Elektroforesis dan

Isoelektrikfokusing
 Aplikasi
• Elektroforesis
– Analisis protein (ukuran)
– Analisis DNA (ukuran, sekuensing)
• Isoelektrofokusing
– Analisis protein (titik isoelektrik)
 Prinsip elektroforesis
• Metode pemisahan
• Dasar Elektroforesis
– Sifat partikel bermuatan
• Bergerak ke kutub yang berlawanan dengan
muatannya (partikel/ion positif bergerak ke katoda
dan sebaliknya)
• Perbedaan muatan dan ukuran partikel
mengakibatkan laju bergerak berbeda  terjadi
pemisahan
• Partikel bermuatan (q) dikenai medan
listrik (E)
• Laju gerakan molekul (v) tergantung pada
koefisien gesekan (f)
• Saat elektroforesis terjadi keseimbangan:
f.v = q.E
 f.v = q.E
v/E = q/f
 = v/E =q/f = Z.e/f
 = mobilitas elektroforesis partikel
Z = jumlah muatan ion
e = jumlah satuan muatan
• f tergantung ukuran dan muatan partikel
sehingga mobilitas partikel juga
tergantung pada muatan dan
bentuk/ukuran partikel aplikable di
biomolekul
• f juga tergantung pada tempat/matriks
elktroforesis
– Larutan
– Matriks kertas/gel
 Jenis elektroforesis
• Elektroforsis kertas
• Elektroforesis gel
– Matriks berupa polimer berpori
– Ukuran pori (konsentrasi materi polimer)
menentukan nilai f
– Matrks yang biasa:
• Poliakrilamida
• Agarose (polisakarida)
Struktur agarose dan poliakriamida
Molekul DNA dan RNA
• Bermuatan negatif
• Muatan per massa
relatif tetap
• Berdasarkan struktur molekul maka DNA
dapat langsung dianalisis dengan
elektroforesis
• DNA yang dianalisis biasanya adalah:
– Hasil isolasi
– Fragmen PCR
– Hasil kloning
– Fragmen hasil pemotongan
• Matriks: agarose, ukuran pori lebih besar
• Konsentrasi agarose 0,8-2%
• Sampel di totalkan dalam sumuran gel didekat
katoda dengan tambahan
– Pemberat: gliserol atau sukrosa
– Penanda warna : brom fenol blue
• Voltage: 80-100 V
• Detail : Teknik elektroforesis DNA
Molekul Protein

• Muatan bervariasi
• Muatan per massa bervariasi
• Protein “tidak bisa” langsung
dielektroforesis
• Molekul protein dibuat seperti DNA
(muatan permassanya tetap)
• Menggunakan SDS (Sodium Dodesil
sulfat)
SDS dan Protein

SDS

Protein
 SDS dan Protein

• Adanya SDS menyebabkan semua protein menjadi

linier dan bermuatan negatif dengan jumlah muatan
sesuai dengan panjangnya
• Matriks elektroforesis SDS protein:
poliakrilamida, ukuran pori lebih kecil
• Poliakrilamida juga digunakan dalam
elektroforesis dalam rangka sekuensing
DNA
• POLIAKRILAMIDA
• Elektroforesis protein:
– SDS PoliAkrilamida Gel Elektroforesis
– Atau SDS PAGE