PRAKTIKUM BIOTEKNOLOGI TANAMAN

“Isolasi DNA”

Disusun oleh:
Nama : I Dewa Gede Pramuja Suryana
NIM : 215040200111137
Kelas :J
Asisten : Hana Syifa Salsabila Hasibuan

PROGRAM STUDI AGROEKOTEKNOLOGI

FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS BRAWIJAYA
MALANG
2022
 BAB I
PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
Suatu DNA memiliki struktur yang berbentuk pilinan utas ganda yang
antiparalel dengan komponen penyusunnya adalah gula pentosa (deoksiribosa),
gugus fosfat, dan pasangan basa. Isolasi DNA merupakan sebuah langkah
pertama/awal yang harus dikerjakan di dalam proses rekayasa genetika
sebelum berlanjut ke proses selanjutnya. Pada tubuh setiap makhluk hidup pasti
terdapat DNA yang diekstrasi. Dengan demikian DNA memiliki peran yang
penting untuk mengatur segala aktivitas makhluk hidup. Dikarenakan
pentingnya materi isolasi DNA ini maka diadakan praktikum yang dapat
membahas isolasi DNA lebih mendalam.

1.2 Tujuan
Tujuan dibuatnya laporan praktikum ini adalah sebagai berikut :
1. Untuk mengetahui pengertian dari DNA
2. Untuk mengetahui pengertian dari isolasi DNA
3. Untuk mengetahui tujuan isolasi DNA
4. Untuk mengetahui jenis-jenis Metode Isolasi DNA

1.3 Manfaat
Manfaat yang dapat diperoleh dari penulisan laporan praktikum ini adalah
praktikan dapat mengetahui pengertian dari DNA, mengetahui pengertian
isolasi DNA, mengetahui tujuan isolasi DNA, dan mengetahui jenis-jenis
metode isolasi DNA.
 BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
2.1 Pengertian DNA
DNA atau Deoxyribo Nucleic Acid merupakan suatu makro molekul yang
tersusun oleh nukleotida yang berfungsi sebagai molekul dasar pembawa sifat
gen. DNA terbentuk dari 4 tipe nukleotida, yang berikatan secara kovalen, yang
disimbolkan dengan huruf alphabet, yaitu A, C, G, dan T (Ernawati et al.,
2015).
DNA atau Deoxyribonucleic acid merupakan polinukleotida rantai ganda
yang komponen penyusunnya terdiri dari gula deoksiribosa, gugus fosfat dan
juga basa nitrogen. Susunan dari rantai DNA yaitu rangkaian nukeotida yang
terhubung melalui ikatan fosfodiester yang terbentuk dari gula pentosa dan
gugus fosfat (Nur’aini et al., 2019).

2.2 Pengertian Isolasi DNA

Isolasi DNA merupakan suatu Teknik dasar biologi molekuler yang dapat
dikembangkan menjadi penelitian-penelitian yang kompleks berkaitan dengan
infomasi genetic yang dimiliki suatu organisme (Widyastuti, 2017).
Isolasi DNA merupakan salah satu tahapan yang penting dalam kegiatan
berbasis molekuler. DNA yang dibutuhkan adalah DNA dengan kualitas yang
baik untuk berbagai kegiatan seperti pemanfaatan marka molekuler, pembuatan
Pustaka genom, hingga sekuensing (Nugroho et al., 2015).

2.3 Tujuan Isolasi DNA

Isolasi DNA dilakukan bertujuan untuk memisahkan DNA dari bahan lain,
yaitu protein, lemak, dan karbohidrat. Sehingga melalui isolasi DNA diperoleh
DNA murni, yaitu DNA yang tanpa protein maun RNA dari suatu sel di dalam
jaringan (Sundari dan Priadi, 2019).
Tujuan utama dilakukannya isolasi DNA adalahuntuk memisahkan DNA
dari bahan lain semacam protein, lemak, dan karbohidrat. Isolasi DNA
mempunyai beberapa prinsip, yaitu lysis sel, ekstraksi sel, serta presipitasi
(Jayanti dan Mushlih, 2021).

2.4 Jenis-Jenis Metode Isolasi DNA

Menurut Ratnasari dan Faridah (2019), metode isolasi DNA terdapat dalam du
acara yaitu sebagai berikut :
1. Metode Ion Exchange Resin Chelex
Metode ini menggunakan Resin Chelex untuk mengekstrak DNA
dengan cara memanaskannya pada suhu tertentu (hot shock). Resin
Chelex mampu melindungi sampel enzim DNA yang mungkin tetap
aktif selama proses ekstraksi dengan pengikatan ion dan kation.
2. Metode Double Spin Column
Dalam metode ini penggunaan membrane siliki berfungsi
memerangkap DNA yang keluar dari sel, contoh pada metode PureLink
Genomic DNA kits. Penggunaan kits dengan reagen khusus dalam
metode ini mampu meningkatkan kuantitas dan kualitas DNA yang
dihasilkan.
 BAB III
METODOLOGI
3.1 Alat dan Fungsi
No. Alat Fungsi
1. Mortar Sebagai wadah untuk menghaluskan
sampel padatan menjadi serbuk
2. Pestle Untuk memotong spesimen
3. Tips Alas mikro pipet untuk proses pipoting
4. Gelas ukur Sebagai wadah untuk mengukur larutan
sesuai dengan takaran yang dibutuhkan
5. Tubes 1,5 mL Wadah yang digunakan untuk
memanaskan cairan dengan pembakar
bunsen
6. Tissue Untuk mensterilkan spesimen
7. Gunting Digunakan untuk memotong spesimen
8. Plastik pembungkus Digunakan untuk membungkus
9. Mikro pipet Untuk memindahkan cairan dengan ukuran
mikro
10. Spatula Untuk mengambil bahan kimia yang
berbentuk padatan serta mengaduk larutan
11. Erlenmeyer Wadah untuk mengukur volume larutan
dengan tingkat ketelitian rendah
12. Microwave Untuk sterilisasi dan memanaskan
13. Mesin PCR Untuk optimasi suhu secara paralel agar
mendapatkan suhu annealing DNA
14. Oven Untuk memanaskan dan mengeringkan
sampel serta sebagai sterilisasi kering
15. Vortex Untuk mencampur larutan yang ada dalam
tabung reaksi
16. Timbangan analitik Untuk mengukur massa agar hasilnya
akurat
17. Stirer Sebagai mencampur larutan
18. pH meter Untuk mengukur tingkat keasaman atau
kebasaan dari suatu larutan
19. Mesin elektroforensis Untuk mengetahui bentuk dan ukuran
partikel DNA
20. Waterbath Untuk memanaskan cairan dengan
direndam pada air
21. Centrifuge Memisahkan partikel kecil darah dari
white blood untuk memperoleh plasta atau
serum
22. Autoclave Untuk membunuh endospora
 23. Gel doc Mendokumentasikan benda-benda pada gel
hasil running elektroforensis
24. Lemari es Untuk mendinginkan bahan

3.2 Bahan dan Fungsi

No. Bahan Fungsi
1. Tanaman hortikultura Sebagai spesimen percobaan
2. Kit (Promega) Bahan isolasi DNA genom
3. Nitrogen cair Sebagai pendingin
4. Buffer TE Untuk melarutkan DNA yang dihasilkan
dan menjaga DNA agar tidak mudah
rusak
5. RNAse Untuk mendegradasi RNA
6. Ethanol Untuk melarutkan senyawa
7. Isopropanol Digunakan untuk pelarut
8. DNA ladder Memisahkan DNA dari bahan lain seperti
protein, lemak, dan karbohidrat
9. Agarosa Mendeteksi kompleks-kompleks antigen-
antibodi, dan untuk analisis molekul
DNA, RNA dan molekul protein
10. Buffer elektroforensis Meneruskan arus listrik sehingga
diterima oleh fragmen DNA yang berada
pada gel agarosa yang terendam pada
larutan
11. Loading dye Sebagai pewarna untuk memantau
migrasi molekul DNA pada gel dan
sebagai pemberat agar molekul DNA
12. Ethidium bromida Untuk deteksi asam nukleat
13. PCR reaction kit Untuk mendeteksi keberadaan virus
14. Primer mikrosatelit SSR Sebagai alat pengendali

3.3 Diagram Alir

Menyiapkan seluruh alat dan bahan yang digunakan (Isolation Genomic
DNA Kit Promega)

Menimbang 0,1 g sampel daun

Memasukan dalam mortar, tambahkan N2 Cair, segera di gerus sampai
halus (jangan sampai mencair)

Memasukkan 600 µL Nucleic Lysis Solution ke dalam tube ukuran 1.5

mL dan tambhakan sampel daun yang sudah dihaluskan, tutup kembali
tube (jangan lupa beri label di tube)

Inkubasi pada oven atau waterbath pada tempertur 65 oC selama 15

menit

Menambahkan 3 µL RNase dan homogenkan dengan cara inverting

Inkubasi pada temperature 37 oC selama 15 menit

Mendinginkan pada temperature ruang selama 5 menit

Menambahkan 200 µL Protein Precipitation Solution

Vortex selama 20 detik

Sentrifuge pada kecepatan 14.000 rpm selama 3 menit

 Memindahkan secara hati-hati supernatant pada bagian atas kedalam
tube baru 1,5 mL, jangan sampai residu ikut terpipet

Tambahkan 600 µL isopropanol pada temperature ruang

Menghomogenkan dengan pelan dengan cara inverting atau tap/bolak

balik tube

Sentrifuge pada 14.000 rpm selama 1 menit pada temperature ruang

Buang supernatant secara hati-hati, jangan sampai pellet pada bagian

bawah ikut terbuang

Tambahkan 600 µL ethanol pada temperature ruang, homogenkan

dengan pelan

Sentrifuge pada 14.000 rpm selama 1 menit pada temperature ruang

Buang Kembali supernatant secara hati-hati, jangan samapi pellet DNA

ikut terbuang atau terpipet
 Kering anginkan sisa ethanol selama 15 menit, dengan cara di balik
dengan alas kertas tissue

Menambahkan DNA Rehydration sebanyak 100 µl dan larutkan pellet

DNA dengan cara mengetuk-ketuk tube secara perlahan

Inkubasi pada temperature 65oC selama 1 jam atau inkubasi pada

temperature 4oC selama 1 malam

Isolat DNA

Menyimpan dalam Freezer pada temperature 2-8oC

 BAB IV
HASIL DAN PEMBAHASAN
4.1 Hasil
4.2 Pembahasan
4.3 Studi Literatur Hasil Isolasi DNA
 BAB V
PENUTUP
5.1 Kesimpulan
5.2 Saran
 DAFTAR PUSTAKA

Jayanti, L. D., & Mushlih, M. (2021). Comparison Of The Quality Of Dna Template
Isolation Results Of The Resin Method With And Without
Centrifugation: Indonesian Journal Of Innovation Studies, 15,
10.21070/Ijins.V15i.551–10.21070/Ijins.V15i.551.
Sundari, S., & Priadi, B. (2019). Teknik Isolasi Dan Elektroforesis Dna Ikan
Tapah. Buletin Teknik Litkayasa Akuakultur, 17(2), 87–90.
Ernawati, E., Puspitaningrum, D., & Pravitasari, A. (2015). Implementasi
Algoritma Smith–Waterman Pada Local Alignment Dalam Pencarian
Kesamaan Pensejajaran Barisan Dna (Studi Kasus: Dna Tumor
Wilms). Pseudocode, 1(2), 170–177.
Nugroho, K., Terryana, R. T., & Lestari, P. (2015). Optimasi Metode Isolasi Dna
Pada Jatropha Spp. Jurnal Agroteknologi, 5(2), 15.
Nur’aini, S., Mukaromah, A. S., & Muhlisoh, S. (2019). Pengenalan
Deoxyribonucleic Acid (Dna) Dengan Marker-Based Augmented
Reality. Walisongo Journal Of Information Technology, 1(2), 91-100.
Ratnasari, Y. A., & Faridah, I. N. (2019). Otimasi Metode Isolasi Dna Sampel Fta
Cards Menggunakan Purelink® Genomic Dna Kits Dan Chelex-100
Optimization Of Fta Cards Sample Dna Isolation Method Using Purelink®
Genomic Dna Kits And. Bachelor Thesis, 1(1), 1-13.
Widyastuti, D. A. (2017). Isolasi Dna Kromosom Salmonella Sp. Dan
Visualisasinya Pada Elektroforesis Gel Agarosa. Ums.Ac.Id.