GENETIKADAN TEKNOLOGI DNA

KELOMPOK 12
 Genetika Bakteri
• Adadua fenomena biologi pada konsep hereditas yaitu:
• 1.Hereditas yang bersifat stabil di mana generasi berikut yang terbentuk dari
pembelahan satu sel mempunyai sifat yang identik dengan induknya
• 2. Variasi genetik yang mengakibatkan adanya perbedaan sifat generasi
berikut dari sel induknya akibat peristiwa genetik tertentu, misalnya mutasi.
• Pada bakteri, unit herediternya disebut genom bakteri. Genom bakteri
lazimnya disebut sebagai gen saja. Gen bakteri biasanya terdapat dalam
molekul DNA (asam deoksiribonukleat) tunggal, meskipun dikenal pula
adanya materi genetik di luar kromosom (ekstra kromosomal), yang di sebut
plasmid, yang tersebar luas dalam populasi bakteri. Meskipun bakteri
bersifat haploid, transimisi gen dari satu generasi ke generasi berikutnya
berlangsung secara linier, sehingga pada setiap siklus pembelahan sel, sel
anaknya menerima satu set gen yang identik dengan sel induknya.
• Kromosom bakteri yang terdiri dari DNA mempunyai
berat  lebih kurang2-3% dari berat kering satu sel. Dengan
mikroskop elektron, DNA tampak sebagai benang-benang
fibriler yang menempati sebagian besar dari volume sel.
Molekul DNA bila diekstraksi dari sel bakteri biasanya
mempunyai bentuk yang sirkuler, dengan panjang kira-kira
1 mm. DNA ini mempunyai berat molekul yang tinggi
karena terdiri dari heteropolimer dari
deoksiribonukleotida purin yaitu Adenin dan Guanin dan
deoksiribonukleotida pirimidin yaitu Sitosin dan Timin.
•  
A. Struktur DNA
Pada tahun 1953, Frances Crick dan James Watson
menemukan model molekul DNA sebagai suatu struktur
heliks beruntai ganda, atau yang lebih dikenal dengan
heliks ganda Watson-Crick. Informasi genetika disimpan
sebagai suatu urutan basa pada DNA. Kebanyakan molekul
DNA adalah rantai ganda, dengan basa-basa komplementer
(A-T; G-C) berpasangan menggunakan ikatan hidrogen
pada pusat molekul. Sifat komplementer dari basa
memungkinkan satu rantai (rantai cetakan, template)
menyediakan informasi untuk salinan atau ekpresi
informasi pada suatu rantai yang lain (rantai penyandi).
• Pasangan-pasangan basa tersusun dalam bagian pusat
double helix DNA dan menentukan informasi genetiknya.
Setiap empat basa diikatkan pada phosphor-2-deoxyribose
membentuk suatu nukleotida. Setiap nukleotida dibentuk
dari tiga bagian yaitu:
1.Sebuah senyawa cincin yang mengandung nitrogen,
disebut basa nitrogen. Dapat berupa purin atau pirimidin.
Purin dan pirimidin yang membentuk nukleotida, masing-
masing memiliki dua macam basa A. Purin yaitu adenine
dan guanine
B. Pirimidin yaitu cytosine dan thymine
2. Sebuah gugusan gula yang memiliki lima karbon (gula
pentosa), disebut deoksiribosa.
3. Sebuah molekul fosfat. Bagian-bagian tersebut
terhubungkan bersama-sama dalam urutan basa
nitrogen-deoksiribosa-fosfat
Panjang keseluruhan kromosom E.coli diperkirakan I nm.
Oleh karena keseluruhan dimensi sel bakteri diperkirakan
1000 kali lebih kecil dari pada panjangnya tersebut
sehingga terbentuk lipatan yang melipat lagi atau
supercoiling, menyusun struktur fisik dari molekul in vivo.
B. Struktur RNA
Berbeda denganDNA,RNA merupakan rantai tunggal
polinukleotida.Tiap ribonukleotida terdiri dari 3
gugus molekul,yaitu gula 5 karbon (ribosa), basa
nitrogen, yang terdiri dari basa purin yang sama
dengan DNA sedangkan pirimidin
berbeda,yaitusitosin dan urasil, dan gugus fosfat.
Basa purin dan pirimidin berikatan dengan gula
ribosa membentuk nukleosida atau ribonukleosida.
Ribonukleosida yang berikatan dengan gugus fosfat
membentuk nukleotida dan ribonukleotida.
 Ekspresi Gen
• Fungsi primer DNA pada hakikatnya adalah sebagai sumber
perbekalan informasi genetik yang di miliki oleh sel induk. Proses
replikasi di kerjakan dengan amat lengkap sehigga sel anaknya
mendapatkan pula informasi genetik yang lengkap, sehingga terjadi
kesetabilan genetik dalam suatu  populasi mikroorganisme. Satu
benang kromosom biasanya terdiri dari 5 juta pasangan basa dan
terbagi atas segmen atau sekwens asam amino tertentu. Dari akan
terbentuk stuktur protein. Protein ini kemudian menjadi enzim-
enzim, komponen membran sel dan struktur sel yang lain yang 
secara keseluruhan menentukan karakter dari sel itu.
• Ekspresi gen merupakan proses penterjemahan informasi yang
dikode didalam gen menjadi urutan asam amino selama sintesis
protein. Dogma sentral ekspresi gen adalah sebagi berikut :
A. Replikasi DNA
Sintesis perbanyakan bahan genetik seperti DNA,
dilakukan melalui proses yang disebut replikasi.
Replikasi dapat dikatakan merupakan reaksi kimia yang
mencirikan proses kehidupan. Melalui suatu replikasi,
senyawa kimia dapat membentuk dirinya untuk
menghasilkan senyawa baru yang mirip dengan dirinya.
Replikasi hanya terjadi pada asam nukleat, DNA atau
RNA. Molekul asam nukleat yang mampu bereplikasi
disebut replikon. Tidak ditemukan senyawa lain yang
sintesisnya dilakukan melalui replikasi.
Pada sel, replikasi DNA terjadi sebelum pembelahan sel.
Prokariota terus-menerus melakukan replikasi DNA. Pada
eukariota, waktu terjadinya replikasi DNA sangatlah teratur,
yaitu pada fase S daur sel, sebelum mitosis atau meiosis I.
Penggandaan tersebut memanfaatkan enzim DNA polimerase
yang membantu pembentukan ikatan antara nukleotida-
nukleotida penyusun polimer DNA. Proses replikasi DNA
dapat pula dilakukan in vitro dalam proses yang disebut reaksi
berantai polimerase (PCR). Dengan demikian, setiap sel yang
melakukan mitosis akan dihasilkan 2 sel anak yang memilki
DNA lengkap sama persis dengan yang dimiliki induknya.
• Sebelum rantai polinukleotida DNA dapat disintesis oleh bakteri atau
organisme lain, harus tersedia sekumpulan nukleotida seluler. Pada
bakteri tertentu, nukleotida harus disuplai dalam medium dalam
bentuk jadi. Pada bakteri lain dapat mensintesis nukleotida dari
nutrien yang sederhana, seperti glukosa, ammonium sulfat, dan
mineral. Berdasarkan struktur DNA heliks ganda (double helix), maka
hipotesis yang digunakan untuk replikasi adalah Semikonservatif.
Menurut hipotesis replikasi secara semi-konsevatif, setiap utas DNA
menjadi cetakan bagi pembentukan utas baru, sehingga pada akhir
proses replikasi akan ditemukan dua utas ganda yang masing-masing
mengandung satu utas baru dan satu utas lama.

•
• TranskripsimerupakansintesisRNA darisalah
saturantaiDNA,yaiturantai cetakan yang disebut
sense, sedangkan pasangan rantai DNAnya
disebut rantai antisense. Terjadidi dalam
intisel.Transkripsi terdiri dari tigatahap,yaitu:
– Inisiasi (permulaan). Transkripsi diawali oleh promoter, yaitu
daerah DNAtempatRNApolimerasemelekat. Promoter mencakup
titik awal transkripsi dan biasanya membentang beberapa pasang
nukleotida di depan titik awaltersebut.Fungsipromoterselain
menentukan dimana transkripsidimulai,jugamenentukanyang
manadarikeduarantaiganda DNAyangdigunakan sebagai cetakan.
– Elongasi (pemanjangan). Ketika RNA bergerak di sepanjang DNA,
pilinanrantaigandaDNAtersebutterbukasecaraberurutankira-kira10-
20basaDNA.EnzimRNApolimerasemenambahkannukleotidakeujung
3’darimolekulRNA yangdibentukdi sepanjangrantai gandaDNA.
SetelahsintesisRNAberlangsung, rantaiganda DNAakanterbetuk
kembali dan RNA baru akan terlepas dari cetakannya.
– Terminasi (pengakhiran). Transkripsi berlangsung hingga RNA
polimerase mentranskripsiurutanDNAyangdinamakanterminator.
Terminator merupakanurutan DNAyang berfungsiuntukmengakhiri
prosestranskripsi.Padaprokariotik,transkripsiberhentipada saatRNA
polimerasemencapai titik terminasi. Padaeukariotik, RNApolimerase
terus melewatititik terminasi, 10-35 nukleotida, RNAyangtelah
terbentuk terlepas dari enzimtersebut.
B. Translasi
• Translasi berlangsung didalam sitoplasma dan ribosom.Translasi
merupakan proses penterjemaahan sutu kode genetik menjadi
protein yang sesuai.Kode genetik tersebut berupa
kodondisepanjangmolekulRNAd, sebagai penterjemaahnya
RNAt.RNAtmembawa asamaminodaristoplasma ke ribosom.
• MolekulRNAtmembawa asamaminospesifikpada salah
satuujungnyayang sesuaidengantripletnukleotida
padaujungRNAtlainnyayangdisebut antikodon.
• Misalnya,perhatikankodonRNAdUUUyang
ditranslasisebagaiasamamino fenilalanin. RNAt
pembawafenilalaninmempunyaiantikodon AAAyang komplemen
denganUUU agar terjadi reaksi penambahanfenilalaninpada rantai
pelipeptida sebelumnya
• RNAtyangmengikatdiripadakodonRNAdharusmembawaasa
mamino yang
sesuaikedalamribosom.MelekatnyaasamaminopadaRNAtd
ibantu oleh enzimaminoasil-RNAtsintetase(aminoacyl-
tRNA synthetase).
• Ribosom memudahkan pelekatan antara antikodon RNAt
dengan kodon RNAdselama
sintesisprotein.Ribososmtersususnatassubunitbesardan
subunit kecilyangdibangun oleh protein-proteindan
molekul-molekul RNAt.
•  
Pertukaran Materi Genetik pada Bakteri
• Perpindahan gen merupakan suatu kegiatan yang dilakukan bakteri dengan
mengirimkan informasi genetik (DNA) dari sel donor ke sel resipien. Kegiatan
perpindahan gen ini ada tiga yakni:
A. Transformasi
Transformasi pertama kali ditemukan oleh Frederick Griffith pada tahun
1928. Dia mempelajari transformasi satu tipe Streptococcus pneumoniae
menjadi tipe yang berbeda. S. pneumoniae dibagi menjadi 100 tipe lain yang
berbeda atas dasar perbedaan kimia pada kapsulnya. Jadi, tipe 1
menghasilkan kapsul yang berbeda dengan tipe 2, dan seterusnya.
Transformasi ialah proses pemindahan DNA bebas sel yang mengandung
sejumlah informasi genetik (DNA) dari satu sel ke sel lainnya. DNA tersebut
diperoleh dari sel donor melalui lisis sel alamiah atau dengan cara ekstraksi
kimiawi. Begitu fragmen DNA dari sel donor tertangkap oleh sel resipien,
maka terjadilah rekombinasi.
Manfaat yang didapat dari transformasi gen
pada bakteri adalah
• Sarana penting dalam rekayasa genetika.
• Memetakan kromosom bakteri.
• Bermanfaat dalam penelitian-penelitian
genetik bakteri di laboratorium.
B. Konjugasi
• Konjugasi merupakan mekanisme perpindahan informasi genetik (DNA) dari sel
donor ke sel resipien yang terjadi akibat adanya kontak sel dengan sel.
Konjugasi bakteri pertama kali ditemukan oleh Lederberg dan Tatum pada
tahun 1946. Mereka menggabungkan dua galur mutan Escherichia coli yang
berbeda yang tidak mampu mensintesis satu atau lebih faktor tumbuh esensiil
dan memberinya kesempatan untuk kawin.
• Pada proses konjugasi, sel donor (jantan) memasukkan sebagian DNA ke dalam
sel resipien melalui pili seks yang dimiliki oleh sel jantan. Setelah DNA donor
masuk ke dalam sel resipien, enzim-enzim yang bekerja pada DNA resipien
menggunting dan mengeksisi suatu fragmen DNA resipien. Kemudian DNA
donor dipadukan ke dalam kromosom resipien di tempat DNA yang tereksisi.
Mekanisme ini sebenarnya berlangsung juga pada kegiatan transformasi dan
transduksi. Dengan adanya proses konjugasi ini, gen-gen tertentu yang
membawa sifat resistensi pada obat dapat berpindah dari populasi bakteri
yang resisten ke populasi bakteri yang tidak resisten. Oleh karenanya, bila hal
tersebut terjadi pada populasi bakteri bisa timbul multi drug resistance.
mengeksisi suatu fragmen DNA resipien. Kemudian DNA
donor dipadukan ke dalam kromosom resipien di
tempat DNA yang tereksisi. Mekanisme ini sebenarnya
berlangsung juga pada kegiatan transformasi dan
transduksi. Dengan adanya proses konjugasi ini, gen-
gen tertentu yang membawa sifat resistensi pada obat
dapat berpindah dari populasi bakteri yang resisten ke
populasi bakteri yang tidak resisten. Oleh karenanya,
bila hal tersebut terjadi pada populasi bakteri bisa
timbul multi drug resistance.
C. Transduksi
• Beberapa jenis virus berkembang biak di dalam sel bakteri. Virus-virus yang
inangnya adalah bakteri seringkali disebut bakteriofage atau fage. Pada waktu
fage menginfeksi bakteri, fage memasukkan DNA-nya ke dalam bakteri tersebut.
DNA fage ini kemudian bereplikasi di dalam sel bakteri atau berintegrasi dengan
kromosom bakteri. Inilah yang dikenal dengan transduksi. Jadi, transduksi adalah
proses perpindahan gen dari suatu bakteri ke bakteri lain oleh bakteriofage lalu
oleh bakteriofage tersebut plasmid ditransfer ke populasi bakteri. Transduksi
ditemukan oleh Norton Zinder dan Joshua Lederberg pada tahun 1952. Pada
waktu DNA fage dikemas di dalam pembungkusnya untuk membentuk bakteri-
bakteri fage baru, DNA fage tersebut dapat membawa sebagian dari DNA bakteri
yang telah menjadi inangnya. Selanjutnya, bila fage menginfeksi bakteri lainnya,
maka fage akan memasukkan DNA-nya yang mengandung sebagian dari DNA
bakteri inang sebelumnya. Dengan demikian, fage tidak hanya memasukkan
DNA-nya sendiri ke dalam sel bakteri yang diinfeksinya, tetapi juga memasukkan
DNA dari bakteri lain yang ikut terbawa pada DNA fage. Jadi, secara alami fage
memindahkan DNA dari satu sel bakteri ke bakteri lainnya.
 Mutasi
• Mutasi adalah perubahan di dalam rangkaian nukleotida suatu gen. Mutasi
menimbulkan ciri genetik yang baru atau genotif berubah. Sel atau organisme yang
menimbulkan efek mutasi disebut mutan. Mutasi pada gen akan menyebabkan
produk protein yang dihasilkan.
A. Mutagenesis
Mutagenesis merupakan suatu teknik biologi molekuler di mana suatu mutasi
diciptakan pada suatu bagian molekul DNA tertentu, yang dikenal sebagai plasmid.
Mekanisme dasar:
1.    Mensintesis DNA yang di dalamnya terdapat bagian yang ingin dimutasi.
2.    Hasil sintesis ini harus dihibridisasi dengan DNA lain dari gen yang
diinginkan.
3.    Fragmen tersebut diperluas lagi oleh DNA polimerase.
4.    Molekul yang diperoleh akan diadaptasikan ke dalam sel inang dan
dikloning.
5.    Pemilihan mutan.
B. Mutagen
• Bahan-bahan yang menyebabkan terjadinya mutasi disebut mutagen. Mutagen
terbagi menjadi tiga, yaitu:
1.    Mutagen bahan kimia
• Mutagen bahan kimia, contohnya adalah kolkisin dan zat digitonin. Kolkisin adalah
zat yang dapat menghalangi terbentuknya benang-benang spindel pada proses
anafase dan dapat menghambat pembelahan sel pada anafase. Mutagen bahan
kimia dapat menimbulkan mutasi melalui beberapa cara. Gugusan alkil aktif dari
bahan mutagen kimia dapat ditransfer ke molekul lain  pada posisi dimana kepadatan
elektron cukup tinggi seperti phosphate groups dan juga molekul purine dan
pyrimidine yang merupakan penyusun struktur deoxyribonucleic acid (DNA). Seperti
diketahui umum, DNA merupakan struktur kimia yang membawa gen. Basa-basa
yang menyusun struktur DNA terdiri dari adenine, guanine, thyimine, dan cytosine.
Adenine dan guanine merupakan basa bercincin ganda (double-ring bases) disebut
purines, sedangkan thymine dan cytosine bercincin tunggal (single-ring bases)
disebut pyrimidines. Struktur molekul DNA berbentuk pilitan ganda (double helix)
dan tersusun atas pasangan spesifik Adenine-Thymine dan Guanine-Cytosine. Contoh
mutasi yang paling sering ditimbulkan oleh mutagen kimia adalah perubahan basa
pada struktur DNA yang mengarah pada pembentukan 7-alkyl guanine.
2. Mutagen bahan fisika
Mutagen bahan fisika, contohnya sinar ultraviolet, sinar radioaktif,
dan lain-lain. Sinar ultraviolet dapat menyebabkan kanker kulit.
Mutagen fisika bersifat sebagai radiasi pengion (ionizing radiation)
yang dapat melepas energi (ionisasi), begitu melewati atau
menembus materi. Mutagen fisika termasuk diantaranya sinar-X,
radiasi gamma, radiasi beta, neutron, dan partikel dari aselerators
sudah umum digunakan dalam pemuliaan tanaman. Karakteristik
untuk masing-masing jenis radiasi disajikan dalam tabel di bawah
ini. Begitu materi reproduksi tanaman diradiasi, proses ionisasi
akan terjadi dalam jaringan dan dapat menyebabkan perubahan
pada jaringan itu sendiri, sel, genom,  kromosom, dan DNA atau
gen. Perubahan yang ditimbulkan pada tingkat genom, kromosom,
dan DNA atau gen dikenal dengan istilah mutasi (mutation).
3. Mutagen bahan biologi
Diduga virus dan bakeri dapat menyebabkan
terjadinya mutasi. Bagian virus yang dapat
menyebabkan terjadinya mutasi adalah DNA-
nya.
 DNA Rekombinan
Teknologi DNA rekombinan telah mungkinkan bagi kita untuk: mengisolasi
DNA dari berbagai organisme, menggabungkan DNA yang berasal dari
organisme yang berbeda sehingga terbentuk DNA rekombinan,
memasukkan DNA rekombinan ke dalam sel organisme prokariot
maupun eukariot hingga DNA rekombinan dapat berepilkasi dan bahkan
dapat diekspresikan. Jadi, Teknologi DNA Rekombinan merupakan
kumpulan teknik atau metoda yang digunakan untuk
mengkombinasikan gen-gen di dalam tabung reaksi. Teknik-teknik
tersebut meliputi:
• Teknik untuk mengisolasi DNA.
• Teknik untuk memotong DNA.
• Teknik untuk menggabung atau menyambung DNA.
• Teknik untuk memasukkan DNA ke dalam sel hidup.