Pemicu 2

Stefanus Evan
405140104
Dogma sentral

 Dogma sentral adalah proses ekspresi gen yang mengikuti tahapan-tahapan

dalam info genetik yang terdiri proses dasar replikasi DNA, transkripsi DNA
menjadi RNA, dan translasi RNA menjadi protein atau polipeptida.
 Ekspresi gen adalah serangkaian proses penerjemahan informasi genetik
dalam bentuk urutan basa pada DNA atau RNA menjadi protein (fenotipe).
Informasi yang dibawa bahan genetik tidak bermakna apa pun bagi suatu
organisme apabila tidak diekspresikan menjadi fenotipe.

Sel-sel tubuh kita berbeda walaupun gen/DNA-nya sama. Misalnya sel neuron
lebih besar dari sel lymphocyte. Dalam Ekspresi gen, contohnya pada gen
tertentu (mis : gen C) pada saat dikandungan diekspresikan kecil, tetapi pada
saat dilahirkan ekspresinya meningkat sedangkan ekspresi gen A dan B
kebalikannya. Hal ini terjadi karena beberapa faktor, diantaranya: faktor
lingkungan atau dari dalam sel itu sendiri yang memicu ekspresi sel tersebut.
Dogma Central dalam Biologi Molekuler
 Struktur, Fungsi DNA & RNA

DNA
1. Gula deoksiribosa.
2. Berbentuk double-stranded helix dengan untai anti-paralel.
3. Di setiap untainya, nukleotida dihubungkan oleh ikatan
fosfodiester 5’-3’.
4. Ikatan antara Guanin-Sitosin  Ikatan hidrogen rangkap 3;
Ikatan antara Adenin-Timin  rangkap 2.
5. Chargaff’s Rule : jumlah antara purin = pirimidin, A=T,
G=C
6. Fungsi : pembawa materi genetika, berperan dalam
duplikasi diri dan pewarisan sifat.
Struktur DNA
RNA
1. Gula ribosa.
2. Berbentuk single-stranded.
Perbedaan DNA & RNA
 Proses Replikasi,Transkripsi, dan Translasi

• Replikasi : proses perbanyakan bahan genetik (genom : DNA dan RNA)

• Proses yang mengawali pertumbuhan sel
• Replikasi akan diikuti oleh pembentukan sel-sel anakan yg membawa duplikat
bahan genetik hasil replikasi.
• Ada 3 hipotesis mengenai replikasi DNA yaitu
• Hipotesis semikonservatif : setiap molekul untai ganda DNA anakan terdiri
atas satu untai-tunggal DNA induk dan satu untai tunggal DNA hasil sintesis
baru.
• Konservatif : DNA untai ganda induk tetap bergabung sedangkan kedua
untaian DNA anakan terdiri atas molekul hasil sintesis baru.
• Dispersif : molekul DNA induk mengalami fragmentasi sehingga DNA anakan
terdiri atas campuran molekul lama (induk) dan molekul hasil sintesis baru
Proses Replikasi

Replikasi
1. 3 hipotesis proses replikasi :
 Replikasi DNA dipengaruhi :

1. Polimerase DNA : enzim yang berfungsi

mempolimerisasi nukleotida-nukleotida.
2. Ligase DNA : enzim yang berperan menyambung
DNA utas lagging.
3. Primase DNA : enzim yang digunakan untuk
memulai polimerisasi DNA pada lagging strand.
4. Helikase DNA : enzim yang berfungsi membuka
jalinan DNA double heliks.
5. Single strand DNA-binding protein :
menstabilkan DNA induk yang terbuka.
Transkripsi

• Transkripsi : proses penyalinan kode-kode genetik yang ada pada urutan DNA
menjadi molekul RNA. Merupakan proses yan mengawali ekspresi sifat-sifat
genetik yang nantinya muncul sebagai fenotip. RNA: selalu “single stranded”
. Pada proses transkripsi hanya 1 untai DNA yang disalin DNA  RNA. Sintesis
RNA : 5’  3’
Transkripsi
Translasi

 Translasi adalah proses penerjemahan kode genetik oleh tRNA ke dalam

urutan asam amino. Translasi menjadi tiga tahap (sama seperti pada
transkripsi) yaitu inisiasi, elongasi, dan terminasi. Semua tahapan ini
memerlukan faktor-faktor protein yang membantu mRNA,
Tahapan:

1. inisiasi
 Langkah berikutnya dalam terjemahan ‘inisiasi’. Komponen yang memainkan
peranan penting dalam inisiasi adalah sebagai berikut.
 Ada dua subunit ribosom terlibat dalam proses inisiasi.
 Messenger RNA (mRNA).
 Aminoasil RNA transfer (tRNA)
 Guanosin-5′-trifosfat (GTP) menyediakan energi untuk proses translasi.
 Faktor inisiasi (IF) merakit komponen mengambil bagian dalam proses inisiasi.
2. Elongasi
 Pemanjangan rantai polipeptida dimulai dengan tRNA memasuki situs ‘P’
ribosom. Lokasi ‘A’ ribosom sekarang siap untuk menerima aminoasil-tRNA.
Pada tahap elongasi, siklus tiga langkah yang diikuti dengan pemanjangan
rantai protein berlangsung.
 Aminoasil secara repat ditempatkan dalam ribosom.
 Pembentukan ikatan peptida.
 Setelah setiap pembentukan ikatan peptida, mRNA bergeser oleh satu kodon.
3. Terminasi/Penyelesaian
 Ini adalah tahap akhir dari proses translasi. Jika salah satu kodon terminasi
memasuki lokasi ‘A’ ribosom, proses translasi berhenti. Hal ini terjadi karena
tRNA tidak mengenali kodon tersebut. Kodon ini dikenali oleh ‘faktor rilis’
sebagai gantinya, dan mereka memicu reaksi yang disebut hidrolisis. Protein
terbentuk sebagai hasil dari seluruh proses ini, dilepaskan dari ribosom dan
akhirnya proses translasi berakhir.
DNA fingerprint

DNA fingerprint merupakan salah satu bagian atau tipe dari bioteknologi yaitu
tipe bioteknologi forensik. Bioteknologi itu sendiri berarti seperangkat teknik
yang memanfaatkan organisme hidup atau bagian dari organisme hidup, untuk
menghasilkan atau memodifikasi produk, meningkatkan kemampuan tumbuhan
dan hewan, mengembangkan mikroorganisme untuk penggunaan khusus yang
berguna bagi kehidupan manusia atau lingkungan.
metode

 Teknik PCR analisis

 Polymerase chain reaction (PCR) adalah suatu proses pembentukancetakan
DNA secara berulang kali dengan menggunakan prosedurdan waktu yang
tertentu. PCR menggunakan teknik amplifikasi(perbanyakan) secara spesifik
pada suatu segmen DNA secara invitro dengan menggunakan DNA polimerase,
cetakan (template),DNA genom, dan primer oligonukleotida.
 Prinsip dasar dari teknik PCR tersebut merupakan adanya enzimDNA
polimerase yang digunakan untuk membuat cetakan darisegmen DNA yang
diinginkan.
 Polymerase Chain Reaction
Berikut adalah tiga tahap bekerjanya PCR (Polimerase Chain Reaction) dlm satu
siklus:
1. Tahap peleburan/melting/denaturasi PCR (Polimerase Chain Reaction). Tahap
ini b’langsung pd suhu tinggi, 94–96°C, ikatan hidrogen DNA t’putus (denaturasi)
& DNA menjadi berberkas tunggal. Biasanya pd tahap awal PCR (Polimerase
Chain Reaction), tahap ini dilakukan agak lama (sampai 5 menit) utk
memastikan semua berkas DNA terpisah. Pemisahan ini menyebabkan DNA tdk
stabil & siap menjadi templat (“patokan”) bagi primer. Durasi tahap ini 1–2
menit.
2. Tahap penempelan/annealing PCR (Polimerase Chain Reaction). Primer
menempel pd bagian DNA templat yg komplementer urutan basanya. Ini
dilakukan pd suhu antara 45–60°C. Penempelan ini bersifat spesifik. Suhu yg tdk
tepat menyebabkan tdk terjadinya penempelan atau primer menempel di
sembarang tempat. Durasi tahap ini 1–2 menit.
3. Tahap pemanjangan/elongasi PCR (Polimerase Chain Reaction). Suhu untuk
proses ini tergantung dari jenis DNA-polimerase (P pada gambar) yg dipakai.
Dengan Taq-polimerase, proses ini biasanya dilakukan pada suhu 76°C. Durasi
tahap ini biasanya 1 menit.
Teknik STR (Short Tandem Repeats ) Analisis
STR merupakan polimorfisme DNA yang terjadi karena adanya 2 atau lebihnukleotida yang
berulang. Pola pengulangannya adalah terdiri dari 2-10 bp dan terjadipada daerah intron dari
DNA. Dengan menganalisa loci dari STR dan menghitungberapa banyak perulangan dari sekuen
STR yang terjadi di setiap locus, maka dapat terbaca profil genetik yang unik dari setiap
individu. Analisa dengan STR memerlukan teknik PCR dan elektroforesis gel agarosa. Dengan PCR
daerah polimorfik dari DNAdiamplifikasi dan kemudian fragmen STR dipisahkan dengan
elektroforesis agarosa sehingga jumlah perulangan yang terjadi dapat dihitung dengan
membandingkan perbedaan ukuran dengan alelic ladder. Analisa dengan STR ini tidak dapat
dilakukan apabila 2 individu merupakan kembar monozigot.
 Teknik AMP (Amplified Fragment Length Polymorphism) FLP
 DNA profilling dengan menggunakan teknik AmpFLP memiliki
beberapakeunggulan, yaitu lebih cepat daripada analisa dengan RFLP dan
biaya yangdibutuhkan lebih murah. Teknik ini berdasarkan pada polimorfisme
VNTR untukmembedakan alel yang berbeda. Teknik ini menggunakan PCR
untuk mengamplifikasidaerah VNTR dan kemudian hasil amplifikasi dipisahkan
dengan gel poliakrilamid dandiwarnai dengan teknik silver stained . Salah satu
locus yang sering digunakan dlamteknik ini adalah locus D1S80
 DNA family relationship analysis
 Dengan menggunakan teknologi PCR, analisis DNA secara luas dapat digunakan
untuk menentukan hubungan keluarga seperti hubungan orangtua dan anak,
saudara, dan hubungan kekerabatan lainnya.
 Selama pembuahan, sel sperma ayah dan sel telur ibu, yang masing-masing
mengandung setengah jumlah DNA yang ditemukan dalam sel tubuh, bertemu
dan bergabung membentuk zigot. Zigot berisi satu set lengkap molekul DNA
kombinasi dari kedua orang tuanya. Zigot ini membelah lalu menjadi embrio
dan akhirnya menjadi janin.
 Pada setiap tahap perkembangan, semua sel yang membentuk tubuh berisi
DNA yang sama yaitu setengah dari ayah dan setengah dari ibu. Fakta ini
memungkinkan pengujian hubungan keluarga menggunakan semua jenis
sampel seperti sel darah atau jenis sampel lainnya.
 Y-chromosome analysis
 Inovasi terbaru telah disertakan untuk analisis DNA yaitu creation of primers
targeting polymorphic regions pada kromosom Y-(Y-STR), yang memungkinkan
resolusi sampel DNA campuran dari pria dan wanita dan/atau kasus di mana
differential extraction tidak mungkin. Y-kromosom dari ayah diwariskan, jadi
analisis Y-STR dapat membantu dalam identifikasi hubungan darah anak laki-
laki dengan orang yang diduga ayah anak tersebut.
 Mitochondrial analysis
 Untuk sampel yang mudah terdegradasi, kadang-kadang mustahil untuk
mendapatkan profil lengkap dari 13 STR CODIS. Dalam situasi ini, DNA
mitokondria (mtDNA) dapat digunakan nuntuk analisis kecocokan DNA. Karena
mtDNA diwariskan oleh ibu, kerabat ibu dapat digunakan sebagai referensi
kecocokan. Perbedaan dari dua atau lebih nukleotida umumnya dianggap
sebagai sebuah pengecualian. Heteroplasmi dan poli-C perbedaan dapat
menghilangkan perbandingan urutan lurus, sehingga keahlian pihak analis
sangat diperlukan. mtDNA ini berguna dalam menentukan identitas dengan
jelas. mtDNA dapat diperoleh dari bahan seperti rambut dan tulang / gigi.