Dasar-dasar

Mikroba

VV

Ruang lingkup mikrobiologi

Orientasi Terhadap

Disiplin dan Keterangan

Taksonomi

Ruang lingkup mikrobiologi

Orientasi Terhadap

Disiplin dan Keterangan

Habitat

Ruang lingkup mikrobiologi

Orientasi Terhadap

Disiplin dan Keterangan

Masalah
dasar

Ruang lingkup mikrobiologi

Orientasi Terhadap

Disiplin dan Keterangan

Terapan

Klasifikasi TUA dan MODERN

Carl Linnaeus (17071778)
the Father of
Taxonomy. Makhluk hidup di Bagi :

Sistem 2 Kingdom

TUMBUHAN

Sistem 3 Kingdom

TUMBUHAN

HEWAN

E.H Haeckel 1866

HEWAN

PROTISTA

Bakteri
alga
jamur
protozoa

Sistem 4 Kingdom

Plantae

LUMUT
PAKU
TUMB. BERBIJI

Herbert Copeland 1956

Animalia

PORIFERA CHORDATA
+ PROTOZOA

Fungi

JAMUR

Monera

BAKTERI
ALGA

R.H Whittaker
1969
Fungi/mycota
Animalia
Protista

Sistem 5 Kingdom
Plantae

Monera

Virus

PROTISTA

Sistem KLASIFIKASI 3 DOMAIN

DUNIA MIKROBA

AGEN INFEKTIF
VIRUS

VIROID

ORGANISME HIDUP
PRION

BACTERIA

ARCHAEA

PROKARIOT
uniseluler

EUCARYA
EUKARIOT

ALGA
PROTOZOA
FUNGI
HELMINTES
Uniseluler/multiseluler Uniseluler Uniseluler/Multiseluler Uniseluler
parasit
Protista
9

Ringkasan PERKEMBANGAN klasifikasi makhluk

hidup
Lineaus

Haeckel

Chaton Copeland Whitaker Woose

Ingris & Australia, Colombia

Woose

Cavalier-smith

Amerika

Chromista yang anggotanya merupakan bagian dari kingdom fungi dan protista
yaitu

Oomycota,

Hyphochytriomycota,

Bacillariophyta,

Xanthophyta,

Silicoflagellates, Chrysophyta, dan Phaeophyta

10

BACTERIA

ARCHAEA

EUCARYA; Fungi

11

12

BACTERIA

ARCHAEA

EUCARYA; Fungi

Klasifikasi bakteri

Klasifikasi bakteri menggunakan Sistematika Bergeys

EDISI :KE-9 TAHUN1994
BERGEYS MANUALOF DETERMINATIVE BACTERIOLOGY
Eubacteria Gram negatif dengan dinding sel
Teridiri atas 16 Group(1-16)
Eubacteria Gram positif dengan dinding sel
Teridiri atas 6 Group(17-29)
Eubacteria tanpa dinding sel
Teridiri atas 1 Group(30)
Archaeobacteria, terdiri atas 5 group (31-35)

13

Perubahan konsepsi Taksonomi Mikroba

Apakah sekali mikroorganisme ditetapakan tempatnya
Dalamtaksonomi merupakan suatu keputusan mutlak?

14

 BERGEYS MANUALOF DETERMINATIVE BACTERIOLOGY

Edisi ke- 8 (1974)

unia prokariot terdiri atas 2 Divisi :yaitu Divisi sianobakter

lga hijau biru yang bersifat fototrofik dan Divisi Bakeria
ang terdiri atas 19 kelompok

BERGEYS MANUALOF DETERMINATIVE BACTERIOLOGY

Edisi ke- 7 (1957)
Bakteri dimasukan dalam dunia Tumbuhan :
Divisi I
: Protophyta terdiri 3 kelas
Kelas I
: Schizphyceae (gangangbiru)
Kelas I I :Schizomycetes (bakteri dan yang sebntuk)
Kelas III : Microtstobiotes (Rickettsia dan Virus)
Divisi II
: Thalophyta
Divisi III : Bryophyta
Divisi IV : Pteridophyta
15
Divisi V : Spermatophyta

Contoh perubahan letak taksonomi mikroorganisme

16

Ciri-ciri utama pengelompokan mikroorganisme

Morfologi sel
Bentuk, ukuran, stuktur, susunan, reaksi pewarnaan, pergerakan dan susuna flagel

Susunan kimiawi
sel

Sel yang diberi perlakuan kimiayang memperlihatkan susunan kimiawi yang

spesifik
Contoh :
1.Bakteri gram negatif memiliki liposakarida dalam dinding sel-nya; gram (+)
tidak
2. Bakteri gram positif terdapat asam teikoat; gram (-) tidak
Sifat biakan
Keperluan zat hara dan kondisi fisik yang diperlukan untuk pertumbuhan

17

Sifat Metabolisme sel

Proses kehidupan dalam sel merupakan renretan reaksi kimia yang disebut
METABOLISME
Berbagai macam reaksi dapat dijadikan sebagai penciri, misal: Bakteri
Simbion kedele (Bradyrhizobium japonicum dalam melakukan metabolisme
Nitrogen (Nitrikasi)

Sifat Antigenik
Antigen merupakan bahan kimia tertentu dari sel mikroba, yang akan
Berikatan spesifik dengan antibodi

18

Sifat genetik
Mikroba memiliki DNA kromosom yang konstan dan spesifik , juga DNA
Eksrakromosom (plasmid) yang dimiliki mikroorganisme tertentu. Plasmid
Memberikan sifat khusus mikroorganisme Misalnya
1.Kemampuan menghasilkan toksin
2.Resistensi terhadap antibiotik
3.Resistensi terhadap logam berat

Sifat genetik dicirikan berdasarkan susunan basa DNA (perbandingan mol% GC

Mol % GC =

19

Sifat Patogenitas

Kemampuan mikroba menimbulakan penyakit menjadi penciri

mikroorganisme tersebut.

Sifat Ekologi

Habitat merupakan penciri mikroorganisme. Masing-masing

Organisme memiliki habibat yang berbeda. Air tawar, laut, darat,
Organisme lain bahkan sesama mikroorganisme

20

Metode klasifikasi bakteri

Analisis fenotip mencangkup bentuk, metabolisme,enzim dan

Ciri lain-nya :

Taksonomi molekuler : Rasio GC,Hibridisasi

HibridisasiDNA
genom,analisis ribot
Sequen tipe multilokus (multilocus sequence typing), profillipid

21

Hibridisasi Genom
Organisme
dibandingkan
Penyiapan
DNA

DNA

DNA

Potongan DNA +

Potongan DNA

Panaskan untuk denaturasi

DNA diisolasi dari organisme uji dan diberi label fosfat radioaktif

Hibridisasi

Campur DNA dua organismei

DNA hibridisasi

Tak terhibridisasi

Eksperimen hibridisasi DNA tidak berlabel (organisme 2) diberi berlebih guna

22
mencegah DNA berlabel ber-ikatan kembali

Lanjutan...
Hasil dan interpretasi
Spesies
sama

Genus sama
Spesies beda

Genus
berbeda

Galur sama
(kontrol)

dan
Berdeda genus

DNAberhibdisasi sendiri (organisme 1)diangkap bernilai 100%

23

Hibridisasi DNA: DNA

DNA organisme A

DNA organisme B
Pemanasan untuk
Pemisahan utas

Pengabungan
Utas tunggal
Pendinginan untuk
Renaturasi utas ganda
DNA

Hibridisasi sempurna
Organisme identik

Hibridisasi sebagian
Organisme berhubungan

Hibridisasi tidak terjadi

Organisme berbeda

24

BACTERIA

ARCHAEA

EUCARYA; Fungi

Aktinomiset es: bakteri gramn positif, GC tinggi dan berfilamen

Aktinomiset adalah bakteri mirip jamur, hifa

lebih kecil
beberapa kelompok bersifat patogen pada
Manusia, hewan dan tanaman. Misal :
Mycobacterium tuberkulosis

Nocardia

beberap genus dapat menambat Nitrogen

(fixing nitrogen bacteria) : genus Frankia

kelompok Aktinomicetes
I.Aktimiset es: Actinomyces
II.Mikobakteria : Mycobacterium
III.Aktinoplanes : Actinoplanes
IV.Aktinomiset penambat Nitrogen : Frankia
V.Dermatofilus : Dermathophilus
VI.Streptomiset : Streptomyces
VII.Mikromonospora ; micromonospora

25

Streptomyces

Koloni Streptomyces dan bakteri tanah yang

lainnya

Close up koloni Streptomyces

Aksi antibiotik Streptomycesc

26

Streptomyces

Streptomyces merupakan bakteri dengan jum lah spesies 500 spesies

Ciri utama jenis ini adalah konidia dan sporofor seringkali berpigmen,
memberi Warna karakteristik pada koloni dewasa
Ciri yang melambungkan nama jenis bakteri ini adalah kemampuan
menghasilkan ANTIBIOTIK yang memiliki spektum yang luas
Kelas Kimia

Antibiotik

Bakteri

Aktivitas

Aminoglikosida

Streptomisin
Spektinomisi
n

S. griseus
Streptomyces
spp.

Sebagian besar gram negatif

M. Tuberculosis, N.gonorrhoea

Tetrasiklin

Neomisin
Tertasiklin
Klortetrasikli
n

S. fradiae
S. aurofaciens

Spektrum luas, mycoplasma

Makrolida

Eritromisin

Saccharopolyspor
a erythraea

Gram positif penganti penisislin,

Legionella, Bacteriodes fragilis

Poliena

Klindamisisn
Nistatin
Amfostin B

S. lincolnensis
S. noursei
S. nodosus

Cendawan; Candida
Cendawan

Kloramfeniko

S.venezuela

Spektrum luas, demam tifus

27

BACTERIA

ARCHAEA

EUCARYA; Fungi

Sianobakteria (Cyanobacteria)

Gloeothece; sel tunggal

Berdiameter 56 mikron

Filamen heterosis
Anabaena

filamen Oscillatoria

Filamen bercabang Fischerella

Ukuran sel; diameter 0,5-1 hingga 40 mikrometer

Ciri utama sianobakteria adalah fototof oksigenik
dibedakan dengan bakteria : adanya adanya membran internal :
Tylakoid yang mengandung klorofil untuk fotosintesis
Sebaran ekologi : hampai di temui dimana saja, daratan atau lautan
maupun sumber air panas 70C
28

Sianobakteria
Pigmen fotosintesis : klorofil a, fikobilin, fikosianin(biru hijau),fikoetrin
Merah atau coklat
Memiliki vesikel gas (Gas Vesicles) terutama pada organisme planton
berfungsi : mengatur kegiatan terapung untuk memperoleh cahaya
Banyak sel sianobakter menghasilkan neurotoxin bila membentuk
masa kompak (bloom)

Bloom Sianobacteria

29

Sianobakteria
Memiliki heterosis (sel bulat kosong tersebar teratur atau sepanjang
filamen) untuk situs penambatan nitrogen
Membentuk akinet(spora dorman) melindungi pada kondisi gelap,
Kering atau beku

heterosis

akinet

Akinet (spora istrahat) Anabaena

Heterosis pada Anabaena

Mekanisme fungsi
heterosis
30

Berikutnya :

ARCHAEA

EUCARYA; Fungi
31