Elektroforesis Gel Agarosa

Evita Pratiwi G.A (1010181040)

Fitri Nur A (1010181182)
I Gusti Ayu (1010181150)

Ilham Afriza A (1010181141)

Nadia Putri (1010181151)
Nurul Fadhilah (1010181192)
Preminna Suci R (1010181131)
Resza Diah P (1010181142)
Yusnia Nuraini (1010181107)
Pengertian
Elektroforesis adalah teknik pemisahan komponen atau
molekul bermuatan berdasarkan perbedaan tingkat
migrasinya dalam sebuah medan listrik. Kecepatan
molekul yang bergerak pada medan listrik tergantung pada
muatan, bentuk dan ukuran. Elektroforesis dapat
digunakan untuk separasi makromolekul (seperti protein
dan asam nukleat). Pemberian aliran listrik dapat
menyebabkan terjadi perpindahan aliran elektron dan zat
objek, kemudian akan bergerak dari elektroda negatif ke
arah sisi elektroda positif. Kecepatan pergerakan ini
berbeda-beda, tergantung dari muatan dan berat molekul
DNA
Fungsi Alat dan Bahan
 Buffer elektroforesis yang terdiri dari TAE memiliki daya ion dalam larutan sebagai
penghantar listrik.
 ·Loading dye berfungsi sebagai pemberat agar tidak keluar dari sumuran.
 ·Etidium bromida sebagai pewarna DNA yang akan menyisip di sela-sela basa
nukleotida.
 ·UV transiluminator untuk visualisasi pewarnaan DNA didalam gel agarosa.
 ·Aquades sebagai pelarut
 ·Baki gel agarosa sebagai cetakan gel agarosa
 ·TAE : Trisbase sebagai buffer sesuai dengan pH
 ·Asam Asetat Glasial sebagai elektrolit gram
 ·EDTA (Etylen Diamine Tetra Asetic Acid) sebagai pe-non aktif DNA
 ·Sisir elektroforesis untuk membuat sumuran pada gel agarosa
 ·Tangki elektroforesis untuk running DNA
 ·Mikropipet untuk mengambil dan menghomogenkan sampel DNA dan loading dye
 · Kertas Parafilm untuk tempat menghomogenkan sampel DNA dan loading dye
 ·Sarung tangan untuk melindungi terkena DNA-se yang dapat merusak DNA
Manfaat eletroforesis :
 untuk mengetahui ukuran fragmen DNA dari produk
PCR
 memisahkan produk DNA dari hasil digesti yang
berbeda ukuran, kemudian di-sequencing
 Pemurnian fragmen Gel Agarosa.
 Memecah fragmen DNA karna sintetis DNA
 Meningkatkan kandungan konsentrasi
agarosa,sehingga mengakibatkan menurunnya
perpindahan gel sehingga pemisahan molekul dna
yang lebih kecil menjadi lebih mudah.
 1. Membandingkan gen homolog dari sspesies yang
berbeda, mengetahui susunan sekuens berbagai
genom.
 2. DNA fingerprinting.
 3. Mendeteksi kelainan genetik.
 4. Mendeteksi lokasi dan jumlah mRNA dalam sel
atau jaringan tertentu.
Kelebihan:
1. Untuk mengetahui ukuran fragmen DNA dari
produk PCR.
2. Memisahkan produk DNA dari hasil digesti yang
berbeda ukuran lalu dapat disequencing.
3. Untuk pemurnian atau purifikasi DNA.
Kekurangan:
Penggunaan elektroforesis gel ini dirasakan kurang
efisien karena lama pengerjaannya dan terbatasnya
jumlah sampel yang dapat diperiksa. Disamping itu,
kadang kadang hasil PCR dalam gel muncul pita yang
tidak berbentuk (ghost atau smeary bands) atau pita
yang terlampau banyak sehingga hasilnya sulit
diinterpretasikan..
ALAT DAN BAHAN
BAHAN
ALAT 1. DNA Marker
1. Satu set alat elektroforesis 2. Produk DNA
2. Mikropipet dan tip 3. Ethidium Bromide (EtBr)
3. Gel Doc 4. dd H2O
4. Power Supply 5. Gel Agarose
6. Loading Buffer (Loading dye)
5. Parafilm
7. Buffer Tri-Asetat-EDTA (TAE)
8. Akuades
 Gel Agarose direndam dengan Buffer TAE.
 1µl loading dye dicampur dengan 3µl produk DNA pada
parafilm yang telah tersedia dengan bantuan mikropipet.
 Campuran tersebut dituangkan ke sumur/well pada gel
agarose.
 Sedangkan untuk 3µl DNA marker 1kb dituangkan pada
sumur/well yang berada pada paling tepi atas dan bawah.
 Tangki elektroforesis kemudian ditutup dan dihubungkan
ke power supply.
 Power Supply ( 400mA, 90V) dinyalakan selama 30 menit.
 Gel agarose hasil elektroforesis direndam pada larutan
EtBr selama ± 15 menit.
 Dilanjutkan dengan direndam dalam akuades selama
± 15 menit.
 Divisualisasi dengan menggunakan Gel Doc dan
kemudian diambil gambarnya.
 Prinsip kerjanya adalah jika molekul yang bermuatan
negatif (DNA) dilewatkan melalui suatu medium,
misalnya gel agarose, kemudian dialiri arus listrik dari
satu kutub ke kutub yang berlawanan muatannya
(positif), maka molekul tersebut akan bergerak dari
kutub negatif ke kutub positif (Elektroforesis) melalui
membran matriks gel agarose tersebut (Yuwono,
2005).
Terdapat dua macam teknik elektroforesis yang telah
berkembang yaitu, elektroforesis horizontal maupun vertikal
(Lisdiyanti, 1997). Berdasarkan jenisnya ada dua macam
elektroforesis yaitu:

 1.Elektroforesis bebas (free electrophoresis): molekul atau

partikel yang akan dipisahkan tersebar di seluruh larutan.
Pemberian arus listrik pada larutan yang mengandung
partikel tersebut akan menyebabkan terbentuknya batas di
antara dua larutan.
 2.Elektroforesis zona: merupakan jenis elektroforesis yang
paling banyak digunakan, mempergunakan media
penunjang, seperti kertas, selulosa asetat, agarose atau
poliakrilamid.
 Ukuran molekul DNA
 Konsentrasi Gel
 Bentuk Molekul
 Densitas Muatan
 Pori Pori Gel
 Voltase dan,
 Larutan buffer elektroforesis.