Penanganan Spesimen dan

Pemeriksaan RT-PCR pada

Middle East Respiratory
Syndrome Coronavirus
(MERS-CoV)
Oleh Kuslya Wahyu Ika Avitasari
D3 Analis Medis, Fakultas Vokasi, Universitas Airlangga
Latar Belakang
 Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus (MERS-CoV) adalah suatu
strain baru dari virus corona yang belum pernah ditemukan menginfeksi
manusia sebelumnya.
 Munculnya MERS-CoV pada tahun 2012 di Saudi Arabia telah
menggemparkan dunia. Hingga tahun 2015 dilaporkan MERS-CoV telah
menyebar ke Eropa dan Asia dengan persentase kematian cukup tinggi.
 Kasus MERS-CoV belum ditemukan di Indonesia. Namun perlu diwaspadai
karena banyaknya penduduk yang pergi haji tiap tahunnya dan
banyaknya TKI di Saudi Arabia.
 Belum ditemukan antiviral, vaksin, atau pengobatan tertentu untuk MERS-
Cov
 Pemeriksaan RT-PCR adalah yang paling sensitif bila dibandingkan
pemeriksaan serologis.
Rumusan Masalah

 Apa itu MERS-CoV?

 Bagaimana penanganan spesimen untuk pemeriksaan RT-PCR MERS-CoV?
 Bagaimana proses pemeriksaan RT-PCR pada MERS-CoV?
 Bagaimana hasil pemeriksaan RT-PCR pada MERS-CoV?
MERS-CoV
 Middle East Respiratory Syndrome (sindrom pernapasan Timur Tengah), juga
dikenal sebagai flu unta, adalah infeksi virus pernapasan yang disebabkan
oleh MERS-coronavirus (MERS-CoV).
 Gejala dapat berkisar dari ringan sampai parah termasuk demam, batuk,
diare, dan sesak napas. Penyakit ini biasanya lebih parah pada orang-orang
dengan masalah kesehatan lainnya.
 Taksonomi :
 ssRNA viruses
 Group: IV; positive-sense, single-stranded RNA viruses
 Ordo: Nidovirales
 Famili: Coronaviridae
 Subfamili: Coronavirinae
 Genus: Betacoronavirus
 Spesies: Betacoronavirus 1 (sering disebut Human coronavirus OC43), Human
coronavirus HKU1, Murine coronavirus, Pipistrellus bat coronavirus HKU5, Rousettus bat
coronavirus HKU9, Severe acute respiratory syndrome-related
coronavirus, Tylonycteris bat coronavirus HKU4, MERS-CoV
 Virus host : Homo sapiens (manusia), Unta, Kelelawar
Penanganan Spesimen

 Spesimen yang baik untuk pemeriksaan virus MERS-CoV adalah spesimen

yang berasal dari saluran nafas bawah seperti dahak, aspirat trakea dan
bilasan bronkoalveolar.
 Spesimen saluran pernafasan atas (nasofaring dan orofaring) tetap
diambil bila spesimen saluran pernafasan bawah tidak memungkinkan dan
pasien tidak memiliki gejala infeksi pada saluran pernapasan bawah.
 Jika pengujian awal dari swab nasofaring negatif pada pasien yang
diduga kuat memiliki infeksi MERS-CoV, maka pasien harus diuji ulang
dengan menggunakan spesimen dari saluran pernafasan bawah.
 Spesimen harus tiba di laboratorium segera setelah pengambilan.
Disarankan agar ditempatkan di dalam cool box 0-4o C. Bila pengiriman
lebih dari 3 hari disarankan spesimen dikirim dengan es kering (dry ice).
 Kategori bahaya
Jenis spesimen Media pengiriman Pengiriman ke laboratorium Catatan Spesimen yang harus diambil
pengiriman

Dahak yang dihasilkan secara alami * Dengan es. Bila penundaan Zat biologis, Kategori B Pastikan materi diambil dari saluran
pengujian > 24 jam, disarankan pernafasan bawah
dibekukan dengan es kering

Tidak ada WAJIB

Bilasan bronkoalveolar Dengan es. Bila penundaan Mungkin terjadi pengenceran

(Bronchoalveolar lavage) pengujian > 24 jam, disarankan (dilusi) virus, namun spesimen masih
dibekukan dengan es kering dapat digunakan

Tidak ada Idem BILA MEMUNGKINKAN

Aspirat trakea Dengan es. Bila penundaan

pengujian > 24 jam, disarankan
dibekukan dengan es kering

Tidak ada Idem BILA MEMUNGKINKAN

Aspirat nasofaring Dengan es. Bila penundaan

pengujian > 24 jam, disarankan
dibekukan dengan es kering

Tidak ada Idem BILA MEMUNGKINKAN

Kombinasi usap hidung/tenggorok Media transport virus Dengan es Virus telah terdeteksi pada jenis
spesimen ini

Idem WAJIB

Swab nasofaring Media transport virus Dengan es

Idem WAJIB
Jaringan yang diambil dari biopsi atau Media transport virus atau Dengan es. Bila penundaan
otopsi, termasuk dari paru-paru garam fisiologis pengujian > 24 jam, disarankan
dibekukan dengan es kering

Idem BILA MEMUNGKINKAN

Serum untuk serologi atau deteksi Dengan es atau dalam keadaan Selalu ambil sampel berpasangan
virus beku bila memungkinkan. Akut-minggu
pertama sakit Konvalensen-
idealnya 3-4 minggu kemudian.

Tidak ada Idem WAJIB

Spesimen darah (whole blood) EDTA antikoagulan Dengan es Untuk deteksi virus, sebaiknya pada
minggu pertama sakit
Idem BILA MEMUNGKINKAN
Pemeriksaan RT-PCR
 Pemeriksaan diagnosis laboratorium kasus infeksi MERS-CoV dilakukan
dengan metoda RT-PCR dan dikonfirmasi dengan teknik sekuensing.
 Prinsip RT-PCR menggunakan sepasang primer, yang berkomplemen
dengan sequens yang jelas dari masing-masing dua untai cDNA. Primer
tersebut kemudian diperpanjang dengan bantuan enzim DNA polymerase
dan akan menghasilkan sebuah untai gandaan pada setiap siklusnya dan
seterusnya mengikuti amplifikasi logaritmik.
 RT-PCR tahap pertama adalah reverse transcription (RT) atau transkripsi
balik dimana RNA ditranskrip balik menjadi cDNA menggunakan
enzim reverse transcriptase dan primer.
 Tahap berikutnya adalah denaturasi dsDNA pada 95°C, pada tahap ini
dua untai DNA akan terpisah dan primer dapat mengikat pada untai
tersebut jika temperaturnya diturunkan kemudian yang selanjutnya akan
dimulai rantai reaksi baru. Kemudian suhu diturunkan hingga mencapai
suhu anealing yang bervariasi.
 Tahap akhir adalah amplifikasi PCR yang merupakan proses dilakukannya
perpanjangan DNA menggunakan Primer yang memerlukan Taq DNA
polymerase yang termostabil, biasanya pada suhu 72°C, yang merupakan
suhu optimal untuk aktivitas enzim polymerase.
 Hasil RT-PCR bisa divisualisasikan secara konvensional atau real time.
 Kasus yang sedang
diselidiki

Uji skrining seperti rRT-PCR pada gen

upE

Positif Negatif

Uji konfirmasi seperti rRT-PCR Negatif, tetapi jika bukti

pada ORF 1a, ORF 1b, atau klinis atau epidemiologi
gen N sugestif, kumpulkan
spesimen lebih lanjut dan
ulangi tes

Positif

Negatif

Spesimen lanjut
harus
Pemeriksaan sekuensing
dikumpulkan,
dan jika perlu, RdRpSeq atau NSeq
spesimen harus
dirujuk ke Mengindikasikan
laboratorium Mengindikasikan
Kasus MERS-CoV
pengujian sekuen lain
terkonfirmasi
dengan
pengalaman
yang lebih untuk Negatif Kasus
MERS-CoV terkonfirmasi
Hasil Pemeriksaan

Hasil uji PCR positif untuk setidaknya DUA target spesifik berbeda pada genom
MERS-CoV.
ATAU
Satu hasil uji PCR positif untuk SATU target spesifik pada genom MERS-CoV dan
HASIL SEKUENSING pada PCR produknya, yang memastikan kesamaan
identitas dengan sekuen virus baru yang telah dikenal.
 Penting untuk diingat bahwa serangkaian hasil negatif tidak berarti
mengeliminasi kemungkinan infeksi pada pasien yang menunjukan gejala
klinis. Sejumlah faktor juga dapat menghasilkan hasil negatif yang salah,
misalnya saja faktor-faktor: [4]
 Kualitas spesimen yang buruk, misalnya spesimen saluran pernafasan yang
terlalu banyak mengandung materi orofaringeal
 Spesimen yang terlalu dini/lambat
 Spesimen yang tidak ditangani dan dipindahkan dengan baik
 Faktor teknis selama pengujian, misalnya mutasi virus atau hambatan PCR
 Kasus dengan hasil PCR positif untuk target tunggal tertentu tanpa
pengujian lebih lanjut, tetapi dengan riwayat paparan potensial dan
tanda-tanda klinis yang konsisten dianggap sebagai kasus kemungkinan.
Terima Kasih…