File (2) .En - Id

Diterjemahkan dari bahasa Inggris ke bahasa Indonesia - www.onlinedoctranslator.
com
ARTIKEL PENELITIAN
Komponen dan Jalur Penghindaran Naungan pada

Tanaman Dewasa Diungkapkan oleh Profil Fenotipik
Kazunari Nozue, An V. Tat, Upendra Kumar Devisetty, Matthew Robinson, Maxwell R.

Mumbach, Yasunori Ichihashi, Saradadevi Lekkala, Julin N. Maloof*
Departemen Biologi Tumbuhan, Universitas California, Davis, Davis, California, Amerika Serikat
* jnmaloof@ucdavis.edu
Abstrak
Naungan dari tanaman tetangga membatasi cahaya untuk fotosintesis; akibatnya, tanaman memiliki berbagai strategi untuk menghindari
naungan kanopi dan bersaing dengan tetangganya untuk mendapatkan cahaya. Secara kolektif respons terhadap naungan daun disebut sindrom
AKSES TERBUKA penghindaran naungan (SAS). SAS mencakup pemanjangan berbagai organ, percepatan waktu pembungaan, dan respons fisiologis tambahan,
Kutipan:Nozue K, Tat AV, Kumar Devisetty U, Robinson M, yang terlihat sepanjang siklus hidup tanaman. Namun, pengetahuan mekanistik saat ini terutama terbatas pada pemanjangan bibit yang
Mumbach MR, Ichihashi Y, dkk. (2015) Komponen dan diinduksi naungan. Di sini kami menggunakan profil fenotipik dari sifat-sifat pembibitan, daun, dan waktu berbunga untuk menguraikan jaringan
Jalur Penghindaran Naungan pada Tanaman Dewasa
SAS yang kompleks. Kami menggunakan analisis representasi berlebih (ORA) dari gen yang responsif terhadap naungan, dikombinasikan dengan
Diungkapkan oleh Profil Fenotipik. PLoS Gen 11(4):
anotasi sebelumnya, untuk secara logis memilih 59 mutan baru yang diketahui dan kandidat untuk fenotip. Analisis kami mengungkapkan jalur
e1004953. doi:10.1371/jurnal. hal.1004953
bersama dan terpisah untuk setiap respons penghindaran naungan. Secara khusus, komponen jalur auksin diperlukan untuk respons
penghindaran naungan pada hipokotil, tangkai daun, dan waktu pembungaan, sedangkan komponen jalur asam jasmonat hanya diperlukan
Editor:Nathan M. Springer, Universitas
Minnesota, Amerika Serikat untuk respons tangkai daun dan waktu pembungaan. Profil fenotipik kami memungkinkan penemuan tujuh belas mutan penghindaran naungan
baru. Hasil kami menunjukkan bahwa pemilihan mutan yang logis meningkatkan keberhasilan profil fenotipik untuk membedah sifat-sifat
Diterima:1 April 2014
kompleks dan menemukan komponen baru. Profil fenotipik kami memungkinkan penemuan tujuh belas mutan penghindaran naungan baru.
Diterima:11 Desember 2014
Hasil kami menunjukkan bahwa pemilihan mutan yang logis meningkatkan keberhasilan profil fenotipik untuk membedah sifat-sifat kompleks
Diterbitkan:15 April 2015
dan menemukan komponen baru. Profil fenotipik kami memungkinkan penemuan tujuh belas mutan penghindaran naungan baru. Hasil kami
Hak cipta:© 2015 Nozue dkk. Ini adalah artikel akses menunjukkan bahwa pemilihan mutan yang logis meningkatkan keberhasilan profil fenotipik untuk membedah sifat-sifat kompleks dan
terbuka yang didistribusikan di bawah ketentuan Lisensi
menemukan komponen baru.
Atribusi Creative Commons , yang mengizinkan
penggunaan, distribusi, dan reproduksi tanpa batas dalam
media apa pun, asalkan penulis dan sumber aslinya
dicantumkan.
Ringkasan Penulis
Pernyataan Ketersediaan Data:Semua skrip R untuk
makalah ini dan data mentah tersedia dihttps:// Karena tanaman bergantung pada cahaya untuk fotosintesis, naungan tanaman yang berdekatan dapat
bitbucket. org/knozue/sasphenotyping . Data RNA- merusak kelangsungan hidup. Banyak tanaman merasakan dan merespon naungan tetangga untuk
seq dalam penelitian ini telah disimpan di NCBI SRA
bersaing mendapatkan cahaya. Meskipun naungan menyebabkan respons di seluruh tanaman (secara
(Study ID PRJNA214254) dan database NCBI GEO
kolektif dikenal sebagai sindrom penghindaran naungan atau SAS), sebagian besar studi SAS terbatas pada
(aksesi GSE66967).
analisis gen tunggal pada bibit. Di sini kita bergerak melampaui analisis ini dengan mengambil studi multi-
Pendanaan:Kami mengakui dukungan keuangan dari
gen, multi-sifat SAS di seluruh tahap perkembangan. Baru-baru ini, studi seluruh genom yang memeriksa
Sistem Organisme Integratif National Science Foundation
koleksi mutan besar telah dieksploitasi untuk menentukan jalur dan interaksi mereka yang bergabung untuk
(http://www.nsf.gov/div/index.jsp?div=IOS ; IOS-0923752)
dan proyek USDA NIFA Departemen Pertanian Amerika
menentukan fenotipe kompleks. Jenis analisis ini (profil fenotipik) biasanya menggunakan ribuan mutan dan
Serikat (http://www.csrees. usda.gov/ ; CA-D-PLB-7226-H) fenotip robotik untuk menguji banyak karakter.
ke JNM. Para penyandang dana
Genetika POS | DOI:10.1371/journal.pgen.1004953 15 April 2015 1 / 26

Sindrom Penghindaran Naungan pada Tanaman Dewasa
tidak memiliki peran dalam desain studi, pengumpulan dan
analisis data, keputusan untuk menerbitkan, atau persiapan dalam banyak garis mutan. Dalam makalah ini, kami mengembangkan alternatif terarah yang memungkinkan kami
naskah.
mengambil pendekatan serupa untuk memahami SAS. Untuk mengurangi jumlah mutan yang diperlukan untuk
Minat Bersaing:Para penulis telah menyatakan bahwa tidak pendekatan semacam itu, kami menggunakan prosedur seleksi logis untuk menentukan mutan yang diminati
ada kepentingan yang bersaing. dengan analisis representasi berlebihan dari gen yang responsif terhadap naungan. Kami menemukan setidaknya
tiga subkelompok berbeda dari respons naungan, dan bahwa setiap subkelompok memiliki jalur bersama dan
terpisah. Juga, kami menemukan delapan belas gen baru yang terlibat dalam SAS. Oleh karena itu, metode kami
berguna untuk pembuatan profil fenotipik multidimensi tanpa robot yang mahal.
pengantar
naungan tajuk tanaman membatasi cahaya yang tersedia untuk fotosintesis. Karena tanaman bersifat sesil, ini
menghadirkan tantangan khusus. Mungkin sebagai akibatnya tanaman mengembangkan sistem sensorik kualitas
cahaya untuk naungan kanopi; persepsi naungan foiliar dan/atau pantulan dari tanaman tetangga (“deteksi
tetangga") dapat menginduksi sindrom penghindaran naungan (SAS) adalah kumpulan respons terhadap
naungan tajuk pada tanaman. Respon SAS ini dapat dilihat pada semua tahap perkembangan dari biji hingga
tanaman dewasa.1 ]. Berbagai organ tanaman memanjang di bawah naungan, termasuk hipokotil (batang) bibit
muda, ruas, dan tangkai daun tanaman tua. Selanjutnya naungan menginduksi gerakan daun ke atas,
mempercepat waktu berbunga (transisi perkembangan dari fase vegetatif ke fase reproduksi), menekan
percabangan pucuk, dan mengubah alokasi sumber daya.1 ]. Semua respons ini dapat membantu untuk
meningkatkan kelangsungan hidup ketika ada persaingan untuk mendapatkan cahaya dari tanaman tetangga.
Naungan daun, yang telah mengurangi radiasi aktif fotosintesis (PAR) dapat dideteksi baik oleh fotoreseptor
kriptokrom karena intensitasnya yang berkurang dari cahaya biru dan oleh fotoreseptor fitokrom karena
berkurangnya rasio cahaya merah terhadap cahaya merah jauh.1 ]. Hebatnya, tanaman dapat melihat tetangga
terdekat bahkan sebelum naungan sejati dan pengurangan PAR secara bersamaan. Jenis deteksi tetangga ini
dimungkinkan karena, meskipun PAR tidak berkurang, cahaya yang dipantulkan dari tetangga memiliki rasio yang
berkurang dari cahaya merah ke merah jauh yang dapat dideteksi oleh fitokrom [1 ,2 ]. Di sini kami menggunakan
protokol deteksi tetangga untuk fokus pada respons yang dimediasi fitokrom. Analisis terperinci dari
pemanjangan hipokotil yang diinduksi naungan telah mengungkapkan bahwa persepsi cahaya mengaktifkan
faktor transkripsi (TF) yang, pada gilirannya, memodulasi jalur hormon tanaman untuk mendorong pertumbuhan
organ. Sebagai contoh, protein TF PHYTOCHROME-INTERACTOR FACTOR (PIF) 5 distabilkan di bawah naungan dan
menginduksi transkripsi gen yang penting untuk sintesis hormon pemacu pertumbuhan auksin [3 ,4 ]. Contoh lain
adalah bahwa pada perlakuan naungan, PIF7 didefosforilasi dan diaktifkan untuk menginduksiYUCCA (YUC) 2,
YUC5, YUC8,dan YUC9gen biosintetik auksin [5 ].
Hormon tumbuhan mengatur banyak aspek perkembangan dan pertumbuhan. Setidaknya lima jalur
hormon tanaman terkait dengan SAS; auksin, brassinosteroid (BR), asam giberelat (GA), etilen, dan
sitokinin (CK). Banyak gen responsif auksin atau BR diinduksi oleh pengobatan far-red akhir hari (EODFR,
proksi untuk pengobatan naungan) dan keduanya auksin (besardanpenghindaran naungan 3 (sav3) /
triptofan aminotransferase dari Arabidopsis 1 (taa1))dan BR (rotundifolia3 (rot3)) mutan menunjukkan
pengurangan perpanjangan tangkai daun yang diinduksi naungan atau EODFR serta ekspresi gen yang
diinduksi naungan [6 ,7 ]. Ada beberapa bukti bahwa GA dan CK terlibat dalam SAS daun [8,9,10]. Naungan
juga mempengaruhi sistem kekebalan tanaman yang dimediasi asam jasmonic (JA) [11 ] dan mengurangi
tingkat JA volatil [12 ]. Namun, seluruh jaringan pensinyalan cahaya dan jalur hormon dalam regulasi
penghindaran naungan tidak jelas. Juga, sejauh mana jalur bersama dan terpisah untuk setiap respons
penghindaran naungan saat ini tidak diketahui. Sebagian ini adalah

karena setiap mutan SAS telah diuji dalam kondisi eksperimen yang berbeda sehingga sulit untuk
membandingkan konsekuensi fenotipik dari masing-masing mutan.
Profil fenotipik mutan genetik dengan fenotipe throughput tinggi adalah metode yang ampuh
untuk menggoda jaringan gen yang kompleks [13 ]. Profil fenotipik sistematis dari beberapa sifat
berasal dari studi bakteri, diikuti oleh studi pada sel eukariotik tunggal seperti ragi dan sel hewan
yang dikultur.14 ]. Pembuatan profil fenotipik multidimensi dari organisme multiseluler yang
mengalami gangguan gen telah dilakukan baik pada invertebrata maupun vertebrata [15,16,17].
Pada tanaman, profil fenotipik galur inbrida rekombinan atau populasi alami telah dilakukan untuk
analisis QTL atau studi asosiasi genom.18 ], tetapi belum diterapkan pada mutan terinduksi pada
tanaman.
Kemajuan teknologi otomatis dan robotik memungkinkan untuk melakukan fenotip dengan
throughput tinggi. Di pabrik, sistem fenotip robotik throughput tinggi telah dilaporkan (ditinjau dalam [19,
20]), tetapi penggunaannya dalam penelitian baru-baru ini diterbitkan [21 ]. Profil dari beberapa fenotipe
pada tanaman gen tertentu yang terganggu telah dilaporkan dalam studi pola sel epidermis akar [22 ] dan
sinyal lampu merah [23,24], yang menunjukkan efektivitas pendekatan reversegenetics untuk memulihkan
mutan yang menarik dari data transkriptom.
Di sini kami memperluas pendekatan ini ke beberapa fenotipe untuk mengembangkan pemahaman tingkat
sistem tentang penghindaran naungan. Kami memanfaatkan sistem pengukuran bentuk daun semi-otomatis yang
baru dikembangkan untuk pengukuran throughput penghindaran naungan pada daun [25 ]. Lebih lanjut, kami
bertujuan untuk mempersempit kandidat gen yang terlibat dalam SAS untuk disaring daripada menyaring seluruh
koleksi mutan knockout atau populasi yang dimutagenkan. Untuk tujuan ini, kami memilih kandidat mutan
berdasarkan analisis representasi berlebihan dari gen yang responsif terhadap naungan di daun. Profil fenotip
luas kami dari hipokotil, daun, dan waktu berbunga pada mutan terpilih telah memungkinkan kami untuk
membedah jaringan sindrom penghindaran naungan yang kompleks.
Hasil dan Diskusi

Kumpulan gen bersama dan terpisah diperkaya dalam gen yang responsif terhadap
naungan diArabidopsisdaerah semai dan daun/apikal
Untuk mulai menentukan gen yang diperlukan untuk SAS di daerah daun/apikal, setelah tahap pembibitan, kami
melakukan eksperimen pembuatan profil ekspresi untuk menemukan gen yang diinduksi atau ditekan oleh
naungan simulasi. Eksperimen profil ekspresi SAS sebelumnya telah menggunakan microarray dan berfokus pada
bibit atau secara khusus pada tangkai daun atau helaian daun setelah perlakuan EODFR [6,7,26]. Untuk
mendapatkan pandangan yang lebih luas tentang perubahan ekspresi pada tanaman yang lebih tua, kami
memanen jaringan puncak daun dan pucuk dan menggunakan RNAseq (statistik disajikan dalamMeja S1 ) sejak
yang paling umumArabidopsismicroarray (Affymetrix ATH1) hanya mencakup sekitar 70% gen yang ditentukan
dalam transkriptom. Kami membandingkan ekspresi gen dalam sampel yang diperlakukan dengan bayangan
simulasi (cahaya putih yang dilengkapi dengan lampu merah jauh untuk mencapai R/FR 0,5 dan 80-100 E PAR)
selama 1 jam atau 4 jam dengan sampel kontrol yang tidak diberi perlakuan (R/FR = 1,9 dan 80–100 E PAR) dan
menemukan total 164 dan 97 gen untuk diekspresikan secara berbeda (FDR <0,001;Meja S2 LihatMaterial dan
metode ). Gen terinduksi naungan yang paling dikenal pada daun ditemukan dalam daftar kami (teks tebal diMeja
S2 , 1 jam setelah dimulainya perawatan naungan) [3,4,7,27,28,29]. Ada korelasi tinggi dari perubahan lipatan
ekspresi dengan perlakuan naungan antara data kami dan data microarray yang dipublikasikan di daun [6 ] (
Gambar S1 ), mengkonfirmasikan bahwa analisis transkripsional berbasis RNA-seq kami dapat diandalkan. Korelasi
yang signifikan dari gen responsif naungan antara bibit dan daun menunjukkan mekanisme umum yang ada
antara kedua organ ini (Gambar S1 ). Selain itu kami mengidentifikasi 38 (pengobatan 1 jam) dan 19 (pengobatan 4
jam) gen yang tidak ada padaArabidopsisMicroarray ATH1, termasuk gen yang diinduksi naungan yang diketahui
PHYTOCHROME-INTERACTOR-FACTOR-3 SEPERTI I (PIL1) [3,30 ], sedangkan 50 (1 jam) dan 68

(4 jam) gen ada di ATH1 tetapi sebelumnya tidak ditemukan sebagai gen yang responsif terhadap naungan di tangkai daun atau daun yang
diberi perlakuan EODFR (Meja S2 ).
Analisis pengayaan GO menunjukkan bahwa tanaman merespons perlakuan naungan 1 jam dan 4 jam
secara berbeda (Tabel1 dan2 ). Dua istilah GO yang umum untuk kedua titik waktu adalah GO:0009733
(respons terhadap stimulus auksin) dan GO:0009753 (respons terhadap stimulus JA). Gen terkait
penghindaran naungan yang diketahui juga diperkaya dalam perawatan 1 jam, tetapi tidak dalam
perawatan 4 jam. Jalur terkait kekebalan tanaman (GO:0009611 (respon terhadap luka) dan GO:0009617
(respon terhadap bakteri), yang terkait dengan jalur JA, diperkaya dalam perawatan 4 jam.
Telah dijelaskan bahwa beberapa jalur hormon tanaman, seperti auksin, BR, dan GA, terlibat dalam
SAS.1 ]. Untuk mendapatkan pemahaman yang lebih baik tentang keterlibatan jalur hormon dalam SAS,
analisis representasi berlebih (ORA) dilakukan untuk menguji apakah ada gen responsif hormon yang
diperkaya di antara gen yang diatur naungan (Tabel 3 ). Konsisten dengan ORA dengan data microarray
daun sebelumnya pada pengobatan EODFR, jalur auksin, BR, dan JA diperkaya [6 ]. Selain itu, kami
menemukan bahwa jalur etilen dan asam absisat (ABA) diperkaya dalam kumpulan data kami. Keterlibatan
etilena dalam SAS disarankan karena naungan meningkatkan kadar etilen ambien diSorgum [31 ] dan
tembakau [32 ]. Namun produksi etilen hanya diperlukan untuk respon awal terhadap naungan di tangkai
daun dan batang, tetapi tidak untuk respon di sudut daun.32 ], meskipun etilen menginduksi hiponasty
daun [33 ], pemanjangan hipokotil [34 ], dan pemanjangan batang [35 ]. Keterlibatan ABA dalam SAS
dikenal karena percabangan yang ditekan naungan [36 ], tetapi belum dilaporkan terlibat dalam respons
penghindaran naungan yang diperiksa dalam makalah ini. Menariknya daun tanaman tomat yang diberi
perlakuan naungan empat hari mengalami peningkatan kadar prekursor etilen dan ABA.37 ]. Singkatnya,
perbedaan signifikan dalam transkriptom responsif naungan pada dua titik waktu ini mencerminkan
perubahan temporal dinamis dari kaskade pensinyalan SAS awal.
Tabel 1. Analisis kategori GO gen responsif naungan 1 jam di daerah daun/apikal.
kategori Ketentuan over_represented_pvalue nilai over_represented_padjust
PERGI:0009733 respon terhadap stimulus auksin 2.70e-41 6.70e-38

PERGI: 0010583 respon terhadap siklopentanon 7.49e-07 6.61e-04
PERGI: 0009753 respons terhadap stimulus asam jasmonic 8.00-07 6.61e-04
PERGI:0009641 penghindaran bayangan 3.03e-06 1.88e-03
PERGI:0009630 gravitropisme 5.48e-06 2.72e-03
PERGI:0009741 respon terhadap stimulus brassinosteroid 7.92e-06 3.27e-03
Tanaman ditumbuhkan pada tanah di bawah sinar matahari simulasi (R/FR = 1,9) dan hari panjang (16/8 jam) selama dua minggu, kemudian dipindahkan ke naungan
simulasi (R/FR = 0,5) atau dibiarkan dalam kondisi matahari. Bagian atas tanah tidak termasuk hipokotil dikumpulkan pada perlakuan naungan 1 jam di daun. Istilah dengan
nilai p yang disesuaikan dengan metode Benjamini & Hochberg [135 ] <0,01 dipilih dari analisis GOseq.
doi:10.1371/journal.pgen.1004953.t001
Tabel 2. Analisis kategori GO dari gen responsif naungan 4 jam di daerah daun/apikal.
kategori Ketentuan over_represented_pvalue nilai over_represented_padjust
PERGI: 0009753 respons terhadap stimulus asam jasmonic 5.27e-10 1.31e-06

PERGI:0009611 respon terhadap luka 2.29e-09 2.84e-06
PERGI:0055114 proses oksidasi-reduksi 2.75e-07 2.27e-04
PERGI:0080167 tanggapan terhadap karrikin 2.08e-06 1.10e-03
PERGI:0009733 respon terhadap stimulus auksin 2.21e-06 1.10e-03
PERGI:0009617 respon terhadap bakteri 2.92e-06 1.21e-03
Sama denganTabel 1 kecuali perawatan naungan 4 jam alih-alih perawatan naungan 1 jam

Tabel 3. Analisis representasi berlebih dari gen responsif naungan dan gen responsif hormon.
Perawatan naungan 1 jam Perawatan naungan 4 jam
diatur oleh hormon KE ATAS TURUN KE ATAS TURUN
IAA UP 4,59e-75 1 1.2e-06 0,138

IAA BAWAH 1 0,0642 0,152 1
BR UP 0,000269 1 1 1
BR BAWAH 1.04e-10 1 0,00355 1
GA UP 1 1 1 1
GA BAWAH 0,00148 1 1 1
JA UP 0,0083 0 8.34e-18 0,0567
JA BAWAH 1.9e-12 1 0,000406 1
CK UP 0,00259 1 1 1
CK BAWAH 1 1 1 1
ABA UP 0,0258 0,431 1.31e-07 1
ABA BAWAH 0,00141 0,252 0,0064 1
ACC UP 1.58e-05 1 0,000106 1
nilai-p dihitung oleh GOseq [129 ] dan disesuaikan dengan koreksi Benjamini & Hochberg [135 ].
Selanjutnya kami menanyakan apakah data transkriptom naungan bibit sebelumnya [7 ] menunjukkan
tren yang sama dengan data kami. Kami menemukan bahwa ada istilah GO umum dan spesifik antara
hipokotil dan set data wilayah daun/apikal kami (Tabel1 ,2 , dan4 ). Dari istilah umum, kami fokus pada
GO:0009733 (respons terhadap stimulus auksin), GO:0009741 (respons terhadap stimulus BR), dan
Tabel 4. Analisis kategori GO dari gen responsif naungan 1 jam dalam hipokotil.
kategori Ketentuan over_represented_pvalue
PERGI:0009719 respon terhadap stimulus endogen 1.72e-38

PERGI:0010033 respons terhadap zat organik 1.46e-32
PERGI:0009725 respon terhadap rangsangan hormon 9.18e-32
PERGI:0009733 respon terhadap stimulus auksin 6.02e-28
PERGI:0042221 respon terhadap stimulus kimia 3.04e-24
PERGI:0050896 respon terhadap rangsangan 1.23e-17
PERGI:0009741 respon terhadap stimulus brassinosteroid 5.38e-16
PERGI: 1901700 respons terhadap senyawa yang mengandung oksigen 2.03e-12
PERGI:0033993 respon terhadap lipid 7.38e-10
PERGI:0097305 respon terhadap alkohol 1.25e-09
PERGI:0009639 respons terhadap lampu merah atau merah jauh 2.94e-09
PERGI:0014070 respons terhadap senyawa siklik organik 4.45e-09
PERGI:0065007 regulasi biologis 1.62e-08
PERGI:0009612 respon terhadap stimulus mekanik 2.55e-08
PERGI:0009641 penghindaran bayangan 5.70e-08
PERGI:0010200 respon terhadap kitin 2.78e-07
PERGI:0010243 respons terhadap nitrogen organik 4.77e-07
PERGI:0009416 respon terhadap rangsangan cahaya 8.17e-07
PERGI:0009314 respon terhadap radiasi 2.87e-06
PERGI:0009628 respon terhadap stimulus abiotik 4.51e-06
Sama denganTabel 1 kecuali perlakuan naungan selama 1 jam pada hipokotil dan bukan pada perlakuan naungan selama 1 jam pada daun. Data ekspresi berasal dari [7 ]. Istilah
dengan pvalue<1e-5 dipilih dari analisis amiGO.

GO:0009641 (penghindaran bayangan). Di antara istilah khusus daerah daun/apikal GO:0009753

(respons terhadap stimulus JA) sangat menarik karena peran jalur JA dalam aspek morfologi SAS
tidak sepenuhnya dipahami. Berdasarkan ORA kami, kami memilih untuk memasukkan mutan gen
dalam kategori ini dalam profil fenotipik kami (lihat di bawah).
Profil fenotipe daun dari lima puluh sembilan garis mutan

Kami berhipotesis bahwa gen dan/atau jalur yang responsif terhadap naungan diperlukan untuk SAS yang tepat
karena di antara 34 gen penyebab pada mutan hipokotil SAS yang diketahui 11 (TAA1, PIN3, YUC2, YUC5, YUC8,
YUC9, BIM1, GAI, PHYB, PAR1, HAT3)dari mereka memiliki transkrip yang responsif terhadap naungan (Tabel S3 ).
Berdasarkan daftar gen yang diekspresikan secara berbeda dan pengetahuan sebelumnya, kami memilih 59 galur
mutan yang mencakup 59 gen mutan (walaupun beberapa galur memiliki lebih dari satu gen mutan) dari sembilan
kategori (auxin, GA, JA, BR, pensinyalan cahaya, penghindaran naungan, pembungaan waktu, ukuran daun, dan
gen responsif naungan yang tidak diketahui) (Gambar 1 ). Kami memprioritaskan jalur auksin dan JA karena kedua
jalur diperkaya di kedua titik waktu analisis transkriptom kami (lihat di atas).
Pemanjangan tangkai daun merupakan komponen penting dari SAS, tetapi sebagian besar perangkat lunak
pengukuran fenotipe daun tidak melaporkan tangkai daun dan panjang bilah. Fenotipe mutan/ekspresor berlebih dengan
jalur yang diminati adalah metode langsung untuk menguji apakah gen yang diberikan dalam jalur tersebut terlibat dalam
fenotipe yang Anda minati. Pada langkah pertama menuju petiole throughput tinggi dan fenotip blade, kami
mengembangkan LeafJ, plug-in ImageJ, yang merupakan sistem pengukuran yang lebih akurat dan lebih cepat daripada
metode manual [25 ].

Untuk menormalkan pemanjangan tangkai daun antara genotipe dengan ukuran daun yang berbeda, kami
menghitung rasio panjang tangkai daun terhadap panjang bilah. Signifikansi statistik antara Col di bawah perawatan
matahari dan efek perawatan naungan diperiksa dengan model efek campuran (Gambar 2 ). Mutan yang menunjukkan
respons yang berbeda secara statistik terhadap naungan bila dibandingkan dengan tipe liar yang sesuai (P<0,05; lihat
Metode ) dianggap memiliki fenotipe SAS yang signifikan. Di Col, kami dapat mendeteksi pemanjangan tangkai daun yang
diinduksi naungan yang signifikan dan peningkatan rasio panjang tangkai daun terhadap panjang bilah daun (Gambar S2F
danTabel S3 ), tetapi tidak pada parameter helaian daun lainnya (panjang, lebar, dan luas) (S2C –Gambar S2E ). Beberapa
penelitian lain telah melaporkan bahwa luas daun meningkat atau menurun pada perlakuan naungan; perbedaan antara
penelitian ini dan kami mungkin karena perbedaan kondisi pertumbuhan tanaman atau karena tahap perkembangan
daun kami mungkin terlalu muda untuk menunjukkan respons ini [7,38,39,40]. Membandingkan kinetika perkembangan
daun di bawah kedua kondisi cahaya dapat memberi tahu kita kapan pemanjangan organ yang responsif terhadap
naungan terjadi dan harus diperiksa dalam penelitian selanjutnya.
Dengan menyaring 59 galur mutan ini, kami menemukan 33 mutan yang menunjukkan perbedaan
setidaknya satu sifat dari ekotipe latar belakang (Gambar 2 , danTabel S3 ). 33 mutan ini termasuk gen
dalam auksin, asam jasmonic, dan jalur pensinyalan cahaya. Keterlibatan auksin dalam pemanjangan
tangkai daun pada perlakuan lampu merah jauh telah dilaporkan sebelumnya.5 ], sedangkan belum ada
laporan keterlibatan JA dalam penghindaran naungan tangkai daun. Detail mutan tersebut akan dibahas di
bawah ini. Penting untuk dicatat bahwa kami menguji seri daun dari setiap tanaman di mana beberapa
daun masih berkembang dan yang lain matang. Akibatnya, mutasi yang telah kami identifikasi dapat
mempengaruhi perkembangan daun itu sendiri atau waktu perkembangan (proporsi daun yang melebar
ke daun yang melebar).
Akselerasi waktu berbunga yang diinduksi naungan dari lima puluh sembilan garis mutan
Dibandingkan dengan fenotipe SAS lainnya, hanya tujuh galur mutan untuk percepatan waktu
pembungaan yang telah dijelaskan; mutan fitokrom (phytochromeB (phyB) phyD, phyB/D/E) [41,42],
mutan waktu berbunga yang diketahui (konstanta (bersama)dangigantea (gi)) [43 ], jam sirkadian
Genetika POS | DOI:10.1371/journal.pgen.1004953 15 April 2015 6/26

Gambar 1. Mutan yang digunakan dalam pembuatan profil fenotipik SAS.Gen yang diinduksi naungan ditampilkan dalam warna magenta bold dan shade-repressed ditampilkan dalam warna
hijau. Genotipe latar untuk hampir semua mutan adalah Col (genotipe lain ditunjukkan dalam tanda kurung).
doi:10.1371/journal.pgen.1004953.g001

Gambar 2. Profil fenotipik dari 59 mutan/ekspresor berlebih.Untuk fenotipe hipokotil, tanaman ditumbuhkan di bawah simulasi
kondisi matahari terus menerus (R/FR = 1,3) selama empat hari dan selanjutnya ditanam selama tiga hari di bawah sinar matahari
simulasi atau naungan simulasi (R/FR = 0,5). Untuk fenotipe daun, tanaman ditumbuhkan pada kondisi siang hari yang panjang (16
jam terang/8 jam gelap) dengan sekitar 90 E PAR (R/FR = 1,9). Tanaman berumur dua minggu selanjutnya ditanam selama 12 hari di
bawah sinar matahari simulasi (R/FR = 1,9) atau naungan simulasi (R/FR = 0,5). Untuk

Fenotipe waktu berbunga tanaman yang ditumbuhkan pada kondisi yang sama dengan fenotipe daun dan hari setelah stratifikasi
pada baut digunakan untuk indeks waktu berbunga. Untuk peta panas pengelompokan fenotipe, perbedaan antara nilai naungan
dan matahari (kecuali waktu berbunga) dinormalisasi dan dipusatkan pada Col (yaitu, nilai Col = 0) dan divisualisasikan dengan kode
warna (magenta menunjukkan respons yang lebih besar daripada Col sedangkan hijau menunjukkan pengurangan respons relatif
terhadap Col ). Untuk waktu berbunga, respons terhadap naungan dinormalisasi terhadap waktu berbunga di bawah kondisi
matahari untuk menghilangkan ketergantungan respons yang kuat pada waktu berbunga di bawah kondisi matahari (lihatGambar
S2H untuk data yang dinormalisasi danGambar S2G untuk data yang tidak dinormalisasi). Tanda bintang (*) dari hipokotil.panjang
hingga berbunga.waktu menunjukkan perbedaan yang signifikan dari jenis liar yang sesuai (nilai-p<0,05). Meskipun SPT_ox
tampaknya merupakan mutan SAS dalam waktu berbunga (metode residu,Gambar S3H ), dieliminasi dari mutan SAS pada waktu
berbunga (metode residual) karena genotipe latarnya (Leh)juga menunjukkan pergeseran serupa dari garis regresi. Warna nama
mutan sesuai dengan kelompok yang ditemukan diGambar 1 . Pengelompokan mutan menurut fenotipenya ditunjukkan pada
dendgogram di sebelah kanan. Pengelompokan sifat ditunjukkan pada dendrogram atas. Fenotipe yang diketahui untuk hipokotil,
tangkai daun, atau waktu berbunga ditampilkan dalam kotak berwarna (kuning-hijau untuk respons yang lebih sedikit, biru untuk
respons normal, dan magenta untuk respons yang berlebihan).
komponen (berbunga awal 3 (elf3)) [44 ], mutan terkait auksin (besar1) [45 ], dan mutan kompleks mediator (
fitokrom dan waktu berbunga 1 (pft1)) [46 ]. Profil fenotipik SAS kami menyediakan mutan tambahan untuk
pembungaan yang dipercepat naungan. Dalam kondisi kami perawatan naungan mempercepat waktu berbunga
sekitar 10% di Col, yang kurang efektif daripada yang dilaporkan sebelumnya (35-40% [42,43,47]). Percepatan kecil
ini karena perawatan naungan kami dimulai ketika tanaman sudah hampir berbunga dalam kondisi hari yang
panjang. Mungkin karena ini kami mengamati korelasi terbalik yang kuat antara respons naungan waktu
berbunga dan waktu berbunga di bawah sinar matahari (Gambar S3H ; genotipe yang berbunga kemudian di
bawah sinar matahari lebih responsif terhadap naungan). Mengingat korelasi ini, kami mendefinisikan dua
kategori mutan respons naungan waktu berbunga. Satu kategori (“waktu berbunga” diGambar 2 ) terdiri dari
mutan yang respon naungan log2nya berbeda dengan Kol-0. Kategori kedua (“flowering.time.resid” diGambar 2 )
adalah mutan yang responnya berbeda secara signifikan dari yang diharapkan berdasarkan waktu berbunga
mereka di bawah sinar matahari (lihatMetode ). Meskipun kondisi eksperimental kami kurang optimal untuk
mendeteksi percepatan waktu berbunga dan kami tidak dapat mereproduksi respons yang berkurang terhadap
naunganpft1,kami menemukan enam mutan SAS waktu berbunga baru;cryptochrome (cry) 1 cry2 (cry1/2),
perubahan regulasi tryptophan 4 (atr4), reveille 8/lhy-cca1-like 5 (rve8/lcl5), coronatine insensitive 1 (coi1), myc2/
jasmonate insensitive1 (jin1) ,danjasmonate-zim-domain protein 5 (jaz5) (Gambar 2 , danTabel S3 ). Detail mutan
tersebut akan dibahas di bawah ini.
Jalur terpisah dan tumpang tindih untuk tiga respons penghindaran naungan yang
berbeda
Untuk menyelidiki berapa banyak gen yang diteliti yang diperlukan untuk respons penghindaran naungan
normal pada daun dan hipokotil, kami menguji hipokotil SAS di 59 panel mutan yang sama (Gambar S3A ,
Gambar 1 , danTabel S3 ). Di antara delapan belas mutan hipokotil SAS yang dilaporkan sebelumnya diuji,
kami mengamati perubahan fenotipe SAS dalam enam mutan (28%). Tingkat validasi yang relatif rendah
ini mungkin disebabkan oleh perbedaan kondisi pertumbuhan seperti panjang hari, rasio merah jauh-
merah yang digunakan untuk matahari dan naungan, atau apakah naungan diterapkan sepanjang hari
atau disimulasikan oleh EODFR. Selain mutan SAS yang dijelaskan sebelumnya, kami menemukan tujuh
garis mutan dengan cacat hipokotil SAS yang sebelumnya tidak diketahui (giberelin 20-oksidase (ga20ox) 1
ga20ox2 (ga20ox1/2), fitokrom diatur dengan cepat (par) 2-1, indole-3-acetic acid inducible (iaa)6iaa19
(iaa6/19), protein jari seng yang diatur cahaya 1 (lzf1), spatula (spt), hipokotil 5 (hy5) memanjang, cry1/2,
danatr4).
Profil fenotip mutan kami juga mengungkapkan bahwa dua indeks berbeda untuk satu fenotipe (“panjang
tangkai daun” dan rasio “rasio panjang daun tangkai daun” untuk SAS dalam tangkai daun; "flowering.time" dan
"flowering.time.resid" untuk SAS dalam waktu berbunga) dikelompokkan bersama, dua fenotipe pemanjangan
(pemanjangan hipokotil dan pemanjangan tangkai daun) dikelompokkan sementara keduanya

fenotipe pemanjangan dan waktu pembungaan berbeda (dendrogram atas dalamGambar 2 ).

Meneliti gen mana yang memiliki fenotipe mutan untuk setiap sifat mengungkapkan bahwa ada
jalur umum dan terpisah untuk setiap respons penghindaran naungan (Gambar 2 danTabel S3 ).
Gen terkait auksin diperlukan untuk semua respons; fitokrom dan tiga TF (LZF1, HY5,danPIL1)
terlibat dalam respon hipokotil dan daun; kriptokrom terlibat dalam respons hipokotil dan waktu
pembungaan; dan jalur terkait JA terlibat dalam respons tangkai daun dan waktu pembungaan. Dua
belas gen diperlukan khusus untuk respons tangkai daun dan dua gen diperlukan khusus untuk
respons hipokotil (Gambar 2 danMeja S2 ). Hasil kami juga menunjukkan bahwa strategi kami
sangat kuat untuk mengidentifikasi gen baru yang diperlukan untuk respons penghindaran
naungan ini, termasuk gen dalam jalur cahaya, auksin, JA, dan BR (Meja S2 ). Rincian gen-gen
tersebut akan dibahas pada bagian berikut.
Perbedaan dalam set gen yang diperlukan untuk respons penghindaran naungan di hipokotil dan daun
konsisten dengan analisis GO gen responsif naungan di hipokotil atau jaringan daun (Tabel1 ,2 , dan4 ). Misalnya
GO:0009753 (respons terhadap stimulus JA) hanya ditemukan di set data daun dan kami menemukan bahwa
mutan yang memengaruhi jalur JA hanya memengaruhi fenotipe SAS pada tanaman dewasa. Ada laporan
sebelumnya tentang JA yang mempengaruhi SAS bibit, tetapi ini di bawah R:FR (0,068) yang sangat rendah dan JA
ditemukan bertindak dengan memodulasi pensinyalan phyA [48 ]. Di bawah kondisi R:FR rendah yang lebih
moderat yang digunakan dalam penelitian ini dan untuk uji microarray bibit [7 ], phyA tidak terlibat (Gambar 2 )
dan phyB adalah reseptor utama untuk naungan. Jadi, di bawah kondisi naungan sedang, JA cenderung
mempengaruhi SAS dewasa daripada bibit.
Temuan kami bahwa jalur waktu berbunga dalam menanggapi naungan berbeda dari hipokotil
konsisten dengan data sebelumnya. Misalnya, diubahARABIDPSIS THALIANA HOMEOBOX PROTEIN 2
ekspresi mengubah respons penghindaran naungan di hipokotil [49 ] tetapi tidak pada waktu berbunga [
43 ]. Tambahan,penekan fitokrom a-105 (spa1/2/3/4)mutan empat kali lipat danfotomorfogenesis
konstitutif 1 (cop1)menunjukkan percepatan waktu berbunga yang diinduksi naungan, tetapi tidak
menunjukkan pemanjangan hipokotil yang diinduksi naungan [50 ].
Jalur sindrom penghindaran naungan yang diperbarui

Di antara 59 garis mutan yang diuji, kami dapat mendeteksi 33 mutan dengan cacat dalam setidaknya satu respons
penghindaran naungan, termasuk 20 garis mutan baru (Gambar 2 ). Diagram skematik jalur pensinyalan SAS ditunjukkan
pada:Gambar 3 . Fenotipe SAS dengan mutan yang digunakan dalam penelitian ini dan mutan SAS yang diketahui
dirangkum dalamTabel S3 . Di bawah ini kami membahas detail jalur yang sesuai dengan setiap kategori mutan diGambar
1 dan kemudian membahas pengelompokan fenotip mutan SAS (Gambar 2 ).
Jalur sinyal cahaya.Kami mensimulasikan naungan kanopi hanya dengan mengubah rasio R/FR, yang
dirasakan oleh fitokrom. LimaPHYgen dalamArabidopsis thalianamemiliki sebagian fungsi yang tumpang
tindih [51 ]. Profil fenotipik kami menunjukkanPHYBmerupakan fotoreseptor utama danPHYAmemiliki
fungsi minor denganPHYBdalam respon SAS hipokotil dan daun dalam kondisi R/FR rendah karenaphyA
fenotipe mutan hanya dapat diamati pada aphyBlatar belakang mutan, konsisten dengan data sebelumnya
[1 ] (Tabel S3 ,S3A ,S3B , danGambar S3F ). Situasinya berbeda untuk waktu berbunga dimanaPHYBtidak
mendominasi respons, melainkan berlebihan denganPHYDdanPHYE [47 ]. Hal ini sesuai dengan data kami
bahwaphyBdan bahkanphyA/B menunjukkan percepatan naungan normal waktu berbunga (Gambar 2 ).
Kami menemukan bahwa fotoreseptor cahaya biru CRY penting untuk hipokotil yang tepat dan waktu
berbunga SAS di bawah naungan kanopi yang disimulasikan. Awalnya ini mengejutkan karena simulasi
kondisi matahari dan naungan kami hanya mengubah rasio R/FR tetapi memiliki radiasi biru yang sama.
Namun, fotoreseptor cahaya biru CRY1 dan CRY2 dariArabidopsis thalianadiketahui berinteraksi secara
genetik dengan pensinyalan fitokrom dalam respons fotomorfogenik lainnya
[52,53,54,55,56,57,58,59,60]. Ada banyak peristiwa molekuler yang diketahui terjadi pada

Gambar 3. Skema representasi transduksi sinyal yang diusulkan untuk sindrom penghindaran bayangan. PIF mewakili
PIF3, PIF4, PIF5, PIF7, PIL1, dan SPT. JAZ mewakili JAZ5 dan JAZ10. Garis hitam menunjukkan interaksi genetik, garis
biru menunjukkan interaksi langsung, dan garis kuning menunjukkan biosintesis/metabolisme hormon. Garis tanpa
panah adalah untuk interaksi di mana arah tidak diketahui. Garis putus-putus menunjukkan interaksi hipotetis. SCL13
dihilangkan karena fungsinya yang tidak diketahui dalam konteks ini.
aktivasi fitokrom yang dapat menjelaskan interaksi fungsional antara fitokrom dan kriptokrom. Salah satu
contohnya adalah interaksi PHYB-CRY1 yang bergantung pada cahaya [61 ] dan interaksi ligase CRY-COP1 E3
bergantung cahaya [62 ]. Studi terbaru menunjukkan COP1 dan protein interaksinya SPA1/2/3/4 juga diperlukan
untuk SAS di hipokotil.50,63,64], sehingga sistem COP1-SPA dapat menjadi komponen kunci interaksi fitokrom-
kriptokrom yang diamati dalam data kami. walaupunmenangis1/2double menunjukkan penurunan SAS pada
hipokotil dan penurunan percepatan waktu pembungaan, cara kerja kedua sifat ini berbeda.menangis1/2hipokotil
menunjukkan penghindaran naungan konstitutif, sementaramenangis1/2menunjukkan fenotipe "matahari"
konstitutif yang berlebihan untuk waktu berbunga, menunjukkan bahwa interaksi antara fitokrom dan
pensinyalan kriptokrom berbeda antara kedua sifat ini. Mekanisme yang mungkin dari perbedaan tersebut dapat
dikaitkan dengan regulasi waktu pembungaan yang bergantung pada fotoperiode oleh CRY2 [65 ]. CRY2
berinteraksi dengan SPA dengan cara yang bergantung pada cahaya biru, yang mencegah degradasi CO oleh
COP1-SPA [66 ]. Juga CRY mengaktifkan subset dari bHLH TF dengan cara yang bergantung pada cahaya biru;
bHLH ini pada gilirannya mengaktifkan gen master waktu pembungaan, FT [67 ]. Karena kriptokrom diperlukan
untuk merasakan cahaya biru yang terkuras di bawah naungan kanopi [68,69], tanaman mungkin telah
mengembangkan sistem cross-talk antara fitokrom dan sistem pensinyalan kriptokrom untuk mengoordinasikan
respons sindrom penghindaran naungan dalam kondisi alami.

Di antara TF dalam jalur pensinyalan cahaya yang kami uji (Gambar 1 ), data kami menunjukkan bahwa
HY5, LZF1, PIL1,danSPTdiperlukan kesamaan antara respons hipokotil dan tangkai daun, sementaraPIF1,
PIF3, PIF4, PIF5, PAR1, HYPOCOTYL PANJANG DALAM MERAH JAUH (HFR1), TOLER GARAM (STO),dan
TOLERANSI GARAM HOMOLOG2/B-BOX DOMAIN PROTEIN 21 (STH2/ BBX21)diperlukan dalam respons
tangkai daun danPAR2diperlukan dalam hipokotil.
Diantara merekaSPTsangat menarik karena pola ekspresi spasialnya yang unik pada batas antara helaian daun
dan tangkai daun, di mana proliferasi sel tangkai daun terjadi.70 ]. Dengan demikian pola ekspresi spasial dariSPT
bisa menjelaskan fenotipe perpanjangan tangkai daun SAS yang berkurang darispt-11.Juga alel parah dariSPT
mutan (spt-11)menunjukkan respons penghindaran naungan yang lebih sedikit daripada alel ringan (spt-12) (Tabel
S3 ), konsisten dengan perbedaan yang dilaporkan dari panjang tangkai daun dan fenotipe luas helaian daun
antaraspt-11danspt-12 [70 ].SPTmengatur perkembangan ginesium dengan mengaktifkan gen yang terlibat dalam
penghindaran naungan [71 ]. Mekanisme serupa SPTregulasi penghindaran naungan kemungkinan dilestarikan
dalam perpanjangan tangkai daun yang diinduksi naungan.
Telah diketahui dengan baik bahwa PIF adalah protein pemacu pertumbuhan yang aktivitasnya dimodulasi
oleh berbagai faktor lingkungan.72 ]. Sebagai tambahannyaPIF4danPIF5,data kami menunjukkan bahwa
keduanyaPIF1danPIF3adalah regulator positif baru SAS di tangkai daun (Gambar 2 ).PIF1diketahui mengatur
pertumbuhan hipokotil.72,73] serta proses terkait non-pertumbuhan seperti biosintesis klorofil [74 ].PIF3juga
dikenal untuk mengatur pertumbuhan hipokotil (diulas dalam [75 ]), tetapi peran kedua gen dalam mengatur
pertumbuhan tanaman dewasa tidak diketahui. Kami mengkonfirmasipif3hasil dengan memeriksa alel kedua,
pif3-3 [76 ], dan menemukan bahwapif3-3juga memiliki defek SAS petiole yang signifikan (Gambar S4 ; p<0,01).
Dalam pertumbuhan hipokotil, PIF1/3/4/5 mengatur gen target yang tumpang tindih dan spesifik.77 ], dan
tampaknya banyak dari target ini juga berkontribusi pada SAS tangkai daun.
Kami menemukan bahwa mutan knock-out dari gen fosfatase tipe PP2C,SESAT DALAM GELAP (MIDA) 9,
menunjukkan respon naungan tangkai daun yang berkurang.MIDA9telah terbukti terlibat dalam
pembentukan kait dan ekspresinya diatur olehPIF3 [23 ], konsisten dengan temuan kami bahwapif3mutan
juga menunjukkan penurunan respon naungan tangkai daun. Kami sebelumnya menemukan bahwa
MIDA9diinduksi olehPIF4dan/atauPIF5selama fase pertumbuhan hipokotil [78 ], menyarankan bahwa
MIDA9terlibat dalam jaringan kontrol pertumbuhan. Tautan lain adalah inaktivasi H+Aktivitas -ATPase
(diperlukan untuk melonggarkan dinding sel) melalui defosforilasi H+-ATPase oleh MIDA9 phosphatase 2C-
typeD [79 ]. Akan menarik untuk mengetahui apakah yang lainPIFdanSPTkontrol MIDA9ekspresi.
Jalur auksin.Studi sebelumnya telah melibatkan auksin sebagai penting dalam hipokotil dan daun SAS [
80 ]. Di sini kami memperluas studi tersebut untuk mengidentifikasi komponen pensinyalan auksin spesifik
yang penting untuk SAS di berbagai organ. Konsisten dengan studi sebelumnya [4,5,6,7], baik data
transkriptom dan profil fenotipik mutan kami menunjukkan jalur auksin terlibat dalam respons
penghindaran hipokotil dan naungan daun. Dengan menguji banyak gen jalur auksin, kita dapat mulai
menetapkan fungsi penghindaran naungan untuk komponen tertentu.
Data kami menunjukkan bahwa komponen jalur auksin yang dibutuhkan untuk setiap respons berbeda.
Misalnya, dua keluarga gen yang berbeda dalam satu jalur biosintesis auksin berkontribusi secara berbeda dalam
tiga respons penghindaran naungan yang terpisah. Meskipun protein TAA1 mengkatalisis biosintesis auksin pada
jalur yang sama dengan protein YUC.81,82],TAA1diperlukan hanya untuk respons penghindaran naungan
hipokotil, sementaraYUC2/5/8/9gen diperlukan untuk semua respons penghindaran naungan (Gambar 2 ; lihat
Müller-Moulé et al., diajukan, untuk analisis yang lebih rinci). Perbedaan ini dapat dijelaskan dengan tingkat
ekspresi gen yang lebih rendah dariTAA1di daun, berbeda dengan ekspresi di mana-mana dariYUC2/5/8/9 (
Gambar S5 ). Di antara bayangan yang diinduksiAUX/IAAgen keluarga (lihat Meja S2 ), kami menguji fungsi dari
IAA6,danIAA19.Ituiaa6/19double menunjukkan cacat hanya pada hipokotil dan SAS daun, tetapi tidak pada
percepatan waktu berbunga. Karena ituIAA6/IAA19diperlukan untuk respons terhadap naungan dalam
pemanjangan. Mirip dengan fenotipe terkait auksin lainnya, ini

diinduksi naunganAUX/IAAgen kemungkinan berfungsi secara berlebihan dengan anggota keluarga lainnya
dalam dua respons lainnya [83 ].
Dari data transkriptom tidak jelas apakah jalur auksin terlibat dalam percepatan waktu berbunga dengan
naungan, tetapi profil fenotipik menunjukkan keterlibatannya dalam kontrol waktu berbunga dalam menanggapi
naungan. Sebuah mutan yang memproduksi berlebihan auksin (atr4) [84 ] dan mutan kadar auksin tereduksi (
yuc2/5/8/9dansav3/taa1)menunjukkan respon pembungaan yang berlawanan, mendukung peran auksin dalam
fenomena ini (Gambar 2 ).
Bagaimana jalur pensinyalan cahaya dan jalur auksin terhubung? Semua data yang tersedia menunjukkan
bahwa naungan meningkatkan kandungan auksin aktif dengan menginduksi gen biosintesis auksin (YUCs) [80 ].
DiantaraPIFs, koneksi dariPIF4/5/7danSPTuntuk auksin telah dilaporkan [4,5,78,85,86,87]. Setidaknya beberapa
sifat SAS berkurang secara tunggal atau gandapif4/5/7mutan (diringkas dalamTabel S3 ). Dalam penelitian kami,
yuc2/5/8/9mutan rusak dalam ketiga respons penghindaran naungan, yang konsisten dengan upregulasi
YUC2/5/8/9gen olehPIF7 [5 ] danYUC5/8/9olehPIF5 [4 ]. interaksi dariTERMINAL BUNGA 2 (TFL2)protein dengan
IAA6danIAA19bisa menjadi jalur lain untuk menghubungkan SAS dan auksin [88 ], meskipun kami tidak dapat
mengujiTFL2dalam penelitian ini. Namun demikian,tfl2menunjukkan pengurangan penghindaran naungan
(respon EODFR) di hipokotil [88 ].
jalur JA.Bukti yang menunjukkan hubungan antara jalur cahaya dan JA telah terakumulasi selama
beberapa waktu (ditinjau di [89 ]). Misalnya, respons pertahanan yang dimediasi JA dilemahkan di tempat
teduh [11 ]. Efek ini dimediasi oleh COI1-JAZ10-dependent, mekanisme asam salisilat-independen [90 ].
Pekerjaan sebelumnya juga melibatkan pensinyalan JA diphyAtanggapan yang dimediasi terhadap R:FR
yang sangat rendah [48 ]. Pada tomat, batang tanaman yang diberi naungan selama empat hari
menunjukkan penurunan kadar JA [37 ]. ORA transkriptom kami dengan gen responsif hormon juga
menunjukkan redaman naungan dari jalur JA (Tabel 3 ).
Meskipun diketahui bahwa naungan melemahkan respons JA, kami menggunakan mutan jalur JA (Gambar 1 )
untuk menyelidiki komponen JA mana yang diperlukan untuk SAS. KarenaPHYAtidak penting untuk R / FR yang
cukup rendah yang digunakan dalam penelitian kami (lihat bagian "jalur pensinyalan cahaya" di atas) ini
memungkinkan kami untuk menentukan apakah JA penting untuk tipikalPHYBtanggapan naungan yang dimediasi
diperiksa di sini. Profil fenotipik kami dari mutan ini menunjukkan bahwa jalur JA terlibat dalam respons
penghindaran naungan pada daun dan waktu berbunga, tetapi kami tidak menemukan efek signifikan pada
respons hipokotil (Gambar 2 , danTabel S3 ). Ini konsisten dengan analisis GO transkriptom tanaman hipokotil dan
remaja (Tabel1 ,2 , dan4 ) di mana kategori JA GO terwakili secara berlebihan di wilayah daun/apikal tetapi tidak
dalam kumpulan data hipokotil. Berkurangnya kekebalan tanaman yang dimediasi JA oleh naungan ditemukan
pada tanaman dewasa, tetapi tidak diketahui apakah ini benar untuk hipokotil. Perbandingan gen responsif
naungan antara hipokotil dan daun/daerah apikal dan perbandingan profil fenotipik memprediksi bahwa
kekebalan tanaman yang dimediasi JA di hipokotil tidak terpengaruh oleh naungan. Kesimpulannya, kami
menemukan bahwa interaksi jalur JA dan jaringan SAS tidak searah tetapi dua arah.
Menariknya, sebagian subset gen jalur JA yang berbeda diperlukan untuk respons naungan daun dan
pembungaan yang normal:COI1danTAHAN JASMONATE 1 (JAR1)untuk respon daun danCOI1danJAZ5untuk
respon waktu berbunga. Apa yang mungkin mendorong perbedaan ini?JAR1mengkodekan protein yang
mengkatalisis konjugasi Ile ke JA untuk menghasilkan JA aktif, yang diperlukan untuk imunitas yang
dimediasi JA.89 ]. Oleh karena itu satu kemungkinan adalah bahwa JA-Ile adalah komponen aktif untuk
respon daun sedangkan senyawa terkait JA aktif lainnya seperti OPDA atau cis-jasmone [89 ], bisa menjadi
komponen aktif untuk waktu berbunga. Kemungkinan lain adalah bahwaJAZ5bertindak dalam jalur waktu
berbunga tertentu.
Sangat menarik bahwa JA biosintesis mutan (allene oksida sintase (aos)dan 12-oxophytodienoate-reductase 3
(opr3))masih mempertahankan respons penghindaran naungan yang lemah meskipun mutan reseptor JA (coi1-16)
memiliki cacat respon penghindaran naungan di tangkai daun dan waktu berbunga (Gambar 2 ). Fakta bahwa
operasi3mutan yang mempertahankan biosintesis JA tertentu

kondisi [91 ] dapat menjelaskan hal ini. Atau, senyawa terkait JA asli yang dilepaskan dari tanaman
tetangga dalam percobaan kami mungkin sebagian menyelamatkan mutan biosintesis JA kami.
MYC2adalah TF helix-loop-helix (bHLH) dasar yang penting untuk respons imun yang dimediasi JA yang
bertindak secara berlebihan dengan homolognya,MYC3danMYC4 [92 ]. Mutasi diMYC2sedikit mengurangi
SAS pada tanaman dewasa (Gambar 2 , danTabel S3 ), meningkatkan kemungkinan bahwaMYC2/3/4
redundansi juga berlaku untuk SAS.FITOKROM DAN WAKTU PEMBUNGAAN 1 (PFT1)mengkodekan subunit
MED25 dari kompleks mediator, yang terlibat dalam sistem kekebalan yang dimediasi JA serta jalur
pensinyalan cahaya [46,93,94,95]. Hipotesis kami bahwapft1mutan merusak SAS tidak dikonfirmasi karena
pft1tidak menunjukkan perbedaan yang dapat dideteksi dibandingkan dengan Col dalam fenotipe apa pun
yang kami uji.
Data profil fenotipik kami menunjukkan lebih sedikit kontribusi gen terkait JA terhadap pemanjangan hipokotil yang
diinduksi naungan daripada yang diharapkan dari data sebelumnya. Misalnya, sebelumnya dilaporkan bahwa aplikasi MeJA
eksogen menghambat pertumbuhan hipokotil [96 ] dan bahwa efek ini dipengaruhi olehPHYB [97 ]. Contoh lainnya adalah
coi1mutan menunjukkan peningkatan respons terhadap R/FR rendah [48 ]. Inkonsistensi dengan hasil kami dapat
disebabkan oleh perbedaan antara aplikasi JA eksogen dalam penelitian sebelumnya versus penggunaan mutan jalur JA
dalam penelitian kami, atau karena perbedaan kondisi cahaya: penelitian sebelumnya menggunakan lampu merah
monokromatik kontinu atau R/FR yang sangat rendah (0,068), sedangkan penelitian kami menggunakan R/FR rendah (0,5).
Oleh karena itu, bagaimana kualitas cahaya memengaruhi SAS yang bergantung pada JA menjadi perhatian di masa
mendatang.
Bagaimana jalur JA memodulasi pemanjangan tangkai daun juga tidak jelas. Mekanisme yang
mungkin adalah promosi aktivitas PIF dengan mengikat protein JAZ ke protein DELLA yang menekan
aktivitas protein PIF) [98 ]. Hubungan lain antara JA dan pertumbuhan adalah bahwa MeJA eksogen
menunda dimulainya siklus endoreduplikasi [99 ]. Interaksi faktor-faktor ini menarik di masa depan.
Jalur asam giberelat.Jalur GA terlibat dalam hipokotil yang diinduksi naungan dan perpanjangan tangkai daun seperti
yang ditunjukkan oleh perawatan inhibitor biosintesis GA dan mutan yang kekurangan GA (ga butuh 1 (ga1-3)) [8 ]. Sinyal
GADELLAkeluarga gen dilaporkan memiliki efek yang lemah pada hipokotil SAS dan tidak ada pada tangkai daun SAS [8 ].
Kami menggunakan garis mutan kekurangan GA lainnya (ga20ox1/2) [78,100] dan empat kali lipatDELLAgaris mutan (
dellaQ) [101 ] untuk menguji apakah GA terlibat dalam sifat SAS lainnya (Gambar 2 ). Mirip denganga1-3, ga20ox1/2
menunjukkan respons yang berkurang terhadap naungan di hipokotil (Gambar 2 ). Berlawanan denganga1-3, ga20ox1/2
menunjukkan pemanjangan tangkai daun yang diinduksi naungan meskipun kedua organ berukuran sekitar 60% dari
ukuran tipe liar (S3A danS3B Ara). Sesuai dengan penelitian sebelumnya,dellaQmenunjukkan pengaruh yang sangat lemah
pada respons penghindaran naungan hipokotil dan tangkai daun dalam kondisi kami (Gambar 2 ,S3A , danGambar S3B ).
Baik mutan kekurangan GA maupun pensinyalan GA menunjukkan respons naungan normal untuk waktu pembungaan (
Gambar 2 danTabel S3 ), menunjukkan bahwa jalur GA tidak terlibat dalam percepatan waktu pembungaan oleh naungan.
Jalur jam sirkadian.Kami menemukan bahwa ekspresi berlebihan dariRVE8,komponen jam sirkadian,
menyebabkan respons naungan yang cukup berlebihan dalam waktu berbunga (Gambar 2 ). Ini konsisten
dengan temuan bahwa variasi alami dariELF3memodulasi respons waktu berbunga terhadap naungan [44
]. Studi terbaru menunjukkan target langsung dariRVE8ts [102 ]. Diantara merekaREGULATOR RESPON
PSEUDO5 (PRR5),komponen jam sirkadian lainnya, menarik karena PRR5diaktifkan oleh RVE8 [102 ] dan
pingsanPRR5menyebabkan respons penghindaran naungan yang berlebihan di tangkai daun mungkin
melalui elevasiPIF4danPIF5tingkat ekspresi [103 ]. Juga telah ditunjukkan bahwa modulasi sirkadian dari
respons hipokotil terhadap naungan dimediasi oleh regulasi jam sirkadian dariPIL1ekspresi [30 ]. Namun,
uji penghindaran naungan kami untuk waktu berbunga menunjukkanpif4/5danpil1memiliki respon
naungan waktu berbunga normal. Akan menarik untuk menguji apakah aRVE8—PRR5jalur berkontribusi
terhadap respon naungan pada waktu berbunga.
komponen baru.Analisis mutan kami mendefinisikan komponen baru dari respons penghindaran
naungan; gen saluran kalium (SALURAN KALIUM DI ARABIDOPSIS THALIANA 1, KAT1).ItuKAT1gen
mengkodekan gen saluran kalium, yang diekspresikan secara lokal dalam

sel penjaga [104,105].KAT1saluran kalium tidak aktif pada pengobatan ABA dan memediasi penutupan
stomata.106 ].KAT1dianggap penting untuk pertumbuhan vegetatif [107 ], tetapi mekanisme molekulernya
tidak diketahui. Baru-baru ini ABA terbukti terlibat dalam penekanan percabangan oleh naungan [36 ].
Tidak jelas apakah jalur ABA terlibat dalam respons penghindaran naungan yang dijelaskan dalam
makalah ini, meskipun gen responsif ABA diperkaya dalam gen responsif naungan (lihat di atas).
MenariknyaKAT1ekspresi gen diinduksi oleh auksin [108,109], yang mungkin terkait dengan perannya
dalam tangkai daun SAS.
Mutan SAS berkerumun fenotipik dapat berbagi fungsi yang sama

DiC.elegan,beberapa profil fenotipik menunjukkan bahwa mutan dengan profil fenotip serupa berfungsi dalam
jalur bersama [16 ]. Dalam kelompok fenotipik kami (Gambar 2 ), dua garis mutan waktu berbunga (gi-2dan
rekan-9)mengelompok bersama. Ini diketahui dari penelitian sebelumnya untuk bertindak dalam induksi
pembungaan fotoperiodik, dan telah mengurangi respons naungan untuk waktu pembungaan tetapi tidak
pemanjangan tangkai daun [42 ] (cluster 7), menunjukkan bukti konsep. Dalam data kami, cluster yang terdiri dari
mutan SAS sangat menarik (cluster 9, 10, 11, dan 12) karena mereka dapat menunjukkan keanggotaan bersama
dalam sub-jaringan jalur penghindaran naungan. Oleh karena itu, gen berikut kemungkinan berfungsi di sub-
jaringan umum:IAA6, IAA19, PIL1, LZF1, HY5,dan SPTdi cluster 9 (hyp dan pet), danPAR1, KAT1, PIF4, PIF5, MIDA9,
PIF3,danJAR1di cluster 10 (khusus hewan peliharaan). Efek berlawanan dari mutasi ditemukan di cluster 12; Mutasi
menyebabkan berkurangnya respon pada hipokotil dan tangkai daun, sedangkan mutasi menyebabkan respon
berlebihan pada waktu berbunga. Jaringan molekuler dalam cluster ini adalah kepentingan masa depan.
Mutan yang mempengaruhi regulasi waktu berbunga di bawah simulasi matahari
Kami mengamati banyak genotipe yang menunjukkan perubahan waktu berbunga dalam kondisi matahari (Gambar S6 ).
Pada bagian ini, kita akan membahas tentang komponen yang diketahui dan kemudian komponen baru dalam jalur waktu
pembungaan.
Komponen yang diketahui.Seperti yang dilaporkan dikenal knock out dari pengatur utama waktu berbunga
(BERSAMAdanGI)menunjukkan pembungaan terlambat dalam kondisi hari panjang kami [110,111,112]. Sinyal
cahaya telah diketahui memodulasi waktu berbunga.113 ]. Fitokrom mempengaruhi waktu pembungaan melalui
regulasi pasca transkripsi dan kriptokrom mempengaruhi waktu pembungaan melalui regulasi transkripsi dan
pasca transkripsi.62 ]. Kami mengamati bahwaphyB, phyA/B,danmenangis1/2mutan menunjukkan fenotipe waktu
berbunga seperti yang dilaporkan. Fenotipe berbunga awalhy5 hy5 homolog (hyh)juga dilaporkan [114 ].PIF4telah
diketahui menginduksi pengatur utama waktu pembungaan,FTgen, pada suhu yang dinaikkan [115 ].pif4/5mutan
menunjukkan waktu berbunga terlambat, sehingga kemungkinan PIF4 dan/atau PIF5 menginduksiFTekspresi gen
dalam kondisi kita.
GA sangat penting untuk kontrol waktu berbunga. GA biosintesis mutan ganda (ga20ox1/2) menunjukkan
pembungaan tertunda dalam percobaan kami, konsisten dengan laporan sebelumnya [100 ]. Namun, mutan ini
menunjukkan efek naungan normal pada waktu berbunga (lihat di atas).
Jam sirkadian juga penting untuk mengontrol waktu berbunga. Seperti yang dilaporkan, kami menemukan
fenotipe yang berlawanan darirve8 (berbunga awal) danRVE8-OX (berbunga terlambat) [116 ].
komponen baru.Mengejutkan bahwa auksin terlibat dalam pengaturan waktu pembungaan, karena
tidak dimasukkan ke dalam model jalur waktu pembungaan saat ini (ditinjau dalam [113 ]). Namun, auksin
eksogen telah dilaporkan menunda waktu pembungaan, mungkin karena kerusakan yang diinduksi pada
tanaman.117 ]. Hasil ini konsisten dengan data waktu pembungaan mutan biosintesis auksin kami;
kelebihan produksi menunda waktu berbunga (atr4)sementara pengurangan produksi mempercepat
waktu berbunga (yuc2/5/8/9dantaa1).Hasil ini menunjukkan bahwa perlu untuk menyelidiki kembali
keterlibatan jalur auksin dalam waktu berbunga.

Telah ditunjukkan bahwacoi1mutan berbunga lebih awal [48,98]. Kami mengamati bahwa mutan JA lainnya
juga menunjukkan waktu pembungaan yang berubah. Tidak hanya mutan biosintesis JA (aosdanoperasi3)dan
reseptor JA mutan (coi1-16),tetapi juga tiga mutan komponen pensinyalan JA (JAZ1RNAi, jaz5-1, myc2)menunjukkan
fenotipe berbunga awal di bawah kondisi matahari. berbunga awalmyc2 tidak konsisten dengan laporan
sebelumnya yang menunjukkan fenotipe berbunga akhir [118 ] mungkin karena fotoperiode yang berbeda. Akan
menarik untuk menyelidiki bagaimana jalur JA mengatur waktu berbunga. Salah satu kemungkinannya adalah
jalur JA berinteraksi dengan jalur GA dalam mengontrol pembungaan, mirip dengan interaksinya dalam kontrol
pertumbuhan.98 ].
Data kami menunjukkan bahwa dua mutan knock out SPT (spt-11danspt-12), PAR1RNAi,st2, dan
dua mutan knock out KAT1 (kat1-1dankat1-2)menunjukkan fenotipe berbunga awal, sedangkan
SCL13anti-sense baris 1 (scl13as1) danhfr1menunjukkan fenotipe berbunga terlambat. berbunga
awalspt-11telah dilaporkan [119 ] dan itu dikonfirmasi oleh alel lain (spt-12)dalam penelitian kami.
Fenotipe berbunga awalPAR1RNAi,st2,dankat1-1belum pernah dilaporkan sebelumnya dan
hubungannya dengan jalur waktu berbunga tidak diketahui.
Kesimpulan
Di sini kami menunjukkan bahwa RNA-seq diikuti oleh profil fenotipik adalah pendekatan yang kuat
untuk menjelaskan jalur SAS kompleks dan penemuan komponen SAS baru. Pendekatan serupa
berhasil dalam mencari komponen baru de-etiolasi bibit, tahap perkembangan dengan arsitektur
sederhana [24 ]. Studi kami memperluas pendekatan ini untuk menunjukkan penemuan mutan
baru berbasis transkriptom juga efektif untuk sindrom kompleks dengan beberapa profil fonotipik.
Setelah profil fenotipik kami, garis mutan SAS tambahan telah dilaporkan yang mengandung gen yang
juga ada dalam gen responsif naungan kami. Secara khusus, kami menemukan bahwaEKSPRESI
PENINGKATAN BR 3 (BEE3),a bHLH TF, diinduksi oleh naungan (Meja S2 ). Baru-baru ini menunjukkan
bahwalebah1 lebah2 lebah3mutan rangkap tiga telah mengubah hipokotil SAS [120 ], mungkin karena
perubahan pensinyalan BR di tripel ini [121 ]. Contoh ini adalah bukti tambahan bahwa strategi kami
efektif untuk menemukan mutan SAS baru. Analisis lebih lanjut diperlukan untuk menjelaskan interaksi
antara gen dan/atau jalur ini. Pendekatan kami langsung dan hemat biaya, sehingga ini harus berlaku
untuk kasus lain secara umum.
Kami menemukan bahwa efek dari beberapa mutasi bergantung pada konteks (hanya ditemukan untuk
beberapa organ atau tahap perkembangan) sedangkan yang lain ada di mana-mana. Mutasi yang mempengaruhi
semua organ menunjukkan mekanisme bersama yang mendasari SAS di organ yang berbeda. Mutasi yang
memiliki efek tergantung konteks dapat menunjukkan gen unik yang berfungsi di organ yang berbeda atau
perbedaan yang lebih kuantitatif dalam kepentingan relatif komponen di organ yang berbeda. Terlepas dari fakta
bahwa kami menemukan efek spesifik organ menunjukkan bahwa kami perlu berhati-hati ketika
menggeneralisasi kesimpulan dari studi hipokotil.
Material dan metode

Kondisi ringan
Untuk kondisi matahari simulasi, cahaya putih (lampu fluoresen putih dingin) dilengkapi dengan
cahaya merah jauh (disediakan oleh LED (Orbitec, inc) untuk mendapatkan R/FR = 1,86. Untuk
kondisi naungan yang disimulasikan, cahaya putih dilengkapi dengan far- LED merah untuk
mendapatkan R/FR = 0,52.Kedua kondisi memiliki 80–100 E Radiasi Aktif Fotosintetik (PAR).Tanaman
ditumbuhkan pada kondisi siang hari (16 jam terang/8 jam gelap) pada suhu konstan (22°C). Untuk
percobaan hipokotil, bibit ditanam di bawah simulasi matahari (R/FR = 1,3) atau kondisi naungan
simulasi (R/FR = 0,5) dengan kombinasi lampu LED (Quantum Devices Snap-Lite) [122 ]. Spektrum
cahaya sekitar diukur dengan Black-Comet (StellarNet, Florida).

bahan tanaman
ArabidopsisStok benih yang digunakan dalam penelitian ini tercantum dalamGambar 1 . Untuk
mengkonfirmasi genotipe jalur penyisipan T-DNA yang dipesan dari Arabidopsis Biological Resource
Center (ABRC), DNA genom diekstraksi (kit Mini DNeasy Plant, Qiagen) dan tunduk pada PCR genom. cDNA
disintesis dengan ekstraksi mRNA langsung [123 ] dan PCR kuantitatif (qPCR) dilakukan dengan master mix
hijau SYBR buatan sendiri dengan sistem deteksi PCR real-time iCycler Multicolor (Bio-Rad). Untukkat1
mutan, RT-PCR standar dilakukan. Primer yang digunakan untuk PCR genomik dan (q)RT-PCR dan hasilnya
dirangkum dalamMeja S4 .Arabidopsisbenih direndam dengan air pada kertas saring dan disimpan pada
suhu 4°C selama empat hari. Tiga hari setelah stratifikasi di bawah kondisi matahari, tiga benih yang
berkecambah dipindahkan ke tanah di sumur datar 5x10. Empat belas hari setelah stratifikasi, kelebihan
bibit dipindahkan untuk meninggalkan satu tanaman yang tumbuh baik per pot dan flat dipindahkan ke
kondisi matahari atau teduh. Untuk pengukuran pertumbuhan hipokotil, benih ditanam pada pelat persegi
vertikal [124 ] dengan 1/2 MSMO, 5 mM 2-(N-morpholino) asam etanesulfonat (MES, pH = 5,8, Sigma), dan
agar 0,8% (Sigma). Setiap piring dibagi menjadi tiga baris dan dua kolom dan di enam ruang lima atau
enam benih dari enam genotipe ditaburkan. Posisi genotipe diacak dalam set berulang. 4593 gambar bibit
diambil dengan pemindai dan panjang hipokotil diukur dengan ImageJ (http://rsb.info.nih.gov/ij/ ) [125 ].
Persiapan dan pengurutan perpustakaan RNA-seq

Untuk ekstraksi RNA, tanaman diperlakukan dengan naungan mulai dari ZT 4 atau dibiarkan di bawah sinar
matahari. Kami menyiapkan dua ulangan dari setiap sampel pada 1 jam dan 4 jam setelah perlakuan matahari
dan naungan dan lima tanaman dikumpulkan untuk setiap ulangan. Kotiledon, hipokotil, dan akar dikeluarkan
dari sampel, meninggalkan daun dan jaringan apikal. Total RNA dari tanaman diekstraksi menggunakan RNeasy
Plant Mini kit (Qiagen) dengan perlakuan DNAse (Qiagen). Lima g total RNA digunakan untuk membangun
perpustakaan mRNA menggunakan mRNA-Seq-8 sample Prep kit (Illumina). Pustaka cDNA yang dihasilkan
diurutkan oleh Illumina GAIIx dengan mode ujung tunggal 40 bp. Statistik dasar hasil pemetaan diberikan dalam
Meja S1 .
Analisis ekspresi diferensial dan analisis representasi berlebihan (ORA)

Pembacaan setelah penyortiran menurut kode batang dikenai penghapusan kontaminasi adaptor oleh
skrip Perl khusus. Bacaan dipetakan oleh TopHat [126 ] keArabidopsisgenom referensi menggunakan
anotasi yang diketahui (TAIR10). Gen yang diekspresikan secara berbeda diekstraksi oleh paket edgeR [127
] di lingkungan statistik R [128 ] (FDR <0,001). ORA dilakukan oleh paket GOseq [129 ] di lingkungan statistik
R. Analisis GO dilakukan dengan menggunakan paket database kategori GO dari Bioconductor (paket
org.At.tair.db dan ANNOTATE). Untuk ORA kategori khusus gen responsif hormon digunakan seperti yang
didefinisikan dalam Tabel Tambahan S9 di [130 ] dan TambahanMeja S1 di [131 ]. Analisis GO dari gen yang
responsif terhadap naungan dalam hipokotil [7 ] dilakukan menggunakan situs GOWeb (http://
amigo.geneontology.org/cgi-bin/amigo/term_enrichment ; [132 ]).
Pengukuran dan analisis fenotipe

Untuk mencetak fenotipe daun, tanaman berumur 26 hari dibedah dan gambar daun direkam dengan
pemindai alas datar (Epson, Perfection V700 PHOTO). Gambar yang dipindai diukur menggunakan ImageJ [
125 ] dan plugin LeafJ [25 ] untuk menentukan panjang tangkai daun, panjang helai daun, lebar helai daun,
dan luas helai daun. Hari untuk perbautan dinilai untuk mengukur waktu berbunga. Fenotipe daun
(panjang tangkai daun, panjang helai daun, lebar helai daun, luas helai daun) diukur dari 10 set percobaan
dengan total 1268 tanaman. Untuk pengukuran waktu berbunga (hari hingga pembungaan), total 1950
tanaman diukur. Setiap fenotipe dipasangi dengan campuran

model efek, yaitu
sifat¼ tanamanthperlakuanthtanaman: pengobatanþ ðperlakuanjmengaturÞ þ ε.
di mana tanaman adalah mutan/overekspresor, perlakuan adalah kondisi matahari atau naungan,
tanaman:perlakuan adalah interaksi “tanaman” dan “perlakuan”, (perlakuan|set) adalah efek acak yang terkait
dengan perlakuan dalam rangkaian percobaan, dan adalah kesalahan. Model diterapkan pada setiap sifat untuk
menghitung koefisien (nilai "matahari"). Untuk sifat daun yang kami ukur pada beberapa daun (dari daun 3
hingga daun 6) untuk sifat tertentu, kami memperlakukan daun sebagai efek acak, menggunakan model berikut
sifat¼ tanamanthperlakuanthtanaman: pengobatanþ ð1jdaunÞ þ ðperlakuanjmengaturÞ þ ε.
Mutan dianggap memiliki cacat pada SAS ketika tanaman: istilah pengobatan signifikan
(P<0,05), menunjukkan bahwa genotipe tanaman (mutan versus tipe liar) mempengaruhi respon
terhadap naungan.
Untuk waktu berbunga, hari hingga perbautan diubah menjadi log2. Kami menemukan bahwa percepatan waktu
pembungaan dengan perlakuan naungan berkorelasi kuat dengan hari perbautan dalam kondisi matahari, yaitu, mutan
berbunga terlambat memiliki waktu berbunga lebih cepat naungan daripada Col (Gambar S2G ). Untuk mengatasi masalah
ini, kami melakukan regresi respons naungan waktu berbunga pada rata-rata waktu berbunga matahari untuk setiap
genotipe dan menghitung residu dari regresi [122 ]. Residu ini merepresentasikan besarnya respon naungan waktu
berbunga yang tidak diprediksi oleh waktu berbunga matahari. Residu untuk tanaman yang diberi naungan kemudian
digunakan dalam model efek campuran (Gambar S3H ).
residu¼ tanamanþ ð1jmengaturÞ þ ε.
lme4 (paket R versi 1.0–6) [133 ] dan lmerTest [134 ] paket dalam R digunakan untuk
analisis ini. Semua data fenotip dirangkum dalamMeja S5 .
Peta panas untuk pengelompokan fenotipik digambar setelah menskalakan setiap data sifat dan dipusatkan di Kol.
Semua skrip R untuk makalah ini dan data mentah tersedia dihttps://bitbucket.org/knozue/
sasphenotyping .
Nomor aksesi
Data RNA-seq dalam penelitian ini telah disimpan di NCBI SRA (Study ID PRJNA214254) dan database NCBI
GEO (aksesi GSE66967). Mutan yang digunakan dalam penelitian ini tercantum dalamGambar 1 .
informasi pendukung
S1 Gambar. Perbandingan platform dan jaringan yang berbeda dengan perubahan ekspresi gen yang responsif terhadap
naungan.Data RNA-seq saat ini (tanaman remaja di bawah R: FR rendah diberi label sebagai "Nozue") dan microarray (daun
atau tangkai daun diperlakukan dengan EODFR [6 ] diberi label sebagai "Kozuka"), dan hipokotil diperlakukan dengan R:FR
rendah (1 jam [7,26 ] (diberi label sebagai “Tao” dan “Sessa.1h”, 4 hari [26 ] berlabel “Sessa.4d”)).
(PDF)
S2 Gambar. Model memeriksa setiap sifat. (A) hipokotil, (B) panjang tangkai daun, (C) panjang helai daun,
(D) lebar helai daun, (E) luas helai daun, (F) rasio panjang tangkai daun/panjang helai daun, (G) waktu
berbunga, dan ( H) waktu berbunga (log2 diubah).
(PDF)
S3 Gambar. Grafik masing-masing sifat. (A) hipokotil, (B) panjang tangkai daun, (C) panjang helai daun, (D) lebar
helai daun, (E) luas helai daun, (F) rasio panjang tangkai daun/panjang helai daun, (G) waktu berbunga

(log2 ditransformasikan) dan (H) waktu berbunga (log2 ditransformasikan residu). Bilah kesalahan di (A) hingga
(G) mewakili kesalahan standar. Nama genotipe pada (H) menunjukkan galur-galur yang respon naungan
waktu berbunganya berbeda nyata dari prediksi dengan regresi (p < 0,05).
(PDF)
S4 Gambar. Kol danpif3-3panjang tangkai daun.Tanaman ditanam di bawah sinar matahari dan naungan simulasi
menggunakan kondisi standar kami. Tiga percobaan independen dilakukan dan total 20 hingga 41 tanaman
diperiksa per kombinasi perlakuan/genotipe.pif3-3memiliki respons yang berkurang secara signifikan terhadap
naungan (p<0,01 untuk interaksi perlakuan genotipe X dalam regresi linier).
(PDF)
S5 Gambar. Pola ekspresiTAA1danYUC2/5/8/9.Pola ekspresi perkembangan
diperoleh dari browser eFP [136 ]. (TIF)
S6 Gambar. Peta panas dengan nilai absolut.Nilai dinormalisasi dan dipusatkan pada Col (yaitu, nilai Col = 0) dan
divisualisasikan dengan kode warna (magenta menunjukkan nilai yang lebih besar daripada Col sedangkan hijau
menunjukkan nilai yang lebih kecil relatif terhadap Col). Warna tanda bintang menunjukkan latar belakang genetik masing-
masing mutan, yaitu Col (putih), Ws (kuning), dan Leh (biru muda). (TIF)
Tabel S1. Statistik data RNA-seq.Dalam setiap kondisi dua ulangan biologis ditunjukkan dalam a
dan b.
(XLSX)
Tabel S2. Daftar lengkap gen yang peka terhadap naungan di daerah daun/apikal tanaman.huruf biru; gen yang diinduksi
naungan, huruf merah muda; gen yang ditekan naungan, kotak kuning; tidak ada probe pada microarray ATH1. Teks
tebal; gen yang responsif terhadap naungan yang diketahui. Perbandingan dengan data transkriptom dari helaian daun
dan tangkai daun yang diberi perlakuan EODFR [5 ] juga ditampilkan. (XLSX)
Tabel S3. Ringkasan fenotipe SAS dengan mutan SAS yang diketahui dan mutan yang digunakan dalam
penelitian ini.
(XLSX)
Meja S4. Daftar primer yang digunakan dalam genotipe dan (q)RT-PCR dan hasilnya. (Hampir) garis homozigot
ditunjukkan dengan warna biru muda.
(XLSX)
Tabel S5. Lengkapi data fenotipe setelah menerapkan model efek campuran.
(CSV)
ucapan terima kasih

Kami berterima kasih kepada Arabidopsis Biological Resource Center (ABRC), Judith Bender, Cordelia Bolle,
Giltsu Choi, Joanne Chory, Katayoon Dehesh, Christian Fankhauser, Wim Grunewald, Nicholas P. Harberd,
Stacey Harmer, Peter Hedden, Daniel Kliebenstein, Chentao Lin, Jaime F Martínez-García, David Smyth,
Hirokazu Tsukaya, Detlef Weigel, Shu-Hsing Wu, dan Yunde Zhao untuk penyediaan benih yang tercantum
dalamGambar 1 . Kami juga berterima kasih kepada Patricia Mueller-Moule untuk benih yang besar, Cody
Markelz untuk diskusi yang merangsang, dan Natalie Gath, Grace Pan, Ji-hoon Lee, Amanda Schrager,
Leonela Carriedo, Matthew Jones, Huy Tran, Ian Andrew-Hanna Knox, Mary Zhang, dan Cody Markelz
untuk persiapan dan pengumpulan sampel.

Kontribusi Penulis
Merancang dan merancang eksperimen: JNM KN YI. Melakukan percobaan: KN MR
MRM SL UKD. Menganalisis data: AVT KN JNM. Kontribusi reagen/bahan/alat analisis:
AVT UKD KN JNM. Menulis makalah: KN JNM.
Referensi
1.Casal JJ (2013) Jaringan pensinyalan fotoreseptor dalam respons tanaman terhadap naungan. Annu Rev Plant Biol
64: 403–427. doi:10.1146/annurev-arplant-050312-120221 PMID:23373700
2.Ballaré CL, Sánchez RA, Scopel AL, Casal JJ, Ghersa CM (1987) Deteksi dini tanaman tetangga dengan persepsi fitokrom
dari perubahan spektral dalam sinar matahari yang dipantulkan. Lingkungan Sel Tumbuhan 10: 551–557.
3.Lorrain S, Allen T, Duek PD, Whitelam GC, Fankhauser C (2008) Penghambatan penghindaran naungan yang dimediasi
fitokrom melibatkan degradasi faktor transkripsi bHLH yang mendorong pertumbuhan. Tanaman J 53: 312–323.
PMID:18047474
4.Hornitschek P, Kohnen MV, Lorrain S, Rougemont J, Ljung K, dkk. (2012) Faktor interaksi fitokrom 4 dan 5 mengontrol
pertumbuhan bibit dalam kondisi cahaya yang berubah dengan secara langsung mengontrol pensinyalan auksin.
Tanaman J 71: 699–711. doi:10.1111/j.1365-313X.2012.05033.x PMID:22536829
5.Li L, Ljung K, Breton G, Schmitz RJ, Pruneda-Paz J, dkk. (2012) Menghubungkan eksitasi fotoreseptor dengan
perubahan arsitektur tanaman. Gen Dev 26: 785–790. doi:10.1101/gad.187849.112 PMID: 22508725
6.Kozuka T, Kobayashi J, Horiguchi G, Demura T, Sakakibara H, dkk. (2010) Keterlibatan auksin dan
brassinosteroid dalam regulasi pemanjangan tangkai daun di bawah naungan. Fisiol Tumbuhan 153:
1608–1618. doi:10.1104/pp.110.156802 PMID:20538889
7.Tao Y, Ferrer JL, Ljung K, Pojer F, Hong F, dkk. (2008) Sintesis auksin yang cepat melalui jalur baru yang bergantung
pada triptofan diperlukan untuk menghindari naungan pada tanaman. Sel 133: 164–176. doi:10.1016/
j.cell.2008.01.049 PMID:18394996
8.Djakovic-Petrovic T, Wit Md, Voesenek LACJ, Pierik R (2007) Protein DELLA berfungsi dalam respons pertumbuhan
terhadap sinyal kanopi. Tanaman J 51: 117–126. PMID:17488236
9.Kurepin LV, Emery RJN, Pharis RP, Reid DM (2007) Interaksi kualitas cahaya dan radiasi dengan giberelin,
sitokinin dan auksin dalam mengatur pertumbuhanHelianthus annuushipokotil. Lingkungan Sel
Tumbuhan 30: 147–155. PMID:17238906
10.Carabelli M, Possenti M, Sessa G, Ciolfi A, Sassi M, dkk. (2007) Naungan kanopi menyebabkan penghentian cepat dan
sementara dalam perkembangan daun melalui aktivitas sitokinin oksidase yang diinduksi auksin. Gen Dev 21:
1863–1868. PMID:17671088
11.Moreno JE, Tao Y, Chory J, Ballare CL (2009) Modulasi ekologi pertahanan tanaman melalui kontrol
fitokrom sensitivitas jasmonat. Proc Natl Acad Sci USA 106: 4935–4940. doi:10.1073/
pnas.0900701106 PMID:19251652
12.Kegge W, Weldegergis BT, Soler R, Vergeer-Van Eijk M, Dicke M, dkk. (2013) Isyarat cahaya kanopi
mempengaruhi emisi senyawa organik volatil yang diinduksi konstitutif dan metil jasmonat diArabidopsis
thaliana.Phytol 200 Baru: 861–874. doi:10.1111/nph.12407 PMID:23845065
13.Sozzani R, Benfey P (2011) High-throughput fenotip organisme multiseluler: menemukan hubungan
antara genotipe dan fenotipe. Genom Biol 12: 219. doi:10.1186/gb-2011-12-3-219 PMID:
21457493
14.Winzeler EA, Pembuat Sepatu DD, Astromoff A, Liang H, Anderson K, dkk. (1999) Karakterisasi fungsional
dariS. cerevisiaegenom dengan penghapusan gen dan analisis paralel. Sains 285: 901–906. PMID:
10436161
15.Neumann B, Walter T, Heriche JK, Bulkescher J, Erfle H, dkk. (2010) Profil fenotip genom manusia dengan
mikroskop selang waktu mengungkapkan gen pembelahan sel. Alam 464: 721–727. doi:10. 1038/
alam08869 PMID:20360735
16.Hijau RA, Kao HL, Audhya A, Arur S, Mayers JR, dkk. (2011) Sebuah resolusi tinggiC.eleganjaringan gen
esensial berdasarkan profil fenotipik jaringan kompleks. Sel 145: 470–482. doi:10.1016/j.
sel.2011.03.037 PMID:21529718
17.Yanik MF, Rohde CB, Pardo-Martin C (2011) Teknologi untuk manipulasi mikro, pencitraan, dan
fenotip invertebrata kecil dan vertebrata. Annu Rev Biomed Eng 13: 185–217. doi:10.1146/
annurev-bioeng-071910-124703 PMID:21756142
18.Atwell S, Huang YS, Vilhjalmsson BJ, Willems G, Horton M, dkk. (2010) studi asosiasi genom-lebar
dari 107 fenotipe diArabidopsis thalianagaris keturunan. Alam 465: 627–631. doi:10.1038/
alam08800 PMID:20336072

19.Berger B, Regt B, Penguji M (2012) Fenotipe throughput tinggi pucuk tanaman. Dalam: Normanly J, editor.
Fenotipe throughput tinggi pada tanaman: Humana Press. hal.9–20.
20.Spalding EP, Miller ND (2013) Analisis citra mendorong kebangkitan dalam pengukuran pertumbuhan. Curr
Opin Tanaman Biol 16: 100-104. doi:10.1016/j.pbi.2013.01.001 PMID:23352714
21.Dornbusch T, Lorrain S, Kuznetsov D, Fortier A, Liechti R, dkk. (2012) Mengukur pola diurnal hiponasti daun
dan pertumbuhan diArabidopsis—pendekatan fenotip baru menggunakan pemindaian laser. Fungsi
Tanaman Biol 39: 860–869.
22.Bruex A, Kainkaryam RM, Wieckowski Y, Kang YH, Bernhardt C, dkk. (2012) Jaringan pengatur gen
untuk diferensiasi sel epidermis akar diArabidopsis.PLoS Gen 8: e1002446. doi:10.1371/
journal.pgen.1002446 PMID:22253603
23.Sentandreu M, Martin G, Gonzalez-Schain N, Leivar P, Kedelai J, dkk. (2011) Profil fungsional mengidentifikasi
gen yang terlibat dalam cabang spesifik organ dari jaringan regulasi PIF3 diArabidopsis.Sel Tumbuhan
23: 3974–3991. doi:10.1105/tpc.111.088161 PMID:22108407
24.Khanna R, Shen Y, Toledo-Ortiz G, Kikis EA, Johannesson H, dkk. (2006) Profil fungsional mengungkapkan
bahwa hanya sejumlah kecil gen respons awal yang diatur fitokrom dalamArabidopsisdiperlukan untuk
deetiolasi yang optimal. Sel Tumbuhan 18: 2157–2171. PMID:16891401
25.Maloof JN, Nozue K, Mumbach MR, Palmer CM (2013) LeafJ: Plugin ImageJ untuk pengukuran bentuk
daun semi-otomatis. J Vis Exp 71: e50028.
26.Sessa G, Carabelli M, Sassi M, Ciolfi A, Possenti M, dkk. (2005) Keseimbangan dinamis antara aktivasi
gen dan represi mengatur respons penghindaran naungan diArabidopsis.Gen Dev 19: 2811–
2815. PMID:16322556
27.Carabelli M, Morelli G, Whitelam G, Ruberti I (1996) Induksi zona senja dan naungan kanopi dari gen
homeobox Athb-2 pada tanaman hijau. Proc Natl Acad Sci USA 93: 3530–3535. PMID:11607652
28.Roig-Villanova I, Bou-Torrent J, Galstyan A, Carretero-Paulet L, Portoles S, dkk. (2007) Interaksi penghindaran
naungan dan respons auksin: peran untuk dua protein bHLH atipikal baru. EMBO J 26: 4756–4767. PMID:
17948056
29.Sorin C, Salla-Martret M, Bou-Torrent J, Irma Roig-Villanova I, MartÌnez-GarcÌa J (2009) ATHB4, pengatur
penghindaran naungan, memodulasi respons hormon dalamArabidopsisbibit. Tanaman J 59: 266–277.
doi:10.1111/j.1365-313X.2009.03866.x PMID:19392702
30.Salter MG, Franklin KA, Whitelam GC (2003) Gerbang respons penghindaran naungan yang cepat oleh jam
sirkadian pada tanaman. Alam 426: 680–683. PMID:14668869
31.Finlayson SA, Lee IJ, Mullet JE, Morgan PW (1999) Mekanisme produksi etilen berirama dalam sorgum.
Peran fitokrom B dan bayangan simulasi. Fisiol Tumbuhan 119: 1083–1089. PMID: 10069847
32.Pierik R, Cuppens MLC, Voesenek LACJ, Visser EJW (2004) Interaksi antara etilen dan giberelin dalam respons
penghindaran naungan yang dimediasi fitokrom dalam tembakau. Fisiol Tumbuhan 136: 2928–2936.
PMID:15448197
33.Millenaar FF, Cox MC, van Berkel YE, Welschen RA, Pierik R, dkk. (2005) Etilen-diinduksi pertumbuhan
diferensial petioles di Arabidopsis. Menganalisis variasi alami, kinetika respon, dan regulasi.
Fisiol Tumbuhan 137: 998–1008. PMID:15728343
34.Smalle J, Haegman M, Kurepa J, Van Montagu M, Straeten DVD (1997) Ethylene dapat merangsangArabidopsis
pemanjangan hipokotil dalam cahaya. Proc Natl Acad Sci USA 94: 2756–2761. PMID:11038610
35.Pierik R, Whitelam GC, Voesenek LACJ, de Kroon H, Visser EJW (2004) Studi kanopi pada tembakau yang tidak peka terhadap
etilen mengidentifikasi etilen sebagai elemen baru dalam cahaya biru dan pensinyalan tanaman-tanaman.
Tanaman J 38: 310–319. PMID:15078333
36.Reddy SK, Holalu SV, Casal JJ, Finlayson SA (2013) Asam absisat mengatur respons pertumbuhan tunas aksila
terhadap rasio cahaya merah dan merah jauh. Fisiol Tumbuhan 163: 1047–1058. doi:10.1104/hal.113. 221895
PMID:23929720
37.Cagnola J, Ploschuk E, Benech-Arnold T, Finlayson S, Casal JJ (2012) Transkriptom batang mengungkapkan

mekanisme untuk mengurangi biaya energi dari respons penghindaran naungan pada tomat. Fisiol Tumbuhan
160: 1110–1119. doi:10.1104/pp.112.201921 PMID:22872775
38.Nagatani A, Chory J, Furuya M (1991) Fitokrom B tidak terdeteksi dihy3mutan dariArabidopsis,yang kurang
dalam menanggapi perawatan lampu merah jauh di akhir hari. Fisiol Sel Tumbuhan 32: 1119-1122.
39.Reed JW, Nagpal P, Poole DS, Furuya M, Chory J (1993) Mutasi pada gen untuk reseptor cahaya merah/jauh-
merah fitokrom B mengubah pemanjangan sel dan respons fisiologis di seluruhArabidopsis
perkembangan. Sel Tumbuhan 5: 147-157. PMID:8453299

40.Robson P, Whitelam GC, Smith H (1993) Komponen terpilih dari sindrom penghindaran bayangan
ditampilkan secara normal pada mutan dariArabidopsis thalianadanBrassica rapkekurangan
fitokrom B. Fisiol Tanaman 102: 1179–1184. PMID:12231894
41.Devlin PF, Robson PR, Patel SR, Goosey L, Sharrock RA, dkk. (1999) Fitokrom D bertindak dalam sindrom
penghindaran naungan diArabidopsisdengan mengontrol pertumbuhan elongasi dan waktu berbunga. Fisiol
Tumbuhan 119: 909–915. PMID:10069829
42.Wollenberg AC, Strasser B, Cerdan PD, Amasino RM (2008) Percepatan pembungaan selama penghindaran
naungan diArabidopsismengubah keseimbangan antara represi yang dimediasi LOKUS BUNGA C dan
induksi pembungaan fotoperiodik. Fisiol Tumbuhan 148: 1681–1694. doi:10.1104/pp.108.125468 PMID:
18790998
43.Kim SY, Yu X, Michaels SD (2008) Regulasi ekspresi CONSTANS dan FLOWERING LOCUS T sebagai respons
terhadap perubahan kualitas cahaya. Fisiol Tumbuhan 148: 269–279. doi:10.1104/pp.108.122606 PMID:
18667727
44.Jimenez-Gomez JM, Wallace AD, Maloof JN (2010) Analisis jaringan mengidentifikasi ELF3 sebagai QTL untuk
respons penghindaran naungan di Arabidopsis. PLoS Gen 6: e1001100. doi:10.1371/jurnal.pgen. 1001100
PMID:20838594
45.Kanyuka K, Praekelt U, Franklin KA, Billingham OE, Hooley R, dkk. (2003) Mutasi dalam jumlah besarArabidopsisgen
BESARmempengaruhi berbagai hormon dan respon cahaya. Tanaman J 35: 57–70. PMID: 12834402
46.Cerdan PD, Chory J (2003) Pengaturan waktu berbunga berdasarkan kualitas cahaya. Alam 423: 881–885. PMID:
12815435
47.Franklin KA, Praekelt U, Stoddart WM, Billingham OE, Halliday KJ, dkk. (2003) Fitokrom B, D, dan E bertindak
berlebihan untuk mengontrol berbagai respons fisiologis dalamArabidopsis.Fisiol Tumbuhan 131: 1340–
1346. PMID:12644683
48.Robson F, Okamoto H, Patrick E, Harris SR, Wasternack C, dkk. (2010) Jasmonate dan fitokrom A
pensinyalan diArabidopsisrespon luka dan naungan terintegrasi melalui stabilitas JAZ1. Sel
Tumbuhan 22: 1143-1160. doi:10.1105/tpc.109.067728 PMID:20435902
49.Steindler C, Matteucci A, Sessa G, Weimar T, Ohgishi M, dkk. (1999) Respon penghindaran naungan
dimediasi oleh protein ATHB-2 HD-zip, regulator negatif dari ekspresi gen. Pengembangan 126:
4235–4245. PMID:10477292
50.Rolauffs S, Fackendahl P, Sahm J, Fiene G, Hoecker U (2012)ArabidopsisGen COP1 dan SPA sangat penting untuk
pemanjangan tanaman tetapi tidak untuk percepatan waktu pembungaan sebagai respons terhadap rasio cahaya
merah rendah terhadap cahaya merah jauh. Fisiol Tumbuhan 160: 2015–2027. doi:10.1104/pp.112.207233 PMID:
23093358
51.Franklin KA, Puyuh PH (2010) Fungsi fitokrom dalamArabidopsisperkembangan. J Exp Bot 61: 11–24. doi:
10.1093/jxb/erp304 PMID:19815685
52.Neff MM, Chory J (1998) Interaksi genetik antara fitokrom A, fitokrom B, dan kriptokrom 1 selama
Arabidopsisperkembangan. Fisiol Tumbuhan 118: 27–35. PMID:9733523
53.Casal JJ, Mazzella MA (1998) Sinergi bersyarat antara kriptokrom 1 dan fitokrom B ditunjukkan oleh
analisisphyA, phyB,danhy4mutan sederhana, ganda, dan rangkap tiga diArabidopsis.Fisiol
Tumbuhan 118: 19–25. PMID:9733522
54.Casal JJ, Boccalandro H (1995) Kerja sama antara fitokrom B dan HY4 diArabidopsis thaliana. Planta
197: 213–218. PMID:8547813
55.Ahmad M, Cashmore AR (1997) Reseptor cahaya biru kriptokrom 1 menunjukkan ketergantungan
fungsional pada fitokrom A atau fitokrom B diArabidopsis thaliana.Tanaman J 11: 421–427. PMID:
9107032
56.Hennig L, Funk M, Whitelam GC, Schafer E (1999) Interaksi fungsional kriptokrom 1 dan fitokrom D.
Tanaman J 20: 289-294. PMID:10571889
57.Castillon A, Shen H, Huq E (2009) Cahaya biru menginduksi degradasi faktor interaksi 1 fitokrom
regulator negatif untuk mendorong perkembangan fotomorfogenikArabidopsisbibit. Genetika 182:
161-171. doi:10.1534/genetika.108.099887 PMID:19255368
58.Usami T, Matsushita T, Oka Y, Mochizuki N, Nagatani A (2007) Peran untuk domain N- dan C-
terminal fitokrom B dalam interaksi antara fitokrom B dan kaskade pensinyalan kriptokrom.
Fisiol Sel Tumbuhan 48: 424–433. PMID:17251203
59.Usami T, Mochizuki N, Kondo M, Nishimura M, Nagatani A (2004) Kriptrom dan fitokrom secara sinergis
mengaturArabidopsispenghijauan akar di bawah cahaya biru. Fisiol Sel Tumbuhan 45: 1798–1808. PMID:
15653798
60.Meijer G, Engelsma G (1965) Pengaruh sinergis pra-iradiasi pada penghambatan foto bibit ketimun.
Photochem Photobiol 4: 251–258.

61.Hughes RM, Vrana JD, Song J, Tucker CL (2012) Interaksi yang bergantung pada cahaya dan promosi gelap
antaraArabidopsisprotein kriptokrom 1 dan fitokrom B. J Biol Kimia 287: 22165–22172. doi:10.1074/
jbc.M112.360545 PMID:22577138
62.Liu H, Liu B, Zhao C, Pepper M, Lin C (2011) Mekanisme aksi kriptokrom tanaman. Tren Tanaman Sci
16: 684–691. doi:10.1016/j.tplants.2011.09.002 PMID:21983106
63.Crocco CD, Holm M, Yanovsky MJ, Botto JF (2010) AtBBX21 dan COP1 secara genetik berinteraksi dalam
regulasi penghindaran naungan. Tanaman J 64: 551–562. doi:10.1111/j.1365-313X.2010.04360.x PMID:
21070414
64.Pacín M, Legris M, Casal JJ (2013) COP1 terakumulasi kembali dalam nukleus di bawah naungan. Tanaman J 75:
631–641. doi:10.1111/tpj.12226 PMID:23647163
65.Guo H, Yang H, Mockler TC, Lin C (1998) Regulasi waktu berbunga olehArabidopsisfotoreseptor. Sains
279: 1360–1363. PMID:9478898
66.Zuo Z, Liu H, Liu B, Liu X, Lin C (2011) Interaksi cahaya biru CRY2 dengan SPA1 mengatur aktivitas
COP1 dan inisiasi bunga di Arabidopsis. Curr Biol 21: 841–847. doi:10.1016/j.cub.2011.03. 048
PMID:21514160
67.Liu Y, Li X, Li K, Liu H, Lin C (2013) Beberapa protein bHLH membentuk heterodimer untuk memediasi regulasi waktu
pembungaan yang bergantung pada CRY2 diArabidopsis.PLoS Gen 9: e1003861. doi:10.1371/jurnal. hal.1003861
PMID:24130508
68.Keller MM, Jaillais Y, Pedmale UV, Moreno JE, Chory J, dkk. (2011) Cryptochrome 1 dan phytochrome B
mengontrol respons penghindaran naungan diArabidopsismelalui kaskade hormonal sebagian
independen. Tanaman J 67: 195–207. doi:10.1111/j.1365-313X.2011.04598.x PMID:21457375
69.Keuskamp DH, Sasidharan R, Vos I, Peeters AJ, Voesenek LA, dkk. (2011) Penghindaran naungan yang dimediasi
cahaya biru membutuhkan aksi gabungan auksin dan brassinosteroid dalamArabidopsisbibit. Tanaman J 67: 208–
217. doi:10.1111/j.1365-313X.2011.04597.x PMID:21457374
70.Ichihashi Y, Horiguchi G, Gleissberg S, Tsukaya H (2010) Faktor transkripsi bHLH SPATULA mengontrol
ukuran daun akhir diArabidopsis thaliana.Fisiol Sel Tumbuhan 51: 252–261. doi:10.1093/pcp/ pcp184
PMID:20040585
71.Reymond MC, Brunoud G, Chauvet A, Martinez-Garcia JF, Martin-Magniette ML, dkk. (2012) Sebuah modul genetik
yang diatur ringan direkrut untuk pengembangan karpel diArabidopsismengikuti perubahan struktural menjadi
SPATULA. Sel Tumbuhan 24: 2812–2825. doi:10.1105/tpc.112.097915 PMID:22851763
72.Leivar P, Tepperman JM, Cohn MM, Monte E, Al-Sady B, dkk. (2012) Antagonisme dinamis antara fitokrom dan
faktor helix-loop-helix dasar keluarga PIF menginduksi respons timbal balik selektif terhadap cahaya dan
bayangan dalam jaringan transkripsi yang responsif cepat diArabidopsis.Sel Tumbuhan 24: 1398–1419.
doi:10.1105/tpc.112.095711 PMID:22517317
73.Kedelai J, Leivar P, Monte E (2014) PIF1 mendorong pertumbuhan yang diatur fitokrom dalam kondisi
fotoperiodik diArabidopsisbersama-sama dengan PIF3, PIF4, dan PIF5. J Exp Bot 65: 2925–2936. doi:10.
1093/jxb/ert465 PMID:24420574
74.Huq E, Al-Sady B, Hudson M, Kim C, Apel K, dkk. (2004) Fitokrom-berinteraksi faktor 1 adalah regulator
bHLH penting biosintesis klorofil. Sains 305: 1937–1941. PMID:15448264
75.Leivar P, Monte E (2014) PIF: Integrator Sistem dalam Pengembangan Pabrik. Sel Tanaman Online 26: 56–78.
doi:10.1105/tpc.113.120857 PMID:24481072
76.Monte E, Tepperman JM, Al-Sady B, Kaczorowski KA, Alonso JM, dkk. (2004) Faktor transkripsi yang berinteraksi
dengan fitokrom, PIF3, bertindak lebih awal, selektif, dan positif dalam pengembangan kloroplas yang diinduksi
cahaya. Proc Natl Acad Sci USA 101: 16091–16098. PMID:15505214
77.Zhang Y, Mayba O, Pfeiffer A, Shi H, Tepperman JM, dkk. (2013) Kuartet faktor PIF bHLH menyediakan
hub pensinyalan yang berpusat secara transkripsi yang mengatur morfogenesis bibit melalui pola
ekspresi diferensial dari gen target bersama di Arabidopsis. PLoS Gen 9: e1003244. doi:
10.1371/journal.pgen.1003244 PMID:23382695
78.Nozue K, Harmer SL, Maloof JN (2011) Analisis genomik jam sirkadian, cahaya, dan gen yang berkorelasi pertumbuhan
mengungkapkan FAKTOR INTERAKSI PHYTOCHROME sebagai modulator pensinyalan auksin
diArabidopsis.Fisiol Tumbuhan 156: 357–372. doi:10.1104/pp.111.172684 PMID:21430186
79.Spartz AK, Ren H, Park MY, Grandt KN, Lee SH, dkk. (2014) penghambatan SAUR dari PP2C-D fosfatase
mengaktifkan membran plasma H+-ATPase untuk mendorong ekspansi sel diArabidopsis.Sel Tumbuhan
26: 2129–2142. PMID:24858935
80.de Wit M, Lorrain S, Fankhauser C (2014) Perubahan arsitektur tanaman yang dimediasi auksin sebagai respons
terhadap naungan dan suhu tinggi. Pabrik Fisiol 151: 13–24. doi:10.1111/ppl.12099 PMID:24011166
81.Mashiguchi K, Tanaka K, Sakai T, Sugawara S, Kawaide H, dkk. (2011) Jalur biosintesis auksin utama di
Arabidopsis.Proc Natl Acad Sci USA 108: 18512–18517. doi:10.1073/pnas. 1108434108 PMID:
22025724

82.Won C, Shen X, Mashiguchi K, Zheng Z, Dai X, dkk. (2011) Konversi triptofan menjadi asam indole-3-
asetat olehTRYPTOPHAN AMINOTRANSFERASES ARABIDOPSISdanYUCCAmasukArabidopsis. Proc
Natl Acad Sci USA 108: 18518–18523. doi:10.1073/pnas.1108436108 PMID:22025721
83.Overvoorde PJ, Okushima Y, Alonso JM, Chan A, Chang C, dkk. (2005) Analisis genomik fungsional dariASAM
AUXIN/INDOLE-3-ACETICanggota keluarga gen dalamArabidopsis thaliana.Sel Tumbuhan 17: 3282–3300.
PMID:16284307
84.Delarue M, Prinsen E, Va H, Onckelen, Caboche M, dkk. (1998)Sur2mutasi dariArabidopsis thaliana
menentukan lokus baru yang terlibat dalam kontrol homeostasis auksin. Tanaman J 14: 603–611. PMID:
9675903
85.Franklin KA, Lee SH, Patel D, Kumar SV, Spartz AK, dkk. (2011) Phytochrome-interacting factor 4 (PIF4)
mengatur biosintesis auksin pada suhu tinggi. Proc Natl Acad Sci USA 108: 20231–20235. doi:
10.1073/pnas.1110682108 PMID:22123947
86.Nemhauser JL, Feldman LJ, Zambryski PC (2000) Auksin dan ETTIN dalamArabidopsismorfogenesis
ginesium. Perkembangan 127: 3877–3888. PMID:10952886
87.Foreman J, White J, Graham I, Halliday K, Josse EM (2011) Menjelaskan perkembangan bunga:
fitokrom B mengatur pembentukan ginesium terkait dengan faktor transkripsiSUDIP. Perilaku
Sinyal Tanaman 6: 471–476. PMID:21364315
88.Valdes AE, Rizzardi K, Johannesson H, Para A, Sundas-Larsson A, dkk. (2011)BUNGA TERMINAL Arabidopsis thaliana2
terlibat dalam pensinyalan yang dikendalikan cahaya selama fotomorfogenesis pembibitan. Lingkungan Sel
Tumbuhan 35: 1013–1025.
89.Wasternack C, Hause B (2013) Jasmonates: biosintesis, persepsi, transduksi sinyal dan aksi dalam respon stres
tanaman, pertumbuhan dan perkembangan. Pembaruan untuk tinjauan 2007 di Annals of Botany.
Ann Bot 111: 1021–1058. doi:10.1093/aob/mct067 PMID:23558912
90.Cerrudo I, Keller MM, Cargnel MD, Demkura PV, de Wit M, dkk. (2012) Rendahnya rasio merah/merah jauh berkurang
Arabidopsisresistensi terhadapBotrytis cinereadan respons jasmonate melalui mekanisme independen asam
salisilat yang bergantung pada COI1-JAZ10. Fisiol Tumbuhan 158: 2042–2052. doi:10.1104/pp.112.193359 PMID:
22371506
91.Chehab EW, Kim S, Savchenko T, Kliebenstein D, Dehesh K, dkk. (2011) Render penyisipan T-DNA Intronic
Arabidopsis opr3mutan penghasil asam jasmonic bersyarat. Fisiol Tumbuhan 156: 770–778. doi:10.1104/
pp.111.174169 PMID:21487047
92.Fernandez-Calvo P, Chini A, Fernandez-Barbero G, Chico JM, Gimenez-Ibanez S, dkk. (2011) The Arabidopsis
Faktor transkripsi bHLH MYC3 dan MYC4 adalah target represor JAZ dan bertindak secara aditif dengan
MYC2 dalam aktivasi respons jasmonat. Sel Tumbuhan 23: 701–715. doi:10.1105/tpc. 110.080788 PMID:
21335373
93.Cevik V, Kidd BN, Zhang P, Hill C, Kiddle S, dkk. (2012) MEDIATOR25 bertindak sebagai pusat integratif
untuk regulasi ekspresi gen responsif jasmonat diArabidopsis.Fisiol Tumbuhan 160: 541–555. doi:
10.1104/pp.112.202697 PMID:22822211
94.Chen R, Jiang H, Li L, Zhai Q, Qi L, dkk. (2012) TheArabidopsissubunit mediator MED25 secara berbeda
mengatur pensinyalan jasmonat dan asam absisat melalui interaksi dengan faktor transkripsi MYC2 dan
ABI5. Sel Tumbuhan 24: 2898–2916. doi:10.1105/tpc.112.098277 PMID:22822206
95.Klose C, Buche C, Fernandez AP, Schafer E, Zwick E, dkk. (2012) Subunit kompleks mediator PFT1
mengganggu COP1 dan HY5 dalam regulasiArabidopsissinyal cahaya. Fisiol Tumbuhan 160:
289–307. doi:10.1104/pp.112.197319 PMID:22760208
96.Hou X, Lee LY, Xia K, Yan Y, Yu H (2010) DELLA memodulasi pensinyalan jasmonat melalui pengikatan kompetitif
ke JAZ. Sel Pengembang 19: 884–894. doi:10.1016/j.devcel.2010.10.024 PMID:21145503
97.Chen J, Sonobe K, Ogawa N, Masuda S, Nagatani A, dkk. (2013) Penghambatan pemanjangan hipokotil arabidopsis oleh
jasmonates ditingkatkan di bawah lampu merah dengan cara yang bergantung pada fitokrom B. J Tanaman
Res 126: 161–168. doi:10.1007/s10265-012-0509-3 PMID:22825635
98.Yang DL, Yao J, Mei CS, Tong XH, Zeng LJ, dkk. (2012) Hormon tanaman jasmonate memprioritaskan pertahanan atas
pertumbuhan dengan mengganggu kaskade pensinyalan giberelin. Proc Natl Acad Sci USA 109: E1192–E1200.
doi:10.1073/pnas.1201616109 PMID:22529386
99.Noir S, Bomer M, Takahashi N, Ishida T, Tsui TL, dkk. (2013) Jasmonate mengontrol pertumbuhan daun
dengan menekan proliferasi sel dan permulaan endoreduplikasi sambil mempertahankan mode siaga
potensial. Fisiol Tumbuhan 161: 1930–1951. doi:10.1104/pp.113.214908 PMID:23439917
100.Rieu I, Ruiz-Rivero O, Fernandez-Garcia N, Griffiths J, Powers SJ, dkk. (2008) Gen biosintetik giberelinDi
GA20ox1danDi GA20ox2bertindak, sebagian berlebihan, untuk mendorong pertumbuhan dan
perkembangan di seluruhArabidopsislingkaran kehidupan. Tanaman J 53: 488–504. PMID:18069939
101.Achard P, Cheng H, De Grauwe L, Decat J, Schoutteten H, dkk. (2006) Integrasi respon tanaman
terhadap sinyal fitohormonal lingkungan diaktifkan. Sains 311: 91–94. PMID:16400150

102.Hsu PY, Devisetty UK, Harmer SL (2013) Ketepatan waktu yang akurat dikendalikan oleh penggerak
bersepeda di Arabidopsis.eLife 2: e00473. doi:10.7554/eLife.00473 PMID:23638299
103.Takase M, Mizoguchi T, Kozuka T, Tsukaya H (2013) Fungsi unik dari gen jam sirkadian Arabidopsis
PRR5 dalam regulasi respons penghindaran naungan. Perilaku Sinyal Tanaman 8: e23534.
doi:10.4161/psb.23534 PMID:23333981
104.Schachtman D, Schroeder J, Lucas W, Anderson J, Gaber R (1992) Ekspresi saluran kalium pembetulan
ke dalam olehArabidopsisKAT1 cDNA. Sains 258: 1654–1658. PMID:8966547
105.Nakamura RL, McKendree WL Jr., Hirsch RE, Sedbrook JC, Gaber RF, dkk. (1995) Ekspresi an
Arabidopsisgen saluran kalium dalam sel penjaga. Fisiol Tumbuhan 109: 371–374. PMID:7480337
106.Sutter JU, Sieben C, Hartel A, Eisenach C, Thiel G, dkk. (2007) Asam absisat memicu endositosis
ArabidopsisSaluran KAT1 K+ dan daur ulangnya ke membran plasma. Biol saat ini 17: 1396-1402.
PMID:17683934
107.Eisenach C, Chen ZH, Grefen C, Blatt MR (2011) Protein perdagangan SYP121 dariArabidopsismenghubungkan
penutupan stomata terprogram dan aktivitas saluran K+ dengan pertumbuhan vegetatif. Tanaman J 69: 241–251.
doi:10.1111/j.1365-313X.2011.04786.x PMID:21914010
108.Abel S, Nguyen MD, Theologis A (1995) Keluarga seperti PS-IAA4/5 dari mRNA awal yang dapat diinduksi auksin di
Arabidopsis thaliana.J Mol Biol 251: 533–549. PMID:7658471
109.Philippar K, Ivashikina N, Sakit P, Christian M, Luthen H, dkk. (2004) Auksin mengaktifkanKAT1dan KAT2,dua
gen saluran K+ yang diekspresikan dalam bibit dariArabidopsis thaliana.Tanaman J 37: 815–827. PMID:
14996216
110.Putterill J, Robson F, Lee K, Simon R, Coupland G (1995) Gen CONSTANS dariArabidopsismempromosikan
pembungaan dan mengkodekan protein yang menunjukkan kesamaan dengan faktor transkripsi jari seng. Sel
80: 847–857. PMID:7697715
111.Park DH, Somers DE, Kim YS, Choy YH, Lim HK, dkk. (1999) Kontrol ritme sirkadian dan pembungaan
fotoperiodik olehArabidopsis GIGANTEAgen. Sains 285: 1579-1582. PMID:10477524
112.Fowler S, Lee K, Onouchi H, Samach A, Richardson K, dkk. (1999)GIGANTEA:gen jam sirkadian yang mengatur
pembungaan fotoperiodik dalamArabidopsisdan mengkodekan protein dengan beberapa kemungkinan
domain rentang membran. EMBO J 18: 4679–4688. PMID:10469647
113.Song YH, Ito S, Imaizumi T (2013) Pengaturan waktu pembungaan: fotoperiode dan sensor suhu pada daun.
Tren Tanaman Sci 18: 575–583. doi:10.1016/j.tplants.2013.05.003 PMID:23790253
114.Holm M, Ma LG, Qu LJ, Deng XW (2002) Dua protein bZIP yang berinteraksi adalah target langsung dari kontrol
yang dimediasi COP1 dari ekspresi gen yang bergantung pada cahaya diArabidopsis.Gen Dev 16: 1247–1259.
PMID:12023303
115.Kumar SV, Lucyshyn D, Jaeger KE, Alos E, Alvey E, dkk. (2012) Faktor transkripsi PIF4 mengontrol
aktivasi termosensori pembungaan. Alam 484: 242–245. doi:10.1038/alam10928 PMID: 22437497
116.Rawat R, Takahashi N, Hsu PY, Jones MA, Schwartz J, dkk. (2011) REVEILLE8 dan PSEUDO-
RESPONSE REGULATOR5 membentuk lingkaran umpan balik negatif di dalamArabidopsisjam
sirkadian. PLoS Gen 7: e1001350. doi:10.1371/journal.pgen.1001350 PMID:21483796
117.Leopold AC (1958) Penggunaan auksin dalam pengendalian pembungaan dan pembuahan. Annu Rev Plant Physiol 9: 281–
310.
118.Gangappa SN, Chattopadhyay S (2010) MYC2, faktor transkripsi bHLH, memodulasi fenotipe dewasa
SPA1. Perilaku Sinyal Tanaman 5: 1650–1652. doi:10.4161/psb.5.12.13981 PMID:21512327
119.Makkena S, Lamb RS (2013) Faktor transkripsi bHLH SPATULA adalah pengatur utama ukuran organ di
Arabidopsis thaliana.Perilaku Sinyal Tanaman 8: e24140. doi:10.4161/psb.24140 PMID:23470719
120.Cifuentes-Esquivel N, Bou-Torrent J, Galstyan A, Galllemi M, Sessa G, dkk. (2013) Protein bHLH BEE
dan BIM secara positif memodulasi sindrom penghindaran naungan diArabidopsisbibit.
Tanaman J 75: 989–1002. doi:10.1111/tpj.12264 PMID:23763263
121.Friedrichsen DM, Nemhauser J, Muramitsu T, Maloof JN, Alonso J, dkk. (2002) Tiga gen respon awal
brassinosteroid yang berlebihan mengkode faktor transkripsi bHLH diduga diperlukan untuk
pertumbuhan normal. Genetika 162: 1445–1456. PMID:12454087
122.Filiault DL, Maloof JN (2012) Sebuah studi asosiasi genome mengidentifikasi varian yang mendasari
Arabidopsis thalianarespon penghindaran naungan. PLoS Gen 8: e1002589. doi:10.1371/jurnal.pgen.
1002589 PMID:22438834
123.Kumar R, Ichihashi Y, Kimura S, Chitwood DH, Headland LR, dkk. (2012) Metode throughput tinggi untuk
persiapan perpustakaan Illumina RNA-Seq. Tanaman Depan Sci 3: 202. doi:10.3389/fpls.2012.00202 PMID:
22973283

124.Nozue K, Covington MF, Duek PD, Lorrain S, Fankhauser C, dkk. (2007) Pertumbuhan berirama dijelaskan
secara kebetulan antara isyarat internal dan eksternal. Alam 448: 358–361. PMID:17589502
125.Abramoff MD, Magalhaes PJ, Ram SJ (2004) Pengolahan citra dengan ImageJ. Biophotonics
Internasional 11: 36–42.
126.Trapnell C, Pachter L, Salzberg S (2009) TopHat: menemukan sambungan sambungan dengan RNA-Seq.
Bioinformatika 25: 1105-1111. doi:10.1093/bioinformatika/btp120 PMID:19289445
127.Robinson MD, McCarthy DJ, Smyth GK (2010) edgeR: paket Biokonduktor untuk analisis ekspresi
diferensial dari data ekspresi gen digital. Bioinformatika 26: 139-140. doi:10.1093/ bioinformatika/
btp616 PMID:19910308
128.R_Development_Core_Team (2005) R: Bahasa dan lingkungan untuk komputasi statistik. R
Foundation untuk Komputasi Statistik. Wina, Austria.
129.MD muda, Wakefield MJ, Smyth GK, Oshlack A (2010) Analisis ontologi gen untuk RNA-seq: akuntansi
untuk bias seleksi. Genom Biol 11: R14. doi:10.1186/gb-2010-11-2-r14 PMID:20132535
130.Nemhauser JL, Hong F, Chory J (2006) Hormon tanaman yang berbeda mengatur proses serupa melalui sebagian
besar tanggapan transkripsi yang tidak tumpang tindih. Sel 126: 467. PMID:16901781
131.Zentella R, Zhang ZL, Park M, Thomas SG, Endo A, dkk. (2007) Analisis global target langsung DELLA dalam
pensinyalan giberelin awal diArabidopsis.Sel Tumbuhan 19: 3037–3057. PMID:17933900
132.Karbon S, Irlandia A, Mungall CJ, Shu S, Marshall B, dkk. (2009) AmiGO: akses online ke data ontologi
dan anotasi. Bioinformatika 25: 288–289. doi:10.1093/bioinformatika/btn615 PMID: 19033274
133.Bates D, Maechler M, Bolker B, Walker S (2014) lme4: Model efek campuran linier menggunakan Eigen dan
S4.http://CRAN.R-project.org/package=lme4 .
134.Kuznetsova A, Brockhoff PB, Christensen RHB (2014) lmerTest: Tes untuk efek acak dan tetap untuk model
efek campuran linier (objek lmer dari paket lme4).http://CRAN.R-project.org/package= lmerTest .
135.Benjamini Y, Hochberg Y (1995) Mengontrol tingkat penemuan palsu—pendekatan yang praktis dan kuat
untuk berbagai pengujian. J Roy Statistik Soc Ser B 57: 289–300.
136.Musim Dingin D, Cuka B, Nahal H, Ammar R, Wilson GV, dkk. (2007) Sebuah "Electronic Fluorescent Pictograph
Browser" untuk menjelajahi dan menganalisis set data biologis skala besar. PLoS ONE 2: e718.
PMID:17684564

File (2) .En - Id

Diunggah oleh

Informasi Dokumen

Judul Asli

Hak Cipta

Format Tersedia

Bagikan dokumen Ini

Bagikan atau Tanam Dokumen

Opsi Berbagi

Apakah menurut Anda dokumen ini bermanfaat?

Apakah konten ini tidak pantas?

Hak Cipta:

Format Tersedia

File (2) .En - Id

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

Diterjemahkan dari bahasa Inggris ke bahasa Indonesia - www.onlinedoctranslator.

Komponen dan Jalur Penghindaran Naungan pada

Kazunari Nozue, An V. Tat, Upendra Kumar Devisetty, Matthew Robinson, Maxwell R.

Genetika POS | DOI:10.1371/journal.pgen.1004953 15 April 2015 1 / 26

tidak memiliki peran dalam desain studi, pengumpulan dan

Genetika POS | DOI:10.1371/journal.pgen.1004953 15 April 2015 2 / 26

Hasil dan Diskusi

Genetika POS | DOI:10.1371/journal.pgen.1004953 15 April 2015 3 / 26

diberi perlakuan EODFR (Meja S2 ).

Tabel 1. Analisis kategori GO gen responsif naungan 1 jam di daerah daun/apikal.

kategori Ketentuan over_represented_pvalue nilai over_represented_padjust

PERGI:0009733 respon terhadap stimulus auksin 2.70e-41 6.70e-38

kategori Ketentuan over_represented_pvalue nilai over_represented_padjust

PERGI: 0009753 respons terhadap stimulus asam jasmonic 5.27e-10 1.31e-06

Genetika POS | DOI:10.1371/journal.pgen.1004953 15 April 2015 4 / 26

Perawatan naungan 1 jam Perawatan naungan 4 jam

diatur oleh hormon KE ATAS TURUN KE ATAS TURUN

IAA UP 4,59e-75 1 1.2e-06 0,138

kategori Ketentuan over_represented_pvalue

PERGI:0009719 respon terhadap stimulus endogen 1.72e-38

Genetika POS | DOI:10.1371/journal.pgen.1004953 15 April 2015 5 / 26

GO:0009641 (penghindaran bayangan). Di antara istilah khusus daerah daun/apikal GO:0009753

Profil fenotipe daun dari lima puluh sembilan garis mutan

metode manual [25 ].

naungan terjadi dan harus diperiksa dalam penelitian selanjutnya.

Genetika POS | DOI:10.1371/journal.pgen.1004953 15 April 2015 6/26

Genetika POS | DOI:10.1371/journal.pgen.1004953 15 April 2015 7/26

Genetika POS | DOI:10.1371/journal.pgen.1004953 15 April 2015 8/26

Genetika POS | DOI:10.1371/journal.pgen.1004953 15 April 2015 9/26

fenotipe pemanjangan dan waktu pembungaan berbeda (dendrogram atas dalamGambar 2 ).

Jalur sindrom penghindaran naungan yang diperbarui

Genetika POS | DOI:10.1371/journal.pgen.1004953 15 April 2015 10/26

Genetika POS | DOI:10.1371/journal.pgen.1004953 15 April 2015 11/26

Genetika POS | DOI:10.1371/journal.pgen.1004953 15 April 2015 12/26

Genetika POS | DOI:10.1371/journal.pgen.1004953 15 April 2015 13/26

Genetika POS | DOI:10.1371/journal.pgen.1004953 15 April 2015 14/26

Mutan SAS berkerumun fenotipik dapat berbagi fungsi yang sama

Mutan yang mempengaruhi regulasi waktu berbunga di bawah simulasi matahari

Genetika POS | DOI:10.1371/journal.pgen.1004953 15 April 2015 15/26

Material dan metode

Genetika POS | DOI:10.1371/journal.pgen.1004953 15 April 2015 16/26

Persiapan dan pengurutan perpustakaan RNA-seq

Analisis ekspresi diferensial dan analisis representasi berlebihan (ORA)

Pengukuran dan analisis fenotipe

Genetika POS | DOI:10.1371/journal.pgen.1004953 15 April 2015 17/26

model efek, yaitu

sifat¼ tanamanthperlakuanthtanaman: pengobatanþ ðperlakuanjmengaturÞ þ ε.

sifat¼ tanamanthperlakuanthtanaman: pengobatanþ ð1jdaunÞ þ ðperlakuanjmengaturÞ þ ε.

digunakan dalam model efek campuran (Gambar S3H ).

residu¼ tanamanþ ð1jmengaturÞ þ ε.

Genetika POS | DOI:10.1371/journal.pgen.1004953 15 April 2015 18/26

ucapan terima kasih

Genetika POS | DOI:10.1371/journal.pgen.1004953 15 April 2015 19/26

Genetika POS | DOI:10.1371/journal.pgen.1004953 15 April 2015 20/26

37.Cagnola J, Ploschuk E, Benech-Arnold T, Finlayson S, Casal JJ (2012) Transkriptom batang mengungkapkan

Genetika POS | DOI:10.1371/journal.pgen.1004953 15 April 2015 21/26

Genetika POS | DOI:10.1371/journal.pgen.1004953 15 April 2015 22/26

Genetika POS | DOI:10.1371/journal.pgen.1004953 15 April 2015 23/26

Genetika POS | DOI:10.1371/journal.pgen.1004953 15 April 2015 24 / 26

Genetika POS | DOI:10.1371/journal.pgen.1004953 15 April 2015 25/26

Genetika POS | DOI:10.1371/journal.pgen.1004953 15 April 2015 26/26

Anda mungkin juga menyukai