STRUKTUR DAN FUNGSI DNA

ISRAMILDA
NUCLEUS SUATU CELL
Komposisi makromolekul pada sel bakteri.l
Ukuran relatif dari
komponen-
komponen
pembentuk sel,
organel dan
molekul-molekul
pembangunnya.
 The Structure of DNA

Four nucleic acid bases are found in

DNA, adenine (A), guanine (G),
cytosine (C) and thymine (T)
 The Structure of DNA

The double helix of DNA has a complementary and antiparallel

structure. One chain ends in a 5'- phosphate and the opposite
chain ends in a 3'-hydroxyl.
The Structure of DNA
DNA replication is semiconservative
DNA replication
Is bidirectional
Basa purin dan pirimidin dan nukleotida timin
Nukleotida (2) :
Hubungan antara protein
dan DNA:

• DNA mengandung informasi

protein apa yang harus dibuat
oleh mRNA pada
ribosom.

• Terdapat hubungan yang

linier antara DNA, mRNA dan
urutan asam amino pada
protein yang dihasilkan.

• DNA menentukan asam

amino tertentu pada sekwens
protein yang dibentuk dalam
codon yang terdiri dari 3 huruf
dari nukleotida pada asam
nukleat DNA. yang
ditranskripsikan pada mRNA.
Gen :

• Genom pada manusia mengandung lebih kurang 100.000 gen, yang

didistribusikan diantara 23 pasang kromosom di dalam sel.

• Apakah gen itu ?

• Konsep dasarnya ialah bahwa gen itu merupakan suatu mesin cetak yang
menyimpan catatan/naskah pola suatu protein. Untuk menghasilkan protein akan
diambil bagian-bagian tertentu dari gen itu dan di polakan pada suatu RNA. Pada
beberapa keadaan untuk menghasilkan suatu protein tertentu diperlukan lebih dari
satu macam gen.

• Sebagai contohnya ialah pada protein hemoglobin yang terdapat dalam sel darah
merah dan berfungsi untuk mengangkut oksigen di dalam tubuh. Gobin dari
hemoglobin dihasilkan dari dua macam gen.

• Gen yang berbeda berperan pada jenis sel yang berbeda, - contohnya sel hati akan
berekspresi berbeda dengan sel otak. Jadi pada sel yang berbeda, tergantung dari
fungsi protein itu akan menghasilkan protein yang berbeda pula.

• Beberapa dari protein yang dihasilkan oleh suatu sel mempunyai peran yang
sangat vital pada kehidupan sel itu. Gen-gen yang menghasilkan protein itu disebut
sebagai "housekeeping genes".
EKSPRESI GEN :
Informasi dalam bentuk huruf-huruf kode

Proses mengkopi huruf-huruf menjadi kode huruf pada RNA

Informasi pada RNA juga dalam bentuk hurufhuruf

Mengubah kode genetik menjadi struktur primer protein

Pekerja dalam sel

PENGATURAN EKSPRESI GEN B-GLOBIN
PADA MANUSIA
Diploid Chromosome :
NUKLEOSOM
KROMOSOM :
KROMOSOM MANUSIA :
TERDIRI DARI 23 PASANG
 Gen mempunyai tombol untuk menghidup dan mematikan
perannya. (Switch on/off)
(derepression and repression)
Pada skema diatas gambar kanan bawah memperlihatkan pada
keadaan dimana kadar triptofan besar akan mengaktifkan represor yang
akan menempel pada bagian operator gen. Gen itu terdapat dalam
keadaan off /represi.
Pada gambar kiri bawah kadar triptofan sangat rendah, represor menjadi
inaktif dan meninggalkan operator gen. Gen menjadi on/derepresi
sehingga polimerase dapat menempel pada promoter gen untuk mulai
sintesis mRNA.
• Gen terdiri dari tiga struktur
penting yaitu :
1) Bagian yang disebut
“gene regulatory
segment” – mengandung
sytuktur yang terlibat
opada proses inisiasi dan
pengaturan proses
transkripsi.
2) Exon –bagian yang
mengandung codon untuk
ditranslasikan oleh mRNA
menjadi protein.
3) Intron – bagian struktur
yang tidak mengandung
codon (intervening
sequence).
EXON & INTRON
 DNA

DNA merupakan buku-buku instruksi yang sangat

lengkap dan sangat besar, yang terdiri dari sekitar
800 buku dan masing-masingnya sekitar 500
halaman, yang hanya mengandung 4 huruf gen
(A,C,T,G).

Buku kehidupan ini mengandung segala hal yang

diperlukan untuk membangun dan
mempertahankan mahluk hidup melalui proses-
proses yang terjadi di dalam sel.

DNA berlokasi di inti sel dan dimampatkan dalam

bentuk kromosom sebanyak 46 buah yang mana
23 buah berasal dari ibu dan 23 buah berasal dari
ayah yang kemudian menyatu membangun suatu
individu baru.
Buku kehidupan itu dapat diturunkan pada generasi
berikutnya melalui replikasi DNA.
Informasi yang terdapat dalam DNA kemudian
dibagi-bagi menjadi gen. Gen merupakan resep
untuk membuat protein yang merupakan bahan
pembangun dan pekerja di dalam tubuh manusia.
Molekul HISTON : -protein pelindung DNA
KH pada DNA & RNA

Double stranded DNA /

DNA untai ganda:
 DNA – STRUKTUR
Molecular Genetics :
> DNA – DOUBLE STRANDS OF GENETIC MATERIAL
> Genes  Enzymes (metabolic)
> Metabolism  DNA -transcription  RNA - Adenine
translation  Protein (enzymes) Cytosine

DNA merupakan material genetik.

- deoxyribonucleic acid
- polimer linear nucleotide monomer yang berulang
- nukleotida  A = adenine, C = cytosine
T = thymidine, G = guanine Guanine
Polinukleotida  Nucleic acid. Thymine
 BLOK-BLOK PEMBANGUN DNA

CH3 • DNA merupakan struktur yang

dibangun oleh KH (pentosa), fosfat
dan suatu basa dlam bentuk
Thymine polimer dan berkombinasi
membentuk helix ganda.

• Blok pembangun DNA adalah “5-

carbon sugar deoxyribose” yang
saling dihubungkan oleh ikatan
fosfodiester sehingga terbentuk
Deoxy- dua untai ganda dengan tulang
ribose punggungnya dibentuk dari ikatan
KH-fosfat pada bagian luar helix.

Nucleotide subunit of DNA

Dinukleotida
 STRUKTUR DNA

• Kedua strand dari helix

saling merupakan
komplemeternya masing-
masing. Masing-masing
strand mempunyai “template”
yang dapat mereplikasikan
komplemennya masing-
masing.

Setiap pentosa-nya juga

terikat pada salah satu dari
keempat basa yang terdiri
dari adenine (A), guanine
(G), cytosine (C) atau
thymine (T).
REPLIKASI DNA
 Struktur DNA (cont…)

• Strand yang berlawanan diikat

oleh suatu ikatan non kovalen
diantara dua basa yang selalu
berpasangan G dengan C oleh tiga
ikatan hidrogen dan A dipasangkan
dengan T oleh dua ikatan hidrogen.

• Terdapat dua posisi dari pentosa

yang terikat pada gugus fosfat yaitu
pada ujung 5’-P dan ujung 3’-OH.
DNA molecule (Watson &
Crick model):
Replikasi DNA:
• DNA disebut juga sebagai
pembawa sifat-sifat keturunan.
• merupakan buku besar yang
memngandung informasi yang
berkenaan dengan instruksi-
instruksi untuk membangun dan
memperthankan mahluk hidup.

• Replikasi akan dikuti oleh

pembelahan sel.
REVERSE TRANSCRIPTASE :
• Enzim yang mengsintesis DNA dari RNA template (contoh:
avian myelobastosis virus).
• Enzim itu membuat DNA-RNA hybrid dan dapat dipisahkan
dengan menggunakan enzim “ RNA-ase H enzyme”.
• DNA yang baru terbentuk akan membuat strand yang baru
sebagai komplemennya  terbentuk duoble stranded DNA.

• Regulasi replikasi DNA : G2

replikasi dari genom DNA S mitosis
teberlangsung pada fase S dari “cell
cycle”. G1

Siklus sel mamalia

 STRUKTUR RNA
RNA – SINGLE STRAND OF GENETIC
MATERIAL

RNA terdapat tiga macam :

• RIBOSOMAL RNA (rRNA)
• MESSENGER RNA (mRNA)
• TRANSFER RNA (tRNA)
 Struktur RNA

Base is cytosine

Sugar is arabinoside

Cytosine arabinoside

• Sperti pada DNA,molekul RNA dibentuk

oleh nukleotida yang saling dihubungkan
menjadi satu rantai:
• KH pada DNA deoksiribosa. Pada RNA
KH-nya adalah ribosa.
• Basa thymine diganti oleh uracil pada
RNA
Struktur RNA :

- Apabila DNA terdiri dari dua untai yang saling

komplementer membentuk helix ganda, maka RNA
hanya terdiri dari satu untai tunggal, akan tetapi dapat
melipat lipat dirinya dalam suatu aturan tertentu.

- Keempat basa pada DNA juga terdapat pada RNA,

kecuali timin diganti oleh urasil..

Terdapat 3 macam RNA penting yaitu :

1) mRNA, messenger-RNA, yang melakukan
tranfer informasi mengenai deretan asam amino
pada protein ayang akan dibangun sesuai
dengan urutan kode pada DNA asal.
2) rRNA, ribosomal-RNA, yang membangun
ribosom brsama dengan protein.
3) tRNA, transfer-RNA, yang mentransfer asam
amino ke ribosom untuk sintesis protein.
The RNA which
bring the amino acid
to ribosome, so the
mRNA can translate
the protein.
tRNA molecules
RNA-Transcription :

• Didepan telah dijelaskan bahwa DNA merupakan sebuah buku besar yang
berisi instruksi-instruksi sebagai buku refernsi. Instruksi pada buku itu dapat
dikopi perhalaman untuk keperluan tertentu . DEngan cara ini buku referensi
itu tidak akan rusak karena buku itu akan dikembalikan ke simpanannya
sedangkan copinya (mRNA) digunakan untuk membuat protein.

•Pada hampir semua sel eukariot DNA tidak pernah meninggalkan inti
sedangkan kode genetik dan instruksinya dikopi ke mRNA yang kemudian
ditranslasikan menjadi protein di sitoplasma.

• Sekarang yang menjadi pertanyaan mengapa kok harus repot-repot

membuat RNA
padahal DNA harusnya dapat melakukan hal itu ?

• Ternyata alasannya adalah untuk keamanan. Sitoplasma merupakan suatu

tempat yang lingkungannya berbahaya karena dapat merusak DNA. DNA
harus tetap utuh sepenjang hidup sel itu.
mRNA Processing
A newly made mRNA copy of a gene (pre-
mRNA), must undergo three major
modifications before it can leave the nucleus
and be translated into a protein:

1) Capping - a special nucleotide is attached at

the 5' end of the mRNA. It is believed that this
modification is necessary for efficient initiation
of protein synthesis and serves as
stabilisation.

2) Poly(A)-tail - a special enzyme attaches a

chain of 150-200 adenine nucleotides to the 3'
end of the pre-mRNA directly after
transcription. This is primarily believed to
increase the stability and therefore prolong the
lifetime of an mRNA molecule.

3) Splicing - The removal of noncoding

sequences, introns, from the pre-mRNA to
create mRNA, containing only the coding
sequences for a protein. This process is
carried out by the splicosome. The splicosome
is a special complex made up by proteins and
a catalytic kind of small nuclear RNA
molecules, the snRNAs..
Karakteristik fisik dari DNA:

• DNA mengabsorbsi sinar UV pada 260 nm, sehingga

memungkinkan untuk diukur kadarnya.
•

• DNA larut dalam air

• DNA mengendap/presipitasi dalam alkohol

• DNA mempunyai muatan negatif

• DNA dapat mengalami perusakan oleh pengaruh luar

• DNA mempunyai sifat melting & annealing pada

perubahan temperatur.
Karakteristik DNA/RNA :
• Alkali & pemanasan menyebabkan kedua strand DNA
berpisah/denaturasi  proses ini disebut “melting of DNA”.
• Pada pendinginan  DNA akan ber-reanneal atau renaturasi.
• Pengaruh alkali pada RNA akan menyebabkan strand RNA
berdegradasi menjadi nukleotida, alkali digunakan untuk
memisahkan RNA dari campuran dengan DNA dan memisahklan
strand DNA sebelum atau sesudah dilakukan dilakukan elektroforesis
pada poliakrilamid atau gel agarosa.
• Reannealing DNA tunggal dengan cDNA tunggal lainnya disebut
hybridization, dan reannaling dapat juga dilakukan antara DNA
dengan RNA dengan template khusus.
– Hybridisasi antara DNA/cDNA dapat
dideteksi dengan Southern blot dan
hybridisasi antara DNA/RNA dapat
dideteksi dengan Northern blot.
– Pemanasan dan pendinginan dalam siklus
tertentu digunakan dalam tehnik PCR
untuk memisahkan atau melakukan
reannealisasi strand DNA.
Denaturation of DNA
Denaturation of different types of double-stranded DNA molecules. (A)
Denaturation of linear double-stranded DNA yields two linear single strands. (B)
Denaturation of circular double-stranded DNA with at least one broken
phosphodiester bond (nick) in one of the strands (blue) yields a linear single
strand (blue) and a circular single strand (green). (C) The strands cannot come
apart when double-stranded, covalently closed, circular DNA is denatured.
DNA Absorbance and melting of the double strand
The Absorbance of DNA increases as it melts (hyperchromicity)
Figure 5.28, page 200 in Hartl & Jones.