BIOKIMIA 2017

Biokimia 2017
 Dr.phil.nat. Periadnadi
081363904217
Periadnadi@yahoo.com,
periadnadi@gmail.com
Periadnadi@fmipa.unand.ac.id

Biokimia 2017
3
Dr.phil.nat. Periadnadi
Karbohidrat, Lipid, Protein dan Asam Nukleat
Fotosintesa
Fotosintesa :
Suatu proses yang dengannya tumbuhan, beberapa
bakteri dan protista menggunakan energi cahaya
matahari untuk memproduksi gula, yang dengannya
merobah respirasi seluler menjadi ATP (bahan bakar
seluruh sel hidup)
Merobah cahaya matahari (yang tidak berguna) menjadi
energi kimiawi (yang berguna) yang bekerja sama
dengan aksi dari pigmen hijau khlorofil
Menggunakan air dan CO2 membebaskan oksigen yang
sangat dibutuhkan makhluk hidup

Reaksinya :
6H2O + 6CO2 C6H12O6 + 6O2
Daun dan Strukturnya

Air :
Akar ke daun melalui xylem

Stomata, dengan guard cell:

untuk mencegah
penguapan (kekeringan)
Keluar masuknya CO2&O2 6
Cahaya Warna ditentukan oleh panjang
gelombang cahaya
Cahaya tampak adalah
sebahagian kecil electromagnetic
spectrum
Semakin panjang gelombangnya
(cahaya tampak), semakin merah
warnanya
Semakin pendek gelombangnya,
maka warnanya semakin violet
Panjang gelombang yang lebih
panjang dari merah disebut Infra
Red
Panjang gelombang yang lebih
pendek dari violet disebut Ultra
Violet

Biokimia 2017 7
Khlorofil dan pigmen lain
Fotosintesa pada tumbuhan tinggi
berlangsung di dalam organel khusus yang
disebut Plastid (Khloroplast)
Khloroplast mengandung Khlorofil
Semua organisme yang berfotosintesa
mempunyai khlorofil a, Pigmen lain menyerap
cahaya yang tidak terserap oleh khlorofil a
Pigmen lain:
Khlorofil b
Khlorofil c, d dan e (pada alga dan
protista)
Karotinoid (ex. a dan b-karotin)

Biokimia 2017-Dr.phil.nat. Periadnadi 8

Struktur khloroplast dan membran Fotosintesa

Biokimia 2017-Dr.phil.nat. Periadnadi 9

Biokimia 2017 10
 Karbohidrat

Dr.phil.nat. Periadnadi
Jur. Biologi FMIPA Universitas Andalas.
Komposisi dasar Karbohidrat
I
H - C - OH
I

(CH2O)n
Karbohidrat
Kumpulan besar senyawa-senyawa Hidrogen dan Oksigen dengan
perbandingan (seperti pada air /H2O), dan dikombinasikan dengan
Karbon. Rumusnya secara umum ditulis Cn(H2O)n.
Secara keseluruhan adalah senyawa organik yang paling banyak
ditemukan di alam, diproduksi tumbuhan hijau melalui fotosintesa,
CO2-nya diambil/ didapatkan dari udara.
Karbohidrat pada prinsipnya terdiri dari :
Gula Pati
Dextrin Sellulosa Glikogen
Yang paling sederhana adalah Gula sederhana (Monosaccharida),
yang mengandung gugus aldehid (aldosa) atau keton (ketosa)
yang terpenting : glukosa dan fruktosa
Biokimia 2017 13
Karbohidrat
Dua molekul monosaccharida yang bergabung bersama,
dihubungkan oleh Oxigen dan kehilangan 1 molekul air disebut
Disaccharida yang terpenting : Sukrosa (gula tebu), maltosa dan
laktosa

Biokimia 2017 14
Karbohidrat
Polisaccharida mempunyai molekul yang besar (misalnya 10 unit
pada glikogen, 25 unit pada pati dan 100 s/d 200 unit pada sellulosa)
yang tersusun dari satu ataupun beberapa macam Monosaccharida

Berfungsi pada makhluk hidup sebagai struktur yang essensial dan

sebagai cadangan energi.

Biokimia 2017 15
Karbohidrat
Struktur utamanya:
Tumbuhan sellulosa & hemisellulusa
Hewan
Khitin (komponen utama eksoskeleton arthropoda)
Glucoprotein (pada membran sel kaya akan glucoprotein)

Sebagai penyimpanan energi

Tumbuhan pati
Hewan glikogen
Bila energi dibutuhkan karbohidrat akan dipecah oleh enzim

Biokimia 2017 16
Karbohidrat
Karbohidrat digunakan pada pabrik-pabrik film, plastic dan produk
lainnya.
Sellulosa (salah satu karbohidrat) bisa dikonversi menjadi
viscosa rayon, acetate rayon, dan produk kertas.
Nitrocellulosa (sellulosa nitrat) digunakan dalam memproduksi
film (motion picture film), semen, guncotton, celluloid dan
produk-produk plastic lainnya.
Pati digunakan dalam prosa pembuatan makanan. Pectin
(pembuat jelli), gum Arabic dan Agar-agar digunakan dalam
memproduksi bahan-bahan perekat dan emulsi.
Gum Arabic juga digunakan dalam dunia obat-obatan, agar-
agar merupakan kandungan laksatif dan juga sebagai media
untuk bakteri maupun jamur. Biokimia 2017 17
Monosaccharida:
Gula sederhana
Multiple OH groups
Jumlah atom C
Triose (3)
Tetrose (4)
Pentose (5)
Hexose (6)

Disaccharida
2 monosaccharida terikat secara kovalen

Oligosaccharida
beberapa monosaccharida terikat secara kovalen

Polisaccharida
polimer yang terdiri dari rantaian monossaccharida atau
disaccharida
Biokimia 2017 19
 yang mengandung gugus
Aldosa aldehid (aldosa) atau keton
(ketosa) yang terpenting :
glukosa dan fruktosa

Biokimia 2017 20
Ketosa

Biokimia 2017 21
 Gula D atau L
Penandaan D & L didasarkan pada konfigurasi C asimmetris
tunggal pada gliseraldehid.

CHO CHO

H C OH HO C H

CH2OH CH2OH

D-glyceraldehyde L-glyceraldehyde

CHO CHO

H C OH HO C H

CH2OH CH2OH
D-glyceraldehyde L-glyceraldehyde
 O H O H
C C
H C OH HO C H
HO C H H C OH
H C OH HO C H
H C OH HO C H
CH2OH CH2OH
D-glucose L-glucose
Gula D adalah bayangan cermin dari Gula
L
Mempunyai nama yang sama e.g., D-glukosa & L-
glukosa

mempunyai nama khusus stereoisomers

e.g., glukosa, mannosa, galactosa, etc.

Jumlah stereoisomers adalah 2n, n adalah jumlah
pusat asimmetris
Aldosa dengan 6 atom C mempunyai 4 pusat
asimmetris sehingga mempunyai 16 stereoisomer
(8 gula D and 8 gula L)
Pentosa & Hexosa bisa melingkar karena Keton & Aldehid berikatan dengan OH
Glukosa membentuk suatu hemiasetal intra-molekul, karena C1 aldehyd & C5
OH bereaksi membentuk suatu cincin 6 sisi yang disebut pyran (pyranosa).

1
CHO

H C OH
2
HO C H D-glucose
3
H C OH (linear form)
4
H C OH
5
CH2OH
6

6 CH2OH 6 CH2OH
5 O 5 O
H H H OH
H H
4 H 1 4 H 1
OH OH
OH OH OH H
3 2 3 2
H OH H OH
a-D-glucose b-D-glucose
Fruktosa membentuk

pyranosa 6 sisi, karena reaksi C2 keto group dengan OH pada C6

furanosa 5 sisi, karena reaksi C2 keto group dengan OH pada C5

CH2OH
1

2C O

HO C H
1 CH2OH
3 HOH2C 6 O
H C OH HO
4 5 H 2

H C OH H 4 3 OH
5
OH H
6
CH2OH

D-fructose (linear) a-D-fructofuranose

Derivat (turunan) Gula
CH2OH COOH CHO

H C OH H C OH
H C OH
HO C H HO C H
H C OH
H C OH H C OH
H C OH
H C OH H C OH
CH2OH CH2OH COOH
D-ribitol D-gluconic acid D-glucuronic acid

sugar alcohol (alkohol gula)

gula yang kehilangan gugus aldehid atau ketonnya; e.g.,
ribitol.
sugar acid (asam gula)
aldehid pada C1, atau OH pada C6, dioksidasi menjadi asam
karboksilat; e.g., asam glukonat (gluconic acid), glukuronat
(glucuronic acid).
 CH2OH CH2OH

H O H H O H
H H
OH H OH H

OH OH OH O OH
H NH2 H N C CH3
H
a-D-glucosamine a-D-N-acetylglucosamine

Gula amino (amino sugar)

suatu gugus amino menggantikan suatu gugus hydroxyl,
e.g. glukosamin.
amino group bisa saja terasetilasi (acetylated) seperti pada
N-acetylglukosamin.
 Ikatan Glikosidis (Glycosidic Bonds)
Hidroksil anomeris suatu gula berikatan dengan hidroksil gula atau
senyawa lainnya, memisahkan air :

e.g., metanol bereaksi dengan OH anomeris pada glukosa akan

membentuk methyl-glucosid (methyl-glucopyranosa).
R-OH + HO-R' R-O-R' + H2O
H OH H OH
H O H2O H O
HO HO
HO H + CH3-OH HO H
H OH H OH
H OH H OCH3
a-D-glucopyranose methanol methyl-a-D-glucopyranose
 Disaccharida
Sukrosa

gula meja(gula pasir), merupakan ikatan

glikosidis a(12) antara glukosa dan
fructosa.
Nama lengkapnya a-D-glucopyranosyl-
(12)-b-D-fructopyranosa.)

laktosa

gula susu, disaccharida yang disusun oleh

galaktosa & glukosa, dengan ikatan b(14)
dari galactosa
Nama lengkapnya b-D-galactopyranosyl-
(1 4)-a-D-glucopyranosa
 Disaccharida
Maltosa

disaccharida hasil perombakan

pati (e.g, amilosa) dengan ikatan
a(1,4) glicosidis dari C1 - C4 OH
dari 2 glukosa. (C1-O ke bawah).

Cellobiosa

suatu hasil perombakan selulosa

dengan ikatan b(1,4) glicosidis
dari C1 - C4 OH dari 2 glukosa (C1-
O ke atas). Ikatan b(1,4) glicosidis
digambarkan sebagai suatu zig-
zag yang sebenarnya satu glukosa
terbalik
 CH2OH 6CH OH CH2OH CH2OH CH2OH
2
O 5 O H O H O H H O H
H H H H H
H H H H H
OH H 1 4 OH H 1 OH H OH H OH H
O O O O OH
OH 2
3
H OH H OH H OH H OH H OH
amylose

Polysaccharida:
Plants store glukosa as amylosa or amylopectin, glukosa polymers collectively called
starch.
glukosa storage in polymeric form minimizes osmotic effects.
Amylosa is a glukosa polymer with a(14) linkages.
The end of the polysaccharide with an anomeric C1 not involved in a glycosidic bond
is called the reducing end.
 CH2OH CH2OH
H O H H O H amylopectin
H H
OH H OH H 1
O
OH
O
H OH H OH

CH2OH CH2OH 6 CH2 CH2OH CH2OH

H O H H O H H 5 O H H O H H O H
H H H H H
OH H OH H OH H 1 4 OH H OH H
4 O O
O O OH
OH
3 2
H OH H OH H OH H OH H OH

Amylopectin adalah suatu polimer glukosa dengan mainly a(14) linkages, but it also has
branches formed by a(16) linkages. Branches are generally longer than shown above.
The branches produce a compact structure & provide multiple chain ends at which enzymatic
cleavage can occur.
 CH2OH CH2OH
H O O
glycogen
H H H
H H
OH H OH H 1
O
OH
O
H OH H OH

CH2OH CH2OH 6 CH2 CH2OH CH2OH

H O H H O H H 5 O H H O H H O H
H H H H H
OH H OH H OH H 1 4 OH H OH H
4 O O
O O OH
OH 2
3
H OH H OH H OH H OH H OH

Glycogen, the glukosa storage polymer in animals, is similar in structure to

amylopectin.
But glycogen has more a(16) branches.
The highly branched structure permits rapid glukosa release from glycogen stores, e.g.,
in muscle during exercise.
The ability to rapidly mobilize glukosa is more essential to animals than to plants.
 CH2OH 6CH OH CH2OH CH2OH CH2OH
2
O 5 O O H O H O OH
H H H
H H H H H
OH H 1 O 4 OH H 1 O OH H O OH H O OH H
OH H H H
H 2 H
3
H OH H OH H OH H OH H OH
cellulose
Cellulosa, a major constituent of plant cell walls, consists of
long linear chains of glukosa with b(14) linkages.
Every other glukosa is flipped over, due to b linkages.
This promotes intra-chain and inter-chain H-bonds and

van der Waals interactions, that

cause cellulosa chains to be
straight & rigid, and pack with a
crystalline arrangement in thick
bundles - microfibrils.
Schematic of arrangement of
cellulose chains in a microfibril.
 CH2OH 6CH OH CH2OH CH2OH CH2OH
2
O 5 O O H O H O OH
H H H
H H H H H
OH H 1 O 4 OH H 1 O OH H O OH H O OH H
OH H H H
H 2 H
3
H OH H OH H OH H OH H OH
cellulose

Multisubunit Cellulosa Synthase complexes in the plasma

membrane spin out from the cell surface microfibrils consisting
of 36 parallel, interacting cellulosa chains.
These microfibrils are very strong.
The role of cellulosa is to impart strength and rigidity to plant
cell walls, which can withstand high hydrostatic pressure
gradients. Osmotic swelling is prevented.
Explore and compare structures of amylosa & cellulosa using
Chime.
 CH 2OH
D-glucuronate 6
- H 5 O
6 COO H
4 1 O
O H
H 5
H OH H
4 H 1 3 2
OH
H H NH COCH 3
3 2 O
H OH N-acetyl-D-glucosamine
hyaluronate

Glycosaminoglycans (mucopolysaccharida) are linear polymers of repeating

disaccharida.
The constituent monosaccharida tend to be modified, with acidic groups, amino groups,
sulfated hydroxyl and amino groups, etc.
Glycosaminoglycans tend to be negatively charged, because of the prevalence of acidic
groups.
 CH 2OH
D-glucuronate 6
- H 5 O
6 COO H
4 1 O
O H
H 5
H OH H
4 H 1 3 2
OH
H H NH COCH 3
3 2 O
H OH N-acetyl-D-glucosamine
hyaluronate

Hyaluronat (hyaluronan) adalah suatu glycosaminoglycan with a repeating

disaccharide yang terdiri dari 2 derivat glukosa, glukuronat (glucuronic acid) & N-acetyl-
glukosamin.
The glycosidic linkages are b(13) & b(14).
 CH2OH C O

Oligosaccharida that are H O O CH2 CH

H serine
covalently attached to proteins or OH H
NH
residue
to membrane lipids may be OH O H
linear or branched chains.
H HN C CH3

b-D-N-acetylglucosamine

O-linked oligosaccharide chains of glycoproteins vary in complexity.

They link to a protein via a glycosidic bond between a sugar residue & a serine or
threonine OH.
O-linked oligosaccharida have roles in recognition, interaction, and regulasi enzym.
 CH2OH C O

H O O CH2 CH
H NH serine
OH H residue
OH O H
H HN C CH3

b-D-N-acetylglucosamine

N-acetylglukosamine (GlcNAc) is a common O-linked glycosylation of protein serin atau

residu threonin
Many cellular proteins, including enzymes & transcription factors, are regulated by reversible
GlcNAc attachment.
Often attachment of GlcNAc to a protein OH alternates with phosphorylation, with these 2
modifications having opposite regulatory effects (stimulation or inhibition).
 CH2OH O HN

H O HN C CH2 CH Asn
H
H C O
OH
H HN
OH
HC R X
H HN C CH3
C O
O
N-acetylglucosamine HN

Initial sugar in N-linked

HC R Ser or Thr
glycoprotein oligosaccharide C O

N-linked oligosaccharida of glycoproteins tend to be complex and branched.

First N-acetylglukosamine is linked to a protein via the side-chain N of an
asparagine residue in a particular 3-amino acid sequence.
Karbohidrat, Lipid, Protein dan
Asam Nukleat
 TCA

Biokimia 2017 46
Biokimia 2017 47
Glikolisis :
Glikolisis, (Glykys = manis dan lysis = larut,
pemecahan)
Suatu rantaian reaksi pemecahan glukosa menjadi
asam piruvat dan sekaligus dihasilkan ATP
Pada keadaan aerob asam piruvat akan masuk ke
mitochondria dan melalui siklus krebs dan respirasi
akan dirobah menjadi CO2 dan H2O. Akan dihasilkan
energi yang maksimal dari glukosa
Tanpa adanya oksigen piruvat akan dirobah menjadi
asam laktat (pada otot yang berkontraksi) atau
menjadi etanol (peragian)

Biokimia 2017 48
Struktur-struktur penting pada glikolisis:

Glukosa 6 atom C) Piruvat (3 atom C) :

6 atom C derivat-derivat glukosa dan
fruktosa
3 atom C derivat-derivat Dihidroksiaseton,
gliseraldehid, gliserat dan piruvat
Produk-produk diantara keduanya, semuanya
Biokimia 2017 49
dalam bentuk terfosforilasi
Gugus fosforilnya berbentuk Ester atau
Anhydrid
Glyceraldehyd

Biokimia 2017 50
 NH2
O
O O O N N
HO
HO P
P O
O P O P O CH2 N N
O
OH
OH OH OH

Adenosin
HO OH

AMP (Adenosin-5'-monophosphat)

ADP (Adenosin-5'-diphosphat)

ATP (Adenosin-5'-triphosphat)
Tipe-tipe reaksi pada glikolisis
1. Transfer gugus
phosphoryl

2. Pemindahan gugus phosphoryl

Biokimia 2017 52
 3. Isomerisasi

4. Dehidratisasi

5. Pemecahan Aldol

Biokimia 2017 53
Biokimia 2017 54
Tahapan Glikolisis
1. Pembentukan Fructose-1,6-diphosphat dari Glucose

Biokimia 2017 55
 ADP

Biokimia 2017 56
2. Terbentuknya Gliseraldehid-3-fosfat melalui pemecahan dan
Isomerisasi

Biokimia 2017 57
Biokimia 2017 58
3. Menghasilkan energi:
Fosforilasi dan oksidasi
Gliseraldehid-3-fosfat saling
terikat satu sama lainnya

1,3-diphosphoglycerat 59

Biokimia 200
4. Pembentukan ATP dari 1,3-difosfogliserat

1,3-diphosphoglycerat

60

Biokimia 200
5. Pembentukan pirufat dan ATP kedua

Reaksi Perubahan ATP

Biokimia 2017 61
 TCA

Biokimia 2017 62
 Empat Langkah Katabolisme Glukosa

glucose 1. glycolysis

pyruvate
2. link reaction
acetyl CoA
carbon dioxide

3. Krebs cycle

4. Oxidative
NADH FADH2 phosphorylation

electron transport chain

H2O
Biokimia 2017 64
Biokimia 2017 65
Sitrat terbentuk dari kondensasi Oksaloasetat dan Asetil-Coenzim A

Biokimia 2017 66
Sitrat diisomerisasi menjadi Isositrat

Biokimia 2017 67
Isositrat melalui oksadasi dan Dekarboksilasi
dirubah menjadi a-Ketoglutarat

Biokimia 2017 68
Succinil-CoA terbentuk dari Dekarboksilasi oksidatif dari a-Ketoglutarat

+ Pi + GDP + GTP + CoA

Biokimia 2017 69
Regenerasi Oxaloacetat melalui
Oxidasi Succinat

Biokimia 2017 70
Biokimia 2017 71
Biokimia 2017 72
 Empat Langkah Katabolisme Glukosa

glucose 1. glycolysis

pyruvate
2. link reaction
acetyl CoA
carbon dioxide

3. Krebs cycle

4. Oxidative
NADH FADH2 phosphorylation

electron transport chain

H2O
Biokimia 2017 74
Biokimia 2017 75
76 Biokimia 2017
 Respirasi adalah langkah terakhir dari pemecahan glukosa
Glikolisis glukosa 2 piruvat dan dihasilkan 2 ATP
TCA dihasilkan NADH/H+ und FADH2

77 Biokimia 2017
 1906 : oxidative phosphorylation mulai dilaporkan oleh Arthur Harden tentang pentingnya
peranan phosphate dalam fermentasi selluler , tapi baru sebatas sugar phosphates
awal 1940an: hubungan antara oksidasi gula dengan pembentukan ATP oleh Herman Kalckar,
1941 : Fungsi utama ATP dalam transfer energi oleh Fritz Albert Lipmann
1949 : coenzyme NADH pada metabolic pathways seperti TCA oleh Morris Friedkin and Albert
L. Lehninger
20 th kemudian (1961): dengan publikasinya chemiosmotic theory Peter D. Mitchell "high-
energy intermediate" yang berkaitan dengan oxidation and phosphorylation reactions. Mendapat
Nobel Price in 1978.
David E. Green , Efraim Racker ATP synthase.
John E. Walker (Nobel Price in 1997) studi struktur tentangenzim-enzim oxidative
phosphorylation

78 Biokimia 2017
Fosforilasi Oksidatif (FO)
Glikolisis,
Oksidasi asam lemak Dihasilkan NADH dan
Siklus CA
FADH2
Molekul berenergi tinggi
Mempunyai pasangan elektron
yang mempunyai potensi
transfer tinggi
Pada transfer elektron ke
molekul O2 banyak energi
yang dibebaskan dalam
menghasilkan ATP
Fosforilasi
Oksidatif
z FO berlangsung pada tempat tejadinya respirasi di
dalam Mitochondria, TCA dan Oksidasi Lemak yang
menghasilkan NADH dan FADH2 terbanyak terjadi
pada tempat yang bersebelahan yaitu pada matriks
dari mitochondria
z Oksidasi NADH 3 ATP dan FADH2 2 ATP
z Oksidasi dan fosforilasi, keduanya saling
berhubungan
z Respirasi secara lengkap menghasilkan banyak
electron carrier seperti Cytochrome
z Pada Eukaryot FO terjadi pada Mitochondria
79
TCA
Berlangsung dalam matrix mitochondria, kecuali succinate dehydrogenase
Kebanyakan NADH dihasilkan dari proses ini

Rantai transfer Elektron

Inner mitochondrial membrane
NADH dirombak menjadi ATP menggunakan suatu ATP synthase
Disebut sebagai oxidative phosphorylation
Mencakup 4 complex utama
82 Biokimia 2017
83 Biokimia 2017
Mitochondrial electron transport
85 Biokimia 2017
 Note:
Tidak semua karbon yang masuk jalur respirasi berakhir
sebagai karbon dioksida (CO2) sebahagian dijadikan sebagai
rangka karbon untuk pembuatan senyawa-senya penting
seperti protein, lipid, DNA, sellulosa dll.
 Hubungan
respiratory intermediates
dengan biosynthetic pathways
lainnya
Gluconeogenesis :
Terjadi umumnya di hati
Sintesa glukosa dari asam piruvat kebanyakan menggunakan enzim
yang sama dengan glikolisis
3 reaksi glikolis mempunyai DG negatif sehingga reaksinya menjadi
irreversible.
Hexokinase (Glucokinase)
Phosphofructokinase
Pyruvate Kinase.
Ketiga reaksi ini mempunyai jalur khusus (bypassed ) pada
Gluconeogenesis.
2 by passed merupakan reaksi hidrolisis sederhana
 Glucose-6-phosphatase
6 CH OPO 2- CH2OH
2 3
5 O O
H H H H
H H2O H
4
OH H 1
OH H + Pi
OH OH OH OH
3 2
H OH H OH
glucose-6-phosphate glucose

Hexokinase (pada Glycolysis) :

glucose + ATP glucose-6-phosphate + ADP
Glucose-6-Phosphatase (Gluconeogenesis) :
glucose-6-phosphate + H2O glucose + Pi
 Glucose-6-phosphatase
6 CH OPO 2- CH2OH
2 3
5 O O
H H H H
H H2O H
4
OH H 1
OH H + Pi
OH OH OH OH
3 2
H OH H OH
glucose-6-phosphate glucose

Glucose-6-phosphatase enzyme is embedded in the

endoplasmic reticulum (ER) membrane in liver cells.
The catalytic site is found to be exposed to the ER lumen.
Another subunit may function as a translocase, providing
access of substrate to the active site.
 Phosphofructokinase
6 CH OPO 2- 1CH2OH 6 CH OPO 2- 1CH2OPO32-
2 3 2 3
O ATP ADP O
5 H HO 2 5 H HO 2

H 4 3 OH H 4 3 OH
Pi H2O
OH H OH H
fructose-6-phosphate fructose-1,6-bisphosphate
Fructose-1,6-biosphosphatase

Phosphofructokinase (Glycolysis) catalyzes:

fructose-6-P + ATP fructose-1,6-bisP + ADP
Fructose-1,6-bisphosphatase (Gluconeogenesis) catalyzes:
fructose-1,6-bisP + H2O fructose-6-P + Pi
Bypass of Pyruvate Kinase:
Pyruvate Kinase (last step of Glycolysis) catalyzes:
phosphoenolpyruvate + ADP pyruvate +
ATP
For bypass of the Pyruvate Kinase reaction,
cleavage of 2 ~P bonds is required.
DG for cleavage of one ~P bond of ATP is
insufficient to drive synthesis of
 Pyruvate Carboxylase PEP Carboxykinase
O O-
O O- C
O O-
C ATP ADP + Pi C O GTP GDP C
C O CH2 C OPO 32-
CH3 HCO3- C CO2 CH2
-
O O
pyruvate oxaloacetate PEP

Bypass of Pyruvate Kinase (2 enzymes):

Pyruvate Carboxylase (Gluconeogenesis) catalyzes:
pyruvate + HCO3- + ATP oxaloacetate + ADP + Pi
PEP Carboxykinase (Gluconeogenesis) catalyzes:
oxaloacetate + GTP PEP + GDP + CO2
 Pyruvate Carboxylase PEP Carboxykinase
O O-
O O- C
O O-
C ATP ADP + Pi C O GTP GDP C
C O CH2 C OPO 32-
CH3 HCO3- C CO2 CH2
-
O O
pyruvate oxaloacetate PEP

Contributing to spontaneity of the 2-step process:

Free energy of one ~P bond of ATP is conserved in the carboxylation
reaction.
Spontaneous decarboxylation contributes to spontaneity of the 2nd
reaction.
Cleavage of a second ~P bond of GTP also contributes to driving
synthesis of PEP.
 N subject to O
carboxylation
Pyruvate C
Carboxylase HN NH
lysine
uses biotin as CH CH residue
prosthetic group. O C
H2C CH O
S (CH2)4 C NH (CH2)4 CH

biotin NH
lysine
H

H3N+ C COO- Biotin has a 5-C side chain whose terminal carboxyl is
CH2
in amide linkage to the e-amino group of an enzyme
lysine.
CH2

CH2
The biotin & lysine side chains form a long swinging
arm that allows the biotin ring to swing back & forth
CH2
between 2 active sites.
NH3
 O
-O C
C N NH lysine
O
CH CH residue
O O
O O C
- - H2C CH
O P O C O
S (CH2)4 C NH (CH2)4 CH
OH
carboxyphosphate carboxybiotin NH

Biotin carboxylation is catalyzed at one active site

of Pyruvate Carboxylase.
ATP reacts with HCO3- to yield carboxyphosphate.
The carboxyl is transferred from this ~P intermediate
to N of a ureido group of the biotin ring. Overall:
At the other active O
O O-
site of Pyruvate C -O C
Carboxylase the C O
C N NH
carboxybiotin
O
activated CO2 is CH CH
CH3
transferred from pyruvate H2C CH O
S
biotin to pyruvate: (CH2)4 C NH R

carboxybiotin O O- O
C
+ pyruvate C
C O HN NH
biotin
CH2 CH CH
biotin + H2C CH O
C
oxaloacetate O O- S (CH2)4 C NH R
oxaloacetate
View an animation.
Pyruvate Glucose-6-phosphatase
Carboxylase glucose-6-P glucose
(pyruvate Gluconeogenesis Glycolysis
oxaloactate) is pyruvate
allosterically fatty acids
activated by acetyl acetyl CoA ketone bodies
CoA.
[Oxaloacetate] tends oxaloacetate citrate
to be limiting for
Krebs cycle. Krebs Cycle

When gluconeogenesis is active in liver, oxaloacetate is diverted to form

glucose. Oxaloacetate depletion hinders acetyl CoA entry into Krebs Cycle.
The increase in [acetyl CoA] activates Pyruvate Carboxylase to make
oxaloacetate.
Avidin, a protein in egg whites with a b barrel
structure, tightly binds biotin.
Excess consumption of raw eggs can cause
nutritional deficiency of biotin.
The strong avidin-to-biotin affinity is used by
avidin
biochemists as a specific "glue." with bound biotin

If it is desired to bind 2 proteins together for an experiment, biotin may

be covalently linked to one protein and avidin to the other.
Explore with Chime the biotinyl domain of a carboxylase and the avidin-
biotin complex.
 O-
O PEP Carboxykinase Reaction
C O O- O-
GTP GDP O
C O C C
CH2 C O- C OPO32-
CO2
C CH2 CH2
-
O O
oxaloacetate PEP

PEP Carboxykinase catalyzes GTP-dependent oxaloacetate PEP. It is

thought to proceed in 2 steps:
Oxaloacetate is first decarboxylated to yield a pyruvate enolate anion
intermediate.
Phosphate transfer from GTP then yields phosphoenolpyruvate
(PEP).
 Mn++
In the bacterial enzyme, ATP is Pi
donor instead of GTP. ATP pyruvate
In this crystal structure of an E. Coli Mg++
PEP Carboxykinase, pyruvate is at the
active site as an analog of PEP/ PEP Carboxykinase
active site ligands PDB 1AQ2
oxaloacetate.

A metal ion such as Mn++ is required for the PEP Carboxykinase reaction,
in addition to a Mg++ ion that binds with the nucleotide substrate at the
active site.
Mn++ is thought to promote Pi transfer by interacting simultaneously with
the enolate oxygen atom and an oxygen atom of the terminal phosphate
of GTP or ATP.
The source of pyruvate and oxaloacetate for gluconeogenesis during
fasting or carbohydrate starvation is mainly amino acid catabolism.
Some amino acids are catabolized to pyruvate, oxaloacetate, or
precursors of these.
Muscle proteins may break down to supply amino acids. These are
transported to liver where they are deaminated and converted to
gluconeogenesis inputs.
Glycerol, derived from hydrolysis of triacylglycerols in fat cells, is also a
significant input to gluconeogenesis.
 glyceraldehyde-3-phosphate
NAD+ + Pi Glyceraldehyde-3-phosphate
NADH + H + Dehydrogenase
1,3-bisphosphoglycerate
ADP
Summary of ATP
Phosphoglycerate Kinase

Gluconeogenesis 3-phosphoglycerate
Pathway: Phosphoglycerate Mutase
2-phosphoglycerate
Gluconeogenesis H2O Enolase
enzyme names in phosphoenolpyruvate
red. CO2 + GDP
PEP Carboxykinase
GTP
Glycolysis enzyme oxaloacetate
Pi + ADP
names in blue. Pyruvate Carboxylase
HCO3- + ATP
pyruvate Gluconeogenesis
 glucose Gluconeogenesis
Pi
Glucose-6-phosphatase
H2O
glucose-6-phosphate
Phosphoglucose Isomerase
fructose-6-phosphate
Pi
Fructose-1,6-bisphosphatase
H2O
fructose-1,6-bisphosphate
Aldolase

glyceraldehyde-3-phosphate + dihydroxyacetone-phosphate
Triosephosphate
Isomerase
(continued)