MAKALAH HASIL
DESI IRIANI
160204012
Menyetujui
Komisi Pembimbing
Pembimbing I Pembimbing II
iii
Universitas Muhammadiyah Riau
KATA PEGANTAR
v
Universitas Muhammadiyah Riau
Penulis menyadari bahwa masih banyak terdapat kekurangan, penulis
mengharapkan kritik dan saran yang bersifat membangun demi kesempurnaan
penelitian ini.
Wassalamu’alaikum Wr.Wb.
Penulis
vi
Universitas Muhammadiyah Riau
DAFTAR ISI
Halaman
HALAMAN JUDUL ................................................................................. i
HALAMAN PENGESAHAN HASIL PENELITIAN ........................... ii
ABSTRAK ................................................................................................. iii
KATA PENGANTAR ............................................................................... v
DAFTAR ISI .............................................................................................. vii
DAFTAR GAMBAR ................................................................................. ix
DAFTAR TABEL ..................................................................................... x
BAB I PENDAHULUAN
1.1. Latar Belakang ............................................................................. 1
1.2. Rumusan Masalah ........................................................................ 2
1.3. Tujuan Penelitian ......................................................................... 3
1.4. Manfaat Penelitian ....................................................................... 3
BAB III METODE PENELITIAN
3.1 Desain Penelitian.......................................................................... 4
3.2 Waktu dan Tempat Penelitian ...................................................... 4
3.3 Alat dan Bahan ............................................................................. 4
3.3.1. Alat ..................................................................................... 4
3.3.2. Bahan ................................................................................. 5
3.4 Prosedur Penelitian....................................................................... 5
3.4.1. Prosedur Keselamatan ........................................................ 5
3.4.2. Prosedur Kerja Penelitian................................................... 6
3.4.2.1. Persiapan Sampel.................................................... 6
3.4.2.2. Ekstraksi Sampel dengan Metode Maserasi ........... 6
3.4.2.3. Uji Fitokimia .......................................................... 7
3.4.2.4. Uji aktivitas antibakteri dengan Metode Difusi...... 8
3.5. Prosedur Docking Molekul ........................................................... 9
3.5.1. Persiapan Protein Target dan Ligan Standar ............. 9
3.5.2. Validasi Metode......................................................... 9
3.5.3. Docking Protein Target Dengan Senyawa Uji
vii
Universitas Muhammadiyah Riau
(Ligan Uji) ................................................................. 10
3.6. Analisis Data ................................................................................. 10
3.7. Jaminan Mutu................................................................................ 10
3.7.1 Jaminan Mutu Alat dan Instrumen ....................................... 11
3.7.2 Jaminan Mutu Bahan Kimia dan Reagen............................. 11
BAB V HASIL DAN PEMBAHASAN
5.1. Ekstraksi Bawang Dayak .............................................................. 12
5.2. Uji Fitokimia ................................................................................. 13
5.3. Uji aktivitas Antibakteri ................................................................ 15
5.4. Docking Molekul .......................................................................... 18
BAB VI KESIMPULAN DAN SARAN................................................... 27
DAFTAR PUSTAKA ................................................................................ 29
viii
Universitas Muhammadiyah Riau
DAFTAR GAMBAR
Halaman
Gambar 5.1. (a) Senyawa DA dan (b) Senyawa DR ................................... 19
Gambar 5.2. (a) Struktur 3D kristal protein P. aeruginosa (5YUN.pdb)
dan (b) ligan standar MYC .................................................... 19
Gambar 5.3. (a) Struktur 3D kristal protein S. epidermidis (1G5Q.pdb)
dan (b) ligan standar FMN ..................................................... 19
Gambar 5.4. Interaksi ikatan hidrogen simulasi protein docking, (a) senyawa
DR (b) senyawa DA (c) senyawa Amoxicillin (d) ligan asli MYC
kedalam sisi aktif protein P. aerugenosa 5YUN.pdb. ............. 23
Gambar 5.5. Interaksi ikatan hidrogen simulasi protein docking, (a) senyawa
DR (b) senyawa DA (c) senyawa Amoxicillin (d) ligan asli FMN
kedalam sisi aktif protein S. epidermidis 1G5Q.pdb................ 23
ix
Universitas Muhammadiyah Riau
DAFTAR TABEL
Halaman
Tabel 5.2. Hasil pengujian fitokimia simplisia dan ekstrak bawang dayak 13
Tabel 5.3. Hasil uji aktivitas antibakteri dari ekstrak bawang dayak ......... 15
Tabel 5.4. Energi cDOCKER dan Interaksi binding senyawa uji terhadap
Tabel 5.5. Energi cDOCKER dan Interaksi binding senyawa uji terhadap
x
Universitas Muhammadiyah Riau
BAB I
PENDAHULUAN
1
Universitas Muhammadiyah Riau
2
4
Universitas Muhammadiyah Riau
5
3.3.2. Bahan
Bahan yang digunakan dalam penelitian ini adalah Bawang dayak, pelarut
etilasetat teknis, n-heksan teknis, etanol teknis, nutrient agar (NA) dan nutrient
broth (NB), etanol PA, bakteri Pseudomonas aeruginosa dan Staphylococcus
epidermidis, antibiotik amoxicillin, aqua DM, dan blank disk, pereaksi mayer dan
dragendrof, larutan HCL, serbuk magnesium, asam klorida pekat, asam asetat
anhidrat, asam sulfat pekat, senyawa DA dan senyawa DR yang sudah diisolasi,
kristal protein dengan kode PDB ID 1G5Q untuk Staphylococcus epidermidis dan
5YUN untuk Pseudomonas aeruginosa.
3.4.2.3.Uji Fitokimia
Uji pendahuluan kandungan metabolit sekunder dilakukan terhadap sampel
bawang dayak:
3.4.2.3.1. Uji Alkaloid
Simpilisia dan ekstrak n-heksan, etilasetat dan etanol bawang dayak
dimasukkan dalam tabung reaksi dan ditambah dengan 0,5 mL larutan HCL 2N.
Kemudian larutan dibagi menjadi 2 tabung, pada tabung pertama ditambahkan 2
tetes pereaksi Mayer, adanya alkaloid ditandai dengan terbentuknya endapan
kekuning-kuningan. Pada tabung kedua ditambah 1 tetes pereaksi Dragendorf dan
terbentuknya endapan merah jingga menandakan adanya alkaloid.
dengan 10-7 sel bakteri/mL. Apabila terlalu keruh diencerkan dengan NaCl
fisiologis 0,9% steril sampai diperoleh konsentrasi 10-6 atau 10-7 sel bakteri/mL.
BAB V
HASIL DAN PEMBAHASAN
12
Universitas Muhammadiyah Riau
13
Uji aktivitas antibakteri terhadap ekstrak n-heksan, etilasetat dan etanol dari
bawang dayak dilakukan terhadap bakteri P. Aerugenosa dan S. epidermidis
dengan metode difusi agar. Adanya aktivitas antibakteri ditandai dengan
terbentuknya zona bening disekitar sampel uji. Konsentrasi sampel uji yang
digunakan adalah 10%, 30%, dan 50%. Pengujian aktivitas antibakteri dilakukan
dengan berbagai tingkat kosentrasi bertujuan untuk mengetahui apakah kenaikan
kosentrasi akan meningkatkan aktivitas antibakterinya. Kontrol positif yang
digunakan adalah antibiotik amoxillin, kontrol negatifnya adalah etanol. Hasil
penelitian menunjukkan bahwa kontrol negatif dengan zona hambat sebesar 0 mm
yang menandakan bahwa kontrol negatif tidak memberikan zona hambatan. Hal
tersebut membutikan bahwa pelarut tidak berpengaruh terhadap aktivitas
antibakteri sehingga aktivitas hanya berasal dari larutan uji, bukan dari pelarut
yang dipakai. Kontrol negatif berfungsi untuk mengetahui pengaruh dari
pemberian pelarut terhadap zona hambat yang terbentuk. Antibiotik amoxillin
sebagai kontrol positif, merupakan antibiotik turunan penisilin yang mempunyai
spektrum kerja luas, mekanisme kerjanya yang menghambat sintesis dinding sel
bakteri. Kontrol positif ini bertujuan untuk melihat gambaran terbunuhnya bakteri
uji yang dilihat dari zona hambat.
Perbedaan aktivitas antibakteri yang terjadi pada bakteri gram negatif dan
gram positif dapat dilihat dari zona hambat bakteri. Adanya perbedaan aktivitas
ini disebabkan karena perbedaan struktur dan komponen penyusun dinding sel
bakteri. Lapisan peptidoglikan pada dinding sel bakteri gram negatif lebih tipis,
sedangkan pada bakteri gram positif lapisan peptidoglikannya lebih tebal.
Komponen penyusun dinding sel bakteri gram negatif lebih kompleks. Karena
memiliki lapisan membran luar tambahan, sehingga akan lebih mudah menembus
dinding sel gram positif dibanding gram negatif sedangkan struktur dinding sel
bakteri gram positif lebih sederhana sehingga memudahkan bahan bioaktif masuk
ke dalam sel (Allison & Gilbert, 2004).
(a) (b)
Gambar 5.1. (a) Senyawa DA dan (b) Senyawa DR
(a) (b)
Gambar 5.2. (a) Struktur 3D kristal protein P. aerugenosa (5YUN.pdb) dan (b)
ligan standar MYC.
Gambar 5.3. (a) Struktur 3D kristal protein S. epidermidis (1G5Q.pdb) dan (b)
ligan standar FMN.
dihasilkan oleh sisi aktif ligan standar dari protein. Nilai RMSD menunjukkan
besar deviasi jarak antara atom-atom yang bersesuaian pada ligan dari pose awal
dengan pose hasil re-docking. Semakin kecil nilai RMSD yang dihasilkan, maka
semakin bagus kualitas docking yang dilakukan. Syarat nilai RMSD yang diterima
yaitu < 2 Å yang menunjukkan perhitungannya lebih akurat atau semakin kecil
kesalahan dari perhitungan. Jika nilai RMSD > 2 Å menunjukkan bahwa
penyimpangan dari hasil perhitungan lebih besar sehingga hasil interaksi ligan dan
reseptor secara in silico tidak dapat digunakan sebagai acuan (Ferwadi et al.,
2017). Hasil re-docking ligan dengan protein memperoleh nilai RMSD 1,5830 Å
dari kode protein 5YUN dan nilai RMSD dari kode protein 1G5Q senilai 0,7472
Å. Nilai RMSD yang didapatkan memenuhi standar, sehingga metode dapat
digunakan sebagai acuan.
Docking molekular bertujuan untuk melihat interaksi antara ligan dengan
protein yang menghasilkan ikatan hidrogen terhadap residu asam amino dan
melihat interaksi antara ligan dengan protein yang menghasilkan energi total
ikatan atau -cDOCKER-ENERGY. Energi cDOCKER merupakan parameter
kestabilan konformasi antara ligan dengan protein. Semakin kecil energi yang
dihasilkan maka semakin stabil ikatan ligan dengan protein yang terbentuk
sehingga semakin aktif ligan yang digunakan. Semakin mudah dan stabil ikatan
ligan-protein yang terbentuk, maka semakin rendah energi ikat yang dihasilkan
(Gustina, 2020).
stabil dibandingkan dengan senyawa uji dan ligan standar tetapi ligan standar
lebih stabil jika dibandingkan dengan senyawa uji, karena ikatan ligan-protein
senyawa uji tidak lebih stabil dibandingkan dengan amoxicillin dan ligan standar
(dapat dilihat pada Tabel 5.4).
Tabel 5.4. Energi cDOCKER dan Interaksi binding senyawa uji terhadap residu
asam amino protein P. aerugenosa (5YUN.pdb)
No Senyawa Interaksi Binding Energi Interaksi
CDOCKER
(kkal/mol)
1 DR -20,7719
2 DA -21,5065
3 AMOXICILIN -31,1975
Interaksi:
= Ikatan Hidrogen = Ikatan Phi-Phi
= Ikatan Halogen = Ikatan Phi-Alkil
= Ikatan Phi-Anion
Residu asam amino penting yang berperan sebagai pusat aktif antibakteri
yang dibentuk oleh ligan standar MYC adalah ARG62, ASN108, GLU80, LYS7,
ASN106 dan ILE105. Pada interaksi senyawa uji DR terbentuk 3 residu asam
amino penting yaitu ARG62, ASN106 dan ILE105. Interaksi senyawa uji DA
membentuk 5 residu asam amino penting yaitu ARG62, ASN106, GLU80,
GLY107, dan ILE105. Sedangkan senyawa amoxicillin menghasilkan interaksi 3
residu asam amino penting berupa ASN106, GLY107, dan ILE105 (Tabel 5.4).
Dari data yang diperoleh, maka senyawa DA berpotensi sebagai senyawa
antibakteri terhadap P. aerugenosa yang dapat dilihat dari banyaknya interaksi
residu asam amino yang dibentuk oleh senyawa uji DA dibandingkan dengan
kontrol positif amoxicillin.
Ikatan hidrogen merupakan salah satu ikatan yang dapat menstabilkan
ikatan ligan dengan reseptor. Semakin banyak ikatan hidrogen yang terbentuk
akan meningkatkan kestabilan antara ligan dan protein. Semakin pendek ikatan
yang terbentuk maka semakin kuat ikatan antara ligan dan residu asam amino,
kekuatan ini berbanding lurus dengan kemampuan ligan dalam memberikan
aktivitas antibakteri. Ikatan yang pendek biasanya ditunjukkan oleh ikatan
hidrogen (warna hijau) dengan panjang ikatan rata-rata 1-4 Å, selanjutnya diikuti
dengan ikatan phi dengan panjang ikatan 4-5 Å. Pada hasil penelitian, ikatan
hidrogen yang terbentuk dari masing-masing senyawa uji berbeda-beda.
(a) (b)
(c) (d)
Gambar 5.4. Interaksi ikatan hidrogen simulasi protein docking, (a) senyawa DR
(b) senyawa DA (c) senyawa Amoxicillin (d) ligan asli MYC kedalam sisi aktif
protein pseudomonas aerugenosa 5YUN.pdb.
2 DA -23,6317
3 AMOXICILIN -32,0864
Interaksi:
= Ikatan Hidrogen = Ikatan Phi-Phi
= Ikatan Halogen = Ikatan Phi-Alkil
= Ikatan Phi-Anion
SER37, PRO38, THR86, SER83, ALA84, ASN115 dan ILE13. Namun pada
senyawa uji DR terbentuk 3 ikatan hidrogen dengan residu asam amino yang sama
ASN115, SER83 dan ALA11, senyawa uji DA terbentuk 4 ikatan hidrogen yang
sama yaitu ALA84, SER83, ASN85 dan ILE13. Sedangkan senyawa amoxicillin
menghasilkan 7 ikatan hidrogen yang sama berupa SER39, ASN42, SER12,
SER83, ALA84, ILE13, dan ALA11.
(a) (b)
(c) (d)
Gambar 5.5. Interaksi ikatan hidrogen simulasi protein docking, (a) senyawa DR
(b) senyawa DA (c) senyawa Amoxicillin (d) ligan asli FMN kedalam sisi aktif
protein S. epidermidis 1G5Q.pdb.
Dari hasil pengujian aktivitas antibakteri secara in vitro sesuai dengan hasil
prediksi senyawa menggunakan metode docking molekul, dimana aktivitas
senyawa uji (senyawa DR dan DA) lebih lemah dibandingkan dengan amoxicillin
(senyawa pembanding).
6.1. Kesimpulan
Adapun kesimpulan hasil penelitian yang telah dilakukan adalah sebagai
berikut :
1. Hasil skrining fitokimia pada simplisia bawang dayak menunjukkan hasil
positif seperti alkoloid, flavonoid, saponin, dan steroid. Sedangkan pada
ekstrak n-heksan bawang dayak menunjukkan hasil positif pada flavonoid,
dan steroid, serta menunjukkan hasil negatif pada alkaloid dan saponin.
Pada ekstrak etilasetat bawang dayak menunjukkan hasil positif pada
alkaloid dan flavonoid, serta menunjukkan hasil negatif pada saponin dan
steroid. Pada ekstrak etanol bawang dayak menunjukkan hasil positif pada
alkaloid, menunjukkan hasil negatif pada flavonoid, saponin dan steroid.
2. Ekstrak bawang dayak (E. Palmifolia) dengan pelarut n-heksan dan
etilasetat dapat memberikan efek hambat terhadap pertumbuhan bakteri
Pseudomonas aerugenosa dan bakteri Staphylococus epidermidis.
3. Konsentrasi zona hambat terkecil terdapat pada konsentrasi ekstrak bawang
dayak 10% pada ekstrak n-heksan dan etilasetat sedangkan zona hambat
yang terbesar pada konsentrasi 50% pada ekstrak n-heksan dan etilasetat.
Hal ini membuktikan bahwa bawang dayak (E. Palmifolia) memiliki peran
antibakteri dengan potensi sedang dalam respon menghambat pertumbuhan
bakteri Pseudomonas aerugenosa dan bakteri Staphylococus epidermidis.
4. Hasil analisa molekular docking senyawa bawang dayak terhadap protein
1G5Q.pdb dan protein 5YUN.pdb diprediksi memiliki potensi sebagai
antibakteri cukup baik, namun memiliki aktivitas yang tergolong lemah jika
dibandingkan dengan amoxicilin.
6.2. Saran
Saran dari hasil penelitian yang telah dilakukan adalah :
1. Melakukan penelitian lebih lanjut mengenai konsentarsi ekstrak bawang
dayak (E. Palmifolia) terhadap pertumbuhan bakteri Pseudomonas
27
Universitas Muhammadiyah Riau
aerugenosa dan bakteri Staphylococus epidermidis dengan menggunakan
konsentrasi yang lebih tinggi dari pada yang digunakan pada penelitian ini.
2. Melakukan penelitian dengan memeperhatikan kesterilan alat dan tempat
yang diguanakan agar tidak terjadi kontaminasi pada hasil penelitian.
28
Universitas Muhammadiyah Riau
DAFTAR PUSTAKA
29
Universitas Muhammadiyah Riau
30
Lelita, R., Rahmat, G., dan Winni, A. 2017. Studi docking molekular senyawa
kuersetin, kalkon dan turunannya sebagai inhibitor sel kanker payudara mc-
7 (michigan cancer foundation-7). Jurnal Atomik. 1(2):190-196.
Lubis IA, Ichwan M. 2017. Anticancer Activity of Eleutherine bulbosa (Mill)Urb.
Extract on WiDr Cell Line In Vitro. Advances in Health Sciences Research.
9: 167-171.
Monalisa. 2011. Uji Daya Antibakteri Ekstrak Daun Tapak Liman (Elephantopus
scaber) Terhadap Staphylococcus aureus dan Salmonella typhii. Jurnal
BIOMA. 9 (2): 13-20.
Mustika N. 2011. Kapasitas Antioksidan Bawang Dayak (Eleutherine palmifolia)
dalam Bentuk Segar, Simplisia dan Keripik, Pada Pelarut Non Polar, Semi
Polar dan Polar. Skripsi. Institut Pertanian Bogor. Bogor.
Ngajow, M., Jemmy, A. dan Vanda, S. K. (2013). Pengaruh Antibakteri Ekstrak
Kulit Batang Matoa (Pometia pinnata) terhadap Bakteri Staphylococcus
aureus secara In Vitro. Jurnal MIPA Unsrat Online. 2(2): 128-132.
Nurcahyani, Agustina. 2011. Aktivitas Antioksidan Dan Antibakteri Ekstrak Polar
Dan Non Polar Biji Selasih (Ocimum Sanctum L). Jurnal Teknologi Dan
Industri Pangan. 22: 1.
Paul, M. 2002. A Biosynthetic Approach. Pharmaceutical Sciences.
https://doi.org/10.1016/j.jbiosc.2010.01.005.
Permatasari, G.A.A.A., Besung, I.N.K., & Mahatmi, H. 2013. Daya Hambat
Perasan Daun Sirsak terhadap Pertumbuhan Bakteri Escherichia coli. Jurnal
Medicus Veterinus. 2(2):162-169.
Puspadewi., Wresdiyati, T., Astawan, M. 2013. Khasiat Umbi Bawang Dayak
(Eleutherine Palmifolia (L.) Merr.) Sebagai Herbal Antimikroba Kulit.
Kartika Jurnal Ilmiah Farmasi. 1 (1): 31-37.
Sa'adah, H., 2017, Pengaruh Metode Ekstraksi Terhadap Kadar Flavonoid Ekstrak
Etanol Umbi Bawang Dayak (Eleutherine palifollia (L.) Merr) Dengan
Metode Spektrofotometri, Journal Akademi Farmasi. Samarinda.
Sangi, M.S., Momuat, L.I. dan Kumaunang, M., 2013. Uji toksisitas dan skrining
fitokimia tepung gabah pelepah aren (Arange pinnata). Jurnal Ilmu Sains.
Universitas Sam Ratulangi. Manado.
Sulastrianah, S., Imran, I., & Fitria, E.S. 2014. Uji Daya Hambat Ekstrak Daun
Sirsak (Annona muricata L) dan Daun Sirih (Piper betle L) terhadap
Pertumbuhan Bakteri Escherichia Coli. Jurnal Ilmiah Fakultas Kedokteran
Universitas Halu Oleo. Medula. 1(2):76-84.
Susanto, S., dan Ruga, R. 2012. Studi Kandungan Bahan Aktif Tumbuhan Meranti
Merah (Shorea leprosula Miq) sebagai sumber senyawa antibakteri.
Mulawarman Scientifie. 11(12): 181–190.
Taufik A.S. 2014. Uji Efektivitas Ekstrak Daun Salam (Eugenia polyantha)
Terhadap Pertumbuhan Staphylococcus aureus Secara In vitro. Skripsi.
Universitas Hasanuddin Makassar.
Thoo YY, Ho SK, Liang JY, Ho ChW, Tan ChP. 2010. Effects of binary solvent
extraction system, extraction time and extraction temperature on phenolic
antioxidants and antioxidant capacity from mengkudu (Morinda citrifolia).
Food Chemistry. 120 (1): 290-295.
Wardani, R. 2009. Identifikasi Kandungan Senyawa Metabolit Sekunder Ekstrak
Kloroform Umbi Bawang Sebrang (Eleutherinepalmifolia (L) Merr).
Makalah Seminar Kimia di Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan
Univeesitas Palangka Raya. Palangka Raya.
World Health Organization. 2019. Antimicrobial Resistance Report 2019,
Department Of Vaccines and Biologicals, World Health Organization.
Yuli Rohyami. 2008. Penentuan Kandungan Flavonoid dari Ekstrak Metanol
Daging Buah Mahkota Dewa (PhaleriaMacrocarpa Scheff Boerl) Logika.
ISSN 1410-2315.5.1. Yogyakarta.
Yuswi, N. C. R. 2017. Ekstraksi antioksidan bawang dayak (Eleutherine
palmifolia) dengan metode ultrasonic bath (kajian jenis pelarut dan lama
ekstraksi). Jurnal Pangan dan Agroindustri. 5 (1) :71-79.