BIOLOGI DASAR

SEMESTER GASAL 2018/2019

OLEH:
TIM LAYANAN BIOLOGI

Pertemuan IV

Struktur dan Aliran

Informasi Genetik
Struktur Kromosom
Asam Nukleat penyusun Materi Genetik
• Asam Nukleat terbagi atas DNA dan RNA
• Organisme eukariot, prokariot, dan sebagian virus
bahan genetiknya disusun oleh DNA
• Sebagian virus bahan genetiknya RNA
Struktur DNA
DNA merupakan makromolekul, yaitu molekul besar
yang tersusun dari molekul yang lebih kecil
DNA tersusun dari dua utasan yang berpilin (heliks
ganda)
Setiap utasan DNA merupakan rantai polinukleotida
(rangkaian nukleotida)
Setiap nukleotida mengandung tiga komponen yaitu :
- gula pentosa (deoksiribosa)
- basa nitrogen: Pirimidin (Sitosin/C, dan Timin/T)
dan Purin (Adenin/A dan Guanin/G)
- gugus fosfat (H3PO4)
 Struktur DNA
Sugar–phosphate Nitrogenous bases
backbone
5 end

Thymine (T)

Adenine (A)

Cytosine (C)

Phosphate
Guanine (G)

Sugar
(deoxyribose)
DNA Nitrogenous base
nucleotide 3 end
 Lanjutan Model Struktur DNA
5 end
C G
C G Hydrogen bond
3 end
G C
G C T A

3.4 nm
T A

G C G C
C G

A T

1 nm C G
T A

C G
G C
C G A T

A T 3 end
A T
0.34 nm
T A 5 end

(a) Key features of (b) Partial chemical structure (c) Space-filling

DNA structure model
 Analisis Pasangan Basa Nitrogen menurut Watson
dan Crick
- Watson dan Crick
menjelaskan bahwa
pasangan basa-basa
nitrogen bersifat
spesifik, karena
ditentukan oleh struktur
basa nitrogen tersebut.
James Watson Francis Crick

- Berdasarkan struktur basa-basa nitrogen ditentukan

pasangan masing masing basa yaitu:
* Adenin (A) berpasangan Timin (T)
* Guanin (G) berpasangan Citosin (C)
Komposisi Basa Nitrogen
Data Chargaff menunjukan bahwa pada DNA berbagai
spesies selalu terdapat jumlah Adenin= Timin, Sitosin =
Guanin.
Disimpulkan DNA berutas ganda dan terjadi perpasangan
basa antar utas dengan aturan A-T, G-C.
• Organisme Komposisi Basa (%) Nisbah Basa
• A T G C A/T G/C
A+T/G+C
• Manusia 30.9 29.4 19.9 19.8 1.05 1.00 1.52
• Kambing 29.3 28.3 21.4 21.0 1.03 1.02 1.30
• Gandum 27.3 27.1 22.7 22.8 1.04 1.00 1.19
• Khamir 31.3 32.9 18.7 17.1 0.95 1.09 1.79
• E. coli 24.7 23.6 26.0 25.7 1.04 1.01 0.93
• B. abortus 21.0 21.1 29.0 28.9 1.00 1.00 0.72
Ikatan antara Basa Nitrogen

Sugar
Sugar
Adenine (A) Thymine (T)

Sugar
Sugar

Guanine (G) Cytosine (C)

STRUKTUR RNA
• RNA berbentuk utas tunggal dan pendek
• RNA merupakan bahan pewarisan sifat dari beberapa
virus
• Nukleotida RNA mengandung 3 komponen yaitu :
1. gula pentosa : ribosa (C5H10O5)
2. basa nitrogen :
a. Pirimidin:Urasil dan Sitosin
b. Purin: Adenin dan Guanin
3. Gugus Fosfat
 Basa
Fosfat

Ribosa

Deoksiribosa
RiboNukleotida DeoksiRiboNukleotida
(penyusun RNA) (penyusun DNA)
Replikasi DNA
• Replikasi merupakan proses memperbanyak atau
menggandakan diri pada DNA
• Proses ini terjadi mendahului penggandaan kromosom
yaitu pada saat sel siap melakukan pembelahan (fase
interfase)
Hipotesis Model Replikasi menurut
Watson dan Crick
• Watson dan Crick menyimpulkan bahwa replikasi
DNA terjadi secara semikonservatif, yaitu tiap untai
doble strain terdiri dari untai lama dan untai baru.
• Model hipotesis replikasi lainnya yaitu model
konservatif (dua untai yang lama saling berikatan
kembali) dan model dispersi (tiap strain merupakan
gabungan antara untai yang lama dan untai yang baru)
 Parent First Second
cell replication replication
(a) Model konservatif

(b) Model semikonservatif

(c) Model dispersif

Proses Replikasi
Overview
Leading Lagging
strand Origin of replication
strand
Primer
Leading
Lagging strand 3
strand Origin of
Overall directions 5replication
of replication

5 RNA primer
3
3 Sliding clamp
DNA pol III
Parental DNA 5
3
5

5
3
3
5
Transkripsi dan Translasi

Prinsip Dasar Transkripsi dan Translasi

• RNA adalah jembatan antara gen dan protein
• Transkripsi adalah sintesis RNA dengan DNA
sebagai template
• Transkripsi salah satunya menghasilkan messenger
RNA (mRNA)
• Translasi adalah sintesis polipeptida, dengan
menggunakan informasi genetik pada mRNA
• Ribosom merupakan tempat terjadinya translasi
Komponen Molekular Transkripsi
• RNA disintesis menggunakan RNA polymerase
• RNA merupakan komplemen DNA yang digunakan
sebagai template
• Sintesis RNA mengikuti prinsip pemasangan basa
nitrogen yang ada pada untai template DNA, kecuali
basa Urasil menggantikan Timin pada DNA.
• Pada saat pertama kali RNA polimerase melekat pada
untai DNA disebut promotor; pada bakteri, sekuens
yang menandakan berakhirnya transkripsi disebut
terminator
Proses Transkripsi
Promoter Transcription unit

5 3
3 DNA 5
Start point
RNA polymerase 1 Initiation

Nontemplate strand of DNA

5 3
3 5
RNA Template strand of DNA
Unwound
DNA transcript
2 Elongation
Rewound
DNA
5 3 3
3 5
5
RNA
transcript 3 Termination

5 3
3 5
5 3
Completed RNA transcript
Direction of transcription (“downstream”)
RNA hasil Transkripsi
• mRNA: berfungsi sebagai model dalam pembentukan
protein dalam translasi, berstruktur linear
• tRNA: berfungsi sebagai pembawa asam amino dan
penterjemah kodon mRNA, membentuk lipatan tiga
dimensi
• rRNA: berfungsi sebagai kerangka ribosom dan
mengenali tRNA dan mRNA dalam proses translasi’
Kodon: Triple Nukleotide
• Aliran informasi gen menjadi protein didasarkan pada
Triple Nucleotide (Kodon)
• Urutan kodon ditranslasi menjadi asam amino
membentuk rantai polipeptida
• Tiap kodon spesifik menyandikan salah satu asam
amino
 Second mRNA base
U C A G
UUU UCU UAU UGU U
Phe Tyr Cys
UUC UCC UAC UGC C
U Ser
UUA UCA UAA Stop UGA Stop A
Leu
UUG UCG UAG Stop UGG Trp G

Tabel

Third mRNA base (3 end of codon)

CUU CCU CAU CGU U
First mRNA base (5 end of codon)

His
Triple C
CUC
Leu
CCC
Pro
CAC CGC
Arg
C

Kodon CUA CCA CAA CGA A

Gln
Penyandi CUG CCG CAG CGG G

Asam AUU ACU AAU AGU

Ser
U
Asn
Amino A
AUC Ile ACC
Thr
AAC AGC C
AUA ACA AAA AGA A
Lys Arg
Met or
AUG start
ACG AAG AGG G

GUU GCU GAU GGU U

Asp
GUC GCC GAC GGC C
G Val Ala Gly
GUA GCA GAA GGA A
Glu
GUG GCG GAG GGG G
Ribosom
• Ribosom memfasilitasi ikatan antikodon pada tRNA
dengan kodon pada mRNA
• Dua subunit ribosomal (besar dan kecil) disusun oleh
protein dan ribosomal RNA (rRNA)
 Situs pengikatan tRNA
• Ribosom memiliki tiga situs
P site (Peptidyl-tRNA
pengikatan dengan tRNA binding site)
Exit tunnel

– Situs P mengikat tRNA yang

A site (Aminoacyl-
untuk membawa rantai tRNA binding site)
polipeptida E site
(Exit site)
– Situs A mengikat tRNA yang
E P A Large
membawaasam amino subunit
berikutnya untuk ditambahkan
mRNA
pada rantai polipeptida binding site Small
– Situs E adalah situs keluar yang subunit

akan melepasakan tRNAs untuk

meninggalkan ribosome
Asosiasi Ribosom dan Inisiasi Translasi
• Tahap inisiasi pada translasi membawa mRNA, tRNA
yang membawa asam amino pertama dan dua subunit
ribosomal
• Pertama, subunit kecil ribosomal berikatan dengan
mRNA dan spesial inisiasi tRNA
• Selanjutnya subunit kecil bergerak sepanjang mRNA
hingga sampai pada kodon star (AUG)
Elongasi/Pemanjangan pada rantai Polipeptida

• Sepajang tahap elongasi,

asam amino ditambahkan
satu per satu pada
E
C-terminus asam amino mRNA 3
P A
sitesite GTP
• Setiap penambahan asam 5
GDP P 

amino terdiri atas protein

yang disebut faktor E E
elongansi PA PA

• Translasi terjadi sepanjang GDP  P

untai mRNA pada arah 5′ GTP

ke 3′ E

PA
Terminasi pada Translasi
• Terminasi terjadi ketika terdapat kodon stop pada
untai mRNA
• Situs A tanpa protein disebut faktor release
• Faktor release menyebabkan penambahan molekul
air pada asam amino
• Reaksi tersebut menyebabkan pelepasan polipeptida,
dan proses translasi dimulai kembali
Perbedaan Proses Dogma Sentral pada Nuclear
sel Prokariotik dan Eukariotik envelope

DNA
TRANSCRIPTION

RNA PROCESSING Pre-mRNA

mRNA
DNA
TRANSCRIPTION

mRNA
Ribosome TRANSLATION Ribosome
TRANSLATION
Polypeptide
Polypeptide

(a) Bacterial cell (b) Eukaryotic cell

Soal Latihan
A. Benar Salah
1. B-S Kromosom pada sel eukariotik tersusun atas DNA dan
protein histon.
2. B-S RNA disusun oleh gula deoksiribosa
3. B-S Basa nitrogen guanin dan sitosin berikatan dengan dua
ikatan hidrogen
B. Soal Isian
1. Nukelotida yang memiliki gula pentosa jenis ribosa adalah ..…
2. RNA yang berfungsi sebagai model dalam pembentukan protein
dalam proses translasi adalah ….
3. Terminasi terjadi pada proses translasi apabilah terdapat ……..
pada untai mRNA
 Pemberitahuan Praktikum
Mahasiswa baru wajib mengikuti praktikum Biologi Dasar
dan bagi mahasiswa lama yang memperbaiki Mata Kuliah
tersebut, dapat mengecek nilai praktikum pada Koordinator
Layanan Biologi (Paskalina Th. Lefaan, M. Si.), jika tidak lulus
praktikum wajib mengikuti praktikum.
Berkaitan dengan hal tersebut mohon memperhatikan beberapa
hal sbb.:
1. Pendaftaran dapat dilakukan secara kolektif melalui ketua
kelas masing-masing atau secara langsung di Gedung
Biologi FMIPA UNIPA dengan membawa fotokopi KRS
1 lembar dan uang pendaftaran sebesar Rp. 65.000,-.
2. Uang pendaftaran digunakan untuk menunjang pelaksanaan
praktikum: pengadaan bahan, buku penuntun, buku tugas
pendahuluan, buku pre test/post test, buku lembar kerja, dan
kartu kontrol.
 3. Pendaftaran dapat dilakukan dari tanggal 28 Agustus –
6 September 2018 (pada jam kerja) dengan jadwal sbb.:
Hari, tanggal Fakultas/Prodi
Selasa, 28Agustus Pertanian (Agroteknologi, Agribisnis, Ilmu
Tanah, DIII Tanaman Perkebunan)
Rabu, 29Agustus Fateta (Teknologi Hasil Pertanian)
Kamis, 30Agustus Peternakan (Peternakan, Nutrisi dan Teknologi
Pakan Ternak)
Jumat, 31Agustus MIPA (Biologi, Kimia, Fisika, Matematika)
Senin, 3 September FPIK (IKL, MSP)
4-6 September Bagi yang belum sempat mendaftar
4. Pertemuan untuk pengambilan buku penuntun dan penjelasan
praktikum dilakukan pada Jumat, 7 September 2018 pukul
12.00 WIT di Laboratorium Biologi Dasar.
5. Praktikum akan dimulai pada minggu ke - 2 bulan September
(10 – 14 September 2018) sesuai jadwal masing-masing Prodi.
6. Praktikan wajib menggunakan jas lab. selama praktikum.