DETEKSI BAKTERI Escherichia coli PADA SUSU SAPI SEGAR

DENGAN METODE POLIMERASE CHAIN REACTION

MENGGUNAKAN PRIMER 16E1 DAN 16E2

MANUSCRIPT

Diajukan sebagai salah satu syarat untuk menyelesaikan

Pendidikan Diploma IV Kesehatan
Bidang Analis Kesehatan

Disusun oleh :

Arin Indah Widyasari

G1C018110

PROGRAM STUDI DIV ANALIS KESEHATAN

FAKULTAS ILMU KEPERAWATAN DAN KESEHATAN
UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH SEMARANG
2022
SURAT PERNYATAAN
 DETEKSI BAKTERI Escherichia coli PADA SUSU SAPI SEGAR
DENGAN METODE POLIMERASE CHAIN REACTION
MENGGUNAKAN PRIMER 16E1 DAN 16E2
Arin Indah Widyasari1, Sri Darmawati 2, Aprilia Indra Kartika 1, Stalis
Norma Ethica2
1 Program Studi DIV Analis Kesehatan Fakultas Ilmu Keperawatan dan Kesehatan
Universitas Muhammadiyah Semarang
2 Program Studi Magister Sains Laboratorium Medis Biologi Molekuler Fakultas Ilmu
Keperawatan dan Kesehatan Universitas Muhammadiyah Semarang

Info Artikel Abstract

Fresh cow's milk has many benefits, but poor sanitation can
cause diarrhea because it is contaminated by microorganisms,
one of which is Escherichia coli. The purpose of this study was
to detect E. coli in unpasteurized fresh cow's milk and
pasteurized fresh cow's milk in Gedawang Village, Semarang
based on the 16S rRNA gene with 16E1 and 16E2 primers. The
samples were cultured on Eosin Methylene Blue Agar (EMBA)
media and the test results showed E. coli and non E. coli
colonies. DNA samples of E. coli were isolated by phenol-
chloroform method, followed by Polymerase Chain Reaction
(PCR). The results of amplification using primers 16E1 and
16E2 showed 3 samples of fresh cow's milk without
pasteurization were positive for E. coli with the formation of
DNA bands measuring ~ 584 bp. 2 samples contaminated with
Klebsiella pneumonia.
Keywords:
Escherichia coli, 16S rRNA
gene, 16E1 and 16E2
Primer

PENDAHULUAN untuk pertumbuhan bakteri sehingga

Keamanan pangan dapat
menjamin pangan yang layak
dikonsumsi konsumen. Jaminan
keamanan pangan mencakup semua
pangan, termasuk pangan yang berasal
dari pertanian atau peternakan. Salah
satu produk ternak yaitu susu. Susu sapi
segar merupakan susu hasil pemerahan
dari sapi perah yang kandungannya
masih alami dan komponen-komponen
di dalamnya tidak dikurangi maupun
ditambahi dengan bahan lain (Standar
Nasional Indonesia, 2011). Susu kaya
nutrisi dan merupakan media yang baik
*Corresponding Author:
Arin Indah Widyasari
Program Studi DIV Analis Kesehatan Fakultas Ilmu Keperawatan dan Kesehatan, Universitas
Muhammadiyah Semarang, Semarang Indonesia 50273
Email : arinindah110@gmail.com
menyebabkan produk menjadi tidak
aman dan tidak layak untuk dikonsumsi
oleh konsumen. Sumber kontaminan
susu berasal dari berbagai faktor seperti
ternak itu sendiri, peternak, peralatan
pemerahan, pengolahan, dan lain
sebagainya (Syamsi et al., 2018).
Pertumbuhan mikroba dalam
susu dapat menurunkan mutu dan
keamanan susu, yang ditandai oleh
perubahan rasa, aroma, warna,
konsistensi dan penampakan
(Kusumaningsih, 2013). Beberapa
bakteri yang biasa terdapat dalam susu
adalah Streptococcus lactis, Aerobacter
aerogenes, Lactobacillus casei dan
Lactobacillus acidophilus termasuk
Escherichia coli merupakan salah satu
bakteri patogen yang mencemari susu
dan dapat menyebabkan diare (Suwito,
2016). Menurut Badan Standarisasi
Nasional, E. coli telah menjadi
mikroorganisme yang dapat dijadikan
indikator kualitas untuk menentukan
jumlah bakteri dan mutu susu. Infeksi E.
coli pada manusia dapat terjadi karena
susu yang terkontaminasi. Syarat aman
susu untuk dikonsumsi yaitu dengan
kontaminasi mikroba < 3 APM/ml (SNI,
2009).
Kontaminasi bakteri pada
produk pangan yang dikonsumsi oleh
manusia dapat menyebabkan berbagai
gangguan kesehatan atau penyakit.
Penyakit yang umum diderita manusia
akibat cemaran bakteri patogen adalah
diare. Diare merupakan kondisi ketika
pengidapnya melakukan buang air besar
lebih sering dari biasanya (Utami and
Handayani, 2017). Kasus diare yang
terjadi pada tahun 2017 tercatat
sebanyak 21 kali yang tersebar di 12
provinsi dan 17 kabupaten/kota dengan
jumlah penderita sebanyak 1.725 orang
dan kematian sebanyak 34 orang
(Kemenkes RI, 2018). Bakteri patogen
pencemar susu yang umum adalah E.
coli. Standar Nasional Indonesia (SNI)
tahun 2011, mensyaratkan bakteri E.
coli tidak terdapat dalam susu dan
produk olahannya.
Kasus keracunan pangan akibat
bakteri E. coli yang mengkontaminasi
susu diantaranya pada bulan September
2017 telah terjadi keracunan setelah
minum susu pada 16 siswa Sekolah
Dasar (SD) Pandanrejo 1 di Kecamatan
Bumijati, Kota Batu, Jawa Timur
(Aminudin, 2017) dan pada bulan
Oktober 2018, terjadi keracunan setelah
minum susu pada 15 siswa SD Negeri 3
Sidanegara, Cilacap (Ridlo, 2018).
Pada penelitian ini akan
dilakukan pengambilan sampel di
Kelurahan Gedawang yang terletak di
Kecamatan Banyumanik Kota
Semarang. Kelurahan Gedawang
mempunyai Kampung Tematik
Peternakan Sapi Perah, sampai tahun
2018 jumlah Sapi perah yang dimiliki
berjumlah 41 Ekor. Sapi perah
dipelihara oleh masyarakat setempat di
kandang komersial untuk pembibitan
sapi perah. Proses pasteurisasi susu
dilakukan di Koperasi Unit Desa (KUD)
Banyumanik.
Identifikasi E. coli dapat
dilakukan menggunakan metode
konvensional secara mikrobiologis
dengan mengkultur E. coli pada medium
selektif dan uji biokimiawi. Pengujian E.
coli secara mikrobiologis mempunyai
kelemahan yaitu membutuhkan waktu
yang lama dan tenaga yang banyak
dimulai dari proses kultur bakteri
sampai uji sifat biokimia (Bintari et al.,
2014). Metode molekuler menggunakan
teknik Polymerase Chain Reaction
(PCR) dapat mendeteksi E. coli lebih
sensitif, cepat dan spesifik karena target
yang digunakan adalah gen spesifik
pada bakteri tersebut (Durairaj et al.,
2014). Primer yang digunakan adalah
primer 16E1 dan 16E2 yang dirancang
berdasarkan sekuens DNA yang
mengkode 16S rRNA pada E. coli
sehingga mempunyai sifat spesifik
terhadap galur E. coli dan non E. coli.
Primer 16E1 merupakan nukleotida ke
452-476 di daerah V3, sedangkan primer
16E2 merupakan nukleotida ke 1018-
1035 di daerah V6 (Apriliyani, 2017).
Penelitian yang menggunakan primer
16E1 dan 16E2 yang dilakukan oleh
Ismaun et al., (2021) menunjukkan
bahwa metode PCR menggunakan
primer 16E1 dan 16E2 dapat mendeteksi
Escherichia coli yang ditunjukkan
dengan hasil amplifikasi fragmen DNA
berukuran sekitar 584 pasang basa
(Ismaun et al., 2021).
 Penelitian deteksi adanya E. coli
pada susu sapi segar di Kampung
Tematik Peternakan Sapi Perah
Kelurahan Gedawang dengan metode
PCR menggunakan primer 16E1 dan
16E2 belum pernah dilakukan. Oleh
sebab itu, perlu dilakukan penelitian ini
untuk mengetahui apakah pada susu sapi
segar tersebut telah terkontaminasi
bakteri atau tidak.
BAHAN DAN METODE
Jenis penelitian yang digunakan
merupakan penelitian deskriptif karena
hanya mempresentasikan ada tidaknya
gen 16E1 dan 16E2 penanda
Escherichia coli.
Inokulasi sampel susu sapi segar
dilakukan di Laboratorium
Mikrobiologi, sedangkan deteksi gen
16E1 dan 16E2 dilakukan di
Laboratorium Biologi Molekuler
Fakultas Ilmu Keperawatan dan
Kesehatan Universitas Muhammadiyah
Semarang
Alat-alat yang digunakan dalam
penelitian ini meliputi inkubator (WTC
Binder), autoclave (HMC Hiramaya
HICLAVE HVE-50), refigerator dan
freezer (Electrolux), mikropipet
(finnpippete), centrifuge dingin
(HERMLE Z 326 K), neraca digital, set
elektroforesis (BIO-RAD power basic),
spektrofotometer DNA nanodrop
(maestro GEN), UV transilliminator
(MUV21-312 serial no 090925010),
Mesin thermalcycler (biometra RS 232),
microwave, tabung reaksi, cawan petri,
erlenmeyer, lampu spirtus, ose bulat, ose
jarum, tip kuning, putih, dan biru,
rotator (DSR 2800 V), Vortex (BIO-
RAD 1658050), Spindown (BIO RAD),
mikrotube 1,5 ml, konikel dan
minimikrotube PCR.
Bahan-bahan yang digunakan
adalah susu sapi segar di Kelurahan
Gedawang, media Eosin Methylene Blue
Agar (EMBA) (Merck), media Brain
Herat Infusion Broth (BHI) (Merck),
aquadest steril, buffer lysis bakteri
(Merck), proteinase K (Promega),
phenol (Smart Lab), etanol 96% dingin
(Merck), ethanol 70% (Merck), TE steril
(Vivantis), agarose (GeneDireX), TAE
1x, loading dye, nuclease free water
(Promega), ddH2O, fluorovue, primer
16E1 (Biotech), primer 16E2 (Biotech),
enzim taq polimerase (Promega), master
mix (Promega)..
HASIL
1. Kultur Bakteri
Ketiga sampel susu sapi segar
dihomogenkan terlebih dahulu
kemudian masing-masing diambil 100
µl kemudian di resuspensikan ke dalam
media BHI cair, kemudian di inkubasi
selama 24 jam pada suhu 37ºC.
Selanjutnya dilakukan subkultur pada
Media Eosin Methylene Blue Agar
(EMBA) diinkubasi selama 24 jam pada
suhu 37ºC. Hasil kultur pada media
EMBA dapat diamati pada Gambar 1.
Koloni yang telah tumbuh pada media
EMBA selanjutnya diamati
morfologinya yaitu warna, bentuk,
ukuran, tepi, konsistensi, dan elevasi.
Gambar 1. Sub Kultur Suspensi dari BHI
cair umur 24 jam pada Media EMBA
(Sumber : dok. Pribadi)
(SM1 (Susu Murni 1) = Escherichia coli :
bentuk: circular, warna : hijau metalik,
ukuran : 2 mm, tepi : entire, konsistensi :
smooth, elevasi: pulvinate; SM4 (Susu
Murni 4) = Klebsiella pneumonia : bentuk:
irregular, warna : merah muda, ukuran : 2
mm, tepi :begerigi, konsistensi : mucoid,
elevasi: cekung.)
Berdasarkan Gambar 1. hasil
kultur media EMBA dari lima sampel
susu sapi segar yang telah diinkubasi
selama 24 jam pada suhu 37ºC
menunjukkan adanya pertumbuhan
koloni dengan warna hijau metalik
dengan bintik gelap ditengah koloni
pada permukaan media yang
diidentifikasi sebagai bakteri E. coli, dan
terdapat pula koloni berwarna merah
muda yang diduga merupakan bakteri
Klebsiella pneumonia (Kambuno and
Fanggidae, 2017).
Warna hijau metalik disebabkan
karena terbentuknya asam yang
dihasilkan selama proses fermentasi oleh
bakteri E. coli sehingga pH medium
mengalami penurunan (Utami et al.,
2018). Media Eosin Methylen Blue Agar
(EMBA) mengandung eosin dan metylen
blue yang dapat menghambat
pertumbuhan bakteri Gram positif.
Media EMBA juga mengandung
karbohidrat laktosa, yang membuat
bakteri Gram negatif terdiferensiasi
berdasarkan pada kemampuan untuk
memfermentasi laktosa. Warna media
sebelum penanaman bakteri berwarna
merah keunguan. Kemudian mengalami
perubahan warna hijau metalik oleh
E.coli, karena E.coli dapat
memfermentasikan laktosa yang
mengakibatkan peningkatan kadar asam
dalam media. Kadar asam yang tinggi
dapat mengendapkan metylen blue
dalam media EMBA (Jamilatun and
Aminah, 2016).
Selanjutnya, koloni yang sudah
murni E. coli dikultur pada media BHI
cair dan diinkubasi pada suhu 37ºC
selama 48 jam. Koloni yang tumbuh
pada media EMBA disimpulkan bahwa
pada lima sampel susu sapi segar
mengandung cemaran E.coli.
Selanjutnya, E. coli yang telah murni
kemudian dilanjutkan pada tahap
selanjutnya yaitu isolasi DNA genom.
Namun, terdapat 2 dari 5 sampel susu
sapi segar mengandung cemaran bakteri
non E.coli sehingga dilanjutkan dengan
identifikasi bakteri menggunakan uji
biokimia.
Sedangkan sampel susu pasteurisasi
negatif adanya bakteri E. coli. Media
EMBA yang telah diinkubasi selama 24
jam tidak ditumbuhi oleh koloni bakteri.
Hal ini kemungkinan terjadi karena
bakteri telah hancur ketika dilakukannya
pemanasan (Ramayana et al., 2013).
Pasteurisasi baik dilakukan ketika
hendak mengkonsumsi susu, karena
dengan perlakuan tersebut akan
meminimalisir terjadinya penyakit yang
diakibatkan oleh bakteri.
Gambar 2. Hasil Uji Biokimia (Sumber :
dok. Pribadi)
Hasil pengujian pada uji
biokimia, sampel SM 4 dan sampel SM
5 dilakukan pengamatan media Indol,
Methyl Red, Voges Proskauer dan TSIA.
Pada hasil uji indol ditandai tidak
terbentuknya lapisan merah pada media
ketika diteteskan reagen Kovac’s. Uji
indol dilakukan untuk melihat
kemampuan organisme yang
mendegradasi asam amino triptofan dan
menghasilkan indol (Hemraj, 2013).
Hasil uji methyl red menunjukkan
bahwa media berubah menjadi merah
ketika ditetesi reagen metil merah yang
menandakan bahwa hasil uji positif.
Menurut Sari et al., (2019), uji methyl
red dilakukan untuk mengetahui
kemampuan bakteri mengoksidasi
glukosa dengan memproduksi asam
dengan konsentrasi tinggi sebagai hasil
akhirnya dan hasil asam yang terbentuk
berubah menjadi merah dengan
ditambahkannya reagen metil merah.
Hasil uji Voges Proskauer (VP)
menunjukkan hasil positif yang
menunjukan warna menjadi merah
muda. Uji VP yang merupakan
pengujian untuk mendeteksi asetoin 1% digunakan karena ukuran
dalam kultur bakteri. Pengujian ini fragmentasi DNA masih panjang dan
dilakukan dengan penambahan alpha- belum mengalami proses pemotongan
naftol dan KOH 10% pada media VP DNA. Didapatkan hasil DNA yang
yang telah diinokulasikan bakteri berpendar dibawah sinar UV seperti
(Hemraj, 2013). Berdasarkan hasil Uji pada Gambar 3.
TSIA menunjukkan bahwa sampel SM 4
dan SM 5 positif mengandung bakteri
Klebsiella pneumonia karena pada
media mengalami perubahan warna
menjadi kuning pada slant dan deep
dengan menghasilkan gas terlihat dari
media seperti pecah atau terbelah dan
tidak menghasilkan H2S (Sari et al.,
2019). Uji TSIA yang merupakan uji
untuk melihat bakteri yang dapat
memfermentasi glukosa, laktosa,
Gambar 3. Hasil DNA Genom dengan
sukrosa dan reduksi sulfur. Fermentor elektroforesis agarose 1%
glukosa diinokulasi pada media TSIA (Sumber: dok.Pribadi)
akan memproduksi asam sehingga
menurunkan pH dan merubah media 3. Hasil Amplifikasi Gen 16S rRNA
menjadi kuning. Fero sulfat pada media DNA genom yang telah dicurigai
bereaksi dengan H2S membentuk sebagai E. coli kemudian dikonfirmasi
endapan hitam terlihat dalam pada dasar dengan mendeteksi gen 16S rRNA
(butt). Bakteri anggota genus Klebsiella menggunakan primer 16E1 dan 16E2.
akan membuat media menjadi berwarna Amplifikasi menggunakan alat
kuning (bersifat asam) pada lereng thermocycler dengan estimasi suhu
(slant) dan bawah (deep) dengan annealing sebesar 58ºC. Hasil PCR
menghasilkan gas terlihat dari media kemudian dielektroforesis dengan
seperti pecah atau terbelah dan tidak konsentrasi agarose 3% dan
menghasilkan H2S. Indikator yang divisualisasikan menggunakan sinar UV
digunakan yaitu phenol red yang dapat pada UV transiluminator. Hasil dapat
mengubah warna dari merah orange dilihat pada Gambar 4.
menjadi kuning dalam suasana asam
(Hemraj, 2013). Penelitian yang telah
dilakukan menunjukkan hasil yang
sesuai sehingga menunjukkan bahwa
sampel diduga mengandung bakteri K.
pneumonia.

2. Hasil Isolasi DNA Genom

Hasil kultur dari sampel susu sapi
segar yang telah murni E. coli
selanjutnya dilakukan isolasi DNA
secara manual dengan metode Phenol
Chlorofom Isoamil Alkohol (PCIA).
Adanya DNA divisualisasikan dengan
elektroforesis agarose 1% selama ±60
menit menggunakan TAE buffer 1x
pada 100 Volt. Konsentrasi gel agarose
Gambar 4. Hasil Agarose 3% PCR gen 16S
rRNA Escherichia coli (M = Marker DNA
Smobio 100 bp, SM1, SM2, SM3 = Positif
gen 16S rRNA E. coli dengan ukuran 584
bp). (Sumber : dok. Pribadi)
Berdasarkan Gambar 4, hasil
PCR dari ketiga sampel SM 1, SM 2 dan
SM 3 yang dideteksi keberadaan E. coli
berdasarkan gen 16S rRNA
menunjukkan hasil positif E. coli dengan
ukuran basepair yaitu ~584. Pita DNA
yang terbentuk tepat sesuai ukuran
basepair dari E. coli yang disesuaikan
dengan marker DNA.
Tabel 1. Identifikasi gen 16S rRNA pada
susu sapi segar menggunakan primer 16E1
dan 16E2
No
Kode
Teramplifikasi
Ukuran
Sampel pita
yang dimiliki E. coli jika hasil
visualisasi sampel tidak terbentuk
fragmen DNA tunggal yang sesuai
dengan marker.
PEMBAHASAN
Escherichia coli dikenal sebagai
bakteri indikator sanitasi dan higiene,
yaitu bakteri yang keberadaannya dalam
suatu produk pangan menunjukkan
indikasi rendahnya tingkat sanitasi yang
diterapkan. Keberadaan bakteri ini
sering dikaitkan dengan adanya
kontaminasi yang berasal dari kotoran
(feses), karena E. coli pada umumnya
adalah bakteri yang hidup pada usus
manusia (maupun hewan) sehingga
keberadaan bakteri tersebut pada air atau
pangan menunjukkan adanya proses
E.coli Bakteri pengolahan yang mengalami kontak
(EMBA) Lain

1 SM 1 √ ±584bp + -
dengan kotoran (Rahayu et al., 2018).
2 SM 2 √ ±584bp + - Sumber kontaminasi biasanya
3 SM 3 √ ±584bp + - disebabkan sanitasi peternakan yang
4 SM 4 - - + buruk karena kandang sapi yang sempit
Klebsiella
(tidak
terpisah)
pneumonia dan terpencil menyebabkan tempat
5 SM 5 - -
pembuangan feses tidak jauh dari
+
(tidak
Klebsiella kandang sapi, air dipertenakan tersebut
pneumonia
terpisah)
tercemar E. coli, peralatan bekas pakai
6 SP1 - - - - pemerahan hanya dicuci dengan air yang
7 SP2 - - - - belum tercemar maupun sudah tercemar
8 SP3 - - - -
9 SP4 - - - - E. coli, ambing sapi hanya dicuci
1 SP5 - - - - dengan air keran sehingga kemungkinan
0 besar bakteri dari feses ataupun kolon
sapi masih menempel, sehingga susu
Berdasarkan Tabel 1 diketahui yang diperah terkontaminasi E. coli.
bahwa sampel susu sapi segar pada kode Selain itu, bisa disebabkan oleh higienis
SM1, SM2, dan SM3 yang peternak yang tidak dijaga seperti
menggunakan primer 16E1 dan 16E2 memakai baju khusus saat pemerahan
telah berhasil teramplifikasi dan terbukti dan mencuci tangan dengan sabun
telah terkontaminasi/positif E. coli dan sebelum dan sesudah memerah, dari sapi
memiliki Gen 16S rRNA pada ukuran yang satu ke sapi yang lain karena
~584 bp, dengan ini disimpulkan bahwa biasanya pemerah lebih sedikit daripada
sampel susu sapi segar di Kelurahan sapinya dalam satu peternakan.
Gedawang Semarang mengandung E. Prinsip dasar isolasi DNA
coli. bakteri adalah menghancurkan dinding
Sampel dinyatakan positif dan membran sel serta mengeluarkan
terkontaminasi E. coli apabila hasil DNA bakteri yang terdapat dalam
visualisasi sampel susu sapi segar sitoplasma tanpa menyebabkan
terbentuk fragmen DNA tunggal dengan kerusakan pada DNA. Proses isolasi
ukuran ~584 bp yang sesuai dengan DNA terdiri dari beberapa tahap yaitu
marker dan menunjukkan hasil spesifik
persiapan alat dan bahan yang akan
digunakan, proses penghancuran sel
bakteri, penghilangan senyawa
kontaminan, pengumpulan DNA, dan
selanjutnya dipurifikasi untuk
membebaskan DNA dari kontaminasi
karena dapat mengganggu kemurnian
dari suatu DNA sehingga DNA yang
dibutuhkan untuk PCR adalah DNA
yang telah murni.
Hasil elektroforesis DNA
genom pada penelitian ini masih
terdapat smear pada gel. Smear yang
muncul pada gel agarose menandakan
adanya RNA yang ikut terisolasi,
sehingga memunculkan smear di bawah
pita DNA (Anam, 2010). Masih adanya
RNA pada gel dapat dihilangkan
menggunakan RNAse agar DNA
menjadi lebih murni. Kemurnian DNA
ketiga sampel susu sapi segar yang
diukur menggunakan nanodrop
menghasilkan konsentrasi tinggi yang
disebabkan oleh kontaminasi protein.
Kontaminasi protein dapat dihilangkan
menggunakan Proteinase K (Nurhayati
and Darmawati, 2017).
Metode isolasi DNA pada
penelitian ini menggunakan phenol-
chloroform. Metode phenol-chloroform
memiliki kelebihan yaitu hasil DNA
genom yang didapatkan lebih banyak
namun metode ini juga memiliki
kelemahan yaitu kontaminasi phenol-
chloroform pada DNA. Kontaminasi
phenol-chloroform dapat dihilangkan
dengan pencucian (washing) DNA
menggunakan ethanol 70% selama 3
kali sehingga menghasilkan DNA lebih
murni (Kamaliah, 2017).
Hasil PCR dan elektroforesis gel
agarose 3% pada penelitian ini
menunjukkan hasil positif pada setiap
sampel yaitu SM1,SM2 dan SM3
ditandai dengan adanya pita DNA pada
ukuran ~ 584 bp. Hasil penelitian
didukung dengan penelitian yang
dilakukan Ismaun et al., (2021) dimana
sebanyak 1 dari 8 sampel air yang
diperiksa, yaitu empat dari sumur bor
dan empat dari sumur galian di wilayah
kampus IAIN Kendari menunjukkan
bahwa positif E. coli dengan ukuran ~
584 pasang basa menggunakan primer
16E1 dan 16E2.
Hasil penelitian ini sejalan
dengan penelitian yang dilakukan
Elshiekh et al., (2019) yang
menunjukkan kontaminasi E. coli pada
sampel susu mentah yang tersedia untuk
konsumen di negara bagian Khartoum
melalui rantai pemasok yang berbeda
memiliki jumlah bakteri yang tinggi di
luar batas kritis yang dapat diterima
menurut Standar Sudan dan negara-
negara anggota komunitas Eropa. Hal ini
menunjukkan bahwa higiene, produksi
dan praktik peternakan yang baik tidak
diikuti secara ketat selama produksi,
penanganan, penyimpanan dan distribusi
susu. Konsumsi susu mentah dapat
menimbulkan bahaya kesehatan karena
susu sangat rentan terhadap
pertumbuhan mikroba dan mungkin
mengandung patogen. Pasteurisasi harus
dilakukan dengan sempurna karena
diadopsi secara luas sebagai metode
yang paling efektif untuk memastikan
penghancuran total semua
mikroorganisme patogen dan pembusuk
yang biasa ditemukan dalam susu dan
inaktivasi atau pengurangan bakteri
pembusuk non-patogen lainnya.
Insensitas pita DNA hasil amplifikasi
oleh setiap sampel dipengaruhi oleh
banyaknya jumlah sel bakteri yang
tumbuh pada saat inokulasi pada media
BHI, sehingga mempengaruhi hasil
visualisasi elektroforesis gel agarose 3%
dengan perbedaan tebal tipisnya pita
DNA yang terpancar.
Berdasarkan hasil kultur bakteri
yang telah dilakukan pada media
EMBA, diketahui sampel SM1, SM2
dan SM3 mengalami perubahan warna
hijau metalik, hal tersebut
mengkonfirmasi bahwa sampel susu sapi
segar dengan kode SM1, SM2 dan SM3
positif E. coli. Kemudian pada sampel
susu sapi segar dengan kode sampel
SM4 dan SM5 terdapat koloni berwarna
merah muda yang diduga merupakan
bakteri K. pneumonia (Kambuno and
Fanggidae, 2017).
E. coli merupakan bakteri
patogen yang tidak boleh ada didalam
susu. Namun berdasarkan hasil
penelitian yang didapat dari 5 sampel
susu sapi segar tanpa pasteurisasi dan 5
sampel susu sapi pasteurisasi yang
diperoleh dari 5 peternak di Kelurahan
Gedawang Semarang ditemukan adanya
kontaminasi E. coli pada 3 sampel susu
sapi segar tanpa pasteurisasi dan 2
sampel terkontaminasi K. pneumonia.
Susu sapi pasteurisasi tidak ditemukan
adanya pertumbuhan bakteri. Hal serupa
juga terjadi pada penelitian milik
Kusumaningsih (2013) sekitar 14 dari
34 sampel susu sapi perah yang berasal
dari pertenakan yang berbeda-beda juga
tercemar bakteri E. coli. Sampel susu
sapi segar yang positif tercemar K.
pneumonia bisa saja diakibatkan karena
kondisi lingkungan kandang yang tidak
baik atau berdekatan dengan
pembuangan kotoran sapi. Bakteri yang
berada disekitar peternakan dapat
bertebaran di udara sehingga pada saat
sapi tersebut diperah bisa terkontaminasi
oleh K. pneumonia. Oleh karena itu,
dapat disimpulkan bahwa bahan pangan
asal ternak khususnya susu sapi dalam
hal ini perlu diperhatikan dari segi
kualitas mikrobiologi karena melihat
potensi bahan pangan asal ternak yang
lebih besar tercemar bakteri koliform
dan patogen toksigenik mengingat
keberadaan bahan pangan asal ternak
yang lebih dekat dengan sumber
cemaran bakteri.
Hasil penelitian menunjukkan
deteksi E. coli menggunakan teknik
PCR berdasarkan gen 16S rRNA
menggunakan primer 16E1 dan 16E2
menandakan adanya kontaminasi E. coli
pada susu sapi segar di Kelurahan
Gedawang Semarang. Kontaminasi
E.coli ditandai dengan terbentuknya pita
band DNA berukuran ~ 584 bp.
Berdasarkan Standar Nasional Indonesia
(2009), Syarat susu yang aman untuk
dikonsumsi yaitu dengan kontaminasi E.
coli < 3 APM/ml. Bakteri yang melebihi
batas SNI berisiko menyebabkan diare
dan jika beredar ke sistem atau organ
tubuh yang lain akan menyebabkan
infeksi, bahkan bakteri E. coli jika
sampai masuk ke salurang kencing maka
mengakibatkan infeksi pada saluran
kencing atau kemih (Sutiknowati, 2016).
KESIMPULAN
Berdasarkan hasil penelitian
yang telah dilakukan dapat disimpulkan
bahwa dari 5 sampel susu sapi segar
tanpa pasteurisasi dan 5 sampel susu
sapi pasteurisasi yang diperoleh dari 5
peternak di Kelurahan Gedawang
Semarang ditemukan adanya
kontaminasi Eschericia coli pada 5
sampel susu sapi segar tanpa
pasteurisasi 3 diantaranya ditemukan
adanya kontaminasi E. coli berdasarkan
gen spesifik 16S rRNA menggunakan
primer 16E1 dan 16E2 pada ukuran
~584 bp. Susu sapi pasteurisasi tidak
ditemukan adanya pertumbuhan bakteri.
SARAN
1. Untuk konsumen yang membeli susu
sapi segar lebih baik agar
memanaskan susu terlebih dahulu
sebelum diminum atau membeli susu
sapi segar yang sudah dilakukan
pasteurisasi.
2. Untuk menghasilkan ketebalan pita
pada agarose 3% PCR gen 16S rRNA
yang sama, konsentrasi sampel harus
sama.
UCAPAN TERIMA KASIH
Terselesaikannya penulisan
tugas akhir dan artikel ini tidak lepas
dari bimbingan, dukungan dan bantuan
dari berbagai pihak. Oleh karena itu,
penulis ingin menyampaikan ucapan
terimakasih kepada :
1. Dr. Sri darmawati, M.Si selaku
pembimbing I
 2. Aprilia Indra Kartika, S.Pd.,
M.Biotech selaku pembimbing II
3. Dr. Stalis Norma Ethica, M.Si
selaku Penguji
4. Kedua orang tua yang memberi doa
restu serta dukungan moral dan
material kepada penulis
5. Semua pihak yang telah
memberikan bantuan selama
penyusunan Tugas Akhir ini.
REFERENSI
Apriliyani, D. A. (2017). Identifikasi
Molekuler Escherichia coli pada
Minuman Olahan Di Kecamatan
Gunung Pati Semarang. Skripsi, 1–
30.
Bintari, Siti Harnina, et al. (2014). PCR
approach for rapid detection of
Escherichia coli in tempe using a
specific primer. Journal of
Biological Reasearches ; 19 (54-
58) 2014, 19.
Durairaj, B., Devaki, K. S., and Muthu,
S. (2014). Detection of Sensitive
Food Pathogens in Banana, Cold
Meat and Milk By Pcr
Amplification Based Technique.
Journal of Biological & Scientific
Opinion, 2(5), 292–297.
https://doi.org/10.7897/2321-
6328.02566
Elshiekh, N. A., Mohammed, G. E.,
Abdalla, M. A., Altayeb, H., and
Elkhair, O. M. (2019). Isolation
and Molecular Identification of
Escherichia Coli from cow ’ s milk
in Khartoum State. 12(8), 51–57.
https://doi.org/10.9790/2380-
1208015157
Hemraj, V. (2013). A REVIEW ON
COMMONLY USED
BIOCHEMICAL TEST FOR
BACTERIA VASHIST.
INNOVARE JOURNAL OF
SCIENCE, 1(1), 221–230.
https://doi.org/10.1109/ICDM.201
3.109
Ismaun, Muzuni, and Hikmah, N.
(2021). Molecular Detection of
Escherichia coli Bacteria as A
Cause Of Diarrhic Disease Using
Techniques Of PCR. Bioma, 6(2),
1–9.
Jamilatun, M., and Aminah, A. (2016).
Isolasi Dan Identifikasi
Escherichia Coli Pada Air Wudhu
Di Masjid Yang Berada Di Kota
Tangerang. Jurnal Medikes (Media
Informasi Kesehatan), 3(1), 81–90.
https://doi.org/10.36743/medikes.v
3i1.154
Kamaliah, K. (2017). Perbandingan
Metode Ekstraksi Dna Phenol-
Chloroform Dan Kit Extraction
Pada Sapi Aceh Dan Sapi Madura.
BIOTIK: Jurnal Ilmiah Biologi
Teknologi Dan Kependidikan, 5(1),
60.
https://doi.org/10.22373/biotik.v5i
1.2975
Kambuno, N. T., and Fanggidae, D.
(2017). Identification of Gram
Negative Bacteria for Extended
Spectrum Beta Lactamase Strains
in NICU Room of RSUD Prof.
Jurnal Info Kesehatan, 15(2), 333–
345.
Kusumaningsih, A. (2013). Cemaran
Bakteri Patogenik pada Susu Sapi
Segar dan Resistensinya terhadap
Antibiotika. Jurnal Ilmu-Ilmu
Hayati, Vol. 12(1)(April), Pp. 9-17.
Nurhayati, B., and Darmawati, S.
(2017). Biologi Sel dan Molekuler.
303.
Rahayu, W. P., Nurjanah, S., and
Komalasari, E. (2018). Escherichia
coli: Patogenitas,Analisis, dan
Kajian Risiko. Journal of
Chemical Information and
Modeling, 53(9), 5.
Ramayana, K., Nuraini, D., and Ashar,
T. (2013). Analisis Higiene
Sanitasi Pengolahan dan
Pemeriksaan Baktri E. coli pada
Minuman Air Kelapa Muda yang
Dijual Di Kelurahan Lauchi
Kecamatan Medan Tuntungan.
20(3), 1–8.
Sari, D. P., Rahmawati, and W, E. R. P.
(2019). Deteksi dan Identifikasi
Genera Bakteri Coliform Hasil
Isolasi dari Minuman Lidah Buaya.
Jurnal Labora Medika, 3(1), 29–
35.
http://jurnal.unimus.ac.id/index.ph
p/JLabMed
Sutiknowati, L. I. (2016). “Bioindikator
Pencemar, Bakteri Escherichia
coli.” Jurnal Oseana, 41(4), 63–
71. oseanografi.lipi.go.id
Suwito, W. (2016). Bakteri yang sering
Mencemari Susu: Deteksi,
Patogenesis, Epidemiologi, dan
Cara Pengendaliannya. Bakteri
Yang Sering Mencemari Susu:
Deteksi, Patogenesis,
Epidemiologi, Dan Cara
Pengendaliannya, 29(3), 96–100.
https://doi.org/10.21082/jp3.v29n3
.2010.p96-100
Syamsi, A. N., Astuti, T. Y., and
Widodo, H. S. (2018). Kajian
keamanan pangan dan tingkat
prevalensi cemaran bakterisusu di
Sentra Pengembangan Sapi Perah
Cilongok. Jurnal Ilmu-Ilmu
Peternakan, 28(3), 224.
https://doi.org/10.21776/ub.jiip.20
18.028.03.05
Utami, S., Bintari, S. H., and Susanti, R.
(2018). Deteksi Escherichia coli
pada Jamu Gendong di Gunungpati
dengan Medium Selektif
Diferensial. Life Science, 7(2), 73–
81.
Utami, S., and Handayani, S. K. (2017).
Optimalisasi Peran Sains dan
Teknologi untuk Mewujudkan
Smart City. In Universitas Terbuka
(Issue October).
http://repository.ut.ac.id/7078/1/U
TFMIPA2017-09-utami.pdf