BAB VII

SISTEM TRANSKRIPSI PADA PROKARIOTA

I. KOPETENSI DASAR
Mahasiswa dapat menjelaskan tentang system transkripsi pada prokariota
II. INDIKATOR
Mahasiswa diharapkan mampu:
1. Menjelaskan definisi transkripsi
2. Memahami sistem transkripsi pada prokariota
3. Mengetahui mekanisme sistem transkripsi pada prokariota

III. MATERI PERKULIAHAN

A. Definisi sistem transkripsi
Transkripsi adalah proses sintesis RNA dengan template gen-gen yang

terdapat dalam untai DNA. Proses transkripsi berlangsung di dalam nukleus

pada sel-sel eukariotik, atau di dalam sitoplasma pada sel-sel prokariotik.
Transkripsi dari setiap gen akan menghasilkan RNA untai tunggal yang
sekuensnya merupakan komplemen dari sekuens nukleotida pada salah satu untai
DNA untai ganda. Untai DNA ini disebut untai template (template strand),
sedangkan untai DNA pasangannya sering disebut untai kode (coding strand).
Pada proses transkripsi DNA template dibaca dari arah 3’  5’, sedangkan
sintesis RNA berlangsung dari arah 5’  3”. 15 .Enzim utama yang berperan
pada proses transkripsi adalah RNA polimerase. Enzim ini berbeda dengan
DNA polimerase karena RNA polimerase tidak memerlukan primer untuk
memulai sintesis untai RNA. Enzim RNA polimerase merupakan enzim
dengan multiaktivitas atau multifungsi, karena itu sering disebut sebagai kompleks
enzim. Pada eukariota telah diketahui 3 macam kompleks enzim RNA polimerase
yaitu RNA polimerase I, II dan III. RNA polimerase I berperan terutama
mensintesis 3 macam rRNA (18S; 5,8S; dan 28S), RNA polimerase II
terutama mensintesis mRNA, dan RNA polimerase III terutama mensintesis
tRNA dan 5S rRNA. Dalam sel-sel prokariotik hanya ada satu macam enzim RNA
polimerase. Enzim ini berperan mensintesis ketiga macam RNA, yaitu mRNA,
tRNA dan rRNA. Aktivitas utama enzim RNA polimerase adalah
menambahkan residu-residu ribonukleotida untuk membentuk rantai RNA.
Jadi, sangat mirip dengan DNA polimerase, enzim ini bekerja membentuk
ikatan ester antara gugus fosfat yang terdapat pada C5 suatu nukleotida
dengan gugus hidroksil yang terletak pada C3 nukleotida lainnya yang
merupakan pasangan komplementer dari nukleotida-nukleotida pada DNA
template (Gambar 11). Kesesuaian komplementer nukleotida yang baru dengan
nukleotida pada templatenya diuji dengan pembentukan ikatan hidrogen antara
basa pada nukleotida baru tersebut dengan basa pada DNA

template. Sebag aimana enzim DNA polimerase, enzim DNA polimerase juga
memiliki berbagai aktivitas lain, sehingga dapat dikatakan RNA polimerase
merupakan inti dari suatu kompleks enzim yang bekerja dalam proses transkripsi.
Namun demikian, berbeda dengan DNA polimerase, enzim RNA polimerase tidak

memerlukan primer untuk memulai polimerisasi. Enzim RNA polimerase juga

tidak memiliki aktivitas eksonuklease 3’  5’ seperti yang dimiliki oleh DNA
polimerase.
 B. Sistem transkripsi pada prokariota

Transkripsi prokariotik terjadi di sitoplasma. Juga, itu selalu terjadi bersamaan

dengan terjemahan. Transkripsi dalam sel prokariotik memiliki empat tahap:
pengikatan, inisiasi, perpanjangan dan penghentian. RNA polimerase adalah enzim
yang mengkatalisis sintesis untai mRNA. Pengikatan RNA polimerase ke urutan
promotor adalah langkah pertama dalam transkripsi. Dalam sel bakteri, hanya ada
satu jenis RNA polimerase yang mensintesis semua kelas RNA: mRNA, tRNA dan
rRNA. RNA polimerase ditemukan di Escherichia coli (E coli) terdiri dari dua
subunit α dan dua subunit β dan faktor sigma. Ketika faktor sigma ini berikatan
dengan sekuens promotor DNA yang mengakibatkan pelepasan heliks ganda DNA,
inisiasi terjadi. Menggunakan salah satu untai DNA sebagai templat, RNA
polimerase mensintesis untai RNA yang bergerak di sepanjang untai DNA yang
melepaskan heliks dalam arah 5 'ke 3'. Oleh karena itu, selama tahap perpanjangan,
untai RNA ini tumbuh dari 5 'menjadi 3' membentuk hibrida pendek dengan untai
DNA. Setelah urutan terminasi bertemu, perpanjangan urutan mRNA berhenti.
Pada prokariota, ada dua jenis terminasi; penghentian tergantung faktor dan
penghentian intrinsik. Penghentian bergantung faktor membutuhkan faktor Rho,
dan penghentian intrinsik terjadi ketika templat berisi urutan kaya GC pendek di
dekat ujung 3 setelah beberapa basa urasil. Regulasi pada prokariot

Regulasi ekspresi gen banyak dimengerti melalui mekanisme yang dipelajari pada
bakteri. Sistem regulasi yang pertama dimengerti ialah sistem regulasi operon
laktosa pada bakteri E. coli oleh Jacob dan Monod. Regulasi ini berperan
dalam mengatur produksi enzim β−galaktosidase, ketika bakteri harus
memilih menggunakan laktosa atau glukosa sebagai sumber karbonnya. Berikut
ini akan dijelaskan dua sistem regulasi yang paling umum dilakukan pada bakteri,
yaitu sistem operon laktosa (operon lac) dan sistem operon triptopan (operon trp).
Pada operon lac ekspresi gen diatur pada tingkat promotor, yaitu mengatur
kontak antara promotor dengan enzim transkriptase (pengendali transkripsi). Pada
operon trp ekspresi diatur dengan cara menghentikan transkripsi bila produk
trankripsi, yaitu triptofan, sudah mencapai kuantitas yang dibutuhkan Home --
Reproduksi Sel -- Hereditas -- Struktur Gen -- Regulasi Ekspresi Gen –Teknologi
DNA -- Genom Manusia

Sistem Regulasi Operon laktosa Laktosa adalah gula bisakarida, yaitu gula
yang tersusun atas dua molekul gula sederhana, yaitu glukosa dan galaktosa.
Laktosa dapat diuraikan menjadi glukosa dan galaktosa dengan bantuan enzim
β−galaktosidase. Bakteri E. coli dalam hidupnya dapat memanfaatkan baik
laktosa maupun glukosa tergantung gula mana yang tersedia dilingkungan.
Bakteri E. coli mempunyai kemampuan mensisntesis β−galaktosidase sehingga
bila laktosa yang dimanfaatkan sebagai sumber karbon maka bakteri tersebut akan
mampu mengubah laktosa menjadi glukosa dan galaktosa. Namun bila tersedia
laktosa dan glukosa maka bakteri akan memilih glukosa sebagai sumber karbon,
karena glukosa merupakan gula yang lebih langsung dimanfaat dalam proses
metabolisme. Kemampuan bakteri untuk memilih laktosa dan glukosa sebagai
sumber karbon telah memunculkan pertanyaan apakah bakteri akan tetap
mensintesis β−galaktosidase seandainya glukosa yang jadi pilihan.
Jawabannya ialah bahwa bakteri mampu mengatur ekspresi gen penyandi
β−galaktosidase sesuai dengan pilihan sumber karbon yaitu laktosa atau glukosa.

Pengaturan ekspresi gen ini disebut sistem regulasi ekspresi gen; dan sistem ini
pertama kali dijelaskan oleh Jacob dan Monod. Sistem regulasi yang
ditemukan oleh mereka sekarang dikenal sebagai sistem regulasi operon laktosa,

Sistem regulasi ini merupakan sitem regulasi pada tingkat inisiasi transkripsi atau

regulasi pada tingkat promotor. Dalam penjelasannya Jacob dan Monod

memperkenalkan istilah operon, yang mempunyai pengertian sekelompok gen
yang diapit secara bersamaan oleh sepasang promotor dan terminator. Gen-gen
pada satu operon akan diekspresikan secara bersamaan melalui inisiasi transkripsi
pada promotor yang sama dan berakhir pada terminator yang sama. Pada
operon laktosa terdapat tiga gen yaitu lac-Z, lac- Y, dan lac-A, yang
masing-masing menyandikan β−galaktosidase, permease, dan transasetilase.
Gen-gen yang berada pada satu operon mempunyai hubungan fungsi dalam
metabolisme. Kemampuan bakteri untuk memilih laktosa dan glukosa sebagai
sumber karbon telah memunculkan pertanyaan apakah bakteri akan tetap
mensintesis β−galaktosidase seandainya glukosa yang jadi pilihan.
Jawabannya ialah bahwa bakteri mampu mengatur ekspresi gen penyandi
β−galaktosidase sesuai dengan pilihan sumber karbon yaitu laktosa atau glukosa.

Pengaturan ekspresi gen ini disebut sistem regulasi ekspresi gen; dan sistem ini
pertama kali dijelaskan oleh Jacob dan Monod. Sistem regulasi yang ditemukan
oleh mereka sekarang dikenal sebagai sistem regulasi operon laktosa, Sistem
regulasi ini merupakan sitem regulasi pada tingkat inisiasi transkripsi atau regulasi
pada tingkat promotor. Dalam penjelasannya Jacob dan Monod
memperkenalkan istilah operon, yang mempunyai pengertian sekelompok gen
yang diapit secara bersamaan oleh sepasang promotor dan terminator. Gen-gen
pada satu operon akan diekspresikan secara bersamaan melalui inisiasi transkripsi
pada promotor yang sama dan berakhir pada terminator yang sama. Pada operon
laktosa terdapat tiga gen yaitu lac-Z, lac- Y, dan lac-A, yang masing-masing
menyandikan β−galaktosidase, permease, dan transasetilase. Gen-gen yang
berada pada satu operon mempunyai hubungan fungsi dalam
metabolisme.Pengaturan ekspresi operon laktosa dilakukan oleh suatu protein
regulator yang akan berinteraksi dengan promotor. Protein regulator tersebut akan
menentukan inisiasi translasi yang dilakukan oleh transkriptase. Protein
pengatur dihasilkan oleh gen regulator, yaitu gen yang produk ekspresinya
berperan mengatur ekspresi gen lain. Dalam kasus operon laktosa terdapat dua gen
regulator yaitu gen lac-i dan gen crp. Gen lac-i berhubungan dengan
kehadiran laktosa, sedangkan gen crp berhubungan dengan kehadiran glukosa.
Gen yang diatur tersebut dinamakan gen struktural, sebagai contoh gen lac-
Z, lac-Y, dan lac-A pada operon laktosa. Jadi gen regulator berperan
mengatur ekspresi gen struktural. Gen lac-i akan menghasilkan suatu polipeptida,
yang kemudian setiap empat polipeptida akan membentuk satu molekul protein
tetramer yang berperan sebagai regulator. Dalam proses regulasi protein tetramer
ini akan menempel pada suatu wilayah promotor yang disebut operator.
Penempelan itu terjadi karena ada kecocokan tertentu antara runtunan basa
operator dengan protein regulator. Akibat adanya protein regulator yang
menempati wilayah operator maka transkriptase tidak dapat melakukan inisiasi
translasi, sehingga gen-gen yang terdapat di belakang promotor menjadi tidak
terekspresi. Protein regulator seperti di atas bersifat menghalangi atau menekan
terjadinya transkripsi, maka disebut inhibitor. Lawan sifat dari represor disebut
aktivator, yaitu yang bersifat mendorong terjadinya ekspresi gen. Kehadiran
laktosa pada media tumbuh akan mendorong terjadinya ekspresi operon laktosa
atau terjadi sintesis β−galaktosidase. Berarti kehadiran laktosa harus mampu
melepaskan protein regulator dari promotor agar terjadi ekspresi gen lac-Z, untuk
menghasilkan β−galaktosidase. Dalam sistem regulasi ini laktosa yang diambil
oleh bakteri dapat berinteraksi dengan protein regulator dan asosiasi yang akan
mengubah konfigurasi molekul protein regulator berperan mengatur ekspresi gen
struktural. Gen lac-i akan menghasilkan suatu polipeptida, yang kemudian setiap
empat polipeptida akan membentuk satu molekul protein tetramer yang
berperan sebagai regulator. Dalam proses regulasi protein tetramer ini akan
menempel pada suatu wilayah promotor yang disebut operator. Penempelan itu
terjadi karena ada kecocokan tertentu antara runtunan basa operator dengan protein
regulator. Akibat adanya protein regulator yang menempati wilayah operator
maka transkriptase tidak dapat melakukan inisiasi translasi, sehingga gen-gen
yang terdapat di belakang promotor menjadi tidak terekspresi. Protein regulator
seperti di atas bersifat menghalangi atau menekan terjadinya transkripsi, maka
disebut inhibitor. Lawan sifat dari represor disebut aktivator, yaitu yang bersifat
mendorong terjadinya ekspresi gen. Kehadiran laktosa pada media tumbuh akan
mendorong terjadinya ekspresi operon laktosa atau terjadi sintesis
β−galaktosidase. Berarti kehadiran laktosa harus mampu melepaskan protein
regulator dari promotor agar terjadi ekspresi gen lac-Z, untuk menghasilkan
β−galaktosidase. Dalam sistem regulasi ini laktosa yang diambil oleh bakteri
dapat berinteraksi dengan protein regulator dan asosiasi yang akan mengubah
konfigurasi molekul protein regulator. Perubahan konfigurasi pada protein
represor menyebabkan protein tersebut menjadi tidak mampu berasosiasi
dengan operator. Dengan tidak adanya inhibitor pada promotor maka transkriptase
menjadi tidak terhalang untuk melakukan inisiasi transkripsi, dan terjadi
ekspresi gen-gen pada operon laktosa.
 C. Mekanisme Transkripsi Pada Prokaryot

Mekanisme Transkripsi Pada Prokaryot

Transkripsi pada dasarnya adalah proses penyalinan urutan nukleotida yang

terdapat pada molekul DNA. Dalam proses transkripsi, hanya salah satu untaian
DNA yang disalin menjadi urutan nukleotida RNA (transkip RNA). Urutan
nukleotida pada transkrip RNA bersifat komplemeter dengan urutan DNA cetakan
(DNA template), tetapi identik dengan urutan nukleotida DNA pada untaian
pengkode (coding DNA strand/nontemplate strand).

Hal ini dapat digambarkan dengan skema sederhana berikut ini: 5’-ATG GTC CTT
TAC TTG TCT GTA TTT -3’ Untaian DNA pengkode 3’-TAC CAG GAA ATG
AAC AGA CAT AAA -5’ Untaian DNA cetakan Transkripsi 5’-AUG GUC CUU
UAC UUG UCU GUA UUU -3’ RNA hasil transkripsi. Perlu diingat bahwa
pada struktur RNA tidak ada nukleotida T (thymine), karena struktur T digantikan
oleh U (uracil). Nukleotida T dan U mempunyai cincin yang serupa yaitu cincin
pirimidin, tetapi pada basa T ada gugus metil (CH3) pada atom C nomor 5,
sedangkan pada basa U tidak ada gugus metil. Secara umum proses transkripsi
pada prokaryot berjalan serupa dengan transkripsi pada eukaryot, meskipun
ada beberapa rincian proses yang berbeda antara kedua system tersebut. Pada
prokaryot, transkripsi dimulai dengan penempelan RNA polymerase.holoenzim
pada bagian promoter suatu gen. Pada awal penempelan, RNA polimerase
masih belum terikat secara kuat dan struktur promoter masih dalam keadaan
tertutup (closed promoter complex). Selanjutnya, RNA polimerase akan terikat
secara kuat dan ikatan hydrogen molekul DNA pada bagian promoter mulai
terbuka (membentuk struktur open promoter complex). Pada prokaryot, RNA
polimerase menempel secara langsung pada DNA di daerah promoter tanpa
melalui suatu ikatan dengan protein lain. Dalam proses penempelan promoter
tersebut, subunit σ berperan dalam menemukan bagian promoter suatu gen
sehingga RNA polimerase dapat menempel. Diduga, proses pengenalan suatu
promoter oleh RNA polimerase diawali dengan penempelan enzim tersebut secara
tidak spesifik pada molekul DNA. Selanjutnya, RNA polimerase akan
mencari bagian DNA yang mempunyai struktur khas suatu promoter. Struktur
khas tersebut berupa suatu kelompok ikatan hydrogen anatara kedua untaian DNA
pada posisi -35 dan -10. Kecepatan suatu polimerase dalam menemukan promoter
diperkirakan mencapai 1.000 pasangan basa per detik. Setelah RNA polimerase
menempel pada promoter, subunit σ melepaskan diri dari struktur holoenzim.
Pelepasan subunit σ biasanya terjadi setelah terbentuk molekul RNA sepanjang 8-
9 nukleotida. RNA polimerase inti yang sudah menempel pada promoter akan
tetap terikat kuat pada DNA sehingga tidak lepas. Ikatan ini sangat penting dalam
proses transkripsi selesai. (Yuwono, 2010:144)
 DAFTAR PUSTAKA

Campbell, N.A. (2010). Biologi Jilid 1 Edisi Kedelapan. Jakarta: Erlangga.

Lehninger, Albert L. (2010). Dasar-dasar Biokimia Jilid 3. Jakarta: Erlangga.

Rohmad. Genetika Ternak. Kediri: Universitas Islam Kederi. Diakses 07 April

2018, sumber

https://rohmatfatpertanian.wordpress.com/diktat-genetika-ternak/bab-x-materi-

genetik/