mikrobioma pada Fecal Microbiota penyakit masyarakat yang tinggal di negara Barat
Transplantation (FMT) namun, saat ini telah menjadi masalah global.
Prosedur klinik menggunakan mikrobiota Empat faktor risiko yang disebutkan ialah konsumsi
disebut Fecal Microbiota Transplantation (FMT) alkohol secara bebas, jarang melakukan aktivitas
yang dilakukan dengan transplantasi mikrobiota fisik, konsumsi garam, dan merokok.
dari donor sehat menggunakan kolonoskopi atau Pelayanan kesehatan memiliki 2 tantangan.
enema. Prosedur tersebut bermanfaat pada infeksi Tantangan pertama adalah peningkatan NCDs,
Chlostridium difficile untuk mengembalikan bakteri seperti asma, alergi makanan, obesitas, diabetes,
usus yang baik. Penggunaan mikrobiota untuk autisme, dan penyakit alzheimer. Peningkatan
mengobati diare yang disebabkan oleh C.difficile NCDs tidak hanya di negara berkembang, tetapi
memberikan kesembuhan 90% pada 100 penderita juga di negara maju secara global. Penanganan
diare. Penyakit lain yang dapat disembuhkan NCDs membutuhkan jangka waktu panjang,
dengan mikrobiota adalah konstipasi, kolitis, dan sehingga dapat menurunkan kualitas hidup.
irritable bowel syndrome (IBS).1,6,8,16 Tantangan kedua adalah terjadinya resistensi obat
akibat penggunaan antibiotik yang tidak rasional.
Mikrobioma pada Bayi Baru Lahir Salah satu solusi dalam penanganan masalah
Bayi baru lahir berada dalam kondisi steril tanpa tersebut adalah menggunakan mikrobioma.1
koloni bakteri namun ketika lahir melewati vagina
ibu yang normal (tidak sakit atau terinfeksi bakteri Human Microbiome Project
patogen), bayi mendapatkan bakteri dari saluran Human Microbiome Project (HMP) bertujuan
vagina ibu yaitu Lactobacillus johnsonii. Bakteri untuk mempelajari manusia sebagai supraorganism
tersebut bermanfaat membantu pencernaan ASI. yang terdiri atas sel-sel manusia dan sel bukan
Pada bayi yang lahir melalui operasi sesar, bayi manusia. Sasaran HMP adalah memberikan
tidak mendapatkan mikroba yang sama dengan deskripsi berbagai mikrobioma pada manusia
bayi yang lahir normal. dan menganalisis fungsinya terhadap kesehatan
Pada bayi yang menyusui langsung akan manusia. Sampel yang dianalisis berasal dari kulit,
mendapat mikrobioma dari kulit ibu, sedangkan mulut, hidung, kolon, dan vagina.
yang tidak minum ASI mendapatkan mikrobioma Mikrobioma pada manusia dapat mempengaruhi
normal manusia lebih sedikit sehingga kondisi kerentanan terhadap infeksi dan pada penyakit
imunnya berkurang.4 kronik di sistem gastrointestinal seperti penyakit
Crohn dan IBS. Selain itu, mikrobioma juga
Mikrobiota dan Pelayanan Kesehatan mempengaruhi pilihan terapi. Mikrobioma pada
Walaupun mikrobioma memiliki pengaruh baik ibu dapat mempengaruhi kesehatan anaknya.
untuk tubuh, adanya faktor eksternal seperti pola Perbedaan spesies mikrobioma manusia
diet, penggunaan antibiotik yang tidak rasional, dan berhubungan dengan penyakit tertentu.17
infeksi dapat mempengaruhi komposisi mikrobioma Pemahaman lebih lanjut mengenai variasi
yang disebut sebagai disbiosis. Perubahan mikroba pada mikrobioma manusia memberikan
komposisi mikrobioma berhubungan dengan non- pengetahuan baru mengenai terapi misalnya
communicable disease and conditions (NCDs).1 mengobati infeksi bakteri dengan menumbuhkan
Penggunaan mikrobioma untuk penatalaksanaan bakteri baru pada pasien yang mengalami infeksi
penyakit NCDs akan membuat pelayanan kesehatan yang disebabkan bakteri jahat.8
menjadi lebih baik. NCDs dapat berkembang menjadi
penyakit sistemik yang berawal dari penyakit di

74
Vol. 4, No. 2, Agustus 2016 Mikrobioma

Penutup 7. Gritz EC, Bhandari V. The human neonatal gut mi-


Mikrobioma merupakan seluruh mikroba yang crobiome: a brief review. Frontiers in Pediatrics.
hidup di tubuh manusia, hewan, tumbuhan dan 2015;3:1-12.
berperan dalam mengatur proses fisiologis dan 8. Hair M, Sharpe J. Fast facts about the human microbi-
ome. Center for ecogenetics & Environmental Health.
biologis tubuh. Perkembangan mikrobioma dimulai
Washington: University of Washington. Diunduh dari
dari masa perinatal. Berbagai faktor eksternal
http://depts.washington.edu/ceeh/downloads/FF_Mi-
dapat mempengaruhi perkembangan mikrobioma. crobiome.pdf. Accesed December 6th,2015.
Gangguan pada metabolisme mikrobioma dapat 9. Song SJ. Cohabiting family members share mi-
menimbulkan disbiosis yang akan menimbulkan crobiota with one another and with their dogs.
penyakit seperti NCDs. eLife.2013;2:e00458.
Gangguan pada metabolism mikrobioma 10. Boon E. Meehan CJ, Whidden C, Wong DHJ, Lan-
dapat mengakibatkan penyakit autoimun dan gille MGI, Beiko RG. Interactions in the microbiome:
penyakit infeksi. Dari penelitian HMP diketahui communities of organisms and communities of genes.
variasi mikrobioma dan pengaruhnya terhadap FEMS Microbiology Reviews. 2014;38:90-118.
kesehatan. Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut 11. Gordon JI, Turnbaugh P, Ley LE, Mahowald MA,
untuk mengetahui fungsi mikrobioma agar dapat Magrini V, Mardis ER. An obesity-associated gut mi-
crobiome with increased capacity for energy harvest.
dimanfaatkan sebagai alternatif penatalaksanaan
Nature. 2006;44:1027-31.
penyakit, mulai dari upaya perbaikan gaya hidup
12. Turnbaugh PJ, Ridaura VK, Faith JJ, Rey FE, Gordon
sampai pengembangan vaksin, seperti vaksin anti JI, The effect of diet on the human gut microbiome:
obesitas dan pengembangan terapi bakteri untuk a metagenomic analysis in humanized gnotobiotic
mengobati infeksi oleh bakteri pathogen. mice. Sci Transl Med. 2009;1:6-14.
13. Turnbaugh PJ. A core gut microbiome in obese and
lean twins. Nature. 2009;457(7228):480-4.
Daftar Pustaka 14. Boerner BP, Sarvetnick NE. Type 1 diabetes: role of
1. Dietert RR, Dietert JM. Review: the microbiome and intestinal microbiome in humans and mice. Ann NY
sustainable healthcare. Healthcare. 2015;3:100-29. Acad Sci. 2011;1243:103–18.
2. Lederberg J. McCray AT.Ome Sweet Omics—a ge- 15. Barin JG, Tobias LD, Peterson DA. The microbiome
nealogical treasury of words. Scientist. 2001;15:8. and autoimmune disease: report from a Noel R. Rose
3. Andreote FD, Gumiere T, Durrer A. Exploring interac- Colloquium. Clinical immunology. 2015;159(2):183-8.
tions of microbiomes. Sao Paulo: University of Sao 16. Youngster IY, Russel GH, Pindar C, Ziv-Baran T, Sauk
Paolo; 2014. J, Hohmann EL. Oral, capsulized, frozen fecal micro-
4. Ursell LK, Metcalf JL, Parfrey LW, Knight R. Defining biota transplantation for relapsing Clostridium difficile
the human microbiome.Nutr Rev. 2012;70:S38-44. infection.JAMA. 2014;312(17):1772-8.
5. Houtman JJ, highlander SK. The human microbiome: 17. The Integrative HMP (iHMP)Research Network Con-
your own personal ecosystem. Federation of Ameri- sortium. The integrative human microbiome project:
can Sciences for Experimental Biology.Annu Rev Ge- dynamic analysis of microbiome-host omics profiles
nomics Hum Genet. 2012;13:151-79. during periods of human health and disease. Cell
6. The Marhall Protocol Knowledge Base. Microbes in Host & Microbe. 2010;276-89.
the human body. Autoimmunity Research Founda-
tion. Washington: University of Washington.Diunduh
dari http://mpkb.org/home/pathogenesis/ microbiota.
Diakses 5 April 2016.

75

Anda mungkin juga menyukai