Laporan Dasar Genetika

i
LAPORAN LENGKAP
DASAR-DASAR GENETIKA IKAN
A.MUH.ABILQUSHAI ASSHIDIQ
L22116316
FAKULTAS ILMU KELAUTAN DAN PERIKANAN

UNIVERSITAS HASANUDDIN
MAKASSAR
2017
ii
L22116316
Laporan Praktikum
Sebagai salah satu syarat untuk lulus mata kuliah dasar-dasar genetika ikan
pada
Program Studi Budidaya Perairan
DEPARTEMEN PERIKANAN
MAKASSAR
2017
iii
PERNYATAAN MENGENAI LAPORAN PRAKTIKUM

DASAR-DASAR GENETIKA IKAN DAN
SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA*
Dengan ini saya menyatakan bahwa laporan praktikum dasar-dasar genetika

ikan adalah benar karya saya dengan arahan dari asisten dan bukan merupakan
hasil milik orang lain baik itu dalam bentuk apa pun. Sumber informasi yang
berasal dari hasil kegiatan praktikum yang dilaksanakan dan juga berasal dari atau
dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain
telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian
akhir laporan ini.
Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari laporan saya kepada pihak
Universitas Hasanuddin.
Makassar, 27 November 2017
L22116316
* Pelimpahan hak cipta atas karya tulis dari penelitian kerja sama dengan pihak
luar UNHAS harus didasarkan pada perjanjian kerja sama yang terkait.
LEMBAR PENGESAAN
Nama : A.MUH.ABILQUSHAI ASSHIDIQ

NIM : L22116316
Disetujui oleh
Koordinator Asisten
Andi Ninnong Renita Relatami, S.Pi, M.Si

Koord. Asisten
Amriana,S.Pi
Wakil Asisten
Tanggal Ujian : Tanggal Lulus:

4 Desember 2017
LAPORAN PRAKTIKUM
MEMBUAT MODEL DNA
NAMA : A.MUH.ABILQUSHAI ASSHIDIQ

NIM : L22116316
KELOMPOK : V1(ENAM)
HARI/TGL. PRAKTIKUM : RABU, 20 SEPTEMBER 2017
ASISTEN : ANDI N RENITA RELATAMI, S.Pi.M.Si.
AMRIANA, S.Pi.
ANDI SYARI RAMDHANI
NURUL ISMAH IDRIS
NUHKE GHINA ELSYIFA
PROGRAM STUDI BUDIDAYA PERAIRAN

MAKASSAR
2017
1 PENDAHULUAN
Latar Belakang
Konsep genetika merupakan faktor penyusun sifat dari semua makhluk

hidup yang diturunkan dari kedua orang tua, sehingga dia memiliki beberapa sifat
dari orang tuanya.Bila makhluk hidup berkembang biak secara aseksual,
keturunannya berkembang menjadi salinan yang tepat dari induknya selama
mereka dibesarkan dalam keadaan yang sama. Sebaliknya, apabila berkembang
biak secara seksual, maka keturunannya mengembangkan ciri-ciri yang saling
berbeda dan berlainan pula dari padasalah satu tetuanya. Genetika berusaha
menjelaskanpada material pembawa informasi untuk diwariskan (bahan genetik),
bagaimana informasi itudapat diekspresikan (ekspresi genetik), dan bagaimana
informasi itu dipindahkan dari satu individu ke individu lain (pewarisan genetik).
Gen telah berevolusi seiring dengan sejarah genetika. Pada konsep Mendelin,
suatu gen digambarkan sebagai unit penurunan sifat yang mempunyai ciri-ciri
tersendiri yang mempengaruhi karakter fenotipik (Erwinsyahet al.2016).
Asam nukleat merupakan senyawa yang mengandung basa nitrogen sebagai
bagian dari struktur asam nukleat. Asam nukleat terbagi menjadi 2 yaitu terdiri
dari RNA (Ribonucleid acid) dan DNA (Deoxyribonucleid acid). DNA dan RNA
dapat ditentukan kadar atau konsentrasinya dari suatu organ, dalam hal ini adalah
hati. Penentuan ini dilakukan melalui lisis sel, sentrifugasi berulang dan
penambahan reagen orsinol untuk RNA dan difenilamina untuk DNA sehingga
analisis kuantitatif dapat dilakukan dengan spektrofotometer visible. Asam
nukleat dibangun oleh polimerisai nukleotida yang berfungsi sebagai suatu pusat
informasi utama untuk penyimpanan dan pengambilan suatu informasi tentang
urutan yang polipeptida asam nukleat (Irsan 2010).
Penemuan DNA oleh James Watson dan Crick (1953), telah membuka
pengertian tentang replikasi, transkripsi dan translasi dari gen. Sejak saat itu
terdapat perkembangan yang spektakular tentang interaksi kompleks yang
dibutuhkan untuk mengekspresikan kode informasi kimia dalam molekul DNA
menjadi komponen sel dan organisme. Pada perubahan molekul DNA yang terjadi
akan menyebabkan organisme berevolusi dan beradaptasi dengan lingkungan
baru. Secara alami, perubahan molekul DNA dari organisme dapat terjadi melalui
dua cara, yaitu: melalui mutasi, dimana terjadi penggantian (substitusi),
penghapusan (delesi) atau penambahan (adisi) satu atau lebih bagian dari molekul
DNA, dan melalui pertukaran informasi genetik atau DNA antara organisme
sejenis melalui peristiwa reproduksi seksual. Oleh karena itu, dalam hal teknologi
manipulasi molekular dari molekul DNA dan RNA dikenal dengan istilah
rekayasa genetika atau teknologi DNA rekombinan (Gaffar 2007).
Berdasarkan penjelasan di atas maka dianggap penting untuk melakukan
praktikum model DNA dimana menyangkut genetika, asam nukleat dan DNA.
Tujuan
Tujuan dari percobaan ini adalah mengenalkan bagaimana struktur DNA

dan menentukan jenis asam amino yang dibentuk berdasarkan kode-kode dari
basa nitrogen.
2 TINJAUAN PUSTAKA
DNA
DNA adalah suatu materi yang terdapat pada tubuh manusia dan semua
makhluk hidup yang diwarisi secara turun menurun. Semua sel pada tubuh
memiliki DNA yang sama dan sebagian besar terdapat pada nukleus. DNA juga
dapat ditemukan pada mitokondria. Struktur dari DNA terdiri dari gugus fosfat,
gula deoksiribosa dan basa nitrogen. Informasi yang dibawa oleh DNA
bergantung pada urutan basa nitrogen yang terdiri dari adenin , timin , guanin dan
sitosin . Basa pada DNA selalu berpasangan yaitu A-T dan G-C. Masing-masing
pasangan basa melekat pada molekul gula (deoksiribosa) dan fosfat membentuk
unit nukleotida. Nukleotida tersusun berpasangan pada baris panjang berbentuk
spiral yang sering disebut double helix (Yulent et al. 2011).
Molekul DNA merupakan rantai polinukleotida yang mempunyai beberapa
jenis basa nitrogen. Basa nitrogennya berupa purin dan primidin dan berbentuk
heliks ganda antara rantai satu dengan pasangannya. Dalam heliks ganda terdapat
ikatan hidrogen. Molekul DNA yang berbentuk heliks ganda ini mempunyai sifat
dapat membelah diri dan masing masing rantai polinukleotida mampu membentuk
rantai baru yang merupakan pasangannya. Terjadinya heliks ganda yang baru dan
proses terbentuknya DNA baru disebut replikasi (Widyatmokoet al.2010).
Fungsi DNA
Sebagai pernbawa informasi genetika, DNA mempunyai dua fungsi utama

yaitu membuat kopi yang tepat dari dirinya pada waktu proses replikasi atau
duplikasi dan rneneruskan kode-kode informasi yang dimiliki ke mRNA
(messenger RNA) pada waktu proses transkripsi. Dengan demikian mRNA
kelaknya dapat menterjemahkan (mentranslasikan) informasi informasi bahasa
dalam 4 hurufdari pada asam nukleat ke dalam bahasa dalam 24 huruf dari pada
protein. Konsep ini (gambar 1) merupakan dasar yang terkenal sebagai Dogma
Sentral yang dikemukakan oleh Crick pada tahun 1958 (Soedigdo 1973).
Struktur DNA
Penting untuk diketahui bahwa basa-basa nitrogen tidak berpasangan secara

acak. DNA memiliki struktur pilinan utas ganda yang antiparalel dengan
komponen-komponennya, yaitu gula (deoksiribosa), fosfat, dan pasangan basa.
Pasangan basa pada DNA terdiri atas basa purin dan pirimidin. Sebuah sel
memiliki DNA yang merupakan materi genetik dan bersifat herediter pada seluruh
sistem kehidupan. Genom adalah set lengkap materi genetik (DNA) yang dimiliki
suatu organisme dan terorganisasi menjadi kromosom (Faatih 2009).
Struktur DNA mirip dengan struktur RNA. Perbedaan diantara keduanya
terdapat pada jenis gula dan basa pada monomernya serta jumlah untai
penyusunnya. Pada DNA, tidak terdapat gugus hidroksil pada posisi karbon 2’
dari molekul gula (2- deoksiribosa) sementara itu pada RNA molekul gulanya
adalah ribosa. Basa nitrogen yang terdapat pada DNA adalah adenin, guanin,
sitosin dan timin, sedangkan pada RNA jenis basanya adalah adenin, sitosin,
guanin dan urasil. RNA merupakan suatupolinukleotida yang membentuk satu
rantai/untaiatautunggal. DNA merupakansuatu polinukleotida yang membentuk 2
untai/rantai (heliks ganda) (Gaffar 2007).
Gambar 2.Pasangan ikatan hidrogen(Gaffar 2007)
Replikasi DNA
Replikasi diawali dengan terbentuknya titik awal replikasi atau yang disebut
dengan ori (origin of replication). Untuk mengetahui lebih lanjut tetang proses
replikasi DNA yaitu dimulai dari protein tertentu akan mengenal ori dan
mengawali terbentuknya gelembung replikasi. Enzim helikase akan akan
memutuskan ikatan hidrogen pada nukleotida sehingga menyebabkan rantai ganda
DNA berpisah. DNA yang telah terpisah akan diikat oleh protein pengikat rantai
tunggal untuk mencegah rantai tunggal tersebut menyatu kembali. Dua rantai
tunggal yang terbentuk memiliki formasi yang terbalik. Satu rantai memiliki
formasi awal 3’ - 5’, sedangkan rantai pasangannya memiliki formasi 5’ - 3’.
Replikasi selalu berjalan dari ujung 3’ menuju ujung 5’. Oleh karena itu replikasi
akan berjalan pada arah yang berlawanan pada dua rantai tunggal DNA yang ada.
Rantai tunggal yang terbentuk awalnya akan tegang sehingga membutuhkan kerja
enzim topoisomerase untuk merilekskannya. Rantai tunggal DNA masing-masing
menjadi template atau cetakan untuk rantai baru yang akan terbentuk. Molekul
nukleotida sebagai bahan baku DNA akan ditambahkan dan ditempelkan pada
DNA tunggal yang menjadi cetakan tersebut sehingga dapat terbentuk kembali
suatu rantai ganda (Soedigdo 1973).
Replikasi DNA menggunakan deoksiribonukleotida trifosfat (dCTP) yang
akan membentuk DNA baru dan membawa kelompok fosfat ekstra dan kaya
energi. Replikasi DNA berlangsung pada sel-sel muda saat interfase (mitosis),
yaitu saat sel melakukan pembelahan. Replikasi diawali dengan membuka pilinan
salah satu ujung DNA karena kerja enzim. Pilinan memisah karen ikatan
hydrogen menjadi lemah. Kedua untaian heliks ganda ini membuka dan masing-
masing menentukan untaian anak yang baru, dengan memasangkan basanya.
Sementara pilinan benang tersebut terurai, nekleotida baru terpasang berjajar
sepanjang tiap untaian, dengan digabungkan satu persatu, dengan cara saling
melengkapi secara tepat, adenine berseberangan dengan timin dan guanine
berseberangan dengan sitosin (Sumardjo 2008).
Sintesis Protein
Proses sintesis protein terbagi atas transkripsi dan translasi. Pada

prosesterjadinya transkripsiinformasi DNAke mRNA, untai ganda DNA yang
saling berkomplementer akan terbuka. Untai sense akan terpisah dari untai
antisense. Untai DNA antisense dengan arah 3’-5’ selanjutnya berperan menjadi
cetakan untuk membentuk mRNA dengan arah 5’-3’, suatu proses yang dikenal
dengan dengan transkripsi. Kemudian mRNA bermigrasi ke sitoplasma, dimana
kompleks ribosom dapat menterjemahkan informasi yang dibawa oleh mRNA
menjadi bentuk polipeptida atau protein tertentu (Laksmitawati 2005).
Tahap-tahap sintesis protein adalah kode genetik yang dibawa DNA akan
disalin melalui proses transkripsi untuk menghasilkan mRNA. Utas DNA yang
ditranskripsi adalah utas sense atau kodogen. mRNA yang dihasilkan kemudian
akan menuju sitoplasma dan bergabung dengan ribosom.Asam-asam amino yang
ada di sitoplasma akan diaktifkan oleh ATP dan akan terikat dengan tRNA. Setiap
tRNA hanya mengikat asam amino yang spesifik.tRNA yang telah membawa
asam amino akan menuju ribosom. Antikodon pada tRNA akan berpasangan
dengan kode triplet atau kodon yang dibawa oeh mRNA. Kodon pertama untuk
dimulainya translasi ini adalah AUG yang memberi sinyal pada peralatan
penyintesis protein untuk mentranslasi mRNA di tempat itu. tRNA ini akan
memberikan asam aminonya pada bagian ribosom dan tRNA akan dilepas ke
sitoplasma untuk mengangkut asam amino lainnya.tRNA berikutnya yang telah
membawa asam amino. tRNA ini juga akan memberikan asam aminonya dan
bergabung dengan asam amino pertama tadi. Begitu seterusnya sehingga akan
terbentuk rantai panjang asam amino yang disebut polipeptida.Pemanjangan rantai
asam amino akan berhenti jika telah sampai pada kodon stop, yaitu UAA, UAG,
atau UGA. Ketiganya merupakan kodon terminal, yaitu kodon yang tidak
berkepentingan dengan asam amino, tetapi berperan dalam mengakhiri
pembentukan rantai suatu polipeptida (Nusantari 2011).
3 METODOLOGI PRAKTIKUM
Waktu dan tempat
Praktikum membuat model DNA ini dilakukan pada hari Rabu, 20

September 2017 di Aula FIKP, Fakultas Ilmu Kelautan dan Perikanan, Universitas
Hasanuddin.
Alat dan bahan
Alat yang digunakan dalam praktikum ini adalah : gunting, tang dan parang.
Adapun bahan yang digunakan adalah : bambu, kertas kasir, double tip, kertas
stiker, lem, selotip hitam, kawat tembaga, bola-bola berwarna, kertas hvs dan
selotip putih.
Prosedur kerja
Prosedur pembuatan model DNA yaitu menyiapkan alat dan bahan,

kemudian menentukan basa nitrogen, fosfat, dan gula. Setelah itu, menentukan
asam amino, start kodon dan stop kodon lalu membentuk nukleotida dengan
menempelkan gula dan fosfat.Setelahitu komponen penyusun DNA telah
ditentukan, selanjutnya mengurutkan model DNA mulai dari start kodon, jenis
asam amino yang dipilih dan diakhiri dengan stop kodon, dan memasang model
DNA pada kerangka penyangga hingga berbentuk double helix.
4 HASIL DAN PEMBAHASAN
Hasil
Adapun hasil praktikum “Model DNA” yang di diperoleh dapat di lihat

sebagai berikut :
Gambar 3.Model DNA (ayi2017)
Model DNA di atas berbentuk double helix (berpilin ganda). Komponen

penyusunnya yaitu gugus gula deoksiribosa, gugus fosfat, dan basa nitrogen. Pada
model DNA di atas terdapat basa nitrogen adenin berpasangan dengan timin dan
guanin berpasangan dengan sitosin yang menyusun rangkaian nukleotida yang
dihubungkan oleh ikatan hidrogen. Adapun start kodon yang digunakan adalah
ATG dan stop kodon adalah TAG.
Pembahasan
DNA (deoxyribonucleic acid) dan RNA (ribonucleic acid) disebut sebagai

asam nukleat. Sedangkan unit struktural asam nukleat disebut nukleotida. Setiap
nukleotida memiliki tiga bagian :basa, gula pentosa yang disebut deoksiribosa
(pada DNA) atau ribosa (pada RNA), dan fosfat. Basa nukleotida dinamai : adenin
(A), timin (T), guanin (G), sitosin (C), dan urasil (U). A dan G disebut purin
sedangkan T,C, dan U disebut pirimidin. DNA terdapat pada mitokondria dan
kloroplas yang bersifat semiautonomsehingga dapat berkembang biak sendiri.
Sedangkan RNA tidak hanya terdapat di luar inti sel tetapi juga terdapat pada inti
sel, sitoplasma, dan ribosom (Lucianus 2003).
Proses sintesis protein terbagi menjadi dua tahap yaitu transkripsi, proses ini
terjadi di sitoplasma di awali dengan melekatnya enzim RNA polimerse pada
untaian ganda DNA.Sehingga ke dua untaian DNA akan terlepas dan saling
memisah.Translasi yaitu mRNA yang membawa kode genetik atau kodon akan
masuk ke dalam ribosom.Asam amino tersebut akan diaktifkan oleh tRNA dengan
memasangkan kodon dengan anti kodon. Pada tahap penerjemahan kodon satu
demi satu sehingga dihasilkan asam-asam amino. Asam-asam amino yang telah
terbentuk di hubungkan dengan ikatan peptida membentuk polipeptida. Tahap
penerjemahan akan berakhir ketika antikodon tRNA bepasangan dengan kodon
stop yang di bawa oleh mRNA. Dengan demikian, pada rantai polipeptida tersebut
akan membentuk protein(Fatchiyah 2006).
5 KESIMPULAN DAN SARAN
Kesimpulan
DNAadalah suatu materi yang terdapat pada semua organisme yang diwarisi
secara turun menurun. Seutas polinukeotida pada molekul DNA tersusun atas
rangkaian nukleotida.DNA yang merupakan materi genetik dan bersifat herediter
pada seluruh sistem kehidupan. Struktur DNA berbentuk double helix dengan
komponen penyusunnya yaitu gula deoksiribosa, gugus fosfat yang terikat pada
atom C nomor 5 dari gula, dan gugusan basa nitrogen yang terikat pada atom C
nomor 1 dari gula. Informasi genetik dalam DNA didefinisikan oleh urutan yang
basis individu, purin (adenin dan guanin) dan primidin (sitosin dan timin). setiap
pasangan basa nitogen memiliki ikatan hidrogen yang terbentuk antara donor dan
akseptor yang diposisikan dengan tepat pada basis masing-masing untai, sehingga
pasangan A dengan pasangan T dan G dengan C.
Saran
Semoga kedepannya praktikum ini memiliki laboratorium khusus sehingga

dapat memudahkan bagi praktikum maupun asisten. Selain itu, laboratorium
dilengkapi dengan perlengkapan yang memadai agar praktikum dapat berjalan
lancar. Untuk asisten, harapannya untuk memberikan informasi lebih detail lagi
menyangkut praktikum dan penulisan laporan untuk memudahkan praktikan.
DAFTAR PUSTAKA
ayi M. 2017. Model DNA (dokumentasi pribadi). Makassar:

UniversitasHasanuddin.
Erwinsyah R, Riandi, Mimin N. 2016. Relevansi praktikum dan perkuliahan
teoripada mata kuliah genetika. 13(1):546-553.
Faatih M. 2009. Isolasi dan digesti DNA kromosom DNA. Surakarta:
JurnalPenelitian Sains dan Teknologi. 10(1):61-67.
Fatchiyah,Estri LA. 2006. Kromosom, gen, DNA, sintesis protein, dan regulasi.
Malang: Universitas Brawijaya.
Gaffar S. 2007. Buku ajar bioteknologi molekul. Bandung: Universitas
Padjadjaran.
Irsan SAM. 2010. Uji biokimia asam nukleat dengan metode penampakan asam
nukleat tanaman.
LaksmitawatiD, Ani RP. 2005. Penghambatan ekspresi gen dengan anti sense
oligo nukleotida sebagai upaya pengobatan penyakit.Jurnal Ilmu
Kefarmasian Indonesia.3(2):92-98.
LucianusJ. 2003. Introduksi genetika molekular virus. Bandung: Jurnal Kesehatan
Masyarakat.3(1):136-145.
Nusantari E. 2011. Analisis dan penyebab miskonsepsi pada materi genetika buku
SMA kelas XII. Jurnal Pendidikan Sains. 4(2):72-85.
SoedigdoP. 1973. Tinjauan ulang mengenai biokimia DNA dan RNA serta
biosintesa protein. Jurnal Pendidikan Sains. 7(2):42-47.
Sumardjo D. 2008. Pengantar kimia: buku panduan kuliah mahasiswa kedokteran
dan program strata 1 fakultas bioeksakta. Jakarta: EGC.
Widyatmoko AYPBC, Elisabet, Selda PL, Aniek PAR. 2010. Keragaman genetik
populasi Araucaria cunninghamii menggunakan penanda RAPD(radom
amplified polymorphic DNA). Jurnal Pemuliaan Tanaman Hujan. 4(2):63-
77.
Yulent CC, Ignatius PY, Felicia Z. 2011. Keanekaragaman genetik dan
identifikasi jenis kelamin Lonchura fuscans secara molekuler.
LAPORAN PRAKTIKUM
SIMULASI HUKUM HARDY-WEINBERG

NIM : L22116316
KELOMPOK : VI(ENAM)
HARI/TANGGAL : SABTU/14 OKTOBER 2017
ASISTEN : ANDI N RELATAMI, S.Pi.,M.Si
AMRIANA, S.Pi
ELYAS
SARAH AMELIA RAYI DINI
ARWINNI MAHARANI

MAKASSAR
2017
1 PENDAHULUAN
Latar Belakang
Genetika populasi adalah salah satu cabang ilmu genetika yang mempelajari
variasi genetik dalam suatu populasi. Cabang ilmu genetika ini banyak
diaplikasikan dalam berbagai bidang, khususnya kesehatan, pemuliaan, dan
konservasi. Genetika populasi mengenali arti penting dari sifat kuantitatif, karena
cara menentukan penyebaran alel tersebut dilakukan secara matematis. Salah satu
saja frekuensi dari suatu gen diketahui dapat digunakan untuk memprediksi
frekuensi gen yang lain. Hal tersebut dapat diaplikasikan dalam mendiagnosa
segala macam penyakit genetik (Arisuryanti et al. 2007).
Hardy-Weinberg menyatakan bahwa bila suatu populasi dalam keadaan
seimbang, maka baik frekuensi alel atau genotip akan konstan dari generasi ke
generasi. Selanjutnya temuan ilmuwan itu disebut sebagai prinsip keseimbangan
Hardy-Wenberg. Seperti diketahui, fenotip yang berbeda sering kali mempunyai
nilai ekonomis yang berbeda, dan apabila ini terjadi maka diharapkan untuk
mengubah frekuensi dari alel-alel yang memproduksi fenotip, peningkatan
frekuensi alel tersebut mengontrol fenotip yang diinginkan dan mengurangi alel
yang tidak diinginkan. Jika alel yang diinginkan ditetapkan (f=100%) dan alel
yang tidak diinginkan dihilangkan (f=100%), populasi akan menghasilkan galur
murni dan akan berharga seperti brood stok (Suryo, 2005).
Gen adalah bagian kromosom atau salah satu kesatuan kimia (DNA) dalam
kromosom, yaitu dalam lokus yang mengendalikan ciri genetik suatu makhluk
hidup yang diwariskan oleh satu individu kepada keturunannya melalui suatu
proses reproduksi. Struktur gen yang dipelajari di dalam genetika meliputi
struktur kimia gen, proses pembentukannya dan pewarisannya serta perubahannya
atau mutasi. Fungsi gen dipelajari melalui peranannya di dalam sintesis
protein/enzim. Pada akhirnya genetika digunakan sebagai landasan yang
bermanfaat bagi kehidupan (Suharsono 2014).
Alel adalah gen-gen yang terdapat pada lokus yang bersesuaian di dalam sel
tubuh. Alel dapat memiliki tugas yang sama atau berlawanan untuk suatu
pekerjaan tertentu. Alel yang mempunyai tugas yang sama disebut alel homozigot.
Sedangkan, alel yang yang tugasnya berbeda disebut alel heterozigot. Alel yang
tugasnya sama, misalnya gen penentu warna hitam pada gandum yang mempunyai
pasangan gen penentu warna hitam pula. Contoh alel yang tugasnya berlawanan
adalah gen penentu warna hitam pada gandum mempunyai pasangan gen penentu
warna putih (Arisuryanti et al. 2007).
Berdasarkanpenjelasan di atas maka dianggap penting untuk melakukan
praktikum simulasi hukum Hardy-Weinberg dimanamenyangkut genetika
populasi, kesetimbangan Hardy-Weinberg menggunakan frekuensi alel dominan
dan resesif serta pewarisan sifat dari parental ke keturunannya.
Tujuan
Tujuan dari percobaan ini adalah mempelajari kesetimbangan Hardy-
Weinberg dengan menggunakan frekuensi alel dominan dan alel resesif,
mempelajari sifat dari pasangan alel yang memungkinkan untuk bersifat dominan
dan resesif dalam populasi yang diturunkan oleh parental, mengetahui pewarisan
sifat yang terlihat (fenotip) dari parental ke keturunannya dengan merujuk pada
hukum mendelian, mengetahui proporsi pewarisan sifat fenotip keturunan dari
parental dengan fenotip yang berbeda.
2 TINJAUAN PUSTAKA
Definisi hukum Hardy-Weinberg
Hukum Hardy-Weinberg adalah hukum yang menyatakan bahwa frekuensi

alel serta frekuensi genotipe yang terdapat pada suatu populasi akan selalu
konstan. Hukum Hardy-Weinberg ini berfungsi sebagai parameter evolusi dalam
suatu populasi. Bila frekuensi gen dalam suatu populasi selalu konstan dari
generasi ke generasi, maka populasi tersebut tidak mengalami evolusi. Bila salah
satu saja syarat tidak dipenuhi maka frekuensi gen berubah, artinya populasi
tersebut telah dan sedang mengalami evolusi (Daulay 2013).
Syarat berlakunya hukum Hardy-Weinberg
Ada beberapa syarat agar hukum ini dapat berjalan tanpa adanya
penyimpangan. Pertama, ukuran populasi yang cukup besar, populasi dengan
jumlah besar dapat dengan mudah memenuhi syarat hukum kesetimbangan
frekuensi gen. Karena populasi yang besar dapat mempertemukan jodoh dari tiap
pasangan alel secara acak. Kedua, populasi yang terisolasi. Bila populasi kecil dan
tidak terisolasi maka dapat dengan mudah kita memahami adanya perubahan
frekuensi gen bila ada anggota yang berpindah tempat. Ketiga, jumlah mutasi
setimbang. Mutasi yang setimbang tidak mengubah kesetimbangan anggun gen.
Jika mutasi gen tidak setimbang maka akan mengakibatkan berubahnya frekuensi
gen dalam mutasi. Keempat, perkawinan terjadi secara acak. Kelima, kemampuan
reproduksi antar individu (Panggabean 2016).
Faktor penyebab perubahan hukum Hardy-Weinberg
Faktor yang menyebabkan perubahan keseimbangan hukum Hardy-
Weinberg adalah sebagai berikut perubahan anggun gen karena kebetulan, hal ini
terutama berlaku apabila populasi itu ukurannya kecil.Terjadi arus gen
(migrasi=perpindahan) penduduk secara tidak seimbang. Mutasi tidak seimbang
yang menyebabkan munculnya alel baru atau menyebabkan perubahan
keseimbangan frekuensi alel (gen) didalam populasi. Perkawinan yang tidak acak
yang menyebabkan perubahan frekuensi gen (Muslim 2004).
Asas Hardy-Weinberg
Asas Hardy-Weinberg menyatakan bahwa frekuensi alel dan frekuensi
genotip dalam suatu populasi akan tetap konstan, yakni berada dalam
kesetimbangan dari satu generasi ke generasi lainnya kecuali apabila terdapat
pengaruh-pengaruh tertentu yang mengganggu kesetimbangan tersebut. Pengaruh-
pengaruh tersebut meliputi perkawinan tak acak, mutasi, seleksi, ukuran populasi
terbatas, hanyutan genetik, dan aliran gen (Wijayanto 2013).
Penyimpangan hukum Hardy-Weinberg
Perubahan frekuensi alel dan genotip suatu populasi merupakan indikasi

adanya mikroevolusi, yaitu evolusi yang terjadi pada tingkat kecil (gen). Apabila
frekuensi alel atau genotip menyimpang dari nilai yang diharapkan dari
kesetimbangan Hardy-Weinberg, maka populasi itu dikatakan sedang berevolusi,
sebaliknya jika frekuensi alel atau genotip sesuai dengan nilai yang diharapkan
dari kesetimbangan Hardy-Weinberg, maka populasi itu tidak dalam proses
evolusi dalam suatu ekosistem (Khoiriyah2014).
Uji Chi-Square
Uji Chi-square (X2) merupakan uji yang dapat menunjukkan adanya
penyimpangan struktur genetik terhadap hukum Hardy-Weinberg. Apabila nilai
Chi-square lebih kecil daripada nilai critical value maka populasi berada dalam
kesetimbangan Hardy-Weinberg. Chi-square test adalah uji yang dibuat dengan
tujuan data yang telah didapatkan dari hasil pengamatan sesuai dengan nilai
ekspektasinya yang juga diartikan sebagai hasil observasi sesuai dengan teori
yang ada sebelumnya (Khoiriyah 2014).
Teori peluang
Matematika merupakan ilmu yang mendasari ilmu pengetahuan lain.
Banyak permasalahan yang melibatkan model matematika yang muncul dalam
berbagai disiplin ilmu pengetahuan, salah satunya adalah dalam genetika. Bentuk
aplikasinya yaitu dalam genetika populasi. Pada perkawinan dihibrid secara acak
pada kondisi normal, jika tidak ada keterkaitan antar dua lokus maka besarnya
probabilitas genotip tertentu untuk setiap generasi adalah sama dengan
probabilitas peluang genotip pada awal generasi. Jika dalam perkawinan antar dua
lokus terdapat keterkaitan maka probabilitas genotipnya tidak sama untuk setiap
generasi. Beberapa genotip memiliki probabilitas naik dan beberapa genotip yang
lain memiliki probabilitas yang turun untuk setiap generasi. Namun kenaikan
ataupun penurunan probabilitas genotip hanya sampai pada generasi tertentu saja
dan seterusnya sama dengan probabilitas sebelumnya (Wijayanto 2013).
Waktu dan tempat

Praktikum simulasi hukum Hardy-Weinberg ini dilakukan pada hari Sabtu,
14 Oktober 2017 di ruang KP 03 Lt.1, Fakultas Ilmu Kelautan dan Perikanan,
Universitas Hasanuddin, Makassar.
Alat dan bahan
Alat yang digunakan dalam praktikum ini adalah kancing baju 50 berwarna
merah dan 50 berwarna hitam serta bolpoint untuk mencatat. Adapun bahan yang
digunakan adalah wadah kancing yang terbuat dari kertas.
Prosedur kerja
Prosedur simulasi hukum Hardy-Weinberg yaitu menyiapkan alat dan

bahan, kemudian meletakkan 100 buah kancing baju dalam wadah kotak,
mengocok kancing baju tersebut tanpa melihat isi kotak, mengambil secara acak
dua buah manik-manik. Keduanya menggambarkan data individu yang diploid di
dalam generasi berikutnya. Mencatat genotip individu yang didapat (AA, Aa, aa)
pada tabel. Kemudian mengembalikan kedua kancing baju yang telah terambil ke
dalam kotak dan mengocok isi kotak tersebut untuk mengembalikan unggul gen.
Dengan mengembalikan kancing baju ke dalam kotak setiap waktu pengambilan
berarti besar gen akan tetap dan peluang seleksi alel tetap sama dengan
frekuensinya. Selanjutnya mengulang langkah tersebut hinga mendapatkan 50
individu yang membentuk generasi baru di dalam populasi. Selanjutnya mencatat
jumlah individu diploid untuk setiap genotip pada tabel. Menghitung frekuensi
untuk ketiga macam genotip dan frekuensi alel untuk alel dominan dan resesif.
Untuk menentukan frekuensi harapan, digunakan frekuensi alel yan telah
ditentukan di awal praktikum M=p, dan H=q. Hasil frekuensi genotip dengan
rumus kesetimbangan Hardy-Weinberg : p2 + 2pq + q2 =1. Jumlah individu
harapan untuk setiap genotip diperoleh dengan mengalihkan 50 (total populasi)
dengan frekuensi harapan. Untuk membandingkan hasil pengamatan dengan
harapan, dapat digunakan uji statistik, chi-square.
Hasil
Adapun hasil yang diperoleh dalam praktikum ini adalah sebagai berikut.
Tabel 1. Data Pasangan Gen (Alel) Populasi Baru.
1. Aa 11. Aa 21. Aa 31. AA 41. Aa
2.Aa 12. AA 22. AA 32. Aa 42. AA
3. Aa 13. Aa 23. Aa 33. AA 43. Aa
4. Aa 14. AA 24. AA 34. Aa 44. Aa
5. Aa 15. AA 25. aa 35. aa 45. AA
6. AA 16. Aa 26. Aa 36. AA 46. AA
7. Aa 17. AA 27. Aa 37. aa 47. aa
8. Aa 18. AA 28. Aa 38. Aa 48. Aa
9. aa 19 Aa 29. aa 39. AA 49. Aa
10. Aa 20. Aa 30. AA 40. Aa 50. aa
Tabel 2. Frekuensi Genotip dan Alel Hasil Pengamatan dalam Populasi Baru
Genotip
AA Aa aa Jumlah Presentase
Individu 16 27 7 50 33,33%
Gen A 32 27 - 59 39,33%
Gen a - 27 14 41 27,33%
Total 48 81 21 150 100%

32% 54% 14% 100%
Presentase
Tabel 3. Frekuensi Harapan Genotip dan Alel pada Populasi Baru
Nilai pengamatan
Genotip Frekuensi alel (Jumlah Genotip/Individu)
Harapan Observed
(Expected)
P2 = (0.393)2 7,605 16
AA =0,1521
2pq=2(0,273)(0,393) 10,530 27
Aa =0,2106
q2 =(0,273)2=0,0729 3,645 7
aa
0,4356 21,78 50
Jumlah
Tabel 4. Uji Chi-square untuk Membandingkan Hasil Pengamatan dan Harapan

Genotip dan Alel pada Populasi Baru
Genotip Nilai o-e Nilai (o-e)2 Nilai e Hasil (3:4)
AA 8,395 70,476 7,605 9,267
Aa 16,470 271,261 10,530 25,760
aa 3,355 11,256 3,645 3,088
Jumlah (X2 Hitung) 38,115
Keterangan : X2 tabel (db=1, a=0,05) = 3,841
Pembahasan
Praktikum simulasi hukum kesetimbangan Hardy-Weinberg dilakukan

dengan menggunakan kancing baju yang di letakkan pada kotak kertas
melambangkan individu dalam sebuah populasi. Kemudian dengan mengambil
secara acak yang melambangkan perkawinan secara alami.Kancing baju tersebut
sebanyak dua buah yang melambangkan satu individu dengan sepasang alelA
untuk manik berwarna kuning dan a kecil untuk manik berwarna merah. Setiap
pengambilan dicatat dalam tabel dan kemudian kancing baju dikembalikan pada
kotak kertas.
Praktikum percobaan ini dilakukan adalah suatu simulasi di dalam menguji
hukum kesetimbangan Hardy-Weinberg pada suatu populasi ikan yang diwakili
oleh kancing baju. Setiap kancing baju menggambarkan gamet tunggal dan dua
warna menggambarkan alel yang berbeda di dalam gen dengan ketentuan
dominan–resesif.
Dari hasil praktikum simulasi hukum Hardy-Weinberg diketahui bahwa F
hitung lebih besar dari F tab (db = 1, a = 0,05) = 3,841. Hal itu menunjukkan
bahwa perkawinan yang telah dilakukan merupakan perkawinan tidak acak yang
melambangkan perkawinan secara tidak alami. Hukum kesetimbangan Hardy-
Weinberg dikatakan setimbang bila p + q = 1. akan tetapi di dalam suatu populasi
pada alam tidak mungkin mendekati 1. Hal ini dikarenakan adanya banyak faktor
dari alam baik faktor dari dalam maupun faktor dari luar. Faktor–faktor ini
menyebabkan perubahan dalam sebuah populasi. Hal ini biasa disebabkan oleh
kurangnya individu baru yang masuk dalam populasi tersebut sehingga
menyebabkan perkawinan antar individu menyebabkan tidak terbentuk gen pool
yang baru dalam populasi tersebut.
Hasil praktikum ini tidak sesuai dengan asas-asas hukum Hardy-Weinberg
yang menyatakan bahwa frekuensi gen (alel) selalu konstan dari generasi ke
generasi. Hal ini mungkin terjadi karena adanya penyimpangan-penyimpangan
hokum Hardy-Weinberg yang menyebabkan frekuensi gen tidak konstan. Hal ini
dapat disebabkan oleh beberapa faktor antara lain perkawinan sedarah,
perkawinan asortatif, ukuran populasi yang kecil, mutasi, seleksi alam serta
adanya aliran gen (Tanne 2017).
5 PENUTUP
Kesimpulan
Dari praktikum simulasi Hukum Hardy-Weinberg dapat disimpulkan bahwa
simulasi ini merupakan perkawinan tidak acak. Hal tersebut telihat dari Fhitung
dari empat ulangan yang menunjukkan lebih besar dari Ftab (db = 1, a = 0,05) =
3,841. Dengan kata lain, Ho tidak diterima sehingga simulasi perkawinan tersebut
merupakan perkawinan tidak acak.
Saran
Agar dapat memanfaatkan waktu dengan baik dalam praktikum, serta
praktikum sebaiknya dilaksanakan di laboratorium.
DAFTAR PUSTAKA
Arisuryanti T, Daryono BS. 2007. Genetika populasi. Yogyakarta : Universitas

Gadjah Mada.
Daulay A.H. 2013. Online pada (https://www.google.co.id/repository.usu.ac.id).
Diakses pada Senin, 16 Oktober 2017 pukul 22:32 WITA di Makassar.
Khoiriyah YN. 2014. Karakter genetik populasi bedeng 6IB desa wonokarto
kabupaten lampung timur pasca program kolonisasi pemerintah belanda.
Lampung: Jurnal Ilmiah Biologi. 2(2):132-137.
Muslim DAC, Syalfinaf M. 2004. Biologi. Jakarta: Erlangga.
Panggabean TN. 2016. Analisis tingkat optimasi algoritma genetika dalam hukum
ketetapan Hardy-Weinberg pada bin packing problem. Jakarta: Jurnal
Teknik Komputer, Sistem dan Sains. 1(2):12-18.
Suryo. 2005. Genetika. Yogyakarta: Universitas Gadjah Mada
Tanne AA. 2017. Pengujian kesetimbangan genetika Hardy-Weinberg dengan uji
chi-square pearson dan uji eksak. Yogyakarta: Universitas Sanata Dharma.
Wijayanto DA, Rusli H, Hasan M. 2013. Penerapan model persamaan diferensi
dalam penentuan probabilitas genotip keturunan dengan dua sifat beda.
Jember: Jurnal Ilmu Dasar. 14(2):79-84.
LAPORAN PRAKTIKUM
DASAR – DASAR GENETIKA IKAN
KASUS GENETIKA KUALITATIF PADA IKAN

NIM : L22116316
KELOMPOK : VI (ENAM)
HARI/TGL PRAKTIKUM : RABU, 18 OKTOBER 2017
ASISTEN : ANDI N RENITA RELATAMI, S.Pi, M.Si.
AMRIANA, S.Pi.
ADE IRMA NAHARUDDIN
PUTRI MEIRA SHYIANG SRI
UMMI KALSUM F
VIA IRMAYANI
MAKASSAR
2017
1 PENDAHULUAN
Latar Belakang
Genetika adalah sebuah cabang ilmu biologi yang berfokus pada bidang
pewarisan sifat yang terjadi pada organisme makhluk hidup (tumbuhan, hewan,
dan manusia) maupun suborganisme makhluk hidup (virus dan prion). Genetika
merupakan ilmu tentang hereditas dan variasi yang terkait dengan pengertian gen,
DNA kromosom, hubungan antara gen DNA RNA dan polipeptida serta
keterkaitan antara pembelahan mitosis dan meiosis dan pewarisan sifat. Hal
penting yang berkaitan dengan identifikasi terhadap perubahan-perubahan genetik
yaitu terjadi dalam suatu persilangan serta hubungannya dengan perubahan sifat
kuantitatif dan sifat kualitatif. Dalam ilmu genetika yang sangat berkembang,
tidak jarang terdapat kasus menyangkut ganetika kualitatif (Saefuddin 2008).
Sifat kualitatif merupakan salah satu keragaman pada individu yang
disebabkan oleh aksi beberapa pasang gen yang mempengaruhi sifat/fenotip
kualitatif, contohnya pada ikan. Pewarisan kualitatif menghasilkan beberapa kelas
sifat yang bersifat diskret, atau dapat dikategorikan dalam berbagai sifat yang
berbeda. Pewarisan karakter kualitatif mudah dibedakan karena populasi yang
jauh berbeda tetapi pada kenyataannya kelas fenotip tidak dapat dibedakan dengan
mudah, karena sering kali masih dapat diketahui adanya beberapa variasi didalam
satu kelas fenotip. Kasus genetika kualitatif pada ikan pada saat hibridisasi (kawin
silang) yaitu proses menggabungkan dua sifat yang berbeda dan diharapkan
mendapatkan sifat yang baik bagi keturunannya dapat terjadi kemungkinan
apakah dia resesif atau dominan terhadap induk yang dikawinkan, hal tersebut
tidak terlepas dari teori hukum Mendel (Fujaya 2015).
Hukum mendel merupakan hukum hereditas yang menjelaskan tentang
prinsip-prinsip penurunan sifat pada organisme. Sebelum menjadi suatu hukum,
banyak ahli biologi yang belum mengakui pendapat atau teori mendel tentang
hereditas hukum Mendel terdiri dari dua yaitu hukum Mendel I dan hukum
Mendel II. Hukum Mendel adalah hukum Segregasi pada waktu pembelahan
meiosis, anggota dari pasangan gen akan memisah, sehingga setiap gamet hanya
akan membawa 1 gen (alel) saja. Hukum Mendel II (hukum berpasangan secara
bebas) pada waktu pembelahan meiosis, anggota pasangan gen dapat berpasangan
secara bebas dengan anggota pasangan gen lainnya selama pembentukan gamet
yaitu pengelompokan secara bebas, hanya berlaku untuk lokus yang terletak pada
kromosom bukan homolog. Pada hukum mendel I dan II tidak terlepas dari
penyimpangan pada hukum Mendel (Yuwono 2003).
Penyimpangan hukum mendel adalah terjadinya perubahan rasio yang
telah ditetapkan mendel karena gen memiliki sifat yang berbeda-beda, jadi rasio
fenotipe tidak akan sama seperti yang diuraikan oleh Mendel. Seperti persilangan
monohibrid yang menghasilkan perbandingan fenotip 1:2:1 dan persilangan
dihibrid yang menghasilkan perbadingan 12:3:1, 9:7 atau 15:1. Semua hasil
tersebut tidak sesuai dengan hukum Mendel. Penyimpangan tesebut dapat terjadi
karena adanya interaksi antar alel maupun genetik (Karmana 2006).
Berdasarkan uraian diatas maka kita melakukan praktikum kasus genetika
kualitatif pada ikan dengan tujuan mengetahui rasio-rasio genotip dan fenotip
pada ikan dan penyimpangan yang terjadi pada hukum Mendel.
Tujuan dan Kegunaan
Adapun tujuan dilaksanakannya percobaan ini adalah agar praktikan

mampu menganalisis beberapa kasus dalam genetika kualitatif dan bagaimana
secara genetik hal tersebut terjadi.
Adapun kegunaan percobaan ini adalah agar praktikan dapat mengetahui
rasio genotip dan fenotip yang terbentuk dari spesies ikan baru dan dapat
menjabarkannya secara matematis.
2 TINJAUAN PUSTAKA
Hukum Mendel I
Hukum Mendel I dikenal juga dengan hukum segregasi menyatakan “pada

pembentukan gamet kedua gen yang merupakan pasangan akan dipisahkan dalam
dua sel anak”. Hukum ini berlaku untuk persilangan monohibrid yaitu persilangan
dengan hanya satu sifat beda. Secara garis besar hukum ini mencakup tiga pokok,
pertama gen memiliki bentuk-bentuk alternatif yang mengatur variasi pada
karakter turunannya. Ini adalah konsep mengenai dua macam alel yaitu alel resisif
yang tidak selalu nampak dari luar, dinyatakan dengan huruf kecil, misalnya w
dalam gambar di sebelah. Dan alel dominan yang nampak dari luar, dinyatakan
dengan huruf besar. Kedua, Setiap individu membawa sepasang gen, satu dari
tetua jantan dan satu dari tetua betina. Ketiga, Jika sepasang gen ini merupakan
dua alel yang berbeda, alel dominan akan selalu terekspresikan atau nampak
secara visual dari luar. Alel resesif yang tidak selalu terekspresikan, namun tetap
akan diwariskan pada gamet yang dibentuk pada turunannya (Suharsono 1995).
Hukum Mendel II
Hukum Mendel ini dikenal juga sebagai hukum asortasi atau hukum
berpasangan secara bebas. Menurut hukum ini, setiap gen atau sifat dapat
berpasangan secara bebas dengan gen atau sifat lain. Meskipun demikian, gen
untuk satu sifat tidak berpengaruh pada gen untuk sifat yang lain yang bukan
termasuk alelnya. Hukum Mendel ini dapat dijelaskan melalui persilangan
dihibrid, yaitu persilangan dengan dua sifat beda, dengan dua alel berbeda.
Misalnya, bentuk biji (bulat atau keriput) dan warna biji (kuning atau hijau). Pada
persilangan antara tanaman biji bulat warna kuning dengan biji keriput warna
hijau diperoleh keturunan biji bulat warna kuning. Karena setiap gen dapat
berpasangan secara bebas maka hasil persilangan antara F1 diperoleh tanaman
bulat kuning, keriput kuning, bulat hijau dan keriput hijau. Hukum Mendel hanya
berlaku untuk gen yang letaknya berjauhan. Jika kedua gen itu letaknya
berdekatan hukum ini tidak berlaku. Hukum Mendel II juga tidak berlaku yang
dinamakan persilangan monohibrid (Alimuddin 2007).
Pewarisan Sifat
Pewarisan sifat atau yang dikenal dengan hereditas merupakan suatu sifat
yang diturunkan dari induk kepada keturunannya melalui proses reproduksi. Ilmu
yang mempelajari tentang pewarisan sifat disebut dengan genetika. Pewarisan
sifat sangat ditentukan oleh kromosom dan sangat erat kaitannya dengan gen.
Teori-teori tentang pewarisan sifat adalah sebagai berikut: teori embryo teori ini
dikemukakan oleh ilmuan bernama William Harvey, yang menyatakan bahwa
semua hewan yang terdapat di dunia berasal dari telur. Pernyataan ini juga
diperkuat oleh Reiner de Graaf, peneliti pertama yang mengenal bersatunya sel
sperma dengan sel telur yang akan membentuk embrio. Peneliti bernama Reiner
de Graaf ini juga menyatakan bahwa ovarium yang terdapat pada burung yang
termasuk golongan unggas sama dengan ovarium yang terdapat pada kelinci yang
jelas bukan golongan unggas. teori preformasi, teori ini dikemukakan oleh Jan
Swammerdan, yang menyatakan bahwa telur mengandung semua generasi yang
akan datang sebagai miniatur dari organisme yang telah terbentuk
sebelumnnya.Teori epigenesis embriologi, teori ini dikemukakan oleh C.F. Wolf,
yang menyatakan bahwa ada kekuatan vital dalam benih organisme dengan
kekuatan ini menyebabkan pertumbuhan embrio menurut pola perkembangan
sebelumnya yang telah ada (Syukur et al. 2012).
Teori Plasma Nutfah
Teori ini dikemukakan oleh J. B. Lamarck, yang menyatakan bahwa
sifat yang terjadi karena rangsangan dari luar atau lingkungan terhadap struktur
fungsi organ yang diturunkan pada generasi berikutnya (Pratiwi 2002).
Teori Pengenesis
Teori ini dikemukakan oleh C. R. Darwin, yang menyatakan bahwa
setiap bagian tubuh dewasa akan menghasilkan benih-benih kecil yang disebut
gemuia yang berpengaruh terhadap keturunan berikutnya (Pratiwi 2002).
Teori Telegani
Teori ini dikemukakan oleh Ernest Haeckel, yang menyatakan
bahwa spermatozoa tersusun atas sebagian besar inti, dan inti tersebut
bertanggung jawab sebagai penurunan sifat (Pratiwi 2002).
Penyimpangan Hukum Mendel
Dalam kondisinormal, persilangan monohibrid menghasilkan

perbandingan individu keturunan 3:1 atau 1:2:1, dan persilangan dihibrid
menghasilkan individu keturunan 9:3:3:1. Namun, hasil persilangan Mendel dapat
menghasilkan perbandingan individu yang tidak tepat. Pada persilangan dihibrid,
dapat dihasilkan perbandingan yang merupakan variasi dari perbandingan 9:3:3:1
yaitu, 12:3:1:9:7 atau 15:1. Meskipun demikian, perbandingan tersebut tetap
mengikuti aturan hukum Mendel. Oleh karena itu, hasil perbandingan tersebut
dikatakan sebagai penyimpangan hukum Mendel (Senjaya 2013).
Penyimpangan tersebut terjadi karena adanya beberapa gen yang saling
memengaruhi dalam menghasilkan fenotip. Meskipun demikian, perbandingan
fenotip tersebut masih mengikuti prinsip-prinsip Hukum Mendel. Penyimpangan
semu Hukum Mendel tersebut meliputi interaksi gen, kriptomeri, polimeri, gen-
gen komplementer, dan atavisme (Senjaya 2013).
Interaksi gen
Adanya interaksi gen ini ditemukan oleh William Bateson dan R.C.
Punnet. Pada interaksi gen ini, suatu sifat tidak ditentukan oleh satu gen tunggal
pada autosom tetapi alel-alel dari gen yang berbeda dapat berinteraksi atau saling
memengaruhi dalam memunculkan sifat fenotip (Senjaya 2013).
Kriptomeri
Kriptometri berasal dari bahasa Yunani yaitu Kriptos yang berarti
tersembunyi, oleh karena itu kriptomeri dapat diartikan sebagai gen dominan yang
seolah-olah tersembunyi jika berdiri sendiri dan akan tampak pengaruhnya apabila
bersama-sama dengan gen dominan yang lainnya. Peristiwa kriptomeri ini
pertama kali ditemukan oleh peneliti bernama Correns setelah menyilangkan
bunga berjenis Linaria marocanna berwarna merah, dikawinkan dengan bunga
berjenis Linaria maroccana berwarna putih (Senjaya 2013).
Polimeri
Polimeri atau karakter kuantitatif adalah persilangan heterozigot dengan
banyak sifat beda yang berdiri sendiri, tetapi memengaruhi bagian yang sama dari
suatu organisme. Peristiwa polimeri ditemukan oleh Lars Frederik Nelson dan
Ehle, setelah melakukan percobaan dengan menyilangkan gandum berbiji merah
dengan gandum berbiji putih (Senjaya 2013).
Gen-gen komplementer
Gen-gen komplementer merupakan interaksi antara gen-gen dominan yang
berbeda, dan saling melengkapi. Jika kedua gen tersebut terdapat bersama-sama
dalam genotip, maka akan saling membantu dalam menentukan fenotip. Jika salah
satu gen tidak ada, maka pemunculan fenotip menjadi terhalang (Senjaya 2013).
Atavisme
Atavisme dapat didefinisikan sebagai peristiwa munculnya kembali sifat
keturunan pada generasi berikutnya setelah sempat menghilang pada generasi
sebelumnya. Hal ini dikemukakan oleh peneliti bernama Charles Darwin.
Misalnya padainteraksi gen pada pial ayam. Pial walnut dihasilkan dari
persilangan ayam berpial rose dan pea. Pial pea dinyatakan menghilang dan
muncul sifat di luar induknya. Setelah ayam berpial walnut disilangkan dengan
sesamanya, akan menghasilkan 4 jenis keturunan baru yaitu pial rose, pial pea,
pial walnut, dan pial single. Pada peristiwa ini, pial rose dan pea muncul kembali
setelah menghilang pada keturunan pertama (Senjaya 2013).
Waktu dan Tempat
Praktikum ini dilakukan pada hari rabu, tanggal 18 Oktober 2017. Pukul
13.00 sampai 15.50 di Aula Gedung Baru Fakultas Ilmu Kelautan dan Perikanan
Alat dan Bahan
Adapun alat dan bahan yang digunakan dalam praktikum ini adalah buku
bahan ajar yang berjudul Dasar-Dasar Genetika Ikan dan Pengembangbiakan.
Soal pemahaman genetika yang berisi ikan mas berpigmen normal
dikawinkan dengan ikan mas bergaris kuning pada spinal dorsal. Ikan guppyspina
normal abu-abu dikawinkan dengan ikan guppy spina bengkok blondi. Berapa
persen didapatkan spina normal blondi? Ikan cupang (Siamse fighting fish) warna
biru gelap dikawinkan dengan warna hijau. Berapa yang menghasilkan warna biru
logam?Ikan cupang biru mengkilat dikawinkan dengan ikan cupang hijau.
Bagaimana hasil rasio progeni untuk genotip dan fenotipnya. Mana yang
merupakan galur murni? Ikan rainbow trout golden dipijahkan dengan ikan
rainbow trout palomino. Lengkapi (%) bahwa pigmen golden menjadi galur
murni dibandingkan palomino! Ikan guppy GgCucu dikawinkan dengan ikan
guppy Ggcucu. Ada berapa perbedaan fenotip yang muncul?, stok ikan molly
didomestikasi dengan warna MMNn; MmNN; mmNN. Fenotip yang muncul
adalah?.
Prosedur Kerja
Adapun metode yang dilakukan dalam praktikum ini yaitu dengan

menjawab 7 soal yang diberika sebagai data dengan mengacu pada tabel fenotip
yang dipengaruhi oleh gen tunggal autosom dengan aksodomonan lengkap dengan
tabel genetika kualitatif dari buku Dasar-Dasar Genetika Ikan dan
Pengembangbiakan.
Langkah dalam proses mengerjakan soal tersebut yaitu: menentukan
pariental dari masing-masing individu.Menetukan fenotip dari gamet pada
masing-masing individu.Menentukan hasil persilangan berupa F1. Menentukan
hasil persilangan berupa F2. Menetukan hasil rasio fenotip dan genotip.
Menghitung hasil persentase persilangan dengan rumus:= .../16×100%
Hasil
Adapun hasil yang diperoleh dari praktikum ini adalah:
1. P : ♀ DD ><dd ♂
Tabel 1. Rasio genotip F1 Ikan mas berpigmen normal dikawinkan dengan
ikan mas bergaris kuning pada spinal dorsal.
♀/♂ D D F1:
d Dd Dd Rasio
genotip : 4
d Dd Dd
Dd
Rasio fenotip : 4 ikan mas berpigmen garis kuning pada spinal dorsal
Persentase : 100% ikan mas berpigmen garis kuning pada spinal dorsal.
Persentase fenotip dominan dan resesif yang muncul adalah:
Fenotip dominan: 100%
Fenotipe resesif: 0%
2. Ikan guppy spina normal abu-abu dikawinkan dengan ikan guppy spina
bengkok blondi.
P :♀ SnB >< Scb ♂
F1 :
Scb Scb
SnB ScSnBb ScSnBb
SnB ScSnBb ScSnBb
F2 : SnScBb >< SnScBb

SnB Snb ScB Scb
SnB SnSnBB SnSnBB ScSnBB ScSnBB
Snb SnSnBb SnSnbb ScSnBb ScSnbb
ScB SnScBB SnScBB ScScBB ScScBb
Scb SnScBb SnScbb ScScBb ScScbb
Diketahui bahawa genotip ikan guppy spina normal blondi adalah Snb,
jadi dari persilangan tersebut yang menghasilkan genotip ikan guppy spina
normal blondi yaitu SnbSnb, SnbScb, dan SnbScb. Ada 3 genotip yang
menghasilkan genotip ikan guppy spina normal blondi :3/16 x 100% = 18,
75%. Jadi yang didapatkan spina normal blondi sebesar 18,75%.
3. Ikan cupang (Siamese fighting fish) warna biru gelap dikawinkan dengan warna
hijau.
P :♀ VV >< vv ♂
F1 :
V V
v V v V v
v V v V v
Rasio genotip : 4 Vv
Rasio fenotip : 4 ikan berwarna biru logam.
Persentase : 100% ikan berwarna biru logam.
4. Ikan cupang biru mengkilat dikawinkan dengan ikan cupang hijau

P :♀ VV >< vv ♂
F1 :
V V
V V v V v
V V v V v
Rasio genotip : 4 Vv
Rasio fenotip : 4 ikan berwarna biru .
Persentase : 100% ikan berwarna biru.
Rasio progeny:
Ragam silangan Rasio genotip Rasio fenotip
SB (VV) x Hi (vv) Semua Vv Semua Bi(biru)
Persilangan tidak menghasilkan galur murni.
5. Ikan rainbow trout golden dipijahkan dengan ikan rainbow trout

palomino.
P :♀ G’G’ >< G’G ♂
F1 :
G ’ G ’
G ’ G ’ G ’ G ’ G ’
G G ’ G G ’ G
Rasio genotip : 2 G’G’ dan 2 G’G

Rasio fenotip : 2 ikan rainbow trout golden dan 2 ikan rainbow trout
palomino.
Persentase : 50% ikan rainbow trout golden dan 50% ikan rainbow trout
Palomino
Jadi, 50% yang merupakan golden adalah galur murni.
6. Ikan guppy GgCucu dikawinkan ikan guppy Ggcucu

P :♀ GgCucu >< Ggcucu ♂
F1 :
Gcu Gcu gCu Gcu
G GGCucu GGcucu GgCucu Ggcucu
cu
G GGCucu GGcucu GgCucu Ggcucu
cu
G GgCucu Ggcucu ggCucu Ggcucu
cu
g GgCucu Ggcucu ggCucu Ggcucu
cu
Rasio genotype: 2 GGCucu : 4 GgCucu : 2 ggCucu : 2 GGcucu : 4 Ggcucu : 2

ggcucu
Rasio fenotipe: 2 abu-abu duri punggung normal : 4 abu-abu duri punggung
normal : 2 emas duri punggung normal : 2 abu-abu duri
punggung bengkok : 4 abu-abu duri punggung bengkok : 2
emas duri punggung bengkok.
Jadi perbedaan fenotip yang muncul ada 4 yaitu abu-abu duri punggung
normal, emas duri punggung normal, abu-abu duri punggung bengkok, dan
emas duri punggung bengkok.
7. Stok ikan molly didomestikasi dengan warna MMNn; MmNN; mmNN.

Genotip MMNn (3 gen +).
Genotip MmNN (3 gen +).
Genotip mmNN (2 gen +)
Dengan aksi gen aditif meskipun terdapat jumlah gen plus yang sama
maka ikan-ikan tersebut masih dapat dibedakan fenotipnya, khususnya pada
usia muda. Pada usia dewasa (mature), maka bila genotip memiliki jumlah
gen plus sama akan memberikan fenotip yang sama. Genotip MMNn dan
MmNN memiliki jumlah gen plus yang sama maka akan memiliki fenotip
yang sama. Sedangkan mmNN memiliki jumlah gen plus berbeda sehingga
akan menghasil genotip yang berbeda dari genotip MMNn dan MmNN.
Fenotip yang muncul dari genotip MMNn dan MmNN yaitu hitam agak
gelap dan iris hitam, setelah dewasa semua hitam gelap dan sedangkan fenotip
yang muncul dari genotip mmNN yaitu bertitik-titik hitam, iris terang setelah
dewasa titik hitam menjadi lebih lengkap.
Pembahasan
Pada (tabel 1) persilang antaraikan mas berpigmen normal (DD) dikawinkan

dengan ikan mas bergaris kuning pada spinal dorsal (dd). Menghasilkan rasio
genotip Dd, Dd, Dd dan Dd atau 4 Dd. Jadi rasio fenotipnya yaitu ikan mas
berpigmen garis kuning pada spinal dorsal dengan presentase fenotip dominan
yaitu 100% dan fenotip resesif 0%. Pada (tabel 2) persilangan ikan guppy spina
normal abu-abu dikawinkan dengan ikan guppy spinal bengkok blondi. Diketahui
bahwa genotip ikan guppy spina normal blondi adalah Snb, jadi dari persilangan
tersebut yang menghasilkan genotip ikan guppy spinal normal blondi yaitu,
SnbSnb, SnbScb, dan SnbScb. Ada 3 genotip yang menghasilkan genotip ikan
guppy spinal normal blondi3/16 x 100% = 18, 75%. Jadi yang didapatkan spinal
normal blondi sebesar 18,75%. Pada (tabel 3) persilangan antara Ikan cupang
(Siamese fighting fish) warna biru gelap (VV) dikawinkan dengan Ikan cupang
(Siamese fighting fish)warna hijau (vv). Menghasilkan rasio fenotip Vv, Vv, Vv,
dan Vv dan rasio fenotipnya menghasilkan 4 ikan berwarna biru gelap. Jadi
presentase hasil persilangannya 100% ikan berwarna biru gelap. Pada (tabel 4)
Ikan cupang biru mengkilat (VV) dikawinkan dengan ikan cupang hijau (vv)
menghasilkan rasio genotip Vv, Vv, Vv, Vv dan rasio fenotip menghasilkan ikan
cupang berwarna biru mengkilat. Jadi presentasi hasil persilangannya 100 %. Pada
(tabel 5) persilangan antara Ikan rainbow trout golden (G’G’) dipijahkan dengan
ikan rainbow trout palomino(G’G) menghasilkan rasio genotip G’G’, G’G’, G’G,
G’G dan rasio fenotip menghasilkan 2 ikan rainbow trout golden dan 2 ikan
rainbow trout palomino. Persentasenya 50% ikan rainbow trout golden dan 50%
ikan rainbow trout palomino. Jadi, 50% yang merupakan golden adalah galur
murni.Pada (tabel 6) persilangan antara Ikan guppy GgCucu dikawinkan ikan
guppy Ggcucu. Menghasilkan rasio genotip 2 GGCucu : 4 GgCucu : 2 ggCucu : 2
GGcucu : 4 Ggcucu : 2 ggcucu dan rasio fenotip: 2 abu-abu duri punggung normal
: 4 abu-abu duri punggung normal : 2 emas duri punggung normal : 2 abu-abu
duri punggung bengkok : 4 abu-abu duri punggung bengkok : 2 emas duri
punggung bengkok. Jadi perbedaan fenotip yang muncul ada 4 yaitu abu-abu duri
punggung normal, emas duri punggung normal, abu-abu duri punggung bengkok,
dan emas duri punggung bengkok.
Berdasarkan hasil praktikum diketahui bahwa sifat dari orang tua dapat
diturunka ke anak-anaknya, ini dikenal dengan teori pewarisan sifat. Rasio hasil
tabel tidak sesuai dengan rasio dari hukum mendel dimana pada hukum mendel
mempunyai rasio 1:2:1 dan 9:3:3:1. Hal ini terjadi karena adanya penyimpangan-
penyimpangan hukum mendel. Penyimpangan tersebut adalah Komplementer,
merupakan bentuk interaksi yang saling melengkapi maksudnya, jika salah satu
gen tidak muncul maka sifat yang dimaksud oleh gen tersebut juga tidak akan
muncul atau muncul tidak sempurna. Polimeri, adalah dua gen atau lebih yang
menempati lokus berbeda tetapi memiliki sifat yang sama. Penyimpangan
berikutnya yaitu.Epistasis-hipostasis merupakan suatu peristiwa dimana suatu gen
dominan menutupi pengaruh gen dominan lain yang bukan alelnya. Gen yang
menutupi disebut epistasis, dan yang ditutupi disebut hypostasis.Kriptomeri,
merupakan suatu peristiwa dimana suatu faktor tidak tampak pengaruhnya bila
berdiri sendiri, tetapi baru tampak pengaruhnya bila ada faktor lain yang
menyertainya. Gen letal (gen kematian) adalah gen yang dalam keadaan
homozigot menyebabkan kematian pada individu (Westra 1994).
5 PENUTUP
Kesimpulan
Dari praktikum kasus genetika kualitatif dapat diketahui kesimpulannya

bahwa genetika kuantitatif adalah cabang ilmu genetika yang membahas
pewarisan sifat secara terukur, dan tidak bias dijelaskan secara langsung melalui
hokum pewarisan Mendel. Genetika kuantitatif menerapkan hokum pewarisan
Mendel untuk gen dengan pengaruh yang kecil atau lemah. Selain itu,
diasumsikan pula bahwa tidak hanya sedikit gen yang mengendalikan suatu sifat
melainkan banyak gen. Karena itu, sifat kuantitatif sering disamakan dengan sifat
poligenik. Dalam memecahkan kasus genetika kualitatif, ilmu ini banyak
menggunakan matematika dan statistika dalam metodologinya.
Saran
Sebaiknya dibuatkan laboratorium khusus untuk menunjang kegiatan

praktikum, dalam hal ini percobaan untuk mempelajari hukum Mendel dan untuk
asisten agar lebih sabar dalam membimbing praktikan.
DAFTAR PUSTAKA
Alimuddin. 2007. Metode cepat untuk identifikasi sigositas pada ikan transgenik.
Jurnal akuakultur indonesia, 6(2): 177–182.
Fujaya Y. Asmi C. M. dan Andi A. H. 2015. Buku panduan praktik dasar genetika
organisme akuatik. Makassar : FIKP UNHAS.
Karmana O. 2006. Biologi. Jakarta : Grafinda miltra utama.
Pratiwi C. 2002. Pewarisan sifat ketenggangan aluminium pada padi gogo (Oryza
sativa L.) dikultur hara. Bogor: Institut Pertanian Bogor.
Saefuddin. 2007. Genetika. Bandung Universitas pendidikan Indonesia Bandung.
Senjaya S.K. 2013. Pewarisan genetik transgen Hd3a pada tanaman Nicotiana
benthamiana transgenik. Bogor: Institut Pertanian Bogor.
Suharsono. 1995. Sterilitas jantan pada tanaman. Jurnal hayati, 2(1): 1-7.
Syukur M, Sriani S, Rahmi Y. 2012. Teknik pemuliaan tanaman. Jakarta :
Penebar Swadaya.
Westra. 1994. Dasar-dasar genetika ikan dan pengembangbiakan. Surabaya:
UNAIR Press.
Yuwono T. 2003. Biologi molekular. Yogyakarta : Universitas Gadjah Mada
Press.
LAPORAN PRAKTIKUM
ANALISIS DNA

NIM : L221 16 316
HARI/TGL PRAKTIKUM : RABU, 01 NOVEMBER 2017
ASISTEN : ANDI N RENITA RELATAMI, S.Pi. M,Si
AMRIANA, S.Pi
ANDI SYARI RAMDHANI

MAKASSAR
2017
1 PENDAHULUAN
Latar Belakang
Genetika adalah cabang ilmu biologi yang mempelajari tentang pewarisan

(penurunan karakteristik dari orang tua atau induk kepada keturunannya) dan
variasi (berbagai perbedaan yang tampak di antara semua makhluk hidup). Di
muka bumi ini tidak ada orang yang persis sama bahkan kembar identik, yang
memiliki komposisi genetik yang sama, tidak persis sama. Keunikan tersebut
disebabkan oleh gen. Gen dalam tubuh diwariskan dari kedua orang tua, separuh
dari ibu dan separuh dari ayah. Itulah mengapa seringkali kita tampak mirip
dengan orang tua dan saudara (Brookes 2005).
Ekstraksi DNA merupakan prosedur rutin dalam analisis molekuler.
Masalah-masalah dalam ekstraksi DNA masih merupakan hal penting yang perlu
diatasi. Jumlah dan kualitas DNA hasil ekstraksi bervariasi tergantung dari spesies
tanaman sehingga mempengaruhi analisis lebih lanjut seperti hibridisasi DNA,
pemotongan DNA dengan enzim restriksi maupun analisis dengan polymerase
chain reaction(PCR). Random amplified polymorphic DNA(RAPD) merupakan
salah satu marka molekuler berbasis PCR yang banyak digunakan dalam
mengidentifikasi keragaman pada tingkat intraspesies maupun antarspesies.
Teknik ini mendeteksi polimorfisme ruas nukleotida pada DNA dengan
menggunakan sebuah primer tunggal yang memiliki rangkaian nukleotida acak.
Pada reaksi PCR-RAPD ini, sebuah primer menempel pada DNA genomik pada
dua tempat berbeda dari DNA komplementer. Jika tempat penempelan primer ini
berada pada daerah yang dapat diamplifikasi, maka hasil DNA tertentu dapat
dihasilkan melalui amplifikasi siklus termal. Umumnya masing-masing primer
menyebabkan amplifikasi beberapa lokus (Pharmawati 2009).
Ekstraksi DNA dilakukan untuk memisahkan jaringan dan sel DNA pada
sampel. DNA diekstrak dari sel-sel sampel untuk kemudian diamankan dari
kerusakan akibat kerja enzim dNase. Ekstraksi DNA dilakukan menggunakan
extraction kit. Jaringan yang telah halus direaksikan dengan reagen dari IQ Plus
Extraction Kit Selanjutnya ekstrak disentrifus sehingga diperoleh DNA yang
akan dipakai dalam tahap kedua proses uji PCR. Hasil ekstraksi DNA pada tahap
pertama kemudian digandakan (amplifikasi) (Yanti et al. 2017).
PCR adalah suatu metode in vitro untuk menghasilkansejumlah besar
fragmen DNA spesifik dengan panjangdan sekuens yang telah ditentukan dari
sejumlah keciltemplate kompleks. PCR merupakan suatu tekhniksangat kuat dan
sensitif yang dapat diaplikasi dalam berbagai bidang seperti biologi molekuler,
diagnostic, genetika populasi dan analisis forensic PCR didasarkan pada
amplifikasi enzimatik fragmenDNA dengan menggunakan dua oligonukleotida
primer yang komplementer dengan ujung 5 dari kedua rantaisekuens target.
Oligonukleotida ini digunakan sebagaiprimer (primer PCR) untuk memungkinkan
DNA template dikopi oleh DNA polymerase. Untuk mendukung terjadinya
annealing primer ini pada template pertama kali diperlukan pemisahan untai DNA
yang double stranded melalui pemanasan. Suhu reaksi selanjutnya diturunkan
untuk membiarkan terjadinya perpasangan sekuens dan akhirnya reaksi
polimerisasi dilakukan oleh DNA polymerase untuk membentuk DNA
komplementer. Proses ini dikenal dengan siklus PCR. Hasil dari PCR ini adalah
akumulasi eksponensial fragmen target spesifik lebih dari berjuta kali lipat dalam
beberapa jam. Teknik ini juga mampu memperbanyak molekul target tunggal
dalam suatu campuran RNA dan DNA kompleks (Anggereini 2008).
Berdasakan uraian diatas maka perlu dilakukan praktikum Analisis DNA
untuk mengetahui cara mengekstaksi suatu DNA.
Tujuan Praktikum
Tujuan percobaan ini adalah mahasiswa mampu melakukan ekstraksi DNA

secara sederhana dan mengamati presipitasi DNA.
2 TINJAUAN PUSTAKA
Genetika
Genetika adalah cabang biologi yang mempelajari sifat pada organisme

maupun suborganisme atau secara singkat adalah ilmu tentang gen dan segala
aspeknya. Populasi adalah sekumpulan individu sejenis (spesies) yang memiliki
kemampuan bereproduksi di antara sesamanya, yang mendiami suatu ekosistem
pada selang waktu tertentu. Jadi dapat diartikan bahwa genetika populasi adalah
cabang ilmu genetika yang membahas transmisi bahan genetik pada ranah
populasi. Genetika populasi tidak hanya terbatas pada tingkat spesies, tetapi
hingga tingkat subspesies atau strain/varietas. Genetika populasi mempelajari
komposis genetik suatu populasi dan perubahannya sebagai akibat dari faktor
internal dan eksternal, ilmu ini erat kaitannya dengan gen (Irmawati 2003).
DNA (Deoxyribonucleic Acid)
DNA (Deoxyribonucleic Acid) adalah persenyawaan kimia yang terpenting

pada makhluk hidup yang membawa keterangan genetik dari generasi ke generasi
berikutnya. DNA merupakan susunan kimia molekular yang kompleks dan
terdiri
atas banyak nukleotida yang terangkai menjadi polinukleotida yang panjang.
Di dalam sel, bagian terbesar dari DNA terdapat dalam nukleus, terutama dalam
kromosom. Satu molekul DNA terdiri dari dan rantai nukleotidayang tidak identik
tetapi merupakan komplemen datu dengan yang lain. Dikatakankomplemen
karena rantai nukleotida yang satu mengandung basa – basa organik yang tidak
sama dengan basa organik dihadapannya. Basa Adenin (A) selalu berpasangan
dengan Timin (T) sedangkan Guanin (G) selalu berpasangan dengan Sitosin (C).
kedua basa diikat dengan ikatan hidrogen yang lemah. Rangkaian gugusangula
dan fosfat kedua 17 rantai nukleotida itu sama, tetapi mempunyai arah yang
terbalik (3’ à5’ dan 5’ à3’). Bagian ini disebut juga rantai tulang punggung
(backbone chine). Kedua rantai nukleotida yang merupakan tangga tali
membentuk pilinan (spiral) yang disebut double helix (Nursida 2011).
PCR (Polymerase Chain Reaction)
Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah suatu metode enzimatis untuk

amplifikasi DNA dengan cara in vitro.Pada proses PCR diperlukan beberapa
komponen utama, yaitu DNA cetakan, Oligonukleotida
primer,Deoksiribonukelotida trifosfat (dNTP),Enzim DNA Polimerase,dan
Komponenpendukung lain adalah senyawa buffer.Pada proses PCR menggunakan
menggunakan alat termosiklus. Sebuah mesin yang memiliki kemampuan untuk
memanaskan sekaligus mendinginkan tabung reaksi dan mengatur temperatur
untuk tiap tahapan reaksi.Ada tiga tahapan penting dalam proses PCR yang selalu
terulang dalam 30-40 siklus dan berlangsung dengan cepatyaitu denaturasi,
anneling, dan pemanjangan untaiDNA. Produk PCR dapat diidentifikasi melalui
ukurannya dengan menggunakan elektroforesis gel agarosa. Teknik PCR dapat
dimodifikasi kedalam beberapa jenis diantaranya: PCR-RFLP, PCR-RAPD,
nested-PCR,Quantitative-PCR, RT-PCR dan inverse-PCR (Yusuf 2010).
Prinsip Metode PCR
PCR merupakan suatu teknik amplifikasi DNA secara in vitro yang mampu
mengamplifikasi segmen tertentu dari keseluruhan genombakteri. Proses
amplifikasi PCR melibatkan variasi suhu yang mendekati suhu didih air, jadi
diperlukan enzim polimerase yang tetap stabil dalam temperatur yang tinggi. Pada
proses PCR, enzim polimerase yang digunakan berasal dari bakteri Thermus
aquaticus yang hidup di lingkungan bersuhu lebih dari 90˚C (Kusuma 2010).
Adapun tiga tahap pengulangan yang penting dalam proses PCR yang
pertama. Denaturasi, pada tahap ini molekul DNA dipanaskan sampai suhu 94˚C
yang mnyebabkan terjadinya pemisahan untai ganda DNA menjadi untai DNA
tunggal. Untai DNA tunggal inilah yang menjadi cetakan bagi untai DNA baru
yang akan dibuat. Tahap kedua, Penempelan (Annealing) Enzim Taq polimerase
dapat memulai pembentukan suatu untai DNA baru jika ada seuntai DNA
berukuran pendek (DNA yang mempunyai panjang sekitar 10 sampai 30 pasang
basa) yang menempel pada untai DNA target yang telah terpisah. DNA yang
pendek ini disebut primer.Agar suatu primer dapat menempel dengan tepat pada
target, diperlukan suhu yang rendah sekitar 55˚C selama 30-60 detik. Tahap
terakhir Pemanjangan (Ektension), setelah primer menempel pada untai DNA
target, enzim DNA polimerase akan memanjangkan sekaligus membentuk DNA
yang baru dari gabungan antara primer, DNA cetakan dan nukleotida.Ketika tiga
tahap di atas dilakukan pengulangan, maka untai DNA yang baru dibentuk akan
kembali mengalami proses denaturasi, penempelan dan pemanjangan untai DNA
menjadi untai DNA yang baru. Pengulangan proses PCR akan menghasilkan
amplifikasi DNA cetakan baru secara eksponensial (Kusuma 2010).
Pengukuran Kemurnian DNA

Konsentrasi DNA hasil ekstraksi dapat diketahui dengan metode
spektrofotometer dengan menggunakan alat Genequant pada panjang gelombang
A260/280 nm. Kemurnian DNA dikatakan murni jika angka pada gelombang
A260/280 berada diantara 1,8 – 2,0. Selain itu kualitas DNA yang telah
diekstraksi dilihat melalui analisis eletroforesisgel agarosa. Amplifikasi DNA
dilakukan dengan 2 tahapan yaitu, Amplifikasi first PCR, denaturasi : 94˚C 30
detik; 62˚C 30 detik; 72˚C 30 detik, selama 5 siklus, kemudian annealing : 94˚C
15 detik; 62˚C 15 detik; 72˚C 20 detik selama 15 siklus, selanjutnya extension:
72˚C 30 detik; 20˚C 30 detik; dan extansion akhir pada suhu 4˚C. Dan yang
kedua Amplifikasi Nested PCR, 94˚C 20 detik; 62˚C 30 detik; 72˚C 30 detik
selama 25 siklus, tambahkan 72˚C 30 detik; 20˚C 30 detik diakhir siklus setelah
itu dilanjutkan ke proses elektoforosis tahap ini berfungsi sebagai pembuktian
sampel yang diekstrak positif atau negatif (Hidayani et al. 2015).
Amplifikasi dan Elektroforesis
Amplifikasi atau perbanyakan DNA dilakukan dengan mencampur DNA

template (Isolat DNA sampel uji) dengan reagen dari IQ plus WSSV Kit.
Amplifikasi DNA dilakukan dengan bantuan thermocycler atau dikenal dengan
alat PCR. DNA hasil amplifikasi dianalisa lebih lanjut menggunakan
elektroforesis untuk dapat melihat apakah sampel yang diperiksa positif atau
negatif terinfeksi virus VNN. Pada prinsipnya adalah DNA yang bermuatan
negatif akan berpindah jadi muatan positif dalam medan listrik. perpindahan
tersebut tergantung pada kondisi buffer, suhu, durasi waktu, konsentrasi gel dan
ukuran molekul.Tahapan dalam proses elektroforesis adalah pembuatan Gel
Agarose, elektroforesis, dan pewarnaan (Fitriatin dan manan 2015).
WSSV merupakan patogen yang paling serius menyerang udangdan telah
menghancurkan industri perudangan di berbagai negara. Virus tersebut sangat
ganas dan sangat sulit dihentikan serta dapat menyebabkan kematian 100% udang
peliharaan dalam waktu 3-10 hari sejak gejala klinis muncul (Arafani et al. 2016).
Waktu dan Tempat
Praktikum Analisi DNA dilakukan pada Rabu, 1 November 2017 pukul

14.00 WITA. Adapun tempat pelaksanaannya Laboratorium Parasit dan Penyakit
Ikan,Program Studi Budidaya Perairan, Fakultas Ilmu Kelautan dan Perikanan,
Alat dan Bahan
Adapun bahan yang digunakan dalam Analisis DNA adalah 10x isolasi
DNA Buffer, dengan komposisi: (100 mM Tris HCI (pH 8,0), 200 mM NaCl, 200
mM EDTA dan 1% SDS) dan proteinase K (20 mg/ml)
Prosedur Kerja
a. Tissue/jaringan sampel dimasukkan ke dalam tube 1,5 ml, disimpan on ice.

b. Tambahkan campuran/mix Lysis Solution sebanyak 50 l, yang terdiri dari :
- 5 l 10x Isolasi DNA Buffer
- 2 l Proteinase K
- 43 l SDW (Aquabidest steril)
c. Diinkubasi pada temperatur 55-60 ºC selama 2 jam atau sampai semua tissue
telah mengalami lysis.
d. Setelah lysis, kemudian diinkubasi lagi pada temperatur 100 ºC selama 5
menit.
e. Dinginkan pada suhu ruang, lalu tambahkan 50 l SDW, vortex.
f. Sentrifuse dengan kecepatan 15.000 rpm selama 5 menit.
g. Supernatan yang terbentuk merupakan larutan DNA dan siap digunakan
untuk proses selanjutnya.
Ekstraksi DNA
a. Penghancuran Sel (Cell Lysis)

1. Semua peralatan yang akan digunakan dalam pembuatan ekstraksi DNA
diautoclave.
2. Sampel udang ditimbang sebanyak 10-20 mg, lalu dimasukkan ke dalam
tabung evendorf (1,5 ml).
3. 100-200 l Cell Lysis Solution ditambahkan ke dalam tabung yang diletakkan
di atas es lalu jaringan digerus hingga homogen. Kemudian 200 l Cell Lysis
Solution kembali ditambahkan ke dalam tabung dan dihomogenkan.
4. 0,5l Proteinase K ditambahkan ke dalam tabung dan diaduk dengan
menggunakan pipet.
5. Tabung berisi suspensi kemudian diinkubasi pada suhu 55 ºC selama 3-24 jam.
b. Eliminasi RNA
1. 0,5-1 l Rnase dimasukkan ke dalam setiap tabung lalu diaduk dengan
membolak-balikkan tabung sebanyak 25 kali. Kemudian diinkubasi pada suhu
37 ºC selama 15-60 menit.
2. Setelah inkubasi selesai, homogenat didinginkan pada suhu ruang.
c. Pengendapan Protein
1. 30-40 l Protein Precipitation Solution ke dalam larutan homogenat lalu
divortex pada kecepatan tinggi selama 20 detik.
2. Kemudian homogenat disentrifuse pada kecepatan 14.000 rpm selama 3 menit
hingga terbentuk endapan protein dan larutan yang mengandung DNA.
d. Pengendapan DNA
1. Larutan supernatan yang terbentuk dituangkan dengan hati-hati ke dalam
tabung baru yang telah berisi 200 l Larutan Isopropanol 100 %.
2. Tabung yang berisi larutan DNA ini kemudian diaduk dengan membolak-
balikkan tabung sebanyak 50 kali hingga terlihat untaian pita DNA yang
berwarna putih.
3. Kemudian tabung tersebut disentrifuse dengan kecepatan 14.000 rpm selama 1
menit hingga terbentuk pelet DNA di dasar tabung.
4. Larutan supernatan dibuang dan tabung dikeringkan di atas kertas tissue.
5. 200 l Larutan Etanol 70 % dingin, kemudian dimasukkan ke dalam tabung
yang berisi pelet DNA. Lalu tabung dibolak-balik beberapa kali untuk
membilas sisa-sisa DNA yang berada di dinding tabung.
6. Tabung disentrifuse pada kecepatan 14.000 rpm selama 1 menit.
7. Kemudian larutan etanol dibuang dengan hati-hati, lalu tabung dikeringkan
diatas kertas tissue dan dibiarkan kering udara selama 15 menit.
8. Pelet DNA yang terbentuk dilarutkan kembali dengan menambahkan 20 l
akuades steril (SDW) ke dalam tabung.
9. Kemudian larutan DNA disimpan dalam freezer atau langsung digunakan
untuk proses selanjutnya.
Pengukuran Konsentrasi DNA dan RNA
a. Larutan DNA diencerkan terlebih dahulu 10-20 kali (tergantung pada hasil
ekstraksi).
b. Alat Gene Quant dinyalakan, dan kuvet dikeluarkan dari tempat penyimpanan
lalu dibilas dengan akuades.
c. Kalibrasi dilakukan dengan mengukur absorbansi pelarut (SDW untuk DNA),
dengan memasukkan 70 l pelarut tersebut ke dalam kuvet. Kemudian kuvet
dimasukkan ke dalam alat, lalu tekan tombol “set ref”, hasil pembacaan akan
menunjukkan nilai absorbansi 0,000. Dilanjutkan dengan pengukuran
konsentrasi DNA atau RNA.
d. Kuvet yang akan digunakan, dibilas terlebih dahulu dengan 20 l larutan DNA
yang akan diukur. Setelah itu larutan asam nukleat yang akan
diukurdimasukkan dalam kuvet sebanyak 70 l dan kuvet ditempatkan di
dalam alat.
e. Setelah tombol “sample” ditekan dan konsentrasi larutan sudah terbaca, kuvet
dikeluarkan dan dibilas dengan akuades.
PCR (Polymerase Chain Reaction)
a. Preparasi sampel dapat dilakukan dengan beberapa cara sesuai dengan Taq
Polymerase yang digunakan :
Menggunakan ExTaq Polymerase
1. Pembuatan larutan premix yang terdiri dari :
Bahan Jumlah
10 x Buffer Ex 2,50 l x jumlah sampel x
Taq 1,1
DNTP 2,00 l x jumlah sampel x
1,1
Primer
 Forward 1,00 l x jumlah sampel x

 Reverse
1,1
1,00 l x jumlah sampel x
1,1
Ex Taq 0,25 l x jumlah sampel x
1,1
2. Larutan premix dibagi ke dalam masing-masing mikrotube sebanyak 6,75l,

yang telah berisi SDW (Sterile Distillated Water) sebanyak 17,25 l.
3. Masukkan masing-masing sampel DNA sebanyak 1 l sehingga volume akhir
tiap mikrotube adalah 25 l.
Menggunakan Pure Taq Ready-To-Go-PCR Beads
Tambahkan pada tube yang berisi PCR Beads masing-masing bahan berisi
berikut ini, hingga volume akhir setiap mikrotube adalah 25 l.
Sampel 2 l
DNA
Primer 2 l
Forward
Primer 2 l
Reverse
SDW 19 l
Total 25 l
Volume
b. Masukkan masing-masing mikrotube ke dalam mesin PCR yang telah

diprogram sebagai berikut :
Proses S Lama
uhu Waktu
Pengkondisia 9 4 menit
n Awal 4 ºC
Siklus PCR :
Denaturasi 9 0,45
Annealing 4 ºC detik
Extension 5 0,45
0 ºC detik
7 90 detik
2 ºC
Penstabilan 7 7 menit
2 ºC
Note : Suhu annealing disesuaikan dengan sekuen primer yang digunakan.

Setelah proses PCR mencapai 30 ulangan dan mesin menunjukkan suhu 4
ºC, mesin dimatikan dan hasil PCR disimpan di dalam refrigerator untuk
selanjutnya dapat dielektroforesis.
Elektroforesis
Proses elektroforesis dimulai dengan pembuatan gel agarose yang

kepekatannya disesuaikan dengan sampel yang akan dicek, yaitu sebagai berikut :
N Jenis Sampel Konsentras
o. i Gel
1 Hasil 0,8-1 %
. ekstraksi DNA
2 Hasil PCR 1%
.
3 Hasil restriksi 1,5-2 %
a. Cara pembuatan gel agarose

1. Larutkan serbuk agarose dalam larutan Tris Borate EDTA (TBE) yang
mengandung Ethidium Bromide (30 l/1 liter TBE).
2. Panaskan dalam microwave selama 1,5 menit/larutan sampai menjadi bening.
3. Larutan dibiarkan sampai hangat kemudian dituangkan ke dalam cetakan yang
telah dilengkapi sisir/comb sebagai cetakan sumur/well elektroforesis.
4. Gel dibiarkan membeku, kemudian dimasukkan ke dalam bak elektroforesis
yang telah berisi larutan buffer elektroforesis.
b. Prosedur Elektroforesis
1. ± 3 l volume sampel yang akan di cek dicampur dengan 0,5l loading buffer
yang mengandung bahan pemberat DNA dan pewarna (Bromophenol Blue).
2. Campuran dimasukkan ke dalam sumur-sumur elektroforesis.
3. Bak elektroforesis ditutup dan listrik dialirkan dengan tegangan 250 volt dan
kuat arus 80-100 mA.
4. Setelah DNA bermigrasi dari kutub negatif ke kutub positif mencapai ¾
bagian dari panjang gel, maka proses elektroforesis dapat dihentikan.
5. Gel diangkat dari bak elektroforesis dan dilepaskan dari cetakan untuk
selanjutnya diamati dengan menggunakan ultraviolet transluminator dengan
panjang gelombang pendek (280 nm).
Hasil
Adapun hasil ekstraksi DNA udang vaname pada praktikum analisis DNA
yaitu sebagai berikut:
1 2 3 4 5 6 7 M
100
bp
200 bp
300 bp
436 bp
500 bp
Gambar 1. Visualisasi positif sampel dan standar infeksi white spot syndrome
virus (WSSP), 1. Sample infeksi WSSV yang parah (severe); 2.
Sampel infeksi moderat (moderate); 3.Sampel infeksi ringan (very
light); 4.Sampel WSSV (+) standar; 5.Sampel infeksi ringan (very
light); 6. Sampel negatif WSSV; 7. Sampel Negatif control (Yeast
tRNA atau ddH2O).
Pembahasan
Hasil gambar diatas menunjukkan hasil ekstraksi DNA pada udang vaname (Litopenaeus
vannamei) memiliki hasil kemurnian di luar kisaran menunjukkan kemungkinan terdapat
kontaminan protein, polisakarida, sisa-sisa larutan ekstraksi ataupun terdegradasi pada hasil ekstraksi
yang dapat disebabkan oleh proses ekstraksi belum optimal. Adanya kontaminan pada DNA hasil
dapat mempengaruhi jelas dan cerahnya pita hasil visualisasi hasil PCR. Selai itu adanya kontaminan
atau ketidak sesuaian dapat menyebabkan munculnya smear pada jalur pita hasil visualisasi.
Berdasarkan hasil dari uji PCR udang vaname (Litovenaeus vannamei) terinfeksi WSSV pada bp
436 yaitu antara bp 400 dan 500 (Hidayani et al. 2015).
Ekstraksi DNA dilakukan untuk memisahkan jaringan dan sel DNA pada sampel. DNA
diekstrak dari sel-sel sampel untuk kemudian diamankan dari kerusakan akibat kerja enzim dNase.
Ekstraksi DNA dilakukan menggunakan extraction kit. Jaringan yang telah halus direaksikan dengan
reagen dari IQ Plus Extraction kit selanjutnya ekstrak disentrifus sehingga diperoleh DNA yang
akan dipakai dalam tahap kedua proses PCR. Hasil ekstraksi DNA pada tahap pertama kemudian
digandakan atau dengan kata lain amplifikasi (Yanti et al. 2017)
Elektroforesis merupakan metode analisis fisika berdasarkan kecepatan migrasi partikel
bermuatan yang terlarut atau terdispersi, dalam larutan elektrolit dibawah medan listrik. Prinsip
pemisahan dengan elektroforesis gel adalah pemisahan suatu molekul organik dari campurannya
melalui suatu gel dalam suatu medan listrik. Pemisahan terjadi tergantung pada muatan, bentuk dan
ukuran. Elektroforesis gel digunakan untuk memisahkan atau melihat kemurnian DNA atau protein
yang tidak bisa diperoleh dengan metode lain seperti gradient sentrifugasi. Media yang banyak
dipakai dalam proses pemisahan ini adalah agarose atau akrilamid. Agarose digunakan untuk
memisahkan molekul-molekul yang lebih besar karena memiliki ukuran partikel yang lebih besar.
Sehingga daya pisah dari agarose (resolusi) lebih kasar (lebih lemah) dibandingkan akrilamid.
Akrilamid memiliki ukuran partikel yang lebih halus sehingga daya pemisahannya lebih baik.
Elektroforesis melalui gel agarosa atau poliakrilamid merupakan teknik yang sederhana, cepat, dan
dapat memisahkan molekul yang diinginkan (Novitasari et al. 2014).
PCR (Polymerase Chain Reaction) adalah suatu metode in vitro untuk menghasilkan
sejumlah besar fragmen DNA spesifik dengan panjang dan sekuens yang telah ditentukan dari
sejumlah kecil template kompleks. PCR merupakan suatu teknik sangat kuat dan sensitive yang
dapat diaplikasi dalam berbagai bidang seperti biologi molekuler, diagnostic, genetika populasi
dan analisis forensic.PCR didasarkan pada amflifikasi enzimatik fragmen DNA dengan
menggunakan dua oligonukleotida ini digunakan sebagai primer (primer PCR) untuk
memungkinkan DNA template dikopi oleh DNA polymerase. Untuk mendukung terjadinya
annealing primer ini pada template pertama kali diperlukan pemisahan untai DNA yang double
helix melalui pemanasan. Suhu reaksi selanjutnya diturunkan untuk membiarkan terjadinya
perpasangan sekuens dan akhirnya reaksi polimerisasi dilakukan oleh DNA polymerase untuk
membentuk DNA komplementer. Proses ini dikenal sebagai siklus PCR (Anggereini 2008).
5 PENUTUP
Kesimpulan
Dari hasil praktikum mengenai analisis DNA pada Udang Vaname

(Litovenaeus vannamei) dapat disimpulkan bahwa hasil ekstraksi DNA udang vaname
(Litovenaeus vannamei) jauh dibawah kemurnian karena pita tidak begitu nampak mungkin
desebabkan adanya kesalahan atau terjadi kontaminasi pada sampel sehingga pita yang muncul tidak
begitu jelas dalam pembacaan di UV transiluminator.
Saran
Pada praktikum analisis DNA sebaiknya dilakukan secara langsung karena berhubung
materinya cukup rumit sehingga mahasiswa bisa lebih cepat paham serta disediakan laboratorium
untuk Dasar-dasar Genetika Ikan.
DAFTAR PUSTAKA
Anggereini E. 2008. Random amplified polymorphic DNA (RAPD), Suatu metode

analisis DNA dalam menjelaskan berbagai fenomena biologi.
Biospecies.1(2): 73 – 76.
Arafani L, Mursal G, Muhamad A. 2016. Pelacakan virus bercak putih pada
udang vaname (Litopenaeus vannamei) di Lombok dengan real-time
polymerase chain reaction. Jurnal veteriner. 17(1) : 88-95.
Brookes M. 2005. Genetika. Jakarta : Erlangga.
Fitriatin E, Manan A. 2015. Pemeriksaan viral nervous necrosis (VNN) pada ikan
dengan metode polymerase chain reaction (PCR). Jurnal ilmiah perikanan
dan kelautan. 7(2).
Hidayani AA, Asmi CM, Bunga RT, Achmad FF. 2015. Deteksi distribusi white
spot syndrome virus ada berbagai organ vaname (Litopenaeus vannamei).
Irmawati. 2003. Genetika populasi ikan. Yogyakarta : ANDI.
Kusuma SAF. 2010. PCR (polymerase chain reaction). Bandung : Universitas
Padjajaran.
Novitasari DA, Roza E, Dewi IR. 2014. Teknik isolasi dan elektroforesis DNA
total pada kryptopterus apogon (Bleeker 1851)dari sungai Kampar Kiri
dan Tapung Hilir Kabupaten Kampar Provinsi Riau. Jurnal Biologi 1(2).
Nursida NF. 2011. Polimorfisme ikan kerapu macan (ephinephelus fuscoguttatus
forsskal) yang tahan bakteri vibrion alginolitycus dan toleran salinitas
rendah salinitas tinggi. Skrisi. Makassar : UNiversitas Hasannuddin.
Pharmawati M. 2009. Optimalisasi ekstraksi DNA dan PCR-RAPD pada
Grevillea spp. (proteaceae). Jurnal Biologi. 13 (1) : 12 -16.
Yanti MEG, Nurlaila EH, Bertoka FSPN, Maya AFU. 2017. Deteksi molekuler
white spot syndrome virus (WSSV) pada udang vaname (Litopenaeus
vannamei) Di PT. Hasfam Inti Sentosa. Jurnal Enggano. 2(2) : 156-169.
Yusuf ZK. 2010. PCR (polymerase chain reaction).Saintek. 5(6).
LAPORAN PRAKTIKUM
RASIO RNA/DNA
NIM : L221 16 316
HARI/TGL PRAKTIKUM : RABU, 15 NOVEMBER 2017
ASISTEN : ANDI N RENITA RELATAMI, S.Pi. M,Si.
AMRIANA, S.Pi
ANDI SYARI RAMDHANI
ELYAS
YUSDALIFA EKAYANTI YUNUS
ADE IRMA NAHARUDDIN

MAKASSAR
2017
1 PENDAHULUAN
Latar Belakang
Genetika adalah ilmu tentang pewarisan sifat yang mencakup stuktur dan
fungsi gen, serta cara pewarisan gen-gen dari satu generasi ke generasi berikutnya.
Konsep genetika berkembang dari ilmu yang membahas tentang bagaimana sifat
diturunkan menjadi lebih luas lagi yakni ilmu yang mempelajari tentang materi
genetik. Secara luas genetika membahas : struktur materi genetik (gen,
kromosom, DNA, RNA, plasmid, episom dan elemen tranposabel)., reproduksi
materi genetik, kerja materi genetik, perubahan materi genetik, genetik dalam
populasi dan perekayasaan materi genetik. Perkembangan genetika yang demikian
pesat itu bahkan telah menyebabkan terjadinya revolusi pemikiran biologis di saat
kita memasuki abad ke-21. Unit Penurunan sifat genetik dikenal dengan nama
gen, gen terdiri atas DNA (Nusantari 2013).
DNA dan RNA merupakan polimer linier (polinukleotida) yang tersusun
dari subunit atau monomer nukleotida. Komponen penyusun nukleotida terdiri
dari tiga jenis molekul, yaitu gula pentosa, basa nitrogen dan gugus fosfat. Gula
pentosa deoksiribosa pada DNA dan ribosa pada RNA. Basa nitrogen terbagi dua
yaitu basa basa puri (adenin = A, guanin = G) dan basa pirimidin (sitosin = C,
timin = T pada DNA dan urasil = U pada RNA. Rantai DNA tidak tunggal, tetapi
berpasangan sesamanya oleh ikatan hidrogen lemah melalui basa-basa yang
berseberangan ke bentuk-bentuk konstruksi seperti tangga yang biasanya disebut
double helix. Rantai RNA biasanya merupakan untai tunggal dan tidak memiliki
struktur berulang kontinu pada heliks DNA untai-ganda. Namun, RNA tetap dapat
terbentuk pasangan basa di daerah di mana untai tersebut melengkung terhadap
dirinya sendiri. Terdapat 3 jenis utama RNA (mRNA, rRNA, dan tRNA) ikut
serta dalam proses sintesis protein (Marks et al. 2000).
Rasio DNA/RNA merupakan salah satu parameter yang digunakan dalam
menentukan kualitas suatu organisme salah satunya pertumbuhan dengan melihat
dan mengamati DNA/RNA yang dimiliki. Semakin besar hasil rasio DNA/RNA
yang dimiliki semakin berkualitas anakan yang dihasilkan. Metode isolasi
DNA/RNA dapat dilakukan dengan menggunakan bantuan KIT. Kajian rasio
DNA/RNA telah digunakan untuk mengevaluasi pengukuran pertumbuhan jangka
panjang pada suatu populasi. Rasio DNA/RNA juga dapat sebagai indikator
dalam mengevaluasi kondisi nutrisi organisme. Rasio DNA/RNA dapat melihat
tingkat kemurnian DNA/RNA (Parenregi et al. 2013). Berdasarkan uraian diatas
maka perlu dilakukan percobaan rasio RNA/DNA untuk mengetahui berapa rasio
kemurnia RNA/DNA pada sampel.
Tujuan Praktikum
Adapun tujuan dari praktikum “Rasio RNA/DNA” ini adalah agar

mahasiswa mampu menganalisis nilai rasio RNA/DNA.
2 TINJAUAN PUSTAKA
DNA
DNA terdapat pada inti sel, mitokondria dan kloroplas. DNA bertindak
sebagai pembawa informasi genetik, informasi genetik dibawa dalam bentuk urut-
urutan istimewa dalam empat basa atau nukleotida-nukleotida yang disusun
sepanjang rantai nukleotida. DNA merupakan makromolekul yang dibentuk atas 3
tipe pengulangan sub-unit, yaitu (1) basa-basa nitrogen, yaitu purin (adenin dan
guanin) dan pirimidin (sitosin dan timin) (2) gula pentosa, yaitu deoksiribosa dan
(3) posfat, dalam bentuk molekul PO4. Rantai DNA tidak tunggal, tetapi
berpasangan sesamanya oleh ikatan hidrogen lemah melalui basa-basa yang
berseberangan ke bentuk-bentuk konstruksi seperti tangga. Basa-basa ini dapat
berikatan melalui cara yang khas, purin hanya dapat berikatan dengan pirimidin,
bahkan lebih tepatnya karena konfigurasi molekulnya, adenin harus berikatan
dengan timin, dan guanin berikatan dengan sitosin. Bentuk umum DNA bersifat
kinan (lawan kidal) karena jika heliks ganda dilihat dari atas ke bawah. Residu-
residu basa membentuk spiral dengan arah putaran yang sesuai dengan putaran
jarum jam. Kedua untai molekul heliks ganda yang masing-masing memiliki
polaritas , bersifat antiparalel (Nusantari 2013).
RNA
RNA serupa dengan DNA yaitu bahwa RNA terdiri dari nukleotida yang
dihubungkan oleh ikatan fosfodiester-3´ ke fosfodiester-5´. RNA mengandung
basa purin adenin dan guanin serta basa pirimidin sitosin. Namun, basa pirimidin
yang lain adalah urasil bukan timin. Pada RNA, gula pentosanya adalah ribosa.
Rantai RNA biasanya merupakan untai-tunggal dan tidak memiliki struktur
berulang kontinu pada heliks DNA untai-ganda. Namun, RNA tetap dapat
terbentuk pasangan basa di daerah di mana untai tersebut melengkung terhadap
dirinya sendiri. Terdapat 3 jenis utama RNA (mRNA, rRNA, dan tRNA) ikut
serta dalam proses sintesis protein (Marks et al. 2000).
Menentukan Konsentrasi dan Kemurnian DNA/RNA
Dalam menentukan konsentrasi DNA/RNA dapat dilakukan dengan uji

kuantitatif dan uji kualitatif. Uji kualitatif DNA/RNA adalah analisis untuk
menentukan kandungan/jumlah DNA/RNA dengan menggunakan elektroforesis
dengan gel agarosa. Uji kuantitatif DNA/RNA adalah analisis untuk menentukan
kandungan/jumlah DNA/RNA yang terdapat dalam suatu zat atau komponen zat
yang sebelumnya telah diketahui keberadaan DNA/RNA plasmidnya dalam
larutan. Uji kuantitatif biasanya melalui analisis spektrofotomentri, basa nitrogen
akan menyerap sinar UV dari spektromentri. Semakin tinggi konsentrasi DNA
dalam larutan, maka makin tinggi sinar UV akan diserap. Analisa dengan
spektromentri dilakukan pada 260 nm (Å260) di mana DNA/RNA menyerap
caha yang paling kuat dan jumlah yang dihasilkan memungkinkan sesesorang
untuk memperkirakan konsentrasi DNA/RNA. Hasil dari spektromentri kemudian
dikalikan dengan faktor pengencerannya dan menggunakan hubungan bahwa
Å260 dari 1.0 = 50 μg/ml untuk DNA, Å260 dari 1.0 = 40 μg/ml untuk RNA
(Maftuchah et al. 2015).
DNA yang mengandung basa-basa purin dan pirimidin dapat menyerap
cahaya UV. Pita DNA akan menyerap cahaya UV pada 260 nm, sedang
kontaminan protein dapat menyerap cahaya pada 280 nm. Dengan adanya
perbedaan penyerapan cahaya UV ini, sehingga kemurnian DNA dapat diukur
dengan menghitung nilai absorbansi 260 nm dibagi dengan nilai absorbansi 280
(Å260/Å280) dengan nilai kemurnian berkisar antara 1,8 – 2,0. Jika nilai
kemurnian kurang dari 1,8 menunjukkan bahwa preparasi telah terkontaminasi
baik oleh fenol maupun protein, sedangkan rasio yang lebih dari 2 berarti
preparasi telah terkontaminasi oleh RNA (Hapsari 2012).
Waktu dan Tempat
Praktikum percobaan V yang berjudul “ Rasio RNA/DNA” dilaksanakan

pada hari Kamis tanggal 15 November 2017 pukul 14.00-16.00 WITA, di Lab
Kualitas Air, Departemen Perikanan, Fakultas Ilmu Kelautan dan Perikanan,
Universitas Hasanuddin Makassar.
Alat dan Bahan
Adapun bahan yang digunakan dalam Analisis DNA adalah 10x isolasi
DNA Buffer, dengan komposisi: (100 mM Tris HCI (pH 8,0), 200 mM NaCl, 200
mM EDTA dan 1% SDS) dan proteinase K (20 mg/ml)
Prosedur Kerja
Ekstraksi DNA UdangVaname
Ekstraksi DNA udang vaname dari bagian ekor, kaki jalan,dan kaki renang
menggunakan metode DTAB - CTAB (Dodecyl Trimethyl Ammonium Bromide/ Cetyl
Trimethyl Ammonium Bromide). Ekstraksi DNA dilakukan menggunakan kit DNA
ekstraksi IQ2000™ WSSV dengan komposisi DTAB solution, CTAB solution,
dissolving solution, dan lysis buffer.
Sebanyak 0.6 g sampel dipreservasi dengan cara menggerus sampel dalam
tabung mikro 1.5 ml dengan menggunakan pastel plastik. Sampel yang sudah
hancur, kemudian diberi DTAB solution selanjutnya dihomogenkan dengan
vortex. Sampel diinkubasi pada suhu75°Cselama 5 menit. Sebanyak 0.7 ml
kloroform ditambahkan kedalam tabung mikro kemudian dihomogenkan dengan
vortex selama 20 detik. Sampel disentrifugasi pada kecepatan 12000 rpm selama 5
menit. Cairan jernih yang paling atas dipindahkan kedalam tabung mikro 1.5 ml,
kemudian ditambahkan 100 ml CTAB dan 900 mlddHO, dihomogenkan dengan
vortex lalu dilanjutkan dengan inkubasi selama 5 menit pada suhu 75°C. Sampel
diinkubasi pada suhu ruang selama 10 menit, dan dilanjutkan dengan
disentrifugasi 12000 rpm selama 10 menit. Supernatan dibuang dan ditambahkan
150 ml dissolve solution, kemudian sampel diinkubasi selama 5 menit pada suhu
75°C. Tahap selanjutnya adalah inkubasi sampel pada suhu ruang selama 5 menit,
dilanjutkan dengan sentrifugasi sampel 12000 rpm selama 5 menit. Setelah
disentrifugasi, supernatant dipindahkan ketabung mikro 0.5 ml yang telah berisi
300 ml ethanol 95% dingin lalu dihomogenkan. Sampel disentrifugasi kembali
pada kecepatan 12000 rpm selama 5 menit, kemudian etanol dibuang. Etanol 70%
ditambahkan sebanyak 200 μl lalu disentrifugasi 12000 rpm selama 5 menit.
Ethanol dibuang lalu tabung mikro diletakkan diatas tisu dengan posisi terbalik
selama dua jam untuk proses pengeringan DNA. TE buffer ditambahkan sebanyak
50 μl kemudian DNA disimpan pada suhu –20 °C.
Uji Kualitas DNA Hasil Ekstraksi
Kualitas hasil ekstraksi DNA diuji secara kuantitatif. Uji kuantitatif untuk
mengetahui konsentrasi DNA dan tingkat kemurniannya dapat diketahui dengan
spektrofotometer pada panjang gelombang 260 nm dan 280 nm. DNA dengan
tingkat kemurnian baik ditunjukkan oleh rasio A260/280 1.8–2.0.
Adapun hasil rasio RNA/DNA pada udang vanname adalah sebagai

berikut :
Tabel 1. Rasio RNA/DNA
Konsentrasi Konsentrasi Kemurnian
Sampel Å260 Å280
DNA RNA DNA
S 0. 0. 40.00 32.00 1.802
1 80 444
S 0. 0. 25.95 20.76 1.874
2 519 277
S 0. 0. 43.80 35.04 1.844
3 876 475
Berdasarkan dari tabel dapat diketahui bahwa pada sampel 1 (S1) memiliki
konsentrasi DNA 40.00 dan konsentrasi RNA 32.00 dengan kemurnian DNA
1.802 yang menunjukkan bahwa sampel 1 (S1) memiliki DNA yang murni. Pada
sampel 2 (S2) memiliki konsentrasi DNA 25.95 dan konsentrasi RNA 20.76
dengan kemurnian DNA 1.874 yang menunjukkan bahwa sampel 2 (S2) memiliki
DNA yang murni. Pada sampel 3 (S3) memiliki konsentrasi DNA 43.80 dan
konsentrasi RNA 35.04 dengan kemurnian DNA 1.844 yang menunjukkan bahwa
sampel 3 (S3) memiliki DNA yang murni.
Hal ini sesuai dengan literatur yang menjelaskan bahwa untuk mengetahui
konsentrasi DNA/RNA maka nilai dari Å260 dikalikan dengan faktor
pengencerannya (1:1) dan menggunakan hubungan bahwa Å260 dari 1.0 = 50
μg/ml untuk DNA, Å260 dari 1.0 = 40 μg/ml untuk RNA. Nilai kemurnian DNA
berkisar antara 1.8 – 2.0. Jika nilai kemurnian kurang dari 1.8 menunjukkan
preparasi telah terkontaminasi baik oleh fenol maupun protein, sedangkan rasio
lebih dari 2.0 preparasi telah terkontaminasi oleh bahan organik (Hapsari 2012).
5 PENUTUP
Kesimpulan
Dari praktikum ini, mahasiswa telah mampu melakukan analisis rasio
DNA/RNA serta mengetahui kualitas DNA.
Saran
Pada praktikum ini tempat pelaksanaan yang berada di dalam lab kualitas
air, sebaiknya pada saat praktikum yang selanjutnya dapat dilakukan secara nyata
dan tidak hanya simulasi maupun diskusi. Untuk asisten sebaiknya pada saat
praktikum dilakukan volume suaranya dapat diperbesar karna jumlah praktikan
yang banyak dan ruang lab yang besar sehingga suara dari asisten tidak dapat
didengar dan praktikan yang berada di bagian belakang tidak tahu apa yang
dibahas di depan.
DAFTAR PUSTAKA
Hapsari R. 2012. Uji kuantitatif dan kualitatif DNA pule pandak [Skripsi].
Surakarta (ID): Universitas Sebelas Maret.
Maftuchah, Aris W, Agus Z. 2015. Teknik dasar analisis biologi molekuler.
Yogyakarta (ID): Deepublish.hlm 64–66.
Marks DB, Marks AD, Smith CM. 2000. Dasar sebuah pendekatan klinis. Jakarta
(ID): EGC.hlm 156
Nusantari E. 2013. Jenis miskonsepsi genetika yang ditemukan pada buku ajar di
sekolah menengah atas. JPS. 1(1):52–64.
Parenrengi A, Syarifuddin T, Andi T. 2013. Analisis rasio RNA/DNA udang
windu Penaeus monodon hasil seleksi tumbuh cepat. J. Ris. Akua. 8(1):1–12.
RIWAYAT HIDUP
A. MUH. ABILQUSHAI
ASSHIDIQ, Dilahirkan
di makassar , kota
Makassar pada hari
kamis tanggal 01 juni
1999. Anak pertama
dari dua bersaudara
pasangan dari
A.SUKMAWATI dan
ALWI MADJID
Praktikum
menyelesaikan
pendidikan di Sekolah
Dasar di SD N 7
LUWUK di Kabupaten
Banggai pada tahun 2010. Pada tahun itu juga praktikum
melanjutkan Pendidikan di SMP Negeri 2 Luwuk tamat pada tahun
2013 kemudian melanjutkan Sekolah Menengah Atas di SMA
Negeri 3 Luwuk pada tahun 2010 dan seslesai pada tahun 2016.
Pada tahun 2016 praktikum melanjutkan pendidikan di perguruan
tinggi negeri, tepatnya di Universitas Hasanuddin (UNHAS)
Fakultas Ilmu Kelautan dan Perikanan pada Program Studi
Budidaya Perairan (BDP), praktikum masih menjalankan proses
perkuliahan sampaisekarang di semester tiga.

Laporan Dasar Genetika

Diunggah oleh

Informasi Dokumen

Judul Asli

Hak Cipta

Format Tersedia

Bagikan dokumen Ini

Bagikan atau Tanam Dokumen

Opsi Berbagi

Apakah menurut Anda dokumen ini bermanfaat?

Apakah konten ini tidak pantas?

Hak Cipta:

Format Tersedia

Laporan Dasar Genetika

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

i

FAKULTAS ILMU KELAUTAN DAN PERIKANAN

DASAR-DASAR GENETIKA IKAN

PERNYATAAN MENGENAI LAPORAN PRAKTIKUM

Dengan ini saya menyatakan bahwa laporan praktikum dasar-dasar genetika

Nama : A.MUH.ABILQUSHAI ASSHIDIQ

Andi Ninnong Renita Relatami, S.Pi, M.Si

Tanggal Ujian : Tanggal Lulus:

MEMBUAT MODEL DNA

NAMA : A.MUH.ABILQUSHAI ASSHIDIQ

PROGRAM STUDI BUDIDAYA PERAIRAN

Konsep genetika merupakan faktor penyusun sifat dari semua makhluk

Tujuan dari percobaan ini adalah mengenalkan bagaimana struktur DNA

Sebagai pernbawa informasi genetika, DNA mempunyai dua fungsi utama

Penting untuk diketahui bahwa basa-basa nitrogen tidak berpasangan secara

Gambar 2.Pasangan ikatan hidrogen(Gaffar 2007)

Proses sintesis protein terbagi atas transkripsi dan translasi. Pada

Waktu dan tempat

Praktikum membuat model DNA ini dilakukan pada hari Rabu, 20

Alat dan bahan

Prosedur pembuatan model DNA yaitu menyiapkan alat dan bahan,

Adapun hasil praktikum “Model DNA” yang di diperoleh dapat di lihat

Gambar 3.Model DNA (ayi2017)

Model DNA di atas berbentuk double helix (berpilin ganda). Komponen

DNA (deoxyribonucleic acid) dan RNA (ribonucleic acid) disebut sebagai

5 KESIMPULAN DAN SARAN

Semoga kedepannya praktikum ini memiliki laboratorium khusus sehingga

ayi M. 2017. Model DNA (dokumentasi pribadi). Makassar:

SIMULASI HUKUM HARDY-WEINBERG

NAMA : A.MUH.ABILQUSHAI ASSHIDIQ

PROGRAM STUDI BUDIDAYA PERAIRAN

Definisi hukum Hardy-Weinberg

Hukum Hardy-Weinberg adalah hukum yang menyatakan bahwa frekuensi

Perubahan frekuensi alel dan genotip suatu populasi merupakan indikasi

Waktu dan tempat

Alat dan bahan

Prosedur simulasi hukum Hardy-Weinberg yaitu menyiapkan alat dan

Tabel 1. Data Pasangan Gen (Alel) Populasi Baru.

1. Aa 11. Aa 21. Aa 31. AA 41. Aa

2.Aa 12. AA 22. AA 32. Aa 42. AA

3. Aa 13. Aa 23. Aa 33. AA 43. Aa

4. Aa 14. AA 24. AA 34. Aa 44. Aa

5. Aa 15. AA 25. aa 35. aa 45. AA

6. AA 16. Aa 26. Aa 36. AA 46. AA

7. Aa 17. AA 27. Aa 37. aa 47. aa

8. Aa 18. AA 28. Aa 38. Aa 48. Aa

9. aa 19 Aa 29. aa 39. AA 49. Aa

10. Aa 20. Aa 30. AA 40. Aa 50. aa

Total 48 81 21 150 100%

Tabel 3. Frekuensi Harapan Genotip dan Alel pada Populasi Baru

Tabel 4. Uji Chi-square untuk Membandingkan Hasil Pengamatan dan Harapan

Genotip Nilai o-e Nilai (o-e)2 Nilai e Hasil (3:4)

AA 8,395 70,476 7,605 9,267

Aa 16,470 271,261 10,530 25,760

aa 3,355 11,256 3,645 3,088

Jumlah (X2 Hitung) 38,115

Keterangan : X2 tabel (db=1, a=0,05) = 3,841

Praktikum simulasi hukum kesetimbangan Hardy-Weinberg dilakukan

Arisuryanti T, Daryono BS. 2007. Genetika populasi. Yogyakarta : Universitas

KASUS GENETIKA KUALITATIF PADA IKAN

NAMA : A.MUH.ABILQUSHAI ASSHIDIQ

Tujuan dan Kegunaan

Adapun tujuan dilaksanakannya percobaan ini adalah agar praktikan