MIKOBAKTERIOSIS DAN TUBERKULOSIS:

DIAGNOSIS LABORATORIUM

1.1. Tuberkulosis dan Mycobacteriosis

Tuberkulosis (TBC)  atau TB adalah penyakit menular akibat infeksi bakteri. TBC
umumnya menyerang paru-paru, tetapi juga dapat menyerang organ tubuh lain, seperti
ginjal, tulang belakang, dan otak.
Setelah banyak upaya yang gagal untuk mengendalikan tuberkulosis, akhirnya
berhasil dikendalikan pada akhir abad ke-19. Waktunya hampir sinkron dengan
identifikasi dan deskripsi M. tuberculosis oleh Dr. Robert Koch dan penemuan
vaksin Bacillus Calmette-Guérin (BCG) oleh Albert Calmette dan Camille Guérin
[1].
Dari 175 spesies mikobakteri yang saat ini dikenal, mikobakteri yang tumbuh
lambat adalah patogen yang paling dicurigai bagi manusia. Sebaliknya,
mikobakteri yang tumbuh paling cepat dianggap tidak mampu menginfeksi
manusia Saat ini, dengan munculnya penyakit imunodefisiensi sebagai produk dari
HIV, kanker dan penggunaan obat imunosupresor yang tidak terkendali,
mikroorganisme oportunistik seperti Mycobacterium Non-Tuberkulosis (NTM)
menjadi patogen yang lazim pada pasien ini. Mycobacteria Nontuberculosis
(NTM) ada di mana-mana di lingkungan dan menyebabkan kolonisasi, infeksi, dan
wabah semu dalam pengaturan perawatan kesehatan. Data menunjukkan bahwa
frekuensi wabah nosokomial akibat NTM dapat meningkat.
NTMs dapat menyebabkan kondisi tertentu seperti pneumonia, abses paru-
paru, infeksi pleura, meningitis, limfadenitis dan banyak infeksi kulit dan jaringan
lunak. Bakteri ini semuanya tahan asam dan tidak jauh berbeda dari M.
tuberculosis menggunakan pewarnaan primer dan prosedur preparasi mikroskop.
Jadi, secara praktis sangat sulit untuk mengidentifikasi NTM, sumber daya
lingkungan dan populasinya serta kegigihannya dalam ekosistem. Jadi diagnosis
banding NTM dari M. tuberculosis dan selanjutnya, kontrol dan pengobatan
penyakit yang mendasarinya hampir tidak langsung. Akibatnya, salah satu peran
terpenting laboratorium mikrobiologi modern adalah diagnosis dan identifikasi
NTM dan membedakannya dari galur M. tuberculosis yang sangat mirip [10].
2.1. Diagnosa Laboratorium TB dengan isolasi agen mikroba, identifikasi spesies
penyebab, dan penentuan sensitivitas obat dari isolat.
Di negara maju, penggunaan teknologi baru telah membuat diagnosis,
identifikasi, dan tes sensitivitas obat menjadi cepat dan andal.
Di negara berkembang yang memiliki insiden TB tinggi, mengejar pendekatan
mikroskopis dan kultur baru yang jarang tersedia di negara-negara ini.
Teknologi baru seperti Fluorescent Microscopy [FM], kultur cair untuk
identifikasi dan tes sensitivitas obat dan prosedur yang diperkuat untuk
mengidentifikasi dan mempelajari resistensi obat membutuhkan banyak pekerjaan
yang terkonsentrasi dan hanya dikembangkan secara bertahap.
 Komplikasi TB MDR dan kejadian baru-baru ini (sangat resistan terhadap
obat) TB XDR merupakan motif yang cukup untuk meningkatkan teknik
identifikasi M. tuberculosis dan tes sensitivitas obat
2.2. Diagnosis mikroskopis
Di negara berkembang yang fasilitas dan peralatannya masih belum
sesuai untuk kultur, diagnosis secara mikroskopis dengan cara membuat
sedian dahak.
Menurut laporan WHO tahun 2013, sensitivitas identifikasi TB paru dengan
pemeriksaan mikroskopis diperkirakan mencapai 70% [4]. Walaupun ada beberapa
cara untuk diagnosa Tb, namun WHO masih menganggap bahwa pemeriksaan
secara mikroskopis merupakan pemeriksaan utama.
2.3. Kultur Mycobacterium dalam Diagnosis TB
Kultur Mycobacterium dalam diagnosis TB memiliki sensitivitas yang jauh
lebih tinggi. Selain itu, dengan menggunakan kultur, Mycobacterium sp dapat
dideteksi menggunakan reaksi biokimia dan tes diagnostik lainnya sehingga
didapatkan spesies tepat. Namun secara mikroskopis sulit membedakan antara
mycobacterium patogen dan non-patogen, itu dikarenakan kedua kelompok bakteri
tahan asam mirip secara morfologi.
Mengingat tingginya biaya dan instrumen yang dibutuhkan untuk
melakukan tes kultur mikobakteri, ada banyak perdebatan yang terjadi tentang
penggunaan pendekatan ini di daerah dengan insiden tinggi, seperti negara
berkembang untuk mengidentifikasi pasien TB [28]. Namun, banyak negara
dengan beban infeksi yang tinggi bahkan tidak memiliki instrumen paling dasar
untuk mengembangkan pendekatan kultur yang tepat dan andal untuk melakukan
tes sensitivitas obat dan diagnosis TB-MDR. Hal ini, pada gilirannya, membuat
data tentang strain resistensi obat di wilayah ini tidak dapat diakses [28]. Selain itu,
program pengendalian TB nasional harus mempromosikan penggunaan yang tepat
dari kapasitas budidaya yang terbatas saat ini agar sumber daya yang terbatas ini
dapat diakses oleh seluruh negara. Jadi, prioritas harus ditentukan [29].
3. PENDEKATAN FENOTYPIC UNTUK IDENTIFIKASI MYCOBACTERIA
3.1. Uji Produksi Pigmen
Mycobacteria, tergantung pada spesiesnya, mampu menghasilkan pigmen
karotenoid dengan jenis dan jumlah yang berbeda. Atas dasar ini, mikobakteri
diklasifikasikan menjadi tiga kelompok termasuk: Photochromogenic
[menghasilkan pigmen dalam terang], Scotochromogenic [menghasilkan pigmen
dalam gelap], dan non-chromogenic. Dengan uji produksi pigmen kita dapat
mengklasifikasikan isolat dalam salah satu kelompok yang disebutkan di atas [30,
31].
3.2. Perhitungan Tingkat Pertumbuhan
Secara umum, mikobakteri dibagi menjadi dua kelompok berdasarkan laju
pertumbuhannya: tumbuh lambat dan tumbuh cepat. Untuk menghitung tingkat
pertumbuhan mikobakteri, media kultur khusus bernama N-Medium digunakan dan
ditempatkan dalam inkubator selama 18 hari. Sebagai aturan praktis, mikobakteri
yang tumbuh lambat menyebabkan kekeruhan dalam media kultur dalam lebih dari
7 hari, sementara strain yang tumbuh cepat melakukan hal yang sama dalam waktu
kurang dari 7 hari [30, 31].
3.3. Tes Pengurangan Niasin
Niasin adalah salah satu vitamin kelompok B yang diproduksi oleh semua
mikobakteri. Tetapi beberapa mikobakteri termasuk M. simiae dan M. tuberculosis
kekurangan enzim untuk mengubah niasin menjadi Ribonukleotida. Atas dasar ini,
akumulasi niasin dalam media kultur penting untuk identifikasi spesies ini. Namun
tes ini akan negatif untuk semua mikobakteri lainnya [30, 31].
3.4. Uji Reduksi Nitrat
Beberapa mikobakteri, terutama M. tuberculosis mampu mereduksi nitrat
menjadi nitrit. Uji reduksi nitrat dilakukan untuk diagnosis M. tuberculosis, M.
kansasii , M. szulgai dan juga beberapa noda fotokromik non-patogen. M. fortuitum
juga positif nitrat. M. avium, M. xenopi, M. simiae dan M .marinum semuanya
nitrat negatif atau hampir tidak positif [30, 31].
3.5. Uji Katalase
Katalase adalah enzim intraseluler larut yang memecah hidrogen peroksida
menjadi air dan oksigen. Adanya gelembung oksigen dalam campuran merupakan
kriteria uji ini menjadi positif. Mycobacteria memiliki berbagai enzim yang
mengkatalisis antara lain:
3.6. Uji Katalase Semi-kuantitatif
Uji katalase semi-kuantitatif berguna dalam pemisahan beberapa spesies
mikobakteri. M. gastri, M. avium, M. marnium, M. tuberculosis, M. haemophilum
dan M. bovis menghasilkan kolom gelembung dengan tinggi kurang dari 45 mm
sedangkan spesies lain membuat kolom yang lebih tinggi.
3.7. Tes Katalase 68 derajat Celcius
Tes ini positif hanya untuk beberapa mikobakteri yang enzim katalasenya
dapat menolak untuk dipanaskan pada suhu 68 derajat Celcius selama 20 menit
[30, 31].
3.8. Tes Serapan Besi
Tes ini hanya positif untuk mikobakteri yang tumbuh cepat seperti M.
furtitum dan M. fline yang dapat menyerap garam besi dari lingkungan kultur [30,
31].
3.9. Uji Pengurangan Kalium Tellurit
Reduksi tellurite kalium tidak berwarna menjadi telurit hitam metalik dalam
waktu 3 sampai 4 hari, merupakan penentu keberadaan kompleks M. avium . Tes
ini juga positif untuk mikobakteri yang tumbuh cepat [30, 31].
3.10. Uji Hidrolisis Tween 80
Hidrolisis enzimatik tween 80 oleh mikobakteri menghasilkan degradasi
senyawa ini. Akibatnya, warna merah netral terkompleks dilepaskan dan warna
substrat uji akan berubah. Perubahan warna ini disebabkan oleh hidrolisis tween.
Tes ini berguna dalam diagnosis mikobakteri skotokromogenik dan non-
kromogenik [31, 32].
3.11. Tes arilsulfatase
Arylsulfatase adalah enzim yang menghidrolisis ikatan antara sulfat dan
lingkaran aromatik pada senyawa dengan rumus ROSO3H. Jika substrat
fenolftalein 3-kalium disulfida tersedia dalam media kultur, arilsulfatase
menghidrolisis senyawa ini dan melepaskan fenolftalein yang akan menjadi merah
di lingkungan basa. Menentukan aktivitas enzim arilsulfatase berguna dalam
membedakan mikobakteri yang tumbuh cepat dari yang non-Photochromogenic
[30, 31].
Rincian sifat biokimia dari beberapa Mycobacterium penting secara klinis
disajikan pada Tabel 1 dan Gambar. (1).
4. PENDEKATAN MOLEKULER UNTUK DIAGNOSIS TB
Untuk diagnosis TB yang cepat, ada berbagai pendekatan diagnosis molekuler
yang tersedia yang bekerja berdasarkan penargetan dan multiplikasi area yang
berbeda dalam DNA mikobakteri [32]. Tes amplifikasi asam nukleat (NAAT) yang
menargetkan Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki potensi besar untuk
meningkatkan deteksi kasus TB, dengan NAAT komersial, seperti Tes GenProbe
Amplified® Mycobacterium Tuberculosis Direct (MTD) (Gen-Probe Inc, San Diego,
CA), dilaporkan memiliki sensitivitas yang hampir sempurna pada pasien BTA-
positif dan sensitivitas 61-76% pada pasien BTA-negatif. Meskipun hasil positif
palsu jarang terjadi, tetapi dapat terjadi sebagai produk kontaminasi sampel dengan
mikobakteri lingkungan dan perlekatan yang tidak spesifik pada probe. Tetapi sebagai
perbandingan, hasil negatif palsu lebih umum dan biasanya terjadi karena rendahnya
jumlah mikobakteri dalam sampel CSF atau karena faktor pembatas interaksi
molekuler oposisi [32].
Keterlambatan dalam mengadopsi NAATs untuk TB mencerminkan
kekhawatiran operasional dan kelayakan yang sedang berlangsung di rangkaian
berpenghasilan rendah [26], tetapi kurangnya informasi tentang dampak klinis dan nilai
tambahan dari tes ini di luar algoritma diagnostik standar mikroskopis dahak dan
penilaian dokter juga dapat telah berkontribusi pada lambatnya penggunaan teknologi
ini. Dalam studi kohort diagnostik prospektif pasien yang diduga TB di negara
berpenghasilan rendah dengan prevalensi TB dan HIV yang tinggi, telah ditunjukkan
bahwa NAATs mengidentifikasi banyak pasien TB BTA-negatif yang jika tidak
didiagnosis oleh dokter akan gagal. Meskipun sensitivitas NAAT yang dievaluasi dalam
beberapa penelitian sederhana dibandingkan dengan kultur mikobakteri, telah ditemukan
bahwa, jika diterapkan secara rutin, NAAT pada hari yang sama akan menurunkan
waktu mulai pengobatan pada pasien TB BTA-negatif hampir empat minggu [ 26].
4.1. Teknik Hibridisasi Asam Nukleat
Penggunaan teknik hibridisasi asam nukleat memungkinkan
identifikasi cepat spesies mikobakteri umum tertentu. Probe asam nukleat
yang tersedia secara komersial tersedia untuk kompleks M. tuberculosis , kompleks
M. avium , M. kansasii dan M. gordonae . Tes ini digunakan dengan probe
nonisotopically berlabel (asam nukleat berlabel ester acridine) khusus untuk
RNA ribosom mikobakteri (rRNA). RNA dilepaskan dari sel setelah sonikasi.
Probe DNA dibiarkan bereaksi dengan larutan. Jika RNA spesifik hadir, DNA
stabil, kompleks RNA, atau hibrida terbentuk. Kompleks dideteksi dengan
larutan hidrogen peroksida alkali. Ester acridine terikat hibrida tersedia untuk
menyebabkan reaksi chemiluminescent, menghasilkan emisi. Jumlah cahaya
yang dipancarkan cahaya terkait dengan jumlah probe hibridisasi [33, 34].
4.2. Uji Amplifikasi Asam Nukleat Langsung
Uji amplifikasi asam nukleat yang dirancang untuk mendeteksi spesies
mikobakteri langsung dari spesimen pasien dapat dilakukan dalam beberapa jam
pada spesimen yang diproses dan menawarkan janji pelaporan hasil pada hari yang
 sama. Uji langsung Mycobacterium amplified (AMD) terdiri dari amplifikasi
yang dimediasi transkripsi dari target 16S rRNA spesifik yang dilakukan pada
suhu konstan untuk mendeteksi M. tuberculosis dan NTM pada spesimen smear
positif dan negatif [33, 34].
4.3. Analisis Urutan Gen
Urutan beberapa gen dianggap sebagai target yang baik untuk
identifikasi spesies, meskipun biasanya diperlukan untuk menganalisis beberapa
urutan sekaligus. Secara khusus, 16SrRNA, rpoB dan Internal Transcribed
Spacer (ITSs) telah terbukti berguna untuk identifikasi cepat banyak spesies
mikobakteri [33, 34], termasuk M. malmoense , M. szulgai , dan M. flavescens ,
yang hampir tidak diidentifikasi dengan metode konvensional [33, 34]. Daftar gen
utama yang mungkin digunakan untuk diferensiasi antara spesies
mikobakteri ditunjukkan pada Tabel 2 .

Aplikasi penting dari analisis sekuens gen pada penyakit mikobakteri

adalah deteksi resistensi obat. Ini tidak hanya memberikan informasi yang relevan
secara klinis tetapi juga membantu dalam menguraikan keterkaitan regangan.
Beberapa gen mikobakteri dapat dianalisis untuk mendeteksi resistensi obat;
beberapa dari mereka yang tumpang tindih gen rumah tangga digunakan untuk
identifikasi spesies [33, 35]. Daftar gen M. tuberculosis utama yang telah
dikaitkan dengan perolehan resistensi obat disajikan pada Tabel 3 .

4.3.1. PCR-RFLP
Pada awalnya, analisis sekuens gen ditangani dengan analisis
PCR-restriction fragment length polymorphism (RFLP), atau disebut
metode PRA, atau PCR-restriction enzyme analysis (REA). Metode ini
menggabungkan amplifikasi PCR dan analisis restriksi. Pola yang diperoleh
setelah elektroforesis adalah spesies atau regangan tertentu [36].
4.3.1.1. Analisis SNP
Dua jalur utama penelitian berdasarkan analisis SNP
meliputi pengetikan spesifik garis keturunan dan penentuan
terjadinya mutasi yang mengarah pada resistensi obat. SNP
menunjukkan tingkat homoplasy yang rendah; namun, evolusi
konvergen, terutama dalam gen terkait kerentanan obat, dianggap
umum [37]. SNP di lokasi tertentu dapat dideteksi oleh REA [37]
atau dengan berbagai PCR. Teknologi modern menyediakan
beberapa metode yang efisien untuk menganalisis beberapa situs
SNP sekaligus. Mereka dapat diatasi dengan suar molekul, karena
mereka mampu membedakan urutan yang berbeda bahkan dengan
substitusi nukleotida tunggal [38]. Selanjutnya, mereka dapat
dideteksi dengan mengidentifikasi pergeseran suhu leleh yang
diperoleh dengan analisis kurva PCR real-time [39]
4.3.1.2. Analisis Genom PFGE
 Metode pengetikan molekuler pertama untuk genom M.
tuberculosis didasarkan pada analisis RFLP DNA bakteri. Di
sini, DNA kromosom yang diisolasi dari strain mikobakteri yang
berbeda dicerna dengan menggunakan berbagai enzim restriksi.
Fragmen restriksi yang dihasilkan dipisahkan dengan elektroforesis
gel dan divisualisasikan dengan sinar UV. Pola sidik jari yang
diamati adalah strain spesifik [40].
4.3.2. Analisis RAPD
Analisis Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD) atau
PCR (AP-PCR) adalah metode pengetikan yang semakin banyak digunakan
untuk memperkirakan variabilitas genetik di antara takson bakteri yang
berbeda. Metode ini tidak memerlukan pengetahuan sebelumnya tentang
urutan DNA template. Dengan menggunakan primer tunggal yang
dirancang secara sewenang-wenang dengan panjang 5 hingga 50 bp dan
kondisi berkekuatan rendah, primer menyatu dengan DNA templat di tempat
yang cocok secara sempurna dan sebagian, menghasilkan profil DNA
multiband spesifik regangan [41].
4.3.2.1. AFLP
Analisis AFLP adalah metode berbasis PCR di mana
DNA dicerna dengan dua enzim restriksi, pemotong yang
jarang dan pemotong yang sering, yang masing-masing memiliki
situs pengenalan 6- dan 4-bp. Fragmen restriksi yang dihasilkan
diikat ke adaptor untai ganda (10 hingga 30 bp) yang dikenali oleh
primer PCR yang melengkapi rangkaian adaptor, membawa
rangkaian situs restriksi, dan mengandung basa selektif pada ujung
3=nya. Penggunaan primer radiolabeled memungkinkan
visualisasi produk PCR dengan cara autoradiografi [42].
4.3.2.2. Pemetaan Penghapusan
Penghapusan atau, lebih tepatnya, LSP dapat digunakan
sebagai penanda molekuler untuk mempelajari variabilitas
genetik di antara mikobakteri. Metodologi berbasis LSP
bergantung pada pengetahuan sebelumnya tentang sekuens
yang dianalisis, dan biasanya membutuhkan jumlah DNA
(mikrogram) yang relatif besar [43].
4.3.2.3. Sekuensing Seluruh Genom (WGS)
Penyelesaian urutan genom M. tuberculosis H37Rv [44]
telah memulai babak baru dalam studi epidemiologi mikobakteri.
Pengembangan sekuensing generasi kedua (SGS) dan platform
sekuensing generasi lebih lanjut telah membuat studi tentang
epidemiologi mikobakteri seinformatif yang belum pernah
dilakukan sebelumnya.
WGS memberikan informasi tentang seluruh genom, dan
metode ini dapat mengidentifikasi hampir semua varietas
penanda yang terdeteksi oleh metode genotipe yang disebutkan di
atas. Oleh karena itu jauh lebih akurat dan tepat dalam
mendeteksi variabilitas antar strain dan menyediakan banyak
informasi di setiap tingkat yang memungkinkan, dari global
(populasi), melalui lokal (komunitas) dan inang individu (pasien
tunggal), hingga patogen (strain) itu sendiri [ 45].
4.3.2.4. Spoligotyping
Pengulangan palindromik pendek berkerumun secara teratur
(CRISPRs) terdiri dari keluarga elemen DNA berulang yang
banyak ditemui. Meskipun awalnya terdeteksi pada Escherichia
coli [46], unsur-unsur ini kemudian diidentifikasi pada 40% bakteri
dan 90% archaea [46]. Lokus CRISPR umumnya terdiri dari
noncoding, urutan pemimpin kaya A/T dan nomor variabel
pengulangan langsung identik (DRs) diselingi dengan urutan spacer
unik atau spacer. Berdekatan dengan CRISPRs sering kali adalah
gen terkait-CRISPR (Cas), bersama-sama membentuk wilayah
genomik CRISPR-Cas. Lokus CRISPR dianggap mewakili
semacam sistem kekebalan adaptif prokariotik yang
memberikan resistensi terhadap fag [47]. Jumlah spacer dalam
lokus CRISPR bervariasi. Spacer dapat diperoleh dari penyerang
virus sebagai cara khusus untuk mengingat infeksi fag [47]. Di sisi
lain, beberapa spacer dapat dihapus sebagai akibat dari
transposisi dan rekombinasi homolog antara DR yang
berdekatan atau jauh. Setelah penggabungan spacer, mekanisme
resistensi fag diberikan oleh ekspresi urutan ini, hibridisasi, dan
pembelahan RNA atau DNA asing [47].
Lokus CRISPR telah diidentifikasi pada beberapa spesies
mikobakteri [48]. Namun, CRISPR lama telah ditemukan pada M.
tuberculosis , M. bovis , dan M. avium . Karena sistem CRISPR Cas
terintegrasi hanya dapat ditemukan pada M. tuberculosis dan M.
bovis sistem yang berbeda di NTM diperkirakan diperoleh melalui
transfer gen horizontal dari bakteri lain [48]. Masih belum diketahui
apakah sistem CRISPR berfungsi dalam mikobakteri. Tampaknya
sementara itu mungkin mengganggu asam nukleat yang masuk, itu
mungkin telah kehilangan kemampuan untuk menggabungkan
spacer baru [48].
Pengetikan oligonukleotida spacer (Spoligotyping) adalah
teknik berbasis PCR untuk diferensiasi strain MTBC yang
memanfaatkan struktur dan polimorfisme lokus DR. Dalam
spoligotyping, seluruh lokus diamplifikasi oleh PCR dengan
menggunakan dua primer berorientasi terbalik yang melengkapi
urutan DR. Primer terbalik terbiotinilasi digunakan sehingga semua
untai terbalik diberi label. Selanjutnya, produk PCR dihibridisasi
ke membran dengan satu set 43 oligonukleotida sintetik amobil,
terikat secara kovalen, masing-masing mewakili spacer unik yang
diidentifikasi dengan pengurutan lokus DR di M. tuberculosis
H37Rv (spasi 1 hingga 19, 22 hingga 32, dan 37 hingga 43) dan
vaksin BCG M. bovis strain P3 (spasi 20, 21, dan 33 hingga 36).
Setelah hibridisasi, membran diinkubasi dengan konjugat
streptavidin-peroksidase atau streptavidinalkalin fosfatase, dan
 sinyal hibridisasi dideteksi oleh chemiluminescence. Pola strain-
spesifik (spoligotypes) kemudian divisualisasikan pada film
sinar-X. Strain dibedakan dengan ada atau tidak adanya spacer
individu dalam set lengkap 43-spacer [49]. Karena hasil
spoligotyping dapat disajikan sebagai sistem biner (ada/tidak
ada), mereka dapat dengan mudah ditafsirkan, didigitalkan, dan
dibandingkan di antara laboratorium yang berbeda [49].

4.3.2.5. Rep-PCR
Rep-PCR (sistem DiversiLab; bioMérieux, Prancis) adalah
sistem otomatis dengan throughput tinggi yang tersedia secara
komersial untuk mengetik beberapa spesies Mycobacterium
berdasarkan variabilitas yang dihasilkan oleh sekuens berulang
yang diselingi dalam genom [50]. Prosedur ini melibatkan
amplifikasi berulang, urutan noncoding dan pemisahan mereka
menggunakan elektroforesis mikofluida melalui chip. Saat
fragmen bermigrasi di atas chip, ukuran dan intensitas
fluoresensinya diukur dengan laser, sehingga menghasilkan
grafik.
4.3.3. Analisis IS 6110-RFLP
Studi tentang urutan genom strain referensi M. tuberculosis H37Rv
yang lengkap mengungkapkan jumlah elemen DNA berulang yang relatif
besar [51]. Unsur-unsur tersebut bervariasi dalam panjang, struktur, dan
lokalisasi. Dua kelompok utama dapat dibedakan, yaitu Tandem Repeats
(TR) dan Interspersed Repeats (IR). Yang pertama adalah urutan monomer
pendek (hingga 100 bp) yang diatur sebagai array head-to-tail, sedangkan
yang terakhir tersebar sebagai individu salinan di seluruh genom. Kelas
penting dari sekuens IR adalah Insertion Sequences (IS), yang merupakan
elemen genetik bergerak.
Urutan penyisipan yang paling dikenal dan diselidiki adalah IS 6110
yang pertama kali dikenali oleh Thierry et al . pada awal 1990-an [52].
Perbedaan dalam jumlah salinan dan lokasi dalam genom, yang bertanggung
jawab atas tingginya derajat polimorfisme IS 6110 , telah mempengaruhi
urutan ini untuk digunakan sebagai penanda molekuler spesifik untuk
genotipe galur M.tuberculosis [53].
Sensitivitas dan spesifisitas tes ini dapat dievaluasi menggunakan hasil
tes kultur mikroba. Meskipun evaluasi ini tidak mudah khususnya ketika
mempertimbangkan 20-30% tes TB paru dan bahkan lebih banyak porsi tes
nonpulmoner, hasilnya negatif. Pendekatan berdasarkan multiplikasi asam
nukleat pengganti tidak dapat menggantikan diagnosis klinis, pewarnaan
tahan asam dan prosedur kultur dalam diagnosis TB tetapi tidak dapat
digunakan sebagai tes pelengkap di sampingnya [54].
Secara umum dapat disimpulkan bahwa uji multiplikasi asam nukleat
dapat digunakan sebagai alat bantu diagnosis TB. Tetapi karena
 sensitivitas yang relatif rendah, dan tingginya insiden hasil positif palsu,
hasil negatif dari jenis tes ini tidak dapat menjadi alasan yang cukup
untuk menghilangkan kemungkinan infeksi TB secara total [32,54]. Poin
penting adalah bahwa tes ini tidak dapat membedakan antara bakteri
mikro hidup dan mati dan dengan demikian tidak dapat digunakan untuk
menilai efisiensi pengobatan. Akhirnya, melakukan tes multiplikasi asam
nukleat benar-benar tergantung pada pengalaman laboratorium yang cukup
[32].
Meskipun spesifisitas teknik molekuler PCR bisa sangat tinggi
tetapi sensitivitasnya rendah dibandingkan dengan pendekatan kultur
yang dianggap sebagai standar emas. Namun, jika kualitas spesimen klinis
cukup tinggi, pendekatan berbasis PCR diharapkan menjadi lebih sensitif.
Dalam kondisi terbaik, dengan asumsi tes dilakukan di laboratorium modern
dengan teknisi berpengalaman, sensitivitas tes PCR adalah 90% untuk
sampel BTA-positif dan kultur-positif dan 40-77% untuk sampel BTA-
negatif [32, 54 ].
Tes berbasis PCR dapat mengurangi waktu yang dibutuhkan
untuk diagnosis TB menjadi kurang dari 3-6 jam, tetapi karena biaya dan
persyaratan yang tinggi, tes ini jarang menjadi tes yang paling mudah di
negara berkembang. Namun, dalam sistem yang sulit melakukan uji
kultur, PCR dapat digunakan sebagai pendekatan alternatif [54].
5. IDENTIFIKASI NTMS PADA SPESIMEN KLINIS
Membedakan manifestasi klinis NTM dari M. tuberculosis sangat sulit. Hal ini
membuat identifikasi yang tepat dari NTM sangat penting dan dengan demikian NTM
patogen yang berbeda di daerah yang berbeda harus dipisahkan dan diidentifikasi untuk
mengelola dan mengobati pasien yang terinfeksi [55].
Di negara berkembang seperti Iran, diagnosis TB biasanya bergantung pada tes
mikroskopis karena di negara tersebut, fasilitas kultur dan tes kepekaan obat praktis tidak
dapat diakses. Menurut laporan WHO 2013 70% kasus TB paru di Iran diidentifikasi
dengan tes smear mikroskopis. Jadi, dokter dapat mengabaikan kemungkinan NTM pada
hasil BTA positif dan dengan demikian pengobatan yang tepat tidak dapat dicapai. Jadi
metode diagnostik dan diferensial yang tepat harus diterapkan di laboratorium diagnosis
TB untuk membedakan NTM dari M.tuberculosis [56, 57].
Pemisahan dan identifikasi NTM dari spesimen klinis biasanya tergantung pada
prosedur persiapan khusus termasuk berbagai teknik anti-kontaminasi dan inkubasi
seperti menggunakan suhu atau atmosfer yang berbeda yang mengandung 5-10% CO2
untuk meningkatkan laju pertumbuhan. Karena teknologi ini jarang tersedia di sebagian
besar laboratorium, infeksi NTM biasanya tidak dapat diidentifikasi. Di sisi lain,
identifikasi fenotipik dari berbagai NTM tergantung pada setidaknya 10 tes yang
berbeda; oleh karena itu, reliabilitas hasil akhir biasanya kabur karena kesulitan yang
dihadapi dalam interpretasi berbagai tes serta sensitivitas yang rendah [57, 58].
Dengan demikian, teknik diagnostik yang cepat dan andal untuk identifikasi
NTM dan spesies mikobakteri yang tepat perlu dikembangkan. Teknik-teknik ini
mencakup berbagai tes molekuler seperti probe molekuler, algoritme berbasis gen hsp
 65, teknik pengurutan 16S rRNA dan tes non-molekul yang digabungkan dengan tes
fenotipik kunci [59 - 61].
6. UJI KERENTANAN OBAT UNTUK PENILAIAN SENSITIFITAS DAN
RESISTENSI OBAT
Saat ini, meskipun telah melewati lebih dari 70 tahun penemuan antibiotik anti-
tuberkulosis pertama [streptomisin pada tahun 1943] dan obat-obatan lain yang
disarankan, tuberkulosis telah menjadi masalah serius dan salah satu alasan terpenting
kematian manusia [62 , 63].
Alasan yang diketahui dari resistensi bulan sabit mycobacterium tuberculosis
terhadap obat dapat: tidak menerapkan pengobatan yang tepat (resep obat yang tidak
tepat, menggunakan diet satu obat sebagai ganti pengobatan multi-obat, gangguan dalam
peralatan obat), kurangnya kontrol yang tepat terhadap tuberkulosis di beberapa negara,
penurunan efektivitas obat antituberkulosis dan akhirnya prevalensi HIV [64].
Pengobatan infeksi yang disebabkan oleh TB dan NTM umumnya diperoleh
dengan pembedahan, alat obat atau keduanya. Perawatan obat penyakit ini cukup mahal,
berlarut-larut dan sangat sering diikuti dengan konsekuensi toksisitas obat. Dalam
beberapa kasus yang terinfeksi oleh strain Mycobacterium tuberculosis yang resisten,
diet terapeutik generasi pertama dan kedua tidak efektif.
Di sisi lain perbedaan diet terapeutik yang digunakan untuk berbagai jenis NTM,
dan untuk spesies yang tumbuh lambat dan tumbuh cepat mencari tes kerentanan
antibiotik. Obat yang disarankan untuk sebagian besar spesies yang tumbuh lambat
terdiri dari antibiotik rifampisin, Etambutol dan makrolida selama 18-24 bulan; dalam
kasus yang lebih rumit kebutuhan tes kerentanan obat akan muncul. Untuk spesies yang
tumbuh cepat, obatnya sering dipilih berdasarkan uji kepekaan obat. Dalam kasus yang
lebih jarang, mis. ( M. absesus ) diet terapi stabil terdiri dari makrolida amikasin dan
tigecycline lebih disukai [65]. Untuk menentukan kerentanan mikroba spesies
mikobakterium, berbagai metode dicari seperti:
6.1. Metode Konsentrasi Mutlak
Dalam metode ini, spesies bunga harus diinokulasi secara standar dalam
media dengan konsentrasi obat yang berbeda. Salah satu konsentrasi tersebut adalah
konsentrasi kritis yang berguna untuk menentukan Minimum Inhibitory
Concentration (MIC). Pertumbuhan dalam konsentrasi kritis dan lebih tinggi
menunjukkan ketahanan dari spesies tersebut. Pertumbuhan ini pada media yang
mengandung antibiotik kemudian dibandingkan dengan media bebas obat dengan
tujuan untuk mengontrol [66, 67].
6.2. Metode Rasio Penghambatan
Metode ini mirip dengan metode konsentrasi absolut tetapi MIC ditentukan
menurut strain standar H37Rv mycobacterium. Selanjutnya diperoleh perbandingan
KHM obat yang tidak menghambat pertumbuhan dengan KHM yang dibutuhkan
untuk menghambat pertumbuhan galur standar H37Rv. Metode ini lebih umum
digunakan untuk galur M. tuberculosis dibandingkan dengan spesies mikobakterium
lainnya [66, 67].
6.3. Metode Proporsi
 Metode yang masih disarankan oleh WHO untuk menguji obat terapi lini
kedua ini mencakup penggunaan media yang mengandung obat yang dua
konsentrasi standar bakteri yang disiapkan secara berurutan dibuahi dalam media
yang mengandung obat dan tidak mengandungnya. Jumlah koloni yang terbentuk
pada media yang mengandung obat dihitung menurut inokulasi paling encer dan
kemudian dibandingkan dengan jumlah koloni yang terbentuk pada media bebas
obat dengan konsentrasi yang sama. Jika rasio basil yang ditumbuhkan pada media
yang mengandung obat dengan yang tidak mengandung lebih dari %1, spesies
tersebut akan resisten terhadap obat yang digunakan [66, 67].
6.4. Metode Difusi Disk
Dalam metode ini disk dengan sejumlah anti-mikroba ditempatkan pada
media padat yang dibiakkan bakteri yang diperiksa di atasnya. Ukuran zona hambat
di sekitar disk diukur dan kemudian dibandingkan dengan skala yang ditentukan
oleh CLSI. Teknik ini terutama digunakan untuk menentukan kerentanan mikroba
dari spesies yang tumbuh cepat, tetapi mengenai spesies yang tumbuh lambat, difusi
cakram tidak dianjurkan karena tingkat pertumbuhan yang berbeda, kurangnya
media kultur yang sesuai, penyimpanan jangka panjang dan juga kemungkinan
polusi. selama inkubasi [66, 67].
6.5. Metode Elusi Disk
Dalam metode ini, disk yang mengandung sejumlah antibiotik ditambahkan
ke suplemen pertumbuhan Oleic Albumin Dextrose Catalase (OADC) cair dan
kemudian ditambahkan ke media cair. Langkah selanjutnya adalah mencampur
isinya dan kemudian membaginya di antara piring-piring media tumbuh; pelat harus
tetap dalam suhu kamar agar diperoleh keadaan padat. Hasil tumbuh atau tidak
tumbuh dilaporkan sesuai dengan jumlah antibiotik yang dikandung setiap disk [68].
6.6. Metode Pengenceran Makro Kaldu
Metode ini digunakan pertama kali pada tahun 1970 untuk menentukan
kepekaan antibiotik M. tuberculosis . Untuk menentukan KHM menggunakan
metode pengenceran makro kaldu, konsentrasi tertentu dari spesies mikroba target
harus difekundasi dalam media cair yang memiliki serangkaian konsentrasi
antibiotik. Kontrol percobaan adalah botol yang tidak memiliki antibiotik di
dalamnya. Dalam metode ini, KHM didefinisikan sebagai konsentrasi antibiotik
terendah yang tidak terlihat adanya tanda-tanda pertumbuhan. Metode
pembahasannya sama dengan metode proporsi dan kadang-kadang disebut proporsi
dalam keadaan cair jika materi [69].
Untuk mempercepat seluruh proses ini digunakan “metode pengenceran
makro kaldu Bactec”, yang terdiri dari pengukuran C14 yang terbentuk selama
oksidasi urasil 3H dari asam ribonukleat [69]. Saat ini, sistem BacTec460 benar-
benar dihapuskan, dan sebagai gantinya Mycobacterial Growth Indicator Tube
(MGIT) digunakan untuk menentukan kerentanan antibiotik strain M. Tuberculosis
dan spesies mikobakterium [70, 71].
6.7. Metode Pengenceran Mikro Kaldu
Pengenceran mikro kaldu telah dinyatakan sebagai standar emas dengan
tujuan uji resistensi obat dalam bakteriologi setelah tahun 1971 [72]. Pada tahun
 1982 laporan pertama diterbitkan tentang penerapan metode ini untuk menguji
kerentanan obat Mycobacterium [73]. Metode yang disebutkan pada dasarnya mirip
dengan metode pengenceran makro kaldu, tetapi dilakukan di piring 96-sumur yang
serangkaian konsentrasi antibiotik dimasukkan ke dalamnya. Kemudian setiap
sumur diisi dengan 100 uL suspensi yang terbentuk dari bakteri yang diinginkan
dalam media kaldu dengan konsentrasi sekitar 5-10*5. Sumur kontrol hanya diisi
dengan suspensi bakteri. Dalam percobaan ini, KHM didefinisikan sebagai
konsentrasi antibiotik terendah yang tidak ditumbuhi bakteri di dalamnya [72, 73].
6.8. Tes Epsilon
Tes ini digunakan untuk pertama kalinya pada tahun 1990 untuk menentukan
resistensi antibiotik Mycobacterium. Penentuan KHM menggunakan metode ini
diawali dengan pemasangan strip plastik yang diresapi dengan penurunan
konsentrasi antibiotik. Penomoran MIC mirip dengan metode proporsi atau metode
konsentrasi tertentu. Menggunakan dua antibiotik untuk satu strain pada saat yang
sama adalah salah satu keuntungan dari metode ini [74].
7. PERAN SUMBER DAYA MANUSIA DALAM DIAGNOSIS TUBERKULOSIS
Staf jaringan laboratorium mikroskopis dan sumber benar-benar mencari
ilmuwan laboratorium ahli untuk melakukan eksperimen halus seperti itu. Kurangnya
sumber daya manusia yang memadai membatasi aktivitas jaringan laboratorium di
banyak aspek dan di banyak negara. Sehingga di negara dengan sumber daya manusia
yang terbatas [ex. negara berkembang] kekurangan teknisi laboratorium menyiratkan
pemerintah untuk menginstruksikan staf baru yang mereka tidak memiliki gelar yang
lebih tinggi.
Orang yang praktis seperti itu yang dilatih di lingkungan kerja dapat sangat
berguna untuk diagnosis Tuberkulosis dan juga diagnosis HIV yang cepat; tetapi mereka
harus dilatih dan didukung di tingkat yang berbeda dan juga seharusnya melakukan EQA
untuk memantau aktivitas sehari-hari mereka [75].
Instruksi akademik untuk teknisi ini berlangsung sekitar 2-3 tahun di berbagai
negara, sebagian besar instruksi ini adalah tentang peningkatan keterampilan budaya dan
Teori sistem perkembangan (DST) untuk berbagai organisme dan kursus ini sendiri
membatasi tingkat perolehan eksperimen khusus di bidang tertentu seperti Tuberkulosis.
Oleh karena itu, kebutuhan jadwal pengajaran dengan tujuan keterampilan diagnostik
lebih diperlukan untuk lulusan pendidikan tinggi. Salah satu kekurangan paling
signifikan dalam sumber daya manusia adalah tentang tidak adanya tujuan dan jadwal
yang ditentukan untuk para pemimpin dan manajer laboratorium. Sementara di negara-
negara dengan sumber daya manusia yang memadai, pengelolaan laboratorium ditangani
oleh para ahli yang terkait dengan doktor, di negara-negara berkembang pengelolaan
laboratorium khusus berada di pundak orang-orang yang berpendidikan normal. Selain
itu, sebagian besar doktor dipegang untuk proyek investigasi dan meskipun mereka
berpendidikan tinggi, mereka tidak terlibat dalam peningkatan kesehatan masyarakat.
Sebagai kesimpulan, revisi serius tentang kebijakan manajemen dan instruksi teknologi
dan kegiatan baru diperlukan untuk mengangkat manajer ahli.
8. KEAMANAN LABORATORIUM
 Salah satu kebutuhan dari setiap langkah diagnosa M. Tuberkulosis adalah
keselamatan dan kesehatan semua staf yang berhubungan dengan media yang
mengandung tuberkulosis. Laboratorium referensi nasional [NRL] harus
mengomunikasikan instruksi keselamatan ke laboratorium diagnostik; dan tugas ini
merupakan bagian dari proyek pengendalian nasional Tuberkulosis. Untuk mencapai
tujuan ini, jadwal ini harus disajikan dengan kombinasi instruksi keselamatan dan
laboratorium untuk membantu promosi penilaian bahaya dari metode laboratorium yang
berbeda dan untuk menemukan metode yang paling aman. Kemajuan peralatan, peralatan
dan perlengkapan laboratorium dapat dengan sendirinya meningkatkan tingkat
keselamatan.
Pendingin udara yang tepat, di mana apusan disiapkan dan pengamatan
mikroskopis terjadi, benar-benar dapat mengurangi risiko infeksi di area tersebut [76].
Sehingga lemari sederhana atau AC dapat sangat mengurangi pengeluaran dan juga
meningkatkan tingkat keamanan dibandingkan dengan lemari biologis keselamatan yang
diikuti dengan komplikasi lainnya [76].
Untuk mengendalikan Tuberkulosis di negara berkembang, kapasitas budaya dan
DST harus ditingkatkan, dan topik ini dapat dicapai dengan mempertahankan standar
keamanan yang paling rendah. Risiko infeksi ini sangat tinggi bagi mereka yang
melakukan eksperimen kultur, diagnostik, dan kerentanan. Risiko ini menantang negara-
negara tersebut untuk menyediakan peralatan dan instruksi keselamatan yang memadai
dan juga untuk menggunakan lemari pengaman biologis yang sesuai untuk menjamin
kesehatan karyawan.
9. SISTEM KUALITAS
Kualitas layanan laboratorium yang terbatas untuk mendiagnosis Tuberkulosis
merupakan hambatan yang menantang terhadap eksperimen mikroskopis, kultur DST
dan metode NAAT. Banyak negara masih mencoba memulai EQA yang efisien untuk
mengeksploitasinya di semua pusat diagnostik publik dan swasta. Pentingnya EQA yang
efisien lebih menonjol ketika kasus Tuberkulosis didiagnosis dengan infeksi HIV karena
kasus yang tersedia memiliki beberapa basil, sehingga tergantung pada laboratorium
untuk mendiagnosis tuberkulosis pada kasus tersebut. Sementara itu, EQA dapat
memberikan pendekatan praktis yang sesuai dengan tujuan peningkatan dan percepatan
uji kerentanan untuk pusat-pusat ini [77].
EQA adalah bagian dari sistem mutu laboratorium dan jadwal yang dikonfirmasi
untuk mengevaluasi eksperimen mikroskopis dan DST [78]. Salah satu metode paling
efisien yang disarankan oleh NRL adalah menggunakan laboratorium referensi
internasional dan mempertukarkan galur di antara mereka untuk mengevaluasi fungsi
sebagian besar laboratorium dan tentu saja memeriksa resistensi obat global. Mengingat
kultur lebih sulit dan jadwal EQA tidak dapat menentukan kerentanan yang tepat dari
metode kultur dalam mendiagnosis Tuberkulosis. Rendahnya efisiensi metode kultur
telah terlihat pada beberapa pendekatan pengendalian resistensi obat yaitu . beberapa
laboratorium mengalami kesulitan dalam mendiagnosis tuberkulosis dari sampel dahak
yang positif.
Masalah kualitas ini tidak dapat diselesaikan hanya dengan EQA, dan semua
faktor yang terlibat seperti dokumen, catatan, staf, standar, dan semua peralatan harus
 dipertimbangkan oleh semua sistem manajemen mutu. Sementara itu, ciri khas negara
maju adalah adanya ketentuan laboratorium dan juga rencana kredensial untuk berbagai
jenis metode diagnostik. Ketika standar laboratorium dipastikan, dilakukan dan juga
dikendalikan oleh negara, NRL dapat mencapai semua tujuan yang disebutkan
sebelumnya.
10. DISKUSI
Saat ini penyakit tuberkulosis Multi Drug Resistant (MDR) dan Extensive Drug
Resistant (XDR) tidak terbatas pada negara berkembang lagi. Orang dan penyakit terus
bergerak. Selain itu, sekitar sepertiga penduduk dunia terinfeksi oleh Mycobacterium
tuberculosis tanpa disadari [79]. Orang-orang yang terinfeksi ini disembunyikan bergulir
sebagai gudang untuk manifestasi berikutnya di masa depan. Jadi fakta bahwa semua
laboratorium mikobakteriologi harus mampu mendiagnosis mikobakterium tuberkulosis
memiliki tingkat kepentingan yang tinggi.
Tuberkulosis masih menjadi salah satu masalah kesehatan di Iran dan juga dunia
dan menyebabkan ribuan orang meninggal setiap hari. Alasan utama yang sangat
menantang diagnosis tuberkulosis adalah: kurangnya sistem manajemen yang
komprehensif untuk laboratorium diagnostik tuberkulosis, kurangnya sistem kontrol
kualitas dan sistem jaminan kualitas untuk eksperimen diagnostik tuberkulosis, proses
yang lamban dari eksperimen diagnostik seperti kultur sputum dan sampel lain yang
membutuhkan waktu 4-12 minggu, penggunaan metode kuno sebagai satu-satunya
metode diagnostik, pengetahuan staf laboratorium yang tidak memadai, munculnya
mikobakteri non-tuberkulosis yang bertindak sebagai oportunis dan merupakan penyebab
infeksi yang sangat mirip dengan tuberkulosis. Mycobacterium tuberculosis yang
disebutkan tidak dapat dibedakan dari mycobacterium tuberculosis melalui metode
diagnostik yang umum.
Solusi utama untuk memerangi penyakit ini adalah dengan mengidentifikasi
orang yang terinfeksi dan menyembuhkannya melalui obat anti-tuberkulosis. Perspektif
ini hanya dapat dilakukan pada kondisi ini, jaringan laboratorium yang konsisten dengan
peralatan yang efisien dan kontemporer serta staf yang diinstruksikan; dan kondisi
lainnya adalah sistem pengelolaan yang sesuai.
Laboratorium tidak terbatas pada bangunan dan peralatannya, tetapi merupakan
kumpulan individu dan sistem manajemen yang bersama-sama memastikan proses dan
standar yang diperlukan untuk mencapai hasil tertentu dan cepat, lalu
mengoperasikannya. Menyelesaikan tes diagnostik baru dimungkinkan dengan sistem
terintegrasi yang fungsional, staf yang diinstruksikan dan dimotivasi, sistem manajemen
mutu dan lingkungan yang aman untuk bekerja. Mencapai tujuan ini membutuhkan staf
yang diinstruksikan secara tepat, investasi yang cukup dari organisasi, individu dan
pemerintah untuk peralatan dan manajemen laboratorium.
Meskipun sumber penyediaan alat dan perlengkapan laboratorium diagnostik
meningkat, ada beberapa kekurangan seperti: dana yang tidak mencukupi, upaya yang
sedikit untuk menyediakan sumber daya manusia untuk manajemen dan memimpin EQA
dengan benar, kurangnya proses yang sesuai dengan maksud untuk menghasilkan dan
kemudian melakukan sistem mutu. , kurangnya standar praktis dan logis, kelangkaan
struktur organisasi yang diinginkan dan kondisi prasyarat layanan laboratorium.
11. KESIMPULAN
Alih-alih menyarankan kemajuan teknologi sebagai satu-satunya pendekatan
diagnostik tuberkulosis, organisasi dan negara yang berbeda dengan tujuan mencapai
pendekatan diagnostik terbaik tuberkulosis harus berbagi instruksi praktis yang sama di
seluruh dunia untuk meningkatkan sistem manajemen laboratorium dengan segera.
Sehingga jaringan laboratorium harus dianggap sebagai suatu sistem yang lengkap dan
kemudian instruksi dapat dikomunikasikan sebagai pedoman teknis dan jaminan mutu
yang efisien. Prasyarat lainnya adalah: kesesuaian dan perlindungan berbagai negara dan
organisasi dengan tujuan pendidikan publik dan peningkatan jaringan yang mendukung
dengan peningkatan peralatan.