Fingerprinting dengan RFLP

dan ALFP
CHRIS ELIAN BERYL S (18/436641/PBI/01579)
IKA INDAYATI (18/436647/PBI/01585)
ALFP
• Teknik fingerprinting berdasarkan pemotongan fragmen DNA
• Menggunakan 2 macam enzim restriksi (contoh EcoRI dan Msel)
• Menggunakan 2 primer untuk mendapatkan hasil fingerprinting yang
beragam dan unik
• Meliputi 2 kali amplifikasi PCR, praselektif dan selektif
An AFLP based method for the detection and
identification of indigenous yeast in complex
must samples without a microbiological
culture
oleh Ignacio Baselga, Olga Zafra, Estela Pérez Lago, Raquel Francisco-
Álvarez, Gemma Rodriguez-Tarduchy, and Cruz Santos.
International Journal of Food Microbiology 241 (2017): 89-97
Pendahuluan
• Wine – fermentasi dengan khamir indigenous dengan penambahan
khamir komersil (S. cerevisiae)
• Khamir indigenous menghasilkan aroma dan rasa yang unik - “terroir”.
• Dibutuhkan metode identifikasi yang cepat dan akurat.
• AFLP?
Metode
• Isolasi khamir – must terfermentasi dan anggur segar, medium agar
lisin dan ekstrak must.
• Isolasi DNA – menggunakan Master Pure Yeast DNA Purification Kit
(Epicentre)
• Identifikasi khamir – Kombinasi ITS-RFLP (ITS1 dan ITS4) dan
sekuensing bagian D1/D2 26S rRNA
• ALFP – EcoRI dan Msel, dengan 7 primer selektif
• Analisis Data – Genemapper, analisis elektroforegram, penentuan alel
selektif-spesies dan selektif-strain
Hasil dan Pembahasan
• Isolasi khamir: 1200 isolat khamir dari seluruh sampel
• ITS-RFLP: Candida maltosa (5), Pichia anomala (36), Metschnikowia
pulcherrima (346), Saccharomyces uvarum (42) dan Saccharomyces
cerevisiae (572)
• Sekuensing: Lachancea thermotolerans (97), Torulaspora delbrueckii
(14), Hanseniaspora uvarum (78) dan Pichia carsonii (10).
Kesimpulan
Penggunaan metode ALFP dengan 2 set primer berlabel flourosens
menghasilkan database khamir wine indigenous, yang dapat digunakan
untuk melakukan identifikasi khamir yang ada pada sampel must dan
wine secara cepat dan akurat dengan membandingkan pola database
ALFP yang telah didapatkan.
RFLP
• Teknik fingerprinting berdasarkan pemotongan fragmen DNA
• Menggunakan enzim restriksi misalnya enzim Hinf1 kemudian
fragmen DNA hasil restriksi dipisahkan dengan elektroforesis agarosa
IDENTIFIKASI POPULASI BAKTERI DALAM SPONS PENCUCI PIRING
DENGAN METODE PCR-RFLP

Oleh : Shabarni Gaffar, Iman Permana Maksum, Euis Juleha

Tahapan
• Pembuatan media pertumbuhan
• Penumbuhan bakteri dari spons pencuci piring
• Total Plate Counting (TPC)
• Lisis Bakteri
• Amplifikasi fragmen gen 16s rRNA
• Karakterisasi hasi PCR dengan elektroforesis gel agarose
• Pemurnian produk PCR
• Pemotongan produk PCR dengan enzim Hinf1
• Interpretasi Data
Karakterisasi hasil RFLP menggunakan enzim Hinf1. Lajur 1 E. coli, lajur
2, 3, 4, 5 dan 6 adalah sampel, lajur 7 Marka DNA. Terlihat bahwa pola
pemotongan pada lajur 5 dan 6 sama dengan lajur 1, menunjukkan
bahwa kedua sampel itu adalah E. coli.
Hasil penelitian ini memperlihatkan pada spons pencuci piring telah
tumbuh sekurang-kurangnya empat jenis bakteri yang berbeda, dimana
salah satunya adalah E. coli. E. coli merupakan enterobakter, beberapa
galur E. coli merupakan bakteri pathogen yang dapat menyebabkan
penyakit diare.
SEKIAN