patogen dan sumber patogen

Pathogens and Sources of Pathogens

Biosecurity dan keamanan produk hayati

BP5211
lingkungan mikro situs gigitan

patogen
-durasi siklus hidup dan kelangsungan hidup patogen
-kemampuan untuk menghindari hambatan kekebalan vektor
-resistensi obat

tuan rumah
- status sistem kekebalan terhadap vektor dan patogen
- dampak atau mikrobioma pada respons inang
-variabilitas genetik dari respon host
-faktor risiko perjumpaan vektor dan penularan patogen
= tingkat sosial ekonomi
=perkotaan versus tempat tinggal pedesaan
= paparan pekerjaan

vektor
- mikrobioma usus tengah
-kompetensi vektor
-efisiensi transmisi melalui durasi makan darah
-vektor kelimpahan dan kelangsungan hidup
-iklim dan tata guna lahan
jenis penularan penyakit
 Patogen

Pathogen Organisme yang mampu menyebabkan kerusakan sel dengan membentuk

jaringan
→ menghasilkan tanda-tanda klinis penyakit dengan hasil baik morbiditas
(didefinisikan oleh penderitaan umum) atau kematian (kematian)
Mampu mereplikasi dalam host
Mampu bertahan dan menginfeksi kembali inang manusia baru, untuk
▪ An organism that is able to cause cellular damage by establishing in tissue
menemukan ceruk, berkembang biak dan mengekspresikan faktor virulensi
Bertanggung jawab atas keracunan makanan dan toksikoinfeksi
→ results in clinical signs of disease with an outcome of either morbidity
Mampu menyebabkan penyakit pada manusia
Berdasarkan pola penularannya dapat diklasifikasikan sebagai Zoonosis,
(defined by general suffering) or mortality (death)
Ditularkan melalui Makanan, Melalui Udara, Melalui Air, Melalui Manusia

▪ Able to replicate in a host

▪ Able to survive and reinfect new human hosts, to find niches, multiply
and express virulence factors
▪ Responsible for food intoxination and toxicoinfection
▪ Capable of causing disease in humans
▪ Based on their transmission patterns could be classified as Zoonotic,
Foodborne, Airborne, Waterborne, Humanborne
MICROBIAL AGENT agen mikroba
 PRION
Bovine spongiform mad Sheep, cow, human
encephalopathy (BSE) cow disease, scrapie, kuru

PRION

spongiform sapi
ensefalopati (BSE)

gila
penyakit sapi, scrapie, kuru

Domba, sapi, manusia

 virus • Bentuk umum: kubus atau ikosahedral dan
bentuk bulat atau heliks
• Partikel kecil mulai dari 10 hingga 300 nm
• Parasit intraseluler obligat: membutuhkan
Virus family (genus) Disease Host
hidup tuan rumah untuk replikasi dan tidak
Characteristics dapat tumbuh di luar tuan rumah khusus mereka
dan bahkan bukan makanannya
Polio causes diarrhea, crippling
disease,
Human monkey

• spesifik host → virus zoonosis mampu Astrovirus Diarrhea in children mammalian cells
• Common shape: cubical or icosahedral and
menginfeksi manusia dan beberapa virus
mengalami modifikasi genetik untuk Hepatitis A virus impair liver Human, primates
menyesuaikan diri dengan host yang berbeda. function
spherical or helical shape
Contoh: virus H5N1
Norovirus gastroenteritis, Human
• Small particles ranging from 10 to 300 nm
• bergantung secara metabolik pada pejamu
characterized by explosive
• Obligate intracellular parasites: require a live projectile vomiting,
nausea, cramps, and
host for replication and cannot grow outside diarrhea
Rotavirus Gastroenteritis in children Human
their specific host and not even the food
• host-specific → the zoonotic viruses are able to Saporovirus

Adenovirus infection in the upper Shellfish

infect humans and some viruses undergo respiratory tract, watery
genetic modifications to adapt themselves to diarrhea
Avian influensa affect the respiratory tract geese, ducks, and
different hosts. Ex: H5N1 virus (H5N1) water fowls and
• metabolically dependent on the host mammals including
pig, horse, dog, and
sea mammals
(human)
Prevention and control
• Viruses generally do not respond well • Virusto conventional
Pencegahan dan pengendalian
umumnya tidak merespon dengan antibiotics,
baik terhadap antibiotik
hence prevention is only possible through
yang tepat atau appropriate vaccination
higienis yang tepat or
konvensional, maka pencegahan hanya mungkin melalui vaksinasi
dengan menerapkan praktik
through employing proper hygienic•beku; practices
Pengawet makanan (senyawa klorin, deterjen, dll.); pengeringan
sinar ultraviolet; pembekuan; dan pemanasan pada 100 °C dapat
menonaktifkan virus bawaan makanan
• Food preservatives (chlorine compounds, detergents,
• Sebagian besar etc.);
virus enterik adalah virus freeze-
RNA, yang
dengan mudah dihidrolisis oleh asam, alkali atau radiasi
labil dan dapat

drying; ultraviolet light; freezing; and heating

• Perawatan UV dapatat 100 °Cviruscan inactivate
menonaktifkan
• Kontak dengan unggas peliharaan atau burung liar yang terinfeksi
foodborne viruses harus dihindari

• Most enteric viruses are RNA virus, which is labile and can be readily
hydrolyzed by acid, alkali or radiation
• UV treatment can inactivate the virus
• Contact with infected domestic or wild birds should be avoided
Bacteria
Characteristics
• Mikroorganisme uniseluler [kebanyakan] prokariotik
• Ukuran (1–3 m panjang dan 0,5-1 m diameter) atau bulat atau melengkung atau
• Unicelullar [mostly] prokaryotik microorganisms
spiral
• Diklasifikasikan oleh Psychrophiles tumbuh di bawah titik beku (1 °C) hingga

• Size (1–3 μm in length and 0.5–1 μm in diameter) or spherical or curved or

di atas titik beku
suhu (4–25 °C), mesofil (25–37 °C), dan termofil (di atas 40
°C). Sebagian besar bakteri patogen bersifat mesofilik dan hanya beberapa yang
spiral psikrofil
• Struktur aksesori termasuk fimbriae, pili, flagela, dan kapsul menyediakan
• Classified by Psychrophiles grow in subfreezing (1 °C) to above freezing
integritas struktural dan memfasilitasi kolonisasi bakteri, motilitas, pertukaran
materi genetik dan kelangsungan hidup di lingkungan in vitro dan in vivo
temperatures (4–25 °C), mesophiles (25–37 °C), and thermophiles (above 40
°C). Most of the pathogenic bacteria are mesophilic and only some are
psychrophiles
• The accessory structures including fimbriae, pili, flagella, and capsules provide
structural integrity and facilitate bacterial colonization, motility, exchange of
genetic materials and survival in in vitro and in vivo environments
 • Mikroorganisme heterotrofik uniseluler eukariotik dan filementous
• Infeksi jamur pada mamalia disebut mikosis

Fungi
• Mikosis invasif yang didapat melalui inhalasi spora melibatkan penyakit sistemik
penyebaran infeksi pada orang sehat dan juga pada orang dengan sistem kekebalan tubuh yang lemah
tuan rumah
• Mikosis disebabkan oleh dua kategori patogen: primer
patogen seperti Coccidioides immitis dan Histoplasma capsulatum
dan patogen oportunistik seperti Aspergillus fumigatus dan
Candida albicans
Characteristics
• Eukaryotic unicelular and filementous heterotrophic microorganism
• Fungi infection in mammals is referred as mycoses
• Invasive mycoses acquired by inhalation of spores involve systemic
spread of the infection in healthy as well as in immunocompromised
hosts
• Mycoses are caused by two categories of pathogens: primary
pathogens such as Coccidioides immitis and Histoplasma capsulatum
and the opportunistic pathogens such as Aspergillus fumigatus and
Candida albicans.
 • Protozoa ekariotik, cacing pipih, dan

Parasites
cacing gelang. Beberapa uniseluler dan
beberapa multiseluler
Organisms
• Lebih besar dari bakteri dan bervariasi dalam Disease Sources
ukuran dan banyak dari mereka adalah intraseluler
Giardia
• Siklus hidup terdiri dari tahap ketika mereka watery diarrhea contaminated water
duodenalis and vegetables
Characteristics dipertahankan sebagai ookista dan
mencemari produk Entamoeba
• Tidak dapat dibiakkan dalam media pertumbuhan tetapi
amebic dysentery contaminated water, fresh
histolytica foods, sewage, insects, fecal–
membutuhkan pembawa acara langsung oral
• Ekaryotic protozoa, flatworms, and route, or in homosexuals
through oral–anal contacts
roundworms. Some are unicellular and
Toxoplasma Toxoplasmosis zoonotic infection (cat, rodents,
some are multicellular gondii farm animals and
humans)
• Larger than the bacteria and vary in their Cryptosporidium cryptosporiodiosis contaminated water
sizes and many of them are intracellular parvum and vegetables

• Life cycle consists of a stage when they Taenia saginata abdominal pain
resembling
beef, lamb, and fish

are maintained as oocyst and colic-like sharp pain,

headache and diarrhea
contaminate products Trichinella spiralis Trichinellosis (nausea, Infected meat (pork)
• Cannot be cultured in a growth media but abdominal pain, muscle
pain, diarrhea and
require a live host vomiting)
Ascaris enlarged liver and contaminated vegetables
lumbricoids, malnutrition
ARTHROPODS PARASITES & VECTORS
Keamanan pangan pada
dasarnya merupakan masalah
berkelanjutan di
industri makanan yang
‘Food safety is essentially an ongoing problem in
berkembang pesat saat ini.
Kontaminasi
makanan dengan patogen akan
menyajikan lebih banyak today’s rapidly growing food industry. Contamination
dampak ekonomi dan sosial
dari sebelumnya. of a food with a pathogen will present a greater
Pengetahuan dan pemahamaneconomic and social impact than ever before.
tentang patogen di
makanan dan mekanisme
kelangsungan hidup mereka
dalam makanan sebagai
serta di inang manusia harus
penting
area fokus untuk mencegah
penyakit terkait makanan
dan meningkatkan
kesejahteraan penduduk
Knowledge and understanding of pathogens in
foods and their survival mechanisms in foods as
well as in the human host should be important
areas of focus to prevent food-related illnesses
and increase the well being of the population
 Sumber patogen bawaan
makanan

Sources of foodborne pathogens Makanan

Sumber patogen

Daging: Usus mamalia, pisau

penggiling daging, satu berat
Food Source of pathogen bagian yang terkontaminasi

Meats Makanan
Intestines of mammals, knives of meatkemasan vakum:
grinder, one heavily
Bakteri anaerob
contaminated piece
Unggas: Pekerja

Vacuum packaged foods Anaerobic bacteria Buah-buahan dan sayuran: air

irigasi, kotoran hewan
Poultry Workers (pupuk), pupuk kandang yang
tidak diolah, terkontaminasi
benih, vektor serangga,
Fruits and vegetables irrigation water, animal feces (fertilizer), untreated manure, contaminated
penjamah makanan,
lingkungan pengolahan, dan
seeds, insect vectors, food handlers, processing environments, and slicing
pengirisan
instruments instrumen

Produk susu: Penangan

Dairy products Product handlers, packaging produk, pengemasan

Makanan ringan (salad,

Delicatessen foods (salad, Food handlers, contaminated ingredients
sandwich):
sandwich) Penjamah makanan, bahan
yang terkontaminasi
 Product safety consideration
Pertimbangan keamanan produk
• The type of microorganisms or• toxins likely to be present, their numbers, and
Jenis mikroorganisme atau toksin yang mungkin ada, jumlahnya, dan
concentrations. konsentrasi.
• Responsnya terhadap panas (labil terhadap panas atau stabil terhadap panas), pH,
• Their response to the heat (heat-labile or heat-stable), pH, salts, and other
garam, dan lainnya
kondisi pemrosesan
processing conditions • Jumlah dan jenis mikroorganisme yang ada dalam produk makanan jadi
(dipengaruhi oleh sumber asli makanan, kualitas mikrobiologisnya dalam
• The numbers and types of microorganisms present
mentah atau belum diproses, kondisiin a finished
sanitasi food
di mana produk itu product
ditangani atau diproses dan kondisi untuk pengemasan, penanganan,
(influenced by the original source of thedanfood,
penyimpanan, its microbiological quality in the
distribusi)
• Dalam produk pertanian mentah, umumnya beban mikroba maksimum ada di
raw or unprocessed state, the sanitary conditions
permukaan, sedangkan, under
itu diabaikan which
atau tidak the product was
ada di dalam
handled or processed and the conditions for subsequent packaging, handling,
storage, and distribution)
• In a raw agricultural product, generally the maximum microbial load is on the
surface, whereas, it is negligible or there is none inside
Pathogenesis of Foodborne Infections
 Pathogenicity
Hubungan patogen-host
Patogen primer : mikroorganisme yang menyebabkan penyakit pada individu yang sehat
Pathogen-host relationship → wabah, malaria, campak, influenza
Primary pathogens : microorganism that causes disease inPatogen oportunistik:
otherwise individual →
healthymenyebabkan penyakit
plague, hanya ketikameasles,
malaria, pertahanan bawaan atau
influenza
Opportunistic pathogens: causes disease only when body’s adaptif tubuh
innate or terganggu
adaptive atau ketika are
defenses diperkenalkan
compromised ke lingkungan
or whenyang tidak biasa.
introduced into unsusual
lokasi → Pseudomonas sp., Candida albicans
location → Pseudomonas sp., Candida albicans Mekanisme infeksi pejamu
Patogen harus dapat: masuk dan bertahan hidup di dalam inang, menemukan ceruk untuk
Host infection mechanism bertahan, menghindari pertahanan inang (fase siluman), bereplikasi
ke jumlah yang signifikan, ditransmisikan ke inang lain dengan frekuensi tinggi, dan
Pathogens must be able to: enter and survive inside a host, find a niche for
mengekspresikan persistence,
sifat-sifat khusus diavoid
dalamthe host’s defense (stealth phase), replicate
inang.
to significant numbers, transmitted to other host with high frequency,
Contoh: and express
Salmonella specialized
enterica menyerang seltraits
inangwithin the host.
ketika tingkat O2, pH, dan osmolaritas
Ex: Salmonella enterica invades host cells when proper levels of O2,
yang tepat pH, and osmolarity
dipertahankan. are maintained.
Ini mengirimkan sinyal yangThis sends
sesuai ke appropriate signals to
regulasi PhoP/Q
the PhoP/Q regulon for expression of specific invasion-associated genes untuk ekspresi gen terkait invasi spesifik
Faktor-faktor yang mempengaruhi pertumbuhan dan kelangsungan hidup patogen
O2, CO2, besi, nutrisi, pH, garam empedu, komposisi mukus, keseimbangan mikroflora
alami, quorum sensing, dan status fisiologis seperti
Factors affect pathogens growth and survival hormon stres seperti epinefrin atau norepinefrin
Patogenisitas
O2, CO2, iron, nutrients, pH, bile salts, mucus composition, balance of natural microflora, quorum sensing, and physiological status such as
'Patogen adalah klon dan mereka umumnya berasal dari satu nenek moyang, dipilih oleh
stress hormones like epinephrine or norepinephrines lingkungan
tekanan selektif seperti panas, pH ekstrem dan perawatan antibiotik. Varian genetik baru
dari yang baru atau a
‘Pathogens are clonal and they are generally derived bentuk patogen
from yang
a sangat ganas
single telah muncul
progenitor, karena mutasi
selected by titik, penataan
the ulang
environmental
genetik di
selective pressures such as heat, extremes of pH and antibiotic
kromosom, treatments.
dan transfer gen antar organismeNovel genetic
melalui horizontalvariants
(Shigella keof
E.acoli)
new atauor a
vertikal (E. coli ke E. coli).
highly virulent form of pathogens have arisen due to a point mutation, genetic rearrangement in the
coli) mode.
chromosome, and gene transfer between organisms through horizontal (Shigella to E. coli) or vertical (E. coli to E.
coli) modes.’
Foodborne
pathogen
socioeconomic
impact
Factors affecting the emergence of increased foodborne illnesses from food

Faktor-faktor yang mempengaruhi munculnya penyakit bawaan

makanan yang meningkat dari makanan
Surveillance and
reporting faktor munculnya penyakit bawaan makanan
Changes in consumer
Changes in the agricultural - perubahan dalam persiapan kebiasaan konsumen
habits
-peningkatan preparation
populasi berisiko (immunocompromised, lanjut usia)
practices - metode deteksi dan pelacakan patogen
- patogen yang muncul dengan kemampuan bertahan yang lebih baik
dalam kondisi stres
Factors - perubahan kebiasaan konsumsi makanan konsumen
Increased at-risk
- perubahan dalam pembuatan makanan
populations
Changes in the food Emergence (immunocompromised,
- perubahan dalam praktik pertanian
manufacturing of - pengawasan dan repotring
elderly)
foodborne
illnesses
Changes in consumer Detection methods and
habits of food tracking of pathogens
consumption
Emerging pathogens with improved
survivability in stressed conditions