ENZIM

Selasa, 8 desember 2015

1
pertanyaan umum
• Di mana kita dapat menemukan enzim?
• Apakah mereka mahal?

2
Saya perlu membeli enzim

3
4
Banyak yang tidak (benar-benar)
mahal!

5
pertanyaan umum
• Di mana kita dapat menemukan enzim? Di mana-
mana di organisme hidup
• Apakah mereka mahal? Beberapa, tetapi ada juga
yang tidak

6
tujuan

• Nomenclature dan klasifikasi enzim

• Mmekanisme olecular, kofaktor dan kelompok
prostetik
• kinetika enzim menurutMichaelis-Menten
(Lineweaver-Burk) model
• sayanhibitions
• Isolasi, pemurnian dan karakterisasi

7
 Kelas protein
Definisi fungsional:
Enzim: Mempercepat reaksi biokimia

Struktural: Bentuk struktur biologis

Transportasi: Carry zat biokimia penting

Pertahanan: Melindungi tubuh dari penyerbu asing

definisi struktural:
Globular: lipatan Complex, berbentuk tidak teratur struktur tersier

Berserat: Extended, lipatan sederhana - umumnya protein struktural

Seluler definisi lokalisasi:

Membran: Dengan kontak fisik langsung dengan membran; umumnya
tidak larut air.

Larut air larut; bisa berada di mana saja di dalam sel. 8

Mari kita meninjau pengetahuan kita tentang
enzim

hadir di mengkonversi substrat

Terbuat dari protein menjadi produk
semua sel hidup

Apa yang benar bagi

protein ini juga berlaku
untuk enzim. enzim

katalis biologis

Meningkatkan tingkat Tetap tidak berubah

reaksi kimia oleh reaksi kimia

9
Enzim sebagai katalis

Enzim adalah katalis yang mengubah laju reaksi tanpa

mengubah diri mereka sendiri. Enzim sangat spesifik
dan aktivitas mereka dapat diatur. Hampir semua
enzim adalah protein, meskipun beberapa RNA
katalitik aktif telah diidentifikasi (ribozim).
Mereka meningkat itu laju reaksi dengan
menyediakan jalur dari yang lebih rendah energi
aktivasi untuk mendapatkan dari reaktan ke produk

10
Contoh

11
 contoh yang lebih
Daun membuat glukosa.

Glukosa digunakan oleh

daun sebagai sumber
energi atau diangkut ke
akar untuk
penyimpanan.
Akar mengubah glukosa
menjadi G-1-P.
Phosphorylase
mengkonversi G-1-P ke
dalam tepung. 12
 reaksi sintesis
apa yang phosphorylase?
phosphorylase adalah enzim yang synthesises pati.
Apa substrat phosphorylase?
Glukosa-1-fosfat
Apa produk?
Pati
phosphorylase

glukosa-1-fosfat pati
13
 reaksi sintesis
Amilase mengkatalisis pemecahan pati untuk
menghasilkan maltosa.

Bagaimana pati yang dihasilkan?

phosphorylase

glukosa-1-fosfat pati

14
 ase of the World!

katalase
Hidrogen peroksida Air + Oksigen

amilase
Pati maltosa

Lipase Asam lemak + Gliserol

Lemak

protease /Pepsin
protein Asam amino

Namun, enzim memiliki sendiri

systhematics nomenklatur! 15
Enzim: Pendahuluan
 Keuntungan dari reaksi enzim:
beroperasi di bawah kondisi fisiologis :
suhu moderateratures., Sebuahbulat pH netral,
rendah concentration di lingkungan berair

 Work dengan membentuk kompleks dengan substrat

mereka (mengikat), sehingga menyediakan lingkungan
mikro unik untuk reaksi untuk melanjutkan, situs aktif
 spesifisitas sangat tinggi untuk kedua reaksi yang
dikatalisis dan substrat
 Efisiensi Catalytic sangat tinggi
 Kegiatan dari beberapa enzim diatur
16
DAYA katalitik enzim
RATE PENINGKATAN = dikatalisasi laju yang konstan /tanpa katalis menilai
konstan = faktor dimana katalis meningkatkan laju reaksi

17
kofaktor
Beberapa enzim membutuhkan kofaktor untuk kegiatan
mereka.
Kofaktor: kecil organik atau metalloorganic molekul
(koenzim) atau ion logam
Kofaktor dapat mengikat erat atau lemah untuk enzim.
(Equilibrium bawah bisa berbohong jauh ke kiri, lemah
mengikat, atau jauh ke kanan, ketat mengikat.)

kelompok prostetik (misalnya dia me hemoglobin):

kofaktor terikat erat (Baik koenzim atau logam)
- tetap berhubungan dengan enzim mereka bahkan antara
siklus reaksi.
koenzim lemah terikat (yang TIDAK kelompok prostetik)
dapat mengasosiasikan dan memisahkan dari enzim antara
18
siklus reaksi, berperilaku seperti substrat
 Kofaktor: Hemoglobin sebagai contoh

kelompok heme yang

Struktur hemoglobin manusia. mengandung ion besi
Protein iniα dan β subunit berada di
merah dan biru, dan yang
mengandung besi dia me kelompok
19
hijau
Koenzim umum dan Reaksi Mereka
Menengahi

20
energi aktivasi dan keadaan transisi
• Untuk reaksi biokimia untuk melanjutkan, penghalang
energi yang diperlukan untuk mengubah molekul
substrat ke dalam keadaan transisi harus diatasi.
Keadaan transisi memiliki energi bebas tertinggi di
jalur reaksi. Perbedaan energi bebas antara substrat
dan negara transisi disebut energi bebas Gibbs
aktivasi (AG‡). Sebuah enzim menstabilkan keadaan
transisi dan menurunkan AG, sehingga meningkatkan
tingkat di mana reaksi terjadi.

21
Perubahan energi bebas

• Perbedaan tingkat energi antara substrat dan

produk disebut perubahan energi bebas Gibbs
(AG). Sebuah AG negatif menunjukkan bahwa
reaksi adalah termodynamically menguntungkan
dalam arah yang ditunjukkan, sedangkan? G positif
menunjukkan bahwa reaksi tidak termodynamically
menguntungkan dalam arah yang ditunjukkan.
Reaksi penuh semangat menguntungkan sering
didorong oleh menghubungkan ke reaksi penuh
semangat menguntungkan, seperti hidrolisis ATP.

22
 Enzim Menstabilkan Transisi Negara
perubahan energi
ST
Energi yang dibutuhkan (tidak ada katalis)

Energi menurun (di bawah katalisis)

EST
S

ES
EP P

arah reaksi
negara T = Transisi Apa bedanya?
23
Diadaptasi dari Alberts et al (2002) Biologi Molekuler dari Cell (4e) hal.166
Perubahan energi bebas

• Enzim energi aktivasi penurunan (ΔG ‡)

untuk reaksi mereka mengkatalisasi.
• ΔG = perbedaan keseluruhan energi bebas
antara
akhir (P) dan mulai (S), tidak terpengaruh oleh
enzim.
• RATE reaksi IS terpengaruh oleh enzim. RATE
tergantung pada ΔG ‡, Arrhenius energi aktivasi
24
(yaitu, energi bebas aktivasi untuk reaksi
kesetimbangan kimia
• Reaksi kimia sering ada dalam keadaan keseimbangan
dinamis. Konstanta kesetimbangan (K) mendefinisikan
jatah konsentrasi substrat dan produk pada
kesetimbangan. Enzim tidak mengubah posisi
kesetimbangan, tetapi lakukan mempercepat
pencapaian posisi kesetimbangan dengan
mempercepat maju dan mundur reaksi.

25
Itu aktif situs
• Situs aktif adalah wilayah enzim yang mengikat
substrat, membentuk kompleks enzim-substrat, dan
mengubahnya menjadi produk. Situs aktif adalah
entitas tiga-dimensi, sering celah dari celah di
permukaan protein, di mana substrat terikat oleh
beberapa interaksi lemah. Dua model telah diusulkan
untuk menjelaskan bagaimana enzim mengikat
substrat nya: model kunci-dan-kunci dan model
induksi-fit.

26
 Situs aktif
• SEBUAH wilayah yang dibatasi dari enzim molekul
yang mengikat ke substrat.

Situs aktif

substrat
Enzim

27
Situs aktif Adalah Pocket Dimakamkan Jauh

Mengapa energi yang dibutuhkan untuk mencapai

lebih rendah pada situs aktif?

Ini adalah saku sihir

(1) Menstabilkan transisi
+
(2) Melumpuhkan air
CoE (1) (2)
(3) kelompok reaktif
(4) - (4) koenzim membantu
(3)
28
Juang RH (2004) BCbasics
spesifisitas substrat

• Spesifisitas substrat dari enzim ditentukan oleh sifat

dan pengaturan spasial dari residu asam amino
yang membentuk situs aktif. serin protease tripsin,
kimotripsin, dan elastase obligasi membelah
peptida dalam substrat protein di sisi karboksil
bermuatan positif, aromatik dan asam amino rantai
kecil residu, masing-masing, karena residu
pelengkap di situs aktif mereka.

29
 Lock & Key Hipotesis
Enzim hanya bekerja pada satu jenis zat, atau substrat.
Oleh karena itu, enzim dikatakan KHUSUS untuk satu substrat.
Bentuk sisi aktif (situs mengikat) dari enzim, sesuai dengan bentuk
substrat. Memungkinkan dua molekul untuk mengikat selama
reaksi kimia.
Teori ini aksi enzim yang disebut hipotesis 'lock-dan-kunci'.

30
FILM 31
 Induced Fit
• Perubahan dalam bentuk situs
aktif enzim ini
• Induced oleh substrat

32
Biokimia I

minggu 10

33
tujuan

• Nomenclature dan klasifikasi enzim

• Mmekanisme olecular, kofaktor dan kelompok
prostetik √
• kinetika enzim menurut Michaelis-Menten
(Lineweaver-Burk) model
• sayanhibitions
• Isolasi, pemurnian dan karakterisasi

34
klasifikasi enzim

 Enzim diklasifikasikan ke dalam enam kelompok besar,

ditentukan oleh reaksi yang mereka mengkatalisasi.
Setiap enzim memiliki nomor klasifikasi empat digit
yang unik.
 Skema enzim nomenklatur dikembangkan mulai tahun
1955, ketika Kongres Internasional Biokimia di Brussels
mendirikan sebuah Komisi Enzim.
 Versi pertama diterbitkan pada tahun 1961.
 Edisi keenam saat ini, yang diterbitkan oleh
International Union of Biokimia dan Biologi Molekuler
pada tahun 1992, berisi 3196 enzim yang berbeda.
Sumber: Wikipedia35
Komisi enzim (EC)

Sebagai contoh, tripeptide aminopeptidase memiliki kode "EC 3.4.11.4", yang

komponen menunjukkan kelompok berikut enzim:

EC 3 enzim hidrolase (Enzim yang digunakan air untuk memecah beberapa molekul
lainnya)
EC 3.4 adalah hidrolase yang bertindak atas ikatan peptida
EC 3.4.11 adalah mereka hidrolase yang membelah off amino-terminal Asam amino
dari polipeptida
36
EC 3.4.11.4 adalah mereka yang membelah dari ujung amino-terminal dari tripeptide
Klasifikasi lainnya
Contoh:
1. klasifikasi protein transmembran
2. protease klasifikasi

37
Database protein transmembran

38
Database protease

39
Klasifikasi lainnya
Contoh:
1. klasifikasi protein transmembran
2. protease klasifikasi

Namun, diberkati oleh kemajuan dalam bioinformatika, beberapa database

telah membuat lebih mudah untuk berurusan dengan protein, bukannya
ketat mengklasifikasikan setiap protein.

 UniProt Knowledgebase (UniProtKB) Adalah database protein dikuratori oleh

para ahli, yang terdiri dari dua bagian. UniProtKB / Swiss-Prot (Mengandung
Ulasan, manual dijelaskan entri) dan UniProtKB / Trembl (Mengandung direview,
entri otomatis terhubung). Dalam rilis 2010_09 10 Agustus 2010, UniProtKB /
Swiss-Prot terkandung 519.348 entri, dan UniProtKB / Trembl terkandung
11.636.205 entri

 NCBI Database: www.ncbi.nlm.nih.gov

 Protein Data Bank (PDB): http://www.pdb.org/pdb/home/home.do

40
NCBI database

41
NCBI database

Berbeda tripeptide aminopeptidase dari organisme yang

berbeda memiliki nomor EC yang sama.
Informasi enzim individu dengan nomor EC yang
sama penting

42
Protein Data Bank

43
Protein Data Bank

PDB jumlah acession dari

tripeptide aminopeptidase

44
Protein Data Bank

45
 Apa mempengaruhi Aktivitas Enzim?

• empat faktor:
1. Kofaktor dan koenzim √
2. Substrat dan konsentrasi enzim
3. Environmental Kondisi (T, pH, kekuatan ionik)
4. enzim Inhibitors

46
Substrat dan konsentrasi enzim

orde nol

Sebanding dengan
konsentrasi enzim
E3
E2
1st order E1
[S] = Rendah → Tinggi[S] = konsentrasi Tetap

47
Juang RH (2004) BCbasics
 Pengaruh Suhu Tinggi
Apa yang terjadi pada aktivitas enzim pada suhu tinggi?

Catatan tentang suhu

catatan atas Denaturasi optimum48
 Pengaruh pH pada enzim

Ketika perubahan pH outwith kondisi yang optimal, bentuk situs aktif dari alter enzim
dan enzim terdenaturasi.
Film
49
 Pengaruh pH pada aktivitas enzim
Kebanyakan enzim bekerja terbaik pada pH dekat netral (pH7), tetapi ada beberapa
pengecualian. Pepsin, enzim yang ditemukan dalam lambung, memiliki pH optimum 2.

50
 enzim Kinetics

aktivitas enzim
siswa A
 
Skor

 Mahasiswa B

 Mahasiswa C

01 23 4 01 23 4
Bab ujian konsentrasi substrat

Meningkatkan konsentrasi substrat,

mengamati perubahan aktivitas enzim 51
Juang RH (2004) BCbasics
 Enzim Aktivitas
Enzyme aktivitas:
aktivitas enzim = mol substrat dikonversi per satuan waktu
= Tingkat × Volume reaksi.

 aktivitas enzim adalah ukuran kuantitas aktif

enzim hadir dan dengan demikian tergantung
pada kondisi, yang harus ditentukan.

Satuan SI: katal (1 mol s-1)

 Praktis: 1 U (unit enzim) = 1 umol min-1.

1 U sesuai dengan 16,67 nanokatals

52
 Enzim Unit Kegiatan

S → P mtahi lalat

Produk [P]
t
vHai = [P] / min Lereng
berjemur

mtahi lalat
Satuan = /min 0 10 20 30 40
waktu reaksi (Min)

Juang RH (2004) BCbasics

Spesifik Unit kegiatan
y y
Aktivitas= Protein (mg) = berjem
x x 53
 Enzim Aktivitas tertentu
Enzyme spesifik aktivitas:
aktivitas enzim per miligram protein total (dinyatakan dalam
umol min-1mg-1).
aktivitas spesifik memberikan pengukuran aktivitas dan /
atau kemurnian enzim. Ini adalahjumlah produk dibentuk
oleh enzim di sebuah diberikan jumlah waktu dalam kondisi
tertentu per miligram total protein.

laju reaksi x volume reaksi

SA =
massa dari total protein

Unit SI adalah katal kg-1.

Dalam praktek: umol mg-1 min-1 atau U
/ mg 54
Contoh: Protein pemurnian

Satu unit (U) aktivitas enzim PBS-merendahkan itu didefinisikan sebagai 0,001 OD
penurunan absorbansi pada 650 nm per min di bawah kondisi yang dijelaskan (40HaiC, 55
pH
Meningkatkan Konsentrasi Substrat
0 1 2 3 4 5 6 7 8
S
+
80 E
↓
60
P
Produk

(Dalam jangka waktu tertentu

40

20

0
02 4 68
substrat (mtahi lalat)
56
Juang RH (2004) BCbasics
 Invertase (IT)
mengurangi
Non-gula pereduksi gula mengurangi Daya
SAYA T
Sukrosa Glukosa + Fruktosa
HOCH2 HOCH2 HOCH2
HOCH2 HOCH2 HOCH2 6
H 6 1
H 5 AI H
H 5 2
AI 1 2 4 1 AI
AI 3 OH
2 OH
OH HO
3 b
4
b

H2HAI CHO 1 H2C-OH

HOCH2 HC-OH 2 C=O

Juang RH (2004) BCbasics

HOCH2 HOCH2
H HO-CH 3 HO-CH
H
AI HC-OH HC-OH
AI 4
HAI HC-OH 5 HC-OH
H2-C-OH 6 H2-C-OH
57
 Penting dari Kinetika Enzim
Teori Steady State

E + S E S E +P
Dalam keadaan stabil, produksi dan konsumsi
negara transisi melanjutkan pada tingkat yang sama.
Sehingga
58
konsentrasi keadaan transisi terus konstan.
Juang RH (2004) BCbasics
Konstan ES Konsentrasi di Negara Mantap

S
P
Konsentrasi

ES
E

Waktu reaksi 59
Juang RH (2004) BCbasics
 Contoh untuk Enzyme Kinetics (invertase)
1) Gunakan telah ditetapkan Jumlah Enzim →E
2) Menambahkan substrat dalam berbagai konsentrasi
3) Mengukur Produk di tetap Waktu (P/t) → vHai (y sumb
4) (x. y) PLOT mendapatkan kurva hiperbolik. memperki
5) Kapan y = 1/2 Vmax menghitung x ([S]) → Km
Vmax
1
vHai vHai
1/2

Juang RH (2004) BCbasics

-1
Km 1
Vmax
ganda timbal balik/ 1/S Km Plot langsungS
60
Lineweaver-Burk
 Sebuah Contoh nyata untuk Enzyme Kinetics
substrat Produk Menilai ganda timbal balik
Data

tidak [S] absorbansi v (mmol / menit) 1/S 1/v

1 0.25 0,21 → 0.42 4 2,08
2 0,50 0,36 → 0.72 2 1,56
3 1.0 0.40 → 0.80 1 1,35
4 2.0 0,46 → 0.92 0,5 1.16
(1) Produk diukur dengan spektroskopi pada 600 nm dimana ΔA 0,05 = 1 mtahi lalat produk
(2) Waktu reaksi adalah 10 menit
Plot langsung

ganda timbal balik/

1.0 2.0

v Lineweaver-Burk 1/v 1.0 = 1 / Vmax

0,5 1.0

Juang RH (2004) BCbasics

-3,8 = -1 / Km
0 0

012 -4 -2 0 2 4
[S] 1 / [S] 61
Km = 0,25-0,3 Km = 0,263
enzim Penghambatan
minggu 11

62
tujuan

• Nomenclature dan klasifikasi enzim √

• Mmekanisme olecular, kofaktor dan kelompok
prostetik √
• kinetika enzim menurut Michaelis-Menten
(Lineweaver-Burk) model √
• sayanhibitions
• Isolasi, pemurnian dan karakterisasi

63
 Enzim Penghambatan (Mekanisme)
I kompetitif I Tidak kompetitif I tidak kompetitif
substrat E
kartun Panduan

S S E I
S

E S I I
I
Bersaing untuk S I
situs aktif
zat yg mencegah pertumbuhan situs yang berbeda

E + S→←ES → E + P E + S→←ES → E + P E + S→
←ES → E + P
Persamaan dan Deskripsi

+ ++ +
saya saya saya saya
↓↑ ↓↑↓ ↑ ↓↑
Esaya Esaya + S → EsayaS EsayaS

[saya] Mengikat untuk membebaskan [E] saja,untuk membebaskan

[saya] Mengikat [saya] [E]
Mengikat [ES] kompleks
atau [ES]
dan bersaing dengan [S]; kompleks; Peningkatan [S] bisa hanya, meningkatkan [S] nikma
meningkatkan [S] mengatasi
inhibisi berdasarkan [saya].
tidak diatasi [saya] Penghambatan.
Penghambatan berdasarkan [saya].
64
Juang RH (2004) BCbasics
 Enzim Penghambatan (Plot)
I kompetitif I Tidak kompetitif I tidak kompetitif
Vmax Vmax Vmax
vHai vHai
Plot langsung

Vmax' Vmax'
saya saya saya

Km Km' [S], mM Km = Km' [S], mM Km' Km [S], mM

Vmax tanpa perubahan Vmax menurun
Km meningkat Km tanpa perubahan kedua Vmax & Km menurun
1 /vHai saya 1 /vHai saya 1 /vHai
ganda Reciprocal

saya

dua paralel
Memotong baris
di sumbu Y 1 / V Memotong 1 / Vmax
max 1 / Vmax
di sumbu X

1 / Km 1 / [S] 1 / Km 1 / [S] 1 / Km 1 / [S]

65
Juang RH (2004) BCbasics
tujuan

• Nomenclature dan klasifikasi enzim √

• Mmekanisme olecular, kofaktor dan kelompok
prostetik √
• kinetika enzim menurut Michaelis-Menten
(Lineweaver-Burk) model √
• sayanhibitions
√
• Isolasi, pemurnian dan karakterisasi

66
Cara Pisahkan Objek ini
Bentuk
Ukuran 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12

Massa jeniskayu kayu kayu kapas batu batu kapas batu kayu kapas kapas batu

1 2 3 Bentuk
4
Ukuran 6 kapas

4 8 kayu
8
4 5 6 7 8 5
Massa jenis 5
7 batu

9 10 11 12

rolling speed yang berbed

sedimentasi yang berbeda
Pengayakan ukuran yang berbeda 67
Juang RH (2004) BCbasics
 Prinsip Dasar Protein Pemurnian

Sel organel
homogenisasi

molekul kecil makromolekul Sel

Asam amino, gula,
Nukleotida, dll
nukleat
protein Karbohidrat (Lipid) Puing
AC id

Ammonium sulfat fraksinasi

size Biaya polaritas Afinitas

Pertukaran ion, fase terbalik
filtrasi gel. kromatografi, Afinitas
Chromatofocusing. kromatografi.
SDS-PAGE. HIC.
Disc-PAGE, hidroksiapatit
ultrafiltrasi Pengasinan-out
isoelektrik fokus
68
Juang RH (2004) BCbasics