Ika Fidianingsih

Blok Introduksi 1.1 (KBK 2011), 11 Oktober 2013 [22]

1
 Apa tujuan replikasi DNA?
Kapan terjadi replikasi DNA?
Dimana terjadi replikasi DNA?
Apakah perbedaan replikasi DNA pada
eukariot dan prokariot?

2
Dua pasang
polinukleotida

1 nukelotida t.a :

Deoksiribosa
Gugus fosfat
Basa nitrogen

3
4
anti paralel

5
 Polymers linked 3' to 5' by phosphodiester bridges.
Interchain H bonds form base pairs.
Chargaffs rules: A=T, G=C, Purines = Pyrimidines

6
 The linear
eukaryotic DNA
is wrapped
around histone
proteins to form
nucleosomes.

7
 penggandaan
molekul DNA untai
ganda.
Kapan?
Pada eukariota, yaitu
pada fase S siklus sel,
sebelum mitosis atau
meiosis I.

8
Manakah model replikasi DNA ?

Konservatif
Semi konservatif
Dispersif

9
 Konservatif

Molekul DNA untai ganda induk tetap

bergabung sedangkan kedua untai DNA
anakan terdiri atas molekul hasil sintesis baru
10
 Semikonservatif : Watson dan Crick

Setiap molekul DNA untai ganda anakan

terdiri atas satu untai tunggal DNA induk
dan satu untai tunggal DNA hasil sintesis
baru.
11
 Dispersif (dispersive)

Molekul DNA induk mengalami fragmentasi

sehingga DNA anakan terdiri atas campuran
molekul lama (dari DNA induk) dan molekul
hasil sintesis baru
12
1. Denaturasi
2. Inisiasi
3. Elongasi
4. Ligasi
5. Terminasi

13
pemisahan kedua untaian DNA oleh enzim
helikase, sehingga membentuk garpu
replikasi

14
 didahului oleh sintesis primer
replikasi dimulai di tempat tertentu yang
disebut ori/titik awal replikasi
15
Bagian DNA yang membuka tersebut makin lama
makin besar, sehingga membentuk struktur seperti
gelembung yang disebut gelembung replikasi
(replication bubble).

16
- Kedua untaian DNA induk yang telah
terpisah, masing-masing berperan sebagai
template atau cetakan untuk mensintesis
DNA baru
- Kedua untai yang telah memisah, dicegah
menyatu kembali (reannealing) oleh protein
SSBs
- Lalu protein SSBs dihilangkan oleh primosom

17
 Proses pemisahan untai DNA tersebut
menimbulkan ketegangan (torsional stress)
pada untai ganda
enzim gyrase (topoisomerase) berfungsi
untuk memutar untaian DNA sehingga kedua
untaian DNA mengalami rotasi satu sama
lain, sehingga ketegangan pilinan molekul
DNA dapat dikurangi.

18
 perpanjangan / polimerisasi / sintesis DNA
baru
oleh enzim polimerase DNA
Polimerase hanya akan bekerja jika ada
primer
Leading strand

Lagging strand

19
 Sintesis DNA selalu
berlangsung dengan
orientasi 5P 3OH
Karena ada 2
cetakan yang
orientasinya
berlawanan ,
leading strand
Lagging strand

20
 dari DNA template dengan arah 3'5
Untaian DNA yang disintesis dengan arah 5'3'
secara berkesinambungan/ continue.
searah dengan arah pergerakan garpu replikasi.

21
 dari DNA
template dengan
arah 5'3
Untaian DNA yang
disintesis
discontinue.
Terbentuk
fragmen Okazaki

22
- proses penyambungan
fragmen-fragmen DNA
(Okazaki)
- oleh enzim ligase

23
24
 Pada prokariot : genom berbentuk lingkar atau sirkuler,
sehingga replikasi genom akan berakhir jika kedua
garpu replikasi bertemu di satu titik. titik tempat
pengakhiran replikasi disebut sisi terminasi

Pada eukariot, berbentuk linear, bisa terjadi masalah

khususnya replikasi bagian ujung kromosom (telomer).
Jika primer yang terletak di ujung kromosom
didegradasi, maka tidak dapat dilakukan pengisian
bagian kosong bekas tempat penempelan primer
tersebut, karena bagian kosong atau celah tersebut
terletak di ujung 5 padahal replikasi selalu berlangsung
dari ujung 5 ke ujung 3.
25
 Akibatnya lama kelamaan akan terjadi
pemendekan kromosom. Namun, masalah ini
dapat diatasi oleh enzim telomerase yang
akan menambahkan sekuen spesifik pada
ujung kromosom sehingga dapat digunakan
sebagai primer dalam sintesis telomer.

26
1. DNA cetakan (template)
2. Molekul deoksi
ribonukleotida (dATP,
dTTP, dCTP, dGTP)
3. Helikase
4. Girase
enzim
5. SSB : single strand binding
protein
6. Primase
7. DNA-polimerase
8. DNA ligase

27
Enzimenzim yang berperan dalam replikasi DNA :
Helikase :

- membuka ikatan DNA

induk
- dengan cara
melepaskan ikatan
hidrogen antara 2 basa
- dibantu oleh enzim
girase (topoisomerase)
untuk mengurangi
tegangan untai ganda
Proses replikasi DNA sangat kompleks dan
melibatkan aktivitas banyak enzim
28
SSB (single strand DNA
binding protein):
- menstabilkan untaian
DNA yang telah terbuka
- mencegah penyatuan
kembali (reannealing)
untaian DNA yang telah
dibuka oleh helikase
sebelumnya

29
 Dengan cara beberapa protein SSB
menempel pada untai tunggal DNA
Kemudian SSBs akan dihilangkan (stripped
away) oleh primosom

30
Enzim primase :
- mengkatalisis sintesis
primer untuk memulai
sintesis DNA

31
DNA polimerase:
- enzim utama
yang mengkatalisis
proses polimerisasi
nukleotida menjadi
DNA

32
Polimerase DNA
memerlukan primer yang
menyediakan ujung 3OH
sehingga polimerase dapat
merekrut nukleotida bebas
(free nucleotide) lalu
memasangkannya ke untai
induk tunggal (parental
strand)

33
 yakni :
- polimerase DNA : mengawali replikasi pada
kedua untai~ polimerase DNA III
- polimerase DNA : pemanjangan untai
- polimerase DNA : reparasi
- polimerase DNA : reparasi~polimerase DNA I
- polimerase DNA : replikasi DNA mitokondria

34
 Polimerase DNA I :
mengganti primer RNA pada fragmen Okazaki
dengan DNA
reparasi DNA yang rusak
Polimerase DNA II : terlibat dalam proses
reparasi DNA
Polimerase DNA III : sintesis untaian DNA
awal (leading strand & lagging strand) atau
untuk proses polimerisasi primer
35
 Sifat polimerase DNA :
- mengkatalisis sintesis DNA selalu dalam arah 5
3
- untuk sintesis DNA harus ada primer
- banyak polimerase DNA mempunyai aktivitas
eksonuklease 3 5. Untuk keperluan mekanisme
proof reading/koreksi kesalahan
- beberapa polimerase DNA punya aktivitas
eksonuklease 5 3 . Untuk degradasi primer RNA
pada fragmen okazaki

36
Ligase
- untuk menyambung
fragmen-fragmen DNA
(fragmen Okazaki)
- mengkatalisis
pembentukan ikatan
fosfodiester antara
fragmen-fragmen Okazaki
- sehingga sintesis lagging
strand berjalan sempurna

37
38
 Primer
- adalah molekul yang digunakan untuk
mengawali proses polimerisasi untaian DNA

Polimerisasi DNA memerlukan primer

dan template (cetakan)

Polimerisasi RNA (pada transkripsi), tidak

memerlukan primer
39
 Primer berupa oligonukleotida / untai RNA
pendek (short piece of RNA) yang dapat
dikenali oleh polimerase DNA untuk proses
polimerisasi (pemanjangan). Panjangnya
sekitar 5-15 nukleotida (10-12 nukleotida)
Secara umum, primer dapat berupa DNA, RNA atau
protein. Misal pada replikasi in vitro, primer berupa
DNA.

40
 menyediakan ujung
3OH (gugus
hidroksil) yang akan
digunakan untuk
menempelkan
molekul DNA
pertama dalam
proses polimerisasi

41
 Ori (origin of replication) atau titik awal
replikasi: adalah tempat enzim helikase
bekerja melepaskan/membuka untai ganda
DNA sehingga terjadi proses replikasi
Prokariot : mempunyai satu Ori
Eukariot : mempunyai banyak Ori
Pd manusia menggunakan lebih dari 20.000
ori selama replikasi genom.

42
 Eukariot mempunyai banyak ori karena :
- ukuran genom lebih besar perlu lebih
banyak ori agar replikasi berlangsung cepat
- pergerakan garpu replikasi pada eukariot
lebih lambat daripada prokariot

43
lanjutan

44
 Leading strand :
- atau untaian DNA awal
- untaian DNA yang
disintesis secara kontiyu
- disintesis searah
dengan arah pembukaan
garpu replikasi
(replication fork)

45
 Lagging strand :
- atau untain DNA
lambat
- disintesis secara
diskontinyu
- disintesis
berlawanan arah
geometrinya dengan
arah pembukaan
garpu replikasi
(replication fork)

46
 Fragmen Okazaki
- fragmen-fragmen
DNA pendek yang
disintesis (pada untai
DNA lambat/lagging
strand)
- diungkapkan
pertama oleh REIJI
OKAZAKI, th 1968

47
 Semidiskontinyu :
- mekanisme replikasi DNA berlangsung secara
semi diskontinyu karena ada perbedaan mekanisme
dalam proses sintesis kedua untaian DNA
leading strand : kontinyu
lagging strand : diskontiyu (tahap demi tahap)
jadi total : semi diskontinyu

48
 meregulasi aktivasi enzim helikase pada
proses inisiasi replikasi, yang dilakukan oleh
protein kinase spesifik, yang disebut dengan
S-phase cyclin-dependent kinase.

49
 mekanisme proof reading atau koreksi pembacaan
dilakukan oleh :
E. Coli : enzim polimerase III dan I
pada eukariot: enzim polimerase dan
DNA polimerase III akan menyeleksi basa-basa yang telah
disambungkan sebelumnya.
Jika ada molekul DNA yang mengalami mismatched atau
keliru berpasangan pada ujung 3-OH suatu primer, maka
basa yang salah pasangan tersebut akan dipotong oleh sub
unit DNA polimerase III yang mempunyai aktivitas 3 5
eksonuklease.

50